3M16A

Structure of a transaldolase from oleispira antarctica
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
328
structure length
326
Chain Sequence
GMSAAKNKLEALKAMTTVVADTGDIEAIKQFKPVDATTNPSLILKAAKLANYQHLIEEAIDWALQIKGNKNSQTTLENVGDKLAVNIGCEVLTSIPGVISTEVDARLSFDTQATVAKARKLIRLYQDAGIDSDRILIKIASTWEGIQAAKILEAEGIHCNLTLLFHFAQAQACAEAGTTLISPFVGRILDWYKANSGQSEYSASEDPGVVSVTEIYNFYKSHGFKTIVMGASFRNTGEIEELAGCDRLTISPELLAQLEADTSPLEQKLFPIKETKDTPELLTEASFRWAMNNDPMAHDKLADGIRRFAADQVTLESMLSKKISQR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Transaldolase
publication title Genome sequence and functional genomic analysis of the oil-degrading bacterium Oleispira antarctica.
pubmed doi rcsb
source organism Oleispira antarctica
total genus 124
structure length 326
sequence length 328
ec nomenclature ec 2.2.1.-:
pdb deposition date 2010-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3m16A00
3E0IA 4R7JA 1C9DA 1YLVA 1W37A 5D32A 5IM51 4DPQA 1GVOA 1O94A 3P61A 4RK8A 3B04A 4LRTA 3SJ3A 3SY5A 3BGJA 5FF0A 5G5IA 1TJRA 3S1UA 1L6WA 3UXDA 3LRLA 1ZAIA 3CPRA 1OYBA 2A7NA 4MFEA 1TPC1 1AG1O 3C2VA 3N9RA 1KM6A 2FTPA 4O1DA 1UB3A 2ZRXA 3CIXA 2ZYFA 3HJZA 3W9ZA 4DO6A 5DBTA 1OK6A 4PCFA 3L21A 3LV5A 3E12A 3QC3A 3TW7A 2PURA 3A21A 4DELA 1FCVA 1TSIA 2A4AA 3N14A 1KFBA 3CEPA 5C6MA 1MEHA 4E2BA 4ZQNA 2X1RA 4GNJA 1LLWA 4NNBA 3O06A 4UR7A 1X6UA 2NXHA 3BW2A 2EHHA 2FPTA 1JCYA 5CSSA 1H7PA 2V0TA 1YTDA 4DBDA 4S1FA 4UTTC 4CQAA 1IF2A 1Z42A 4JTTA 4BWLC 4WD0A 5U7SA 1SO4A 4QIUA 4HNNA 2EF9A 3C61A 3H55A 4UIOA 1P0KA 1K03A 3QYQA 2X1SA 1QR7A 4Y96A 3EX1A 4LT9A 4FIRA 3S9YA 3YPIA 1FWSA 5DXYA 1GTHA 3GDKA 1OFQA 2C15A 3LRMA 1WX0A 1GVSA 1Q6LA 3HG4A 4WUIA 5MHBA 2YW4A 1LBFA 3O6YX 1LP6A 1XBXA 1OFDA 4B5NA 4WXZA 4FXRA 3MUXA 2JGYA 4JY9A 2CZDA 4O13A 4A21A 1R47A 5EMUA 4JTUA 1LOQA 3GDLA 4RZ4A 3EWUA 4LTSA 2CZEA 3A23A 3PF3A 1P5BA 2OT0A 4E0CA 3NEVA 4JX5A 4XBKA 3OVRA 5HINA 3CC1A 3I68A 3LHTA 5DY3A 4IMCA 2QDHA 3TAOA 3N9SA 1CX9A 3TQKA 1C8VA 4JXCA 3NA8A 1RZMA 3OEXA 4GUJA 1FX6A 3NQEA 1YTKA 3QMSA 5A5WA 4Y9AA 4G1KA 2RDUA 2Q3RA 1WOAA 2PC4A 4NQ1A 3QF0A 4YL2A 4EWND 1DKWA 2DU2A 3S42A 3MBFA 1K7XA 1SO6A 5FESA 4QJ1A 1G7UA 2VC6A 3RK8A 3G18A 2RH9A 3JS3A 3GR8A 3DU0A 3NVTA 4PFMA 3V1PA 3GAYA 3E49A 3Q2DA 1EA0A 2WQPA 4KFNA 4JD4A 4FNTA 3TMLA 3G1SA 1FXQA 4JTFA 1KM0A 3EX2A 3IIVA 1ICPA 1TJPA 3M7WA 5I3JA 4EOUA 3SZ8A 3P8JA 4UCGA 4RJEA 4GRSA 2YSWA 1XM3A 3QSRA 1S3HA 3DH7A 3O1NA 3TE9A 2PRHA 4GFSA 3UWUA 1JCJA 3W7MA 4NJJA 3QRHA 5KZEA 3W1TA 1AW2A 4UTKA 4QISA 2NX3A 1Z48A 3NXFA 4RZ6A 3Q37A 2P0OA 1QPOA 3NO5A 2A7RA 2FPYA 5G1YA 4AMAA 1W3IA 2E1DA 3NL3A 4A22A 1DV7A 3LXAA 2RDTA 2YDAA 1XBVA 5I3HA 2LLEA 4O10A 4QITA 2G96A 4EF9A 1TPWA 2Q3OA 2QCGA 3LM7A 1X1ZA 1OX4B 4N9CA 3TROA 1K7EA 5EA9A 4UUIA 4A2SA 3MHGA 5KITA 1DJQA 4EF8A 2ZFAA 3P67A 3M16A 4FNUA 1FBAA 1H1YA 3FOKA 3HQ1A 3LGEA 3TUUA 2ZTKA 3LCGA 4FX6M 5D2VA 5DCBA 2Y88A 4LVAA 1GZGA 4QAIA 1YXYA 3S5NA 5AYZA 1FXPA 2ABBA 4M19A 1UJPA 2YYTA 3G1XA 1ZALA 3TFXA 4NZJA 4PL1A 1FCBA 3G1AA 3W75A 5ABTA 3NQVA 3WK3A 1FWTA 4JX6A 3W2KA 2NZLA 4I7UA 2Y7FA 4O4WA 1KM1A 4UFKA 1G4EA 1EUNA 1AL7A 1VJIA 4KFOA 3OVQA 4RCXA 2VFEA 2YR1A 4H4IA 5D2TA 3M44A 3TXVA 3TNOA 5FF3A 3W85A 4UTIA 4EVZA 3O05A 1V5XA 2X1TA 1VH7A 3G1DA 4R33A 2C19A 2E77A 4JIQA 5KMYA 3BLEA 1PL9A 4O0KA 3U2OA 1HL2A 1R2SA 3N73A 1UASA 1I2NA 4H3DA 1LOSA 2FIQA 1Q6OA 3B0VC 4O12A 5K9DA 2WO5A 3TJXA 3PUOA 4FEZA 4JNMA 3A5FA 4MY8A 3CU2A 5L9FA 1H7RA 4Q4KA 3W7KA 3UPBA 2A6NA 2GQ8A 5LSMA 2G97A 4MZ1A 3W7DA 1LLZA 2GOUA 1VLIA 4JTGA 1N55A 1SR9A 2Y62A 3EKZA 2QCEA 5F2MA 1WXJA 3NL2A 2QEZA 4LC8A 5HWMA 1YYAA 1QOPA 3T7VA 1VHNA 4AWTA 4MJZA 3FIGA 1B57A 3Q58A 1FY6A 3NM3A 4MZ8A 4N6EA 2Z1BA 4PA8A 1N8FA 1W3TA 1XCFA 3C2FA 5HUOA 3W3OA 3LHZA 4IMDA 3DKLA 3NR0A 4HKPA 3ZFHA 4OV9A 2J24A 1A50A 4O16A 4BF9A 4H6KA 5DXXA 3FYOA 4S2CA 4LV9A 2V82A 3ZS4A 1ME9A 4CCDA 5D2YA 3UQNA 3RLUA 4M6QA 4OU1A 3BW4A 3L9CA 4WJEA 3CHVA 2C0AA 4MLJA 4NZFA 3EXSA 3IEBA 4AEOA 3H54A 4D2JA 1LDCA 3M5ZA 2V2DA 3DI0A 5LNWA 3KRSA 2A21A 1PVNA 2C6QA 1ZENA 1VZWA 2YX0A 1TPH1 2XFWA 2XN2A 3DFSA 4IMGA 1SFJA 2ZZ3A 3KXQA 4TMCA 3CQ0A 3QMRA 2Y70A 4CNPA 4WY0F 4ZQRA 1B9BA 2B0MA 3M0ZA 2QF7A 2E6YA 5FEWA 3L5LA 2ZZ1A 3L2IA 3E96A 3JRKA 5F2IA 1T96A 1T99A 1JUBA 3VI2A 4PEKA 5GVJA 4MVAA 1D9EA 1Q3NA 5DY2A 2VKZG 4O15A 3LOTA 5CGQA 4MFDA 3A24A 4BK9A 3VFLA 3NQ2A 1G6CA 2XN1A 3STGA 3LRKA 1O5XA 1MXSA 3MO7A 4NU7A 4YWIA 1OX5A 3QMTA 1XDLA 4C1KA 5K7JA 1XI3A 1JULA 4GUFA 1YXCA 2PE4A 4HSNA 3G1VA 1VYRA 2YXGA 3M6YA 4EIVA 5F4SA 4L4MA 1IXOA 1KW1A 4Y90A 3DFPA 3QPYA 4AVFA 2E68A 2VENA 3DHDA 4E38A 1A5AA 1GTEA 3HF3A 3C52A 3DKJA 4E2DA 2GJNA 5BW6A 5D2XA 3BG3A 4RXGA 3KX6A 2VEKA 4JDYA 4ZQCA 4YLWA 1I45A 1KTBA 2JK2A 4X2RA 1T0OA 5I3IA 2C16A 3NPXA 2Y89A 4AWSA 3IIXA 1W8SA 4CCEA 1YADA 1LROA 3TMQA 4UC5A 1J5TA 1MSSA 4LOCA 3MP5A 4ADUA 2CU0A 4LVGA 2CLMA 2B4GA 1OFOA 5D09A 4O4VA 5KINA 1KTNA 2ZQ0A 4LS2A 1LBMA 1K02A 2C18A 1LRNA 4JEQA 1AK5A 3W7OA 1OABA 5DLCA 1JCMP 4NJIA 4PL2A 1FQ0A 4K38A 1H5YA 1WOBA 3SFKA 3HO8A 2FB2A 4UTTA 2CLKA 1SFLA 1F76A 1MZHA 3OBKA 4K39A 1BWLA 4IXHA 1SSDA 4CNOA 3QH2A 4OBTA 3W88A 1W5OA 3UZ5A 3L5MA 2CFFA 3LV6A 4XBSA 5BMWA 3TQVA 5E93A 4JTHA 5TBOA 4JYDA 2X30A 2DZWA 3B05A 3TV8A 3GKFA 2ZZ4A 4GUHA 3WJXA 2P1FA 5K2ZA 4IPJA 3QJAA 1OFAA 1A5BA 3CEUA 1I2QA 4S2BA 1E51A 2W0UA 3EEGA 1PCKA 3UZJA 4TU1A 1I2PA 1H51A 1LORA 1VRDA 4FF7A 1SUXA 4J9JA 2ZTJA 1UUOA 2NLIA 1JUEA 4UTLA 2CLIA 5FEZA 1W5NA 1KBIA 3UWVA 3G3MA 3NQFA 4TMBA 2DJLA 1H50A 2I14A 2NUWA 2QDGA 3L5AA 5AHNA 2QCMA 1SW0A 1LOLA 1KM5A 1I4NA 1VCFA 3RMJA 3UYCA 4I7WA 2G95A 1LTDA 1VCVA 3EWWA 4WXYA 3PG9A 5I3GA 4UFJA 5KZDA 4HPXA 3LTSA 5EYWA 4CQ8A 2H8ZA 4IWWA 1W0MA 3BLIA 2FB3A 1FWNA 2JGQA 3KRUA 3TJLA 4MZYA 5K3VA 1F6KA 4OQVA 1J2WA 1U5JA 1K8ZA 2XN0A 2Z2UA 4NNCA 1QO5A 3SGZA 1GVFA 3TXZA 2JKEA 4N9EA 3FKKA 2ISSA 1QCWA 2PRLA 3SIZA 1LRTA 3R89A 2A6LA 3W7IA 3DFTA 4K8HA 3MI2A 3INPA 2CLFA 2Y61A 4NJGA 4GBUA 4N4PA 1Z44A 2EAWA 3TC7A 4OV4A 1QMLA 3MI6A 3ABSA 1SSGA 1OYAA 4MYAA 4UTWC 1F5ZA 1F6PA 3UY7A 4JTIA 3UY8A 3LCWA 3T55A 2NWSA 1KFLA 1IXNA 5IBXC 3VCRA 2CZFA 3A5VA 1WBHA 4ZQPA 1TCDA 3W7RA 2DZTA 1PIIA 1D3GA 4QNWA 3P7YA 1TYGA 1G4PA 2DJXA 1B3OA 3KAOA 1KM4A 5U4NA 3RFAA 4ZZ9A 1RQHA 2ZBTA 3HGSA 2BXVA 2H8XA 3LHVA 4DEFA 4KWVA 4TX9A 3USBA 4POCA 3HGJA 2OCZA 4Y8FA 1Y0EA 3LI0A 4BI6A 4RLIA 2X2GA 3EX4A 3IVUA 1KBJA 3LI1A 4BI7A 1F73A 3PAJA 4UR8A 3P60A 2QAFA 5H91A 4XZ9A 4WOQA 2QJGA 4AF0B 3O16A 3OA3A 3C6CA 1TTQA 2QCDA 1DVJA 5LHFA 1GYLA 4IUOA 3KVMA 5D02A 2ATMA 2BWGA 1YDOA 3G1HA 4HN4A 2DZXA 3VNDA 3W1AA 4N4QA 4FNQA 3GZ3A 4R53A 3BLFA 3TIMA 4MY1A 4HNUA 4AXKA 3G0XA 3AO0A 2NWRA 5K4ZA 3LB0A 4AHPA 1I8JA 4O11A 4MKNA 2RHGA 3LCXA 3GXTA 3R8RA 2VFIA 3RU6A 2ZRYA 2PRMA 3NQ6A 3STFA 2H6RA 1SZEA 2ZRWA 3KHJA 1M7OA 4JR5A 4RXFA 5T26A 3FLUA 4AWUA 1JR1A 2V5LA 3W71A 5HUPA 2EGZA 2TMDA 3DXIA 3GX9A 1EUAA 2E6AA 1QAPA 1ZAHA 1ML1A 6ALDA 1PS9A 3Q94A 4JTKA 4UFMA 2BSLA 2F84A 1CW2A 2E09A 1H63A 5CZTA 3U6WA 5C2XA 1TPDA 1KV5A 3HG2A 4A2RA 4YMZA 1SW3A 1PCWA 5KZMA 1XUZA 3B0PA 1IIGA 2QCNA 5KSWA 4CNNA 4U4MA 3LCHA 1ZAJA 1P1XA 3L0KA 2QJIA 3TH6A 3SI9A 1NAL1 3LXCA 3W1PA 2FDSA 2ZRVA 2ALDA 2PCQA 3MHUA 4WOZA 3BGGA 3MYPA 4FHAA 3KOFA 1MO0A 1GPWA 3NQCA 2FPVA 3S5YA 3DBPA 3TKFA 4MLRA 1K8YA 2TPSA 3ATZA 5D37A 1EP1A 1VLWA 5FF2A 1N7KA 2WNNA 2VFFA 4P61A 1U83A 1L6SA 4K6AA 2A0NA 3PULA 1TREA 5D30A 5AC8A 2NXIA 4CLMA 3IIPA 7TIMA 5K4XA 1YDNA 3I7QA 4AHOA 3QQ0A 1QDSA 4C1LA 5AB3A 5EBUA 4HIBA 3HBLA 3C2RA 1A53A 1F7BA 2E6DA 4DPPA 3G3DA 5HR7A 4M6PA 1OJXA 1VCGA 3SR7A 3NQDA 4Z1AA 1LZOA 2Q8LA 3BK0A 1AW5A 5BNKA 3S8HA 1MEIA 2ZZ2A 2FJKA 1KM3A 2WNZA 4LU0A 1M5WA 1DJNA 3QFEA 4RZ5A 2J9ZA 4U28A 1OFEA 5AYXA 3MWAA 3NGJA 3GIYA 1TIMA 3EXRA 3P5YA 3CWOX 4IXXA 2V30A 5AYYA 3M41A 1NFBA 3IRDA 2HS6A 1H7OA 4X9SA 5LNSA 2QAPA 5AOUA 1SZNA 4FNPA 3MJYA 4DF1A 1QPNA 2WNQA 4GXMA 3U8GA 3W07A 2ZA2A 1H62A 1FDYA 4IMEA 1KLYA 4Q32A 1XXXA 2A5HA 1M7PA 3M5YA 4IOTA 1VHCA 2KZHA 2BTMA 3TFCA 4NNAA 1R46A 4O0ZA 2ZRUA 1ICSA 3PBVA 3PWAA 3MHFA 3PBYA 2QCHA 2DZUA 1EEPA 2O7QA 4YXGA 3W2MA 3W84A 1EWEA 1JQVA 3EWBX 3FKRA 3PUDA 3W74A 3BG5A 3DZ1A 3C2EA 1NVMA 4O28A 1KTCA 2Y7EA 3L68A 1KA9F 2ZCGA 2J9YA 4UTJA 1VYSX 3ANYA 4DF2A 1XC4A 4IPIA 5E0KA 5H2ZA 1W5QA 3RNDA 5FF4A 2R8WA 4AH7A 4LS0A 4Z0JA 1F74A 3DI1A 4LUIA 1S5WA 4FIQA 3TSBA 3PSVA 5L6UA 4ZMGA 3IGXA 3THQA 2R94A 1FWWA 4FB7A 4YCOA 3LCFA 1RV8A 2YFNA 4ICNA 3QSTA 1QNVA 1JVNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3E0I A;  4R7J A;  3H2E A;  4DPQ A;  1O94 A;  4H9Y A;  4LPC A;  3T07 A;  3V5F A;  2FGL A;  4RK8 A;  1R3Y A;  1QNR A;  5T9B G;  1Z69 A;  5G5I A;  4AZG A;  1JGI A;  3UXD A;  3LRL A;  4ZR8 A;  2HWG A;  5HNN A;  4TVU A;  3JW7 A;  2PDG A;  3C2V A;  3SN1 A;  1KM6 A;  3CYV A;  4RPQ A;  3CIX A;  3HJZ A;  4DO6 A;  2WMH A;  4CQB A;  1OK6 A;  1BQC A;  4PCF A;  3CUI A;  4R7O A;  1MQR A;  1TSI A;  2A4A A;  3N14 A;  1KFB A;  4KCW A;  3RHG A;  4ZFC A;  3QY7 A;  2XG9 A;  5DMM A;  2YL9 A;  4GNJ A;  3AWN A;  1EBG A;  2P3Z A;  4ZCW A;  2ACU A;  3ECQ A;  3QV8 A;  4DBD A;  3WD0 A;  1N8I A;  2BNJ A;  4FI4 A;  5DML A;  5I77 A;  3H55 A;  1O12 A;  2X1S A;  1QR7 A;  4Y96 A;  3A9B A;  3EX1 A;  1UD3 A;  4P7N A;  2CKR A;  3F5J A;  1GTH A;  3MU7 A;  1DJW A;  3GDK A;  3KOY A;  5LIK X;  1GVS A;  5JQ9 A;  1RP8 A;  2OZT A;  4PTV A;  1W1V A;  1LP6 A;  3ITY A;  4WXZ A;  3MUX A;  4GQB A;  1L8N A;  1GZ1 A;  1RCQ A;  1OC7 A;  5EMU A;  4I5X A;  2PWE A;  4E0C A;  3NEV A;  4XBK A;  5PTD A;  1A5M C;  3OVR A;  3CC1 A;  3O7U A;  2I16 A; 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