2DPEA

Crystal structure of a secretory 40kda glycoprotein from sheep at 2.0a resolution
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
YKLICYYTSWSQYREGDGSCFPDAIDPFLCTHVIYSFANISNNEIDTWEWNDVTLYDTLNTLKNRNPKLKTLLSVGGWNFGPERFSAIASKTQSRRTFIKSVPPFLRTHGFDGLDLAWLYPGRRDKRHLTTLVKEMKAEFIREAQAGTEQLLLSAAVSAGKIAIDRGYDIAQISRHLDFISLLTYDFHGAWRQTVGHHSPLFAGNEDASSRFSNADYAVSYMLRLGAPANKLVMGIPTFGRSFTLASSKTDVGAPVSGPGVPGRFTKEKGILAYYEICDFLHGATTHRFRDQQVPYATKGNQWVAYDDQESVKNKARYLKNRQLAGAMVWALDLDDFRGTFCGQNLTFPLTSAVKDVLAEV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Chitinase-3-like protein 1
publication title Crystal structure of a secretory signalling glycoprotein from sheep at 2.0A resolution
pubmed doi rcsb
total genus 119
structure length 361
sequence length 361
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 2dpeA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2dpeA01
1E6XM 1ZS2A 2WHKA 3BSHA 3MV01 5A95A 3AIBA 3LMYA 1QHOA 2W62A 3HU7A 3ECQA 5EFDA 1VFFA 1US3A 3ZSSA 5FD0A 3PZQA 4P7QA 4BA0A 2VQUA 1ECEA 4CU7A 1GVIA 2ZWZA 5D8WA 1HJUA 2WANA 3BSGA 3WUEA 1KXHA 5HPCA 1K9EA 4CN4A 5GPRA 3AIRA 2VI0A 2FHFA 1HN1A 1W2PA 1HX0A 3WF3A 1C8YA 3AXHA 1G0CA 2F8QA 5EFFA 3VM5A 1UWTA 4ATWA 2J7HA 1UQZA 2CHNA 5IHSA 4J3SA 3FAXA 4HU8A 2JF6A 5IXEA 1DWHM 1VB9A 2Y5EA 2EQDA 1EQPA 2J77A 4PSRA 4W86A 2ZX7A 1OWQA 2VX4A 4GI9A 5E09A 5I78A 3WH8A 5C70A 1ZBCA 4IISA 3OLGA 4NRRA 4KMQA 4W5UA 2A3EA 4UR9A 4JFSA 4OOZA 4UCFA 5IFTA 1UD8A 1VENA 1WZKA 4CCCA 3WQVA 2BHYA 2QV4A 4WKFA 4DWSC 1IZJA 2FH6A 1E9LA 4S3JA 1GNXA 1E4MM 1NH6A 2YA0A 1ISYA 4FK9A 4B16A 1OIFA 1QI4A 3CLWA 1G5AA 3WIJA 3MSDA 4TX8A 1PX8A 6TAAA 2J62A 5A8MA 2FGLA 1IV8A 3ARRA 1Q6CA 1ODZA 1NARA 2IUZA 1HNYA 4WKHA 4ML4A 5DF0A 1TR1A 4MJ4A 3AHZA 1LF1A 3ARPA 1M7XA 1X1NA 5DO8A 1W32A 1WKYA 3WDHA 3L4TA 4AD1A 3WUGA 3IJ7A 3VIMA 5I79A 3AS3A 2X8RA 4BQ3A 1GCYA 2HVMA 3EDJA 3MMUA 3WD1A 4P7NA 2GDUA 1H5VA 2JFEX 4QAWA 3RCNA 4D6DA 1V3JA 5HPOA 4R5EA 1R87A 2WLYA 3B8SA 2OLHA 2WMIB 1MQPA 2NSXA 3EDDA 2EXOA 2A3CA 1HT6A 4AD0A 1B90A 4DWSD 1DWAM 3UESA 2XFRA 3UG4A 2J7CA 2YDSA 4EANA 2VC9A 1FOBA 2EPOA 3II1A 3ZQ9A 2XJ7A 1G1YA 3WNKA 5BYWA 1B9ZA 2YJQA 3RJXA 1E72M 1XC6A 4F66A 1OD0A 1XH0A 2O9TA 4MDOA 5EB8A 1G01A 2Z1KA 4M29A 4MB4A 2WWDA 1XH1A 4W88A 3AICA 2CPUA 1UA7A 4HZ7A 4R27A 1LQ0A 4A3HA 3L2LA 1OT1A 1H11A 3RM4A 1E3ZA 3CUHA 5A6BD 2WKLA 1KXVA 3AHYA 1JYNA 2IXVA 3NCOA 4FF5A 4LYPA 3VOCA 4AZ6A 1UKQA 1CEOA 2CCRA 1C7TA 3FHQA 4QCFA 2ZXBA 4EAMA 2DT1A 1CXKA 1WDRA 2WAGA 4JKMA 2YL5A 2J78A 2WVUA 2VVSA 3OLDA 4HA3A 1HKKA 3N13A 2V38A 1JFXA 1V3IA 1D3CA 2W63A 1J11A 1Y7VA 3VM7A 1W1VA 4RE2A 1L0PA 2JEQA 1TVNA 3K46A 2XWEA 3AQUA 1EH9A 2X2YA 1B0IA 4ZXOA 5A8NA 2WVVA 2EPKX 1V0LA 3WY1A 1Q6DA 4KWUA 1V3MA 1E71M 2VL4A 4OOUA 4AY1A 3N1AA 2DIEA 3IJ9A 1CZ1A 2XVGA 1CENA 2GSJA 2Z1SA 1CBGA 1VRXA 2VNCA 3MUAA 2ZOXA 1FHDA 1ZL1A 2JF7A 2XIBA 1E0WA 4MNLA 1BVNP 3VMOA 3SCPA 2ZUSA 3BLPX 2CYGA 2DDXA 3TONA 4UFJA 1OM0A 2XGBA 3TTQA 4HOWA 1BGAA 1ITCA 4BQ4A 2ZXQA 3GXDA 4W89A 2J8FA 1B2YA 1PZ3A 4AZHA 5D9MA 3DYPA 1LLOA 1DTUA 3W82A 3BAJA 2Y8VA 1ZJBA 3EDFA 3F5LA 3MKKA 4U3CA 4RE4A 3PHAA 1H0IA 4AEEA 4KRTA 4D6FA 2QPSA 1JD7A 3FXYA 2WC3A 2BXYA 7TAAA 5D8ZA 3VD5A 1RD6A 2VX5A 4L4OA 3CIVA 1PZ2A 1N82A 1C8QA 2BVTA 1JDAA 1X6NA 3WQ6A 4PEEA 1JI1A 4X0VA 3CUFA 1EO5A 3N15A 1K6AA 4FLRA 2V5CA 1GQIA 2X1IA 1RP8A 4QP0A 4QFUA 2FHBA 1E6PA 4F79A 1PIGA 3BAXA 3K4DA 5AC5A 4IPLA 4QDMA 2G41A 4JHZA 1UWSA 2E0PA 5A6JA 2XIIA 1KWKA 1J0JA 4LPCA 1UZ1A 1EOMA 5I2UA 4OIFA 1HP4A 1JZ3A 1E15A 4YHGA 4GI6A 1UD4A 3FNDA 2Y2WA 1EDQA 3POHA 1VFOA 1DWJM 2ZXDA 2BY0A 3WUFA 4UQ9A 5BWFA 1US2A 4C7FA 3CZJA 2CNCA 5ABFA 4PTVA 1CIUA 4CD8A 3L4UA 1KB3A 3VO0A 4AXNA 1J18A 1OGGA 1W1TA 3D5HA 3VINA 2FHCA 4J7RA 2ZE0A 5A6KA 2PWHA 2JIEA 2CESA 3ARTA 2YL8A 2XG9A 1CWYA 1UKPA 2ZX9A 4NI3A 5I23A 2ZX6A 2YL9A 2DGAA 4U31A 5M5DA 4FLSA 4W85A 3NUKA 1VEOA 4LYRA 1FP9A 2XFYA 3SUTA 3WSUA 5CSYA 3RJYA 2OYMA 3WBAA 1R7AA 2BY2A 1P6WA 3CUIA 4OBSA 2YA1A 3A6OA 3AIEA 3WH9A 2BY3A 3WDRA 4ACZB 2WZHA 4GO9A 3GDBA 1VJSA 3WF4A 2UY2A 5HBFA 3ZT7A 3T09A 3QHOA 1ZU8A 1FA2A 2C7FA 2XFFA 1XRVA 1MYRA 4TVDA 5A2AA 3EMZA 5A94A 5DMYA 3A4AA 2RGLA 2WLZA 4ZE5A 1I1WA 2VR4A 1AQ0A 1V0KA 2GK1A 4HA1A 8CGTA 2D0HA 2J47A 4HTYA 2QPUA 3ALFA 5E6YA 3CMJA 2ZUUA 2PWGA 3AS1A 1UA3A 2CERA 3RMEA 1W1PA 1OGBA 4CVUA 1R85A 1AQMA 4IM4A 1MWOA 4AISA 4OKDA 3IJ8A 3ZJKA 5D4YA 3WQWA 1C91A 3O6AA 1UKTA 3ZO9A 3BAWA 2VCAA 4LYQA 1NWTA 3PZGA 1ZBKA 1H4PA 2UWFA 2G3IA 3PZUA 3CZ8A 3ZIZA 1KXQA 2VCBA 2CKRA 5IHRA 3ARXA 3VDHA 4JKLA 1CPUA 2VRJA 2NT0A 2XVPA 1R8LA 4JIEA 2DEPA 3A4XA 1GOQA 3MUY1 4TUFA 5A8OA 2EEXA 1B3WA 2BS9A 1C8XA 1MXDA 1OIMA 3BAIA 2J4GA 4CD7A 4P8UA 3A4WA 3KZSA 2PWFA 3W81A 3TTOA 1Q6FA 1LG1A 3WN6A 3DC0A 1KGUA 4AZCB 4S3KA 1UR4A 1JXJA 2VJXA 4OJYA 4UFIA 1V03A 1VBRA 3VX0A 1LWJA 1W9DM 4B9YA 5C8BB 3WD3A 3GNPA 2XVKA 4JCLA 1JYWA 5CSUA 1HJVA 5D9OA 4MADA 2XSAA 4J3WA 3WF2A 1CECA 1XCWA 1BPLB 3W53A 2ZXAA 1E40A 4K68A 3AYSA 4FMVA 1GOMA 4UFLA 5JIPA 3D3AA 4B15A 1QW9A 4P8VA 3ARZA 5IDIA 1QHPA 3RPMA 4W93A 3BLKA 1A3HA 4UOQA 4J28A 2JIWA 2AMGA 3VDBA 4QCEA 4GZEA 4JAWA 1LWHA 1H49A 4P7OA 1QW8A 3WBEA 3N17A 1B3VA 3WQ5A 2VOTA 4AZGA 1BG4A 3WKZA 3PTKA 1KWGA 2DPEA 4CU8A 3A47A 4FLOA 3N04A 7A3HA 1Q6GA 4D6HA 5ABEA 1J01A 2XGIA 1H09A 2VUYA 4AD4A 4GINA 1M53A 3RO8A 4HP5A 1YHTA 2VZTA 1JZ7A 1JYVA 4J3UA 1JD9A 1CGXA 1K9DA 5A1AA 3GH5A 2D3LA 2VRKA 4HPHA 1BGGA 1VIWA 2PBGA 2CEQA 3LPFA 1UZ4A 2JE8A 2IXUA 1ISZA 4H2CA 2VZUA 1V6UA 2C0HA 5LA2A 4CD4A 2VR5A 1CLVA 3SEPA 2E9BA 5DT5A 3L4WA 4UZSA 3VUPA 3F5KA 5JH8A 3W27A 4WSJA 1ITXA 1GOWA 1UR8A 4YHEA 4F8XA 1CLXA 1VBUA 4W7VA 1XSKA 4PN2A 4Z2IA 3SUVA 2GUYA 4X9YA 2VO5A 3PZNA 3VD4A 3L4VA 4PTXA 2DSKA 2CBIA 4P7RA 1CGYA 2QMKA 1GJUA 1PEZA 1HJXA 3T0BA 2D22A 1JAKA 1UWIA 2AOSA 1XCXA 1KBBA 3K8LA 1W91A 4WJXA 4Z2HA 3ZR6A 3SCNA 3SCOA 1QHZA 2W92A 2OSWA 3WNMA 3DYMA 4V2XA 3F4VA 1PX3A 1GOOA 5ECUA 1FP8A 4W8LA 5JUVA 3AMGA 3NYDA 1XH2A 4AEFA 5CPQA 4PMNA 2W5FA 4UNIA 1JIBA 1QPKA 2DT0A 1ISVA 1ESWA 4NRSA 3SURA 3CZLA 1JZ2A 3AIVA 2HISA 2CKSA 2UY4A 5HDRA 1FH8A 1EA9C 3E1F1 1PX4A 1FH7A 1TZ7A 2BFGA 1WNOA 4DWSB 1DEDA 4W5ZA 1QOXA 1WZLA 3K8KA 4Z2KA 4W84A 3IAQA 3WMCA 4XZWA 4CN6A 3U57A 4C7GA 4JFWA 4V27A 1XSIA 5A8PA 2NT1A 1CGUA 3VIPA 2VVNA 4Z2GA 1V08A 3CUJA 1NOFA 3VD7A 1QI0A 1UQYA 1XD1A 3EDKA 1QNRA 4PMRA 3UCQA 1VFMA 1RPKA 1CDGA 1QNQA 1KQYA 4U2YA 3LPGA 5EBAA 3W26A 3N12A 3OBAA 3SCTA 2WB5A 3WH6A 4H8VA 1WDQA 4MAVA 1VEPA 4JZ5A 4OBRA 2DT2A 4ATDA 3HJEA 3WEZA 1NP2A 5E9AA 1JF5A 2WMJA 1V6VA 4W87A 2JEPA 1SYTA 5CGTA 1UWQA 1XHGA 3DECA 5E6ZA 1BYDA 3PN8A 4MB5A 2WHJA 1VEMA 2OWCA 3W37A 5TD4A 5GQBA 3L4YA 3VU2A 1O6IA 1EHAA 4D6JA 1HKJA 2W4XA 2QF8A 3G6MA 5AY7A 1ZB5A 2YKKA 4BQ2A 3LPOA 3CMGA 2YLLA 1GQLA 4Q7NA 4B3KA 2Y24A 2E9LA 3EYPA 3IANA 1J0ZA 3GM8A 1W3KA 1V0NA 1EOKA 4UFHA 3MANA 4N42A 6A3HA 1MQQA 5I0DA 3VGEA 2EJ1A 4J3XA 2FGZA 3MUZ1 1HIZA 2PC8A 3BAKA 1TVPA 2J74A 3SCVA 1QI3A 2GJXB 3AZSA 3AI0A 4WLCA 1V6WA 4E8CA 1JL8A 1UG6A 4HOXA 4CGTA 3L2MA 1H2JA 3WDIA 2D24A 2WYSA 2XTKA 1OGSA 1OSEA 3CUGA 3VX1A 2PBOA 1V02E 1EDTA 4GZIA 2G4FA 3BXWA 4QLLA 3A3HA 2WVSA 3GXFA 1FHLA 2CIPA 1M04A 1W3JA 2W67A 4TVUA 3PBGA 2A3AA 5D9NA 2DSUA 3WNLA 3MUIA 5CJ5A 1TE1A 3TA9A 2G3NA 3ZR5A 4BF7A 1JI2A 4MB1A 4HPGA 4M82A 1J0KA 2J25A 2QMJA 1ZJAA 1WP6A 1GZJA 4N0RA 4D6CA 1BYBA 2YL6A 1KCKA 5A6AA 2VZSA 1OT2A 3IAPA 3KWXA 3MS8A 4AD3A 2BHUA 1V6YA 1RH9A 3FN9A 2YBTA 1YQ2A 2EPLX 4UOZA 2EO7A 1W2VA 1TCMA 1JFHA 2E8ZA 5JBFA 3NSNA 3FW6A 2PF0A 2BHZA 3UR7A 4HOZA 3SCQA 1B1YA 4EK7A 4U5IA 3UG3A 2YA2A 4JFVA 4W7WA 4HMEA 3W6MA 4EE9A 2WBGA 1U30A 1KQZA 3SUSA 1Q6EA 3PZOA 3WD2A 3OA5A 4AIUA 3RILA 4RE3A 5KZ6A 1J0YA 4CCEA 3ZMRA 2GDVA 4H7VA 1TMQA 1E55A 4AWEA 1UD5A 3VIOA 4CU6A 4PMVA 3O2LA 3I3BA 3SCUA 1RP9A 5A2CA 3CHEA 2D0GA 2O9OA 3GNOA 3CZEA 3U5YA 3PTMA 4UQEA 2FDMA 3VGFA 4AMCA 1GQJA 3WDPP 1QBBA 2BVYA 1NOUA 1BTCA 5A6SA 3J7HA 1LL6A 1TUXA 2WCGA 3WFZA 1GJWA 2F2HA 3CZGA 4M1RA 1CGTA 1JF6A 4EKJA 4ACZA 3NSXA 1EIBA 1UR9A 2V5DA 1GONA 1TFVA 1GUVA 4WIWA 1E56A 1E1EA 4W8BA 5FCZA 3BMWA 3WD4A 4PYSA 5LA1A 3EMCA 1G9HA 1E43A 2WMFA 3UG5A 3ARSA 3AIQA 1UH3A 4TVCA 4NF7A 3BCFA 2ZICA 5I3DA 1ISXA 1CXFA 1U2YA 4U5KA 1NOWA 1FFRA 5JBDA 5IFPA 4ATLA 4MTVA 3ZJ6A 3HN3A 5CZKA 4QLJA 2DH3A 1SMAA 3GXIA 4A4AA 2E40A 4U2ZA 1UHVA 5F7UA 2WC4A 4AYSA 5JIWA 1BAGA 3QOKA 1KR0A 2OSYA 1O7AA 3VIGA 4MAZA 1F4AA 3WNNA 4GQRA 3TTYA 2D1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1PIF A;  1SR0 A;  1LL4 A;  3T0A A;  1NM9 A;  4ZFM A;  1WE5 A;  3PTQ A;  1WB0 A;  3VGB A;  2PWD A;  3QR3 A;  1B31 A;  4WK9 A;  1JZ8 A;  2O92 A;  3K1D A;  3WEN A;  1KGX A;  1IT0 A;  4J3V A;  3UER A;  3CO4 A;  3WEO A;  2WSK A;  4D72 A;  3DHP A;  2EPM X;  1CXH A;  1UUQ A;  4KRU A;  4UTF A;  1EGZ A;  1SFS A;  3SUW A;  5DT7 A;  1CGW A;  4M56 A;  3WNP A;  1GOI A;  3AIU A;  4HZ6 A;  2ESC A;  4F9D A;  2NW0 A;  3T2Q A;  1X6L A;  3VVG A;  5DFA A;  4PSP A;  1DWF M;  3AML A;  2YLA A;  4W7U A;  5CPS A;  3RDK A;  4D6G A;  1TA3 B;  3WDJ A;  1WDP A;  2YDQ A;  1XGZ A;  2DSV A;  4MNJ A;  1E70 M;  4MJ2 A;  1HVQ A;  4M8U A;  4PUE A;  5CG0 A;  4PCT A;  2WZE A;  2VZV A;  2V3F A;  4PTW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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