2X1TA

Crystallographic binding studies with an engineered monomeric variant of triosephosphate isomerase
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
238
structure length
233
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE, GLYCOSOMAL
publication title Crystallographic Binding Studies with an Engineered Monomeric Variant of Triosephosphate Isomerase
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 88
structure length 233
sequence length 238
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2010-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2x1tA00
3UPWA 4IQLA 1BTMA 2Y70A 4FXSA 4GRSA 2AAMA 4QITA 5I3HA 2GQ9A 4AXKA 1EP1A 1SW7A 3M43A 1Q45A 2F84A 3AJXA 5LNSA 3GR8A 3IIPA 3P82A 3QFEA 1JJKA 3PB0A 1HTIA 4O0ZA 3MBFA 4LRTA 1KW1A 1ZCOA 7TIMA 1R2RA 5D09A 2ZTKA 1GWJA 3W7IA 4MFDA 5BNKA 3W1AA 2E5CA 5I3IA 5F2LA 3FJLA 1SPQA 4LT9A 1QPRA 1B4EA 3HB9A 3FA5A 1OYAA 3W07A 3NQCA 4DQWA 5LGXA 1N8FA 1TPDA 3QZEA 3BW3A 1XM3A 1R2TA 1SSGA 3M5YA 1JRBA 4ZQMA 2ZZ5A 1K3UA 2EGZA 4JTLA 5HUPA 1K8XA 3KXQA 3OIXA 3UWZA 5FEPA 4N9DA 3L68A 3DBPA 3N19B 5FF0A 1VPXA 4FNUA 1U83A 1TRIA 1NAL1 1VZWA 3QSTA 1AW5A 1BWKA 1M5WA 1PCKA 3DHDA 3EX1A 3KVLA 4FNRA 4O8RA 3P8JA 2P10A 2V82A 4HHPA 3LCXA 3W2NA 3TJLA 1TTIA 4UR7A 3B05A 3CPRA 3DFPA 3TSMA 4PL2A 1XDLA 1TSIA 2HS6A 3L0NA 2X1UA 1QMLA 1UB3A 4WY0F 3NDOA 1VRDA 3IGXA 3USBA 2RKXA 5K9DA 3W1LA 2X1SA 3GNNA 1H7NA 3FS2A 2Y7EA 4O11A 1LZOA 2GVJA 3G1VA 3NNTA 3Q94A 2PCQA 4JNMA 1QDSA 3HG2A 4TR9A 2NX3A 2TPSA 1K8ZA 1AL8A 4GUGA 4PL1A 1H7RA 1X7FA 1ZAJA 3U6WA 5KTLA 4EF9A 4BFAA 4AF0A 5C6MA 1F6PA 1EWDA 4MZYA 1YPFA 2YCEA 1I2OA 1A5AA 1TPH1 3TR2A 3RLVA 1G7VA 2JGYA 4I7UA 1A5SA 2DZSA 2A6LA 2ISVA 4ADTA 4YLWA 2V0TA 1F2JA 4FEZA 2E5BA 3WJWA 3LM7A 1XBXA 3W73A 3ANYA 2DZVA 3W9ZA 1ZFJA 3UZ5A 1ME7A 2QKFA 3BLFA 1ZAHA 4OGZA 2PRLA 3GR7A 3NM3A 2FQIA 1VCVA 2ALDA 3PUOA 3UXAA 3MO7A 1VCFA 5IBXC 2CZFA 1FWNA 4IXXA 1DBTA 1H51A 4R33A 3IIVA 4I9AA 3QW4B 4XTIA 5MHBA 5SWUA 1NFBA 3C2VA 3TIMA 4A2RA 3LCHA 4HNTA 4A21A 1WV2A 3ATZA 2Q3OA 4NX5A 4POCA 4QNEA 1L9WA 4R34A 2QCGA 3P67A 2VEPA 1I2PA 3WJSA 3HGRA 2J9ZA 4IXHA 2H3DA 2VELA 3NQDA 2ZQ0A 4MY9A 3A5VA 2VEMA 3ATYA 3OA3A 3LCWA 2KZHA 4EIVA 1I2QA 3T44A 2WJZA 4O1DA 1OX5A 2JKEA 1K7EA 4MZ8A 1TTPA 3FKRA 3RFAA 4UIOA 5I3KA 3Q2DA 2RHGA 4ZMGA 1XUZA 3CTLA 5EKYA 2NV1A 1LCOA 3DFOA 2QJHA 3HO8A 3LV5A 4UTJA 4UXDA 1UASA 1F73A 1OFBA 1VR6A 3LTPA 4Z1AA 2JKPA 2OX1A 2QUTA 3HGOA 4FO4A 4GUIA 3LV6A 3N2XA 1KM0A 3C2OA 5HMSA 3SJ3A 1RPXA 1LOLA 1SU5A 1XKYA 1C8VA 3QW3A 4RZ5A 3W70A 4K8EA 4YL2A 5DY3A 4Z1CA 3BO9A 4AMAA 2A7RA 3EX6A 5FF4A 3P7YA 4NJHA 4LY8A 1PV8A 1GYNA 1L6YA 4JICA 4CQAA 4ZQCA 4WOQA 1XFBA 5E93A 1GEQA 3NPVA 1MXSA 2VENA 4AHOA 3O07A 2CFFA 1XDMA 3JR2A 2QUUA 2WNQA 4O17A 4LS0A 4DO4A 1KFEA 4RXFA 2QCCA 2QJIA 1KBIA 5CPNA 5H91A 2WQPA 4KFOA 3UY7A 4GC4A 1H50A 2YX0A 3TDFA 4WD0A 1FWRA 3NQ6A 4HNNA 4A2SA 4UTWC 1QPQA 1T8XA 3IVUA 1OFAA 3ZWSA 1MEWA 2W79A 5BOOA 3C6CA 3W87A 2JBMA 3O06A 3PY2A 2H3BA 4LVBA 3MHFA 3NQVA 3NQFA 5AOUA 1W5MA 1EB3A 3DGRA 3FLUA 4AWSA 2ISSA 4JGDA 3B0UX 3S1UA 1KV5A 4RK8A 4A3UA 4GE8A 3BK0A 1PIIA 3EXTA 5I3JA 4RXGA 3W72A 3PBWA 4AF0B 5K9CA 1VQTA 3LOTA 5HWJA 1LDCA 1TCDA 3EXRA 4M6QA 3MJYA 3LRLA 3W1RA 2WNZA 1PHQA 4IX0A 1YDNA 3NAVA 3OVQA 2BXVA 1SO6A 5KZEA 3NQMA 3P61A 1XBZA 1LROA 4DXVA 1MSSA 4RV8A 3M47A 2Y63A 4QJ1A 2XN0A 4JY8A 1SFJA 3VCRA 4RR4A 1GTHA 1FQ0A 1ONRA 5KITA 3PS7A 5F1UA 3SI9A 2J9XA 4TMCA 3B06A 3GVGA 1QAPA 1OVDA 5D2WA 1C9DA 3F1QA 4ICNA 1FWSA 5G2IA 1A50A 3MYPA 3C56A 1XCFA 4UFHA 1WBJA 2FIQA 3M5ZA 3FJ6A 3NOEA 4GUFA 2ZFAA 4ML9A 1SZEA 1W5PA 2NXIA 2A7PA 2FFCA 4OT7A 2Q8LA 4R53A 5HR7A 4ZQOA 3C2FA 4NJIA 4XTDA 5AHEA 4NNBA 4QNWA 1SZFA 3DKJA 3LRKA 1LOSA 2QCEA 4O13A 2QAFA 3ZWTA 5LNRA 1HUVA 4K39A 1TPB1 3GDKA 1CW2A 1W31A 1VYSX 5U7SA 1LP6A 3H55A 4HT3A 3QMRA 5HULA 1RQEA 1UUMA 2E6FA 3GDRA 4JX4A 5C54A 3N2MA 1K8YA 1H7OA 5HJLA 3LCGA 1RR2A 3FIGA 3JS3A 3T40A 4WQ6A 3UWYA 3W83A 3SR7A 2B7PA 1G69A 2E6DA 1O60A 3I7RA 1GVOA 1B9BA 4YCOA 4RJEA 3W1UA 4OHQA 4Y90A 4MJZA 1O94A 1QFEA 4ALDA 3EEGA 4EWND 2A4AA 2C6QA 3W7PA 2PRMA 2YGYA 3MP4A 3QJAA 4LVGA 1Q6RA 4G1KA 1KBJA 4QIUA 1V5XA 4NJKA 2NZLA 4JTGA 3E49A 5KZMA 3GKAA 2B7QA 3GIYA 3VE9A 5CSRA 1TPUA 3LCFA 3NGJA 2DJLA 1NF7A 1OK6A 5KSWA 1YPIA 1ICPA 1FBAA 1ZAIA 3G3MA 3W7MA 3C3NA 3P60A 3W7GA 4IMCA 3VFLA 4BK9A 3EWWA 3FKKA 3CEUA 3HMJG 1YDVA 4O1CA 3KRSA 2AGKA 1XC4A 4CLMA 3NR0A 4KFNA 2H8ZA 3HOJA 3GAYA 2B7NA 1TV7A 5D05A 3UZJA 2W0UA 3L0KA 4TU1A 2Y62A 4OWGA 3W2LA 4B5NA 3M44A 5AC6A 2NUXA 5FI8A 4WXZA 3MP5A 3DU0A 4MKNA 3SFKA 2C18A 2B7OA 2ZZ1A 1L6WA 4MOZA 2NUYA 3S5YA 2QEZA 3EWYA 2QCFA 3SSJA 5LHEA 2EKCA 1JUBA 2CZDA 3IV3A 5F2IA 4ZQPA 5DXXA 1FCVA 2A7NA 4K38A 1H7XA 3PULA 3O15A 1OFRA 1QCWA 1VS1A 3PSWA 5AC8A 5I3FA 5AYXA 3BW2A 4IGHA 1R47A 4MLJA 1KM2A 1TRDA 4UMAA 4E2DA 3DFQA 1YTDA 2G5WA 4UNKA 1G4SA 4N9CA 2VFEA 3KHJA 3M9YA 3MP3A 3PBYA 3QYQA 1YLVA 2VC6A 1FDJA 4UTKA 4CCCA 5CGQA 3TROA 1YTKA 2W6RA 5F1VA 1WOBA 5AB3A 1SFLA 3SIZA 4Y8FA 1GTEA 3PC0A 3NPUA 2VFHA 3W7JA 2X2GA 3FYOA 1SZGA 2GOUA 3O63A 3MHGA 1GOXA 1LTDA 4YWIA 4A29A 1RV8A 3TSBA 1TIMA 3L5LA 4PTNA 1JR1A 1VHCA 2BX7A 2VFIA 2DZUA 3F4WA 2O7QA 1PCWA 4QM1A 3KAOA 3I68A 4FX7A 3P80A 3C2EA 3B0VC 3HPZA 1BEUA 1L6SA 1KLZA 1LM1A 4K7YA 5E0KA 3HPSA 4JDBA 1WXJA 4NQ1A 3N9RA 2D73A 4IJBA 1OFPA 3IIZA 4BR1A 5D32A 2HTMA 3N3MA 1D3HA 1EP3A 1QWGA 2H6RA 1JULA 4N9BA 4N4QA 4ONVA 3CB8A 2BWGA 2ZCGA 4DBEA 3PWAA 3NZ1A 3NVTA 4PA8A 3MYOA 3GNDA 2H8XA 4BI7A 4I7WA 5G1YA 3EKLA 1KFKA 3E12A 2FPYA 3O05A 2E6AA 4AWTA 3PVFA 2WPBA 5L9FA 2NXHA 3W7EA 1GVSA 2A1YA 1X8FA 3PUDA 3C0JA 3L5MA 4RX0A 3DKLA 1TPFA 2ZYFA 4OBTA 3SGZA 3S1VA 4O50A 1AW2A 4N6EA 2Y89A 3C2RA 4KWVA 3A24A 3W71A 5DCEA 4JD4A 2ZZ3A 3BGGA 4ZQRA 4HNVA 2QF7A 3W7RA 5AHIA 4O28A 1NEYA 3W1QA 3GDMA 3SGUA 1O5XA 3TXZA 4IMFA 1KFBA 3NZRA 2YXGA 1XUUA 3TK7A 5LZLA 1F74A 3L21A 4UTTC 1WA3A 4JIQA 3LHYA 4C1KA 3NM1A 3TJXA 1N7KA 4Q33A 4M6PA 4CCEA 3KRUA 4YCPA 1Q3NA 1G7UA 1ZALA 1H1YA 1G4EA 1VHNA 1XL9A 1KTBA 4PODA 4GBUA 2C3ZA 3E96A 3E02A 2Z0IA 4QQ3A 3W3OA 1H61A 5KINA 3NQ8A 3TXVA 2CLHA 1SUXA 2OT0A 1AW1A 2NUWA 4Q32A 2OCZA 2QCMA 3QM3A 2ZZ4A 2VOMA 5HR6A 2CLKA 3TX9A 1LYXA 2Q8ZA 4FF7A 1KTCA 4JTTA 1Z48A 4NJGA 2A2IA 3BG5A 5BMWA 4DPPA 1XBVA 4JEQA 2VFGA 4I7VA 1SSDA 4O18A 2OMAA 3EWZA 4Z0SA 2EHHA 1EA0A 1LOQA 4IMGA 2ZZ7A 2YW4A 3KFTA 5FEWA 5E1QA 2DU2A 1TJRA 4WX2A 4IPIA 4H3DA 4XKYB 1CX9A 1QR7A 4E38A 4LVAA 4M7TA 3R13A 1TPWA 3G0SA 3NQ2A 3B03A 4DO5A 1IXQA 1PS9A 4UTWA 4KFPA 3CM4A 4GWEA 3JRKA 2PRHA 4PCFA 2FTPA 1FDYA 4O4WA 3STCA 3SW6A 4JY9A 1MEIA 3MW7A 5AFDA 4FNPA 1PVNA 1H7WA 2ABAA 5D2VA 4DPQA 4X9SA 2Z2UA 3GXPA 5D30A 1YYAA 4IMEA 1OX6A 4MZ1A 1FXQA 3IIOA 1ZY9A 5DLCA 1IF2A 1X1OA 5F2GA 1W1ZA 1TTQA 1QPOA 5G4WA 3WK0A 3P5ZA 2C13A 3W85A 1DKWA 4Z1DA 2NWRA 3W7OA 3M5XA 4N2YA 5FEZA 1JCXA 3W7CA 3NPWA 4UCGA 4A22A 2X1TA 1QO5A 3THAA 1YADA 4IX2A 1K02A 2DORA 4Y6GA 1S3HA 1KM1A 1W8SA 3H53A 1LRNA 3TAOA 1A53A 1TO3A 3OHIA 3T55A 2RDWA 1DQWA 3LX9A 1OHLA 1RZMA 2LLEA 3WJXA 4U28A 4O16A 8TIMA 4JXCA 4EOUA 5C55A 4WJEA 4UNLA 4XUGA 3UQNA 3GYEA 4AWUA 5G1TA 4JTFA 4BI6A 4AEOA 2CLOA 5C5YA 4S2BA 3WJZA 4NXKA 1OYCA 3TC6A 4CQ8A 4W9TA 1FWTA 4GFSA 1MO0A 3LXCA 3IIXA 5A5WA 4DO6A 2GQ8A 3W1XA 1DORA 3AO0A 3QC3A 3E0IA 2RFGA 4CQ9A 4OU1A 3THQA 2CWNA 2CLLA 5AHMA 1IXOA 1YXDA 3KVKA 1OFEA 3S42A 2E6YA 1M6JA 3LB0A 5I3GA 1OYBA 4MUZA 3BLEA 1OF8A 3LHWA 2FB3A 6ALDA 4Z08A 2J6XA 3O1NA 3O6CA 2FJKA 3DFNA 3O8AA 3LDVA 3LHVA 3BVJA 2VEIA 3UWVA 3NQAA 3UWUA 4OE7A 4GUJA 1RQBA 4AVFA 2R14A 3G1XA 1YDOA 2C14A 3O16A 3QMTA 4BWLA 1TB3A 3IVSA 1GPWA 4XZ9A 1EP2A 4LWWA 3M41A 3GXTA 3F03K 4JDYA 4TIMA 1H62A 4FIQA 4WOZA 3G1DA 1DL3A 2GJNA 5G5IA 4M5PA 3TAKA 4OQVA 3G0UA 2CU0A 3QQ0A 3GXNA 2ZA3A 2HSAA 2Y7FA 1SZNA 1X1ZA 4MYAA 4O54A 3UWWA 3DENA 1QOQA 3MI6A 2EPHA 2Z1BA 1SR9A 4UTHA 3G8EA 2JGQA 5D38A 1TYGA 2X16A 3I6RA 3B4UA 3G8RA 3LBMA 4DF1A 2Y88A 4WY0A 2XFWA 3TCEA 2VEKA 2A5HA 2CLFA 3T4CA 1QOPA 4NJJA 3WK3A 4XBSA 4QSHA 4JTEA 3W74A 2HMCA 3OVPA 1F05A 3O6DA 3GLCA 3RLUA 1H5YA 4LS2A 5H2ZA 3U2OA 2Y7DA 2WOQA 3TV8A 3HIJA 5ABTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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