1V08A

Crystal structure of the zea maze beta-glucosidase-1 in complex with gluco-tetrazole
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
MLSPSEIPQRDWFPSDFTFGAATSAYQIEGAWNEDGKGESNWDHFCHNHPERILDGSNSDIGANSYHMYKTDVRLLKEMGMDAYRFSISWPRILPKGTKEGGINPDGIKYYRNLINLLLENGIEPYVTIFHWDVPQALEEKYGGFLDKSHKSIVEDYTYFAKVCFDNFGDKVKNWLTFNDPQTFTSFSYGTGVFAPGRCSPGLDCAYPTGNSLVEPYTAGHNILLAHAEAVDLYNKHYKRDDTRIGLAFDVMGRVPYGTSFLDKQAEERSWDINLGWFLEPVVRGDYPFSMRSLARERLPFFKDEQKEKLAGSYNMLGLNYYTSRFSKNIDISPNYSPVLNTDDAYASQEVNGPDGKPIGPPMGNPWIYMYPEGLKDLLMIMKNKYGNPPIYITENGIGDVDTKETPLPMEAALNDYKRLDYIQRHIATLKESIDLGSNVQGYFAWSLLDNFEWFAGFTERYGIVYVDRNNNCTRYMKESAKWLKEFNTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
publication title Structural Determinants of Substrate Specificity in Family 1 Beta-Glucosidases: Novel Insights from the Crystal Structure of Sorghum Dhurrinase-1, a Plant Beta-Glucosidase with Strict Specificity, in Complex with its Natural Substrate
pubmed doi rcsb
source organism Zea mays
total genus 193
structure length 490
sequence length 490
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.182: 4-hydroxy-7-methoxy-3-oxo-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazin-2-yl glucoside
pdb deposition date 2004-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v08A00
4CCDA 1XV8A 4IISA 3WMBA 3CUFA 2WZEA 1ZU8A 1W9XA 1CGWA 2QMKA 2VNCA 1QNQA 4AZCB 4PCTA 2J4GA 1GZJA 2C7FA 1G94A 1VRXA 3B9DA 1JAKA 5DFAA 1V3HA 1W9UA 4GZIA 2X05A 5BWFA 5JIWA 2WCGA 1CGVA 5JBEA 1IT0A 2GDVA 2VC9A 3L4UA 4KH2A 4GXPA 1M7XA 1V02A 3ZJ6A 4WSKA 2FH8A 1E43A 1SMAA 1UD5A 2E9MA 4AIEA 4D1IA 1KBKA 1XC6A 3UCQA 3CMJA 4V28A 4M29A 2VCAA 4IM4A 4P7LA 5D9MA 2DSUA 4Q22A 3ARRA 3T08A 1FP8A 3VOCA 3MV11 1UD4A 1E9LA 2FHFA 5BROA 3MUZ1 1ECEA 4DWSA 4V27A 4DUXA 2F2HA 2XPKA 3BLKA 3CZEA 3F5JA 2CXGA 2VVSA 5A6AA 3VGDA 3THDA 4PMXA 1WPCA 1U33A 2NSXA 5ABHA 4PTXA 3A47A 4PSPA 1CGYA 3VIKA 1B90A 4RE4A 3MUIA 3RPMA 1UHVA 3VGHA 1CWYA 2YKKA 4AZIA 3WDRA 2DT1A 4MB4A 2ZX7A 4F8XA 1VEMA 2ZXBA 2EQDA 1B30A 1HX0A 1J0KA 2YOCA 1HP5A 1KR0A 1H09A 3PZQA 4AZHA 1NWSA 2WSKA 3HJEA 3SCNA 4GI9A 4W93A 4NRRA 1OCQA 3WL0A 2WVVA 3LPOA 3HMCA 3W82A 1D7FA 3VIFA 4HPHA 1MW0A 1V6WA 4TOQA 5E0CA 1DWFM 5HPCA 2DT3A 1H4PA 1K6AA 4W5UA 2XVGA 4URIA 4JKKA 4JKMA 5A2CA 1HL9A 3VDAA 1V3MA 2CBIA 4QLLA 2O9OA 1XYZA 5GQBA 1EDTA 5DMYA 1JNEA 1QI5A 3NUKA 1TFVA 1UA3A 3ZO9A 5AYBA 2W91A 1WNOA 2ZX6A 1HKMA 3FHQA 4Z2JA 3GXMA 4N42A 1CLVA 4QCFA 1W9PA 1TR1A 1M53A 1NOFA 4D72A 2WCAA 5FL0A 1MFUA 4HZ7A 3B9EA 3SCPA 1JG9A 4AZBA 1R7OA 1HIZA 7A3HA 3U5UA 1IV8A 5M3WA 1WB0A 4FLOA 1GJUA 1BHGA 3SCRA 1H2JA 1FHDA 1CECA 2WWCA 2BHZA 1AMYA 3RJXA 1E71M 3A6OA 5TD4A 3OGVA 4XB3A 1B3ZA 5M17A 3POCA 2OWWA 1M01A 3GNRA 1HT6A 5FIPA 2PWDA 1HJXA 2WBKA 3TTSA 1WDRA 5FOOA 4YN5A 2WHKA 1JZ6A 3CHCA 3WNNA 1G9HA 2GFTA 4TUFA 1Z32X 4U31A 1UA7A 2WC7A 3ZR5A 1G5AA 1CEOA 3SCOA 2GJPA 1CLXA 4HA4A 4MDPA 3VM5A 3OLDA 2ZICA 4AD5A 1XHGA 3QR3A 3L4ZA 1CXIA 4J3TA 1E0WA 1H5VA 2PF0A 2WMKA 3ARYA 3FHAA 4ML4A 1OT1A 3VD5A 1HKIA 1NOWA 1AVAA 2XGBA 4U5KA 4AISA 1PZ3A 3WDJA 3RMEA 2VCBA 4C7DA 2VX7A 3CUHA 1Q4NX 3L4WA 1EDQA 2PC8A 2WBGA 1Q6FA 4OBRA 2DPEA 3KE0A 1KR1A 1UR0A 1WZKA 4PYSA 3CPUA 4HU8A 3ZJKA 4DWSC 2QV4A 3OIHA 3MUY1 3PZIA 2EO7A 2CERA 1VENA 3EMCA 2D3LA 1YHTA 3IJ7A 1E72M 4UCFA 1W1PA 3N11A 3ZT7A 1VBUA 2Y5EA 1HVQA 4D71A 3AMCA 1CENA 4HZ8A 4MADA 1C7TA 1ISZA 4QLKA 1J0HA 1JZ3A 1CGXA 4UQBA 2X8RA 2A3AA 1HJVA 3AXIA 1V0MA 1JYWA 5LA2A 3WNOA 3WF3A 3WNLA 1E4IA 4J28A 4H8HA 3WD4A 1H1NA 3WUFA 5AC5A 2JEPA 2ZIDA 1UKOA 1RPKA 3RDKA 4WKHA 4C7FA 5EFDA 1UD2A 3ZQ9A 1BAGA 4Z2GA 1A47A 2VQUA 1TMQA 5BYWA 4W86A 3IJ9A 1LL6A 4YHEA 1QW9A 2CETA 1CDGA 1HNYA 1U2YA 1VF8A 2CBVA 1B1YA 3AS1A 3AXHA 2BHYA 3HN3A 5C8BB 4W85A 2QHAA 3VDBA 2GJRA 2VUYA 4KMQA 1KGUA 2BVTA 5GNXA 1JYNA 4HOZA 3W38A 1MFVA 1BVZA 4PRWA 4ACZA 3U7BA 2YL8A 2CHOA 4TX8A 2VRKA 1E15A 5D9OA 1V0LA 2C0HA 4UNIA 1PX8A 2E8ZA 4LYQA 2PBOA 4AZ5A 4C7GA 1W1YA 2EJ1A 1UOKA 3FAWA 3NDZA 5JUVA 5I3DA 3ALGA 2OWXA 1E6NA 1JGIA 2TAAA 5EBAA 1J11A 2BV9A 1TG7A 4PUEA 4E2OA 1DWHM 5JBFA 4W7VA 2G3JA 3CZ8A 2XWEA 2VMFA 4WK9A 5DT5A 4QCEA 5A69A 1IZKA 1PPIA 1LLOA 2D0HA 4AD2A 2GK1B 4BQ5A 1QOXA 4A3HA 1QVBA 1VFMA 3T0AA 4F9JA 3PBGA 3CUIA 3MSDA 3L2LA 3WEZA 1AQHA 1UKPA 3CZLA 4BQ3A 4EANA 2JFEX 4NI3A 4R27A 2NW0A 3ARWA 2E4TA 4NSBA 3BMVA 4J27A 2J77A 3VUPA 3WD1A 1XH1A 3ARZA 2FGLA 1L0PA 1TA3A 4P8VA 3ZSSA 6A3HA 5IFTA 1GW1A 1CNVA 3WSUA 1J9YA 2VRQA 2IUZA 4GZJA 3T09A 1DTUA 4W7WA 1WDSA 3F5LA 3WBAA 4MB1A 1OD8A 1P6WA 1UKSA 1ZBWA 3SCUA 4QLJA 3VD7A 4AD1A 3CLWA 3MV01 3VIOA 1E1FA 2WXDM 1QBBA 4HMEA 1BQCA 2BVYA 5GNZA 4KWUA 4TVDA 4FMVA 4KGLA 4GI6A 5A6JA 3DHUA 4DUVA 4W7UA 1W3JA 3GDBA 1WDPA 3NJ3A 1V02E 4OIFA 3N13A 2ESCA 4NF7A 1EQCA 1Q6EA 5KZ6A 1KWKA 2EXOA 2PI6A 1OIFA 2ZX8A 4X0VA 2WKLA 1OB0A 1ZL1A 2ZUSA 4AD3A 2O92A 4EE9A 1FP9A 3SCVA 4MNLA 1BLIA 2WANA 3SUUA 1CXHA 5LA1A 3VO0A 4ATLA 2BY3A 3THCA 5KEZA 1WP6A 4CD5A 2JALA 3UERA 3ARSA 1PEZA 1Y7VA 2F8QA 1QI3A 1ISYA 2BS9A 2V3FA 3WNKA 1MVYA 3L4YA 5CPTA 2XFFA 1UYQA 3ZIZA 3WQ6A 3RM4A 4JCMA 3IK2A 1K9FA 1GJWA 2XVLA 1OBAA 4D6DA 2YA2A 2XVNA 3RO8A 3FN9A 2Q8XA 2PWGA 4H2CA 3QOMA 4W8LA 2CKSA 2UY4A 3CZGA 1WE5A 2JIWA 4ZXLA 3EBVA 3N18A 1JL8A 1O7AA 3U57A 3N17A 1QHZA 3L4VA 1KGXA 1C7SA 1J12A 1UUQA 2OYLA 2DDXA 1UR2A 4V2XA 3VIPA 3L4XA 2XIBA 4E8CA 1JFXA 1Q6GA 4JFWA 3IJ8A 2VQTA 3AIWA 3AZTA 3VNYA 1UD6A 1HF6A 2J78A 4QDMA 3VD9A 4L4OA 4CKQA 3SURA 2WAGA 3WQ8A 1PAMA 3KL0A 3ZJ8A 4ZEPA 3UR7A 1ZJBA 1EH9A 1GORA 1W91A 2RGLA 3WF4A 4HU0A 4GQQA 1I1XA 4PN2A 3PZ9A 4UQDA 1C8XA 2E9BA 5E6ZA 4JKLA 3ZR6A 4AD4A 4ACZB 1CXLA 4RE2A 1PX4A 3SIMA 1US3A 4CVUA 3OLEA 1ODZA 4J3WA 1UH4A 3MS8A 3SCWA 4GI8A 4UFIA 2OSYA 5I0DA 4HOWA 2X0YA 3AMLA 1GUVA 4UFKA 4P8WA 3WH7A 3CHDA 1XSIA 3AMGA 3U5YA 5I2UA 4PMZA 3M6DA 1JD7A 3W53A 1L8NA 2QLYA 2GVYA 1OGBA 3WEMA 3PZNA 1TUXA 2WHJA 3QOKA 4AIOA 1VIWA 1VAHA 3AQUA 3IANA 3KL5A 4EKJA 1K9DA 2J7EA 3VD3A 3AS0A 2OSXA 1I1WA 2DEPA 3WF2A 3WNPA 4FLRA 5ABFA 1C8YA 5HNNA 3WD3A 4PBGA 3WY1A 2OWCA 2YDSA 1VFUA 2J7FA 4JAWA 4PSRA 1G01A 1CGUA 4CCEA 1H0GA 3N12A 3G6MA 5CJ5A 3AYRA 1GQKA 2V38A 4TTGA 1D2KA 3TTYA 1G1YA 2VX5A 2XVPA 1XCWA 2PWFA 1E56A 4B9ZA 5DEZA 5CZKA 4UOJA 1H0IA 1XD0A 2CHNA 2OLHA 3LPFA 5I79A 2X09A 2UWFA 1QI0A 5IFPA 4UQEA 3RIKA 4D6JA 1ZS2A 2G8ZA 2Y4SA 3TOPA 2W62A 3F4VA 3S2CA 2ZWYA 2BHUA 1BPLB 3VVGA 4AMCA 1BGGA 2F61A 2YBUA 3M7SA 3FNDA 4LYPA 3IAPA 4JFTA 1MQRA 1FOBA 3UG4A 1QNPA 3VINA 3NIYA 5GNYA 4P7OA 1UWIA 2CESA 1BYDA 3AICA 3ECQA 3ZM8A 6TAAA 1HJSA 2DSKA 4JFVA 1LG1A 2OSWA 6CGTA 3GH4A 1UQZA 1US2A 1E5JA 1QW8A 5C71A 5A94A 3CHEA 2UY5A 4Z2LA 3AXXA 3NDYA 1VBRA 3VX1A 1DWGM 4TX6A 4PMUA 4J7RA 2WMIB 2VL4A 1Q6CA 4YPJA 3GBEA 3WL1A 1YQ2A 1BSIA 3L4TA 3GNPA 4W88A 3WH8A 1E6XM 1OGSA 3PZMA 4AD0A 1WZLA 3OLGA 3T0DA 1JZ5A 3WEOA 4OJYA 3MO4A 1OM0A 2GDUA 1UD3A 5EFFA 3ARVA 1B31A 1OD0A 1VJZA 2GJXA 3UETA 2OYKA 4B3LA 8A3HA 1JZ8A 3OZOA 4CCCA 1GOIA 4JFUA 4J3UA 4WKAA 4AEFA 1EA9C 3AZSA 2W4XA 3CHFA 3MSGA 4UFLA 1UR1A 2W5FA 4CD4A 2WW5A 2J62A 3CIVA 3EYPA 1PBGA 2Z1KA 4OZOA 3ZOAA 1BYAA 1ZBCA 5A3HA 3MMWA 5F7UA 4P8XA 1OINA 3WIJA 2AMGA 5E6YA 4GKLA 5A6KA 5CXPA 4RL3A 2VTFA 1VFOA 4P7QA 3K4AA 4LQ1A 5BXSA 5I5RA 1JZ4A 4BQ2A 1R87A 2UY2A 2VT0A 1HJUA 2VJXA 1V03A 3ZT5A 3WBEA 2VI0A 1CTNA 9CGTA 1NARA 1W9DM 5E09A 2FDMA 2J7DA 3AHVA 3ARQA 4JZ5A 3WDPP 5I6SA 2DQXA 1W32A 1VJSA 3W28A 3CUGA 1XSKA 3W6MA 3VGGA 5BXTA 1VB9A 1WAWA 3JUGA 3CBWA 2VX4A 1EQPA 1MWOA 3FW6A 4MDOA 3WF1A 3WD2A 5DF0A 1JD9A 3UESA 1QBAA 3PN8A 2X2YA 2V3DA 2XM1A 1UH2A 4W5ZA 4MTVA 4QAWA 1B0IA 1JDAA 3AIVA 1MXGA 3APGA 3W24A 1UR8A 3POHA 2D0GA 3SEPA 4CU6A 4AY1A 4YHGA 2J7GA 1E1EA 4HP5A 1RH9A 3NSMA 4F9DA 4K68A 3L2MA 1BTCA 1HKJA 3CMGA 4DWSB 1E4NA 3VMNA 1KXQA 2YLAA 2WSPA 3WF0A 3RJYA 3IAQA 4OOZA 4PMYA 1KGWA 3GTNA 3VIGA 2A3BA 2VOTA 3AS3A 4H8UA 1XD1A 1X1NA 4W87A 2VZSA 2C8NA 2XGIA 1NOUA 4U5IA 1HJQA 5GPRA 4AZ7A 2QF8A 2D20A 3W0KA 2W63A 3U7VA 7TAAA 3WNMA 1HJWA 1R7AA 3GH7A 2CYGA 1AQMA 2NT0A 4PTMA 2WHMA 1R85A 2E0PA 2OYMA 3WQWA 5ABGA 3HU7A 4M82A 3WH9A 2WVVB 2EBNA 5AY7A 3VNZA 3WFZA 3UG5A 2E3ZA 5HXMA 1UG6A 4TTUA 2DT0A 2PB1A 4LYRA 4LX4A 3KZSA 1PIGA 4MJ4A 2J47A 4WLCA 1U30A 4XUYA 1EHNA 5CLWA 4AZCA 1V6XA 2D3NA 5EB8A 3B9AA 3SUTA 4CN1A 3O6AA 1Q6DA 3GM8A 1SFSA 4MAZA 1FH7A 4QFUA 1BVNP 5D4YA 2DIJA 1IZJA 5DT7A 4DM1A 1WO2A 2YL9A 3BAYA 5A8PA 2E40A 1RD6A 4GPNA 1MYRA 1UWQA 1GOKA 4S3KA 2XG9A 5EMYA 3PHAA 1V6VA 2J75A 3MUAA 1QHPA 4M81A 2WPGA 5I23A 4GO9A 1TVNA 1GOOA 3EDKA 3AIEA 5A2BA 2UY3A 3VMPA 5IHRA 1W3LA 4MAVA 1DWIM 3WDQA 3VX0A 4D6EA 4PTWA 1UR4A 1ISXA 1GVYA 2VZUA 3GYCA 3WMCA 4BCEA 1V6UA 1WZAA 1B3WA 1UKTA 5HOSA 3A4WA 1PJ9A 4IPNB 2EPMX 3BMWA 1DHKA 1FH8A 1HVXA 3FXYA 3RM8A 2NT1A 1J10A 3AOFA 4TVCA 2Y24A 3M07A 1KWGA 1TE1A 4EAMA 1V0KA 3TA9A 2V5DA 1J0IA 3PZTA 4HA3A 3RM9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CCD A;  1XV8 A;  4IIS A;  3WMB A;  3CUF A;  2WZE A;  1ZU8 A;  1W9X A;  1CGW A;  2QMK A;  2VNC A;  1QNQ A;  4AZC B;  4PCT A;  2J4G A;  1GZJ A;  2C7F A;  1G94 A;  1VRX A;  3B9D A;  1JAK A;  5DFA A;  1V3H A;  1W9U A;  4GZI A;  2X05 A;  5BWF A;  5JIW A;  2WCG A;  1CGV A;  5JBE A;  1IT0 A;  2GDV A;  2VC9 A;  3L4U A;  4KH2 A;  4GXP A;  1M7X A;  1V02 A;  3ZJ6 A;  4WSK A;  2FH8 A;  1E43 A;  1SMA A;  1UD5 A;  2E9M A;  4AIE A;  4D1I A;  1KBK A;  1XC6 A;  3UCQ A;  3CMJ A;  4V28 A;  4M29 A;  2VCA A;  4IM4 A;  4P7L A;  5D9M A;  2DSU A;  4Q22 A;  3ARR A;  3T08 A;  1FP8 A;  3VOC A;  3MV1 1;  1UD4 A;  1E9L A;  2FHF A;  5BRO A;  3MUZ 1;  1ECE A;  4DWS A;  4V27 A;  4DUX A;  2F2H A;  2XPK A;  3BLK A;  3CZE A;  3F5J A;  2CXG A;  2VVS A;  5A6A A;  3VGD A;  3THD A;  4PMX A;  1WPC A;  1U33 A;  2NSX A;  5ABH A;  4PTX A;  3A47 A;  4PSP A;  1CGY A;  3VIK A;  1B90 A;  4RE4 A;  3MUI A;  3RPM A;  1UHV A;  3VGH A;  1CWY A;  2YKK A;  4AZI A;  3WDR A;  2DT1 A;  4MB4 A;  2ZX7 A;  4F8X A;  1VEM A;  2ZXB A;  2EQD A;  1B30 A; 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 1BGG A;  2F61 A;  2YBU A;  3M7S A;  3FND A;  4LYP A;  3IAP A;  4JFT A;  1MQR A;  1FOB A;  3UG4 A;  1QNP A;  3VIN A;  3NIY A;  5GNY A;  4P7O A;  1UWI A;  2CES A;  1BYD A;  3AIC A;  3ECQ A;  3ZM8 A;  6TAA A;  1HJS A;  2DSK A;  4JFV A;  1LG1 A;  2OSW A;  6CGT A;  3GH4 A;  1UQZ A;  1US2 A;  1E5J A;  1QW8 A;  5C71 A;  5A94 A;  3CHE A;  2UY5 A;  4Z2L A;  3AXX A;  3NDY A;  1VBR A;  3VX1 A;  1DWG M;  4TX6 A;  4PMU A;  4J7R A;  2WMI B;  2VL4 A;  1Q6C A;  4YPJ A;  3GBE A;  3WL1 A;  1YQ2 A;  1BSI A;  3L4T A;  3GNP A;  4W88 A;  3WH8 A;  1E6X M;  1OGS A;  3PZM A;  4AD0 A;  1WZL A;  3OLG A;  3T0D A;  1JZ5 A;  3WEO A;  4OJY A;  3MO4 A;  1OM0 A;  2GDU A;  1UD3 A;  5EFF A;  3ARV A;  1B31 A;  1OD0 A;  1VJZ A;  2GJX A;  3UET A;  2OYK A;  4B3L A;  8A3H A;  1JZ8 A;  3OZO A;  4CCC A;  1GOI A;  4JFU A;  4J3U A;  4WKA A;  4AEF A;  1EA9 C;  3AZS A;  2W4X A;  3CHF A;  3MSG A;  4UFL A;  1UR1 A;  2W5F A;  4CD4 A;  2WW5 A;  2J62 A;  3CIV A;  3EYP A;  1PBG A;  2Z1K A;  4OZO A;  3ZOA A;  1BYA A;  1ZBC A;  5A3H A;  3MMW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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