4N4QA

Crystal structure of n-acetylneuraminate lyase from mycoplasma synoviae, crystal form ii
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
295
structure length
293
Chain Sequence
HNFDKFKGLFPAMVTPFTKDGKLHKAGVKEVVNFLVEKQKVDGIYITGSTGEFLLLSFEDKKEVMKLVAEANAGRVTLIAQIGSLNIEETKELAKLAKELKYDAISAITPYYYNFSFNETHHYYEEISKAADIPMLIYYLPQLAGVSTDQFGKLLEIKNVIGSKYGATDLFAFERLMSKYPDKLFMFAWDEALAMGLTMGAKGFIGSTYNVNAKGANAIIKAWEANDKEAVMKLTHTYNDYVLDLISKGLMQSLKAIMRLHGVDAGYTRKPFWRYEDEEIKKHAEFITDKYLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Acylneuraminate lyase
publication title GroEL/ES Chaperonin Modulates the Mechanism and Accelerates the Rate of TIM-Barrel Domain Folding.
pubmed doi rcsb
source organism Mycoplasma synoviae
total genus 106
structure length 293
sequence length 295
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2013-10-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4n4qA00
3W07A 1KA9F 3GLCA 1O60A 1YXDA 3IGUA 3KOFA 3EKZA 1TPC1 5EY5A 4JDBA 1SO3A 1H7WA 1IXPA 3HGSA 4DO4A 2V2CA 4O18A 5HR6A 4CLMA 1G67A 2RFGA 3KHJA 1J4EA 1ZCOA 4A2RA 2ZFAA 3LCWA 4JX5A 5FEZA 1GVSA 3BW3A 1SFJA 4UMAA 4JYFA 3L66A 4IWWA 1W0MA 5HMSA 4EF8A 3M7WA 1LP6A 3HJZA 1ZNNA 3WK0A 3P5ZA 3STCA 4R53A 3AO0A 3WJZA 4JDYA 3LTSA 1A50A 3MYPA 3UWVA 1Q6QA 2OT1A 3UZJA 1GVFA 4GRSA 3ELFA 4ML9A 3W7JA 1JUBA 4AWTA 3IRDA 4DELA 2P0OA 1KBJA 3G1XA 3KFTA 2PE4A 4NNCA 5CSSA 2VEMA 3WFAA 3W22A 1H7XA 5F4XA 5C5YA 1SO6A 5C54A 1HUVA 3B03A 3AJXA 4TR9A 2X2GA 2CLFA 1X7FA 1IGSA 1UJPA 2WKJA 3M5XA 4FNQA 3TKFA 1K3UA 3QPYA 1I2QA 3L5AA 4N6FA 3TMQA 3UPWA 1U83A 1XFBA 1ZENA 2DORA 4IXXA 4WD0A 4JX4A 2Z6IA 1SZEA 3PBUA 5J5DA 1H1YA 1TPVA 2ABAA 4RZ6A 3W7LA 3BW4A 4FX7A 4FHAA 3NL5A 3W7GA 2C18A 3P67A 3UD6A 1K8YA 4MY9A 1XBZA 4BI5A 3NQFA 1FDJA 1RQEA 4BI6A 3MP5A 3W85A 3QW3A 1KFEA 3STGA 3W3OA 5AYYA 3W7CA 3TK7A 3PSWA 4XKYB 4YCPA 1NF0A 3R12A 3K30A 1W54A 4O8RA 3NQGA 3NM3A 1TPWA 5F2LA 2WV8A 3C2FA 4BWLA 3UNDA 3NR0A 3LCGA 4IX2A 3HBLA 5AC8A 5HUPA 4GJ1A 1JCNA 5BRBA 1QFEA 2CFFA 5CZJA 1ZY9A 3W2UA 3G1YA 1NF7A 3C4UA 3KVKA 1DVJA 1KFLA 3CWOX 3UXAA 1VQTA 3DHFA 4NNBA 2Q3RA 3CHVA 1MEWA 3GDRA 5EYWA 1TTJA 3PY2A 2WJZA 4IMDA 4O57A 3U2OA 2FPYA 2ZRZA 4N9CA 1AL8A 2Y7EA 4RX0A 1PL9A 1GVRA 3C52A 2OT0A 1WV2A 3O07A 2R91A 4JTLA 3GDTA 3W75A 4B5NA 1UASA 3EEGA 5C6MA 4JY9A 2HSAA 4NQ1A 3WJYA 4QSHA 1AW2A 1I4NA 4GUFA 2YDAA 2Z1BA 5AN7A 1YLVA 2QCCA 1TV8A 4FNTA 3CEPA 4NJHA 3BPWA 3LM7A 3E12A 3LXBA 1DV7A 4LTSA 1TO3A 4UXDA 5ABTA 4JYDA 2V5BA 3IVUA 3GDKA 3UPBA 3DU0A 3BLFA 4RLIA 5G2WA 2IQTA 1TRIA 4KFPA 3LTPA 3NPXA 2QJIA 4JR5A 1Z41A 2TYSA 4O12A 3OVPA 3CTLA 3D0CA 2A0NA 3FKKA 2ZYFA 4IMGA 5G5IA 1TPB1 3YPIA 2YPIA 3W2LA 1UUOA 3Q37A 4MJZA 1OF8A 2DZWA 3A23A 1ML1A 4N2YA 1FX6A 2DZUA 4O10A 4LS1A 4JNMA 3TH6A 1G7VA 3P82A 2ZZ7A 4NZJA 4I7WA 4DXVA 4UIOA 4IUOA 3P7YA 4M6QA 2W79A 4M6VA 4OQVA 2E77A 4O1AA 4KFNA 1YPIA 5K9DA 3W1QA 2EF9A 4O11A 1SW7A 1EWEA 5GVJA 5D2VA 3EX6A 5BW6A 5U4NA 1B4EA 4RXGA 2QCLA 3TXZA 4UR8A 3GAYA 1RZMA 3UQNA 1OABA 4LOCA 1FWWA 4JIQA 1OJXA 2ZRYA 4WX2A 2UV8G 2Y7FA 3DFPA 4PL1A 4WQ6A 5I3HA 4X9SA 2QAFA 2V81A 4FNUA 1VLWA 2B7QA 3MHFA 2E5BA 1GVQA 3MUXA 4TIMA 3H54A 3FJ6A 1N7KA 4AH7A 1LBMA 1EP1A 2RH9A 4JX6A 3G0UA 3L0GA 4OHQA 4NJGA 5D30A 3M47A 1CI1A 3VE9A 1RQBA 1VCGA 1V7YA 3CIXA 4I7UA 2JGYA 1GOXA 4YMZA 2C1HA 1NVMA 2F7FA 5LSMA 2ZQ0A 1B57A 3FS2A 2QCEA 2ZZ2A 1FUYA 2G97A 3UZ5A 4MFDA 1VCFA 1H5YA 2A1YA 3DGRA 2NX9A 1OFOA 2BXVA 3TIMA 1QO2A 4LNYA 4U4MA 2G5WA 5HWMA 4QQ3A 3R89A 3TSMA 1FXPA 4WY0A 1A5BA 1A5CA 5FF3A 1QAPA 1YXYA 1KTNA 4ADSA 5LZLA 1J2WA 3NOEA 3PWAA 3L2IA 4Q33A 3ANYA 1TV7A 3I7QA 1IXNA 4XBSA 4AAJA 4AEOA 2NLIA 2NZLA 3SW6A 1KM0A 2E68A 3S5ZA 2DJLA 4RR4A 4ZL1A 4LV4A 4UTIA 5CZSA 3C2VA 4Y8FA 1VYRA 3ZWTA 2BWGA 2VENA 1A5SA 4JTTA 4E38A 1D9EA 4K37A 5D05A 3TROA 4DO6A 1JRBA 2O7SA 1XUUA 5CGQA 3T40A 5K2ZA 3M16A 4ADTA 3VE7A 2C6QA 4FIRA 2E6AA 3BLEA 4O0KA 1TTPA 1DHPA 3LDVA 4PH6A 4XTDA 4AF0A 1GG0A 3C8FA 2Y61A 1WDWA 3UWQA 1FWRA 2YSWA 4AHOA 1FBAA 3NL6A 2WO5A 3BLIA 4QM1A 2C16A 4QISA 2B7PA 1JCLA 1PHWA 4FB7A 1YYAA 3R5EA 2V0TA 2DZPA 1P1XA 2QJHA 4DBEA 3DXIA 2A6LA 3WK1A 1KM4A 3TQVA 3N73A 4HHPA 4GUIA 2EGZA 3IVTA 5G1YA 2B7OA 2J9ZA 1NFBA 2Q8ZA 4FO4A 1TQJA 3BGJA 3NXFA 4MOZA 3G22A 1N55A 4MIMA 4GE8A 3FEMA 5TBOA 4K8EA 5DELA 2GQ9A 1TYGA 4HPJA 1JUEA 4X22A 4MLRA 4OWGA 2C13A 1W31A 3PAJA 2H8XA 4UTHA 3GKAA 3LHVA 4O1DA 1H7RA 1O95A 3A9IA 1SSGA 1SO4A 1SZGA 2A2IA 3FA5A 2FQIA 5CPOA 1U5JA 5LNRA 4JTGA 1P0NA 1K7EA 2WSYA 4M7SA 1OK6A 1KV8A 1XUZA 1SW0A 5D37A 2ISVA 1NEYA 3UWWA 1GYNA 3W1NA 3UWYA 2CLEA 1JRCA 3S1UA 4KWVA 4R33A 3TAKA 3HB9A 3TC6A 1LORA 3IGSA 2X1TA 4O17A 4BFAA 1B3OA 1ICQA 3CPRA 3E49A 3DFSA 2A5HA 3NPUA 2QUTA 5AYXA 2NX3A 5TIMA 3QZEA 4AWUA 1W5NA 3N2MA 4AVFA 1EUNA 3W7IA 1PHQA 3IIVA 3B0PA 1XC4A 3CB8A 3MJYA 5D02A 1GG1A 4O52A 2FFCA 3BG5A 3DBPA 3TE9A 2TSYA 1LRTA 1XCFA 2QDHA 3HMJG 1JUKA 1TV5A 3EX3A 1AG1O 5EL1A 1OFQA 4ZQRA 5FI8A 4U28A 1K02A 2YX0A 3PC0A 2VFHA 3NEVA 3GB6A 3QSRA 2ZA1A 1VS1A 3N34A 4LVFA 1G4EA 1XKYA 1DKWA 1FCQA 4PFMA 2PC4A 1FCVA 3ZR4A 1OFPA 2ZA2A 4JTEA 1O5KA 2CZEA 2ZZ4A 1E51A 1P4CA 1F7BA 3QRHA 1VZWA 3THAA 3CEUA 1KLZA 3C6CA 1TTQA 1M7OA 1T8XA 5F2IA 1PV8A 3PUOA 3GK0A 3KXQA 4JTUA 2GPTA 2I14A 6TIMA 1AMKA 5AHMA 2YW4A 3NQDA 4UTLA 3P5YA 4ALDA 1AW5A 2A4AA 3BW2A 3A5FA 3C56A 2V30A 4M6PA 2RKXA 1XBVA 2QKFA 3VFLA 1VHNA 1L9WA 1DJQA 3S1VA 3G1AA 3A5VA 4XQ6A 5DN1A 1H62A 1LBFA 2Q3OA 4Z0SA 2GJNA 3BG3A 3LERA 4IMCA 3NA8A 5F2GA 2H3BA 3CQ0A 1ADOA 3BV4A 3W74A 4CQAA 1ICPA 4O19A 3N9SA 4QNWA 1L2UA 5I3JA 4MYXA 1MEHA 3MW7A 1O4UA 3QSTA 3HOJA 1A5AA 3OA3A 3I65A 3S5YA 4E2DA 4IMFA 4H4IA 3L68A 5LGZA 4WY0B 3TQ0A 4YL2A 1OYAA 2NV2A 3V1PA 4HKPA 1ME9A 1QPRA 5FEXA 4PL2A 3W1LA 3LHUA 1EB3A 1PS9A 3QFEA 5CZTA 4RZ5A 2CLMA 3O06A 3E96A 4ZQCA 1HFBA 3QEZA 3W72A 1VLIA 1SSDA 2FIQA 2GVJA 4P2VA 4PTNA 3I7SA 2VC6A 5D2TA 4PODA 1H7OA 1FWSA 4Y6GA 1G4SA 4EOUA 4N4QA 1LRNA 2PCQA 3G1DA 4MKNA 1YXCA 2EHHA 3G0XA 3P8IA 2C19A 4RV8A 4ORMA 3O1NA 4QJ1A 4CNOA 3L5LA 4UUIA 1NAL1 3A21A 2GQAA 2C15A 3SJ3A 3MYOA 2O7QA 4WOQA 4JTIA 4K7VA 4AF0B 1PIIA 5EKYA 3WK2A 3TUUA 1L6SA 3GX9A 3A24A 3LBMA 5CPMA 3GIYA 3PF3A 3INPA 3W1TA 3EX2A 1RD5A 2YFOA 1X1OA 3SFKA 2I1OA 3L9CA 1IXQA 3M6YA 3P61A 1FCUA 3KAOA 5KZEA 3L0KA 1FCBA 1L6YA 3W71A 3M44A 3I68A 2Y7GA 2G96A 1I2OA 2DZVA 4UTWA 4YLWA 2YYTA 1W37A 3F4NA 2F84A 3DHDA 4MZYA 2QCHA 3W1PA 5LNSA 1VPXA 2X1SA 3W1MA 4OGZA 1WAUA 5T26A 4UCGA 1KM1A 3NQCA 3ATYA 4ZQNA 3MI2A 1H7PA 4A21A 1H63A 2NWRA 3PVFA 3LHZA 1LOQA 1QWGA 5F4SA 5KZMA 4X2RA 3DFOA 5LHFA 1SQ7A 3I7RA 1H51A 1BWLA 1C9DA 3W86A 3PBYA 3TU9A 3QW4B 3NZ1A 1M5WA 1IIGA 1VR6A 1JJKA 3N2XA 4WXZA 2ISWA 2ZA3A 5KMYA 3LTYA 4UTUA 3QM3A 2JKAA 3WK3A 4JTSA 2ZTKA 1IIHA 4NJJA 1KTBA 3W7QA 3W1AA 3PUEA 3STEA 3W1XA 4K39A 5HQEA 3S0CA 2BTMA 4GXMA 4LVBA 3M41A 3EWZA 4WUIA 1OX4A 2E6DA 1BEUA 1F2JA 1SUXA 4LU0A 4GUGA 1KM5A 1Q6RA 3W7MA 3O8AA 3SGZA 2QAPA 2YCEA 3QJAA 4FNPA 5CPLA 3ABSA 2PRHA 3FFSA 4TMCA 3TV8A 5BNKA 4DF1A 1C29A 4NVTA 1PVNA 1MO0A 3E02A 2VEIA 4AHQA 3STFA 3F03K 4IOTA 1OFRA 1UCWA 5LHEA 5IM51 3RF9A 4EF9A 5DBUA 2GOUA 1I2PA 2NXGA 5AHEA 3W2KA 3GDMA 3W1UA 1LDCA 2FPTA 5MHBA 1JVNA 1CX9A 3C2EA 4JTKA 2FLIA 4POCA 4ZMGA 4DEFA 5E0KA 1TSIA 4EIVA 2J6XA 4E0CA 2EKCA 4ONVA 2ZZ5A 5L9FA 3LRLA 4YWIA 5LGXA 1WXJA 2RDTA 4N9EA 3NYZA 1GYLA 3BGGA 2Y89A 1F76A 1TPDA 3MHUA 4KKXA 4O4VA 3BK0A 4KFOA 2WNZA 1ZAIA 3LCXA 5DXYA 4NXSA 1H50A 5D2XA 3TQKA 1K03A 3SY5A 4Y96A 4LT9A 4GWEA 4BR1A 1G4PA 3T44A 3U8GA 2DP3A 1FXQA 4XWUA 4UR7A 5D2YA 3TXVA 3EWYA 4TU1A 3O05A 3TW7A 1ZHAA 1S5WA 3EX1A 1ME7A 3W84A 3S42A 1LM1A 1WYIA 2CLHA 1JQVA 1VYPX 3NGJA 1MEIA 3FOKA 4O4WA 5E93A 1PCKA 4JS3A 3MO7A 4JN6A 3TFXA 4FEZA 4O13A 4MZ8A 1W3IA 4IX0A 1M6JA 4PC8A 1DL3A 3W9ZA 1JCYA 5EMUA 1V5XA 4ICNA 2B7NA 1GPWA 4DF0A 1ME8A 4JIPA 1OK4A 2BX7A 5F4WA 4W9TA 1KLYA 3LCHA 1QNVA 4TMBA 3SECA 4K8HA 1THFD 3W7NA 3NQ7A 2VFGA 1K8ZA 3DKLA 4FNRA 4ORIA 1KV5A 1XM3A 3QMTA 2HS6A 4LVAA 3C61A 4LW7A 4XTIA 1ZFJA 3H55A 3CU2A 5AHIA 3NQMA 2PRMA 4L4LA 1KFCA 5H91A 2FPVA 4MJMA 3QH2A 1HTIA 3NM1A 3OG3A 2X1UA 5KINA 5CZ0A 3PSVA 1R47A 2YXGA 2WSQA 4S2CA 4A3UA 3EWWA 1S5TA 1G4TA 3P80A 1QMLA 4PEKA 3S8HA 3QMRA 4JGDA 3LRMA 3A22A 3TAOA 2GQ8A 1LTDA 3LCIA 4UFMA 3CT7A 2XN2A 1EX5A 4FIQA 4UTTC 5A8GA 3O15A 1PCWA 2CZDA 1XBYA 3LLFA 3DENA 4IXHA 5HWNA 3Q58A 4TO8A 3UYCA 1DOSA 3S5NA 5EA9A 3JRKA 2V2HA 2C3ZA 4UNLA 4O53A 3O63A 2YR1A 4D2JA 5SWUA 4UFJA 3MI6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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