2YXGA

Crystal structure of dihyrodipicolinate synthase (dapa)
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
289
structure length
289
Chain Sequence
MFKGVYPAIITPFKNKEVDFDGLEENINFLIENGVSGIVAVGTTGESPTLSHEEHKKVIEKVVDVVNGRVQVIAGAGSNCTEEAIELSVFAEDVGADAVLSITPYYNKPTQEGLRKHFGKVAESINLPIVLYNVPSRTAVNLEPKTVKLLAEEYSNISAVKEANPNLSQVSELIHDAKITVLSGNDELTLPIIALGGKGVISVVANIVPKEFVEMVNYALEGDFEKAREIHYKLFPLMKAMFIETNPIPVKTALNMMGRPAGELRLPLCEMSEEHKKILENVLKDLGLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title Structure of dihydrodipicolinate synthase from Methanocaldococcus jannaschii.
pubmed doi rcsb
source organism Methanocaldococcus jannaschii dsm 2661
total genus 107
structure length 289
sequence length 289
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2007-04-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yxgA00
3BGGA 2A7NA 1OYBA 2H90A 2Z1BA 4O0ZA 4O1AA 4HNTA 4K37A 4LVDA 3W7MA 3E12A 3GXTA 4N4QA 1PCKA 1SO5A 3C3NA 2NX9A 2EF9A 1FDZA 4LS2A 1TB3A 4UIOA 3KX6A 2VOMA 4FHAA 1EB3A 2Y88A 1C8VA 4DO4A 2E6AA 3ATZA 3F1QA 1HG3A 5HWMA 4UMCA 3BK0A 3OHIA 3PG9A 2H3BA 4P61A 2VEIA 3SZ8A 5DXYA 3W22A 4HPJA 5DCBA 1SZGA 5TBOA 4QJ1A 2ZRXA 1B4EA 3GNNA 1LBMA 2V30A 3LI0A 4AAJA 3CEPA 3TV8A 1SQ7A 3KRSA 4Q4KA 1PIIA 1QPOA 3W1NA 3HGJA 1W54A 4UTTA 4AMAA 3HPZA 4IOTA 1BWKA 5E1QA 2PE4A 5I3HA 1KFEA 4YCOA 2O7QA 3IGUA 2QAPA 1LOSA 2AAMA 4PA8A 1GG1A 2TSYA 4GC4A 1K8ZA 1QFEA 1KTCA 4KFPA 1X7FA 4UFLA 1TTPA 2YW4A 3FOKA 1ICPA 3R13A 1LZOA 2JGQA 2GPTA 1B57A 3NQGA 3W1UA 5G5IA 4O50A 1KTBA 5CPMA 1AW1A 2A1YA 3W72A 1QO5A 2QUTA 1RVGA 3O05A 2P10A 1ME8A 4IXHA 5D02A 1ZNNA 1W5OA 3M16A 1VJIA 1W5MA 1IXNA 1H7NA 5DLCA 3W1PA 2DJLA 3C8FA 1B4KA 1UUMA 4KWWA 4WX2A 3GVGA 3Q2DA 4NJJA 5FEWA 4UTWA 3FKRA 1OF8A 4OU1A 1OFPA 3P74A 1Z44A 5CSRA 1H1ZA 4IX2A 3LHUA 3R8RA 2DZSA 3N73A 4ML9A 4N2YA 4KFNA 4R7JA 1XUUA 2GQ9A 1Q3NA 2YCEA 2VFIA 4DPQA 3G1YA 3KVKA 5CGQA 1TSIA 3U8GA 1LOQA 4DXVA 3C2OA 4E0CA 3PBWA 1C9DA 3G1XA 4O17A 4WY0A 4HNNA 3RMJA 2WQPA 3MYPA 4UXDA 3EX2A 2A6NA 1RPXA 4FNTA 4H6KA 3I7RA 5F2IA 1TPUA 3GKFA 4ZQMA 3ZFHA 3TUUA 3RLUA 1TO3A 4MFDA 1XL9A 5C55A 3WJXA 2CLOA 3KRZA 1OFEA 2YXGA 3GXPA 4IX0A 5TIMA 2ZZ7A 2J24A 4MIMA 3LHYA 3ZS4A 4O52A 4LV4A 3W85A 4GUHA 1S5WA 1TQXA 1JCJA 4FIQA 2E77A 3SI9A 1MXSA 4YLWA 2WOQA 3T4CA 3M9YA 1R47A 2PURA 5DXXA 3K30A 2VEKA 1XBXA 5KINA 2CLIA 4JX4A 1L6WA 4MOZA 1KW1A 4PL1A 1I2QA 1O60A 3RFAA 4DPPA 5TQLA 2QCMA 3BW4A 3G0UA 2BZNA 3N2XA 5F1UA 1HO4A 3QFEA 1NVMA 3G18A 1SUXA 4FX8A 4LVFA 3SW6A 1QPQA 2EGZA 3SFKA 1GOXA 2ZZ4A 2Y7FA 1JCNA 3CU2A 1EX5A 3KXQA 3P81A 1EWDA 5K9CA 1TPDA 1K3UA 3W7DA 2G95A 1DVJA 1FWTA 4PODA 3GR7A 3NXFA 4RKAA 3HG3A 1DKWA 3IRDA 1K7EA 3M5XA 1VLIA 2NX3A 4MZYA 2G96A 4L4LA 4IXXA 4U4MA 3PC0A 5AHLA 3EXTA 1OF6A 4NX0A 4UC5A 3TW6A 1A5BA 1YDVA 5CKSA 1Z48A 1YTKA 4Y9AA 3FIGA 4WUIA 1GPWA 3E49A 1G4EA 3TJLA 4WQ6A 2YW3A 5AOUA 1RV8A 4PL2A 1DJNA 1FXQA 2W79A 1OX4B 4JDBA 5IBXC 3LCLA 2ZCGA 3D0CA 1HO1A 3FYOA 1CX9A 3SIZA 3TJXA 1O5XA 2CLEA 3L67A 3HGSA 1VC4A 5F4SA 1A5SA 2A2IA 4UTMA 5DBUA 3W86A 1VHCA 1V7YA 3I68A 3KOFA 4ZQRA 1ICSA 4Z0JA 2VEMA 5DCEA 1UCWA 3P5YA 3PY2A 4UTIA 3TU9A 1IXQA 2C6QA 2PCQA 2O7SA 4AF0B 3EKZA 1VHNA 1EP3A 1ZHAA 3TDFA 1FCVA 3TMLA 3CC1A 1I2NA 2I1OA 1Q6LA 4TO8A 4E2DA 2GQAA 4K36A 3W2UA 5FF0A 4HT3A 5D2XA 3NZRA 4N02A 3BG9A 1H1YA 4G1KA 3STCA 2WO5A 4HNVA 5BMXA 3W71A 3NQAA 2VENA 3DU0A 3C2VA 1OYCA 1TYGA 3PB2A 1PVNA 5CZSA 1BEUA 4PCFA 3EB2A 3S42A 1H7WA 5DY3A 3W1MA 5KTLA 2ZFAA 3O16A 3NQ8A 4JNMA 4LY8A 1MO0A 3G3MA 4AWSA 1H7OA 2CLHA 4CCEA 4JN6A 3JR2A 2NWSA 3GYEA 4N9EA 2GQ8A 3SECA 3OVRA 1O94A 1KM0A 3DFPA 2RKXA 3T7VA 4OT7A 3W7IA 3C2EA 5J5DA 2RFGA 4QIUA 2DZTA 3SR7A 3L5AA 4O1CA 3FLUA 1AL8A 1ZCOA 4MY8A 3EX3A 3TIMA 1W1ZA 2WJZA 3IVTA 3GX9A 1TTJA 2E09A 2CLLA 2Z6IA 5CZJA 1FWRA 4ICNA 4CQ8A 2V5BA 2WSRA 3HGRA 3USBA 1JRBA 2JKEA 3C6CA 3S1UA 5FF3A 1WAUA 4HSNA 1XXXA 4UFKA 2GJLA 2ZTJA 4M5PA 4LC6A 1D9EA 1BTMA 4O0KA 1WX0A 3TKFA 2RDTA 1G4PA 2VFGA 3B0UX 1PL9A 3NQEA 2AQWA 2Z6JA 5EBUA 4QQ3A 1O4UA 3W2NA 1VYSX 5F4WA 1VCGA 5KZEA 4S1FA 3QSRA 1KM1A 2OT1A 3EXSA 3QW4B 4PFMA 1ZFJA 3DKJA 4ZVJA 3HJZA 1ICQA 1JULA 2RHGA 2TRSA 3KAOA 3FYPA 2ZDRA 3CB8A 3A5VA 2EKCA 1DQXA 3NAVA 2X1RA 3UWZA 3MHUA 4WXZA 2E6DA 1YTDA 3EWBX 2ISSA 4LUIA 1M7PA 5CPOA 3NPXA 4K39A 3T55A 3NVTA 3KFTA 3SJ3A 2J6XA 2C19A 4JTLA 3DHFA 1I2RA 4K8HA 1ZALA 1YYAA 3L9CA 2HTMA 3GR8A 4JTJA 3G1VA 3UZJA 1IGSA 3L65A 3TX9A 4AEOA 1H7RA 3E0IA 3EWWA 1W5NA 6ALDA 4LC8A 3PBVA 1L2UA 3KRUA 2QDGA 4TX9A 2C13A 1JUKA 3L2IA 4LUJA 4UFJA 3W7OA 5HR6A 2C1HA 1ALDA 1NF0A 4MFEA 2PRLA 2A7RA 4NVTA 5CZTA 1A5AA 4XBKA 1N7KA 4QNEA 5LNUA 3G1SA 4NNCA 5D37A 2ATSA 4EOUA 4AWTA 3TNOA 5KZDA 1QPRA 3NOEA 2DU2A 2H3DA 3FKKA 1YADA 1OFAA 3LCXA 4JIQA 5HQEA 3SSJA 2I14A 4H4IA 4DEFA 4FX7A 3TR2A 3TE9A 3UWWA 1M5WA 2ZZ1A 4MJMA 2QCEA 4O10A 3RLVA 1KBIA 1WYIA 5AC6A 1F2JA 1EP1A 3W7GA 3G0SA 2IQTA 3QMSA 1TRIA 3SGUA 5ABTA 1RZMA 1KM2A 2DZWA 1S3HA 4UTKA 4GUJA 3M5VA 3NM1A 4A21A 3P7YA 5EPDA 2V2DA 4IPIA 4LOCA 4UMBA 4ZZ9A 2WSQA 3C2FA 4MLRA 1KFLA 3JRKA 2ZA3A 3O6YX 5I3FA 1RQBA 3LX9A 1JJKA 3ATYA 3LOTA 3W3OA 5GVJA 3HPSA 1GTHA 1X1OA 5EYWA 1W3TA 4K8EA 4Y90A 4O28A 1XKYA 4AVFA 2W6RA 3T40A 1S5TA 3GDTA 1B3OA 3TFXA 4E38A 1Y0EA 1MZHA 3FFSA 1F76A 1TPWA 4PC8A 4BR1A 4YWIA 4JXCA 5HUOA 3MHGA 1XM3A 3CIXA 4AHPA 4JYEA 3S5ZA 3VCRA 4N4PA 2RDUA 1Z41A 2R91A 3BPWA 3TXZA 4IMGA 2A6LA 4K38A 3LHVA 2EHHA 5BW6A 1XI3A 3G24A 1X6UA 3EKLA 3G8RA 3P8JA 4FXSA 2CZEA 4ADTA 3UQNA 3V1PA 1I4NA 3UWVA 3C56A 1AK5A 1YDOA 3MHFA 3W23A 3NDOA 3R89A 3HQ1A 3M7WA 1GVRA 4AXKA 4UTHA 2J9ZA 5G2WA 2Y85A 3MYOA 3EWZA 4JTEA 3I6RA 4NZFA 2ABBA 5G2IA 2QUUA 1LTDA 2XN0A 4WJEA 3QF0A 3GK0A 3Q37A 1IF2A 4FEZA 2E5DA 1QCWA 3W7CA 4IQLA 3ABQA 2G97A 4XTIA 2R94A 2V82A 4QSHA 5D03A 2JBMA 2QJHA 3TK7A 1G7VA 4X3ZA 3N9SA 3WJWA 1FDYA 4TR9A 3QM3A 2FLIA 3W1AA 2B7OA 1XBVA 1FBAA 1SZFA 1DOSA 3M0ZA 1L6SA 3R5EA 3NQCA 1L6YA 5CZ0A 4QM1A 3WK1A 4IWWA 1PS9A 3N19B 1YXDA 2A0NA 5D2YA 3TC7A 5HR7A 2J9XA 5D05A 3LBCA 3LLFA 5LNWA 1GQNA 1K7XA 2RDWA 3S1WA 2VEPA 3EX6A 4EVZA 1GVOA 1WBHA 1XBYA 1A50A 3HG5A 3PBYA 3UPWA 3HIJA 2HS6A 3H53A 4WOQA 3GAKA 4XWUA 4Y96A 3NPUA 4CCDA 3U6WA 4M7TA 1FUYA 3LXAA 2NUWA 1OFQA 5AFDA 3F03K 3B0VC 5T26A 3TFCA 4GRSA 3OIXA 1OX6A 2R8WA 1ZY9A 3F4WA 5HINA 5AHMA 1KA9F 3VE7A 1VGAA 4HN4A 4CQAA 3MUXA 2NXIA 4IPJA 1WA3A 1WQ5A 1G4SA 5FI8A 3P8IA 5HJLA 1OHLA 1VS1A 4UFMA 4E2BA 1H7XA 3M41A 3PULA 5DY2A 3EXRA 3LRMA 2ZBTA 2TMDA 4MKNA 3Q94A 4OHQA 3LDVA 1THFD 3E9AA 3CHVA 3C52A 3LCWA 1TMHA 5KZMA 2QCDA 3UNDA 3MW7A 5KITA 4RJEA 4KFOA 1IIGA 3P5ZA 3TA6A 4FX6M 3PUOA 2CZFA 3S8HA 3RK8A 1XFBA 1RQHA 2H8ZA 4O57A 3O06A 1TPEA 2ZRWA 1G69A 3QQ1A 2CZ5A 2GVGA 4N6FA 3OVQA 2QCNA 4MYAA 4ADUA 1DORA 2B7PA 3HGOA 4OV4A 1DL3A 1XDMA 2Y7DA 5LGZA 2X1TA 3UY7A 1JUBA 4OWGA 1RD5A 2W0UA 1SW7A 1XBZA 4M7SA 3V75A 3MWAA 2X1UA 5D38A 5G4EA 2R14A 1PCWA 1P1XA 2NX1A 4CCCA 3BO9A 2C16A 2YPIA 2FPYA 2OZ0A 2GJNA 2NWRA 4FXRA 2Y89A 4K7YA 5C5YA 3NQ7A 3PB0A 3LB0A 4LRTA 3IIZA 3NZ1A 4LT9A 1LRTA 5F2MA 2FDSA 2CU0A 2DZPA 2E68A 1UUOA 3G1AA 2CLKA 2BLEA 3VFLA 3LGEA 5HNRA 1LDCA 3NQFA 3NM3A 1WOBA 4A2SA 2C15A 1H60A 3WK2A 2YFOA 2E5BA 4YXGA 3G1DA 1XCFA 4RX0A 1MEIA 1J2WA 3M5YA 2QCHA 5U4NA 4CNOA 1I2PA 5A5WA 3DXIA 1FWSA 2ZTKA 2ALDA 3I7SA 2ZA2A 5FEXA 3B8DA 1SO6A 3ABRA 1RQEA 4MZ1A 4UTTC 3W7QA 4UTJA 5I3JA 5KSWA 2VFEA 3IIXA 1GVQA 1K7FA 4LVBA 3MJYA 1KV5A 5J5RA 3L0KA 1UB3A 1KM4A 3EWYA 3B4UA 1QR7A 2NV2A 1TV5A 3QZEA 3LHTA 4LW7A 4XBSA 3A9IA 3L68A 1TJPA 1A53A 1SFJA 1LCOA 2NXGA 1AG1O 3ABOA 4OV9A 5H91A 1A5CA 3W2KA 4HIBA 1SSDA 5HWJA 3P61A 1SPQA 3NQ2A 4GUIA 3W88A 5LKYA 1TREA 4DF1A 4R53A 2FIQA 5HMSA 3TXVA 5IM51 3WK0A 5AYXA 3BW2A 3LTSA 3KVLA 3MI2A 5KMYA 4JTGA 3L66A 4ADSA 4O18A 5HWNA 3STEA 2Q8LA 1OX5A 2VELA 4NZJA 4Z1AA 4BK9A 1KFJA 4O13A 3IIVA 1F73A 1UJPA 4Z1CA 4S2BA 1H63A 1SZEA 3EX1A 5AHNA 4KKXA 3DENA 4UTWC 1DJQA 2E1DA 2NXHA 3A24A 4ZMGA 3LHWA 4OGZA 3NEVA 4JY9A 3MP4A 3NA8A 1FCBA 1SSGA 2FQIA 2TPSA 4JYDA 3W6YA 1JVNA 3QW3A 1ME9A 3TSDA 4BWLA 2QDHA 3DZ1A 3IVSA 5L6UA 3H54A 4GXMA 3E02A 4A2RA 1LLZA 2WNQA 2OX1A 1GWJA 1FCUA 2VFHA 1AW5A 3QPZA 3ANYA 1KM5A 2ABAA 5MHBA 1SFLA 4RZ6A 1OFRA 3KVJA 1N8FA 3C2RA 3S5OA 4JGDA 5I3KA 3G1HA 2VXNA 3BGJA 3P67A 3NQVA 1ADOA 2RH9A 3P82A 1VYPX 4WY0B 5CPNA 3DI0A 5AC8A 4NNAA 2OMAA 2QKFA 3HF3A 1FWWA 5K4ZA 4AWUA 1ML1A 4FNRA 3OEXA 3W75A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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