5DCBA

Neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with pep
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
346
structure length
346
Chain Sequence
HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase
publication title Structure of Neisseria meningitidis 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase regulated and complexed with PEP at 2.05 Angstroms
rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b (strain mc58)
total genus 132
structure length 346
sequence length 346
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2015-08-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5dcbA00
3FOKA 4NX5A 2I1OA 5K4ZA 1HG3A 2OMAA 3HGSA 4JDBA 1LP6A 3DKLA 3HG5A 4AWUA 1DQXA 4DO4A 3C2EA 1CI1A 3O07A 3HGRA 3QH2A 4UTMA 3CEPA 3WK2A 1JUKA 1M6JA 2JKAA 4K38A 2NUWA 1XDMA 1THFD 3W1RA 5CG7A 1ZY9A 3LTYA 4ZMGA 3W7MA 1QFEA 2QAFA 4JX6A 1KTNA 2QDGA 3UXAA 4ADSA 1TREA 1OF8A 4M6QA 4CCEA 5U4NA 5AN7A 1F6KA 1LBLA 2YPIA 3B05A 5DY3A 2TYSA 4WUIA 5AHMA 5HQEA 2CLHA 1VYPX 3LB0A 4CCCA 3IGXA 5CSSA 4GBUA 4MY9A 3LCWA 4TU1A 4FNUA 3S1VA 4GRSA 1FXQA 1KTBA 4Z1CA 1WOAA 4WD0A 1OFRA 1SSGA 1QR7A 4TO8A 3PBVA 3W1AA 5EY5A 3OVPA 1W5MA 2GJLA 4N9EA 2QUVA 4DPPA 4JXCA 3WK1A 4NXSA 2E1DA 1OFPA 1R46A 3U8GA 3Q2DA 1MEWA 2ISSA 1KM0A 1C8VA 5FESA 4UMAA 1LBMA 4C1KA 5K9DA 1FUYA 3DZ1A 2DZVA 4XKYB 3NPWA 3TXZA 3P81A 5LKYA 1ME9A 2DZPA 2HTMA 2NV2A 2V8ZA 3UZJA 1ICSA 5L6UA 3LX9A 3KFTA 4LV4A 4A29A 1F7BA 3G1VA 3M9YA 3LXCA 5CZTA 4ZQPA 4YMZA 2Z0IA 2TSYA 3BGGA 2B7PA 5KMYA 3CEUA 3QMSA 1RQBA 3OG3A 3P67A 3W2MA 4UMBA 3W87A 3ZR4A 3SW6A 4IGHA 1TPUA 4JGDA 3QSRA 5DXYA 2QCNA 3N14A 1K7EA 3HG3A 2YW4A 2B7QA 3LM7A 4LV9A 1F6PA 3FFSA 1C29A 1ZENA 5I3HA 1PCKA 4MPQA 1LROA 4C1LA 2BLEA 1XBVA 1ZHAA 3UY7A 4FNPA 4DBEA 4LS2A 4AHPA 1EUAA 4HIBA 2PRHA 3W7NA 2FPVA 4JTKA 3NPUA 4FB7A 4UTTA 1BTMA 2QCDA 1O60A 1YXCA 3UZ5A 1GOXA 1VZWA 3S5NA 4JD4A 3GYEA 3E49A 2E68A 4JIQA 4I7VA 4MY8A 3UD6A 3NZRA 4O54A 2UV8G 3TK7A 3CWNA 1PE1A 1AMKA 1EPXA 2Z6IA 3UWQA 3R12A 1D3HA 1QO2A 2QUUA 1VPXA 1TTPA 3NEVA 1WYIA 3NQMA 2DU2A 4U4MA 3W7PA 5AC6A 3DAQA 3UWZA 3M41A 5KSWA 4RK8A 5FEZA 3L0KA 4UMCA 3G22A 3W2UA 4UNKA 1XBYA 5J5DA 3W2KA 3P62A 3IIPA 3HIJA 3PUOA 2QEZA 4PODA 4R34A 3C3NA 1PIIA 1ZJIA 1KFCA 1ALDA 1PHQA 3R5EA 1YDNA 3TFCA 3QF0A 4H3DA 4LRSA 2A0NA 2YDAA 1V5XA 2RKXA 1UASA 2PC4A 1B4EA 4L4LA 2WV8A 1H51A 5D2WA 2LLEA 3CLMA 3LRKA 4O14A 1GYNA 5LGZA 1SZGA 4FNRA 4UFIA 4FIQA 5CZJA 4O28A 4S2CA 1JJKA 4O16A 1P4CA 2PRMA 2EAWA 1K7FA 5FF4A 2ABAA 1TO3A 4BR1A 1PV8A 4AVFA 1P1XA 5D04C 2WSYA 4K6AA 3RLVA 1LBFA 1ZNNA 3A24A 3LBMA 1QPOA 1MEIA 3GZ3A 3O15A 3FYPA 2OT0A 5F2GA 1DKWA 2BWGA 3M7WA 2J27A 4KFPA 5F2MA 3DFPA 1SU5A 3I7QA 5E0KA 2CLFA 4K7VA 2EF9A 5J5RA 2EHHA 4UFKA 1Q45A 2C19A 3MHFA 5D2TA 3TR2A 4NJIA 4XBSA 5GVJA 2A5HA 1GQNA 2YFOA 4CLMA 1K03A 1ZFJA 2WNNA 1H61A 4AH7A 1TRIA 1FDJA 5HJLA 2AGKA 5FEWA 3W1XA 3BV4A 3GK0A 1M7OA 5CZ0A 1H7WA 3QJAA 4FX7A 4Z1BA 3MJYA 3EX6A 2V2CA 5HWMA 3EWXA 4UUIA 2IQTA 2RH9A 1X1ZA 3NQEA 3RFAA 3B0UX 1EB3A 2E6AA 2GVJA 3NA8A 3P84A 3HBLA 2HMCA 2V2HA 1M7PA 1TPFA 3STGA 1D3GA 3LHVA 3NDOA 4KFNA 1YXYA 3NM3A 5DCDA 3EWZA 3KRSA 1OYAA 4N02A 3BG5A 3DFNA 3HMJG 3NQGA 2G96A 3G1AA 4QSHA 4PC8A 3IGUA 4EF8A 5G2HA 5K4XA 1FCUA 4QNWA 3WJXA 1I4NA 3ZFHA 3L5LA 1S5VA 4CNNA 5AYZA 2JKPA 2GJNA 1JRCA 2NX9A 3S1UA 3W1QA 3PR2A 4NZFA 3MO7A 2GPTA 3TSMA 5K7JA 3W1NA 5KZEA 2I14A 3QRHA 3ABSA 4Z08A 5BW6A 3LCGA 4QNEA 2YYTA 4WY0A 3P60A 1IGSA 4ZQMA 3G0UA 3LLFA 2DJXA 1O4UA 2YR1A 4AEOA 4LVAA 1NFBA 4ALDA 3CT7A 1VYSX 3HO8A 3TW7A 1TPH1 3EXSA 4O52A 3FLUA 4O13A 3GDKA 2WKJA 1OFEA 2C3ZA 4Q4KA 3DH7A 5D02A 1HO4A 3B0PA 5LNRA 2NZLA 2A21A 3VNDA 3KHJA 3IGSA 1Q6RA 3DENA 4MZ8A 4NT0A 4O17A 4NX0A 4N2YA 2JK2A 3LBCA 5H91A 5D05A 2NLIA 2XN1A 2YW3A 2OT1A 2ZRVA 3W7OA 4M19A 1SZFA 4JTJA 2GQAA 3NVTA 1GVQA 3OVQA 3C2RA 2VFGA 5D2XA 2WNZA 3P74A 3W83A 5SWUA 2BSLA 2H3DA 4FNSA 4OHQA 1KM2A 4WY0F 2FB3A 3PVFA 5E93A 3FJ6A 1F2JA 1JRBA 4FNTA 1OABA 4QITA 2CZEA 4O50A 5C6MA 3O6YX 3BARA 1SFJA 1YADA 4LVGA 3P61A 3LXAA 2CLKA 3NGJA 1TJPA 3FJLA 3MI3A 4UFHA 4Y90A 4M5PA 3TQ0A 1KFBA 3NYZA 1RR2A 3QMTA 2X1RA 1OX5A 4FF7A 1OYBA 5F1UA 5D33A 2B7OA 4LS1A 1WV2A 1OFAA 3QYQA 1WBJA 3L66A 4EIVA 4N6FA 3MI6A 3L65A 4AWTA 1LLZA 4GC4A 2C6QA 1NSJA 1PS9A 1LOLA 2ZRXA 3ZWTA 1LZOA 4GUJA 7TIMA 1PVNA 1U5JA 2Y85A 3I65A 2ZBTA 1FWWA 2ZZ4A 4I7WA 2OJPA 2QKFA 4OWGA 3TW6A 2RDWA 3W1LA 3TE9A 3S5YA 4ORIA 1IIHA 1GVFA 4MUZA 2V5LA 3G1XA 3UXDA 3KOFA 2ZA1A 1KM6A 2V9DA 3M5ZA 2H8ZA 3EXTA 1TPDA 2WJZA 1XFBA 4CQAA 2Y6ZA 5AHIA 4DO5A 3E0IA 1H1ZA 2X30A 2P10A 4BK9A 2HSAA 2FDSA 3BW2A 4LUIA 4O1BA 2VC6A 2I9EA 2OX1A 1EIXA 3DFOA 2ZFAA 3EWWA 2XN0A 5HR7A 1YTDA 4MFDA 1K8XA 3A23A 3MUXA 1UJPA 4AWSA 5C55A 1WX0A 4FXRA 2J6XA 3CC1A 1LOSA 2BX7A 2V2DA 3FKKA 4YWIA 5A5WA 3NXFA 4O1AA 4BF9A 4K39A 1W5QA 3C2FA 3C2OA 3LHZA 4HN4A 1TJRA 4RCXA 2YXGA 4K7YA 2X1UA 1F05A 3N2MA 4H6KA 5BMWA 3UWUA 4OE7A 3YPIA 4XUGA 1XBXA 1SQ7A 3QSTA 2Q3OA 4JDYA 5DCBA 4AMAA 3G0XA 3JS3A 3W07A 3LERA 1TTQA 1JULA 4QM1A 4JYEA 3S8HA 3RLUA 1HUVA 3NOEA 3NL3A 1FDZA 2DZUA 2C0AA 3F03K 3HF3A 1KM3A 4O15A 2VEMA 1JCYA 3NQCA 1W5NA 1UB3A 3DI0A 1AW1A 1CW2A 3L9CA 3O16A 3USBA 4K8HA 4NJGA 3TX9A 3SIZA 3V75A 4CQ8A 3OHIA 4RXFA 2TRSA 4M6VA 3W6YA 1GTHA 5AOUA 4DF1A 2VFIA 3DXIA 4LC6A 2Y70A 4JICA 4IMGA 4GWEA 3W23A 5FF3A 1GYLA 4JTHA 1Q6OA 2E6DA 1TIMA 2E6YA 4BWLA 3SSJA 4KFOA 3LOTA 4LW7A 3TIMA 1NF0A 3SR7A 1YPFA 4MZ1A 4JN6A 1WQ5A 4NJKA 3O6DA 3QM3A 5T26A 4HNTA 2RHGA 4MZYA 3M43A 1DQWA 2GQ8A 4O57A 3W1MA 4MLRA 4KWWA 2CZDA 3ELFA 2JBMA 2H3BA 3GNNA 1G4SA 3CWOX 1FY6A 4JEQA 3EB2A 4JYFA 4UTIA 2X2GA 1FCBA 1R2TA 3C2VA 2F7FA 2R14A 5CKSA 3PB2A 3UWVA 1YTKA 1GG0A 3KXQA 3MW7A 3TU9A 5HWJA 1G4EA 2YYUA 3PUDA 3PF3A 1I2PA 4TMCA 2ALDA 4UTWC 2CLEA 4FXSA 3GVGA 1IIGA 4E2DA 4ZQCA 3PB0A 1ZAJA 3MWAA 1K8ZA 3W88A 1OFBA 3W7LA 1TTIA 3A9IA 1RPXA 3TSBA 2CFFA 2DJLA 1VYRA 5MHBA 3GAYA 2Y62A 3G24A 3ANYA 3W70A 3SGUA 5C5YA 1QPNA 2B4GA 5U7SA 2J9ZA 3NPVA 3G1YA 3I6RA 1M5WA 2Y7GA 3TNOA 3BLEA 1MXSA 2ZTJA 1O5KA 3VCRA 3P82A 3UWWA 1A50A 1XC4A 2VFDA 4NNAA 1NF7A 1HO1A 5DLCA 1IXNA 2ZRZA 4RKAA 2KZHA 4M6PA 3VE7A 1HFBA 5D09A 1KA9F 4LWWA 5AHFA 5AFDA 5F1VA 4FEZA 4N9DA 1T8XA 2E5BA 3WJZA 3W7HA 5HMSA 4N6EA 2ZZ7A 5CZSA 5C2XA 4DXVA 4RX0A 3L0GA 1A53A 3W3OA 4Q32A 4FIRA 3B0VC 1HL2A 3R8RA 2G95A 4FX8A 1T0OA 3TROA 3PWAA 2VKZG 4UFLA 3IEBA 3MHUA 2C13A 1VHCA 2QUTA 3W7RA 1KFJA 2Y63A 4ADUA 1TV8A 4MY1A 1OHLA 3KVLA 2WPBA 1SW7A 3EX2A 1LORA 4PL1A 2Q8ZA 1MEHA 4N9CA 3R13A 1RQHA 3SZ8A 1I8JA 2FPTA 4ML9A 3FYOA 3E02A 4NU7A 3W1PA 4O18A 1MO0A 4JX4A 4K37A 1KLZA 1TQXA 1X6UA 5ABTA 3CIWA 4IMDA 3LI0A 3C52A 1MSSA 4X9SA 2NWRA 1OFQA 4AF0B 3NQFA 1KFEA 3T55A 2V30A 4NJHA 4FX6M 4UTLA 3OBKA 1BEUA 3O06A 3KAOA 1VH7A 3QW3A 3NM1A 1PHWA 3P5ZA 4HPJA 2EPHA 3NAVA 5FF0A 5D38A 2BZNA 5LNWA 1JCJA 1JCXA 3MP4A 1XI3A 1VJIA 3SGZA 2Z1BA 1C9DA 3NQ8A 3NL5A 1AK5A 2QCHA 1W0MA 3LTSA 5HNRA 5HWNA 5LNUA 1LDCA 4MYAA 4UTKA 1B57A 3JRKA 3W22A 1A5CA 1UCWA 2Y61A 2Q3RA 1LOQA 3GDLA 1VC4A 4ZZ9A 3SFKA 1KBJA 3TCEA 1YTEA 5CSRA 1B3OA 2Z2UA 3HGOA 5IBXA 3F1QA 1T99A 4K36A 5AC7A 5K3VA 3L67A 1DHPA 1FBAA 4PA8A 1Z41A 2WNQA 3UY8A 1YDOA 3QW4B 1OYCA 1YDVA 4PH6A 2FPYA 3KVJA 3W9ZA 3QZEA 4JX5A 1JCMP 5EYWA 3S0CA 3H55A 4R33A 4RZ4A 1L9WA 1SPQA 1VLIA 2ABBA 1TB3A 3E9AA 4WQ6A 3TDFA 1I45A 1TMHA 3KX6A 3PY2A 2Y7DA 1SR9A 3M5YA 3NQ7A 1B9BA 4E0CA 3BVJA 4IOTA 4MKNA 4RXGA 2ZA3A 5LHEA 1TV7A 3CM4A 2YGYA 4W9TA 3FKRA 3CB8A 3PC0A 3TH6A 2PCQA 1AW5A 3CU2A 4HPXA 4IMCA 5CPOA 2V82A 3W7GA 2JKEA 3Q58A 2WSRA 3GKFA 3GIYA 3UNDA 3W7IA 3ABQA 3L21A 3W7DA 4XQ6A 4ZVJA 1IXQA 1BWKA 3TJLA 5HR6A 4G1KA 4UIOA 2Z6JA 3CHVA 2X16A 5EA9A 3MHGA 2EKCA 3BLFA 4UTUA 2P1FA 3MBDA 1TTJA 1N55A 3RMJA 3SI9A 4HNUA 4RR4A 2E09A 4ZQOA 2B0MA 4BFAA 4RJEA 4UTTC 3GAKA 3ATZA 3INPA 3W2JA 3G1FA 4FHAA 1KM1A 1DOSA 2QJGA 4YCOA 5IM51 4MVAA 1OFDA 2OZ0A 3AJXA 3ZWSA 4EVZA 2ZZ6A 4XTDA 3W71A 1Q6LA 4TX9A 3M5VA 5DCEA 3IVSA 3N3MA 1JVNA 4BI6A 3IRDA 4IX0A 3C56A 2J9YA 5LNSA 2ZRYA 3QPYA 4UXDA 1H5YA 4Z0SA 1JUEA 2YX0A 4GXMA 4IMEA 3FEMA 5G1TA 2CLIA 1ADOA 5F4WA 4NZJA 3LV6A 1GG1A 3BLIA 1N8FA 5D03A 4GNJA 1NVMA 5G2IA 5C54A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3FOK A;  3DEC A;  4NX5 A;  2GGJ A;  4YHE A;  2OU4 A;  3HGS A;  4XIA A;  1DQX A;  3C2E A;  1CI1 A;  3CO8 A;  4C65 A;  3EOS A;  3AU6 A;  1M6J A;  2JKA A;  5M17 A;  2NUW A;  4R9O A;  2VVS A;  3UZZ A;  3R8H A;  5B7Y A;  3DC8 A;  3LTY A;  3VIJ A;  4M8U A;  2L5H A;  3VIM A;  4JX6 A;  3USZ A;  3AXI A;  1TRE A;  3QR1 A;  3UR2 A;  4M6Q A;  4LNC A;  3SUU A;  1F6K A;  2YPI A;  5DEZ A;  3GY1 A;  2HE5 A;  4CEU C;  2HVM A;  1D2K A;  3BLL A;  4HPH A;  5CSS A;  4MY9 A;  4TU1 A;  2H9A A;  3VKK A;  3IRS A;  4GYF A;  4WD0 A;  2MNR A;  1OFR A;  4OUI A;  1SSG A;  1QR7 A;  5A95 A;  2GJL A;  1HQT A;  4XD3 A;  4N9E A;  2E1D A;  1OFP A;  1MEW A;  1UG6 A;  2WMJ A;  4JIE A;  4PB5 A;  1PX4 A;  4WIW A;  5FES A;  4IUG A;  3V5C A;  3GH5 A;  5K9D A;  2DZV A;  4LYP A;  3TXZ A;  3R4I A;  4B4F A;  3KE0 A;  3OB8 A;  2HTM A;  3EA1 A;  3UZJ A;  1Q7Q A;  3NTY A;  5ABH A;  2NQL A;  3G1V A;  3M9Y A;  4A29 A;  5CZT A;  3MAN A;  2Z0I A;  1FA2 A;  3NXL A;  5HA7 A;  1CWY A;  5A6A A;  2B7P A;  1ISY A;  3CEU A;  4UMB A;  3VC5 A;  4LQ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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