3VKJA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase, octameric form
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
IVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
publication title Substrate-Induced Change in the Quaternary Structure of Type 2 Isopentenyl Diphosphate Isomerase from Sulfolobus shibatae.
pubmed doi rcsb
source organism Sulfolobus shibatae
total genus 134
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3vkjA00
5F4SA 1GVOA 2C1HA 4KFNA 1NAL1 4UTJA 3UZ5A 3LBCA 2VFGA 1OFAA 3M41A 5FI8A 1GT8A 5IBXA 4O19A 2A1YA 3BGGA 4MKNA 5K9DA 4U28A 1Q6QA 1OFBA 5AB3A 1LOSA 3W7QA 5EMUA 1W5NA 3KVJA 3S42A 4IQLA 2V81A 2NXIA 1I45A 3W22A 2ZZ3A 5LNSA 3GDKA 3NGJA 4O4VA 3DZ1A 4MY9A 4JX5A 3TX9A 3M1ZA 4LW7A 4R7JA 3UWYA 4IMGA 3R8RA 5E93A 2FB3A 4KKXA 3S6DA 1LRNA 4K7VA 5EL1A 1GZGA 4Y90A 2J9YA 1XDLA 3E96A 5FF4A 3TKFA 1ONRA 4E38A 1OFRA 1OX6A 1KLYA 4LS1A 4JTJA 5K3VA 1HUVA 2V9DA 2ZRYA 4YWIA 2JGYA 3QQ0A 1XKYA 1A53A 4LT9A 3W23A 3MMTA 4M19A 3DFQA 5T26A 4JTSA 3CU2A 1YDOA 2CZDA 1IXOA 5G4EA 2Y89A 4HKPA 3NQCA 1YTDA 2D73A 2QCFA 4XQ6A 2Y63A 4OV4A 1R30A 2BZNA 1TPB1 1H7PA 1LBMA 3RU6A 2R91A 2X1RA 1SO4A 4NXSA 3C8FA 3KOFA 4M6QA 4ZQOA 4CQ8A 3H53A 5LGZA 1AW2A 3P74A 3PG9A 1A5AA 2OX1A 3BW2A 3KX6A 4LVGA 4XKYB 4Y96A 2Y61A 4JIQA 1FCVA 4XWUA 4Z1BA 2QR6A 3I7QA 4JTFA 1X6UA 1VYRA 3EWYA 1Z44A 2EAWA 4AF0B 1EUNA 2HS8A 3G3DA 2ALDA 1GG1A 4JNMA 3P7YA 1SPQA 3NL6A 2Y7FA 3TU9A 1FWRA 3PAJA 1EA0A 3NXFA 2GPTA 1KTBA 2YXGA 3K30A 1A5BA 4FX6M 1P5BA 4UC5A 1X8FA 3T55A 1O5XA 4DF1A 1E51A 5KINA 3LX9A 1TTPA 1OHLA 4Q4KA 5FF7A 3GDTA 4YMZA 3EB2A 2WSQA 3WFAA 4GUIA 3FLUA 3TV8A 2FB2A 4BWLA 1EX5A 3M0ZA 2VKZG 5KMYA 2A21A 1QPNA 2JKEA 2NX3A 5I3IA 3CIXA 4XTDA 5I3FA 1TPH1 3TIMA 1UJPA 1ZAIA 1PE1A 1TPFA 5DY2A 2HS6A 1F76A 2B0MA 5F2MA 4O50A 2X2GA 1OFPA 3GVGA 1JQXA 5CKSA 3O06A 1W56A 2YGYA 4Z1DA 4PL1A 3PF3A 1QAPA 4RX0A 3EXRA 2CFFA 3KXQA 2FTPA 4O53A 3PBYA 4IMCA 4RXFA 5HJLA 4MY1A 1S5VA 4HHPA 2A6NA 4I7UA 2QCNA 4MUZA 4Y6GA 4IWWA 1X1ZA 3U6WA 1C9DA 5I3HA 3G1HA 4ZQPA 3OA3A 5IM51 5HR7A 1G4SA 2TMDA 1EP1A 4TX9A 3MHGA 3ZFHA 3W83A 4PL2A 3OVPA 3MP4A 2JKPA 5K4XA 4BI7A 4DEFA 3PBWA 4HNVA 2ZYFA 2V0TA 3LBMA 4EVZA 3NL5A 2GOUA 3STEA 1KA9F 3SI9A 3L21A 1SSGA 2OZ0A 2XN1A 3IVTA 3NM1A 3N9SA 1LM1A 3VNDA 1LCOA 3LHTA 2RH9A 3GAYA 4K8HA 1GG0A 4NJHA 4LTSA 2QDGA 4JIPA 1ZY9A 3G24A 2QJIA 4JTUA 3TFXA 3M5YA 1VHNA 3TW6A 3UXAA 3THAA 1H51A 2H8ZA 2W79A 1NF0A 4YCPA 3O1NA 4MFDA 3N9RA 5AC6A 2GJLA 4WY0F 1OABA 2A7RA 5IBXC 1P1XA 3BV4A 1MEHA 4QM1A 3CC1A 4O1CA 5AYXA 4N4QA 3TMLA 2QUUA 3OIXA 4N9DA 3QMSA 3QQ1A 4JX6A 1SQ7A 2FQIA 4XBSA 1LRTA 2VOMA 3B0UX 1K03A 2RFGA 4RCXA 4HN4A 3W7JA 4AWTA 1YYAA 2CLLA 5KTLA 3JS3A 3MHFA 4OWGA 4LC6A 3ABQA 1KV5A 3I7RA 1KM0A 1EPXA 3F4NA 1H63A 1T99A 2FFCA 5G2IA 2TYSA 5FEZA 1KM5A 1AL7A 2CLFA 3N34A 1TJPA 1JCMP 3SW6A 4DBDA 3IV3A 2H90A 3FJ6A 4UXDA 1DKWA 4QJ1A 3FYOA 5F1UA 3W7MA 3TDFA 1SO3A 2Q3RA 4I7WA 3LOTA 1Z48A 5HNRA 1G7UA 1QFEA 4Y9AA 1QPOA 3ABRA 1LYXA 4FNSA 5D32A 1G4PA 3PUEA 2BLEA 3WK2A 4AEOA 4WOZA 4DELA 3PC0A 4O0KA 5AOUA 5LNRA 4BI5A 4UMCA 3E12A 5LHEA 3NVTA 1P0NA 1JQVA 5A8GA 3W9ZA 3STCA 1VR6A 2WJZA 4K8EA 3TH6A 4ML9A 4O14A 1VH7A 3T40A 3N19B 1NF7A 1TPDA 2DZTA 3TR2A 1RQBA 1FY6A 2YSWA 2Q8ZA 3R12A 3W1LA 4JTIA 1I2PA 2PRMA 4IX2A 1SO5A 3RFAA 1R46A 3NYZA 2QDHA 5C55A 3TA6A 3JR2A 4IX0A 1NFBA 3DH7A 4O16A 4O10A 5CZJA 3W7EA 1VHCA 2GQ9A 3L66A 3OVQA 5BMWA 3EWZA 1O4UA 1I4NA 4ICNA 3NPUA 2VFFA 3L65A 1BWKA 2X16A 2C6QA 1EWEA 4PTNA 3TNOA 1OVDA 2F84A 4BK9A 4EIVA 3ZWSA 3OG3A 4KFOA 3C2RA 5CPOA 1RZMA 4J9JA 4M5PA 4N6FA 3M7WA 3TK7A 3R2GA 5DCBA 3LCGA 3PBVA 3TE9A 3WK0A 2NUYA 4LUJA 3M5ZA 1JUBA 4QQ3A 4ZMGA 3ZR4A 4NT0A 4DO6A 3CT7A 2V5LA 1DJQA 1B9BA 3CM4A 2Z6IA 4N9CA 4AVFA 5CSRA 4ZL1A 4IGHA 3QW3A 3STGA 1W54A 2Y7GA 1LLZA 4Y8FA 3W2NA 3P62A 3TQVA 3C3NA 1LLWA 4UIOA 1TTJA 1U5JA 4N2YA 4OQVA 2WSRA 4UTHA 3R89A 1XM3A 2QKFA 1LBFA 3W71A 3KRSA 2YR1A 3NQDA 5AHFA 1VYSX 1XBVA 2ZRXA 4UFMA 3S9YA 1P0KA 3THQA 4C1LA 1VCGA 1YXDA 2ZZ7A 5FF3A 5AYZA 2Z2UA 3A24A 3A5FA 5AYYA 2C14A 1OF8A 2E09A 4OE7A 4NZJA 4IMDA 1Q6RA 4IJBA 2V2DA 3E49A 1AL8A 1TO3A 3G1SA 3QMTA 1FX6A 4LVAA 2ZRVA 2Z1BA 2WKJA 3LCLA 1IF2A 4PH6A 3FIGA 3PB2A 3LLDA 1RV8A 4FF7A 1YDNA 2ZZ5A 3QRHA 5U4NA 1O60A 4HPJA 4QIUA 2DZUA 1AW1A 3LHVA 4WJEA 3LTSA 4ADUA 5G2HA 5F2LA 3NQ8A 3UZJA 3KFTA 1HFBA 3U2OA 4QAIA 1KM6A 3W1RA 2LLEA 3TFCA 3CWOX 2YDAA 3L5AA 3DKJA 4K7YA 2NWSA 4GBUA 2QCLA 3P84A 1I2RA 1OK6A 2G96A 3B0VC 1TQXA 2QJHA 3B06A 2R94A 1JCLA 4EOUA 1K7XA 4FXSA 1GEQA 1YADA 2DP3A 2Y7DA 3W7PA 4WZHA 4NZFA 2JK2A 4LVBA 4UTIA 4XUGA 3W1AA 1XUZA 3A22A 2PCQA 1EEPA 1MSSA 4FNTA 2I1OA 1K3UA 3QF0A 1VCVA 2E77A 4OU1A 2B7PA 5DY3A 5AC8A 4O54A 1PCKA 1ZCOA 3TC7A 3TQ0A 3DFSA 1O95A 1WDWA 3QC3A 5K9CA 1OX5A 3LHYA 5DCDA 4JTEA 2HTMA 2ZA3A 4K38A 3A23A 1O5KA 3HB9A 3NQ7A 2ZA2A 1ADOA 2QCDB 2GJNA 3W3OA 3LLFA 4MZYA 4DBEA 3LI0A 3VCRA 3P8IA 3W76A 4X3ZA 3EWXA 1VLIA 3O6DA 4XBKA 4GUGA 1H7RA 5L9FA 3GR8A 4FXRA 3MBDA 3CQ0A 4JTGA 1X7FA 3N2XA 4IMFA 3HGOA 2H6RA 2DZWA 1W5MA 4ORIA 4GFSA 4MZ8A 1J4EA 2RDTA 1XBXA 1VLWA 1NVMA 3GZ3A 5KSWA 1TYGA 3W7HA 3FS2A 3EX2A 3N14A 3MHUA 4KWWA 5HWNA 1KFEA 1JCJA 3NPXA 1SW7A 4JY9A 4HNTA 1W3TA 1RQHA 2H3DA 5SWUA 4HSNA 1AG1O 1KBIA 4TMBA 2W6RA 3W1TA 2YPIA 1EB3A 3M5XA 1HG3A 5LNWA 4O11A 1SZFA 2VXNA 3SZ8A 4LV4A 1IIHA 4UR8A 5I3KA 3F4WA 3E02A 3OBKA 3NG3A 2A7PA 4MY8A 1GTHA 1OFQA 4LNYA 4NJIA 2RDUA 1WBHA 4LC8A 3W85A 1I2NA 2G5WA 1LZOA 1DBTA 4OGZA 3QJAA 4LS2A 5HWJA 2FLIA 3HF3A 3T44A 1VRDA 1KFBA 4MJZA 3W84A 2C18A 3IIXA 4RJEA 3ELFA 3SECA 3DENA 3NOEA 2Y85A 1G69A 4ADTA 3CHVA 1VPXA 1MEWA 3TUUA 1QDSA 3NPWA 1SFJA 1TTQA 2VEMA 3GDLA 3NPVA 4R34A 3P5ZA 4X2RA 4MOZA 3MBFA 3BO9A 1H60A 4YLWA 1RR2A 4FEZA 1OYAA 1TPUA 3DHFA 1LORA 3FYPA 4K6AA 3YPIA 4ORMA 1XUUA 3D0CA 1ZHAA 1LTDA 3HOJA 3TW7A 3TXVA 3W2MA 4OBTA 4ADSA 3GKAA 4CNPA 1M6JA 1FCQA 1OX4A 4RKAA 3O07A 1GYNA 1VCFA 3RLUA 5C5YA 2DU2A 2E6AA 3LCWA 3LB0A 4WOQA 3HQ1A 2V30A 3LCXA 4LUIA 3TJXA 4UR7A 1YXCA 3RK8A 3HG2A 1ICSA 4CCCA 3N3MA 1EWDA 1JCXA 3RLVA 4N4PA 3CLMA 5DN1A 3I65A 4I9AA 4JYFA 3NR0A 1GWJA 4TO8A 2ZZ1A 1WAUA 3Q58A 4R33A 1TPVA 2CZFA 3MP3A 1EUAA 3S5ZA 5HMSA 5GVJA 1XFBA 4UTWA 2RHGA 3UXDA 2GQAA 2GVJA 3UNDA 1XCFA 2O7SA 5CG7A 4X9SA 1F05A 3IGUA 3BK0A 5D2XA 3HG4A 3L0NA 5DCEA 2QJGA 3NAVA 5AHNA 3S8HA 4A29A 5C2XA 2E5BA 2WSYA 4MFEA 3B03A 4PODA 2I9EA 1TJRA 3C56A 1UB3A 4JDBA 4FIQA 4TIMA 1ICPA 3IVUA 4A2RA 4LY8A 4GWEA 4YCOA 3BW3A 2PRLA 2E6FA 3UWVA 3IVSA 1PVNA 5ABTA 4MYXA 4BFAA 2Z6JA 3CIWA 2YZRA 1FUYA 5EA9A 3W72A 1TTIA 3MJYA 4O57A 1D9EA 1KM1A 2TRSA 3NQ2A 1VYPX 3EWBX 3M43A 4NU7A 4DXVA 3R5EA 3DI0A 3PB0A 4FB7A 3HMJG 3EXSA 1C8VA 3G1XA 3Q37A 3S5YA 2QCCA 3S1VA 3W1MA 3BG9A 1KTNA 4UTLA 2FJKA 4FNRA 1LDCA 5BNKA 3NQMA 5E0KA 1GPWA 3WJZA 4MLJA 2WOQA 1H62A 1GYLA 2Y7EA 1JCNA 1QNVA 2ISSA 1H7NA 3G0UA 3INPA 2Y62A 2WNNA 4QSHA 4ZQCA 3OVRA 3W1UA 1MO0A 3EX4A 5FESA 3UWUA 4I7VA 2FDSA 2R14A 1I8JA 4WQ6A 2OT1A 1SZNA 3LCIA 4ONVA 5HWMA 2JGQA 4OHQA 2DJLA 4AH7A 1MZHA 1YTEA 2Q3OA 3S1WA 2P1FA 3W7NA 3QZEA 3QSRA 4MVAA 3GIYA 1NSJA 1ZAHA 1K8YA 1W5OA 2VFIA 1UASA 3TMQA 3NQEA 5BRBA 5H91A 4JTHA 1I2QA 2NX1A 3P80A 1QO5A 4XKYA 2AQWA 4A21A 2J9XA 3EX6A 3IRDA 4O1AA 4CQAA 3L5MA 2NX9A 1B3OA 1OFEA 3B4UA 2YYUA 3TXZA 1IXQA 3NA8A 1N55A 3DHDA 3L9CA 1TPC1 2EPHA 4UTUA 4JD4A 3W2JA 4WY0A 5AHMA 1DHPA 2DZPA 2B7OA 4PFMA 3P60A 4BI6A 1FBAA 1SZEA 1YPIA 3FJLA 3LTPA 2G95A 4M6PA 2PURA 3IIZA 4C1KA 1PCWA 2B7NA 2QCGA 2ZZ6A 2J88A 4UNKA 2R8WA 2ATMA 5BOOA 1KM4A 4QNWA 3O6YX 5K2ZA 2NLIA 3SIZA 3ATYA 2QCEA 4NNBA 5DXXA 3SR7A 5CSSA 1QPQA 3QW4B 4S1FA 3RF9A 3VKJA 3CB8A 1JRCA 3NL2A 3L2IA 2X1SA 2CWNA 2Y70A 4E2DA 4AAJA 3MP5A 1M5WA 4Q33A 4UTMA 2VFEA 3HIJA 3L0KA 1KM3A 2EF9A 3P8JA 5D03A 3BG3A 4AHPA 3A5VA 1WOAA 3DBPA 4JDYA 3IGSA 4AB4A 2NXHA 3DU0A 3LRLA 3B0PA 4ZQRA 2E5DA 1N7KA 4OT7A 3G8EA 4N6EA 2NXGA 4BR1A 3HBLA 5D2VA 1QCWA 2AAMA 3W86A 4GJ1A 2ZDRA 4HSOA 2A2IA 3UYCA 1A50A 1FCUA 4BWLC 1TB3A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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