1WDRA

The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase
Total Genus 183
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
183
sequence length
493
structure length
492
Chain Sequence
SDSNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFSCLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-amylase
publication title Structural analysis of threonine 342 mutants of soybean beta-amylase: role of a conformational change of the inner loop in the catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Glycine max
total genus 183
structure length 492
sequence length 493
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2004-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1wdrA00
1FHDA 4RE2A 4PBGA 2BY3A 4YHGA 3OGVA 2O9PA 2VZTA 2QMKA 5IHSA 5BROA 5D4YA 1HJSA 5BXRA 2BHUA 1CEOA 1HJUA 3WFZA 2G8ZA 2X2YA 3LPPA 3ZT6A 1HN1A 4UQ9A 3IANA 1ZJAA 3VIOA 4UFKA 5EB8A 3EMQA 3AS3A 4GI9A 1W1PA 4HU8A 2VURA 2ESCA 5GNYA 1R86A 4CD7A 4XV0A 1KQYA 4BCEA 4W8AA 1MFVA 3AMKA 1PX8A 4JHOA 4CUCA 1W9XA 1CWYA 3VVGA 1C91A 3CBWA 4P7OA 1PX4A 2J7GA 4DUXA 2VZUA 3N1AA 2IXUA 3PZMA 4J7RA 2CYGA 1OINA 3A4XA 5I79A 3N9KA 3VDBA 1B9ZA 1UR9A 2XIIA 1WZLA 4BQ4A 4NSBA 1UWRA 3UERA 3SURA 4WSKA 3WNPA 3ZJKA 3MUAA 3HN3A 1TZ7A 3W53A 4U3AA 1MW1A 2WZIA 3K46A 4PMRA 3D5HA 3SCNA 4CD6A 2GUYA 1EHAA 5CPSA 1CXKA 3ARRA 3SUVA 5BXPA 2PWHA 2YDRA 3N18A 3N12A 4AD1A 3AHVA 2PWFA 3QOKA 4H7VA 1CBGA 3MO4A 1UWSA 2XWEA 1B3ZA 2QPUA 3PZ9A 2OSWA 2ZX6A 3WEOA 1HVXA 2RGLA 2D1ZA 2NSXA 4RE4A 5D8WA 3K4DA 1WDQA 3VD7A 4W7WA 1D3CA 4L4PA 2JIWA 4B3LA 3O9NA 3WQ4A 5E09A 1UD8A 2CEQA 1MW2A 5BRQA 4AEEA 1B31A 3L4WA 2WKGA 3BMVA 3T0BA 4P7NA 3E1F1 2Y2WA 4CD4A 1ISVA 3SCOA 2UY5A 3AZSA 1BFNA 1BQCA 5E6YA 1ODZA 1JDAA 3BXWA 5I6SA 2VX6A 3F5JA 2V38A 2XG9A 4AZIA 4Z2GA 3WBEA 1LF1A 2WSKA 2J75A 4PMOA 4W8BA 1E4LA 3WD0A 1Q6FA 3HJEA 3OZPA 3BAIA 2OWWA 2XVNA 1NM9A 4EANA 5BXTA 5IFPA 1NWTA 4Z2HA 3TTSA 3W37A 3IJ9A 3IK2A 1R8LA 4FF5A 4W84A 4HPHA 5EBAA 1TCMA 1V3KA 3AHTA 4UQEA 4HPGA 1C7SA 3CZ8A 5CZKA 2EPNA 1J11A 2J7CA 2ZE0A 1MXGA 4GZJA 1JNDA 1KQZA 2YBTA 3PZQA 5CJ5A 3PZGA 2OWXA 3VM7A 3AIEA 5I2UA 4U5IA 4Z2LA 2W91A 2PF0A 1MQPA 3ARPA 3PTQA 4MNMA 1QNRA 5C8BB 1V0MA 1BYCA 4QAWA 2ZICA 2YLLA 5IFTA 2X05A 3THCA 3EDKA 1VBRA 3HU7A 2WVVA 4JAWA 4CN1A 2F8QA 4M80A 1CXIA 3VD4A 3F5LA 3TTOA 4GI8A 3WQ5A 4PMXA 1QI0A 5DT7A 3WF2A 3WKZA 2QMJA 1E5NA 1E6ZA 1BAGA 2J77A 1EQCA 4ACZA 2ZX7A 5ABGA 1FOBA 1UH2A 4D6GA 4Z2JA 1UYQA 2J47A 4CCDA 4M81A 2FHCA 2DT0A 4AY1A 5IHRA 1JZ5A 1ISZA 1W1YA 3VIPA 1CGUA 1HL9A 1H09A 4U31A 2WPGA 4OUEA 1FA2A 3IJ7A 4UZSA 3B8SA 1LWJA 2WCGA 3B9AA 1KXTA 3I3BA 3VIKA 2F61A 1QI2A 2WC4A 1OD0A 2A3AA 2W62A 5DO8A 4QCFA 5GNXA 3VMOA 4OOZA 2GSJA 3PHAA 3AIBA 1PEZA 5E0CA 1ESWA 2JF6A 3AHXA 1E3ZA 3DYPA 1VAHA 2DT2A 4AEFA 2X0YA 2XVPA 4D6HA 3VU2A 4UCFA 3M6DA 1PAMA 2XFRA 2A3CA 2GFTA 3GYCA 4H2CA 4IISA 2XFFA 2WMIB 2PWDA 4ML4A 1WKYA 5HNNA 1B2YA 4PTWA 1JZ4A 1WP6A 3VGHA 3A4WA 5LYRA 2OYKA 1KXHA 1GVYA 1TVPA 4PYSA 3WELA 3WH7A 1DWJM 1E55A 1K9FA 4C7FA 5ABHA 3VILA 5ABFB 3SCTA 1KXQA 4MNJA 1VFFA 1OIFA 4X0NA 2JFEX 1GQKA 4TVDA 4CGTA 1WB0A 2WMKA 3WNKA 4DWSB 1R7AA 2GDUA 1E6NA 2FHFA 3POCA 5CSUA 1JZ6A 3AYRA 4KH2A 5JUVA 3U57A 4FLSA 1UWIA 3CZLA 4AD2A 4JIEA 2MANA 1TA3B 3CZKA 3BGAA 4ACYA 3SUWA 4XB3A 1WAWA 3D3AA 3OLGA 5TD4A 4RL3A 4NRRA 1V08A 4KGLA 4L4OA 2J74A 4OOUA 1GUVA 4DWSD 1W1TA 4UFMA 4B9YA 1H2JA 3DHPA 2WMIA 3ARVA 1VFOA 1QNOA 4QDMA 1VB9A 1BGAA 3K4AA 2WLZA 1KGXA 3QOMA 1JFHA 4J3WA 4E4PA 3QHOA 4GI6A 1J0HA 4HA4A 3WY1A 5A8NA 1OT2A 1V6YA 1DWAM 3PZVA 1DHKA 3TTYA 2VRJA 1C3FA 3VIMA 5ABFA 1JI2A 1UA7A 3NDZA 3ZQ9A 2WBGA 2YLAA 4MJ2A 2BXZA 4PMYA 1BSIA 5AC4A 4DWSA 3AIUA 2XUCA 4JCLA 1J0JA 2ZIDA 4AD0A 1HP4A 3MMDA 4BQ2A 1GORA 2VX4A 3BCFA 1E73M 1UD3A 3MUY1 1NWRA 1QNPA 1GCYA 3ALFA 1HL8A 1E1EA 4GXPA 4M8UA 1H5VA 3BSHA 1FHLA 4BZYA 4D6CA 8CGTA 5LA2A 4CD5A 2WKLA 1CDGA 2V5CA 4JCMA 3WSUA 3NSXA 6TAAA 3WH9A 1VJZA 2E0PA 2D23A 3UR8A 5DFAA 3AI0A 2VZVA 3PZUA 2DDXA 2AMGA 2W5FA 2GVYA 1TMQA 1UR1A 4CCEA 1JDDA 1GVIA 5JIWA 3MSGA 4QCEA 4WLCA 2J25A 2WXDM 3NSNA 4HMDA 4R5EA 3ECQA 3VTRA 2DSUA 1UHVA 3L2MA 4U2ZA 1VFUA 1V3MA 1FH7A 2YA2A 3LMYA 1R87A 2BV9A 3L4TA 2PB1A 5AYBA 1UH4A 1SMDA 1B3WA 1UD2A 3FAWA 5M03A 5D9PA 4HZ8A 3AS0A 2VR5A 3WL1A 3MU7A 2J4GA 5ECUA 1LL6A 2XVGA 3WFLA 3UR7A 3VNZA 3VO0A 3PZIA 3OGSA 1W3JA 3WMCA 4PTMA 2UY3A 4WK9A 1XD0A 2XGBA 2CESA 5A2CA 3VM5A 1ODUA 3PTKA 3FNDA 1JZ3A 2EQDA 1NARA 3CZEA 1JNEA 3W24A 4UOQA 1GHSA 4ATWA 3HMCA 4W5ZA 3WEZA 2XGIA 5DF0A 4DWSC 1J9YA 5E9AA 5CPQA 2Y24A 1WDSA 4N0RA 3G6LA 4F9DA 2WVSA 1JZ2A 2YA1A 1X6NA 5BCAA 2IXVA 1QHPA 3EDFA 3APGA 1L0PA 1ZBVA 4AWEA 1AQMA 5D9MA 3MMWA 4NF7A 3W25A 2WHLA 3WMBA 4YN5A 1ZBCA 4MDPA 1BVNP 1G01A 1UD5A 5E6ZA 5JBDA 1W9VA 1G9HA 4TUFA 1YQ2A 3CMGA 4W85A 2DT3A 3ZOAA 3UG5A 4AD5A 3ALGA 1I1WA 4UOJA 4D6EA 2D0GA 1UG6A 3W28A 4LYRA 4X9YA 5BXSA 2CBJA 4MPKA 1XCWA 2WMFA 9CGTA 5DEZA 1KR1A 4Q22A 2DSWA 4H41A 1B0IA 2CETA 2VRQA 3ZO9A 5A69A 1HVQA 1CGWA 1XHGA 2CERA 3VGFA 1LG1A 1UR4A 1XSIA 4V2XA 1EIBA 1NQ6A 1H3GA 3B9DA 2A3HA 2DIJA 2XWDA 1CGTA 4J3UA 3TONA 4K68A 1JYVA 3ARUA 3AROA 2YL6A 1JIBA 1M53A 2DGAA 1H1NA 2WCAA 5IDIA 3MV01 4J3TA 2WM0A 1JFXA 1Q6EA 4AW7A 1KGUA 3AS1A 1NOUA 3PZOA 4F79A 2PWEA 5BWFA 3VUPA 1UKSA 3CUHA 3WENA 4Q7NA 1M7XA 4E8DA 3VMNA 5M5DA 5DMYA 3CUJA 4RE3A 1HJWA 1UKOA 1JD9A 3WDHA 4HOXA 4AZ6A 4UQCA 3T2OA 1DWGM 4WSJA 5HPOA 3UG4A 3T0DA 3WIJA 1BPLB 3CHFA 3QGVA 5FL1A 1PPIA 5ABEA 2QPSA 3WH8A 3ZJ7A 1LL4A 2JE8A 3M46A 2G4FA 3L4VA 1WDPA 3EDEA 3WL0A 4OIFA 4QLJA 3OZOA 4AD4A 2ZUUA 3UG3A 3O2LA 4OJYA 5E70A 3AHZA 3AYSA 5A6BD 2V3GA 4UR9A 4TTGA 2ZXAA 3ZMRA 3GM8A 1E0VA 2XFYA 1U30A 4BQ3A 3GNRA 1AQHA 1LLOA 3MKKA 3W82A 2ZXDA 4DUVA 2J62A 2J7BA 2F2HA 2WVVB 2GJXB 1MW0A 1CXEA 3AIVA 1NP0A 1JXJA 5AYIA 4CVUA 3L4YA 1V6UA 1VIWA 1G0CA 2YDSA 1W1VA 5EMYA 2A3EA 3GTNA 4MTVA 1IT0A 4MB4A 3VIHA 4HTYA 7A3HA 4ACZB 1XCXA 2YL5A 2QV4A 4H04A 1JL8A 4JFWA 5CQ1A 3SCSA 5A6BA 1VFMA 4Z2IA 2XIBA 1LL7A 2HISA 2BXYA 1V6XA 1GQJA 3CUGA 2BVTA 4AYSA 2XVLA 4UQDA 4URIA 3AHYA 4W8LA 1MYRA 4M29A 4P7RA 2J8FA 3AXHA 2CKSA 3AXXA 4BQ5A 2DT1A 1E6XM 4QLKA 3KEHA 4S3KA 1JYWA 2J7EA 2DH3A 2ZUSA 3WDPP 2PI6A 3GH5A 4EE9A 1KCLA 5JIPA 1E0WA 2CHOA 1JZ8A 1E4IA 4D1IA 1W3HA 3GBEA 1XYFA 3MSDA 3J7HA 3U5YA 1E71M 3CH9A 5FOOA 1I1XA 3JUGA 3VMPA 2G3IA 3MUZ1 2WC7A 1F4AA 1V0KA 1AMYA 1C90A 2EEXA 4JFTA 4WKHA 1CYGA 1AVAA 1C8QA 2PBOA 1F4HA 3W0KA 2D0FA 5I0DA 4GO9A 2GJXA 4WKFA 1FH8A 3WF4A 2VJXA 4JFSA 4TOQA 1O7AA 1G94A 3CUIA 3M07A 5EFFA 1SYTA 2JEQA 2VZSA 1XSJA 3L4XA 4IM4A 5C71A 3ZSTA 1UA3A 1JAKA 2J7DA 4DM1A 3WUGA 2VX5A 1JYXA 3N17A 6CGTA 1E15A 2FGLA 3WQVA 3KL5A 3VNYA 3AXIA 3FY1A 4U3CA 4D1JA 4B16A 4CD8A 1E6QM 3I3DA 4KGJA 4MNLA 4OBSA 4IPNB 2QLYA 2UY2A 4GZEA 2B31A 1MQRA 4P7LA 4TXEA 2Z1KA 1OIMA 3L4UA 3PZNA 1CNVA 1G1YA 2VTFA 2FGZA 3MS8A 4D6DA 4WIWA 1E5JA 3GH4A 5A8QA 1D2KA 4R27A 2DSZA 4P8XA 1OGGA 2CBIA 2ZOXA 4EK7A 4JL1A 3RM4A 1LWHA 1BVZA 1EO5A 1UWUA 2ZXQA 3QHMA 2EO7A 4AZBA 1A3HA 2WWCA 4YHEA 2VL4A 4W89A 4WJXA 1WDRA 1JYNA 4JKKA 3EDDA 4UOZA 3BLPX 5CLTA 2YBUA 3VX1A 4MDOA 3RDKA 3EBVA 5DT5A 5A6AA 5GNZA 1JG9A 2J7FA 1V6VA 2EPMX 2ZUVA 4U2YA 5EFDA 1NWSA 5D9NA 1UR0A 3KE0A 2YJQA 5A6LA 4D6JA 4M82A 4MB5A 3RO8A 3PN8A 1EHNA 1QVBA 1WZMA 3NCOA 4KRUA 3OG2A 2VUYA 3BH4A 4MAZA 1UZ4A 4KRTA 3AZRA 5HXMA 1Q4NX 3T09A 1I75A 1J0IA 3CO4A 3SUUA 3WD4A 2WW5A 1UZ1A 4TVCA 2ZX5A 4S3JA 3VKKA 3ARYA 1MWOA 3ZR5A 3CHCA 2FH8A 3EYPA 5CLWA 3MV11 1GONA 5A6MA 1GQLA 1OCQA 4GQRA 4AZ7A 2G3MA 2VVNA 1V3IA 1W9PA 4CKQA 1B1YA 2GDVA 2VCBA 4UZUA 2D3NA 1R85A 4PMUA 5I78A 5IXEA 2GK1A 3BSGA 4JL2A 4FK9A 1US2A 1CGYA 1B30A 2BY1A 4WF7A 3KL0A 5GQBA 4JFVA 1V0LA 3WEMA 2VO5A 2BNJA 2Y8VA 4AISA 4D6IA 1HNYA 2BHYA 2J8GA 1V02A 3AIRA 3KZSA 3T2QA 4MAVA 3L4ZA 1UKPA 2NW0A 2BFGA 3WUEA 3OLEA 1A47A 1E6RA 1E4MM 1ZBWA 2VQUA 3MMUA 5BRPA 3FN9A 3OA5A 3SCUA 1TVNA 2VMFA 3GXIA 4UFIA 1CENA 7CGTA 5CSYA 5A6SA 4HOWA 3VD9A 2CXGA 3VD3A 2VQTA 2UY4A 2ZWZA 1UD6A 2Y8KA 1W2VA 2YL9A 4AIUA 2GJRA 1X6LA 1EOKA 3AZTA 2XSAA 3GXMA 3A3HA 2W4XA 3VOCA 3CUFA 1QHZA 3TP4A 5A2BA 2D3LA 5LA0A 1OBAA 3PTMA 2W63A 4NI3A 1EA9C 1W9UA 3OLDA 4LQ1A 3N15A 3AIWA 4PUDA 1ISWA 4ATLA 4U5KA 3FXYA 4M56A 1HIZA 4B9ZA 4H8UA 5A8OA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FHD A;  4RE2 A;  4PBG A;  2BY3 A;  4YHG A;  3OGV A;  2O9P A;  2VZT A;  2QMK A;  5IHS A;  5BRO A;  5D4Y A;  1HJS A;  5BXR A;  2BHU A;  1CEO A;  1HJU A;  3WFZ A;  2G8Z A;  2X2Y A;  3LPP A;  3ZT6 A;  1HN1 A;  4UQ9 A;  3IAN A;  1ZJA A;  3VIO A;  4UFK A;  5EB8 A;  3EMQ A;  3AS3 A;  4GI9 A;  1W1P A;  4HU8 A;  2VUR A;  2ESC A;  5GNY A;  1R86 A;  4CD7 A;  4XV0 A;  1KQY A;  4BCE A;  4W8A A;  1MFV A;  3AMK A;  1PX8 A;  4JHO A;  4CUC A;  1W9X A;  1CWY A;  3VVG A;  1C91 A;  3CBW A;  4P7O A;  1PX4 A;  2J7G A;  4DUX A;  2VZU A;  3N1A A;  2IXU A;  3PZM A;  4J7R A;  2CYG A;  1OIN A;  3A4X A;  5I79 A;  3N9K A;  3VDB A;  1B9Z A;  1UR9 A;  2XII A;  1WZL A;  4BQ4 A;  4NSB A;  1UWR A;  3UER A;  3SUR A;  4WSK A;  3WNP A;  3ZJK A;  3MUA A;  3HN3 A;  1TZ7 A;  3W53 A;  4U3A A;  1MW1 A;  2WZI A;  3K46 A;  4PMR A;  3D5H A;  3SCN A;  4CD6 A;  2GUY A;  1EHA A;  5CPS A;  1CXK A;  3ARR A;  3SUV A;  5BXP A;  2PWH A;  2YDR A;  3N18 A;  3N12 A;  4AD1 A;  3AHV A;  2PWF A;  3QOK A;  4H7V A;  1CBG A;  3MO4 A;  1UWS A;  2XWE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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