2YSWA

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from aquifex aeolicus vf5
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
MLIAVPLDDTNFSENLKKAKEKGADIVELRVDQFSDTSLNYVKEKLEEVHSQGLKTILTIRSPEEGGREVKNREELFEELSPLSDYTDIELSSRGLLVKLYNITKEAGKKLIISYHNFELTPPNWIIREVLREGYRYGGIPKIAVKANSYEDVARLLCISRQVEGEKILISMGDYGKISRLAGYVFGSVITYCSLEKAFAPGQIPLEEMVELRKKFYRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal Structure of the 3-dehydroquinate dehydratase from Aquifex aeolicus VF5
rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 86
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2007-04-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2yswA00
2VEMA 2CLMA 4JYFA 3IVUA 1FWTA 2NV1A 1B3OA 4A21A 2C18A 1TPB1 4NQ1A 1A50A 1TV7A 2A5HA 1TPFA 4M6QA 2JGYA 5AHLA 3W2JA 1DJQA 2WPBA 4FIQA 4UMCA 1SUXA 4GUFA 4CNPA 1FCQA 3BG3A 4MZYA 1GTHA 4N9DA 4YWIA 2C14A 4YXGA 3ATZA 2GJLA 2Q8ZA 4OU1A 1YYAA 5FEXA 2Y62A 3NDOA 3A5FA 3HGSA 4NT0A 3W7OA 2C15A 4XWUA 5DBUA 1QPRA 2BTMA 2PRMA 3W1QA 1QPNA 1TYGA 2A85A 3HF3A 3IVTA 1DL3A 2C1HA 4EF8A 4CLMA 4LC8A 1WOBA 1R47A 3F1QA 3SFKA 4M6VA 4NXKA 1AL8A 1HG3A 4LU0A 4N9CA 1C9DA 3PB0A 4Y6GA 3G1AA 3I68A 4JIQA 4JNMA 5KTLA 5I3KA 3C52A 3GNNA 3H54A 4OT7A 1R2SA 2NUWA 3UZ5A 1FXPA 3G1FA 5D30A 3NL3A 4FX6M 1GG0A 4FB7A 1G7VA 2YYUA 1GVSA 4NJGA 3PAJA 1PIIA 1KV5A 1K8ZA 1JRBA 3UWVA 3VFLA 4TMBA 1IXOA 4K39A 1LBMA 1VQTA 2D73A 1AW5A 3GB6A 2ZZ4A 4AF0A 3KVJA 2CLOA 3NXFA 2E5CA 1FQ0A 1X1OA 3CT7A 3KVLA 1YTKA 1GQNA 4EVZA 1XM3A 2QCDB 1X6UA 3CB8A 3PB2A 4NJJA 4HNUA 3GAYA 4UFJA 1ONRA 4O0KA 1WOAA 4UMBA 2FJKA 2ZDRA 4A3UA 3TROA 2ISSA 5E0KA 2YGYA 4IMEA 4CQAA 3IVSA 1FDZA 3LCWA 5F4SA 4CCCA 1GYLA 2QCFA 1C8VA 3GVGA 3RF9A 1L6WA 1SO4A 3P84A 5K4ZA 3E49A 4XTDA 3ATYA 2Y61A 1JUEA 1TIMA 3NL2A 3TFXA 2A7NA 3P67A 3S9YA 2NUXA 3F4NA 3TDFA 4Z1DA 4NX0A 3MUXA 3MWAA 1I2NA 3QEZA 5D2VA 5LZLA 2GQ8A 4UR7A 4JTLA 3LERA 4TU1A 3WJWA 4JTSA 4B5NA 3W75A 4BI6A 1VCVA 3W86A 3M5VA 5CZTA 1CI1A 4AF0B 3CTLA 3L9CA 2P10A 3DENA 4M19A 2G97A 3P80A 3NQ8A 3DZ1A 3P60A 2QJHA 3H53A 4LOCA 2RFGA 3IIZA 3CEUA 3MP4A 3W70A 4IPJA 3C2EA 4ZQRA 3WJZA 4IMCA 1XUUA 3W22A 4DXVA 1UCWA 1YDNA 4NJHA 1SO5A 4ONVA 4NU7A 1A5SA 3P62A 4M6PA 2E6AA 4HHPA 3S1UA 1D3HA 5DY2A 3G1HA 3PSWA 4N9BA 3HPZA 5AFDA 5C2XA 2QJGA 1FBAA 3KRSA 4AWTA 1QO2A 2XFWA 1WX0A 3I7SA 1F6KA 3BG5A 1R46A 2R14A 3LHTA 3Q2DA 3N9RA 4JICA 3NOEA 2GPTA 3G3DA 1OF6A 3DI1A 3LGEA 2ABBA 3IIVA 1GWJA 1ALDA 3UZJA 3VCRA 2EF9A 4WQ6A 3UXDA 2Z0IA 3A22A 2DJLA 1I8JA 1XBXA 2A21A 4D2JA 3O05A 3O1NA 3M6YA 3BO9A 2TRSA 2Y7EA 3UQNA 4LUIA 3FKKA 3N9SA 3THQA 4IQLA 3NQVA 4RR4A 4OGZA 5AHNA 1RD5A 1QR7A 3Q58A 1F7BA 1OX6A 2GVGA 1OJXA 2E09A 2ZZ5A 4DO5A 5SWUA 4BF9A 2V9DA 3E9AA 4AAJA 1OFBA 1LOLA 1K7FA 4KFPA 4OE7A 5DCEA 1F2JA 5HULA 1LRNA 3TX9A 5G4EA 1BWKA 2FDSA 1VR6A 5EBUA 2ATSA 3VKJA 1OYCA 3S42A 4DO4A 4JTJA 2VXNA 1JUBA 4WXZA 2A6NA 4N2YA 1UBSA 3UNDA 3NPWA 4RV8A 3A5VA 3AJXA 3WK0A 3W76A 1EWEA 1Q3NA 2TSYA 1VGAA 4MVAA 1GT8A 1YXCA 3IEBA 4UTWC 4JDYA 1XBVA 4ZZ9A 3W1PA 4H3DA 1LLWA 1QCWA 5DXYA 2NZLA 3WK2A 4GJ1A 3PUOA 3C2FA 4GUGA 3FYOA 4Z0JA 4L4MA 3ABQA 4L4LA 3KRUA 1VPXA 1LDCA 1OX4A 1EA0A 4XTIA 4I7VA 5G5IA 3EWXA 5AC7A 1KM4A 3BVJA 2CLLA 4XQ6A 1UJPA 3QJAA 3HMJG 5FF4A 4A2RA 3LI0A 5CSRA 3F4WA 1T96A 3V75A 4K36A 3C61A 4FNTA 5LHEA 3K30A 3L5AA 4HPXA 4H4IA 5K7JA 4BI7A 1H1ZA 1KFJA 3HG3A 4JTIA 1KM6A 5EY5A 4R34A 1XCFA 3L5LA 3FIGA 1EP2A 5DCDA 1BKSA 2YZRA 3LCIA 1UB3A 2C13A 2E1DA 3DI0A 2A1YA 3MO7A 1QFEA 2NLIA 1BEUA 5CZ0A 1I2PA 1TPVA 2ISVA 3BLEA 1VYRA 3P82A 1OVDA 3FKRA 3HGJA 5D09A 4J9JA 4UTWA 4UXDA 3EKLA 4Y8FA 3G1YA 2VKZG 4UNLA 3LHZA 3MI3A 1OX4B 3MBFA 3B06A 5D38A 2FFCA 4UTLA 4DQWA 4MFEA 5H2ZA 5KZEA 4GE8A 1MEIA 2H3DA 2H6RA 4PL2A 2X2GA 2VEPA 5I3HA 1H7XA 3HPXA 3LXAA 5IM51 4ORMA 5DCBA 3O07A 1G4SA 3AO0A 1JQXA 1O5XA 1PS9A 5I3IA 3C8FA 3E12A 3KFTA 4JDBA 3PG9A 7TIMA 5CSSA 2E5DA 1Q6QA 3QW3A 4TIMA 4O54A 5AN7A 1RZMA 1RQHA 2V2DA 3TSDA 2QCMA 2V2CA 4GFSA 3DFNA 2NXIA 4E0CA 3W7LA 3U6WA 4O14A 4IUOA 3EX1A 1JCNA 3TIMA 1EP3A 3B0PA 1TJRA 1Q45A 1ZAJA 4OQVA 5U7SA 2Z6IA 2C19A 1P0NA 1XKYA 2V2HA 5A8GA 3PM6A 5A5WA 5DN1A 4ORIA 2BSLA 1GVFA 3W7RA 1H7NA 3B0UX 2RH9A 2CLEA 3HBLA 3CPRA 4WOZA 2J9ZA 3P61A 1WQ5A 5KSWA 1UASA 2NX3A 2V30A 1V5XA 2TPSA 3EWYA 2QCEA 3G0UA 1RVGA 2NV2A 1W56A 1OFDA 3LV5A 1LCOA 4O1BA 4PA8A 3CWNA 1PL9A 1ZY9A 3S5ZA 2FPTA 4W9TA 4QQ3A 5LNRA 3LRKA 1XDLA 3PC0A 1TMHA 4Z08A 5LGZA 1ICPA 2G95A 1OFQA 3HPSA 4O12A 3WK3A 4DF2A 3LCGA 4PFMA 3PBVA 3TJLA 5CKSA 1TPC1 1ML1A 5HR6A 3PF3A 3W7PA 1TPUA 2A7RA 2ZFAA 3LB0A 4PL1A 4AVFA 5BNKA 3M47A 1H61A 3NQGA 3N19B 3GDRA 2DZPA 1H63A 3DU0A 3TSBA 3NPVA 1FY6A 1OFOA 4LTSA 5G4WA 5C54A 1H7OA 4O1AA 1PCWA 3W73A 1KFEA 2PCQA 4FNRA 4Q33A 2WNNA 1K7EA 2ZZ1A 4IX2A 3IIXA 5F4WA 3U2OA 4N02A 3N73A 3O06A 5EL1A 4KWVA 3W83A 5D32A 1T99A 4MLJA 4LRTA 1IXQA 1B4KA 1LOSA 2JBMA 3NR0A 3PULA 3GLCA 2XN1A 1M7PA 3R13A 5CPOA 4GC4A 1TPDA 2NX9A 1JCXA 2CZ5A 3EXTA 3HG5A 3W87A 1VLIA 1TPH1 1OYBA 1EX5A 3EXSA 2YR1A 2GQ9A 4X2RA 1VHNA 1XI3A 3TQKA 3ABRA 2YSWA 1T8XA 1SQ7A 3C3NA 4DPQA 1ZENA 3LHVA 1LBLA 1IIHA 4NVTA 1ZHAA 4YCOA 5I3FA 2ZZ3A 3UWWA 5LGXA 3BARA 1W1ZA 4O13A 2ZZ7A 1F6PA 3DFOA 4MY8A 3NYZA 3DH7A 4A2SA 1KM1A 5CPNA 3KRZA 8TIMA 3TAKA 4UCGA 3M43A 4A22A 2ZRUA 3G1XA 2A7PA 3JS3A 4GUJA 4UTTA 4UUIA 2A4AA 3R2GA 1PHQA 5D33A 5J5DA 4LS1A 1ICSA 2I9EA 2X30A 1I45A 3A9IA 2KZHA 4JEQA 1V7YA 3N2XA 3W2LA 1P5BA 4IJBA 1G7UA 2WQPA 5D37A 3QMTA 4HSOA 4JTKA 1RQBA 1NSJA 3BPWA 3TE9A 5L9FA 2VFDA 4JYEA 4N4PA 2FB3A 1FWNA 3N2MA 2F7FA 1BTMA 1TSIA 4OV9A 1Z48A 1QO5A 4FHAA 3UXAA 4K38A 4UFKA 1P1XA 3QC3A 1FCUA 4ZL1A 3GX9A 1I2QA 5TIMA 2X16A 3YPIA 3LM7A 4H6KA 3MP3A 1GZGA 2YPIA 3GDTA 5E93A 3W7NA 1OX5A 1X1ZA 3MYOA 5C55A 3W7CA 3TK7A 4UTHA 4R33A 1O95A 3NQEA 4FNPA 2ALDA 4JD4A 1PV8A 2HS8A 2QCDA 2EAWA 4ZMGA 2PE4A 5D2TA 3A21A 5EKYA 4IOTA 4O1DA 3VNDA 3EX2A 2ATMA 1EUAA 2CLFA 5AHFA 3UWYA 4X3ZA 4FO4A 2X1SA 4RKAA 5C5YA 5HMSA 3BG9A 1Z42A 3N14A 1VH7A 1H5YA 1OK4A 2Y70A 5FF2A 3S5OA 3W1RA 4O18A 4I7UA 4YLWA 3PS7A 4LS0A 3BW4A 1SO6A 1WBJA 1H51A 2YXGA 3NQMA 4YL2A 1N7KA 4O4WA 4WD0A 3DGRA 3V1PA 1YLVA 4A29A 1EP1A 4NUWA 3FA5A 1NAL1 3CHVA 2NXHA 3MHUA 1DVJA 2WV8A 2RDUA 1O5KA 3TAOA 3OEXA 3ZWSA 1GYNA 2FLIA 2QUUA 4Z1AA 4Z1CA 5DY3A 1KTBA 1O60A 3RU6A 3O16A 4O11A 5E1QA 2V8ZA 2LLEA 3G18A 1LYXA 2Q3RA 3M9YA 3S1VA 3LX9A 3G8EA 3SGZA 3DKJA 3HOJA 4FXSA 5AC8A 4DELA 2CZDA 1YADA 5HNRA 3NNTA 1NVMA 3E02A 3M0ZA 2X1UA 2Y63A 4QISA 2XN2A 4E2BA 4K7YA 4HKPA 1IIGA 2GVJA 4UFMA 3HO8A 3UWZA 1W3TA 4P61A 1S5VA 3IRDA 1M5WA 3IIOA 4NZFA 2B7NA 3TA6A 3DXIA 1UUMA 3NQCA 4LWWA 3I65A 2J27A 1R30A 3E0IA 3QYQA 4AH7A 3JRKA 5K9XA 1H7RA 1SFJA 4N6EA 1W54A 2PURA 3P5YA 1LTDA 5HWJA 5ABTA 1YPFA 4MLRA 2Y7DA 1JUKA 2J6XA 4UTKA 1SZNA 5HUPA 4AHQA 1TTIA 3FFSA 2OJPA 4M5PA 3P74A 3NQAA 1EB3A 2A6LA 1VZWA 1SW0A 5LNVA 4UMAA 3UY8A 2YDAA 3P5ZA 2VEKA 1LP6A 2A2IA 4MUZA 4O15A 3P7YA 3NL6A 4JYDA 1VJIA 1JVNA 2RDTA 2ZRVA 1VC4A 2C6QA 3LHUA 2QKFA 5BRBA 2Y85A 1WBHA 1B4EA 3LDVA 1DBTA 1SSDA 5L6UA 2G5WA 4BWLC 1D3GA 4RZ4A 4O8RA 2ZZ2A 3PWAA 4E2DA 3HGRA 1DJNA 1WV2A 4IMFA 4MY9A 3ZFHA 1TREA 4DEFA 3TCEA 4LC6A 1AMKA 4TMCA 2ZRZA 5AYZA 4KWWA 3QW4B 4I9AA 2CZEA 4E38A 5GVJA 4UTMA 4EF9A 4K6AA 1KFKA 3S8HA 4C1KA 4TO8A 3C0JA 4HNVA 4MIMA 3R12A 2CLKA 5EMUA 3TUUA 2ZBTA 5DELA 2I14A 3SY5A 3G3MA 5D2WA 4O53A 2BWGA 1MEWA 2JKEA 3W7HA 1C29A 4LW7A 1KA9F 1JULA 3TJXA 2ZRWA 3KVMA 1FWRA 1W5NA 1SW3A 1ZAHA 4O4VA 1W5MA 1ME8A 4N4QA 3W84A 2R91A 3QM3A 1LRTA 5HUOA 4NJKA 3B03A 2B7QA 2EHHA 4HIBA 1YXYA 1GTEA 4BFAA 3OVQA 3STFA 1DQXA 2H90A 3USBA 3HG4A 4GUIA 4RK8A 4O16A 1G4EA 1OF8A 2J9YA 3EWZA 4KFNA 2CZFA 4LVGA 4MJMA 4RZ6A 1THFD 1W31A 1D9EA 2ZYFA 4DBEA 1TTPA 3RLUA 2BXVA 3EWWA 2EKCA 4O52A 1OFEA 1KTNA 4LY8A 4LRSA 5TQLA 3EX4A 2V81A 4HT3A 4FEZA 1PHWA 3MI6A 1KV8A 3NQ7A 4JN6A 4LV4A 3GXPA 3L21A 1VYSX 2ABAA 3O6YX 3W2MA 3S5NA 4JIPA 2YW4A 3JR2A 3TFCA 3QSRA 1F76A 2DZUA 3LHWA 4X9SA 4MZ8A 1LZOA 3QFEA 4JTTA 5LKYA 2E5BA 3DFPA 5CPMA 2GQAA 5I3GA 3LLDA 1QPQA 4DPPA 4EOUA 4ML9A 3CU2A 5CG7A 3L2IA 4M7TA 4WZHA 4MYAA 4QNWA 5AC6A 5CZJA 3G24A 3NQ6A 2NWSA 2OCZA 4O0ZA 4JX6A 2R8WA 2ZQ0A 3PSVA 3GKAA 3W74A 4IPIA 1W3IA 3W1UA 5IBXC 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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