3CWO | Genus

Total Genus 63

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	63
Knots found	KnotProt 2.0: K +3₁
sequence length	236
structure length	236
Chain Sequence	GKRVLIVDDATNGREAVEKYKELKPDIVTMDITMPEMNGIDAIKEIMKIDPNAKIIVCSAMGQQAMVIEAIKAGAKDFIVNTAAVENPSLITQIAQTFGSQAVVVAIDAKRVDGEFMVFTYSGKKNTGILLRDWVVEVEKRGAGEILLTSIDRDGTKSGYDTEMIRFVRPLTTLPIIASGGAGKMEHFLEAFLAGADAALAASVFHFREIDVRELKEYLKKHGVNVRLEGLLEHHH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	A beta alpha-barrel built by the combination of fragments from different folds. pubmed doi rcsb
molecule tags	De novo protein
source organism	Thermotoga maritima
molecule keywords	beta/alpha-barrel protein based on 1THF and 1TMY
total genus	63
structure length	236
sequence length	236
other databases	KnotProt 2.0: K +3₁
ec nomenclature	ec 4.3.2.10: Imidazole glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date	2008-04-22

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3cwoX00

4DF2A 1VYSX 3SY5A 3HBLA 2C14A 1BEUA 3ABOA 3NQDA 3G0UA 5K9DA 4JR5A 4DO6A 4DQWA 3QW3A 4AHQA 3GX9A 4PH6A 2IQTA 1ZY9A 1KFEA 1KBJA 2QJGA 4YLWA 4DBDA 1THFD 1OFBA 3P8IA 4UTHA 3P81A 4JTUA 3BW3A 2VFDA 3IRDA 1BTMA 3EX3A 3D0CA 2R91A 4MLJA 4WXZA 4MUZA 3PB0A 1QDSA 4JTIA 1I2PA 1F7BA 4Q4KA 4RXGA 3CB8A 3JS3A 4LC8A 1D9EA 4UR8A 2FPVA 3W07A 1LORA 2RDTA 3S42A 5D2VA 5D30A 1R30A 5CG7A 1SO3A 4ZQPA 3HJZA 1XBZA 3W7PA 3LLFA 3W22A 1EB3A 4JTFA 3U8GA 1WBHA 3G1SA 5AHLA 2HTMA 4ADSA 1KW1A 2CZ5A 3W7RA 3NQEA 4LRSA 3UWYA 1ME7A 3C2OA 4JIPA 4HSNA 1X1OA 3BLEA 2CLHA 1TREA 2V2DA 1XI3A 1XXXA 4TR9A 3GDMA 1HFBA 4M7SA 3EX4A 3LTYA 1IXPA 2ZTJA 4I7UA 2Y7EA 1R47A 2FJKA 3TC7A 4Y9AA 3F1QA 2O7QA 3G3MA 4LS0A 3P8JA 5G1YA 4NNCA 4UTLA 3L21A 1R2SA 4OBTA 4HNUA 2LLEA 2I9EA 3PY2A 3R12A 3LX9A 1MXSA 4NJJA 1AW5A 2C15A 4LUIA 3W73A 2AAMA 3M7WA 3GNNA 4EF8A 5TIMA 3WFAA 1S5TA 1LYXA 2PRMA 1W5QA 5AC6A 4Z1DA 3A22A 4EVZA 3EX1A 4IMDA 3TMQA 4RCXA 3QW4B 2YXGA 3PULA 4CQ9A 3P74A 5DBUA 1HO4A 1KFKA 2Y88A 3HMJG 1LOSA 3BK0A 1I2QA 3GNDA 3M41A 3UZ5A 5CZSA 3LI0A 4ZQMA 4MLRA 2C1HA 3OEXA 3UYCA 5GVJA 4K7VA 3O8AA 1F2JA 3LB0A 4JNMA 4MY8A 2WSYA 3CEUA 1IXOA 4JX5A 5F4XA 3TAOA 5AYYA 3W7HA 3W7OA 3W1AA 3VFLA 4NQ1A 4QNEA 5FF4A 4JX4A 4U4MA 1OF6A 2QCDB 5BNKA 2FB3A 5DCDA 1IXQA 1VS1A 3C8FA 3W7EA 1KM5A 3USBA 1FDJA 3GR8A 1EP2A 4NJGA 2NLIA 1F05A 1ZAHA 3A5FA 2B7OA 2E6AA 4K8EA 1J5TA 3IGUA 2ZRYA 4JTGA 4OV4A 3BV4A 1F73A 3SECA 4Z0SA 3BLIA 4XZ9A 2QCHA 1LROA 2X30A 3O6DA 4WOQA 4AWSA 3P61A 3KVKA 2ZZ4A 2QJHA 2FLIA 4EIVA 3TU9A 3MMTA 3NL6A 3U2OA 4QM1A 4MVAA 5HINA 5D2TA 1F6KA 3FYOA 1NF0A 1YXCA 3S9YA 4O4WA 4OU1A 3UZJA 1LBLA 2J88A 3UPWA 4O19A 3W1RA 3HB9A 4PL1A 3M16A 1XBYA 3RFAA 3LI1A 1FWTA 1TPEA 1ZNNA 1G4EA 1UJPA 3IIOA 3A21A 4MFEA 5EY5A 4LVFA 3E02A 2A1YA 3N73A 3GDRA 4BI5A 3NM3A 3QFEA 5FEXA 1H51A 4FO4A 1DQWA 3T7VA 4UTTA 1Z42A 4FNRA 5D09A 5CPNA 1IXNA 5U7SA 4CNPA 3IV3A 2J9YA 3TW6A 4RKAA 1A50A 2ATSA 4NX0A 3BPWA 5D33A 3SGUA 3PAJA 2C3ZA 3INPA 4LOCA 2OX1A 4AWUA 1I2RA 1XL9A 1IGSA 1U83A 3QMRA 4M19A 4O28A 2RDWA 3BGGA 3PBWA 5EKYA 3MHUA 3W71A 2A85A 4ZZ9A 3OVRA 1EPXA 3S0CA 4H3DA 4LNYA 2ZDRA 2NX9A 5I3KA 4I7WA 1K8ZA 4PTNA 1XBXA 1XM3A 5I3IA 4WQ6A 3QPZA 3FJ6A 1WX0A 1OFDA 2CU0A 2DZWA 4OE7A 1OFAA 4UTJA 1JUKA 1J2WA 3HO8A 3MP5A 3TFCA 3SJ3A 4UUIA 3NZRA 3OIXA 2CWNA 2RHGA 1L6YA 2QEZA 1JUBA 4MKNA 4RZ6A 4QISA 5AC7A 4IWWA 1EWEA 3LDVA 3W3OA 2C0AA 3S6DA 1TV7A 3W6YA 3MWAA 3TSBA 4JYEA 1HL2A 1RR2A 4ML9A 1OK4A 3M5YA 1H7WA 2PRHA 3NQGA 4O57A 3AJXA 1QFEA 1KM2A 1F74A 2NWRA 3H53A 1NFBA 2ABBA 5SWUA 1FBAA 1KM4A 3CQ0A 3MP4A 1OFPA 5FESA 5F1VA 1C8VA 3LHVA 3S5ZA 5AFDA 4NXSA 3ZWTA 4CNNA 3EXTA 1FCUA 4O8RA 2RFGA 4NZJA 3T44A 1A5CA 3NQ2A 4UFLA 1KLZA 3QH2A 3MUXA 1KA9F 3TMLA 3TKFA 3PG8A 3DFTA 2OMAA 1C9DA 3W86A 4O16A 1TQJA 3FS2A 1E51A 1TJRA 4MY9A 4NZFA 3G1FA 1HG3A 1TIMA 1WA3A 2P0OA 3NAVA 4NJKA 3S1WA 4MFDA 2EKCA 4QNWA 3LCGA 4UTWA 1VCGA 1DHPA 2G97A 3W1LA 3HG2A 1LCOA 2YFNA 3TDFA 1TPVA 3EKZA 1K7XA 1YLVA 1JQXA 3IIXA 3TCEA 1MSSA 3R89A 3OHIA 5K2ZA 3EB2A 1WOBA 1MZHA 2VEPA 4O11A 2CW6A 1W5MA 2E6YA 4JDBA 4ADUA 1O95A 2C18A 3A24A 1GG1A 1W8SA 5TBOA 2V9DA 1GYLA 3QSTA 3QJAA 4UMCA 1VGAA 5K4XA 3GXTA 3NNTA 3C4UA 2VXNA 3B0VC 5FF0A 3TIMA 3VKJA 4IQLA 3IVSA 1ZALA 3LTSA 4HNTA 2P10A 3DHFA 1QPQA 4O50A 1PE1A 1YXYA 4BFAA 1VC4A 3NQMA 2D73A 1DORA 4ZMGA 1PVNA 5G4EA 4YCPA 4UTIA 3WK3A 4KFPA 4UNLA 1G7VA 5AHIA 1TYGA 5EL1A 3DFPA 1TSIA 3G8RA 4FNSA 1SSDA 4JX6A 3N2MA 3M1ZA 2X1RA 4ICNA 3TFXA 1LLWA 4N4QA 3KFTA 5HMSA 3GDKA 2WNNA 3QF0A 4LV9A 3JRKA 1J4EA 2YGYA 2PURA 5G1TA 4J9JA 5IBXA 3BW4A 3V1PA 1M5WA 3PB2A 1N7KA 3DFQA 3TNOA 1QPNA 1P0NA 1YTKA 3HPSA 5LZLA 3A23A 5D32A 5FF2A 3W76A 1NF7A 3RNDA 3S1XA 4XKYB 3ZFHA 1TJPA 5DY3A 3GAYA 3MHFA 3G22A 1FXQA 3QZEA 4CCDA 3DHDA 3GIYA 2X2GA 4OT7A 2I14A 3G1XA 2E77A 4OWGA 2J27A 5J5DA 1OFRA 1W5NA 1FCQA 1DV7A 5F2IA 2ISSA 2CLMA 3TE9A 3TX9A 3CPRA 3NDOA 4ONVA 2QUVA 3KVLA 1H1ZA 2J6XA 3BW2A 2A7RA 3NPWA 1KTCA 1SW7A 2C19A 2CLFA 4RR4A 3NZ1A 1G69A 4FIQA 3LHWA 3MJYA 5BOOA 4JYFA 5L9FA 4Y6GA 4UFMA 5E1QA 3NGJA 3W7MA 4FB7A 2W6RA 2V81A 4E38A 1FQ0A 4I9AA 2ATMA 1TRDA 1S5WA 3RLUA 2HMCA 3M43A 4NT0A 1AW2A 3P5ZA 1L2UA 3LXBA 4GXMA 1YDVA 2G95A 5FF3A 4K6AA 3WK0A 3QYQA 3W1NA 4DBEA 1SZEA 5DCEA 1G7UA 3W84A 1LZOA 3LGEA 2ISVA 2GJLA 2ZQ0A 1QWGA 3O16A 4PC8A 3GKAA 1VHCA 1FX6A 3DFNA 4CQAA 2W79A 1H7RA 4Z1CA 1K7EA 2JKAA 4EOUA 1H62A 3W9ZA 1H7NA 2VC6A 4ORIA 3IEBA 5K3VA 2GQAA 1A53A 3CC1A 3TJXA 1ME9A 5C54A 1X8FA 2Y61A 4O53A 1EUNA 4BF9A 2BZNA 3N14A 3TXVA 3N34A 4N9CA 3GLCA 2TRSA 2QJIA 4AHPA 3F03K 5G2HA 4MZ8A 3HGSA 3HPXA 4HT3A 3TUUA 4O54A 5J5RA 4YMZA 3I7QA 1RQBA 3HGOA 3S1VA 1LP6A 1WAUA 1JJKA 4NXKA 1KFJA 1XKYA 1SZFA 2NV1A 3DI1A 3M0ZA 4N6FA 1YTDA 3A9IA 3UWQA 2ZA3A 3EXSA 3TV8A 4TMBA 3N9SA 3LBMA 4ALDA 1MEWA 3VNDA 2EF9A 3KHJA 3MHGA 2Z6IA 5AHNA 2W0UA 3B8DA 3NQFA 3QMSA 3HGRA 3LTPA 1H7XA 4WX2A 2VKZG 3FLUA 3MW7A 4HHPA 2TYSA 3PBUA 2QUUA 3P60A 1YTEA 4RJEA 2WSQA 3SW6A 3LCLA 4IXXA 1TQXA 2VOMA 3G0XA 3HGJA 1GT8A 3W7NA 2ZA1A 1SO4A 5DXYA 3IVUA 1VYPX 4JY9A 4XBKA 3M5ZA 2ZCGA 1JRCA 3KAOA 4UNKA 5CZJA 3SI9A 5DXXA 1SSGA 2QF7A 3L2IA 1NVMA 1K8YA 1PV8A 2WNZA 4LVAA 2JKPA 1KFCA 4PEKA 2QCLA 3C2RA 3O05A 4HIBA 5F1UA 4FF7A 2V82A 1EP1A 3M44A 2QDGA 1EIXA 5FEZA 1DKWA 4KFNA 1DQXA 3CHVA 1H5YA 4FX8A 1GOXA 1EWDA 2P1FA 1FWSA 2VEIA 1UUOA 3W1TA 1O4UA 3F4NA 2X1TA 2NX3A 5HR6A 4NNBA 5AOUA 1WQ5A 3W2JA 4AB4A 4R33A 3Q94A 1O5KA 2ALDA 5K9XA 1XCFA 1H63A 1RD5A 3W1XA 4DPQA 3FA5A 3TC6A 2QCDA 4O17A 2XFWA 3VCRA 3VE7A 1K7FA 1LDCA 1S3HA 4E2DA 4DELA 3PS7A 5KTLA 3PF3A 5LHEA 1WV2A 4BI7A 1GJPA 3NPUA 3ABRA 1JUEA 3QSRA 4Z1BA 2B7PA 2QCEA 4XTDA 1JCXA 3T55A 2GOUA 3RMJA 4GWEA 4O15A 4Q33A 3G3DA 3UY8A 4XQ6A 1FCBA 3I7SA 2WV8A 2A7NA 1AW1A 3NL5A 4HNNA 3DGRA 2ZFAA 1KBIA 4TU1A 5KZDA 1UUMA 1OK6A 1AL8A 2QAFA 1FWRA 3K30A 2CLIA 5BMXA 1NAL1 3E49A 4WOZA 2DZXA 1VLWA 3DI0A 3P67A 2JGQA 2ZRVA 3NQ7A 4LVBA 4P61A 1PCWA 1T96A 3NQVA 1Q3NA 4IGHA 4JTHA 1MO0A 4UFKA 4LU0A 1A5SA 4GUHA 3T40A 2Q3OA 4YL2A 4FHAA 2QCFA 5ABTA 1VQTA 1KV8A 4GBUA 2V5BA 3KRSA 3LHTA 5D38A 4Z1AA 1T99A 5KSWA 2FPYA 5EBUA 1GVRA 4A21A 3P80A 1X6UA 1YPIA 4IMFA 3ABQA 4KWVA 3TW7A 2OT1A 3MO7A 2CLLA 2ZZ2A 4MJZA 5HJLA 3B03A 5FEWA 3BG5A 3B05A 4FIRA 3ZS4A 3R13A 3C6CA 4UMBA 2ZTKA 1ICPA 5HWNA 3OBKA 2FTPA 3C56A 5EMUA 3DZ1A 2RH9A 4LVDA 2WQPA 4MPQA 4FXRA 4UFJA 2CFFA 2E6FA 1SW3A 4LW7A 4GNJA 4DEFA 1TV5A 5H2ZA 2CLOA 1G4SA 4QSHA 2TPSA 3S5NA 2CZEA 2GPTA 2OCZA 5TQLA 1K03A 1TTPA 3NQAA 4O52A 4PCFA 4ZQCA 3MI2A 5D02A 1GVQA 1CI1A 2BSLA 2NXIA 4MY1A 3STCA 1VCFA 5A8GA 3O06A 4AWTA 3M5VA 3RU6A 3G1YA 2Z6JA 4JS3A 5LNVA 1OYBA 3W2MA 2QDHA 5AYZA 1RVGA 1GTEA 1GVOA 3DBPA 3GK0A 4IUOA 2WO5A 1EX5A 2H3DA 3STFA 4TO8A 3KRUA 3WJSA 1OFEA 4JTEA 3FYPA 1SU5A 3DKLA 1NSJA 1KM6A 4MZ1A 3KXQA 4KFOA 4C1KA 3B04A 1T8XA 1AMKA 3KVJA 5K4ZA 1W0MA 4KWWA 1D3HA 4UTMA 1QO5A 1Z48A 5BW6A 4X3ZA 2BX7A 5LSMA 5AHMA 4X22A 2FB2A 3FEMA 2E68A 3Q37A 3GAKA 4A2SA 3HF3A 3O1NA 3OG3A 1GYNA 3P5YA 2J9ZA 2XN1A 1I45A 4ADTA 1BWKA 4GUGA 1QR7A 4IX2A 2E09A 2E5DA 3WJYA 6ALDA 5D05A 2Y62A 1B4KA 1KFBA 2Y6ZA 4Y96A 1VHNA 3THAA 2ZZ1A 1OJXA 4CCEA 2CZFA 2DZSA 1WBJA 1W3NA 2BWGA 4LS2A 4YCOA 3P84A 4N9DA 1S5VA 1X1ZA 4UFHA 5U4NA 1JULA 4JTJA 1YADA 3MI6A 3SIZA 4BWLC 3MP3A 3PUEA 4JTSA 4LY8A 2A6LA 4LS1A 3DFOA 3ZWSA 3FOKA 1W1ZA 4AVFA 5A5WA 2VEMA 2NZLA 1ICSA 4RZ4A 3G1AA 4DF1A 2WJZA 4AH7A 5KZMA 3W7IA 1GTHA 1ZFJA 4DO5A 2WKJA 3SR7A 5CGQA 4UFIA 5KZEA 3KVMA 3G8EA 1TPFA 1NEYA 3EX6A 3LCXA 3CU2A 3VE9A 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3IGSA 3EWUA 3R8RA 3HG4A 4UC5A 3HOJA 3TROA 3TR2A 2Z0IA 1R2TA 4P2VA 2A4AA 3Q2DA 2C16A 1FXPA 2KZHA 4MOZA 3NQ8A 1YDNA 4WD0A 1I2OA 1YPFA 2R14A 1Q6RA 4DXVA 2WOQA 5FF7A 5HUOA 3BGJA 4N9EA 3ZR4A 1N55A 1PCKA 4JICA 1QOQA 4FX6M 1G4PA 2ZRZA 3W1UA 4K36A 4ORMA 1W31A 1OX5A 3KX6A 4DO4A 1O94A 3LRKA 3W2NA 4BR1A 2YW3A 4O13A 4I7VA 5DBTA 2Z1BA 2A5HA 3NVTA 1G4TA 2ZA2A 1IF2A 2VFEA 3DH7A 2QR6A 4AXKA 5C2XA 1TTIA 1TPWA 3GB6A 2Y85A 3PWAA 1TCDA 5BRBA 4A22A 4B5NA 2A2IA 4U28A 1MEHA 1P1XA 3PC0A 3W7JA 3DKJA 4D2JA 3S1UA 1UCWA 4MIMA 2A21A 4MYXA 4XWUA 3GZ3A 4LVGA 4E0CA 4YWIA 5C6MA 4C1LA 4K7YA 3L5MA 4NVTA 5EPDA 5DELA 4JD4A 1RV8A 4EWND 3GYEA 4UIOA 1VCVA 4HSOA 3NL3A 2CZDA 4RX0A 2V30A 3IGXA 5G5IA 5F4WA 4PFMA 4RLIA 4TX9A 1VJIA 2V2CA 3ATZA 4GE8A 4R7JA 3WJXA 1T0OA 4IPIA 3EWBX 4OGZA 1LLZA 2JBMA 1GVSA 4JIQA 3LOTA 1LBFA 4L4LA 3W1MA 3NA8A 3S5YA 1TPB1 2UV8G 4XTIA 4LWWA 1WOAA 3UWWA 4E2BA 3PVFA 3P7YA 1W54A 2Y63A 4AEOA 3L0NA 4NNAA 2Y7DA 4O1DA 2NXGA 2ZRXA 1K8XA 1O5XA 5C55A 5LNWA 3O6YX 1KM0A 4S2CA 2ZZ5A 3M5XA 4BK9A 3W1PA 4JTLA 3L66A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3CWOX

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