3DFN | Genus

Total Genus 142

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	142
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAANESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	142
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dfnA00

2Y88A 2ISSA 1FCQA 2A7NA 1GVRA 1G67A 1YXYA 2E6AA 4OGZA 3OBKA 1IIGA 4IMCA 3UWQA 1HO1A 1LRNA 1EA0A 1OK6A 1SO4A 2DJLA 3FEMA 3SFKA 3T55A 3VKJA 3H53A 5HINA 1XI3A 4MLJA 1FCVA 2GVJA 3PS7A 1SQ7A 3CEPA 4MFEA 1P0NA 4MZ8A 3RK8A 2CLKA 1VC4A 3Q94A 3SGZA 3L5MA 3QMTA 1AW2A 1NVMA 3W88A 3GNNA 4NX0A 5FF2A 4UC5A 3R12A 2NX3A 2QCDB 5AN7A 3VNDA 3CU2A 3M41A 3QSTA 2J9ZA 2VFEA 3GB6A 3C2VA 1P5BA 4O54A 3HMJG 2Q8LA 1GPWA 5AC6A 2GVLA 5KMYA 2E6YA 1K7FA 4HNNA 4WX2A 3MBFA 5LNUA 1AL8A 1OFEA 3GDLA 1W5PA 2G96A 4G1KA 1RPXA 2B7PA 3O15A 4RV8A 4HIBA 4S2CA 3O6DA 3TAKA 1OFAA 3T44A 3W7OA 1C29A 4DXVA 1JCXA 3HO8A 2C0AA 1TPWA 4EIVA 5HMSA 5LNSA 3B4UA 3KX6A 4E0CA 2GPTA 1KBIA 3G8RA 4GRSA 4DBEA 3VFLA 3BARA 2J9XA 4X22A 4ORIA 4IWWA 1WAUA 1TQJA 4ZQCA 3UXDA 3ELFA 1EWDA 4BFAA 3NQFA 2V30A 3MYPA 4Z1AA 2TSYA 4JD4A 3QYQA 4MLRA 2C18A 4NNAA 1RR2A 3PBWA 4ZL1A 4GUGA 3C2EA 1AG1O 2CZEA 1XFBA 2QAPA 2AAMA 1DORA 3NPVA 3LCGA 5I3HA 1SZGA 1XUUA 2RHGA 5F1VA 3TNOA 2CZ5A 1EWEA 2FDSA 2DU2A 4UFIA 3UWZA 4X2RA 3GX9A 1TRDA 1SPQA 4YL2A 5EL1A 1C9DA 3LLFA 1VYRA 5AB3A 3TSDA 4MFDA 4AWSA 5AFDA 1PCWA 4CCCA 3A22A 5DY2A 4LRTA 3MP4A 3P8IA 1G4TA 1R46A 1UUOA 1YTKA 3W7KA 3F1QA 4IMDA 5D32A 3W1LA 1X1OA 4AH7A 5HULA 5AYYA 4S2BA 5CPNA 1LBFA 4WXZA 3QPZA 1M5WA 3QW4B 5CSRA 1ICPA 4WXYA 5D09A 1X1ZA 3GK0A 3BG3A 2FB2A 2ZRYA 4M6PA 3KVJA 4IX2A 1KBJA 3BGGA 5D30A 1OFPA 4QNWA 3W7JA 4CCEA 1I45A 1MEWA 3RLUA 2VELA 1JCLA 4N2YA 1AK5A 4JTJA 1W8SA 5BW6A 3M7WA 4K37A 4UTWC 1GQNA 3NPXA 3NPUA 4RR4A 5IM51 4BI6A 3O8AA 1GWJA 3LBCA 1W56A 2CLOA 3PY2A 3IRDA 3PG8A 4DQWA 1LRTA 3W86A 3A24A 1IXNA 5G2HA 4O1CA 3B03A 3RFAA 1JRCA 2FJKA 4ZVJA 2WKJA 3F4WA 1KV8A 4GC4A 1FX6A 2ZYFA 5AHLA 3UZ5A 2FB3A 1G7UA 3FOKA 2FQIA 5K9CA 4JR5A 3BW3A 4NJJA 1H7OA 3G0SA 3W7EA 3TMLA 3ZFHA 2VEMA 1H7NA 1AW5A 3BG9A 3HQ1A 4ZZ9A 3GYEA 1M6JA 3HG3A 1O5KA 2Y89A 5CZTA 2NX9A 4XTDA 5C54A 3BPWA 1LZOA 4H6KA 3SJ3A 4XTIA 4LV4A 2A7PA 2JKAA 3LHTA 2HS6A 4BK9A 1EP2A 3R13A 3W2LA 5K2ZA 3DKLA 3O05A 2WPBA 4RZ4A 1LTDA 3O6YX 4XKYB 2Y62A 5F2LA 3IVTA 3TDFA 3WJSA 4LT9A 1LLZA 4CQ8A 4UFLA 4PL2A 3N2MA 3S1WA 4QJ1A 1AL7A 3LRMA 2V82A 4A21A 4CNOA 1IXOA 2CLHA 1UJPA 1OVDA 3OVPA 3EXSA 1GVFA 4EOUA 2CZDA 2V9DA 1K7EA 3GR8A 3U6WA 2KZHA 1L6WA 3W72A 4MZ1A 3TSMA 1RQHA 3PSVA 5H2ZA 1OF6A 3P81A 5BRBA 2WSYA 1ZHAA 1XCFA 2YYUA 4A22A 5DBUA 5DXYA 3W23A 5L6UA 1FDJA 3TK7A 3M44A 1IF2A 1OFRA 3NOEA 1TPEA 4NXKA 3S1XA 3KOFA 4JTEA 2C15A 5HR6A 2B7OA 1OX4B 1KTBA 3W1XA 3FYPA 4UFMA 4WY0F 4FX7A 3FKKA 1A5AA 2X1TA 1O95A 3DI0A 3TC6A 5LZLA 1MSSA 1PL9A 1KTNA 4UNLA 2Y7EA 3RU6A 3DBPA 2DZPA 5AHMA 3TFCA 1W54A 1S5VA 5CGQA 1EP3A 2AGKA 2ZRUA 3CIWA 1VZWA 3IVSA 2HS8A 4LW7A 3UY7A 4NJHA 1MXSA 2X1RA 3B0PA 3LCXA 3LHYA 1H5YA 3SY5A 3LOTA 4EF8A 2QCMA 4UTWA 1JVNA 2R91A 2JGYA 5F2IA 4E38A 2ZRVA 3LTPA 3L66A 4JY9A 2UV8G 1JCNA 5LNRA 5K7JA 2E5DA 4QQ3A 3W3OA 2A7RA 3W85A 3LHZA 3KVKA 1TIMA 4FB7A 1JCYA 2OCZA 3U8GA 1J5TA 5BMXA 4LUJA 3LB0A 5D37A 2AQWA 2J88A 1QFEA 1ZCOA 1PIIA 1QOPA 4ZQOA 5LHFA 4RX0A 4JYFA 3B0VC 1JQXA 4U28A 4IUOA 2QUTA 3W1MA 3MO7A 1NSJA 1KM3A 3GNDA 3W7QA 3NEVA 4MUZA 2FFCA 2ZRWA 1QPOA 3HIJA 3DAQA 4MIMA 1LLWA 4WY0B 3EWUA 1M7PA 2ZZ4A 3W2KA 4HKPA 5G1YA 2ZTJA 4JTSA 1OYCA 1YLVA 2ATSA 3A5VA 2C14A 3QJAA 3TXVA 4LUIA 1DJNA 5D2YA 3DFNA 1QMLA 3GAYA 5HUPA 1G4EA 4U4MA 1TPB1 3OIXA 2H8ZA 2VEPA 4Y8FA 3STGA 4WOQA 2GQ8A 3R2GA 3G0XA 4EF9A 3LM7A 5E1QA 5KZEA 3FKRA 1W5MA 2WSRA 2QEZA 3QQ0A 3GXNA 1PCKA 2BSLA 1FBAA 3WK0A 2E1DA 3NR0A 3S5OA 1VHCA 5J5DA 4LS2A 5D03A 5AHFA 4FXRA 5LGZA 1NEYA 2RDUA 4UCGA 1Z44A 1L6SA 1JCMP 4GUJA 4UTHA 1ZFJA 1PE1A 2GQ9A 1FWSA 1LDCA 4Y6GA 2PC4A 1MEIA 2ZFAA 3FJ6A 2CLFA 3TW7A 3TXZA 2QUVA 4L4MA 2QUUA 2YGYA 3QEZA 4RXFA 1TQXA 2DZWA 2FIQA 3OA3A 3GR7A 1MZHA 3MHUA 3TU9A 3Q58A 4N6FA 5KITA 3NYZA 1HTIA 4K36A 4LVGA 4XKYA 3NQGA 3SW6A 3EX6A 5EA9A 1KM1A 5HQEA 2EGZA 5BMWA 3M43A 2WNQA 1QPQA 5HJLA 1WDWA 1H7WA 3UY8A 3EX1A 2Y70A 4JTIA 5DBTA 4JS3A 2H3BA 3CC1A 4MJMA 4O0KA 1ICSA 4I7VA 4IMFA 3HGJA 1DL3A 2CWNA 1PHQA 1W0MA 5DCEA 3PC0A 3S5NA 5EY5A 3E0IA 4RXGA 2ZZ6A 4S1FA 1I2OA 1F7BA 5DCDA 2HTMA 3LTYA 4LTSA 1LOQA 3LDVA 5CKSA 4JY8A 3UYCA 2H90A 1VS1A 3P5ZA 1U83A 2DP3A 4JNMA 3S9YA 2Z6IA 3NL6A 1TTJA 1TJPA 3W1TA 1WOAA 5HWMA 4MJZA 4UMBA 4K8EA 1TPUA 4LC8A 1IIHA 4H3DA 5KZMA 4YXGA 4PEKA 4N9EA 1TTIA 1BWKA 1I2NA 1JQVA 1OX4A 3OVRA 4P61A 3KRSA 1K02A 5AHEA 1WBHA 1Q6OA 3NQ6A 4GE8A 2GQAA 5HR7A 2IQTA 5TBOA 3UWYA 1XBZA 3H54A 4FIQA 1QPNA 3LCHA 5CZJA 1CW2A 4LV9A 2A4AA 4GXMA 2YYTA 1SZFA 4WD0A 2JKPA 4AHOA 3O63A 4O18A 1HFBA 4A3UA 3H55A 2OMAA 3KHJA 1W3NA 3LI0A 5EYWA 3UWVA 5LKYA 1EUAA 3UWWA 8TIMA 2ZA3A 2WNNA 3WK3A 1CI1A 1LORA 3BLEA 3NA8A 3STEA 4N9BA 3M5XA 4FNSA 2Y7DA 3QC3A 3RMJA 2TMDA 2NLIA 1BKSA 4MY1A 3USBA 3DXIA 4BI7A 1I8JA 2BXVA 4MYXA 2Y6ZA 3M16A 2ZDRA 3RF9A 1K8YA 2VENA 3UXAA 5C55A 4IXXA 4AXKA 1AMKA 4HNVA 1KM2A 1ZAHA 1DVJA 1LP6A 3C52A 2A85A 2W0UA 1KV5A 5K3VA 1GT8A 4UXDA 1N55A 2ZQ0A 3NQ7A 3LCFA 5KZDA 2A6LA 3EWYA 4I7WA 4Z08A 1THFD 1W37A 4WY0A 2EAWA 2YXGA 4O28A 5DY3A 3L68A 4MY8A 3GDMA 3I65A 3TFXA 1H63A 2QF7A 2X1SA 3PUOA 3D0CA 3CIXA 5D38A 2RKXA 1TJRA 2A6NA 4FNRA 2QKFA 3O6CA 5D2TA 3EX4A 1KM5A 3FYOA 3TUUA 1KLZA 3NO5A 2EPHA 3G1VA 3C8FA 4HN4A 5G4EA 4JTKA 2JK2A 4M6QA 1KFBA 3DFOA 1OFOA 1W5NA 2Z1BA 1KFEA 4NJKA 2E6DA 1L9WA 5L9FA 1W1ZA 3L5LA 2EHHA 3DI1A 2OX1A 4O4VA 3L65A 1I2QA 2YW3A 5C5YA 3LBMA 1FUYA 6ALDA 5U4NA 1TPH1 4AMAA 3LV6A 2V8ZA 1JCJA 2ZZ2A 3P62A 3OVQA 3ZWSA 4FO4A 2YDAA 3O07A 4FXSA 3UD6A 3SI9A 5G2IA 1Q3NA 4DEFA 5F2MA 2QCCA 3W84A 3TA6A 4O1AA 2PRMA 3U2OA 1VPXA 1AW1A 4KWWA 4EWND 2XN0A 2X2GA 1SZNA 2FPTA 1LRQA 3M1ZA 1J4EA 3STCA 3WK2A 3W7IA 4O4WA 4WUIA 2E5CA 1EEPA 4IGHA 3P80A 1NFBA 3KFTA 1N7KA 2QR6A 1C8VA 4NJIA 2WV8A 3MW7A 3A9IA 2YFNA 2I14A 3FFSA 4UR8A 1WV2A 3TKFA 5ABTA 1PVNA 1W31A 4LVDA 2B7QA 4IQLA 4PL1A 3R89A 1KFLA 3IV3A 1QDSA 4UTIA 3W7NA 4JTUA 1YXDA 4ZQRA 2ISVA 2ZZ5A 3IGXA 5AHIA 5CPLA 3DGRA 3N3MA 3M5YA 3DFQA 3A5FA 1VGAA 3ZR4A 2V0TA 3BO9A 3W7GA 4M19A 1LOLA 4HT3A 4L4LA 5CG7A 5MHBA 4XUGA 3DH7A 4QITA 1XDLA 1U5JA 3DKJA 1I4NA 3S8HA 5SWUA 4ICNA 1TRIA 2CZFA 3IIVA 3TCEA 1KM0A 3C0JA 3BW2A 4BF9A 3NDOA 1OG0A 3GVGA 3NQDA 1JJKA 2BZNA 1LOSA 4A2RA 2VFGA 1D3HA 1VH7A 3DU0A 2BTMA 1H62A 2ALDA 2V5BA 1Z42A 1R2SA 3C56A 3PM6A 3B8DA 4M7SA 5LHEA 2WSQA 3ZWTA 4LVAA 4JIPA 1SFLA 4QISA 4NNCA 3LCIA 1EB3A 4FEZA 3LGEA 1E51A 1B4KA 1P0KA 1UASA 3QMSA 1UB3A 5AC8A 1W3TA 2CU0A 3RLVA 1A5BA 3NG3A 3VI2A 4OBTA 4N9CA 3G1AA 5IBXC 3GXTA 4NVTA 1JULA 3S42A 5C2XA 2V5LA 2JGQA 3W70A 2VFFA 3PBYA 4FX6M 5F4XA 1TREA 1Y0EA 3FJLA 2NWRA 4DF2A 1MO0A 4RJEA 2ZZ7A 5I3KA 1FWRA 1YYAA 1K8ZA 1Z41A 1P4CA 4PTNA 3HPXA 3TQ0A 5I3GA 5LNVA 4MPQA 5A8GA 5E93A 3PG9A 3B05A 1F5ZA 2EKCA 3N34A 4OQVA 3P60A 2ATMA 3PUEA 1OFDA 3QZEA 3CWNA 5DN1A 5BOOA 1FQ0A 2QCHA 4I9AA 3MI2A 1ZAJA 4JTFA 4JTHA 1VYPX 4KFOA 4PH6A 3GZ3A 5AOUA 2ABBA 5AC7A 3VE9A 3I6RA 3I7SA 1BWLA 1KM4A 2VFIA 3FS2A 3HBLA 1H1YA 4UMCA 3PB0A 1VRDA 3LHVA 4IMEA 1LBLA 1DJQA 3E96A 5EMUA 1TPDA 1V7YA 4TMCA 5HUOA 1YDNA 2LLEA 2R14A 4LWWA 2A1YA 2FLIA 2ZZ1A 3KAOA 2ZCGA 1Q45A 4TX9A 1EUNA 1NF7A 4M5PA 3O1NA 4BI5A 3G1YA 3W6YA 1RVGA 1S3HA 4GFSA 3W7RA 1ZNNA 4WQ6A 4K7VA 3QF0A 3NXFA 4IX0A 3V1PA 3C2OA 5CPOA 4E2DA 4XBKA 1RD5A 2ZRZA 3NAVA 5C6MA 2HMCA 4CNNA 3BVJA 4NU7A 1H1ZA 1JRBA 4LVFA 3S6DA 4KFNA 3MP5A 3M47A 3EX3A 4AWUA 1B57A 2QCNA 3NQVA 2C1HA 3EXTA 4LS1A 3MI6A 3QMRA 3W7HA 3TMQA 3CQ0A 4IMGA 4EVZA 3EWWA 3STFA 3BLIA 1RV8A 3G0UA 4W9TA 3G1XA 3MWAA 3DZ1A 4DPQA 3TAOA 4K39A 4GUIA 2F7FA 4R7JA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2Y88 A;  2ISS A;  1FCQ A;  2A7N A;  1GVR A;  1G67 A;  1YXY A;  2E6A A;  4OGZ A;  3OBK A;  1IIG A;  4IMC A;  3UWQ A;  1HO1 A;  1LRN A;  1EA0 A;  1OK6 A;  1SO4 A;  2DJL A;  3FEM A;  3SFK A;  3T55 A;  3VKJ A;  3H53 A;  5HIN A;  1XI3 A;  4MLJ A;  1FCV A;  2GVJ A;  3PS7 A;  1SQ7 A;  3CEP A;  4MFE A;  1P0N A;  4MZ8 A;  3RK8 A;  2CLK A;  1VC4 A;  3Q94 A;  3SGZ A;  3L5M A;  3QMT A;  1AW2 A;  1NVM A;  3W88 A;  3GNN A;  4NX0 A;  5FF2 A;  4UC5 A;  3R12 A;  2NX3 A;  2QCD B;  5AN7 A;  3VND A;  3CU2 A;  3M41 A;  3QST A;  2J9Z A;  2VFE A;  3GB6 A;  3C2V A;  1P5B A;  4O54 A;  3HMJ G;  2Q8L A;  1GPW A;  5AC6 A;  2GVL A;  5KMY A;  2E6Y A;  1K7F A;  4HNN A;  4WX2 A;  3MBF A;  5LNU A;  1AL8 A;  1OFE A;  3GDL A;  1W5P A;  2G96 A;  4G1K A;  1RPX A;  2B7P A;  3O15 A;  4RV8 A;  4HIB A;  4S2C A;  3O6D A;  3TAK A;  1OFA A;  3T44 A;  3W7O A;  1C29 A;  4DXV A;  1JCX A;  3HO8 A;  2C0A A;  1TPW A;  4EIV A;  5HMS A;  5LNS A;  3B4U A;  3KX6 A;  4E0C A;  2GPT A;  1KBI A;  3G8R A;  4GRS A;  4DBE A;  3VFL A;  3BAR A;  2J9X A; 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