5FEPA

Hyde from t. maritima in complex with (2r,4r)-metda
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
346
structure length
345
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
publication title Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE.
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 141
structure length 345
sequence length 346
ec nomenclature ec 1.8.-.-:
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5fepA00
4JNMA 3EKZA 1SUXA 4A2RA 1FCVA 2E6YA 4JX6A 3ZS4A 4QIUA 3QSTA 4PFMA 2DZVA 5J5RA 5G1YA 4NX5A 1Q6OA 1F2JA 2VFDA 4YL2A 3LI0A 1PHQA 3W84A 2R14A 1CW2A 3FYOA 4W9TA 3W7NA 2HS8A 4LVAA 3C2RA 3U2OA 4JYDA 5LHFA 4HNTA 3C4UA 2XN0A 2HS6A 3PR2A 3TMQA 1AL7A 3NL6A 3S42A 3HG2A 3BG5A 4WY0B 4RZ4A 5LNSA 1WBHA 4MZ1A 1ALDA 1X8FA 1TB3A 2J9XA 4JY8A 2V8ZA 3TIMA 2CFFA 3PS7A 4DEFA 4GUGA 3GNNA 4WY0A 4O8RA 3DH7A 3S1XA 3FOKA 1TPC1 5SWUA 2YX0A 1W5NA 3HQ1A 3B0VC 4O10A 2JKAA 1GYLA 1GEQA 1I4NA 3PBUA 3LV5A 4QSHA 1G4EA 3UWUA 3W7PA 3EB2A 1PV8A 5DN1A 1W54A 3C0JA 1H7WA 2FDSA 3LV6A 5BRBA 1LOSA 3CEUA 2GJNA 1NEYA 2IQTA 2QCHA 3W7LA 3INPA 1D3GA 2OMAA 5LHEA 1K02A 2VXNA 4E38A 2FJKA 2W79A 2Y6ZA 3EXSA 3F4NA 5F2MA 1F73A 3MI2A 2NWRA 5C54A 4FNSA 1EP2A 2GPTA 3NQEA 3TROA 3VE9A 2NXIA 4FEZA 4FIQA 3B8DA 4UTWC 1EEPA 4O54A 3DENA 1T0OA 1C9DA 3PSWA 2A5HA 2Y70A 3QH2A 4D2JA 4LVDA 3TQKA 1FWTA 5CZ0A 3JRKA 3KVLA 1H60A 1NF0A 4BK9A 3W2JA 2ZDRA 4N02A 1G4SA 5D2WA 5EY5A 2A6LA 4HIBA 4IMCA 5DBTA 5CG7A 2VEPA 1LRQA 4JTLA 4IMDA 2QCEA 2ISWA 3L68A 4Z1AA 4P61A 3TFXA 1YPFA 4O28A 3QPZA 2E77A 3EWUA 4UFLA 4QJ1A 3GXTA 2HTMA 2PC4A 3NPWA 3IEBA 3IRDA 5D32A 5KMYA 1GG1A 1PIIA 3TW7A 4JDYA 1DQWA 1KA9F 1VLIA 3QC3A 4OV4A 3TJLA 5HWNA 4FNUA 4MZYA 3TCEA 4B5NA 2C1HA 1W8SA 1LLZA 5HULA 2VEMA 2WKJA 5G2IA 1M6JA 2X1RA 4Q33A 1KM6A 3OA3A 1P0KA 1DV7A 3N2XA 4O17A 1TPFA 1ADOA 2E5CA 4FO4A 4MZ8A 4M6QA 4JX5A 1LDCA 5AB3A 3W1QA 1KLZA 3G18A 4CCEA 4HPJA 2GVLA 3PB2A 3HG5A 2RDUA 1MEIA 5G2HA 2J9ZA 7TIMA 4LNYA 3A5VA 2NV2A 4IMEA 3O15A 1EP3A 3DXIA 5I3KA 4IUOA 3QJAA 2V2HA 3NDOA 3WJZA 3ELFA 2C0AA 4DO4A 3TSBA 1KTNA 3LHZA 4CNOA 4MJZA 1YXDA 3RLVA 2ZRXA 1D9EA 2V2CA 1HO1A 3VE7A 1TSIA 4OE7A 4EF8A 4A29A 5F4XA 2Y7DA 2QCDB 3MUXA 4K8HA 3STEA 2I14A 2E6DA 3GKAA 2QAPA 4MLRA 1LRNA 1AW5A 2V0TA 1KFEA 4N6EA 4UR7A 2WNQA 1R47A 2QCDA 3LXBA 1X1OA 3H53A 5F2LA 1CX9A 2QCCA 4YLWA 2NWSA 3GXNA 1OYAA 3G1AA 3NQ8A 5A5WA 4DO5A 3MBDA 2JGQA 3W7GA 1RV8A 4JTHA 1IF2A 4CNNA 4YCOA 4MKNA 4IGHA 1QAPA 3LERA 2ZYFA 3M5YA 1EB3A 2YYTA 5EBUA 2NX3A 4M6PA 3S5NA 3DFOA 1PS9A 1I8JA 1MO0A 1PCKA 3M1ZA 1XUZA 3ATYA 1TV7A 1AW2A 1Z44A 3W23A 3FJ6A 4R33A 3M5VA 3NZRA 4DXVA 2QAFA 5K7JA 2X30A 1FUYA 4GXMA 3VNDA 1HG3A 4XKYB 3MBFA 4NQ1A 4ML9A 3FKRA 3O6DA 3EWYA 5D02A 1TPB1 1QDSA 4O4VA 2C16A 1BWLA 1LORA 2OT0A 4WJEA 4HSNA 4MLJA 3IVTA 2H8ZA 4I9AA 4E2BA 4EOUA 3E0IA 5AHLA 3QM3A 1OF6A 5LSMA 3SR7A 1AG1O 2YCEA 3HO8A 3EX1A 1RQBA 3U6WA 1KBIA 1FDYA 1JCXA 1ZNNA 2WPBA 4JYEA 2R94A 4NXSA 2E6FA 4N6FA 5K2ZA 1GVRA 4KFPA 2DZUA 2ZRYA 1OVDA 3IGXA 1WXJA 5AHMA 2Q8ZA 4HNUA 3NR0A 5DLCA 4JGDA 1KV8A 4JTEA 3KFTA 2WQPA 5F1UA 3LTPA 4FHAA 3UXAA 1Z41A 1FWSA 2WV8A 3O16A 3S1UA 3PB0A 4LW7A 4E2DA 5CSRA 2Y85A 4RR4A 5CPNA 1JQXA 1VHNA 1FY6A 3E49A 5DCBA 1JULA 3SI9A 3N2MA 4JIQA 3EX4A 1H1YA 3QZEA 1OFPA 1IGSA 3G0XA 3B4UA 1EPXA 1FCQA 5DXYA 3PBWA 3UQNA 3CIXA 4N2YA 1KFBA 3FYPA 4MYXA 3WJWA 1RQEA 3QPYA 3HOJA 1LP6A 2VENA 1XDMA 3B05A 3OG3A 5AHNA 3TR2A 4MOZA 3MO7A 4A3UA 1K7FA 3N3MA 2BX7A 2YW3A 3A21A 2ZZ7A 1R46A 1THFD 5K3VA 3W72A 1TV8A 1PVNA 3HGSA 2V30A 1LBFA 3RU6A 3PF3A 2YZRA 4NXKA 3MJYA 3HIJA 1OYCA 4AHPA 4TMCA 3MWAA 1ICSA 4DPQA 4CCDA 3M44A 2XFWA 1TCDA 4HNVA 4IXHA 4QNWA 2FPYA 3C2VA 2E1DA 3CQ0A 3GAYA 2X1SA 3LM7A 5FEWA 1KFJA 3LI1A 5HQEA 2V81A 1NF7A 3GR8A 2ZBTA 3BARA 4MY8A 2QDHA 3PSVA 4X2RA 1GJPA 3QMSA 4QQ3A 3W1LA 1SSDA 5D04C 3P5YA 3THAA 2WOQA 5D2TA 2H6RA 4KWVA 1WOAA 3LTYA 3TMLA 2E6AA 4ALDA 3GK0A 3CB8A 2DJLA 3L5AA 4H4IA 4LRSA 1DBTA 2WJZA 1ICPA 4IPJA 4DBDA 3EX3A 2DORA 4GJ1A 5L9FA 3HJZA 3P60A 1QPOA 3LCWA 4MY9A 1GTEA 2A2IA 1TPEA 2V2DA 3ANYA 3LCHA 3KVJA 2ZZ3A 4LS2A 5HR6A 1V5XA 4JDBA 3GKFA 3GLCA 1G4PA 3CEPA 2ABAA 3W2NA 3NGJA 5F4SA 3CWOX 1GZGA 1YYAA 1IXQA 4FX6M 3LGEA 4TR9A 1NVMA 1K7XA 1RQHA 3M43A 3UWQA 4GUHA 2CLMA 1ZAJA 1OFDA 4L4LA 1FQ0A 3S6DA 5AYYA 1P0NA 1F6PA 1TYGA 1SO6A 2CLFA 2ZA2A 2CU0A 1EIXA 3PM6A 1H50A 4AF0B 4N9EA 3L5MA 2Y89A 5KZEA 1DKWA 4ADSA 5GVJA 3TFCA 3NAVA 1YLVA 3TXZA 4HPXA 5D37A 3W7MA 4PEKA 3VKJA 4AF0A 4EWND 4XQ6A 3KOFA 3LX9A 1K3UA 4TX9A 5IBXC 3S8HA 3W74A 3PUOA 4HNNA 4DPPA 4QAIA 5I3GA 3W2LA 2PRMA 2CLHA 3W71A 4MYAA 2A0NA 3TK7A 8TIMA 4U28A 3LXAA 3L2IA 3LB0A 3MP3A 3T7VA 1CI1A 1H7XA 3NPXA 4Z1CA 4MFDA 1OFQA 1YTDA 3NQ7A 2DZSA 1U5JA 3HGOA 1AW1A 4S2CA 2ZA3A 3H54A 3DFTA 1NAL1 3QW3A 1DHPA 1TTIA 3N19B 1KTCA 5E1QA 2DJXA 2C19A 3PUEA 5HMSA 5LNRA 2B7QA 4LTSA 2YFNA 4U4MA 2JK2A 2CLLA 3IGUA 3HG3A 4UMAA 4GE8A 1QO5A 4JS3A 4R34A 2GOUA 3OVQA 3MI3A 5DBUA 1G7UA 3UWVA 2JGYA 5G5IA 3L0GA 1IXNA 1ZENA 1VPXA 1JUKA 2CWNA 5D2YA 4UC5A 1WA3A 2ZZ6A 4X9SA 4JX4A 5T26A 1ML1A 3CIWA 2A7PA 3NQ6A 2QEZA 4WOQA 3S1WA 4JIPA 3A5FA 3G0UA 3O8AA 3NQAA 1TRDA 1FCUA 5U4NA 4K38A 2OT1A 4JTIA 1JCMP 4GUFA 3W86A 2P1FA 3ZR4A 1TTQA 1W37A 4WQ6A 2Y63A 5LZLA 1SFLA 5F2IA 3N9SA 3BV4A 3L0NA 3C52A 4J9JA 1UASA 2J24A 2PRLA 2DP3A 3QW4B 4BWLC 1C29A 2O7QA 1EA0A 4O50A 1SZNA 3FIGA 5BMWA 1R2SA 3GX9A 3W1TA 1Z48A 1YTEA 2QJGA 5FF0A 2FLIA 3P81A 2WNNA 3NL2A 2YPIA 2NZLA 5AC8A 4OQVA 1RR2A 3HPZA 5AHIA 3LXCA 3E02A 1JUEA 1XC4A 2CZ5A 4O1BA 5IBXA 4DBEA 3RNDA 3PWAA 3L21A 1VYRA 4AWSA 1HO4A 1R2TA 1Y0EA 2NLIA 2GQ8A 3W7JA 1SO4A 4OBTA 4JICA 3IIOA 1S5WA 2E09A 4IMFA 1TPH1 4K39A 1F7BA 3WJXA 4G1KA 1JCYA 1ICQA 2CLKA 4M6VA 4O16A 3HGJA 3NEVA 3MP4A 1XL9A 2ZZ1A 1QOPA 1FWNA 2W6RA 4RV8A 1PHWA 2O7SA 3HGRA 5AN7A 1H62A 4DQWA 3R5EA 1W5MA 5D03A 4JTSA 5K9DA 2J27A 4ZQCA 1NFBA 1T99A 4UCGA 4AVFA 2EGZA 3M7WA 4ADTA 1KW1A 2EF9A 1M7PA 3L0KA 1OYBA 1MXSA 4LUIA 3GDTA 5H2ZA 1HUVA 3LBMA 3E9AA 4XBKA 4FXSA 3B03A 3LBCA 3TAOA 1W3TA 1H63A 2EPHA 4NNAA 3M0ZA 4UXDA 3E96A 3W87A 5D09A 1Z42A 2AQWA 4Y8FA 1RVGA 3P74A 3P62A 1Q6LA 2AAMA 2C18A 1YADA 4ICNA 4OT7A 4PH6A 5CPOA 4I7WA 3GIYA 1TQJA 2C14A 1EP1A 2TPSA 1GVQA 2WSRA 3BW3A 1TTJA 2BXVA 4ONVA 3BLEA 5A8GA 3TSDA 2BWGA 3UY8A 4UIOA 4Z08A 4NNBA 3V1PA 3IVUA 1AMKA 1LROA 3A23A 3W1PA 3F1QA 3PG8A 3I7RA 4RJEA 1OX6A 3N34A 3TXVA 4O13A 3WK0A 1J5TA 2V5BA 1VS1A 3TA6A 3W1XA 3N14A 3NQDA 3DKJA 3G1SA 4JTUA 3M5XA 4K8EA 3CLMA 4RCXA 1ZCOA 3STFA 4CQAA 3R13A 3M9YA 3NQMA 1SR9A 1OFOA 2BSLA 1P4CA 5I3JA 1VLWA 1QR7A 4LUJA 1W0MA 1B3OA 2AGKA 1XKYA 4N9BA 3T78A 3TNOA 3BO9A 1SZEA 1FWWA 2QUTA 3LHTA 3MHFA 5AYXA 1I2RA 2NUYA 3KHJA 1ZALA 5I3HA 1LCOA 3RK8A 4HT3A 3S1VA 1DQXA 4JTTA 2NXGA 4IJBA 3G1YA 4XZ9A 2TMDA 5KINA 2CLEA 1AL8A 2Y7FA 3W2UA 3PBYA 4RZ5A 3O05A 4UTWA 1G69A 3NOEA 4GWEA 5AYZA 4PL1A 3W1UA 4XWUA 5C2XA 3IGSA 3FEMA 2RFGA 1BWKA 3IVSA 4DO6A 3SSJA 4JY9A 4BI5A 1E51A 3GR7A 2ATMA 4RZ6A 5DCEA 1K7EA 4Y90A 3V75A 2P0OA 3NQFA 3BG9A 3DZ1A 1W3IA 1ZFJA 1FXPA 1WV2A 4JTKA 4TO8A 4K37A 1GTHA 5KITA 2Q3RA 1VH7A 1MEWA 1GQNA 3L65A 1GWJA 5CSSA 3SGZA 4BF9A 4PODA 1SZFA 3PC0A 4AWTA 1TQXA 1TRIA 5AHFA 1JVNA 3MYPA 1WX0A 3OIXA 1KLYA 3EX6A 3DFSA 1SQ7A 3DAQA 4GRSA 2QUVA 3G1DA 4MFEA 5BOOA 1UCWA 1UJPA 1K8YA 1JUBA 1XUUA 5F2GA 1VRDA 3UWYA 1O4UA 3EWZA 5CKSA 5FF2A 3D0CA 2X2GA 4CQ8A 3LRMA 1FWRA 4LWWA 3I7QA 4I7UA 5I3IA 2ISVA 4C1LA 1FDZA 3C61A 3C6CA 1JCNA 3LDVA 4NZFA 1TV5A 3PULA 4UMBA 4BI7A 2ZZ2A 3HPSA 2FPVA 4X22A 4TMBA 1J2WA 1ZY9A 4M5PA 3LTSA 4H3DA 1OK6A 1TMHA 3ABSA 3L5LA 1SO5A 4LU0A 2FQIA 2RH9A 2B7OA 2BTMA 3IIXA 1TJRA 3STCA 3P67A 4BR1A 3LCLA 1OG0A 3IIZA 2Q8LA 2G5WA 1OX5A 4Z1DA 1M5WA 4JTFA 3LCXA 1QWGA 2DZPA 1FDJA 5CGQA 1W5PA 4MJMA 3QSRA 1GT8A 1J4EA 5I3FA 3QF0A 2RDWA 3BLIA 1D3HA 1WYIA 3KXQA 2NX1A 3A22A 3W73A 4TIMA 3AO0A 2F7FA 2E5BA 1TPUA 2ZTJA 1Q6RA 4NU7A 3RLUA 3LHYA 4Y96A 4KKXA 1B57A 3GDMA 5HWJA 4OU1A 4BFAA 2C15A 3W1RA 5EYWA 1XXXA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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