3IEBA

Crystal structure of 3-keto-l-gulonate-6-phosphate decarboxylase from vibrio cholerae o1 biovar el tor str. n16961
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
213
structure length
213
Chain Sequence
TKPMIQIALDQTNLTDAVAVASNVASYVDVIEVGTILAFAEGMKAVSTLRHNHPNHILVCDMKTTDGGAILSRMAFEAGADWITVSAAAHIATIAACKKVADELNGEIQIEIYGNWTMQDAKAWVDLGITQAIYHRSRDAELAGIGWTTDDLDKMRQLSALGIELSITGGIVPEDIYLFEGIKTKTFIAGRALAGAEGQQTAAALREQIDRFW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
molecule keywords Hexulose-6-phosphate synthase SgbH
publication title Crystal structure of 3-keto-L-gulonate-6-phosphate decarboxylase from Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961
rcsb
source organism Vibrio cholerae
total genus 73
structure length 213
sequence length 213
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3iebA00
1I2QA 5KMYA 3SFKA 1K02A 1Q6OA 3H55A 3DFOA 3MI3A 4IGHA 5D2VA 2EGZA 4OWGA 2C1HA 1MO0A 1WOAA 4XWUA 4H4IA 5EPDA 3W76A 1HUVA 4A2SA 4GUFA 3TA6A 4MZ8A 3TJXA 2QEZA 4H3DA 3MP4A 3PB0A 1OFDA 3TDFA 1E51A 3W73A 3DHFA 3PY2A 2P10A 2G96A 2EAWA 4I7UA 1FWWA 4NUWA 1JUBA 3TE9A 3P5ZA 4HSOA 3CU2A 3NA8A 2E6DA 2NLIA 3G1AA 5G5IA 4OT7A 3FKRA 1K03A 3SECA 1MEIA 3NAVA 3LLFA 3EXSA 4UXDA 2BWGA 3W2JA 5D33A 1W37A 4FNUA 1O4UA 3RNDA 3QMRA 4ADSA 4RLIA 3HF3A 3THAA 3MBDA 2D73A 3WJYA 1WOBA 1EA0A 2ZRZA 3ZWSA 3PVFA 4LV9A 3UPBA 3BARA 2GQ9A 2VENA 4UC5A 5A8GA 1YDNA 2Y7DA 1IXQA 2CLIA 4GRSA 1JJKA 4QM1A 3CIXA 1LTDA 3KVMA 4AHQA 3BLIA 3EKLA 3S1VA 3C2EA 3C6CA 5DBTA 3M44A 5LGZA 2Y7FA 4CCCA 1ZAJA 5D02A 1IXOA 1OF6A 4LWWA 2PRMA 4LV4A 5D2XA 5HUPA 1QPQA 5G2WA 3EX2A 4Y8FA 4RXGA 8TIMA 3G3DA 1J4EA 3RFAA 1FX6A 2IQTA 1TQXA 3I65A 1PV8A 4P2VA 3HPSA 3NQ8A 1OYAA 3LCGA 3W2LA 1XDMA 3TMQA 4MLJA 1C9DA 3UWZA 1OYBA 3M0ZA 3NEVA 3ZWTA 3LHYA 3MWAA 3IV3A 1ME9A 2E1DA 2OX1A 2QCDA 3W72A 5CPMA 4GC4A 5C2XA 1OX4A 1TTJA 4N6FA 1G4PA 3R8RA 4IX0A 3H54A 1KW1A 4FB7A 1BKSA 2Z6JA 1H7NA 4UFLA 5GVJA 4N4PA 4FX7A 3DFNA 4IJBA 2W79A 2J9XA 4DBEA 3L2IA 3VFLA 4HIBA 2ZZ2A 4QIUA 4IXHA 1H7RA 3W7OA 3TAKA 2PRLA 2B4GA 5AC7A 3W70A 5FF3A 1ME7A 3N9SA 3TW6A 5AN7A 2WOQA 3PC0A 4XBKA 4NZFA 3PSVA 3D0CA 5CGQA 4U28A 5K3VA 3M47A 2E6AA 1W5NA 4MFEA 2Y7EA 1A5BA 4QQ3A 1I2RA 1DKWA 4WOZA 4LS0A 2V9DA 2FFCA 3G1FA 2CU0A 1W3TA 1QO2A 2FPVA 4Y96A 2O7QA 4A21A 4I7VA 2YXGA 1F74A 1VR6A 1WBHA 2DJXA 3IVUA 3NQ2A 1AW2A 2ZCGA 4MOZA 1EIXA 3M5VA 4XUGA 3G8RA 3CT7A 3L5MA 5DLCA 4UFMA 2QDHA 1U83A 4RX0A 2QCHA 4YXGA 5BMXA 1CX9A 3WK3A 4AAJA 5K9XA 4JTEA 3OEXA 2A2IA 4QAIA 3HG5A 2A21A 3B0UX 2NXIA 1EB3A 3L65A 4N9BA 4LU0A 3W71A 1KBJA 2DZSA 4DQWA 1F76A 2DJLA 1RZMA 1V7YA 5D2WA 4MFDA 3NPVA 4X22A 3U8GA 1YPIA 2H3BA 1GWJA 3EX3A 1H60A 3BG3A 2RHGA 3HGJA 3NZRA 2NUYA 4M6QA 1VHNA 4MY9A 3KVJA 1VC4A 2VFIA 3FIGA 3TSBA 5FF0A 1TV5A 5U7SA 1TTQA 1WYIA 4K36A 1PHQA 4NJHA 5G4WA 2WNNA 4IMEA 2A6NA 2AQWA 5F4XA 5LNUA 3L67A 1EPXA 4Z1DA 4LS2A 4IMGA 3IIPA 4IOTA 4IUOA 1NSJA 1KFBA 2J6XA 3W7PA 5FF7A 3T40A 1F73A 2H90A 3KXQA 2VFHA 3T78A 1ML1A 5G2HA 3FLUA 2E6YA 3HOJA 2BX7A 3W7DA 5HQEA 3G0XA 3HO8A 4X2RA 3W7JA 2YW3A 3O1NA 2WNZA 5ABTA 1VQTA 2QCLA 4O12A 2V5LA 4NU7A 2V2CA 1ZY9A 1A5CA 3P67A 2GPTA 3PG8A 2A7NA 3MUXA 2J24A 3M5ZA 1JUKA 4R53A 1JQVA 3DFTA 2PURA 4QITA 1X7FA 4OQVA 1ZCOA 3L0KA 5K7JA 1OK4A 1ICSA 5HULA 2CLEA 3NR0A 2VEKA 1TPVA 3E9AA 2QCMA 2X16A 3VNDA 4JTKA 3OA3A 2ZA1A 4MKNA 1IXNA 3DU0A 1WAUA 4YLWA 3S1WA 1MEHA 1CI1A 4ZQRA 3EB2A 4M19A 1UUOA 4OGZA 1R2TA 1BWLA 3TK7A 3DKLA 3QH2A 5I3GA 2DZWA 4NXSA 5FEWA 3IIXA 2C6QA 3LHZA 4GWEA 3DXIA 3S5NA 1G4SA 3QEZA 2PE4A 4XTDA 3LBCA 4LRSA 3TFCA 3OBKA 2NX3A 3N73A 1WDWA 4LUIA 3P8JA 4HNVA 3EWXA 1YXYA 2Q8ZA 3L0NA 2B7PA 4HT3A 3GKFA 1GYNA 1VHCA 2ABBA 3Q94A 1FWNA 5AHLA 5L6UA 4TU1A 1DV7A 1EX5A 4RR4A 5FF2A 2ZZ5A 1JVNA 4AHOA 4BWLA 3W1LA 4GJ1A 2WNQA 2DP3A 4JTHA 4Z08A 1A5AA 1LDCA 4UTWC 1HO4A 2QR6A 1LLZA 2F7FA 1F6PA 3C61A 1EP3A 2I14A 3NNTA 5KZMA 1ZJIA 1M7PA 1YYAA 3NO5A 1H1ZA 4MYAA 4ZQCA 4PODA 2CFFA 3G1VA 2B7QA 3KRUA 1LORA 2A5HA 4S2BA 1C29A 2V2HA 2E5BA 2HMCA 3P81A 4MZYA 3MP5A 2FB2A 3UWVA 4JTLA 3FEMA 1SZNA 3USBA 2GVJA 3PF3A 2XN0A 3M16A 1D3HA 4PTNA 3C3NA 1XBZA 1F6KA 2R8WA 1TPEA 1UCWA 2XFWA 5BW6A 4WUIA 1YDVA 4RK8A 2O7SA 1Q6QA 3M43A 3G22A 3S1XA 5KZEA 1R30A 5LNRA 1TPUA 1LP6A 1TTPA 1HFBA 5J5DA 5LHEA 4TX9A 4TMBA 3T55A 5IM51 1EUNA 3F4WA 5TBOA 4JTFA 1SSDA 4O10A 3EWYA 5EMUA 2C15A 3EWUA 5FEPA 3NQGA 1QR7A 3G1YA 1KTBA 2QJIA 4NXKA 4CNPA 1T8XA 4K39A 4FHAA 3GNNA 1PL9A 2VKZG 2Y89A 1PHWA 1J2WA 1H5YA 3VCRA 3R89A 1QMLA 2C19A 2X1UA 4WY0A 4JY9A 1OJXA 4M7TA 3G24A 4Q33A 3F4NA 4MPQA 3QC3A 4DELA 5C55A 3W2NA 1K3UA 1SZFA 3CWNA 4O1BA 2C13A 2ZRYA 2E77A 3PWAA 4JTSA 1G7UA 1K8YA 3NXFA 4MLRA 3GR8A 4R33A 2G95A 3WJXA 3N14A 4ADUA 3WFAA 2VFDA 3L5AA 2QCGA 3W22A 1A5SA 3NPXA 2NV1A 3IIZA 5HMSA 1VGAA 4LVDA 3PBVA 2JGQA 1T96A 1TPH1 1K7FA 3LGEA 2VFEA 3UXDA 4K8HA 2QAFA 3O6DA 3UXAA 3GAYA 3CQ0A 3Q2DA 4E0CA 1TO3A 3B05A 3E49A 4PEKA 4UTHA 3GVGA 4O1AA 3ATZA 4R7JA 1IXPA 1YPFA 4BI5A 2ZRVA 4O17A 4A3UA 1FCQA 1TPB1 2C18A 3W75A 1KTCA 4WXZA 1FXQA 5E0KA 4K38A 1FUYA 2GQ8A 4GUJA 3NPUA 2ABAA 4YCOA 1AL8A 2DORA 2QJGA 1T99A 4CLMA 1KM3A 4JX5A 3W1TA 3W7KA 3WK1A 4FO4A 1JRCA 3NM3A 4M6VA 1Q6LA 3HB9A 3W7MA 1OX5A 1F7BA 1CW2A 1W3IA 5LNSA 3SGUA 1KFJA 1L9WA 4O4WA 3W2KA 4X3ZA 2BXVA 1DJQA 3WK2A 3SGZA 1KM6A 3LHWA 1FBAA 3LDVA 2JKAA 1OFAA 1OFOA 2QF7A 2I9EA 4LRTA 5DXXA 3IGUA 2NZLA 3KFTA 6TIMA 4AMAA 1OF8A 5KINA 5CPOA 4NJGA 1XI3A 4AF0B 1VH7A 3CLMA 4FNSA 3PBUA 3M41A 3R2GA 1FDYA 3A22A 2CZFA 4M6PA 3I6RA 5AOUA 2ISVA 1LRTA 1S3HA 5BRBA 4L4MA 2Y70A 1MEWA 4DBDA 3QSRA 4DXVA 1R46A 5EYWA 1A53A 2YCEA 4DF2A 1GZGA 3QMSA 1G4EA 2QCEA 5FEXA 3UWQA 2ZBTA 2YYTA 2C16A 4Z0JA 3LRMA 4ZQPA 2I1OA 3KX6A 4O15A 1JCXA 3TW7A 1GVRA 1M5WA 3T4CA 2Y88A 3I7QA 2FB3A 3A21A 3HIJA 2VEIA 3L68A 5F2GA 2ZTJA 1O94A 4MZ1A 4ZZ9A 1WA3A 4UFHA 2ISSA 4DO6A 1OHLA 4UNKA 3P82A 3B8DA 1KV5A 2CZDA 2E68A 2Z1BA 3JR2A 3QRHA 2CLLA 5DXYA 5LHFA 1JCYA 1NAL1 1XUZA 5D03A 2WKJA 3HGSA 3L9CA 2J27A 3LX9A 1KFLA 1PCWA 4O19A 5CSRA 3B4UA 4GFSA 4PH6A 5H2ZA 5CKSA 3I7RA 4FXRA 4UMBA 3P62A 3S5OA 1Q6RA 4HSNA 2BSLA 1MXSA 4LNYA 2WQPA 2JK2A 3U6WA 5C54A 2VEMA 3S5ZA 2H6RA 1ZNNA 1B4KA 3TQ0A 4O54A 1M7OA 4O16A 2RDTA 4O57A 5EY5A 4JR5A 4DPPA 4Z1AA 1AL7A 1KFEA 1OFBA 4O14A 3NL3A 4HPXA 2E5CA 1OFRA 3C2FA 3UY7A 4MYXA 4RCXA 4JX4A 4E2BA 3FKKA 4CQ9A 3NL6A 1Z48A 4K7VA 1D9EA 5D2TA 3UD6A 1JCJA 1K7XA 2TPSA 3QQ0A 3MBFA 3O07A 4JGDA 3N34A 1VCVA 4LUJA 3MW7A 4JYDA 4D2JA 5I3JA 3G1HA 1F05A 5CZJA 3QFEA 4ZMGA 4Y9AA 4XKYA 3HJZA 2BTMA 1EUAA 1GTHA 3EXTA 4EF8A 2A6LA 4RV8A 3C0JA 5HNRA 4S1FA 5D09A 4BF9A 3PUOA 3F03K 3N9RA 1IIGA 4JEQA 1Q45A 3B0VC 3QW4B 3S1UA 4R34A 1LOLA 3CM4A 1VLIA 2ZFAA 3OVRA 3OVPA 1FCBA 3LCWA 4LVBA 3BLFA 3KAOA 4IMDA 2ZDRA 2VXNA 4RJEA 4FIRA 5AHEA 3UYCA 1YADA 2ISWA 3SZ8A 1I2PA 5KZDA 3PG9A 1XBVA 3LHTA 1YTDA 3MP3A 3W7EA 3AJXA 3BPWA 3RK8A 4Z0SA 3MHFA 2QDGA 2Y6ZA 3DFPA 1AMKA 1TPDA 3FJLA 3O6YX 1SZEA 3QZEA 3P61A 1JQXA 2ALDA 4WD0A 1TCDA 4O0ZA 1H7OA 3B03A 1TRIA 4AHPA 1X6UA 2OJPA 4JN6A 2Y7GA 1IIHA 3CEPA 1P1XA 1W8SA 1RV8A 2J88A 3KVLA 4X9SA 4PFMA 1QCWA 3S5YA 3W07A 4IWWA 2V81A 1QFEA 2RH9A 1KA9F 3LXAA 3GIYA 3TJLA 3PAJA 3W1NA 3C2RA 4ZQOA 1H1YA 2J9YA 3ANYA 4UCGA 3UNDA 1PCKA 4LS1A 3LXCA 2E5DA 3THQA 3GLCA 4HNNA 4JICA 3RMJA 4KWVA 4H6KA 5DBUA 2AAMA 3A5VA 1DQWA 4MJZA 4OE7A 2OZ0A 4UTWA 2Q3RA 3TXZA 3G3MA 3GR7A 3Q58A 5FI8A 1JULA 2RDUA 4PL1A 3NQDA 5IBXC 4POCA 1AW5A 5AFDA 2FQIA 3W1PA 1EP2A 3ABSA 2WV8A 3NGJA 4O1CA 3DH7A 3HG4A 2ZYFA 2VOMA 4ZVJA 1H63A 2HSAA 4UUIA 2EKCA 3O15A 1KM1A 5EKYA 3QMTA 3CTLA 1W56A 3NQEA 1Y0EA 1SSGA 2OT1A 3EWZA 3I68A 3TIMA 3W87A 1WXJA 4MY1A 1SU5A 3BG9A 3RLUA 3O06A 2VELA 4WXYA 1QWGA 2TSYA 5FESA 3O8AA 3TQKA 3UZJA 4UFKA 4GUIA 4BI7A 2JBMA 4XQ6A 3W74A 1OFEA 1LBFA 3NQFA 1SQ7A 1W54A 2YYUA 3MI6A 1DVJA 1PVNA 2F84A 5HWJA 4E2DA 1YXCA 1GVQA 3HPXA 3TAOA 3OVQA 1GOXA 2GUUA 4UNLA 1SO4A 4KKXA 1RR2A 3M7WA 3TNOA 3HMJG 1R47A 3E0IA 5L9FA 3W7IA 4O52A 2JKEA 4NX5A 4EWND 5C6MA 5LKYA 4WOQA 4UFJA 4WX2A 1HTIA 1W1ZA 1XBXA 3GYEA 4O8RA 3I7SA 5F1VA 1FY6A 3LRLA 2TMDA 2Z6IA 2ZZ6A 2QCDB 2OMAA 1W5QA 4WY0F 3BVJA 4HNUA 2BZNA 1OX4B 1LM1A 1NF0A 5AC8A 4O53A 5F1UA 1B4EA 5DCEA 3W7LA 2FDSA 3CIWA 3CWOX 1JUEA 3UPWA 4N9CA 4K7YA 3IRDA 1W3NA 3CEUA 1GG1A 1LCOA 1TB3A 4Z1CA 4AB4A 4UTLA 2C14A 4TO8A 2WJZA 3A24A 3W1RA 4DF1A 2R94A 3GDMA 1XUUA 4A22A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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