3TR2A

Structure of a orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrf) from coxiella burnetii
Total Genus 66
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
66
sequence length
229
structure length
219
Chain Sequence
DPKVIVAIDAGTVEQARAQINPLTPELCHLKIGSILFTRYGPAFVEELMQKGYRIFLDLKFYDIPQTVAGACRAVAELGVWMMNIHISGGRTMMETVVNALQSITLKEKPLLIGVTILTSLDGSDLKTLGIQEKVPDIVCRMATLAKSAGLDGVVCSAQEAALLRKQFDRNFLLVTPGIRRVMTPRAAIQAGSDYLVIGRPITQSTDPLKALEAIDKDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Structural genomics for drug design against the pathogen Coxiella burnetii.
pubmed doi rcsb
source organism Coxiella burnetii
total genus 66
structure length 219
sequence length 229
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-09-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3tr2A00
1LP6A 2QR6A 4GE8A 3S5NA 1SZGA 1DORA 3B06A 3PF3A 1L6YA 2E1DA 1N7KA 3B0PA 4LV9A 1G7UA 3S6DA 1KM2A 1R2TA 1VYSX 3EX4A 1RPXA 3W7HA 4MZYA 3PUEA 2YXGA 4AWSA 3LHYA 3E12A 1F73A 4AHOA 4NVTA 2V5BA 3P8IA 3CEPA 3HGOA 4JEQA 3M5VA 3KRUA 2A1YA 5HINA 2I1OA 3RF9A 4UXDA 1SZNA 3GIYA 1SO6A 4Z0SA 1HL2A 3W1AA 2Z2UA 3GYEA 2BWGA 4JX6A 3IIPA 4AAJA 5I3GA 3BO9A 2ISSA 4DBEA 5I3JA 1UB3A 1T0OA 2GPTA 3AJXA 3TR2A 1YYAA 3TJLA 2DZTA 5TIMA 2V8ZA 5DY3A 3MI2A 2A5HA 2AAMA 1I2RA 5AHFA 3M7WA 4BK9A 3O16A 3SGUA 4YCOA 3DBPA 2X30A 1XDLA 5SWUA 3G18A 1J4EA 3OBKA 3R5EA 1Z41A 1VR6A 1DQXA 3MP4A 3QJAA 3MYOA 4LRSA 3FKKA 1KTBA 1W1ZA 3NYZA 4AHQA 4EVZA 1IXNA 3LBMA 2NV1A 1RQEA 1SQ7A 2EF9A 3L0KA 1OYCA 1L9WA 2VEPA 3P80A 3N73A 2OT0A 2V0TA 1FBAA 2QJGA 3PG9A 1TPUA 1VJIA 3TXVA 2E5DA 2NV2A 1F05A 4LVBA 1WBJA 1FX6A 3HQ1A 3PB2A 1VRDA 2RDWA 1XI3A 3NZRA 2PRMA 5LNRA 2GJNA 2E6DA 3T7VA 3NQ8A 3P5YA 3LRKA 3CIXA 4FB7A 3HG4A 4ORMA 5H91A 2X1UA 4YWIA 4O16A 2A21A 1OYAA 4S2CA 2DP3A 2AQWA 4JIQA 3NPVA 1K7XA 4GUJA 3LHVA 4H4IA 3GXTA 3G1SA 3PSVA 3FIGA 4I7UA 2CLOA 3HG3A 1VGAA 3W7EA 2VEMA 4GUIA 4PA8A 5LSMA 2BSLA 5BMXA 2E5CA 3QC3A 3WK2A 2DZWA 4X3ZA 1D3HA 1G6CA 3W7KA 4POCA 1DQWA 5EL1A 1TPB1 2YCEA 4O10A 1Z44A 2ZZ4A 5AHIA 1SFJA 3HPZA 1OX4A 1PCKA 2QUUA 5KZDA 4NJGA 3GAYA 1XBXA 4O50A 1VCVA 3DH7A 3EWXA 1PIIA 3SGZA 3WJSA 3B0VC 2FPYA 3LERA 1DHPA 3EKLA 3O05A 3NQAA 1UBSA 4BWLA 5FEWA 2VEIA 1F76A 3MW7A 4M6QA 3BGJA 1T8XA 4O54A 2ZRYA 3W7OA 3VKJA 8TIMA 3TC6A 3P74A 4R53A 1SFLA 1PHWA 2EPHA 1M7OA 1CW2A 4DQWA 3GDTA 3QMTA 1FWTA 1ZENA 3W1RA 2TYSA 1B9BA 2V30A 4ICNA 1PE1A 3TJXA 1L6SA 4LUIA 2ZFAA 1PHQA 4IXHA 3DU0A 1S5TA 1AL8A 2V2HA 3WJYA 4WZHA 4NNAA 4N02A 1WOBA 4JTLA 3W86A 1VCFA 2DJXA 4A29A 4CNOA 1EUNA 3VCRA 3TFCA 3TQKA 2WO5A 3G3DA 3HG5A 4AEOA 1GVSA 4JS3A 3W3OA 4Z1DA 4GRSA 1XL9A 3W72A 1BEUA 1KFJA 1QDSA 4D2JA 4DEFA 3NL3A 2Q8ZA 3W2MA 1OK6A 3P84A 1F74A 1JUBA 1G4TA 4UTMA 3T44A 1VYPX 4Y90A 2ATMA 4OT7A 4DXVA 2QKFA 2QDHA 4MIMA 2C19A 5BRBA 4OU1A 1A5BA 5D2WA 3O8AA 4QJ1A 3A9IA 3NZ1A 1EB3A 1SW0A 3P5ZA 3HF3A 3C2VA 3W84A 2FLIA 4UR7A 3LCXA 1YXDA 4H3DA 3FKRA 1ZNNA 5HR7A 4JNMA 1FWWA 5K7JA 4LVDA 2V2CA 1R2RA 4JYEA 3PC0A 2A4AA 3NL5A 1KFEA 1RR2A 5LNWA 3W87A 3I7SA 4HNVA 2H8XA 2QCLA 5DBTA 3G3MA 4GUHA 4O0ZA 1Q6QA 1XXXA 1KM1A 3M0ZA 4CQAA 4LTSA 2QCFA 1JJKA 3E0IA 1ICPA 3P81A 4IPJA 3GX9A 2DORA 2Y63A 3PUDA 4FX7A 2QAPA 1I4NA 3W6YA 2F7FA 1Q6LA 3H55A 1YDNA 4A2SA 1AL7A 4W9TA 3QRHA 2RDTA 2OCZA 2QJHA 3P67A 5G2WA 1DBTA 4HNTA 1H1ZA 1NAL1 4MLRA 4MY8A 1TSIA 4LC8A 5BW6A 1ZAIA 3OG3A 1LYXA 3NPXA 4BI7A 3W1XA 4CNNA 4N2YA 1GTHA 4O28A 3ZR4A 4ORIA 3M47A 2ZYFA 1XDMA 4EIVA 5CPOA 3EKZA 2P0OA 4OWGA 5DN1A 1TPDA 2ISWA 3NPWA 6TIMA 3B0UX 3LLFA 4Y8FA 2GQ9A 5F2MA 1THFD 2H90A 4XWUA 4DO4A 5EBUA 3QW3A 5ABTA 4MKNA 3STEA 4ZQNA 1KFBA 3KVLA 3NG3A 2NWRA 4UTTC 4WQ6A 2FB2A 4RX0A 4OQVA 4R33A 1DL3A 3QPYA 2ZA1A 2NX1A 3G0XA 3N2XA 3TFXA 3INPA 1JCYA 4HSNA 5D04C 4M19A 1XUZA 1AW2A 2ZRWA 4M7SA 1X8FA 1LROA 1VLIA 4UIOA 3O6DA 3GLCA 3W1MA 3BLIA 2NLIA 3H53A 3T78A 5AFDA 4WOQA 3CHVA 3W1NA 1QMLA 2JGYA 4OV4A 3W1QA 1KLZA 5K4ZA 2OZ0A 3B4UA 4XTDA 4A2RA 3G24A 4AMAA 2PURA 1EIXA 1KFCA 5D30A 2Z1BA 4XZ9A 5I3HA 2JK2A 3S5YA 1TB3A 4Y6GA 5HUOA 1H61A 4TX9A 2YPIA 3W7RA 3B8DA 1K7EA 3L9CA 3TU9A 3UQNA 3NDOA 3O1NA 3TUUA 3S0CA 3G1FA 4AF0B 1ALDA 3RNDA 2ZA3A 4JYFA 4WY0B 2DU2A 4AWTA 3L0GA 2A0NA 3KVKA 4FNSA 1EA0A 3IIVA 1JCLA 3DHDA 1GWJA 2C6QA 4AVFA 4JTKA 3IGUA 4CCEA 3CIWA 5DCBA 1YDOA 2QF7A 4AXKA 4O1AA 1KFLA 1H60A 4MFDA 3QM3A 3BW3A 1A50A 5D09A 1Q45A 1W37A 2YR1A 4WJEA 3PVFA 1VHNA 2HS8A 2FIQA 5CKSA 3EWWA 5D32A 4DBDA 3V1PA 4KWWA 1YPFA 5EKYA 4CQ8A 1ZALA 4LT9A 3B05A 1P0NA 4OGZA 5AC6A 2YW3A 2HMCA 5KTLA 3ATYA 1RZMA 3Q37A 1MEWA 3SW6A 1P5BA 3BARA 3YPIA 4IXXA 1QO5A 3NQGA 3F1QA 2OMAA 2XN1A 3DFTA 1LLWA 4N4PA 5A5WA 4TR9A 3KHJA 3MUXA 4MPQA 1WA3A 3TE9A 3TMQA 2E6AA 1K03A 3DENA 3FFSA 1GYLA 4GWEA 3W88A 1F7BA 3P82A 3PAJA 4DO5A 4FHAA 1EP2A 2NUWA 4AF0A 2E77A 3CC1A 2YX0A 4RZ6A 4WY0A 1FXPA 1I8JA 1QOPA 1VS1A 3UNDA 5D02A 2B7PA 1TV5A 2G96A 4J9JA 3DFNA 4WOZA 5D2XA 3IEBA 1SSDA 2VFEA 4DELA 1RQBA 2XN2A 3NL6A 1TIMA 1ONRA 3O06A 2YZRA 1RVGA 5D05A 4EWND 3ELFA 3QMRA 2CLFA 3LBCA 3W7IA 2WNNA 2ZZ7A 2ZQ0A 5LHFA 3VE7A 3S1XA 2TRSA 3SY5A 3L68A 4JTSA 1YTEA 2X1TA 4JTEA 3HO8A 4NXKA 2YW4A 1YLVA 5C55A 5HNRA 1QCWA 3C2FA 5F2LA 1ME8A 5H2ZA 1QR7A 1W5PA 3IIZA 4KKXA 5C2XA 1OX6A 3P7YA 3NQCA 3EWBX 4YXGA 1I2PA 3OVRA 3L65A 5AYZA 3MI6A 4IMDA 3F4WA 2Y61A 4DF0A 4JIPA 4RZ4A 3L66A 5DXXA 3PSWA 1GG0A 1AMKA 3W1PA 3L67A 1WAUA 4I9AA 4KWVA 3U2OA 2NXIA 1BTMA 3L5MA 3MO7A 2CLHA 3GXNA 5DCEA 1X1ZA 2Y88A 5TBOA 3W07A 2EKCA 3M1ZA 2D73A 3UWUA 2RKXA 1LOLA 3CPRA 3EXTA 1FCVA 2X2GA 1IGSA 2H3BA 4WD0A 3TV8A 1P4CA 3R12A 1VHCA 3N9RA 3EWZA 4UTWC 1VQTA 1F2JA 3OVQA 3LRMA 1LDCA 2X1RA 1KM5A 1EEPA 2IQTA 4XBKA 3RFAA 2BZNA 2Y7FA 3GKAA 2ZRVA 4WUIA 2W6RA 1JRCA 3BW4A 1I2NA 4O4WA 3GDRA 3IVTA 5E93A 3EEGA 2NXGA 3E9AA 3NM1A 1W8SA 3LCFA 3U6WA 1TO3A 4NX5A 3DI0A 3M5YA 1O4UA 2VFGA 4ZQMA 1H7PA 4ZMGA 4G1KA 4M5PA 4BI6A 4HIBA 1H7OA 1JUKA 4UTKA 3MP5A 4LY8A 2FPTA 2ALDA 1LLZA 3QQ0A 3TK7A 3DXIA 3DZ1A 3LHUA 2JKEA 4AWUA 2Y6ZA 3UY8A 3QSRA 3KRSA 4YL2A 1AW5A 4HHPA 4M6VA 3RLVA 4ML9A 3HPXA 4MOZA 3RMJA 3C8FA 1G67A 2GQ8A 3JS3A 3BGGA 2VXNA 4UCGA 3ZS4A 3BG5A 2JBMA 1OX4B 4TU1A 3O63A 4O8RA 3GB6A 4UTHA 2C14A 4LS0A 5BNKA 5KZEA 4UFLA 4PTNA 1SZEA 1IXQA 4JTJA 3CEUA 1H7NA 5LNSA 3LGEA 2JKAA 1YTKA 4TMBA 4WY0F 5IBXC 1ZAHA 3S1UA 1LOSA 3W2NA 3MI3A 1KM6A 4K39A 3UWYA 3Q2DA 4JDYA 4E2DA 2AGKA 1FCBA 3DHFA 3EWYA 1QPQA 2YGYA 5DELA 4PL2A 3ZWTA 1SZFA 1FXQA 3MP3A 1CI1A 3HMJG 5G4EA 4R7JA 5DCDA 1Q3NA 4HNNA 1W5MA 2C18A 5CSSA 4S2BA 2WSYA 4LVGA 2NZLA 1QPOA 1OVDA 1EX5A 3QMSA 3TSBA 3A22A 2TSYA 4HPXA 2WPBA 3C2RA 5I3KA 3HIJA 1IIGA 2ZRUA 4HT3A 2R14A 1VCGA 5F2GA 4KFOA 3BG9A 2PRLA 1JQVA 3S5OA 1UJPA 4E38A 1NSJA 1OFEA 3W7CA 2E6FA 1XC4A 1ICSA 3NQEA 1EP1A 4FEZA 3H54A 4O53A 3FYPA 1LOQA 3UWZA 2C15A 3WJWA 4MY9A 2I9EA 1GOXA 1S5WA 2QUVA 4JXCA 1OJXA 4PODA 5L9FA 5FF3A 5CGQA 3ZFHA 1QAPA 2FJKA 1SO3A 4I7VA 2QEZA 3W2KA 1FWSA 4ZQPA 3QSTA 3HBLA 4FXRA 1GG1A 1GPWA 1VYRA 4FIQA 1Z48A 6ALDA 4UTTA 3W2UA 4FIRA 4C1KA 1K8ZA 2H6RA 1OHLA 1TTIA 3FJLA 3UZJA 1SW7A 1OFPA 1S3HA 1PVNA 3KVJA 4JTHA 3W23A 1ML1A 3G1XA 3EX1A 3A24A 1LM1A 1FDZA 5KZMA 1SU5A 3KFTA 1SPQA 1JQXA 5CZJA 2RHGA 3IGSA 5AC7A 1I2QA 4N9CA 2FFCA 4FO4A 1QFEA 2NX3A 3MBFA 2W0UA 1E51A 3C6CA 3GDMA 5A8GA 4NNCA 1W31A 5G1TA 4O1CA 2J6XA 3QQ1A 2CZ5A 2QCNA 4FX8A 5J5DA 3TKFA 3TW6A 1O5KA 1PCWA 2Y7EA 3CU2A 1TTJA 3UWWA 1YTDA 3S8HA 4O52A 2GVLA 1T96A 2QCCA 3EX2A 5D2YA 3DFQA 3I68A 1KTCA 3WK0A 4HKPA 3LHTA 1DKWA 3M9YA 4Z0JA 2VKZG 2VFFA 4N6FA 4K37A 5EPDA 2R91A 1A5SA 3PBVA 3PULA 4K6AA 1QPRA 5FEPA 4GJ1A 4Z1CA 3EXRA 3FS2A 1OFOA 2ZA2A 3TIMA 3NQDA 2J27A 4RZ5A 5IM51 3WJZA 5D33A 4ZVJA 3B03A 1ZY9A 1LRTA 5C54A 4EOUA 1P1XA 3P61A 4K8EA 4CLMA 3DAQA 4JX5A 3DFPA 2ZBTA 3S42A 3SECA 1JVNA 2R94A 3IIXA 3TDFA 1NVMA 2V9DA 4DPPA 1SSGA 2YFNA 5K3VA 2Y70A 3NO5A 3UXAA 1GEQA 1F5ZA 1Q6OA 2F84A 3I65A 4AH7A 3O6CA 5E0KA 3RK8A 2C0AA 3JR2A 1TQXA 3O6YX 2ISVA 1EPXA 4MZ1A 3N3MA 3L2IA 1XBVA 3UD6A 2NUXA 4Q32A 1H50A 2WQPA 2RDUA 4Y9AA 5FESA 1K7FA 4GNJA 4QAIA 4QITA 3TQVA 3R13A 1KW1A 4IOTA 4TO8A 1W3TA 4IMFA 3NVTA 4R34A 5HWNA 1DVJA 3I6RA 4RXGA 3W7PA 1SO5A 3NGJA 1UASA 2GOUA 2WSQA 1GVQA 1PV8A 1CX9A 5LKYA 3KAOA 3UYCA 3HGRA 1W5OA 1XCFA 3W7DA 3THAA 3HB9A 5FEXA 3NOEA 1EWEA 7TIMA 5K9DA 3OEXA 1IIHA 3G8RA 5K2ZA 3N9SA 3BV4A 5EYWA 1TTQA 3KVMA 5C5YA 2FB3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3S47 A;  4C6J A;  3EMQ A;  3S5N A;  4QRN A;  1SZG A;  5E0C A;  1ZBK A;  3B06 A;  1WAW A;  3MVT A;  4LY4 A;  2J66 A;  3B0P A;  1XIH A;  5E9A A;  1KM2 A;  3EX4 A;  1RPX A;  4NVT A;  4N0R A;  3VNJ A;  4GD0 A;  4JKL A;  7TAA A;  3N25 A;  3TLQ A;  4JEQ A;  4ROP A;  2QPS A;  3KRU A;  2A1Y A;  3PAN A;  2FZM A;  1MQP A;  3GIY A;  4Z0S A;  1E0U A;  1HL2 A;  1MNS A;  2XVP A;  3W1A A;  4JX6 A;  1XLD A;  3Q65 A;  1R3T A;  3MCM A;  2ISS A;  1T0O A;  1Q13 A;  4ZFM A;  2GPT A;  3UR7 A;  5C9R A;  1YYA A;  5TIM A;  4DUO A;  2V8Z A;  1EF3 A;  2A5H A;  3M7W A;  1QOX A;  3SGU A;  4H19 A;  3KL3 A;  4Z2L A;  2VZS A;  2WJD A;  3MT1 A;  1SZR A;  4LUY A;  3WDI A;  3FKK A;  4Z2H A;  1KTB A;  4AHQ A;  4TV5 A;  6TAA A;  2BHY A;  4H1Z A;  3LBM A;  4KGJ A;  3WMB A;  3OW1 A;  1OCQ A;  3N73 A;  1S5M A;  2OT0 A;  2V0T A;  1TPU A;  2E5D A;  1UR0 A;  3AMG A;  3OTR A;  3URA A;  3HQ1 A;  1XI3 A;  2GJN A;  1EXP A;  1BRL B;  2E6D A;  3T7V A;  3T4W A;  1GQI A;  1XYZ A;  2QDE A;  3GXD A;  4CNU A;  4YWI A;  1SMD A;  2A21 A;  4O16 A; 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