4AXNA

Hallmarks of processive and non-processive glycoside hydrolases revealed from computational and crystallographic studies of the serratia marcescens chitinases
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
316
structure length
316
Chain Sequence
DDAAIMPSIANKKILMGFWHNWAAGASDGYQQGQFANMNLTDIPTEYNVVAVAFMKGQGIPTFKPYNLSDTEFRRQVGVLNSQGRAVLISLGGADAHIELKTGDEDKLKDEIIRLVEVYGFDGLDIDLEQAAIGAANNKTVLPAALKKVKDHYAAQGKNFIISMAPEFPYLRTNGTYLDYINALEGYYDFIAPQYYNQGGDGIWVDELNAWITQNNDAMKEDFLYYLTESLVTGTRGYAKIPAAKFVIGLPSNNDAAATGYVVNKQAVYNAFSRLDAKNLSIKGLMTWSINWDNGKSKAGVAYNWEFKTRYAPLIQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords CHITINASE C1
publication title Hallmarks of Processivity in Glycoside Hydrolases from Crystallographic and Computational Studies of the Serratia Marcescens Chitinases.
pubmed doi rcsb
source organism Serratia marcescens
total genus 115
structure length 316
sequence length 316
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2012-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4axnA00
2WLZA 4GQRA 3ARYA 2YKKA 3OLEA 2CITA 2EPKX 1PZ3A 5EMYA 1GQJA 1UD2A 3PZUA 1JYNA 3VNZA 3CTTA 5M17A 3N1AA 3CZKA 3VIKA 1QHPA 4ATDA 3FHQA 4WSKA 4JHZA 1XH2A 1UOKA 3MS8A 2CHNA 2ZXDA 1OCQA 1UYQA 1WZAA 4B16A 4GINA 2PWEA 2X8RA 2W5FA 2OYLA 1EQPA 3OLDA 5CPTA 4WIWA 1ZS2A 4TVUA 1AVAA 4PMRA 5FL0A 1D3CA 2YDSA 1DWGM 1E43A 4UOZA 2OWXA 4CN6A 2BY0A 2YLAA 4JKMA 2WNWA 4PCSA 1V0LA 1JNDA 2EPMX 3L4WA 1XYZA 5CSUA 1QNSA 4Z2LA 5AC5A 1QI4A 4KH2A 3VNYA 4WKFA 1W9XA 2UY2A 2W91A 1H2JA 4HZ6A 3BH4A 3UCQA 1H11A 4ZFMA 4PUDA 4AD3A 4HZ8A 3CHDA 1UD3A 3DECA 1HP5A 1PPIA 4S3KA 2UY3A 1E6ZA 1LL4A 2X2YA 6A3HA 2VI0A 3VTRA 4UQAA 1NWRA 4QAWA 4QLLA 1VFFA 3DYPA 2ZWZA 3CUGA 3B8SA 1WNOA 3WEOA 2WLYA 5BXPA 1GORA 2X0HA 2CXGA 1ECEA 5A6MA 2J62A 4UFJA 4JFTA 1E9LA 1E15A 1JGIA 1HIZA 5M03A 1JD7A 3ARWA 2VNCA 3IAQA 2WM0A 1BQCA 1IT0A 2J4GA 4M1RA 1WDPA 3WQ5A 1ZL1A 3WUBA 1C8QA 2Y5EA 2PWFA 1OD0A 4EE9A 4XX6A 4AZHA 3NIYA 4D1JA 1JZ7A 1QPKA 1EIBA 3VIFA 1LL7A 3OA5A 1RP8A 1V3KA 2CBJA 3VM5A 4BQ4A 1R87A 3OB8A 3VIOA 2BVTA 1MW3A 5BXRA 1MW2A 3KL3A 2WZEA 2DGAA 3GXFA 2WMJA 4WSJA 2DSUA 4JCMA 5BXSA 4PRWA 2YL5A 2HISA 2RGLA 4JZ5A 1K9TA 2YJQA 2VCCA 1OIFA 4AC1X 2Z1SA 1BPLB 2NSXA 1QOXA 1JAKA 2EO7A 2VX5A 1XSIA 4OBSA 3SCPA 3VD5A 1C8YA 2J79A 1BSIA 3WL1A 3N17A 1CZ1A 1DEDA 1KR1A 1V6WA 2X1IA 1E3ZA 1V02A 3KZSA 1GQKA 4AWEA 4EAMA 5ECUA 4AISA 3TTSA 1BAGA 2AOSA 3GYCA 3VGEA 3GNPA 5E0CA 4BS0A 2J7DA 3POCA 2F2HA 1DTUA 1MFVA 4U3CA 2W4XA 2VTFA 3AFBA 4UZSA 2VZOA 4D6IA 1H41A 5CGMA 1RP9A 4N42A 2VX4A 4AZGA 1V3HA 3VGDA 2YLLA 1DWFM 2WYSA 2WMFA 1ZB5A 4JIEA 3IJ7A 4W84A 4IPNB 3FAWA 3OIHA 4YHGA 4MAVA 3BCDA 1W1TA 2VL4A 1AMYA 4XUYA 2EEXA 1J18A 1V3MA 2VRKA 4GZJA 1J11A 3JUGA 2G8ZA 4PMNA 3A6OA 2CYGA 3A4XA 2XGBA 2XIBA 3QHOA 5ABFB 3WNKA 3WD0A 1GOIA 3AOFA 3WENA 4ZE4A 1UWRA 4ATLA 1B1YA 1CNVA 2DIJA 1UG6A 1SMDA 1E6RA 1HJXA 1LL6A 2V3DA 3CUHA 3O2LA 1UKQA 2XWEA 2E8YA 3AJ7A 1NOFA 1ISVA 4QLKA 3PTQA 1MWOA 4W7VA 3T09A 1GNXA 1XRVA 1E55A 2ZXQA 1V0KA 3FAXA 1HKKA 1Q4NX 2G41A 5DMYA 5GNZA 1E71M 1GHRA 1U2YA 1E1EA 1BGGA 5DEZA 2ZUWA 5HPCA 3AIVA 4H7VA 3VIMA 1FH8A 3AYRA 5A95A 3VOCA 3PHAA 1YQ2A 3MKKA 3TTOA 3U5YA 3OLGA 1WDQA 3TP4A 4CVUA 3SUVA 2HVMA 2DIEA 2YIHA 3F5JA 3W26A 5A2CA 2G3IA 3ZSTA 5DF0A 2GJPA 1ZU8A 1CXLA 2WVTA 4QCEA 3NUKA 1ZBWA 1CBGA 1CDGA 3K8KA 3WEZA 3WF4A 3U57A 3W6MA 3ZR6A 5A6BD 5A6LA 3OGVA 2VR5A 2EQDA 3I3DA 1UQYA 2CNCA 1PBGA 3VDHA 1JI2A 3CHFA 3T0BA 1A47A 1V6YA 4MB3A 5IFPA 4PSRA 2DT1A 3EMQA 3CZ8A 2GJRA 1FH7A 3RJYA 4QCFA 3K4DA 1B31A 3CPUA 4L4OA 1JXJA 4A3YA 1ODZA 3TONA 1OIMA 4HOWA 5IHSA 3BMVA 2YL6A 3KL0A 4WK9A 3AS1A 4C7GA 3A3HA 1XC6A 1H49A 1X6LA 5HPOA 7A3HA 1VEOA 1KB3A 4PEEA 3WNLA 5HBFA 3ZT5A 5IFTA 4N0RA 2E4TA 2Y8VA 1N82A 2XPKA 1OB0A 4V27A 1XD0A 2WVSA 5LA0A 3BMWA 1OT2A 1WZKA 2UY4A 3PTKA 3WMBA 1SMAA 1V3LA 1UR1A 3N11A 3NDZA 4HA4A 1US3A 3WF1A 1W32A 2XIIA 1UR4A 1W91A 2XM1A 4Z2HA 1KCKA 4ACYA 4CD6A 1E1FA 1FP8A 3SUUA 1CTNA 3AXHA 3BAJA 4ML4A 4F79A 1UR9A 3PZ9A 4TX6A 2CPUA 3WMCA 4PMXA 2D3NA 5E6ZA 4UNIA 3SCTA 1MYRA 4U5KA 2DH2A 3WSUA 1B30A 2E40A 1HJVA 3L4VA 2VT0A 4BQ5A 3WQWA 3BGAA 5A6JA 2V3FA 4H41A 1FHLA 3VIPA 5FCZA 3PTMA 3T0AA 3ARPA 2W66A 4MDOA 4DM1A 3MSDA 3VINA 2E0PA 2VVNA 4YN5A 3A4AA 3CZGA 4PTVA 2E9LA 1FOBA 2CERA 4NF7A 1JZ8A 1QW8A 2BXZA 3GXDA 1E6SM 2C8NA 3ARZA 1MQPA 1ODUA 1V6XA 4OJYA 4AIUA 1GHSA 3GBDA 3VGBA 3WQ4A 4HU8A 2PB1A 2XVKA 3II1A 2XVLA 1JDCA 4ZENA 4BQ2A 2JFEX 1WB0A 4JAWA 3MUY1 5C71A 2OSYA 3QGVA 2O9RA 3WH7A 5F7UA 1E4IA 3VVGA 2XFRA 4D6GA 4MJ2A 2PI6A 3ZSSA 1MW0A 4FLRA 2E8ZA 3M6DA 1QNPA 1XV8A 2CKRA 3WKZA 3A47A 1CXKA 3K4AA 1D7FA 1TMQA 1TCMA 4PBGA 1QI3A 1M7XA 5I23A 2RGMA 1UR0A 2JE8A 2TAAA 3UESA 5GNXA 1GOMA 1Q6CA 3ARVA 1ZBCA 1QW9A 4CGTA 5ABGA 4F9JA 4FK9A 5AY7A 4PYSA 4W7UA 2PWDA 5HDRA 4LX4A 3AQUA 1QBBA 1G0CA 5E0FA 2XVPA 4GZIA 1VJSA 3SIMA 5HNNA 4V2XA 5CXPA 3VMPA 1M03A 2FH8A 4BQ3A 2EPOA 1G9HA 4J3UA 4KRUA 1SYTA 3EMZA 2D3LA 3L2LA 3IJ8A 4M81A 4Y7EA 1JF5A 3WQ8A 3GM8A 3W81A 1TVNA 1A3HA 3WY1A 3ARUA 1B3VA 3BC9A 1D2KA 2BS9A 3W29A 4CVWA 2JEPA 2ZUVA 4J3SA 1PIFA 3BAIA 1XGZA 1H5VA 5AC4A 2JF7A 3ARSA 1WKYA 1HJSA 1E3XA 4IISA 3RILA 3AIQA 4XZWA 1VF8A 3T2PA 2XVNA 1KCLA 1JXKA 4GI8A 4CD8A 2VVSA 4P8XA 4KWUA 2GVYA 3EDDA 1JL8A 2DQXA 4NRSA 3TA9A 4DWSC 2W62A 4LYPA 3AMCA 1R85A 4CD5A 4B3LA 2G3NA 3THCA 3OG2A 1Q6DA 1JYVA 1HP4A 1K9FA 3VD3A 4E4PA 3LPPA 4TUFA 4D6DA 4MAZA 5AYBA 4W88A 3L4ZA 1TFVA 1C92A 2BXYA 1WE5A 1Q6GA 5LA1A 2WC3A 1MXGA 3W37A 1UKOA 4UR9A 4XV0A 1TG7A 4WLCA 1VBRA 5JIPA 2WWCA 1Q6FA 3CO4A 2J7BA 1DWIM 2QMJA 2VC9A 1B3WA 2AMGA 3DYOA 1S46A 3PZNA 3ARQA 5D9OA 2OSWA 2V38A 1HKMA 2WHJA 4AD5A 3W82A 4QFUA 3O6AA 1ITXA 2VRJA 4WF7A 4CD4A 3PZOA 2VJXA 1VRXA 2EXOA 3TTYA 1JNEA 3QHNA 4PUEA 2B31A 1WZMA 4P7QA 5A8NA 3HN3A 4FLOA 4KMQA 3SUSA 5BYWA 3CUFA 1VFUA 5E6YA 4AXNA 1NARA 3WDQA 4HPGA 4EKJA 3APGA 4UOQA 4XB3A 3WD1A 2JEQA 4W85A 5LYRA 3VUPA 1UWQA 2JIWA 1ZJAA 2V3GA 4J3WA 4AZ7A 4Z2JA 3WQ6A 2W63A 3VD9A 4KRTA 4ZXLA 2BVYA 2YL9A 3KEHA 3AMLA 2XSBA 1LWHA 4TX8A 1C3FA 2O9PA 1MXDA 1H0GA 3ZJ8A 3OLIA 3WH6A 4D6FA 2C0HA 1OGSA 3VIHA 2GUYA 1C7TA 1CGWA 2Y8KA 2VZTA 3CLWA 1C91A 4CU6A 2J47A 1W9UA 2FH6A 1KR0A 2BY1A 2GK1A 1HN1A 1V0MA 2YA1A 4MPKA 1HVQA 1J0JA 2Q8XA 1UH3A 4HA1A 1NP0A 3GXMA 4GO8A 3VMOA 4W8LA 1BVZA 2OLHA 5A8QA 3W28A 4Z2IA 3VM7A 4AEEA 1NWSA 2J75A 3GTNA 2WCGA 4AZCA 2YL8A 3CHEA 1BG4A 5A2AA 1SR0A 4HP5A 4J3VA 3UETA 5IXEA 4W7WA 5FIPA 2DT2A 2GDUA 4EK7A 3NSMA 1J0ZA 4B9ZA 4LXFA 1I1WA 1E4MM 4J27A 2CCRA 4D6CA 3L4YA 3AXIA 3B9EA 3PZGA 5BRQA 2MANA 1EHNA 3QHMA 1UWIA 1HVXA 3W38A 1CYGA 3CZJA 1H09A 3AS3A 1G01A 1BGAA 3W6LA 5JBDA 3ZJ7A 1JYXA 3MUIA 4ZXOA 4BA0A 2WCAA 1ISZA 4RE2A 3L4UA 1ZBKA 2ZX5A 2JF6A 1O6IA 4W8BA 2A3HA 3PBGA 1PX8A 3AZSA 4IPLA 1C8XA 2IXUA 3AHVA 4ZEPA 2YBUA 3N9KA 1B9ZA 3RMEA 2WVVA 1HX0A 4TXEA 5CGTA 4HOZA 4H8HA 2DT0A 3PZVA 3IANA 5JIWA 1EOKA 4BCEA 2VZVA 3TTQA 4D72A 1NOWA 1X1NA 4FMVA 2E9MA 1FFRA 3GDBA 4J3XA 1KGWA 3IJ9A 4ZE5A 1H0IA 3WUGA 4J28A 1PX3A 3CHCA 4W86A 1W3JA 4PMYA 5I24A 2VUYA 1JZ2A 2ZUTA 3WDJA 4GO9A 3PN8A 1KQZA 5DT5A 2CBUA 1UHVA 4JCLA 5C70A 2ZX6A 4PMZA 1E56A 3FN9A 2X0YA 1I75A 4P8UA 2OYKA 3WF2A 5FOOA 3BLPX 5I6SA 3WL0A 4MJ4A 3PZQA 3WDHA 4JFSA 4P8VA 3T2OA 2DH3A 1KBKA 2EBNA 4D6JA 4UFHA 1FHDA 1BVNP 1BYDA 3D5HA 5FKYA 3AISA 4U33A 4D71A 5BCAA 4PCTA 3L4XA 1V03A 4OIFA 3N15A 4M29A 4TVCA 2DSKA 4J3TA 4LYQA 1IV8A 1XSJA 1LG2A 1HNYA 2FHBA 3CGTA 1WO2A 3MSGA 1QNRA 4FF5A 3W0KA 1C93A 1GUVA 2WB5A 1JD9A 2ZUNA 2ZXAA 4JKKA 3ZQ9A 4U2YA 1QBAA 1E0VA 1MFUA 3MU7A 4NI3A 3SCRA 1QHOA 5I3DA 2FHFA 1GW1A 1TZ7A 4DUXA 4HZ7A 3RM4A 4TTGA 2WKGA 2UY5A 1GONA 3RDKA 1CECA 1DWAM 2ZICA 1C7SA 4LGXA 4CCEA 5CQ1A 1VIWA 1W9BM 1KQYA 2J7EA 1UD4A 1HF6A 1EO7A 2J77A 5DFAA 4CU7A 4YHEA 1WCGA 2WANA 2XTKA 1FFQA 4ACZA 1LJYA 3BAXA 3G6LA 4P7NA 3F4VA 1RD6A 4UFKA 1XCWA 1XSKA 1ISWA 1VFOA 1E72M 5CPQA 1TE1A 4AIOA 1UH2A 3BCFA 3WUEA 3AIRA 1V08A 3WFLA 4DUVA 2BHYA 1OT1A 2W92A 1OD8A 4CD7A 1QNOA 3VGHA 3AICA 4M82A 3WDRA 1DHKA 2D0FA 5KEZA 1GVIA 4W89A 2A3BA 3RO8A 4Q7NA 1EXPA 2XFYA 3VGFA 3QOMA 3ZJKA 2CHOA 1WPCA 3AMGA 1TR1A 5DT7A 1MVYA 3I3BA 3AHZA 4F9DA 1UUQA 1H1NA 3CUIA 1CGTA 1E4NA 3NSXA 3ECQA 3LPGA 4PSPA 2WAGA 4JL2A 1OWQA 5M3WA 4UFLA 3UR7A 2VX7A 1GCYA 2JALA 1V3IA 1CGUA 2WXDM 2BNJA 4PMDA 4W5UA 4MTVA 1GPFA 2BHZA 4URIA 1EQCA 4CN1A 2ESCA 4AZ6A 5E9AA 5HOSA 4R5EA 4DM2A 3G6MA 4B9YA 4RE3A 2VX6A 1Z32X 3FNDA 4OOUA 4UQCA 3BAWA 5E70A 2WMIA 3GNOA 1CPUA 1JIBA 1G1YA 1EO5A 4P7LA 1IZKA 4XZBA 5A6KA 5D4YA 2QHAA 3VMNA 2EPNA 4AD4A 1W2PA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WLZ A;  4GQR A;  3ARY A;  2YKK A;  3OLE A;  2CIT A;  2EPK X;  1PZ3 A;  5EMY A;  1GQJ A;  1UD2 A;  3PZU A;  1JYN A;  3VNZ A;  3CTT A;  5M17 A;  3N1A A;  3CZK A;  3VIK A;  1QHP A;  4ATD A;  3FHQ A;  4WSK A;  4JHZ A;  1XH2 A;  1UOK A;  3MS8 A;  2CHN A;  2ZXD A;  1OCQ A;  1UYQ A;  1WZA A;  4B16 A;  4GIN A;  2PWE A;  2X8R A;  2W5F A;  2OYL A;  1EQP A;  3OLD A;  5CPT A;  4WIW A;  1ZS2 A;  4TVU A;  1AVA A;  4PMR A;  5FL0 A;  1D3C A;  2YDS A;  1DWG M;  1E43 A;  4UOZ A;  2OWX A;  4CN6 A;  2BY0 A;  2YLA A;  4JKM A;  2WNW A;  4PCS A;  1V0L A;  1JND A;  2EPM X;  3L4W A;  1XYZ A;  5CSU A;  1QNS A;  4Z2L A;  5AC5 A;  1QI4 A;  4KH2 A;  3VNY A;  4WKF A;  1W9X A;  2UY2 A;  2W91 A;  1H2J A;  4HZ6 A;  3BH4 A;  3UCQ A;  1H11 A;  4ZFM A;  4PUD A;  4AD3 A;  4HZ8 A;  3CHD A;  1UD3 A;  3DEC A;  1HP5 A;  1PPI A;  4S3K A;  2UY3 A;  1E6Z A;  1LL4 A;  2X2Y A;  6A3H A;  2VI0 A;  3VTR A;  4UQA A;  1NWR A;  4QAW A;  4QLL A;  1VFF A;  3DYP A;  2ZWZ A;  3CUG A;  3B8S A;  1WNO A;  3WEO A;  2WLY A;  5BXP A;  1GOR A;  2X0H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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