1W1VA

Crystal structure of s. marcescens chitinase b in complex with the cyclic dipeptide inhibitor cyclo-(l-arg-l-pro) at 1.85 a resolution
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
496
structure length
496
Chain Sequence
TRKAVIGYYFIPTNQINNYTETDTSVVPFPVSNITPAKAKQLTHINFSFLDINSNLECAWDPATNDAKARDVVNRLTALKAHNPSLRIMFSIGGWYYSNDLGVSHANYVNAVKTPASRAKFAQSCVRIMKDYGFDGVDIDWEYPQAAEVDGFIAALQEIRTLLNQQTITDGRQALPYQLTIAGAGGAFFLSRYYSKLAQIVAPLDYINLMTYDLAGPWEKVTNHQAALFGDAAGPTFYNALREANLGWSWEELTRAFPSPFSLTVDAAVQQHLMMEGVPSAKIVMGVPFYGRAFKGVSGGNGGQYSSHSTPGEDPYPSTDYWLVGCEECVRDKDPRIASYRQLEQMLQGNYGYQRLWNDKTKTPYLYHAQNGLFVTYDDAESFKYKAKYIKQQQLGGVMFWHLGQDNRNGDLLAALDRYFNAADYDDSQLDMGTGLRYTGVGPGNLPIMTAPAYVPGTTYAQGALVSYQGYVWQTKWGYITSAPGSDSAWLKVGRV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords CHITINASE B
publication title Structure-Based Exploration of Cyclic Dipeptide Chitinase Inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Serratia marcescens
total genus 165
structure length 496
sequence length 496
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.14: Chitinase.
pdb deposition date 2004-06-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.10.20 Mainly Beta Ribbon Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 1w1vA03
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 1w1vA02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1w1vA01
4Z2LA 2DT3A 2FHCA 1DHKA 1VBUA 5DT7A 3WD1A 4TXEA 4D1JA 2GVYA 2WM0A 3N9KA 2PWDA 2XTKA 2O9OA 4GO9A 5HXMA 1JNEA 2XVPA 1CXEA 1PX8A 4UFJA 4MAVA 2YDRA 1MXGA 1HJUA 3ZJ6A 2XJ7A 3BSHA 1DEDA 2ZICA 2PF0A 4UQAA 1ZU8A 1V08A 2WBGA 6A3HA 2FGLA 2O9PA 1R7AA 2JE8A 2JALA 4MJ2A 2V3EA 5EMYA 4JFVA 1JYNA 3GH7A 3K8KA 3CUFA 1W9DM 2FGZA 2J7CA 4GPNA 4UQ9A 1O7AA 4TTUA 5E6YA 1UD4A 3IAQA 4PMOA 1ZBCA 1V3JA 4W8BA 4AMCA 3ZR5A 1HL9A 2AMGA 3VIGA 2WHKA 4MPKA 2DH3A 1OIFA 2VT0A 3BCFA 4HTYA 2X8RA 2W63A 2C8NA 4F9DA 2F61A 3L4XA 1JZ2A 1V3IA 1VFOA 3WDPP 3L4VA 3WY1A 1JDCA 2WKLA 1E6XM 3MUIA 1NOUA 1QW8A 2PBOA 1JNDA 3K4DA 2OSXA 4QLLA 4AZBA 1W1TA 4AD5A 4W7UA 1EDTA 3AJ7A 1UZ4A 2J7BA 4PRWA 3RDKA 3SCUA 1E56A 3AFBA 2D2OA 2YLAA 4WKAA 3AMDA 4B15A 4D71A 2BV9A 4ACZB 2CNCA 3I3DA 3PZNA 4D6CA 1LL7A 3AHYA 3IANA 3WBAA 1XSJA 1W2PA 1XH1A 2CHNA 2MANA 5A8PA 4NRRA 4MDPA 1V6VA 1WZMA 2BHUA 3L4WA 3VMOA 3PTKA 2D49A 1HIZA 3TTOA 3WUEA 3OLDA 4XB3A 3THCA 3N15A 1D3CA 3MMUA 1BG9A 5HDRA 2PWFA 3CPUA 1XV8A 2WMGA 1UWIA 2WZHA 2WMHA 1FP8A 1JI2A 4MDOA 4M8UA 4JFSA 1CXKA 1M7XA 3AS2A 4CVWA 4A3HA 5FCZA 2CCRA 5JBFA 2JEPA 4UFKA 4DUVA 4OJYA 2XIIA 4GKLA 4CKQA 4AISA 1PZ2A 2J78A 3WQ8A 1H3GA 3ZSSA 4DWSC 1BYBA 1KCLA 2V38A 1JYVA 2GFTA 4UQCA 3ZT7A 1JF5A 2GDVA 3ARPA 5I77A 3W38A 1OBAA 4AD2A 1C93A 3A47A 2GSJA 3AQUA 1CENA 4TVDA 4TVCA 1KGWA 4HMDA 5EFDA 1WNOA 4LGXA 3IJ7A 1PAMA 1CWYA 1DWJM 3VGHA 3T2PA 4GI8A 4PTXA 4D6DA 1ZL1A 6TAAA 1TA3B 4J3VA 3APGA 5D9NA 1VEMA 2QHAA 5A2CA 1B90A 3PZTA 2UY2A 1UH3A 3VU2A 2ZX6A 1DWHM 4ACZA 3QR3A 3I3EA 2A3CA 2XGIA 2WK2A 3GTNA 1Q6CA 1H2JA 1LL6A 3AS1A 3AIEA 4TTGA 4F9JA 3KL3A 4NZCA 1TCMA 1EHNA 2VZSA 2D0HA 1BYDA 3EMZA 3CUGA 4ZXOA 2WHJA 2F2HA 2WVUA 1EDGA 1JI1A 3MMDA 1WDSA 3SUTA 5E0CA 1UQZA 4AZHA 3A3HA 3MV01 3AS3A 5A1AA 4M82A 1C92A 2E0PA 5A94A 3PZ9A 3WDIA 3VD9A 2E8ZA 2ZUNA 1BGGA 1QPKA 4XUYA 2WCSA 3S2CA 2ZWYA 3OGVA 5A6BA 3MU7A 4Z2GA 1E4LA 2RTSA 1J18A 1CGUA 3L2LA 1WDPA 1RP9A 4HA4A 2WSPA 1QI2A 2E8YA 1B3ZA 1GW1A 2WC3A 1GQLA 3N12A 2VVNA 1Y7VA 1E0VA 1GHSA 1E4NA 3FHAA 4MNJA 3VUPA 2YLLA 3CZKA 4B3LA 2ZOXA 4H7VA 3HMCA 1NARA 2X09A 1UD8A 1JGIA 4MNMA 5I24A 4ZENA 4PMVA 1CLVA 1TA3A 1NOFA 4KGJA 4D72A 4UTFA 4FLQA 3MANA 4M24A 3VNZA 1C8YA 1CDGA 2AOSA 3OGSA 5FKYA 1MWOA 3VILA 5A6MA 2YA0A 1WP6A 1TR1A 1GONA 2CPUA 1K9EA 1CXHA 1Q6GA 2ZXQA 1QI0A 5I3DA 2PBGA 2D1ZA 1UA7A 2VQUA 1OGBA 3W28A 5IHSA 2ZXBA 3WL0A 3DYOA 3A4XA 3ARXA 3MSGA 4OKDA 5CGMA 4GQQA 1ZJBA 3DC0A 2ZXDA 5FOOA 2WVTA 1XSKA 1EOKA 1CBGA 4V27A 3TTQA 3VGGA 2DT1A 3IK2A 2WC7A 3GBEA 1G94A 4P7QA 1HJVA 1GOKA 4AYSA 1E6SM 1I1XA 3AHXA 1IT0A 1RH9A 1WPCA 3WDRA 3WDQA 1CGXA 4PYSA 3OGRA 3NJ3A 2GJRA 2ZWZA 5A3HA 1HVXA 2GK1B 3PN8A 4AC1X 2CERA 3A4WA 4QLJA 1EO5A 1CGTA 2VCAA 1GORA 1E5JA 1HJSA 5GNYA 1JYWA 4MAZA 2ESCA 4KMQA 1EIBA 3AZTA 3N04A 5GPRA 2EPOA 3VINA 1E6RA 5DF0A 2NT1A 1KBBA 3N11A 2WWDA 5M17A 1W91A 4OOZA 1JD9A 3VPLA 4YHGA 4J27A 3VIPA 2J8GA 5A69A 5D9MA 1WZKA 2W61A 2XPKA 4W93A 1FA2A 1DP0A 4QDMA 1ISXA 1M04A 4FLSA 3W25A 1KXQA 4PMNA 3D5HA 1GQKA 3GM8A 1UD3A 4AZGA 1E5NA 1B1YA 2F8QA 5AYBA 1H0IA 2VZTA 3DHUA 3S6TA 3WMBA 1JDDA 1FHDA 3SUSA 3SIMA 2BVYA 1PZ3A 2EXOA 2YL9A 4OIFA 2D24A 4QCEA 1NWRA 4UNIA 1E1FA 3ZOAA 1LJYA 1PIGA 3WELA 2JIEA 3F4VA 3OBAA 4YN5A 4CD5A 4PSPA 2WZEA 2DSZA 2OYKA 1VFUA 3QOKA 4W7VA 1XD1A 5DMYA 3WF4A 5GQBA 1OD0A 1HT6A 2YKKA 1B3YA 2G4FA 3RJXA 4NSBA 2XFFA 5ABGA 4B16A 2JF7A 1NWTA 2OYLA 3VOCA 4W5ZA 1XHGA 1TE1A 4KGLA 3UCQA 4ZFMA 3M6DA 3SURA 4P8XA 3BMVA 4D6GA 4EAMA 2BY1A 4AZCB 1E55A 3UETA 3O6AA 3WUFA 3QHOA 3WNOA 3VKKA 1B3XA 1PX4A 4BZYA 5ABFB 2VR4A 2WMIB 3EDFA 4W87A 3ALFA 1W3JA 4CD4A 1B9ZA 3WF3A 3F5LA 1HP4A 1Z32X 2GK1A 1G9HA 5DFAA 3AS0A 3THDA 4K68A 3VD5A 2EEXA 1UWSA 2J7EA 1CZ1A 4JAWA 1AQ0A 3KEHA 3OLGA 4MJ4A 5JIWA 2BS9A 1LG2A 3VMPA 3VDAA 4CCCA 3B8SA 4CD6A 3EBVA 2XVKA 3RCNA 4FF5A 3PBGA 2RGLA 5AC5A 1BGAA 3CZGA 1UR8A 1UUQA 3D3AA 4EK7A 2VCCA 4JL2A 4LXFA 1EA9C 4CVUA 3ARUA 1E1EA 1LG1A 3AIBA 3MMWA 1G5AA 3WNKA 4OBRA 4E8DA 1QBBA 1WZAA 3W6MA 2WVVB 2YA1A 3SCVA 1UR4A 5TD4A 4BQ5A 1BG4A 1AQHA 1HKIA 2QMJA 3UG5A 3NUKA 4KH2A 2YL6A 1ITCA 3WN6A 5JH8A 1OINA 1A47A 1ESWA 1KGUA 1E3ZA 2XUCA 3PZOA 5CPQA 3BLPX 2VZUA 4PMZA 2PC8A 8A3HA 1G0CA 4PUEA 3ZT5A 1S46A 2EPNA 2EJ1A 4PEEA 3UR8A 3WQ5A 1VF8A 4P7OA 4WSJA 1IZJA 2OYMA 2PWHA 4EKJA 2CYGA 2A3EA 3TP4A 2VZOA 2V3FA 3RM4A 3GYCA 1BVNP 1KR1A 2J79A 4H8HA 3GDBA 1WDRA 1HN1A 3T2QA 2FHFA 3AXIA 3PTMA 1H09A 4TUFA 2ZUSA 1E4IA 5E6ZA 2WMIA 5C71A 4AIUA 4QCFA 1A3HA 3F5KA 1V3LA 4J3XA 4CCDA 3ZIZA 1BTCA 1WE5A 1UD5A 3BH4A 1OSEA 5D4YA 4J3TA 5CG0A 2DDXA 1B30A 4AXNA 4LQ1A 1MW2A 4X0NA 3CO4A 2YA2A 1HX0A 1C7SA 1VFFA 5JIPA 2GDUA 4JHOA 1OD8A 3WD3A 3VGEA 5LA0A 3AHZA 3SCOA 3DYMA 1GOOA 4IUGA 2WYSA 4HPHA 1EH9A 5DEZA 1W3HA 2QPSA 2E9BA 3BGAA 5M3WA 2D3NA 2WVVA 2VOTA 1UWQA 3II1A 3W6LA 1EDQA 1LF1A 3OB8A 1J0JA 1XH2A 1BF2A 2VO5A 2CKRA 3GXFA 4P7LA 1CXLA 3QHMA 3IAPA 3O9NA 1PBGA 5HNNA 3M07A 4HP5A 2DSUA 1GQJA 1ISZA 2VTFA 2OWWA 3HN3A 4P7RA 5BXPA 1GUVA 4V2XA 2WLYA 2GJPA 1V6YA 1UKQA 2YBTA 1UWUA 1BPLB 4M29A 4CUCA 3AMKA 4R5EA 5C70A 3PZQA 3MV11 5M03A 1TMQA 4J3SA 4JKLA 1ISWA 2DGAA 1WAWA 1KFWA 1ODZA 2NW0A 1QNPA 3PZIA 3NDYA 5FIPA 1J0HA 2C0HA 4JKKA 4OBSA 2WCGA 1KQZA 4M56A 4W84A 1US3A 4FMVA 7TAAA 4FLRA 3NDZA 2DPEA 1G01A 5A6BD 3WFZA 5LA2A 3W26A 2PI6A 2XG9A 1DWFM 2XHYA 1KXVA 3W27A 1EHAA 3SEPA 1I75A 2WVSA 4UOZA 1I1WA 1WO2A 2GJXB 1EOMA 2VI0A 2X1IA 2Z1KA 3AIUA 1Q6EA 3VM7A 5IFTA 1W9UA 1B3VA 1OM0A 5CQ1A 2BY2A 4H8UA 2O92A 4AZ5A 3T2OA 3NCOA 3RIKA 4H8VA 3NSXA 2VMFA 2EBNA 4W88A 2E9LA 1BVZA 3BAWA 1MW1A 4C7FA 3FY1A 3E1F1 3CIVA 1SYTA 1HP5A 2ZE0A 1AMYA 1YHTA 2W92A 1CNVA 2CBVA 1J0IA 4TOQA 1KXHA 4GZEA 5CGTA 3ARQA 2ZUUA 4X0VA 1TVPA 1VFMA 3WBEA 1VIWA 1BQCA 3DHPA 4FLOA 1UWRA 3VD4A 1UH4A 4YHEA 2CESA 2W5FA 4LPCA 4M1RA 1R8LA 1JG9A 4KWUA 3CHDA 1NWSA 3VDBA 4AD0A 1XD0A 3B9AA 4Y7EA 3ZJ8A 1W9VA 5JBDA 1HJXA 3WUBA 4RE2A 1W1PA 4HOXA 1HNYA 1CLXA 2VQTA 3W24A 3KE0A 5GNZA 2J25A 2WC4A 4PSRA 4MB1A 4W7WA 5E9AA 5KZ6A 1J11A 2DT2A 1X6LA 1B0IA 4BCEA 4C7GA 1EO7A 2J47A 4WF7A 2XFRA 4UOQA 3QHNA 1V0NA 2DH2A 4NRSA 3MUY1 3JUGA 1V03A 2CKSA 2EPLX 3UERA 2GJXA 3F5JA 5BRQA 3EMQA 1H49A 1MFUA 3GXDA 2Y2WA 3CZJA 1JZ6A 3AYRA 4HOZA 1CTNA 1PEZA 4HPGA 1HJWA 4BA0A 1GOMA 2XYLA 5I23A 4IISA 1B2YA 2OSYA 4W8AA 1QHZA 2XVLA 3EYPA 2X05A 1SR0A 2G8ZA 3AMCA 3EDEA 3ARYA 1JD7A 5A6JA 1KWGA 1UKTA 3VTRA 2Y5EA 1J10A 1XSIA 2XSAA 1QI4A 3A4AA 2WW5A 2XVGA 5CPTA 3TOPA 3OZOA 5JBEA 5C8BB 2VX7A 3WQVA 1KWKA 2OWCA 3DYPA 1CXIA 3AZRA 4E2OA 1CGVA 2PWGA 5D9OA 4D6FA 1MYRA 4UQDA 1E0XA 4UOJA 1CIUA 2EO7A 2BXZA 5CXPA 3SCWA 4U33A 3WF1A 2CEQA 4BF7A 4OUEA 4MNLA 2BVTA 4XX6A 4URIA 3WH8A 1ODUA 4AEFA 1OT1A 4DWSB 4AD4A 5I78A 3SCQA 1NH6A 3WDJA 1RPKA 5A6LA 1GQIA 3POHA 1VJZA 3ZT6A 4CN1A 3AIRA 3BC9A 1KGXA 3W0KA 1W1VA 1NWUA 4NI3A 4PMYA 1UD2A 4LYPA 1VENA 3ZMRA 4HZ8A 1E70M 1LL4A 1N82A 1Q6DA 4AD1A 3B9EA 4PMQA 1GOQA 3OZPA 3SUWA 2JIWA 2VURA 3U7VA 1G1YA 2A3HA 1EQCA 3GH4A 4HU8A 2ZX9A 2W62A 5A6SA 3VIOA 1QVBA 2VX6A 3ZJ7A 2ZX8A 1XYZA 5A8OA 3KWXA 3CZEA 4KRTA 3SCNA 3WF0A 2XM2A 4PTWA 1QOXA 3NIYA 3VDHA 3ZSTA 1FH7A 3VMNA 2WWCA 4MADA 4XZBA 3TONA 1V3KA 1GVIA 1U33A 4HMCA 2VZVA 4EANA 1V02A 3G6MA 1ED7A 1KR0A 4TX6A 4MTVA 3WF2A 1PJ9A 1CECA 1E71M 3VGFA 1V0LA 3BMWA 5A2BA 2WANA 4ATWA 2BVDA 5I2UA 3KL5A 2XGBA 3ARSA 1XRVA 1GJUA 7CGTA 1W3LA 3W37A 1QBAA 1NQ6A 5BYWA 2O9TA 1JF6A 1UYQA 1BFNA 4PBGA 3OG2A 4A3YA 4JKMA 3K1DA 4H04A 1HKKA 1IZKA 4MB5A 1JZ4A 3PZVA 4DWSA 1SMAA 3WMSA 1CGYA 2WBKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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