5GNZ | Genus

Total Genus 182

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	182
sequence length	448
structure length	448
Chain Sequence	RSYRFPEGFLWGAATAAYQIEGSSMADGAGESIWDRFSHTPGNMKDGDTGDVACDHYNRWREDIELMKRLNLQAYRFSVSWSRVIPQGRGAINPKGLAFYDRLVDGLLEAGIEPLATLYHWDLPAALDDRGGWLNPDIADWFADYGQVLFEKFKGRVKTWGTINEPWCIVDGGYLHGALAPGHRSAYEAVIAGHNVLRAHGAAVRRFREVGEGQIGIVLNIEPKYPASDKPEDEAARRRAEAQMNRWFLDPLMGRGYPEELTDVYGAAWREFPKEDFELIAEPTDWMGLNWYTRAVPENAPDAWPTRSRPVRQTQHAHTETGWEVYPPALTDTLVWLSEQTGGKLPLMVTENGSAWYDPPHAIDGRIHDPMRVHYLQTHIKALHDAIGKGVDLRGYMVWSLLDNLEWSLGYSKRFGIVHVNFATQERTIKDSGLFYAEVIKTHGDVLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
molecule keywords	Beta-glucosidase
publication title	Structures of a glucose-tolerant beta-glucosidase provide insights into its mechanism. pubmed doi rcsb
source organism	Metagenome
total genus	182
structure length	448
sequence length	448
chains with identical sequence	B, C, D, H, I, J, K
ec nomenclature	ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date	2016-07-25

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5gnzA00

1B90A 1UKQA 2QHAA 4IUGA 4UFLA 5I6SA 1HKMA 1RP9A 4ACYA 5F7UA 1E5JA 3WEMA 1PBGA 1EGZA 4TTUA 4BCEA 1M01A 3TP4A 1HNYA 5LA0A 4J3VA 2J47A 5JBFA 1VFOA 2DT0A 4F8XA 2PC8A 3NSNA 2O9TA 4CCCA 4W8LA 2GJRA 3WDHA 2CXGA 4DUVA 3RM9A 1KQZA 4E2OA 1UH2A 1QVBA 2HVMA 1B3VA 3ZJKA 5EFDA 1DWHM 3D5HA 3OG2A 2WNWA 5AC5A 4EAMA 3VINA 1GQIA 4D6FA 2E9MA 1WKYA 2BHZA 5A2CA 1MXGA 4M29A 3POCA 1TVNA 2CCRA 3WFZA 1VJSA 1BTCA 1J0YA 2WSKA 4B16A 3RCNA 1J11A 3BAWA 2XIIA 1G0CA 4BS0A 1V0NA 1ZBVA 5A8MA 4PMYA 1K9FA 2X05A 4GZEA 2CHOA 1QHOA 1V08A 2WC4A 1UD8A 4CU8A 2CKRA 3CLWA 2E8YA 3VD4A 1PIFA 3VIOA 4CD7A 3WD1A 1R86A 3WUEA 1HXJA 2CBUA 4D71A 3CZEA 4QCEA 5CLWA 1B3XA 2G41A 1VIWA 3ARVA 2C7FA 1OINA 2J62A 3ARXA 2NW0A 3WNMA 3FHAA 1JF5A 3O6AA 3WQVA 1SR0A 2OYLA 5DFAA 4W87A 1UKPA 3SCWA 5CGMA 3CHCA 2QF8A 4RE2A 4CU7A 1JAKA 1W9VA 4CD8A 3CUHA 2WMJA 1J0ZA 1WZKA 1VFFA 3GBDA 3VNZA 5KZ6A 4XB3A 3VIJA 3AIVA 2WKLA 1Q6DA 4WKFA 2DT1A 2GSJA 3QOKA 1ZU8A 2VQUA 3AHZA 2VQTA 2J75A 5GQBA 3AJ7A 2UY5A 3UR7A 2YLAA 5CSYA 1BQCA 1WDRA 1JXJA 4KRTA 5CPTA 2VRKA 3BMWA 4CVWA 2QMKA 4C7DA 1VFMA 1KXTA 1WDPA 1VEOA 1HL8A 1DEDA 2ZE0A 2XPKA 1ISYA 1C8XA 2UY2A 3THDA 5EBAA 4WF7A 3OB8A 1TVPA 3WNNA 3AZRA 1CBGA 1E4NA 2A3AA 3HN3A 4TUFA 1BYBA 2WXDM 3T0BA 3DYOA 4XX6A 1W1PA 3AIBA 5M17A 1GOMA 3SUTA 2W67A 2OYKA 2ZXDA 1R7OA 3A4WA 1B2YA 1BYAA 4CN4A 3FAXA 4BF7A 1XH1A 4BA0A 1NP2A 4ZXOA 2BXYA 1WDQA 2WHLA 1JZ4A 1BGAA 1HF6A 4BZYA 1KGWA 2ZUNA 1B3WA 3VOCA 1TZ7A 2D0GA 3SUVA 1Q6FA 1P6WA 1PX3A 4Z2HA 4PMZA 1PZ3A 2V3EA 1HL9A 1WZAA 1W9BM 2VZSA 4W93A 4D6JA 1B3ZA 2WHMA 1WP6A 3CUGA 1CPUA 4JAWA 3WF2A 3WDRA 4BQ2A 3ZR5A 4UQEA 2VX6A 1E3XA 2DSWA 3SIMA 3AMCA 3QOMA 4P8VA 5A3HA 3ZSSA 2VCBA 2WVSA 2VCAA 4JFWA 2VTFA 2JFEX 5E0FA 4CN1A 1K9DA 2Y24A 4MJ4A 1PJ9A 3POHA 2VOTA 3MMUA 1UR1A 4UR9A 3L4WA 3PZOA 2BFGA 2CEQA 4Q22A 2JALA 2YL9A 2VZUA 3L4TA 5AYIA 4Y7EA 1DWIM 3RO8A 3PTQA 3MU7A 1CIUA 2GFTA 2AAAA 5DO8A 2GJXB 1BYDA 3AQUA 1GW1A 4PTMA 1C92A 3ARTA 3L4ZA 4UOZA 4UOQA 4V27A 1R7AA 3GNPA 4M80A 3AMGA 3N1AA 3BC9A 2BV9A 3AIQA 2WCSA 3ALFA 3PTMA 2J7HA 4MNKA 4GXPA 1HN1A 1GOQA 1H41A 2DH2A 3HMCA 1M03A 4GZJA 2E0PA 2YDQA 4PTXA 3EDKA 3LMYA 2W5FA 1GQLA 2ZICA 3TONA 3GXDA 2JF7A 1PPIA 3G6MA 4KMQA 5C71A 4IPLA 3AHVA 3U7BA 2TAAA 4X0VA 5FKYA 1HJXA 2VRQA 3UEQA 1IZKA 1MFUA 3SCOA 4PSPA 3AOFA 3MMWA 5HPCA 4M81A 3U5UA 3VM5A 3WDJA 5A8NA 1OB0A 2QPSA 3GXMA 1UG6A 3U57A 1JL8A 3THCA 5IXEA 5DEZA 1TCMA 4AZCB 1XRVA 2XFRA 2ZXAA 3W6MA 1W9XA 3KL3A 3CHDA 4ZEPA 3SCNA 4UQ9A 2X09A 3VIGA 3PZTA 5I79A 3EDDA 2BY3A 1QHPA 1GQKA 3I3DA 1TUXA 4W8AA 4IM4A 1X6LA 3EYPA 3WMBA 1EQPA 3UR8A 3VUPA 5ABGA 4Z2LA 4WJXA 1DWJM 4D1IA 1CNVA 3VVGA 4CD4A 2DIJA 1H3GA 2ZX6A 5LA2A 3L2MA 1VBRA 1ITCA 3W28A 2G3IA 3CO4A 3L4XA 1YQ2A 3WL0A 1VJZA 4PMNA 3VIPA 1Q6CA 8CGTA 3RDKA 5DT5A 1GNXA 1FFQA 3WH9A 5FL1A 3CZLA 2WPGA 3BGAA 1CGUA 1OCQA 2XGBA 3NCOA 1QW9A 2BY1A 4OOZA 3NJ3A 4UNIA 4IPNB 4MB3A 4MJ2A 4R27A 4UQBA 2CBIA 1E70M 1KGXA 1CENA 4M8UA 1UD4A 3PZNA 3AS0A 3WN6A 3GH4A 1H5VA 4L4PA 1TA3B 3AIUA 7TAAA 4AEFA 4F66A 4D6IA 3DC0A 3ZT5A 1V0LA 3WIJA 1LQ0A 1UR0A 3VO0A 3T0AA 1CXFA 3LPGA 2BY0A 1MW1A 5E09A 4A3YA 1N82A 4MB1A 2PI6A 1ZBKA 4UCFA 4M56A 3VMOA 3K4AA 4C7GA 2JF6A 4M24A 4U2ZA 3WNKA 4W85A 1U33A 4Z2IA 4J27A 2IUZA 4HZ8A 1ZB5A 4ATDA 3GXIA 2YLLA 1UR8A 1E40A 4PUEA 2WVVB 3WUBA 4D6CA 2D0FA 2EXOA 2VR4A 4GZIA 4YN5A 1JIBA 1EA9C 2QPUA 2CNCA 4MAZA 2FH8A 2EBNA 1SFSA 3AFBA 2EPOA 2Y8VA 5BXTA 4ZE4A 1JF6A 3MSDA 2G3MA 1QI4A 2GJPA 2J25A 1H09A 1J0JA 1QNOA 3APGA 3CBWA 1R8LA 2NT1A 4DM1A 3AXXA 5M3WA 4AD2A 3TOPA 3FW6A 2ZIDA 1FA2A 3BCDA 1BFNA 4AZ7A 1J0KA 1GONA 1LG2A 1UA3A 3KL5A 2VUYA 4OUEA 3PZVA 1WZLA 2WHKA 4H04A 3RM8A 1HJSA 1LG1A 4P7RA 3OBAA 3WD0A 1EOMA 6A3HA 3GXFA 3WQ6A 2XJ7A 2XM2A 4PMDA 4AZBA 3VM7A 4GQRA 4UZUA 3VMPA 1CXIA 1GOOA 1DWGM 4GI8A 2WK2A 3IAQA 3M7SA 3VGBA 4HMEA 4JHZA 4HMCA 4PCTA 1JZ2A 1V3HA 1O6IA 1MQPA 2W63A 5M5DA 3B9EA 1CYGA 4JFVA 3ARUA 4RE3A 2BS9A 4DWSA 1MW2A 2EPNA 3IJ8A 3NYDA 3B8SA 3CHFA 1X1NA 1V6XA 1WDSA 3A4XA 3DECA 1V0KA 3MV01 3RILA 3PZQA 3RMEA 1KXQA 4L4OA 3WKZA 4Q7NA 1UR9A 1EDTA 1ISXA 4QLKA 2V5CA 3RPMA 2XVLA 4FMVA 5D8ZA 4ZENA 2V38A 2X2YA 2XHYA 5BXRA 3CZGA 2G8ZA 4GI9A 3RM4A 1A47A 1QI3A 3U7VA 1ISVA 2XFFA 4F9DA 1BVZA 2E9LA 1H1NA 1CLXA 4P8UA 2GJXA 4XV0A 4J3XA 3EMCA 1FFRA 3VIHA 1VENA 3AXHA 3WF1A 3VD9A 3CHEA 1UKTA 2ZUVA 4MNMA 3M07A 5AC4A 4PMOA 3N04A 2BNJA 3N18A 1F4HA 1W3JA 2WANA 5CGTA 3WFLA 3WY1A 3WELA 3A47A 2YL8A 1I1XA 2VI0A 1ESWA 1QHZA 4E4PA 1UD5A 2G4FA 4UZSA 4U2YA 5A2AA 4W5UA 1E9LA 2EO7A 1JZ5A 4PN2A 1KBKA 4ZXLA 1E73M 3ZOAA 1OGSA 1GHSA 4U31A 1JYNA 1OWQA 4J3UA 1LWJA 2OYMA 5C8BB 3VMNA 1BLIA 1BPLB 4LYQA 4KGLA 4OJYA 2DSVA 4PMXA 4N42A 2CBJA 4AZCA 3F5LA 4NRSA 5HNNA 4DUXA 2WWCA 4HA1A 2E9BA 4D6GA 3ZT6A 1KWKA 5IFPA 2Z1KA 4P7QA 4AD4A 1PIGA 3WH5A 2PWDA 4LXFA 3G6LA 2E4TA 1OIMA 4UQAA 1C3FA 2ZXBA 4UFKA 1E5NA 2WCGA 5DT7A 4W7VA 5A94A 3TTYA 5A6BA 1OIFA 3SCSA 3K1DA 4QLLA 4UFMA 5I77A 2WMFA 3MANA 1JDCA 4YHGA 2IXUA 2DQXA 3AYSA 1NWRA 1M53A 5IDIA 1V3LA 2PWGA 2YOCA 3VIIA 4P7NA 5IFTA 2W92A 3EMZA 3MSGA 1K9EA 2VO5A 6TAAA 1E72M 1EXPA 8A3HA 3OLGA 2WBGA 1E6NA 1C7SA 4GI6A 4AIOA 2WMKA 3LPPA 2EQDA 4OIFA 3PZGA 4YHEA 4MNJA 3GYCA 3CZ8A 1ITXA 5BYWA 1CXLA 3FNDA 3TA9A 3W29A 2VT0A 4HMDA 5ABEA 2C8NA 1Q6GA 3EDFA 3WUFA 4MNLA 1PX8A 2VNCA 1V3KA 3W27A 5DMYA 1LJYA 3IANA 2XFYA 4AZHA 2OSXA 1TA3A 4MDOA 2GDVA 1BF2A 1QNSA 4HOWA 3O2LA 2O9PA 2VZTA 4K68A 3OLEA 1XH2A 3PTKA 3RJXA 3WH8A 2VCCA 1V6UA 1UWIA 2WVTA 5CZKA 2XTKA 4HPGA 2ZX8A 1MQQA 4E8CA 1E3ZA 2WHJA 2XUCA 3ZIZA 1G94A 1E56A 2WVVA 1EHAA 2FGLA 4C7FA 1JAEA 2XIBA 2WC3A 3ZR6A 3ZJ7A 4FLQA 3AISA 4DWSB 4W8BA 1KXHA 4WLCA 1B31A 3VKKA 2DPEA 4GIAA 1OT1A 2VURA 4F9JA 2VR5A 3VDHA 3T0DA 1C91A 2Y2WA 2VC9A 2JIWA 3ARSA 2MANA 3WH7A 3GM8A 1G9HA 2RGMA 1GPFA 5I78A 2DEPA 3WBEA 4B15A 2OSYA 2X0HA 2YBTA 2ESCA 3WDPP 5BROA 2W62A 3FAWA 5CPQA 4RE4A 1LF1A 1HKKA 1L8NA 1GHRA 4B3KA 1MFVA 4D6DA 1E0VA 1JD9A 1E15A 3IK2A 4H8UA 2NSXA 3RIKA 1HT6A 1XYZA 1WAWA 4MAVA 3I3EA 5GNXA 1E1EA 4UFHA 1JG9A 1FP9A 1FOBA 1UA7A 3GBEA 1NP0A 3AHXA 1ZBCA 5E6ZA 2E8ZA 3QHMA 2X1IA 2ZXQA 4CD5A 1D3CA 3MO4A 4Z2KA 3VD7A 3DHPA 4TOQA 3CUFA 1UWTA 2WB5A 5E70A 1KWGA 3FY1A 1V02A 4CN6A 1UWSA 2F2HA 3OZOA 3UG3A 4LGXA 4NRRA 2J78A 4U33A 1CWYA 1AMYA 4HU0A 4QCFA 1CGXA 1JXKA 5D9NA 1GQJA 4NI3A 2A3BA 1G01A 1C93A 4B3LA 4UQDA 1G1YA 2VMFA 2GK1B 2XYLA 3GZAA 4AW7A 1E6SM 5BXPA 1OM0A 4QDMA 1CEOA 4R5EA 5ECUA 1BSIA 1V0MA 2DSUA 2CESA 3CGTA 1EO7A 5JBDA 3WQ4A 2FHBA 2WWDA 5AYBA 3UESA 3WD2A 1J18A 4AYSA 5D9OA 2PB1A 2UY3A 1FP8A 1NWTA 4D72A 1R87A 1LWHA 1WPCA 1HVXA 2BY2A 2WC7A 1L0PA 1KR0A 5EMYA 5HDRA 1UZ4A 2RGLA 2UY4A 4UQCA 4KH2A 2FGZA 4PCSA 4PTVA 2A3HA 2W91A 4FLSA 3WL1A 3SCRA 3AZTA 2OLHA 1CZ1A 2FH6A 3AICA 3BXWA 5ABHA 1B0IA 1BVNP 2D1ZA 2ZUTA 1JFXA 4D6EA 2B31A 2AOSA 1SYTA 1JZ7A 3QR3A 1W1TA 1CXHA 2ZUUA 4S3KA 1XC6A 3BAIA 1VEPA 1GZJA 3PBGA 2V3FA 1M04A 4HZ7A 1EDQA 4J7RA 3ARQA 3T09A 4A4AA 3WF3A 4FLRA 3VDBA 1UKSA 2WMIA 1E6XM 1UWRA 4M1RA 1HVQA 3AHTA 2HISA 2WYSA 2YKKA 4LYPA 4F79A 1GJUA 1JNDA 3BAXA 1KBBA 3WUGA 3MUIA 3VPLA 3M6DA 1KR1A 1NQ6A 1JNEA 3OA5A 2J79A 1BG4A 1ISWA 1WE5A 4JL2A 1VEMA 1JFHA 3WNLA 1IT0A 3DHUA 3K8LA 3OLIA 3LPFA 1LL4A 7A3HA 1M7XA 3UERA 3SCTA 1BYCA 2XWEA 3NSXA 2NT0A 3L2LA 4JHOA 1W1VA 3AXIA 1DP0A 4P7OA 3W25A 3KL0A 1UH3A 1U30A 4XUYA 4HP5A 2VRJA 2XWDA 1HP5A 1UH4A 4TX6A 1KFWA 3WQ8A 3BH4A 2VZVA 3VX1A 1W91A 1MQRA 3W6LA 3LPOA 1RPKA 3VIKA 1O7AA 4YPJA 4UFJA 2DSZA 3AROA 1IV8A 3K8MA 1F4AA 5D9PA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2CYG A;  3F4V A;  1C7T A;  1E4M M;  4QP0 A;  1OGB A;  4CGT A;  1US3 A;  4S3J A;  3QGV A;  3BAJ A;  2WAG A;  1CXE A;  2W66 A;  1UUQ A;  3KZS A;  3WF4 A;  3W82 A;  2EJ1 A;  2YDS A;  2D3N A;  3BSH A;  5E0C A;  3SCQ A;  1J10 A;  3CPU A;  4GO9 A;  1XV8 A;  3WQ5 A;  3AIW A;  1W3H A;  4X0N A;  2ZWZ A;  2WMG A;  2ZUM A;  2XGI A;  4LPC A;  1J0H A;  1VRX A;  3AML A;  2WMH A;  2YDR A;  3OZP A;  5TD4 A;  1I75 A;  5CG0 A;  3AS3 A;  4HA4 A;  3W0K A;  1HKJ A;  4OBS A;  2F8Q A;  1MVY A;  2ZX5 A;  2V3D A;  4J3S A;  2QV4 A;  3MUA A;  4J3T A;  1JZ6 A;  4GQQ A;  2PBO A;  1GCY A;  4HOX A;  3AMD A;  4U5I A;  3VIF A;  4WKH A;  4QFU A;  1B9Z A;  4AIS A;  1KCK A;  1QPK A;  4PUD A;  1UQY A;  2J8F A;  3SCV A;  4U5K A;  2YIH A;  1JGI A;  4W7U A;  2JEP A;  2Z1S A;  1J9Y A;  2XVP A;  3VDC A;  2XM1 A;  4IIS A;  5LYR A;  3WNO A;  4D6H A;  2CKS A;  4CD6 A;  5M03 A;  1I1W A;  2D24 A;  2BVT A;  1H49 A;  4CCE A;  4J3W A;  1ZBW A;  5CXP A;  1X6N A;  1EDG A;  3EMQ A;  4DM2 A;  1DWF M;  4PSR A;  3MS8 A;  1XD1 A;  3ECQ A;  2J7E A;  1E4I A;  1EQC A;  5FOO A;  3A6O A;  1KB3 A;  4PYS A;  4FLO A;  1C8Q A;  5A6K A;  3N9K A;  3W4R A;  2W61 A;  1LLO A;  4U3A A;  1LL6 A;  3L4U A;  3OGV A;  2VL4 A;  4AIU A;  3VD3 A;  4AZ6 A;  1PEZ A;  5CLT A;  2X8R A;  1HP4 A;  1MXD A;  1QOX A;  3WEZ A;  4DWS C;  1JDD A;  4TX8 A;  1V6W A;  3AHY A;  1AVA A;  3KE0 A;  4W5Z A;  2J7B A;  1JYV A;  5I3D A;  2XSA A;  3ZJ8 A;  5JIW A;  2VVN A;  4AD1 A;  1PAM A;  3SUR A;  3SCP A;  3T08 A;  4HZ6 A;  1H0G A;  4AXN A;  3WMS A;  2OSW A;  2YA1 A;  2AMG A;  4EE9 A;  4AMC A;  4AD5 A;  3N13 A;  4TTG A;  1V6Y A;  2CIP A;  1XSK A;  3ARW A;  1NWU A;  3MMD A;  3QHO A;  3KEH A;  4PBG A;  3VGH A;  1A3H A;  1B1Y A;  5I2U A;  4H7V A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2A5H A;  2C13 A;  2OYL A;  3H7U A;  5AC6 A;  3SN1 A;  1NFG A;  5D37 A;  4UWM A;  2X0S A;  3L2I A;  3KFT A;  4CU7 A;  1PDZ A;  1W9V A;  4MZ1 A;  1J0Z A;  1WZK A;  1U1J A;  3VIJ A;  3AIV A;  6REQ A;  1F8M A;  1Q6D A;  1PV8 A;  3QOK A;  4HN8 A;  3SIZ A;  1O5R A;  2VQT A;  1KTN A;  1K70 A;  1P0E A;  1Y65 A;  5C5Y A;  3CL6 A;  3SFK A;  2VRK A;  1C8V A;  4C7D A;  3K30 A;  3E0V A;  1VFM A;  3H54 A;  3C0L A;  4QS5 A;  1HL8 A;  3FA3 A;  1DED A;  4LCS A;  1LT8 A;  1ISY A;  1C8X A;  1SJA A;  1Q65 A;  3OB8 A;  3M4H A;  2FGB A;  3TJI A;  4Y9O A;  2A3A A;  5JH1 A;  1BYB A;  3T0B A;  3DYO A;  3JZU A;  4XX6 A;  3AIB A;  1D8C A;  2ZXD A;  3LM7 A;  3CWO X;  1B2Y A;  3FAX A;  3T6C A;  1ME7 A;  2ZCG A;  3WLK X;  2FFC A;  2DZB A;  2BXY A;  1NEY A;  1WDQ A;  3SY8 A;  1BGA A;  4N2Y A;  3E5B A;  1JDE A;  5BU9 A;  5FEZ A;  1KGW A;  1TZ7 A;  1M6J A;  1Q6F A;  1U5H A;  3QGK C;  1PX3 A;  1ICS A;  4FF7 A;  3EX1 A;  3WLM A;  4LU0 A;  1WZA A;  5CGQ A;  4ZQO A;  2B0M A;  3WF2 A;  1F3T A;  4IXX A;  3WDR A;  3P62 A;  4UQE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5GNZA

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