1VBUA

Crystal structure of native xylanase 10b from thermotoga maritima
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
VSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDAEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENDMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWAKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEEYYLKKQAEVCAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endo-1,4-beta-xylanase B
publication title Structural basis of the substrate subsite and the highly thermal stability of xylanase 10B from Thermotoga maritima MSB8
pubmed doi rcsb
source organism Thermotoga maritima
total genus 136
structure length 324
sequence length 324
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1vbuA00
2O9OA 4J3TA 2YLLA 1TA3B 4H8HA 4LQ1A 1H0IA 3TP4A 3WQ8A 2PWFA 3PZOA 1V6XA 4WKHA 1WZLA 2X8RA 1E71M 2FHBA 1HX0A 4PMNA 2YL6A 4PUEA 4AIEA 3K46A 2QHAA 3WDQA 3UR7A 3ARVA 2J78A 2ZWYA 1UD6A 1CTNA 2VZSA 2WK2A 5FOOA 1FH9A 3AMLA 1FHDA 2E9LA 2OYMA 2PWHA 2JEPA 1GUVA 1ISZA 3VIIA 1H4PA 4JFVA 3F4VA 5HOSA 3WEZA 4AMCA 1RP9A 4V27A 3EMCA 2XTKA 4MNKA 1WDQA 2EBNA 1EXPA 1NOUA 1OM0A 5CLTA 3EBVA 2XPKA 3CUIA 2DIJA 2FH8A 5D9NA 1KCLA 1UKPA 2BHUA 5A6AA 3WQ5A 1G9HA 2XM1A 1HVXA 1BG4A 4PMYA 1MQRA 4AD3A 3PTQA 2VX5A 5CJ5A 4HPHA 1IV8A 4HP5A 1WP6A 1E0WA 5BROA 1IZKA 1OGSA 3BGAA 1K6AA 4LXFA 3LPGA 4JFUA 2X05A 3T2QA 1JXJA 3AROA 2VZUA 3AIQA 4J7RA 3PZNA 3PTMA 4MAVA 3THDA 3WMSA 4GKLA 9CGTA 1G5AA 1VIWA 1QI0A 5FKYA 5BXSA 3VD3A 4CVUA 3ARWA 3EMZA 2YLAA 1KQZA 2CKSA 4K68A 2D0GA 1CBGA 4TTGA 1FH8A 2EPOA 1CDGA 4D6IA 1UR8A 3AHXA 4PYSA 3WUBA 3FAXA 1XGZA 3O2LA 4UQ9A 2WVSA 2PBGA 2BXZA 1V6UA 4ZFMA 3EYPA 3SIMA 1BYCA 1NQ6A 1EGZA 4PTMA 2GK1B 3W38A 2V5DA 5A8NA 4GI9A 3VIOA 4GZJA 5C8BB 3AIUA 2VZOA 1XH0A 3SURA 4NI3A 4DWSA 3KL0A 3L4ZA 4F9JA 1DWFM 4JKMA 4PMQA 3UG3A 2GFTA 3VD4A 4Z2GA 2BVTA 4ZEPA 4UFMA 3VD5A 4RL3A 1MW1A 3MUIA 1B3ZA 1BGGA 2VCCA 1J0KA 3M6DA 3AFBA 1OBAA 4L4OA 3VU2A 3WY1A 1W91A 1RPKA 3WUGA 1R87A 3K4AA 3QOKA 5IHRA 5EMYA 4AIOA 3ZJKA 2ZUVA 4A4AA 3QHMA 2XIIA 1XSIA 4MDOA 4TTUA 5CGTA 5AC4A 4F9DA 5GQBA 1V02E 3W81A 1EHAA 3BSHA 1JI1A 2AMGA 1W1PA 5FL1A 1JDCA 1HKIA 1KQYA 1UWUA 3FAWA 4HTYA 3GYCA 1C3FA 1KXTA 3WH7A 1KGUA 4J3WA 4Z2LA 1TVNA 3WEOA 2CXGA 2J7DA 5HNNA 2X09A 4JCMA 3WD4A 4URIA 5CPSA 4BS0A 2VL4A 4HOXA 3LPOA 2XFRA 3ZIZA 1MW0A 3MSGA 2CBIA 5D9OA 4W86A 3NSMA 3K1DA 4AIUA 3A6OA 5ABEA 4M82A 4X0NA 3GH5A 2PF0A 2WNWA 5LA0A 1QW8A 4CD4A 1FP9A 2OWWA 3WQ6A 3RPMA 3QGVA 2GJRA 4JFTA 5CSUA 3VD7A 3SCNA 3ECQA 2WMIA 1CZ1A 5A6MA 2W92A 1E4NA 3WDPP 5A8OA 4P7RA 5C70A 4IPLA 3AOFA 4UZSA 2WHJA 2WWCA 3AMGA 3F5LA 3NUKA 1TFVA 4TX6A 2Y24A 3PZIA 4IUGA 1X6LA 1W3KA 1WO2A 4CN4A 1Q4NX 3II1A 1BHGA 4X0VA 1A47A 2GDVA 1V0MA 3PZVA 4DM1A 5BYWA 3OA5A 4H8UA 1G1YA 2WSPA 3NDYA 4CUCA 3DHPA 4BZYA 2YKKA 5CPQA 1V08A 4JL2A 2G3IA 1ZBVA 2Y8KA 1RH9A 3VTRA 4HA1A 2ZX7A 3K8MA 1H41A 2PC8A 3WF2A 3ZR6A 2BHYA 3VIMA 1UR9A 1CXFA 4CVWA 5EBAA 4AZHA 1CXLA 3BMVA 2GJXA 3WH8A 4UFKA 2CCRA 2WC3A 1XV8A 1OINA 5IFPA 5A8QA 3AS0A 4XX6A 4D6EA 4Q22A 3MSDA 2VR4A 5KEZA 5HXMA 4OBSA 1Y7VA 3OGRA 2VURA 2G3JA 3A47A 1OIMA 3MMUA 1UWRA 2ZUMA 4F8XA 1CGXA 1KR0A 1UKSA 4YHGA 4AZCB 3PHAA 2FHCA 3W53A 1PAMA 4HOZA 1BGAA 1UQZA 1PX4A 1C90A 4GINA 4Q7NA 2VZTA 3AHZA 3AXIA 2IXUA 3WEMA 2VCBA 1BFNA 1LJYA 2VX6A 1AVAA 1GHRA 4EK7A 3W82A 1VEOA 2OLHA 1G0CA 4H2CA 3CZEA 3UCQA 5I2UA 4MDPA 2J7EA 2X1IA 3OLIA 3PZMA 2QMJA 2O92A 4RE3A 4DWSC 2VO5A 1V6YA 3AHYA 1F4HA 3D3AA 1UR1A 2YL9A 2WYSA 1ISWA 4TOQA 1J0YA 5CXPA 1MW2A 4C7GA 4LYRA 4NRSA 5C71A 4NRRA 4GQQA 1EO5A 3SCOA 1UD8A 3QR3A 2WC7A 2Y8VA 3N18A 1I1WA 1O7AA 2DSKA 4OBRA 3WFLA 3GBDA 7TAAA 2WLYA 2E8ZA 2Y4SA 2YA1A 1W9PA 4QAWA 2VNCA 4F66A 4JAWA 5TD4A 1B2YA 1E4LA 1F4AA 1J11A 2UWFA 2CEQA 4OIFA 2HISA 2DT2A 2GSJA 1HKKA 3FXYA 3IJ7A 3VIPA 5HPOA 5A6KA 2YA0A 4P8UA 4S3JA 1HF6A 4UFLA 4W88A 3ZO9A 1HP4A 1C91A 3CZLA 1IZJA 1WDRA 1CLXA 1JNEA 4ATLA 5E9AA 4W8LA 2V3EA 4BQ2A 2CERA 1JGIA 1GNXA 3FHQA 1B3YA 4FMVA 1UH2A 4ZXLA 2E4TA 2XVNA 1XH2A 4YPJA 3W0KA 1UR2A 1NOWA 3WD0A 1GQKA 3BLPX 1J12A 2XVLA 3N12A 4AZGA 5FIPA 2Y5EA 3FNDA 2Z1KA 4P7OA 1EIBA 1NWUA 1QHOA 4J3UA 3UERA 1BYDA 1US2A 5M5DA 2ZX9A 3WENA 1UHVA 4CKQA 4IM4A 1C7TA 1CGVA 3WNPA 3EMQA 2D2OA 1JDAA 1E3XA 3VIHA 2V38A 3AXXA 2Q8XA 3AIWA 3VIGA 3SEPA 3SUSA 4RE2A 3SUVA 1UR4A 2WZEA 4MB5A 1UWQA 1Q6DA 2VX4A 5E09A 1VBRA 4FF5A 4M8UA 3ZOAA 2DGAA 2E3ZA 3MS8A 3WIJA 5GNYA 1KGWA 1BSIA 3VMNA 4R27A 4JL1A 1W1TA 2J8GA 5HDRA 1JF6A 2W62A 1H11A 2XSAA 4B3KA 1TG7A 2UY5A 1CGTA 2WVVA 1QW9A 1C8XA 1JZ4A 1MVYA 1L8NA 3CGTA 4PTWA 1J0ZA 3N15A 1JFHA 2JFEX 1J9YA 3CUGA 4PTVA 1ISVA 1VAHA 4PCSA 3F5JA 3ZSSA 2WAGA 1GOMA 3W6MA 2QPUA 4BF7A 4KRUA 1FP8A 3IJ9A 5ABFB 4MB4A 2ZWZA 3VIJA 1MFUA 1BPLB 4H04A 1I75A 3AMDA 1TA3A 1W3HA 4W7UA 3GDBA 2WPGA 5D9MA 1EQCA 1HN1A 1XD0A 4MB3A 1JYXA 3VMOA 1QBAA 3MMWA 1OGGA 3GNPA 3SCRA 4UOQA 5AY7A 4HPGA 1MYRA 2WM0A 3N9KA 3WDJA 3EDEA 1S46A 2WVTA 5BWFA 4W84A 1B0IA 2J7BA 4H41A 1VRXA 1ZBWA 5IFTA 5LA2A 1EH9A 3S2CA 4AEFA 5A6BD 4LYPA 2CBUA 3ALGA 4J3XA 1ZJAA 2CPUA 1HNYA 1JAKA 2ZXQA 4B9YA 3CZ8A 2CITA 5E6YA 4X9YA 5BCAA 4FLSA 5D9PA 1V0LA 1W3LA 4FK9A 1WNOA 4Z2IA 1V3KA 1KXQA 2VT0A 3TTOA 1VENA 1WKYA 1BVNP 3U7BA 2YBTA 5BXTA 1GPFA 5KZ6A 1UZ4A 5D4YA 2A3HA 1CENA 4CU7A 1VJZA 3AJ7A 4AZ6A 2CESA 2VRKA 3SCQA 4C7FA 1V3LA 1AQ0A 1WDSA 3CUHA 1QNOA 3AHTA 4P7QA 2EPMX 2J77A 1GORA 4EAMA 3A4AA 1M03A 3WFZA 2WMFA 3VNZA 2DH2A 2WKLA 4JKKA 2EPNA 1UYQA 4PRWA 2QPSA 3BAKA 4MAZA 3RO8A 1LL4A 1CYGA 1B3VA 4JHOA 4NZCA 1C8QA 3VGGA 1EQPA 4BA0A 2GK1A 4TVDA 4Z2HA 5I23A 4FLRA 4B16A 2BXYA 4HA3A 2YA2A 4MNMA 5A6SA 3ARPA 4PMDA 2V3DA 1NH6A 4IISA 2BNJA 4ZXOA 2A3AA 4CD7A 3NDZA 1OD8A 3QOMA 1BYAA 3ARXA 4PMRA 1WDPA 1B3XA 3SCWA 3RDKA 2BVYA 1J0JA 3BCFA 5A8MA 3MV11 1E0VA 1KBBA 3UESA 5BXRA 1DWAM 1JAEA 1XCWA 4JHZA 2VOTA 4TVCA 3DC0A 1JDDA 4H8VA 2XUCA 1V3JA 2YDRA 1CXHA 2DSZA 4CD6A 2YBUA 2X2YA 3AXHA 3EDKA 5M3WA 2D24A 5D8ZA 4V28A 1HIZA 3B9AA 5CLWA 2D22A 1UZ1A 1UD5A 2W61A 2NT0A 1VFFA 1V6WA 3AS3A 3WF1A 1WZMA 4MNJA 1MWOA 1QI3A 2XVPA 4QLJA 1J10A 5HBFA 5BXPA 3L4YA 1CXKA 1G94A 3HJEA 3N13A 3OZPA 3AI0A 3NSNA 3PZTA 4J27A 3AIVA 5IXEA 2X0HA 3CHDA 1QBBA 4KH2A 5JBFA 1W2VA 2BY1A 3VPLA 3MUAA 3T08A 4OOZA 4N42A 1FA2A 2G8ZA 2GUYA 1GQJA 2VRJA 3WKZA 2VC9A 3TTYA 3OLGA 3D5HA 3VVGA 3VM5A 3WL0A 3RM9A 2BHZA 3BC9A 1WZAA 1DEDA 4S3KA 1V02A 1PZ3A 3UEQA 2ZXBA 5CPTA 2XJ7A 4Z2KA 2E0PA 2G4FA 4HMDA 2IXVA 4GO8A 4A3HA 3OB8A 3ZR5A 3WDIA 3CUJA 4WJXA 1AQHA 1C93A 1SR0A 3M07A 2XWEA 4PBGA 4LX4A 2E9BA 2VUYA 1C92A 1KXHA 3ARRA 3CMJA 1HJSA 1ZS2A 4HA4A 3PZQA 3IAPA 1WPCA 1QOXA 4UFJA 4LPCA 2JIEA 2ZUWA 5CG0A 2HVMA 2JALA 4V2XA 3SUUA 1JXKA 1DWHM 2BY3A 4ACZB 8CGTA 2WC4A 1EA9C 1EDTA 4ZE5A 2J75A 1MFVA 2D1ZA 1J0HA 4MADA 2FH6A 1EDGA 5JUVA 4ML4A 1JL8A 4UQCA 3WBAA 3GNOA 3AYRA 1OSEA 1RP8A 2WHMA 3N1AA 4MTVA 1KGXA 2WBKA 1EOMA 1G01A 1U33A 5GNXA 2A3CA 4WK9A 4NSBA 4M1RA 2VMFA 1NM9A 5I78A 5FL0A 2NT1A 1QHPA 4QLLA 3SUTA 3BLKA 1V3HA 4DUXA 4AD4A 3GNRA 5E6ZA 3GXFA 3F5KA 4CU8A 5DO8A 2J25A 1BLIA 4B15A 2OYLA 2ZICA 1GVIA 3ARZA 2W66A 4OUEA 3VGFA 4AZCA 3WH6A 4JZ5A 4LGXA 2ZUSA 5I6SA 2ZX6A 3T2PA 2DPEA 2PWEA 1CXIA 1TMQA 3WQWA 2XYLA 1E6SM 3TTQA 1E1FA 2WMIB 4XV0A 3J7HA 1C8YA 3KL3A 3WNKA 3S6TA 4YN5A 3DHUA 3IJ8A 3VNYA 3TA9A 1VFUA 1KR1A 4GPNA 1OB0A 2C0HA 3VIFA 4AZBA 2UY2A 5DF0A 1ZBCA 1DWJM 3POCA 5ECUA 4W87A 3O9NA 1TUXA 3IANA 3NSXA 1GQIA 1W2PA 1O6IA 2BY2A 5AC5A 1ITXA 4KMQA 5E70A 2BVDA 3BAJA 1AMYA 2RGMA 4U31A 5BRPA 3CPUA 2D3NA 2W91A 5M17A 2WMGA 3VILA 4D6JA 2W4XA 2WKGA 5I3DA 4W7WA 4J3VA 2XIBA 4E8CA 1E6NA 1PPIA 4HU0A 3CHFA 4E2OA 3KE0A 3AZSA 1UH4A 1PJ9A 4GI8A 5D8WA 4P7NA 4MJ2A 1HJUA 1GOKA 3G6LA 4TVUA 3PZ9A 4AWEA 2WMKA 2DEPA 4MPKA 4UFHA 3O6AA 4M56A 3ARYA 4RE4A 1H1NA 1GW1A 3WD1A 4FLQA 1NARA 2WMJA 1GOQA 1NP0A 1E4IA 2OYKA 2QF8A 3WNLA 4JKLA 1V03A 1UWIA 2CNCA 3HMCA 1OGBA 1UD3A 4BQ3A 3K8KA 2WANA 4W5UA 5GPRA 4CD8A 4AZ7A 3E1F1 1E72M 2WCGA 3WELA 3WD2A 2V5CA 4E8DA 3PTKA 2FDMA 3NYDA 4D72A 3ZMRA 2MANA 2CYGA 3U5YA 3PZUA 2WHLA 3U57A 4F79A 2JIWA 4DUWA 4AEEA 4TXEA 1ZBKA 5EFDA 3ZJ6A 3IK2A 3W25A 1V3IA 4W5ZA 1H2JA 3L4TA 4W8BA 1X1NA 3VDCA 5EB8A 1OWQA 1E55A 2CBVA 2WLZA 4PN2A 4JFWA 4UOZA 3ZT6A 3WUEA 1DHKA 2YOCA 1YQ2A 4HZ8A 4ZE4A 1W9DM 1CECA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O9O A;  4J3T A;  2YLL A;  1TA3 B;  4H8H A;  4LQ1 A;  1H0I A;  3TP4 A;  3WQ8 A;  2PWF A;  3PZO A;  1V6X A;  4WKH A;  1WZL A;  2X8R A;  1E71 M;  2FHB A;  1HX0 A;  4PMN A;  2YL6 A;  4PUE A;  4AIE A;  3K46 A;  2QHA A;  3WDQ A;  3UR7 A;  3ARV A;  2J78 A;  2ZWY A;  1UD6 A;  1CTN A;  2VZS A;  2WK2 A;  5FOO A;  1FH9 A;  3AML A;  1FHD A;  2E9L A;  2OYM A;  2PWH A;  2JEP A;  1GUV A;  1ISZ A;  3VII A;  1H4P A;  4JFV A;  3F4V A;  5HOS A;  3WEZ A;  4AMC A;  1RP9 A;  4V27 A;  3EMC A;  2XTK A;  4MNK A;  1WDQ A;  2EBN A;  1EXP A;  1NOU A;  1OM0 A;  5CLT A;  3EBV A;  2XPK A;  3CUI A;  2DIJ A;  2FH8 A;  5D9N A;  1KCL A;  1UKP A;  2BHU A;  5A6A A;  3WQ5 A;  1G9H A;  2XM1 A;  1HVX A;  1BG4 A;  4PMY A;  1MQR A;  4AD3 A;  3PTQ A;  2VX5 A;  5CJ5 A;  4HPH A;  1IV8 A;  4HP5 A;  1WP6 A;  1E0W A;  5BRO A;  1IZK A;  1OGS A;  3BGA A;  1K6A A;  4LXF A;  3LPG A;  4JFU A;  2X05 A;  3T2Q A;  1JXJ A;  3ARO A;  2VZU A;  3AIQ A;  4J7R A;  3PZN A;  3PTM A;  4MAV A;  3THD A;  3WMS A;  4GKL A;  9CGT A;  1G5A A;  1VIW A;  1QI0 A;  5FKY A;  5BXS A;  3VD3 A;  4CVU A;  3ARW A;  3EMZ A;  2YLA A;  1KQZ A;  2CKS A;  4K68 A;  2D0G A;  1CBG A;  4TTG A;  1FH8 A;  2EPO A;  1CDG A;  4D6I A;  1UR8 A;  3AHX A;  4PYS A;  3WUB A;  3FAX A;  1XGZ A;  3O2L A;  4UQ9 A;  2WVS A;  2PBG A;  2BXZ A;  1V6U A;  4ZFM A;  3EYP A;  3SIM A;  1BYC A;  1NQ6 A;  1EGZ A;  4PTM A;  2GK1 B;  3W38 A;  2V5D A;  5A8N A;  4GI9 A;  3VIO A;  4GZJ A;  5C8B B;  3AIU A;  2VZO A;  1XH0 A;  3SUR A;  4NI3 A;  4DWS A;  3KL0 A;  3L4Z A;  4F9J A;  1DWF M;  4JKM A;  4PMQ A;  3UG3 A;  2GFT A;  3VD4 A;  4Z2G A;  2BVT A;  4ZEP A;  4UFM A;  3VD5 A;  4RL3 A;  1MW1 A;  3MUI A;  1B3Z A;  1BGG A;  2VCC A;  1J0K A;  3M6D A;  3AFB A;  1OBA A;  4L4O A;  3VU2 A;  3WY1 A;  1W91 A;  1RPK A;  3WUG A;  1R87 A;  3K4A A;  3QOK A;  5IHR A;  5EMY A;  4AIO A;  3ZJK A;  2ZUV A;  4A4A A;  3QHM A;  2XII A;  1XSI A;  4MDO A;  4TTU A;  5CGT A;  5AC4 A;  4F9D A;  5GQB A;  1V02 E;  3W81 A;  1EHA A;  3BSH A;  1JI1 A;  2AMG A;  1W1P A;  5FL1 A;  1JDC A;  1HKI A;  1KQY A;  1UWU A;  3FAW A;  4HTY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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