1UR4A

The structure of endo-beta-1,4-galactanase from bacillus licheniformis in complex with two oligosaccharide products.
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
GLYVEKVSGLRKDFIKGVDVSSIIALEESGVAFYNESGKKQDIFKTLKEAGVNYVRVRIWNDPYDANGNGYGGGNNDLEKAIQIGKRATANGMKLLADFHYSDFWADPAKQKAPKAWANLNFEDKKTALYQYTKQSLKAMKAAGIDIGMVQVGNETNGGLAGETDWAKMSQLFNAGSQAVRETDSNILVALHFTNPETSGRYAWIAETLHRHHVDYDVFASSYYPFWHGTLKNLTSVLTSVADTYGKKVMVAETSYTYTAEDGDGHGNTAPKNGQTLNNPVTVQGQANAVRDVIQAVSDVGEAGIGVFYWEPAWIPVGPAHRLEKNKALWETYGSGWATSYAAEYDPEDAGKWFGGSAVDNQALFDFKGRPLPSLHVFQYVDTGTP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords GALACTANASE
publication title The Structure of Endo-Beta-1,4-Galactanase from Bacillus Licheniformis in Complex with Two Oligosaccharide Products
pubmed doi rcsb
source organism Bacillus licheniformis
total genus 145
structure length 386
sequence length 386
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2003-10-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1ur4A00
1QNQA 4NSBA 1QI0A 3OG2A 1OINA 4H04A 1H09A 5I24A 1QHOA 1Q6DA 2J7EA 4J3XA 4XB3A 1ITXA 1UYQA 1ISXA 1KGXA 4ZXOA 2VI0A 1S46A 4L4OA 1G1YA 2O9RA 2DSKA 2CIPA 3KL3A 5BXSA 1QNRA 1FP8A 3OZPA 2D0HA 3U5UA 2ZOXA 1CZ1A 1XD0A 4E2OA 2C0HA 3W6LA 3ALGA 1JI2A 2OYKA 3PTQA 1QW8A 3AMLA 3SUUA 3VGEA 2WANA 2QF8A 1XH1A 5BROA 5EFFA 5A2AA 3CUGA 1JD7A 1NWSA 3AICA 3TTYA 1PEZA 3WENA 2ZXBA 5A6JA 3M7SA 2WMIA 3SCNA 4ZE5A 5AYIA 1GORA 1DWJM 3KL5A 4HA1A 3CZ8A 4MDPA 3VVGA 3N13A 3M6DA 1E73M 1UR8A 5AY7A 1K9TA 5HBFA 1PIFA 5CSUA 1E1FA 1WB0A 4PTXA 3ALFA 2BV9A 2YIHA 4HA3A 1H5VA 2A3EA 1H0GA 2WLYA 4AZ7A 3VIMA 3VX0A 1QHPA 3RMEA 4HU8A 4F79A 1US3A 2NSXA 3VIFA 4AZCB 1FH8A 3APGA 4GINA 2DIJA 3VIOA 3WDHA 2Y8VA 3VD4A 1XH2A 4W87A 1EA9C 4PMVA 4ATWA 1LLOA 2G3MA 3PBGA 1V3HA 3MO4A 2ZWYA 3QHOA 4M81A 3RCNA 1PPIA 1SFSA 4GZEA 1P6WA 1XGZA 2WSPA 1KCLA 2EPOA 3PZMA 1KXQA 2YLLA 1QNSA 1UD3A 1JDAA 5EFDA 1GHSA 3SCTA 1GQKA 4OOUA 3EMZA 3AFBA 3MUAA 2CBJA 2X2YA 3VDAA 2RGMA 2VRJA 1K6AA 5D8ZA 3VD9A 1MFUA 1XRVA 1WKYA 2GDUA 4AISA 3UESA 3WD0A 4JFTA 2X8RA 3W28A 1KB3A 4UQDA 1I1XA 5AC4A 2W66A 1JZ4A 2CITA 1V0LA 4YPJA 4B9ZA 2G4FA 3U57A 5CJ5A 4QCEA 2VZTA 4GI9A 1UKSA 1HL8A 1W2PA 2VX7A 1NOWA 1BFNA 1BLIA 3OZOA 3W0KA 2ZX8A 3MU7A 2D23A 3SCRA 1ITCA 1W91A 3VTRA 4DWSD 1TVNA 5CGMA 1MW2A 2WMIB 1UR9A 1W9DM 2WSKA 2XGBA 4A3HA 4HOZA 5DT5A 4FMVA 4JFSA 1J12A 3ARTA 3I3DA 2OSWA 2BVDA 3MUY1 3B9DA 1FOBA 1L8NA 3VGDA 3CHEA 3WY1A 2VURA 1J01A 2IXVA 2GDVA 1CGUA 1R7AA 2WCAA 5BRQA 4AZGA 2GJPA 2J7CA 5I2UA 3CTTA 3W53A 1CYGA 5FCZA 2WW5A 3T2OA 4JZ5A 1E5NA 2XWEA 3WQ4A 4CCDA 2WMKA 3OLIA 1KCKA 4U3AA 3VILA 3ZOAA 4OBSA 1JNEA 2WMFA 2GFTA 2G3NA 3IANA 3VIPA 4UQBA 4IUGA 1JAEA 1PAMA 1UKOA 3ZSSA 3AQUA 1E5JA 2VRKA 2OWCA 4MNJA 1W9PA 3N15A 3VMNA 4UFLA 3ZT6A 1W3HA 4W7UA 4URIA 2XIBA 3OBAA 4P7LA 1WDPA 1OB0A 4FF5A 3CPUA 2PF0A 4PMXA 4X0NA 2F8QA 2JIWA 1JDCA 3AIQA 1GOOA 1HJQA 2G3JA 3MV11 3GM8A 1JL8A 3O9NA 1U2YA 2BY0A 3WUFA 4JFVA 3GXMA 1BPLB 3OB8A 4W5ZA 3WEOA 4H2CA 4BQ4A 2Y2WA 1X1NA 1UH3A 1XH0A 1RH9A 1MW3A 1UA3A 2OWWA 3WBAA 1Q6EA 1CDGA 5CSYA 2OYLA 3WH9A 7CGTA 1E72M 1B2YA 1DWFM 1V3JA 1UOKA 2CBIA 1J0ZA 3WSUA 4QLJA 3VIGA 4BQ3A 1MQRA 4RE3A 1TG7A 1W9VA 1ZBWA 2D0FA 1IT0A 1V02A 4CD6A 1L0PA 2ESCA 3CMJA 1LWHA 3OGSA 3BAJA 1VEOA 5BXTA 1C93A 1VEMA 4V27A 1CENA 5C70A 4TXEA 3TONA 4KH2A 2VNCA 4ACZB 5KEZA 5ABHA 5JUVA 3VGGA 3CZGA 2ZXAA 2XVNA 2MANA 2ZUUA 1QOXA 4M82A 1GQJA 1XSKA 3W82A 4UFMA 3PZNA 5A6KA 4DM2A 4J3UA 2XVGA 2Z1KA 5HPOA 2WCGA 4FLOA 1ISWA 1E43A 1CGWA 3CIVA 1OD8A 5C71A 3CZKA 1JZ3A 2WBGA 3L4VA 1E4LA 3PN8A 3SCOA 1GJUA 2DH2A 2CNCA 3QOMA 4Z2JA 2WC7A 5A8MA 3TTQA 3F4VA 5BXPA 1MQPA 1MXDA 4N0RA 5E0CA 2Z1SA 1V6XA 2XSBA 2VQTA 2BFGA 4JFWA 2CETA 1JIBA 2YA1A 4AIEA 1EOMA 2D0GA 4D6GA 4UZSA 4KRTA 5ABGA 1PZ2A 4CGTA 4Z2KA 1NARA 1VFFA 5JIPA 1W3JA 4UCFA 3ECQA 3VUPA 3RILA 1E70M 3UG4A 3BAXA 1IV8A 3WMBA 5IXEA 1UQZA 2YLAA 2CKSA 2VO5A 1G5AA 1H3GA 3NIYA 4H8UA 3F5KA 1AMYA 1CLVA 5CQ1A 5JIWA 2XYLA 2XGIA 4V28A 4CU6A 4J7RA 1AQ0A 3WD4A 2PWHA 3SCVA 4W88A 1M04A 1W9XA 2V38A 2EO7A 1BQCA 2VC9A 5C8BB 4E8DA 2Y4SA 4LXFA 3VD3A 3A6OA 3VDCA 1OD0A 2V5DA 1JXJA 2JEQA 3WN6A 1XC6A 1BTCA 3BCFA 4HZ8A 1GVIA 3LPPA 1KXHA 3PZOA 4P8WA 6CGTA 4WK9A 4CUCA 4KWUA 3ZJKA 3UR7A 4AEFA 1R8LA 3N17A 4W89A 1CGXA 3ARQA 1HJVA 4P7OA 4AZHA 3VIJA 4MAVA 4HP5A 2WMGA 2XVLA 4OKDA 1Q4NX 1ODUA 1XCXA 3A4AA 4MADA 1XV8A 4WLCA 2VQUA 3BMVA 3IJ7A 3JUGA 3QOKA 4RE2A 4PTVA 2FGLA 4BCEA 4XZWA 4MAZA 1QPKA 1OM0A 5A94A 3W37A 3VGBA 3B8SA 2OSYA 4FK9A 5HXMA 5LYRA 1UA7A 1HKMA 3RIKA 2VTFA 4GQRA 3MSDA 4CD5A 2WHKA 4AIUA 2X0YA 3GYCA 4M24A 4M8UA 3LPFA 2D24A 1WZMA 2IUZA 3CGTA 4GO8A 2CERA 3GBEA 4XUYA 4AW7A 4XX6A 2FH6A 4AXNA 2WK2A 2XFYA 1MFVA 3MSGA 3ARPA 3OGRA 1JNDA 2YOCA 3W27A 2HVMA 4ATDA 1IZKA 1WNOA 2VMFA 1FHLA 2WZHA 2YKKA 4J3TA 4CCCA 3SCWA 3AS3A 4PRWA 2FH8A 5AYBA 1U33A 3OGVA 2EPKX 5A8NA 3J7HA 3WQWA 3OA5A 3G6LA 1PX8A 1TFVA 1H4PA 3MUZ1 1A3HA 5ABFB 1B3ZA 1E71M 3AMCA 3SUVA 5I77A 3ARSA 2VT0A 1KFWA 1VJZA 3SCPA 4QLKA 1J18A 1V6YA 1GVYA 5A6BD 1VRXA 1B31A 1ESWA 1E6XM 1UUQA 1B3YA 2DIEA 3O2LA 3WH7A 3MANA 3QGVA 1XSIA 2E0PA 1LWJA 3AIEA 3O6AA 3NJ3A 3TTSA 2E8YA 3WDRA 4L4PA 1XSJA 2GUYA 3EDEA 2O9PA 1D3CA 1J0HA 1V08A 2DT2A 2WNWA 1UG6A 3DECA 2VCBA 1HP5A 1KGWA 1Y7VA 1OGGA 1EOKA 1SYTA 2O9OA 1M01A 5DFAA 1E0WA 2FHCA 1LQ0A 1V0KA 2NT1A 1M7XA 1E56A 4DUWA 1NOUA 1O7AA 3HN3A 3KZSA 3UETA 2D20A 2D3NA 1UQYA 2V5CA 2E9LA 3MMWA 3AYSA 2WVUA 1LG1A 3DYPA 1VF8A 1GOMA 4HZ7A 4W85A 4U5IA 2BS9A 2ZUWA 5A69A 3CUIA 3AHZA 4PMUA 3BAWA 2VVNA 1E0VA 4CN1A 3MKKA 3WMSA 1AQHA 1LG2A 3WF1A 2GVYA 1BF2A 3VMOA 5A6AA 2PWFA 1US2A 3WH8A 2EEXA 3NSNA 3UG5A 1HVXA 2CCRA 4ZEPA 1J0KA 3F5JA 2VRQA 1TA3A 1HVQA 1E0XA 4HA4A 1VBRA 4NF7A 3TOPA 2BXZA 3T2QA 1EXPA 4JL1A 3DYMA 2XM1A 3BAKA 3DHPA 3L4UA 3AOFA 3W24A 4AD4A 1AQMA 1UD6A 2E4TA 4DUXA 1KBKA 3B9AA 1CXIA 3GNRA 1BSIA 3AIBA 1UR0A 3KEHA 1KR1A 1Q6GA 4PMRA 4PUEA 4H8HA 3QR3A 1MYRA 4TTUA 1GQIA 4BZYA 2XIIA 1XCWA 3WNLA 3SURA 3U7VA 1NQ6A 4B9YA 1NWUA 5ABEA 3AIUA 5JBDA 1ZBVA 3AZRA 3AS0A 1HKKA 1XHGA 3VM5A 2EJ1A 3OLDA 2YJQA 1E55A 1KR0A 1NM9A 2WKLA 3D5HA 4D1JA 4CU8A 2PWDA 3EYPA 5I6SA 1CXFA 2QLYA 4GIAA 1QI2A 2AOSA 2O92A 4MB4A 1OWQA 1CWYA 4A4AA 4MJ2A 2Q8XA 3NSXA 4ML4A 1SMDA 1DHKA 4PCSA 3SUSA 3PZQA 3CLWA 5A6LA 1C3FA 5FL0A 2ZXQA 1ZS2A 3GH4A 1TUXA 1Z32X 3AIRA 3G6MA 3WH6A 3NYDA 4EK7A 1C8QA 4DWSA 1TA3B 4JKLA 3AIWA 3WUEA 4F9JA 3CUHA 4A3YA 3LPGA 1M03A 1R86A 5A8PA 1KWGA 3PZUA 2F61A 1H11A 4GI8A 3W25A 1ZBKA 2EPNA 1HKJA 2ZIDA 4AC1X 4D6DA 1UWUA 4MNLA 4AMCA 4IPNB 1GW1A 1F4HA 4PUDA 1VFMA 4UFJA 5A6SA 3BMWA 3OLGA 2EBNA 8A3HA 4MB1A 4D6CA 3K4DA 4PMNA 4JKMA 4W8LA 4P7NA 2ZXDA 3CZEA 2YBTA 3IAQA 1UWIA 3FNDA 4TX8A 5CPTA 4OUEA 1XYFA 1ZU8A 2GSJA 2C7FA 2WMHA 5I79A 1EQCA 2VJXA 4LGXA 1DP0A 1VJSA 5GNXA 4QAWA 4HOWA 4PTWA 5CLWA 4W7WA 4KGJA 3BAIA 2CYGA 3FHAA 2YL8A 2W4XA 5DF0A 3SEPA 1DWAM 1O6IA 1JZ6A 1TVPA 1BHGA 3ZO9A 5BCAA 3MV01 4YHEA 2CHOA 3TTOA 4AD5A 1LF1A 1MW0A 4X9YA 3A3HA 2OYMA 2G41A 2XM2A 1EDQA 2XFRA 1B1YA 3S2CA 1V6UA 5A2BA 1KWKA 3BGAA 5TD4A 3W6MA 1I1WA 3VU2A 2V3FA 5HPCA 2Y5EA 1E1EA 5FOOA 4HU0A 2A3BA 3AMGA 2VZSA 3WL0A 4U5KA 3W4RA 1JYXA 1FH7A 4WSKA 4W8AA 3VNYA 4WSJA 4FLQA 3T09A 3AI0A 4U33A 1JZ2A 3WQ5A 1HXJA 5E9AA 4HTYA 1UR4A 2D2OA 1HIZA 1QI5A 2FHFA 3ZM8A 1U30A 2FDMA 4AZIA 1OT1A 4GZIA 4TVUA 2WC3A 3K46A 3POHA 1R7OA 1GOKA 2UWFA 3B9EA 1C92A 3ARYA 1VB9A 4PSPA 4AD0A 1GQLA 3RDKA 1KXTA 3CO4A 1WDSA 2XWDA 1ZB5A 1W32A 3SCUA 2ZX7A 4Z2IA 1UWQA 2WWCA 3QHNA 3F5LA 1LL4A 2ZUMA 1PX4A 4HMDA 2DT3A 1I75A 5I78A 2YA0A 4UQ9A 5FD0A 4C7FA 4MJ4A 5IHSA 2DEPA 5I23A 3A47A 5DT7A 3AZSA 2JALA 4Y7EA 1WO2A 5E70A 1DWHM 4CD8A 4J3VA 2WCSA 3RM9A 2PC8A 2JEPA 3GNPA 4M29A 1NWRA 4ATLA 2YL6A 3A4XA 2WXDM 1MW1A 3L4YA 5IHRA 4GXPA 2WLZA 3AHXA 3N9KA 4V2XA 3SCQA 3VD5A 4D71A 4EKJA 2J77A 4M56A 2WVTA 2VX6A 4PMDA 4W84A 3WH5A 1HJWA 3T0AA 3WUBA 2XG9A 4Q7NA 1BGAA 1UWTA 3BXWA 5CPSA 4ACYA 5A95A 4PN2A 5EB8A 1NP2A 4WKHA 1D7FA 4UTFA 5DO8A 1JYVA 1CXLA 1C8XA 5M17A 5BYWA 4PMZA 4PMYA 3WELA 4W93A 4WKFA 2X09A 4CKQA 2YDSA 3VINA 3THCA 1G01A 2WHLA 1JG9A 2CPUA 2XSAA 1WDRA 3UEQA 2W67A 3VPLA 1J11A 1C90A 1SR0A 1TZ7A 4LX4A 3GH5A 4P7QA 5E09A 1C7TA 3VO0A 3FY1A 2UY3A 5LA1A 4OOZA 1GOQA 1PBGA 1OGSA 1HJSA 4PSRA 2BVYA 1E6ZA 3VGFA 4P8VA 4AD3A 2EPMX 2D1ZA 5JBFA 2J62A 2GJXA 4P8XA 1C7SA 1OSEA 3PZ9A 4EANA 2ZWZA 1PZ3A 1DWIM 3CMGA 6A3HA 3RJXA 1JAKA 3WKZA 3WF2A 5ECUA 4CVUA 1TCMA 4UFKA 4UFIA 8CGTA 4LYQA 4DWSC 2GK1A 1JFXA 1J0YA 4NI3A 4AYSA 4U2ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QNQ A;  4NSB A;  1QI0 A;  3OG2 A;  1OIN A;  4H04 A;  1H09 A;  5I24 A;  1QHO A;  1Q6D A;  2J7E A;  4J3X A;  4XB3 A;  1ITX A;  1UYQ A;  1ISX A;  1KGX A;  4ZXO A;  2VI0 A;  1S46 A;  4L4O A;  1G1Y A;  2O9R A;  2DSK A;  2CIP A;  3KL3 A;  5BXS A;  1QNR A;  1FP8 A;  3OZP A;  2D0H A;  3U5U A;  2ZOX A;  1CZ1 A;  1XD0 A;  4E2O A;  2C0H A;  3W6L A;  3ALG A;  1JI2 A;  2OYK A;  3PTQ A;  1QW8 A;  3AML A;  3SUU A;  3VGE A;  2WAN A;  2QF8 A;  1XH1 A;  5BRO A;  5EFF A;  5A2A A;  3CUG A;  1JD7 A;  1NWS A;  3AIC A;  3TTY A;  1PEZ A;  3WEN A;  2ZXB A;  5A6J A;  3M7S A;  2WMI A;  3SCN A;  4ZE5 A;  5AYI A;  1GOR A;  1DWJ M;  3KL5 A;  4HA1 A;  3CZ8 A;  4MDP A;  3VVG A;  3N13 A;  3M6D A;  1E73 M;  1UR8 A;  5AY7 A;  1K9T A;  5HBF A;  1PIF A;  5CSU A;  1E1F A;  1WB0 A;  4PTX A;  3ALF A;  2BV9 A;  2YIH A;  4HA3 A;  1H5V A;  2A3E A;  1H0G A;  2WLY A;  4AZ7 A;  3VIM A;  3VX0 A;  1QHP A;  3RME A;  4HU8 A;  4F79 A;  1US3 A;  2NSX A;  3VIF A;  4AZC B;  1FH8 A;  3APG A;  4GIN A;  2DIJ A;  3VIO A;  3WDH A;  2Y8V A;  3VD4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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