4NVTA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from brucella melitensis
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
IRPLVAGNWKMNGKGESLTELRAIAAGLSSDLGRKLDAVICVPATLLSRAAETLEGETVGLGGQDAHFKTSGAHTGDISPEMLKEAGATHVILGHSERRTDHHESNKLICAKTEAAWAAGLVAIVCVGETASERKAERALDVIGDQLSGSLPDGVTAENTIIAYEPVWAIGTGLTPTVQDVRAAHAFMREQLIERFGAKGAHLRLLYGGSVKPSNAAELLGVADVDGALVGGASLKAADFLAICETYRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
molecule keywords Triosephosphate isomerase
publication title Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase from Brucella melitensis
rcsb
source organism Brucella melitensis
total genus 88
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nvtA00
4QNEA 2RFGA 4MIMA 3HB9A 2R94A 3G1VA 1TTIA 1VCFA 1RVGA 1FXQA 4UFMA 1UJPA 3P82A 1PS9A 3EWBX 4DF1A 1EX5A 3PULA 1J4EA 1H63A 1YXYA 1H62A 1GVQA 1LOQA 1FCVA 1H1ZA 4K39A 4LS2A 2CU0A 1CW2A 4OQVA 3WJXA 3TKFA 4AH7A 1G67A 1VLWA 4EF8A 3BLEA 3C2VA 2I9EA 4JYEA 2VOMA 1ZFJA 2WSYA 3WK3A 1Q6QA 1VYRA 2NUWA 4JTHA 2V81A 4GJ1A 2Y62A 4Q33A 3OHIA 1SSDA 1KLZA 3KAOA 1O94A 4GBUA 3G8EA 2VENA 3G3DA 3LLDA 4JX4A 3GNDA 4LNYA 2VEIA 1OFBA 4MVAA 2PRMA 4O11A 5AHLA 5AHMA 4YWIA 3C2EA 3TW7A 4C1KA 4NXKA 3TE9A 1IIGA 4FB7A 3EXRA 5F1UA 3TQVA 1B9BA 4JTKA 2G5WA 4NZJA 1M6JA 3NAVA 3I7RA 5CSSA 2QCNA 5CKSA 3P62A 4R53A 3W3OA 3S9YA 3A21A 1B57A 4RZ5A 1NAL1 4GUIA 1CI1A 1FWNA 3VFLA 4RK8A 1B4KA 2X1RA 4MFEA 1WOAA 3IIVA 4MUZA 3L5AA 2ZTJA 2TMDA 1K7XA 4WQ6A 4JTTA 4A29A 2VFDA 2WO5A 1W31A 1ML1A 3W2UA 5AYYA 5TBOA 4H6KA 4AHQA 3ABQA 1A5CA 2DZTA 4OHQA 1EUNA 3P74A 5E0KA 4RXFA 4RJEA 1Z44A 3EX1A 4JY8A 1PHQA 2B7QA 4PL2A 3W84A 4UTWC 3QW3A 3I65A 3GIYA 4AVFA 1SZEA 1QPRA 4ALDA 1GVSA 4ZQOA 2ZCGA 4K37A 2EAWA 3W70A 2QF7A 1OX6A 1NSJA 2FDSA 1I8JA 2Y7EA 1PCKA 2NV1A 4JTGA 5F4SA 4TR9A 2H8ZA 4IX2A 1JQVA 3FOKA 3ANYA 2YR1A 1DQWA 5F1VA 2R8WA 1GJPA 1JCLA 2ZZ4A 3SR7A 3GKAA 1Q6RA 2CWNA 5I3IA 2BZNA 3F03K 2ZA3A 3NQVA 3P61A 2E09A 3LHUA 3LLFA 2FB2A 3KVMA 3TFCA 4DO4A 3NPWA 3QSRA 1GTEA 2ZYFA 4XTDA 1I2OA 3M47A 1SPQA 3VE7A 4LV9A 1HUVA 3NQCA 3FJ6A 2Q3RA 3PG8A 2E68A 4UTHA 3TA6A 3WK2A 4HPXA 1YLVA 3TSBA 3MI2A 4XBSA 1HO1A 4NZFA 1OFDA 6TIMA 1QFEA 2R14A 3TNOA 2QCMA 2FLIA 3DKLA 1PVNA 4O17A 3ZS4A 1QO2A 2LLEA 4A2SA 1X1ZA 3NR0A 1OYCA 3QMRA 1QOPA 3NQAA 3SJ3A 1AG1O 1S5WA 3BW3A 2GVJA 2V2DA 2Y7FA 1O60A 1KFEA 2GJLA 3UPWA 1YPFA 1TJRA 3M1ZA 3I7SA 3SW6A 5IM51 5G2IA 1QWGA 2A2IA 3FLUA 5A8GA 4S2CA 3TV8A 3L67A 5AHNA 5K3VA 2E5DA 3GLCA 3W85A 4O14A 3ABSA 3T55A 4N02A 5AHIA 5HWNA 3MWAA 3QH2A 5AB3A 3C52A 4UCGA 4UFJA 1TQJA 2E5CA 3VI2A 4UMAA 1O5KA 2I14A 4NX5A 4UTWA 4ZQCA 4XQ6A 1TPH1 2QCFA 3EX4A 2C16A 4KFPA 3FEMA 2NX3A 3LXBA 3TDFA 4K7YA 2E6YA 1TTPA 4K7VA 5LZLA 2VKZG 3K30A 3O6DA 4A2RA 4MJMA 1SU5A 4CNOA 2YW3A 2OT1A 1NEYA 4UUIA 5ABTA 1M7OA 3UWZA 3W1PA 2QCGA 4YCOA 3O16A 3H55A 4UNKA 4MLJA 3NOEA 3M44A 4E0CA 5G2WA 3BLFA 3G1SA 3W71A 3LHVA 2DZPA 1PIIA 3GNNA 4IPJA 2QAFA 1HG3A 1FY6A 1K8XA 4IOTA 4Y96A 1GYNA 6ALDA 1AW1A 5DBTA 1BWKA 4QNWA 1FCBA 2P1FA 3E12A 3QJAA 3BG9A 4FEZA 4AB4A 1ME7A 2ZQ0A 3TIMA 3W1MA 5KMYA 1KBIA 3SSJA 1UUMA 5FEXA 2YW4A 4M7SA 2OZ0A 2JKAA 1SW0A 1VS1A 2QCEA 3L0GA 1W54A 2WJZA 4FX8A 1DJQA 3FJLA 3TX9A 4WD0A 4C1LA 1WQ5A 1F05A 1TTQA 4XKYA 3SFKA 4JTIA 3MI3A 3QM3A 3NG3A 4HNNA 4O57A 3LERA 2NXHA 1KW1A 2PE4A 2WNZA 4P61A 2YSWA 3W1NA 2XFWA 4PH6A 2X30A 3MI6A 4O1BA 3LHYA 3G22A 4ORMA 2Q3OA 3ZWSA 5HQEA 5D03A 3A24A 3ATYA 5HJLA 3C6CA 3NQ6A 1G4TA 3HGOA 1P0KA 3TJXA 5CPOA 2V2CA 5LNWA 3GR8A 1GPWA 1S5VA 1F7BA 1LBFA 3HGJA 1KV8A 3TQ0A 1WYIA 2HTMA 3C2OA 1AMKA 5CZ0A 5DELA 5FF7A 3NM1A 3UWUA 1VHCA 2BLEA 2A5HA 5F4XA 1YDNA 3DGRA 4IX0A 1FWWA 4N9EA 4O0KA 3G1FA 1QR7A 1VLIA 2ZZ3A 3OVPA 3W76A 2B4GA 2Z2UA 1H50A 3CB8A 3S5ZA 4AWSA 4QAIA 3EWUA 4X9SA 1VZWA 2QAPA 5FESA 3QMSA 1RR2A 3PVFA 2J9YA 3PAJA 2ZBTA 3D0CA 3NA8A 1K7EA 4Z1AA 5D02A 3HG4A 4IWWA 4ADSA 2O7QA 1A5AA 1OJXA 3A5FA 1JUEA 3QC3A 3KRZA 1XUZA 4KFOA 4LY8A 1FWTA 3EB2A 2Y85A 1FXPA 3CHVA 3UPBA 3I7QA 2C15A 4UMCA 1B4EA 2ZZ5A 1R47A 2ABAA 1A50A 3LHTA 4UMBA 4N4QA 2GOUA 4RR4A 2F84A 3STFA 1MXSA 4DF0A 4BK9A 4UTLA 4WXYA 3KVJA 2OMAA 2PC4A 1FX6A 3CIXA 2GJNA 3PSWA 3SZ8A 1ZNNA 5EY5A 4LVAA 2Q8LA 3GK0A 4H4IA 3EEGA 1FWRA 5KITA 3W1RA 2QUVA 3BVJA 2YCEA 5DXXA 3TAKA 3MHFA 3N9SA 3UWQA 3EX2A 3QFEA 3W7MA 4HNUA 3W75A 3PF3A 3KVKA 1KFJA 4LU0A 3UWWA 2OCZA 4O12A 3MJYA 3S5YA 1SO6A 2NXGA 4BFAA 1GZGA 1K8ZA 3HF3A 3HOJA 1A53A 4QM1A 3VNDA 3LRKA 1THFD 4JICA 4BF9A 5DCBA 1PV8A 4O4VA 1PE1A 1KM5A 1R2RA 3C56A 2C1HA 4O28A 1YDOA 1SO5A 5IBXC 3LHZA 1TJPA 1UASA 3N9RA 5DY2A 4PEKA 1TV5A 1LM1A 1ADOA 4NNBA 3QRHA 4WZHA 5EKYA 1OFPA 1DJNA 5CSRA 2YFNA 2Y7DA 3O6CA 3S5NA 2X1TA 1UUOA 1VRDA 3PUEA 2H3DA 2JBMA 2X2GA 1S3HA 1VGAA 3W73A 4HSNA 3ZR4A 1SW3A 3QPYA 4LVBA 4GXMA 3N2MA 3EX3A 3S1VA 1TV7A 4XUGA 3QMTA 3QQ0A 3CEPA 2RDWA 3DKJA 2DP3A 1O4UA 2B7OA 1EWEA 1W5NA 3OA3A 3CT7A 1VH7A 4E38A 1LRTA 2DORA 3QSTA 3P84A 2VFGA 5D2WA 4A3UA 1GVOA 4I7UA 3NEVA 3TK7A 1Z42A 4X2RA 3G1YA 5CG7A 4S1FA 1W3TA 1TCDA 3F4WA 4FXSA 1X6UA 2CZEA 1UB3A 2D73A 2NV2A 4ICNA 3M16A 1VCVA 4X3ZA 4OU1A 1G7VA 5I3KA 1LZOA 2V2HA 4O13A 1TRDA 3RNDA 4O19A 3E02A 3NGJA 4XZ9A 3UNDA 3W7JA 3S1XA 1KM1A 3IRDA 1JULA 4FXRA 5FF2A 4EIVA 5BMXA 1H51A 3GVGA 5E1QA 2YPIA 4CQ9A 1G4EA 1LRNA 2X16A 3GDMA 1TRIA 4LW7A 1EP3A 3NQGA 2RKXA 1YYAA 5AHFA 4QITA 3S1UA 5I3JA 3W2JA 2WV8A 1TYGA 4A22A 2P10A 3FYPA 5HINA 4K36A 3O6YX 3LTSA 3LI1A 1KFCA 1L6WA 4LWWA 3P7YA 4IMDA 3W7CA 5IBXA 4NVTA 4DELA 3C61A 4JY9A 1I2RA 3E49A 5HR7A 1FDZA 2CLLA 4JIPA 4ZQMA 5G4WA 5SWUA 3QQ1A 1YPIA 2BTMA 3BV4A 4DQWA 2CW6A 2KZHA 2PCQA 2XN0A 3LRMA 3SECA 2RDUA 1MO0A 3EWYA 1T99A 3CQ0A 3ABRA 3GDRA 1H7RA 3G0UA 3GR7A 3WJYA 4B5NA 4BI5A 2YDAA 3TQKA 4RLIA 1WA3A 3W1AA 3QYQA 4UTIA 4DF2A 3QF0A 4Y8FA 1SW7A 1U5JA 5GVJA 4MKNA 3L5MA 3G24A 4GUGA 1G4PA 2DZSA 2Y6ZA 3IIZA 1YADA 2V5BA 2H3BA 3DFPA 2H6RA 1R2SA 1LCOA 2GQAA 1J5TA 4IMGA 5AHEA 3PBVA 4FX7A 5F2IA 4TU1A 4JYDA 1MZHA 3O15A 3TSDA 1IXOA 3TJLA 3NDOA 4N9BA 4QSHA 4NJHA 5D2TA 3FIGA 4QQ3A 3UYCA 1WX0A 3BG5A 3MHGA 1QNVA 1XC4A 1B3OA 3P60A 3W7GA 1H5YA 3DFSA 4ZL1A 1LYXA 3Q2DA 4M7TA 1FCQA 3P5ZA 1SUXA 5K7JA 1X7FA 1M7PA 2JKEA 4O16A 3A22A 4JNMA 3CPRA 1XBYA 4LS1A 4DEFA 3DAQA 4LC8A 1XUUA 1KFKA 3IVUA 3LCFA 1ICSA 4CLMA 1R2TA 5AFDA 3MYOA 5G5IA 4A21A 4O1AA 3NNTA 2B7NA 1R30A 2J6XA 5K9XA 5KZDA 1G69A 4ZVJA 1N7KA 2WNQA 1K03A 3LI0A 4M6PA 1OVDA 1DQXA 3EKZA 1TB3A 3RU6A 3T4CA 3E96A 2NX9A 4D2JA 3PB2A 3HG5A 3PBWA 1W5MA 1DOSA 3KVLA 4JDBA 1KTNA 3YPIA 3BPWA 1LBLA 1EPXA 3R5EA 3P67A 1HFBA 4P2VA 5U7SA 1WBHA 4AHOA 4HNVA 1IF2A 2WNNA 5BRBA 2FTPA 1F73A 3LTYA 1JQXA 3NPVA 4HPJA 3L5LA 2NLIA 1OK6A 1A5SA 3OBKA 3MYPA 3W22A 1NVMA 5AYZA 3IVSA 4OT7A 3PUDA 4XTIA 3G3MA 3IGSA 3W1UA 3S8HA 1N55A 4Z1CA 2A6NA 2CLKA 3USBA 3B03A 3NL2A 4L4LA 3THAA 3V75A 2QJIA 5LNSA 1SR9A 1RD5A 2Y63A 4KWWA 4DO5A 5DBUA 1VR6A 3LV6A 3THQA 4PFMA 3G8RA 1UBSA 3W7KA 5KZMA 4UXDA 3M41A 3C2RA 3TMQA 3W7EA 1XBZA 3G0XA 4YL2A 3UXAA 2WSRA 4WOZA 2CZ5A 3SGZA 1ME8A 4MFDA 3MHUA 1NFBA 4RKAA 5EYWA 3S6DA 4IUOA 3JRKA 4E2DA 3DFQA 1P4CA 3NQDA 2ABBA 4QJ1A 3W1LA 4MY1A 2X1SA 3MBDA 3EX6A 3CC1A 1QPNA 4DO6A 2E77A 3N3MA 3H53A 4LT9A 1IGSA 4HSOA 2EPHA 4LOCA 2VFEA 2Z6IA 3UWVA 2VEPA 3Q94A 4Z0JA 5AC8A 5K4ZA 1BWLA 1LORA 4DPPA 2FJKA 1WXJA 4X22A 1H1YA 2XN1A 3LBCA 5KZEA 3BGGA 3NZ1A 1OYAA 3FKKA 3A5VA 2DU2A 3B05A 3TFXA 5K9CA 4PA8A 1DKWA 1QOQA 4GE8A 5U4NA 3DHFA 1ONRA 3HMJG 1VQTA 1Z48A 4N6FA 1W56A 3W74A 4TX9A 5FF0A 4PTNA 5DCDA 5CZTA 4Z1DA 3GDKA 3VCRA 1W5QA 3LBMA 2A21A 2VEKA 4UFLA 5D38A 3W86A 3N73A 1TREA 1OX4A 4G1KA 4AXKA 3UY8A 3QEZA 1OFRA 1JCJA 1R46A 2Q8ZA 3G1DA 3G0SA 3BK0A 2A7NA 2NUXA 4GUHA 5BMWA 5LKYA 4UFHA 5MHBA 4N2YA 2UV8G 2ISWA 1VPXA 4MYXA 3RLVA 1W5PA 4WY0F 1QDSA 4HKPA 5FF4A 3EKLA 1HL2A 3R8RA 3FS2A 3LOTA 4NJGA 4NUWA 4LVDA 1C9DA 1TTJA 5EA9A 3R12A 1OF8A 1FCUA 1LRQA 1JCNA 3A9IA 4UFKA 4YXGA 1JCYA 1PHWA 4OE7A 1ZJIA 3BG3A 1SO4A 3ZWTA 3HIJA 4NJKA 2BXVA 5LNVA 3W23A 5HMSA 2R91A 4FNTA 3RK8A 3F1QA 1W3IA 1ICPA 2Y7GA 1F76A 4ADUA 5AOUA 1OG0A 4LV4A 3OVRA 5C55A 2AQWA 1I2PA 3EWZA 3EWXA 1LDCA 4FHAA 1TQXA 3NL6A 2AGKA 3LCHA 2BSLA 3CM4A 3G1AA 4N6EA 1KTCA 1EA0A 3DFTA 3TAOA 3HPXA 3B04A 2G97A 4LUJA 2EHHA 1D3GA 3L0KA 4ML9A 4BI6A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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