5F1U | Genus

Total Genus 119

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	119
sequence length	297
structure length	297
Chain Sequence	DKNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPFYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVKEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
publication title	Biomimetic Design Results in a Potent Allosteric Inhibitor of Dihydrodipicolinate Synthase from Campylobacter jejuni. pubmed doi rcsb
source organism	Campylobacter jejuni
total genus	119
structure length	297
sequence length	297
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2015-11-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5f1uA00

2FB2A 4IOTA 2FDSA 1MEIA 2DJLA 2E6FA 3BLFA 4FF7A 1W31A 1QPOA 3GR7A 1RV8A 3W7RA 3L9CA 3STGA 3HGJA 3HG3A 5D2XA 3NL3A 1FWTA 3OBKA 5CPMA 4ADUA 4ZVJA 1G7VA 3G0SA 4QAIA 4JR5A 1RD5A 1ME9A 2NV1A 4JNMA 1GG1A 3UY8A 1D9EA 3VNDA 5I3JA 3S8HA 1EX5A 2VFGA 1O60A 4QNWA 2YCEA 5D2YA 3LB0A 1LLWA 4JTSA 5AHNA 5AYYA 1P0KA 1KM3A 3W71A 4LOCA 2YDAA 1JUBA 4AMAA 4X9SA 4WOZA 4JD4A 4PL1A 1LRQA 5LHEA 1A53A 2OMAA 2ZRUA 2H8ZA 1JJKA 5EMUA 3QQ1A 4ZQPA 4OWGA 4UMAA 3F03K 3G3DA 2C3ZA 3L0KA 5BRBA 1F5ZA 3TCEA 3NZ1A 1THFD 3RLVA 3L0NA 2ZA3A 1IXOA 1H5YA 3E02A 4LC6A 3OIXA 3W87A 2WV8A 4FXRA 5AHFA 4MZ1A 4OHQA 1WV2A 1VYRA 1VLWA 5C2XA 1OFDA 3TKFA 2QEZA 1TV7A 2F84A 4FX8A 5LNVA 2OCZA 4DBEA 3AJXA 1J4EA 3MHFA 4UTKA 4CQAA 3LTPA 1C29A 5I3KA 4DO5A 2ZRYA 1FWWA 2VFEA 3S5OA 3PG8A 5KZDA 4GUGA 1QMLA 1K8XA 3C52A 4LRTA 4O1BA 3CQ0A 5D30A 1PHWA 3HIJA 1TQJA 2RDUA 4ALDA 3W7HA 7TIMA 3FKRA 1H7PA 2QF7A 4RJEA 2GVGA 3IVUA 1P4CA 1ADOA 2YFNA 3T44A 2PCQA 3QMTA 4AVFA 3HG4A 3SR7A 1Z42A 3HJZA 3R89A 4WXYA 1H7RA 1MEWA 1OX4A 2WQPA 1WQ5A 4P61A 5U7SA 3TAKA 3F1QA 4UMCA 1SR9A 5LNUA 3NOEA 3LHWA 1WA3A 2P1FA 5C54A 3EKLA 1SSDA 4CNPA 4OV4A 3RF9A 3PBUA 4DBDA 4ZQOA 4UR7A 3BVJA 3THAA 4OQVA 3EEGA 3HO8A 2WSYA 3TW7A 3CIWA 1GWJA 3UQNA 3PC0A 3W2UA 2AAMA 3IGXA 5HMSA 3PULA 4IX2A 1KBJA 3O06A 3M43A 4Y90A 1QOPA 1FWSA 1KFEA 3CT7A 4FNSA 1HUVA 3LM7A 1FDJA 5IBXC 5D2VA 2ZYFA 3EX1A 1AW1A 2BWGA 1OF8A 3O1NA 4LVBA 4UTWA 1XM3A 3N34A 2XFWA 5F2GA 1XBYA 3JS3A 1L6YA 3ZR4A 3Q37A 1OVDA 4E0CA 3TROA 3TNOA 4XKYB 1LM1A 2XN0A 3C2OA 1K02A 1KM5A 1TREA 2GQAA 2C6QA 1SO3A 4QITA 2WSRA 4RK8A 3UYCA 3HGRA 4JTGA 5E1QA 1YDNA 3HF3A 2AQWA 1ALDA 1G4PA 2W79A 3L5MA 3M1ZA 3LTSA 2DZXA 5D05A 2R14A 3O6CA 1FWNA 1H7WA 2V2CA 2ISVA 1OABA 2VEIA 1N8FA 1JCXA 3R8RA 1GQNA 3MBFA 4RKAA 3OHIA 4XQ6A 4UFKA 1L9WA 2ISWA 1DJNA 1J2WA 3PVFA 2NWSA 3NQ8A 1KBIA 2QUTA 3R2GA 3GXPA 2Y6ZA 1VJIA 1H7OA 5GVJA 3CU2A 1VLIA 1L6WA 3AO0A 2QJGA 2W0UA 1ONRA 3CLMA 3W1LA 1DQXA 3P8JA 3TSDA 3L0GA 2PRMA 1GVOA 4FXSA 4ZMGA 3W73A 2VELA 2B7QA 2ZCGA 4MLJA 5G2WA 3FKKA 4RX0A 3S6DA 3NQAA 4O1CA 2FTPA 4BWLA 4MY8A 4UTTC 1EB3A 3C0JA 1UCWA 3L5LA 3UZJA 2Y7DA 3VI2A 5KMYA 3M44A 3PSWA 1WOBA 5AC6A 2BZNA 1JRBA 4MPQA 1W56A 2Z2UA 1PIIA 3LTYA 3E0IA 4GE8A 2A85A 1PCWA 3W9ZA 3QM3A 2BLEA 2ZBTA 3WJZA 2FIQA 1Q3NA 1UUOA 5DXXA 1XUUA 1QO2A 4UTJA 4AB4A 5CPNA 1LOQA 5D37A 1LBFA 1JVNA 2Q3OA 2JGYA 1X6UA 1R46A 5K4ZA 1LDCA 4O4VA 5KTLA 4UFJA 3ZWSA 2DP3A 4UR8A 2AGKA 1KFKA 1QO5A 4WXZA 4JTUA 3C2RA 1VC4A 5BNKA 4HNTA 1ME7A 1FCUA 4C1KA 2QDHA 3EX3A 2CLLA 4JX6A 3LBMA 4Q32A 3LCGA 4UIOA 2X1UA 2QCNA 1TIMA 3I6RA 4Y8FA 5KZEA 2FLIA 3BGJA 5DLCA 5KZMA 1MEHA 1RPXA 1K3UA 4OE7A 4NZFA 5IBXA 3KVJA 1N7KA 4GBUA 5G2HA 3LRMA 1FDYA 1CW2A 4JTIA 4NNBA 1QPNA 1DORA 2ZRZA 3WK0A 3N3MA 1VH7A 3Q2DA 1ZCOA 2HMCA 2QCEA 3SI9A 4Z0JA 3IRDA 4UUIA 3G1HA 2VEKA 2QCGA 3HOJA 2JKAA 5G5IA 2E1DA 2ZDRA 2VC6A 3BARA 3FYPA 1QPQA 3TA6A 4HNVA 3O16A 4EOUA 1RQEA 1JCMP 1DHPA 4PC8A 3WK3A 1RR2A 3UY7A 3G22A 3G1FA 1Q6LA 2JGQA 3PUEA 3FEMA 2A6NA 3O07A 4O10A 5CPLA 4EF8A 4IPJA 4WQ6A 1TV8A 2P10A 2QJIA 3EWUA 5AHMA 2NV2A 4A2SA 3TFCA 4FIQA 3EXRA 1YPFA 4XBKA 1JULA 3TSMA 3LHUA 4OU1A 4BFAA 5LGXA 3W86A 1KV8A 1OYBA 2X1TA 3DENA 2PC4A 3DU0A 3NPUA 2ATMA 2BSLA 1W1ZA 4DF0A 2J6XA 4YWIA 1FCQA 1GPWA 3RFAA 5DN1A 5CZ0A 4NNCA 1YTDA 2CLHA 1J5TA 4FX6M 4JTJA 1HTIA 5F4XA 4HT3A 4AHOA 2DZVA 1GTEA 1EEPA 3GKAA 4GUHA 4MVAA 1IXQA 1NFBA 1W8SA 1GEQA 5F2MA 3W72A 1QDSA 4TMBA 4LNYA 4KKXA 3PB2A 4CCEA 4DO6A 4TIMA 3DZ1A 4O52A 4JY9A 3EX4A 1SO4A 3LCHA 4O13A 1OK6A 2ZRVA 3BG5A 2VFFA 1XDMA 3BLIA 3VKJA 2H8XA 2Q8LA 1K7XA 1TB3A 2ZQ0A 3VE9A 3HPSA 2CZDA 4K8EA 1ZAJA 3NPXA 1SUXA 3ANYA 5T26A 1BKSA 3T40A 4FHAA 3TXZA 3ATYA 5DCEA 1KV5A 4O17A 3P74A 1GVQA 3UWZA 4U28A 4TO8A 1R2RA 2G5WA 5AC8A 4QNEA 3C2VA 3BK0A 2GJNA 1WBHA 3LXBA 1TYGA 4JXCA 3GDKA 4MFDA 1H63A 1TPWA 4Q4KA 1KW1A 2ZZ3A 1TCDA 3GDLA 4JS3A 1TPFA 3W7DA 4HSNA 3M5XA 2GJLA 4LC8A 4MYXA 5HUPA 3EX2A 2DORA 3ABQA 3CB8A 4JTLA 5G4EA 3PR2A 5G4WA 4I9AA 2QDGA 1H51A 1NEYA 2X1RA 3H54A 3TU9A 1OX5A 2B0MA 1PCKA 3TQ0A 1TPB1 4JX5A 1R30A 3W85A 3QMRA 3G8EA 4L4LA 4MJZA 5AHEA 4IJBA 3TQVA 4AWSA 2Z0IA 3NL6A 1TPDA 3LCFA 2QCCA 4BR1A 3GIYA 4G1KA 3L66A 3PUDA 1JQXA 2DZTA 4NJKA 3BGGA 4WY0B 1VGAA 3UWVA 4A21A 2PRLA 3I7QA 2ZZ4A 3IIZA 2CU0A 1A5BA 2E09A 5AOUA 2GQ9A 3M5VA 4M6VA 3TJLA 1UJPA 3FJ6A 2CWNA 4MJMA 3I68A 5EY5A 5F1UA 3O6YX 3DFNA 3CPRA 4LV4A 4ZL1A 3B0VC 1MZHA 4OT7A 3W1XA 2C1HA 3W7QA 3GDRA 1LBMA 4IXXA 4K37A 4WY0F 2A5HA 3EWYA 1WX0A 2ISSA 3P60A 3P81A 2ABBA 2CZ5A 5K9XA 2A4AA 4LU0A 1DV7A 3DHDA 4UTWC 3WJXA 4LVAA 1GVSA 3O8AA 4JIPA 3TR2A 2GVJA 3IVSA 4TU1A 3ABRA 2YX0A 2DU2A 2FPTA 2GVLA 3A21A 2E68A 3W7IA 3B4UA 4M5PA 1AMKA 4X2RA 1ZAHA 2YGYA 3VCRA 3QYQA 3B03A 4R34A 1UUMA 3B05A 3H55A 3W7JA 1JR1A 1F73A 1OX6A 4LS1A 1OFEA 2CLEA 3W1UA 3TUUA 2J9XA 3DAQA 3PB0A 3LRLA 4XTDA 4A2RA 2C18A 1VYSX 1OHLA 2V9DA 5FEXA 3SGUA 3W23A 1W5OA 1FCVA 4H3DA 3C8FA 5E0KA 3UNDA 5HINA 3WK1A 4X3ZA 4H6KA 3NVTA 3DBPA 4IGHA 1F76A 4NX5A 2RKXA 4NVTA 4JN6A 4HSOA 5FF4A 2BX7A 2H3DA 2OT0A 2R94A 1MSSA 3MP5A 1ZALA 1XBVA 4BWLC 1T96A 1ICPA 1KM0A 1RVGA 4UTMA 3LDVA 2E5BA 1A5SA 3OVQA 1H61A 4YMZA 2Y61A 1W5PA 5HR7A 3A24A 4KFPA 5LSMA 1SW3A 2A6LA 2A7RA 4ICNA 1KLYA 2QKFA 1G67A 2JKPA 1NAL1 1BWLA 1EUNA 2CLKA 3A5VA 3CIXA 2NXIA 4NZJA 4LUIA 4YLWA 5F4SA 3SW6A 3GYEA 2QCLA 2V5BA 3Q58A 5HWNA 1OFRA 5CG7A 1I2OA 4Q33A 4WOQA 4LT9A 3N9RA 3CEPA 3DFSA 2X1SA 2G95A 1O95A 1F74A 2YW4A 3KRZA 1ME8A 1S5VA 2TPSA 3IVTA 4FNUA 1LROA 3UZ5A 1WDWA 3MP3A 3MWAA 1A5AA 1ZAIA 3TMLA 1F05A 1P0NA 5CZSA 3RLUA 1LOLA 3YPIA 1M7OA 3W75A 4KWVA 3W6YA 2VFIA 3PBVA 1LOSA 3MO7A 1HG3A 1VPXA 2A1YA 4TMCA 4Z1CA 1GJPA 3TX9A 5K4XA 3LRKA 3M5YA 3RNDA 1TQXA 3LCWA 2FFCA 4JIQA 3TDFA 1AL7A 2FPYA 4N6EA 1VRDA 1QOQA 3NL2A 1KFLA 4UFIA 3LHYA 3MJYA 1Z41A 3G24A 4MUZA 1EUAA 1IXNA 5ABTA 5AYZA 1GTHA 2QCHA 3NQ6A 2GPTA 2O7SA 1W3IA 1K7FA 4K7YA 5AYXA 2WNZA 4DQWA 1EIXA 2G96A 4DEFA 5I3FA 3V75A 4A22A 3NQVA 3P67A 3ZWTA 2B7PA 4FX7A 3A22A 1YTEA 4ZQNA 1H50A 4ML9A 2J88A 1W3NA 2CZEA 2EF9A 4U4MA 3B06A 1LRNA 1YTKA 1TO3A 3LLDA 2C14A 3TJXA 5BOOA 1K7EA 1FWRA 2E6DA 4O4WA 4BI5A 3MHUA 3M6YA 1LLZA 2WNNA 1I2PA 2J9ZA 3TC6A 2V2DA 1X1OA 3IEBA 4Y96A 3KOFA 1IXPA 1YADA 2WKJA 4KFNA 1OFPA 5D03A 4K38A 5FEPA 5FESA 3KXQA 3OVPA 1SZNA 5F4WA 2TYSA 3T4CA 5D32A 4M7SA 4UTHA 3PG9A 1OF6A 5DELA 1V7YA 5IM51 2V30A 1I4NA 1G7UA 2C16A 2HTMA 3ZFHA 5C6MA 4FO4A 1S3HA 1S5WA 4AF0B 4Z1AA 1H60A 3W1TA 4N9CA 3P8IA 2WJZA 2ZZ6A 4MYAA 4AH7A 2OZ0A 3P84A 2NUWA 4P2VA 4FEZA 4O8RA 3UPWA 1TMHA 4MY9A 3NQDA 2DZPA 1E51A 1KM4A 3CTLA 3TW6A 1B57A 1Q6OA 3LI0A 3UPBA 1O5XA 3LGEA 4HPJA 1QAPA 4JYDA 1ZNNA 4IMGA 4JTTA 5J5DA 3UWWA 4JX4A 4N2YA 4JTEA 4FB7A 5FF2A 5G2IA 2ALDA 2P0OA 4JGDA 2Z6IA 2JK2A 3STCA 3EXTA 3S5ZA 3HB9A 4S2CA 2B7NA 3HGSA 3QW3A 4O50A 4O53A 1C9DA 4IMDA 2JBMA 1TTJA 1G69A 3G1DA 3W2KA 3LXAA 4HKPA 3M0ZA 1LP6A 3U2OA 1OX4B 4NU7A 3GZ3A 4AHPA 3UWYA 2E5DA 1A5CA 4DPQA 3KRSA 1Q6QA 2LLEA 3BW2A 3GAKA 1S5TA 1H62A 3THQA 5D33A 3FOKA 1D3HA 3EWWA 2ZZ5A 5G1TA 1SFJA 3LX9A 3HGOA 4JTKA 1TSIA 5KINA 4A3UA 1PS9A 5D38A 4RZ5A 2QCDB 4IX0A 3P80A 3RU6A 3W7EA 2OT1A 2VXNA 4XWUA 2X16A 1VZWA 1LYXA 3DFQA 2VENA 2C15A 3VFLA 4PODA 1QCWA 1W0MA 2ZZ7A 3D0CA 5DY3A 5HUOA 4BF9A 3PAJA 4K36A 4FNQA 4UFLA 4I7UA 5DY2A 3W2NA 3IIPA 3QSTA 3TFXA 3P82A 3GNNA 2VEPA 2Q8ZA 1TJPA 1D3GA 1FQ0A 3WFAA 4WY0A 4GUIA 4UCGA 1TPH1 2FPVA 1DVJA 3STEA 4MY1A 4M6QA 1L6SA 3QH2A 4CQ8A 2RH9A 2NXGA 4MZYA 1NSJA 3U8GA 1GT8A 4K6AA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5F1UA

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