2VEN | Genus

Total Genus 88

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	238
structure length	228
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	GLYCOSOMAL TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title	Structure-Based Protein Engineering Efforts with a Monomeric Tim Variant: The Importance of a Single Point Mutation for Generating an Active Site with Suitable Binding Properties. pubmed doi rcsb
source organism	Trypanosoma brucei brucei
total genus	88
structure length	228
sequence length	238
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2007-10-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2venA00

3TIMA 1N8FA 3VKJA 4UFIA 4PODA 1FDZA 4NZJA 5ABTA 4DXVA 4MFEA 3LHYA 1IF2A 3HGSA 4JR5A 4UCGA 1S3HA 4Z08A 4O8RA 3DFNA 3EB2A 5AFDA 4LS1A 1PHQA 4KFPA 3SGUA 3CIWA 3RLVA 3W7IA 2TSYA 3BW2A 4BWLC 3QMSA 5F4SA 4IPJA 5LHFA 5F4WA 4TR9A 1CX9A 4Y96A 5F2LA 1VJIA 4A21A 2RDUA 2Z6IA 4ZQMA 2WSYA 5FF3A 3MP4A 5LNSA 4FIRA 1LOSA 2OT1A 3QFEA 5BOOA 1TV8A 1W5OA 2FJKA 2I1OA 5AHIA 3STEA 3LBMA 4K7YA 4LNYA 3KVKA 4PCFA 2ISVA 4FEZA 1WQ5A 1SW7A 3NQAA 4JX5A 3G0XA 2E68A 3TUUA 2C15A 3GDRA 4O14A 4KWVA 4RKAA 2QCDA 3USBA 1W56A 3P7YA 3PY2A 3E0IA 3WJSA 1LROA 5G2WA 1EPXA 1KTNA 3ZR4A 1FWSA 3N34A 2GQ8A 1ZAJA 3ATYA 1NF7A 1R2SA 1WXJA 3GXNA 3KAOA 4HSNA 4EOUA 1AW1A 3GLCA 1OF6A 3UWWA 4NNCA 4PFMA 1JCNA 2V2DA 4YMZA 3GNNA 5K2ZA 3CEPA 2VEPA 5IBXA 1WDWA 6ALDA 4X9SA 1WOAA 3LOTA 3W7PA 1FDJA 3STCA 2ZZ7A 1W54A 3F4WA 2FPTA 1OX4A 3Q37A 1TJRA 4K38A 4FF7A 5CKSA 5D32A 1ZY9A 3W2JA 1BWKA 3R2GA 3PF3A 3HG5A 4CQAA 3HMJG 1UBSA 2H3BA 2QUTA 3B06A 3S5YA 1YTDA 3SZ8A 3DFQA 1V7YA 3L5LA 4QNWA 4AWTA 4CCCA 3R89A 1KFLA 3LCXA 2E6AA 1SO3A 4M7TA 4K36A 3PB0A 2CLIA 4ZQNA 1Q6QA 4MKNA 3CU2A 5A8GA 4QQ3A 5CPNA 4DO5A 4AWUA 4ZMGA 1JCYA 1G69A 3NL3A 1D3GA 4FXSA 2DZPA 2VXNA 4PL2A 1P5BA 4K37A 1Q6RA 4IMGA 1W37A 1ICQA 4N9BA 1O95A 2QF7A 3HG2A 2F7FA 3WJZA 1PCWA 2CWNA 3JR2A 1VYPX 2CZDA 3IGUA 2YPIA 3GXTA 2RKXA 2CLHA 4AMAA 4ADTA 2E1DA 1LLZA 4IMDA 2WSRA 4MYAA 2NXGA 1AL8A 3G1SA 3IVTA 3O63A 3GIYA 1KBJA 1Q6OA 3TSMA 3L9CA 4ALDA 4X2RA 2V2HA 3EX4A 4JTKA 4A2SA 3DAQA 1XDLA 3N2XA 2J9YA 5BMWA 1IXPA 3QRHA 1GVFA 1NFBA 2V5BA 3MHUA 1TYGA 2CLOA 5CGQA 1QPNA 1H60A 2TMDA 1ZHAA 3W1MA 5FF0A 3LCFA 2QCEA 3C2RA 1SU5A 1OYBA 4O15A 3S1VA 1F74A 2YSWA 5AHNA 3W7RA 1XXXA 3CQ0A 2Y70A 3MJYA 3LTYA 4H6KA 1H7XA 4FXRA 1L6WA 3NQDA 3QW4B 1JCLA 4O52A 4FX7A 4JYDA 4O1AA 3N73A 5EKYA 1KM1A 1Z44A 2C19A 4DBDA 3DKLA 5HWJA 4BK9A 2IQTA 3FOKA 3TW6A 3W7NA 1OFEA 3LX9A 3SIZA 3L65A 3O1NA 1GQNA 4A3UA 3B05A 4JNMA 2QCNA 1T99A 4S1FA 1GVQA 3U6WA 4BWLA 2CZ5A 4UTWA 5SWUA 4JTHA 5DCEA 4MZ8A 1K3UA 4CCDA 4GXMA 4YWIA 3W7DA 4TX9A 1O94A 3UQNA 1WV2A 3TR2A 3LXCA 4O16A 4HNUA 4LT9A 4O1BA 4EWND 2X1UA 5HWNA 5DY3A 2ATSA 3WJXA 2ZQ0A 1TTJA 1R2TA 5E1QA 4LVDA 1VQTA 1OFDA 3G1VA 1O60A 1QPRA 3QMRA 3HG4A 1B57A 1KM5A 1W8SA 4JY8A 4PC8A 3EX6A 3EWBX 1QWGA 3PG9A 1I2PA 2ZTKA 2BLEA 4GFSA 1QO2A 1FWRA 1VS1A 3PR2A 1MXSA 4YCPA 4N4QA 5K9CA 3B03A 3N2MA 1S5VA 2VEKA 3P8JA 2WOQA 5LGXA 3GKAA 3TSDA 1WYIA 2PRLA 4FX8A 3W1AA 1FXQA 1RR2A 1VPXA 4NNBA 4E38A 4WOQA 4RZ6A 4N6EA 4UR7A 1P0KA 4JN6A 2GUUA 1PS9A 1TPFA 3W84A 1FDYA 1VLWA 2RDTA 4O10A 5HINA 2ISSA 5I3GA 1TV7A 2GOUA 1K03A 2QEZA 1VCFA 3C0JA 2A1YA 4N9CA 2GVGA 1TQJA 4ZL1A 4UTIA 3LLDA 1FY6A 1DOSA 3LHVA 3FYOA 3LCGA 3FS2A 1KFEA 3MO7A 3DENA 1P0NA 3DU0A 3TSBA 2QCDB 3HOJA 1F73A 3UPBA 5K4XA 1G7UA 2R14A 1G4TA 1H51A 2QCFA 2VFFA 3P74A 1F6PA 4JICA 4L4MA 3I6RA 2NXHA 3WJYA 2ZA1A 3G0SA 1M6JA 4N9DA 2A4AA 5F4XA 3W1RA 2YYUA 3IIZA 3EKZA 4RX0A 3UD6A 1LOLA 5D30A 1F5ZA 5DXXA 3S1WA 4LVFA 3W7EA 1J5TA 1JRCA 3EX2A 3THAA 5GVJA 2J24A 3BGJA 3M43A 5EL1A 2C18A 1GTHA 2PRMA 1OABA 5BNKA 1Z41A 4EIVA 5AC7A 3UWQA 2QDHA 3W2UA 3JS3A 3VCRA 3KOFA 4OWGA 1JQVA 3B0UX 2QR6A 2C6QA 3LGEA 1W3IA 3IIOA 3R12A 3MI2A 3R5EA 2Z2UA 4RR4A 2NZLA 1XCFA 3A5FA 4EF8A 1L6SA 4AWSA 1SUXA 2VEMA 3UYCA 1JCXA 5EYWA 3TFXA 3H55A 1UASA 5D2TA 4JTTA 3VE9A 4N2YA 3E96A 3BG9A 3FJLA 4QM1A 3M44A 1RQBA 1EWEA 4UFMA 3A22A 2Y63A 3B04A 3KRZA 3S8HA 1W3NA 4MLJA 3C61A 3L0GA 1OFPA 3T78A 3TJLA 5HWMA 3FKRA 5AYXA 4ADSA 3O8AA 1YDOA 1MO0A 2LLEA 2ZRWA 3O15A 2NUYA 2ISWA 3M6YA 1AL7A 3GDMA 4JTFA 1NVMA 4MZ1A 4JTIA 2Y61A 3NAVA 4M5PA 1K7FA 4MOZA 5G5IA 2ZZ6A 1G6CA 2WJZA 5G4EA 5AN7A 1X1OA 1N55A 3P84A 2VFDA 3BARA 3FKKA 5CPLA 3MW7A 2ZA3A 3L0KA 2Q3RA 2DZUA 3B4UA 1QOQA 2ATMA 3S6DA 2GPTA 1I2RA 4IPIA 3W74A 5CZJA 1I2NA 4AB4A 3QYQA 1FWTA 1Z42A 3DFSA 3NPUA 3VI2A 2DJXA 1JUEA 2JGQA 5HULA 1GPWA 5LKYA 3KXQA 4XQ6A 1OYAA 1JUKA 1C29A 5CPOA 1XBZA 3PSWA 1XL9A 3G3MA 2FQIA 4LV9A 2KZHA 1KV8A 1M7OA 2A7NA 3O6CA 2FPVA 3W7JA 4RZ4A 4YL2A 4O19A 5AOUA 4GUHA 1LBLA 2NX3A 3N14A 4LTSA 4DF1A 3F1QA 5AC8A 2FIQA 4UR8A 3UWYA 4HHPA 3DH7A 3LTPA 1SSGA 5BW6A 1VLIA 3HGOA 1VHNA 1FBAA 3HGRA 2V81A 3BO9A 1GYLA 3LBCA 3W7KA 4MY1A 4E0CA 3DI0A 1GVRA 3KRSA 1S5TA 4GRSA 5HUOA 2CLMA 3L66A 4HN4A 3IEBA 4AAJA 4N4PA 1QO5A 1EP3A 2NX1A 5HNRA 3NOEA 1PVNA 3KVMA 4BFAA 5D2VA 1YTKA 3FYPA 3LERA 5L9FA 1SZFA 3LV6A 5D05A 1QPOA 1VRDA 2WKJA 3C2EA 3PUOA 1EEPA 1ZAHA 1P1XA 3P67A 1FWWA 1AK5A 1ALDA 1SFLA 4ZQOA 3FLUA 2QCCA 4HNVA 1VH7A 1K02A 4C1KA 1XUZA 1LYXA 3EXSA 3NQEA 3GK0A 1O5XA 2JKPA 4PL1A 2G97A 2G95A 3LCLA 4H4IA 4O0KA 4UFKA 2FB3A 2P0OA 3W76A 3OA3A 4BI6A 4LUIA 1H1YA 1LDCA 4M19A 5J5RA 5LZLA 3G1AA 3QPZA 1SZGA 2A21A 4UTMA 3PVFA 3EWWA 3LCWA 4UIOA 5K7JA 4UXDA 4HSOA 1OYCA 3G24A 3W72A 5TBOA 5AB3A 1F2JA 3W1LA 4NZFA 4N9EA 4PH6A 5I3IA 3T7VA 2BXVA 1MEIA 2FFCA 2DORA 3W71A 3HJZA 3GVGA 1OG0A 3NXFA 5E0KA 1S5WA 3KVJA 4EVZA 1R2RA 2ZBTA 1OFRA 1XDMA 3ATZA 2QJIA 3HPSA 4WD0A 3W7GA 1F7BA 3L68A 1H7RA 1UB3A 1TSIA 3QW3A 4ZZ9A 2NLIA 5AYYA 4RXGA 4JXCA 1UUMA 4UTTC 2FLIA 3F03K 5DBUA 1VCGA 3CWNA 3UXDA 1DL3A 3M47A 5DCDA 3INPA 2Y88A 4UMBA 2A5HA 3FIGA 4UTKA 1TPB1 3PBWA 4IMEA 2H8ZA 2JBMA 1JQXA 2EKCA 4WXYA 2EGZA 1PE1A 2QDGA 3QPYA 1XUUA 1K8XA 1OHLA 3QJAA 4FNUA 5IM51 4R7JA 1YTEA 1MSSA 1DORA 2Y7GA 1LZOA 1TTIA 1IXNA 5C54A 1PV8A 3VFLA 3W22A 2W79A 1SSDA 1WA3A 5C6MA 2ABAA 2YW4A 3W7CA 4EF9A 4IQLA 1H63A 1JR1A 3TAOA 4NJGA 1I8JA 3S42A 1PHWA 2YFOA 3W88A 4Y6GA 1SW3A 1VZWA 3C2FA 2Q3OA 4IWWA 5EPDA 4MZYA 5CZ0A 2QJHA 4N02A 1E51A 1QAPA 1TPC1 2PCQA 1I45A 2X1SA 3GXPA 4QIUA 4H3DA 1G4PA 1ZCOA 1FCUA 3L67A 1KW1A 3MP3A 5I3FA 5FESA 3L0NA 1A5BA 2OX1A 2V82A 4HIBA 3EWXA 3TKFA 2NXIA 4JS3A 4UUIA 2FTPA 3NQFA 1K8ZA 3NPVA 4MJMA 2ZRXA 1IIGA 3HIJA 1W3TA 3TXVA 1LBMA 2TPSA 2AGKA 2CFFA 2QKFA 4J9JA 3NQMA 4XUGA 2D73A 3W1QA 5HJLA 3PM6A 5FI8A 1A5CA 1Q45A 3C6CA 2ZCGA 3W73A 2EPHA 1KFJA 4UTUA 2R8WA 1FCQA 1GVOA 3V75A 4FX6M 4CNNA 1J2WA 1QNVA 3NG3A 3NDOA 1OF8A 3E49A 3IGXA 3NZ1A 2E77A 3C52A 3Q94A 2O7QA 1N7KA 3TV8A 3QC3A 5D02A 3SJ3A 2JGYA 1JULA 1CI1A 3QSRA 3TW7A 6TIMA 1OFAA 4NUWA 3W1TA 4O53A 2GQ9A 3LHTA 4K39A 4NX5A 3FA5A 1LRQA 4JTSA 5KINA 5D2WA 5TIMA 2DZVA 1JCJA 1TPH1 2ZRYA 3M7WA 1KFCA 1ZNNA 1DKWA 2OMAA 3DBPA 3GNDA 1TPUA 3TE9A 3W3OA 3F4NA 3WK3A 2YX0A 1ME7A 5D09A 1FXPA 5CZSA 3FEMA 4OV4A 4Z0JA 5DELA 3BPWA 4DO4A 4WX2A 1SO4A 3TA6A 3NYZA 4WY0A 3W2LA 3P8IA 3OHIA 2C3ZA 4GBUA 4PTNA 1T8XA 3ELFA 1GWJA 4Z0SA 2PURA 3LRLA 3WJWA 1LOQA 2YYTA 2J9ZA 2ZRUA 3LM7A 1A53A 1AMKA 1MEWA 4RCXA 1AG1O 1KFBA 3Q2DA 5C55A 5DCBA 4ZVJA 2F84A 3M0ZA 3CWOX 1OX5A 2I9EA 3LHWA 3CIXA 5HUPA 1Z48A 2BX7A 1YLVA 3HQ1A 3HF3A 3EXRA 2RHGA 4MFDA 3TQVA 3RFAA 1TPEA 3CEUA 3BVJA 1HG3A 4K7VA 4MY8A 4M6PA 4LOCA 4Y90A 4HNTA 2GJNA 1WAUA 5D33A 4RJEA 1LM1A 3WFAA 3O06A 5CPMA 4XWUA 3E02A 2Z1BA 3S5NA 3BLIA 4POCA 3AJXA 3G1DA 3S5ZA 4UTTA 3A23A 2A6LA 1FQ0A 1FWNA 4ICNA 1ICPA 5DXYA 1UUOA 3V1PA 4O50A 4QAIA 4O18A 1I4NA 3W1NA 1YPIA 5EBUA 1KFKA 2Y7EA 3ANYA 3L21A 3MWAA 4OGZA 2X30A 4O11A 2R91A 2PC4A 2UV8G 2CLFA 4A2RA 1ZJIA 3M5XA 1HTIA 4M7SA 2PE4A 3DFOA 3PUEA 3PBYA 4U4MA 2RDWA 5BRBA 4QISA 2VKZG 3LB0A 1RQHA 1P4CA 3OG3A 5AHLA 1FCBA 2FPYA 5F1UA 4JD4A 2VFIA 4I7VA 4LS2A 3SECA 4BF9A 1A5SA 2GVLA 3W83A 3TU9A 4IMFA 4JTLA 4TMBA 3BLEA 3DHFA 1G7VA 2B7OA 4ZQCA 5FEXA 2X1RA 4JTGA 2ZA2A 5HR6A 3FJ6A 2H3DA 1H7WA 1TO3A 1RD5A 1RZMA 2WNZA 3W07A 1ME9A 3MYOA 4UTJA 3CC1A 2E5CA 3TQKA 1VCVA 3BG5A 3W70A 4NQ1A 4O1DA 3CPRA 4RLIA 2V5LA 3N9SA 4JY9A 3CHVA 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1I2QA 5DY2A 3UXAA 1OFOA 1B4KA 1ONRA 5FF4A 4TO8A 2DU2A 3VNDA 4IUOA 2YXGA 3QH2A 1B9BA 3I65A 3H53A 2OJPA 2ZZ1A 4JEQA 4JYFA 4YXGA 3MI3A 1L9WA 5G4WA 3S1UA 2C0AA 1TJPA 4O0ZA 3EWYA 5D38A 4Z1CA 3TXZA 2YCEA 4AHOA 3LHZA 3G18A 3N3MA 5CSSA 1DHPA 3MMTA 3TC6A 1G4EA 4FNQA 1UJPA 1DQXA 4TMCA 4D2JA 2BZNA 3B0VC 2I14A 2YZRA 1H7OA 5F2IA 2QCMA 4GUGA 5FF2A 1JCMP 3GDTA 4XBKA 4HPJA 4X3ZA 1DJQA 1GYNA 4P2VA 4IJBA 4LVGA 1SPQA 2ABBA 2VFHA 4NX0A 2H6RA 5AC6A 2X1TA 2ZZ4A 3OIXA 4BI5A 5AHEA 1HUVA 2E5DA 3NR0A 3G0UA 4U28A 1L2UA 3DI1A 2WSQA 2ZDRA 3ZWTA 5EY5A 1KTCA 3WK0A 2CLEA 2Y62A 2QCHA 1SQ7A 1H61A 3HB9A 4DPQA 5F2MA 5C2XA 5D04C 1OX6A 4LY8A 3PS7A 5EMUA 2NUXA 4IX2A 3UY7A 4LC8A 4CCEA 3P81A 2EHHA 4IOTA 3CTLA 3M16A 3PWAA 4UTWC 2FDSA 3KHJA 4QITA 3KX6A 4K6AA 3W7OA 2E09A 1KM3A 3HPXA 1TB3A 4TU1A 2PRHA 3G3DA 3GDKA 2XN0A 1YXDA 1VYSX 3NPWA 2ZYFA 1THFD 4WOZA 2GQAA 3TJXA 3DFPA 3NZRA 1LCOA 1Y0EA 1ICSA 2J9XA 4Q4KA 1ML1A 1SO6A 5KZMA 3M5VA 5HMSA 4KFNA 5CSRA 3OVQA 1D9EA 3CM4A 3BV4A 1LRNA 3HG3A 1VGAA 2VENA 2E5BA 2J88A 4XKYA 3QM3A 4NNAA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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