3DFT | Genus

Total Genus 141

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	141
sequence length	363
structure length	350
Chain Sequence	PHSHPALTPEQKKELSDIAHRIVAPGKGILAASESTGSIAKRLQSIGTENTEENRRFYRQLLLTADDRVNPCIGGVILFHETLYQKADDGRPFPQVIKSKGGVVGIKVDKGVVPLAGTNGETTTQGLDGLSERCAQYKKDGADFAKWRCVLKIGEHTPSALAIMENANVLARYASICQQNGIVPIVEPEILPDGDHDLKRCQYVTEKVLAAVYKALSDHHIYLEGTLLKPNMVTPGHACTQKYSHEEIAMATVTALRRTVPPAVTGVTFLSGGQSEEEASINLNAINKCPLLKPWALTFSYGRALQASALKAWGGKKENLKAAQEEYVKRALANSLACQGKYTPSSNHAY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase A
publication title	Charge stabilization and entropy reduction of central lysine residues in fructose-bisphosphate aldolase pubmed doi rcsb
source organism	Oryctolagus cuniculus
total genus	141
structure length	350
sequence length	363
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2008-06-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3dftA00

4BI6A 4LS2A 3DFOA 3KAOA 1O95A 3F1QA 4N9DA 3WFAA 2YR1A 2PE4A 2ISWA 5D2YA 1JJKA 2TYSA 1ZFJA 3PR2A 3G3MA 3S0CA 1TV7A 1VYSX 1SW3A 5DBUA 1TCDA 4ICNA 3W70A 3ABQA 5AB3A 1JRBA 2Z2UA 3W7QA 2Z1BA 1H7WA 2C16A 5D04C 2VENA 2CLLA 5FF3A 1G4EA 4FX7A 1TJRA 3UD6A 1MXSA 2P10A 4DF0A 2VEMA 4FNPA 4UMAA 4CNPA 3UPBA 8TIMA 3EX6A 1P5BA 3S1VA 5AHIA 4LTSA 1KFKA 4LRTA 1MEIA 4JTUA 4K8HA 1EP1A 1TSIA 2OZ0A 3VNDA 2NXGA 4JNMA 1B4KA 2Y89A 5D30A 1SFLA 3LI0A 2W79A 3NA8A 1LDCA 3CPRA 5C6MA 1ZAIA 1G7VA 2DZPA 1B9BA 4Y9AA 3I7SA 2DZTA 3W73A 3W22A 1JULA 2H3DA 3DI1A 1OYBA 1V7YA 3PSVA 4GJ1A 4XTIA 4UIOA 1FWNA 2C6QA 4GRSA 2ISVA 3EWXA 4NXSA 3OIXA 2FTPA 3A9IA 2YPIA 1TPC1 1FWSA 1PE1A 1VCFA 2NWSA 3EB2A 4N6EA 3MI3A 3W74A 3UWQA 2J24A 3TXZA 3E9AA 4CNNA 3CB8A 1TYGA 3MUXA 4Z0SA 2H6RA 5D2XA 5CKSA 1KFJA 1KM0A 1R47A 3VE7A 4HNUA 4UTJA 1K3UA 5LSMA 2NX3A 5K9XA 2FB3A 4GUGA 1DV7A 4K7YA 1J4EA 2X30A 3SGUA 3EWBX 3S5ZA 3FJ6A 5HR7A 2A4AA 2YZRA 3MW7A 3NAVA 5A5WA 4AEOA 2ZZ5A 4O19A 3R2GA 1UUMA 3LCFA 4Y90A 3LLDA 3M16A 1OABA 1SO5A 2WSQA 2CLOA 4L4LA 1XBYA 3W1AA 1UCWA 1BKSA 1QDSA 3C2RA 4FXSA 3KX6A 3C2VA 1JQXA 4NX0A 3W1MA 4DO4A 4UTHA 4LUIA 2CLIA 4E38A 2PRLA 1W56A 5D03A 3G1SA 1K7EA 5TBOA 3L65A 3KFTA 1HO4A 2W6RA 2RHGA 2H3BA 1GPWA 1ALDA 3NPUA 1LCOA 4O11A 1WBHA 2CLMA 2X1UA 5G2WA 1D3GA 5HR6A 2ZRXA 4LVDA 3NQDA 1Q3NA 4JEQA 1W3IA 1F73A 4CQ8A 4I7UA 1FDYA 3UZ5A 2HSAA 2DZWA 5BRBA 2BX7A 2C3ZA 2A6NA 4IMDA 3FKKA 4JS3A 4RZ6A 4FNSA 5D37A 1ICQA 3HG5A 4YLWA 2R94A 3A24A 1FBAA 3TJLA 1R46A 4EIVA 1JUKA 1JCNA 4O1DA 4U28A 5HULA 4Y6GA 3EKZA 2ALDA 4PCFA 3FLUA 5HMSA 3NVTA 5HUOA 1KM5A 4IQLA 4UFMA 3LHTA 5EPDA 2EPHA 4WY0F 3UXDA 4GNJA 1OFAA 1HTIA 3NYZA 2V81A 4KWVA 1ZNNA 1KM6A 1TPUA 1OX4A 5G2HA 1OYAA 3CU2A 1MZHA 3LCHA 5L6UA 3Q58A 4O15A 3VKJA 4ONVA 3ANYA 1DJQA 4UFHA 3BG3A 3K30A 5K2ZA 3NGJA 2O7SA 3HPZA 4LV4A 5CPNA 1FDJA 4CLMA 1O4UA 5L9FA 4M6VA 1W31A 4TMBA 1LBLA 1VLWA 4LC8A 4JTHA 4KFOA 5LZLA 2X1RA 1DHPA 2J9YA 3D0CA 3M5ZA 1TV5A 3SSJA 2DORA 1H1ZA 4K36A 3P8JA 3GDKA 4WXZA 1MO0A 3M5VA 1R30A 2KZHA 4O10A 3USBA 5AC7A 2QAPA 1GVQA 4OWGA 5LNVA 3R8RA 1DVJA 2E5DA 5KMYA 3MYPA 3QMTA 4QJ1A 1OHLA 4DO5A 3DFQA 3T40A 3QH2A 1KFEA 2GQAA 3TJXA 3VFLA 4PODA 5AHNA 1F7BA 3LCWA 1EPXA 4Z1BA 4KFNA 1GVFA 3EX4A 3IIOA 2RH9A 3W71A 1F2JA 4EWND 4MFDA 3F03K 1VHCA 4O8RA 4XBSA 1L6SA 4WY0A 3W72A 4TR9A 3BV4A 3T4CA 4X9SA 1ZALA 1WOAA 5IBXC 1DJNA 4JTIA 1VRDA 5AHMA 3M41A 1FWTA 1I45A 1ME8A 1RQBA 5K4XA 3TXVA 4MZ8A 1LRTA 3NQ7A 3PBYA 3GIYA 1EUNA 3GDTA 4JYDA 4NUWA 1JCYA 2FPVA 3CM4A 2IQTA 3NG3A 5G4WA 4DPPA 2BXVA 3TC7A 4HHPA 3PG9A 5LGXA 1TMHA 3KRZA 4FNUA 3WJWA 2QUTA 4GXMA 1JCJA 1DORA 4TU1A 3GLCA 3EWWA 1PHWA 3LHWA 2VOMA 4RXGA 1GVOA 2PC4A 1BEUA 1OX4B 1O60A 4WD0A 4OT7A 5BOOA 1EX5A 1DKWA 1XC4A 3EXTA 3RK8A 3SW6A 3G1VA 3KRUA 3EX2A 2WSYA 2G5WA 3R13A 5K7JA 3SGZA 4AF0A 4KFPA 4ALDA 1B4EA 3W6YA 3OHIA 1OX6A 3MYOA 2DP3A 4XZ9A 1EP3A 4ORMA 1PCWA 3TFXA 1FUYA 1G6CA 4TIMA 1XUZA 5DY2A 3DGRA 5EA9A 1ICSA 4HIBA 3KRSA 4IMGA 5AHLA 2GVLA 1W3TA 4NXKA 4K38A 1Z44A 3UWVA 3JRKA 2QAFA 4K8EA 4E2DA 5IM51 4A29A 1OG0A 1VPXA 4AHOA 4WOZA 2B4GA 2LLEA 2GQ9A 1G7UA 1KW1A 2Y6ZA 4WXYA 1A5SA 4UC5A 2Y63A 3C52A 3EWYA 2F84A 1KV8A 1Y0EA 1HUVA 1P1XA 3GR8A 2QKFA 2DZVA 4JR5A 3ZS4A 2VFEA 2FDSA 3TX9A 1O94A 3A23A 4WY0B 3NOEA 2QEZA 1EP2A 4C1LA 2ZDRA 3M47A 3MBFA 3L67A 1N8FA 2A7PA 2FFCA 3H55A 2ATSA 4H4IA 3LV5A 2NV2A 2VC6A 3TMLA 2BWGA 3SJ3A 4YXGA 3R5EA 2I1OA 3NR0A 3LI1A 2AGKA 2ZTJA 5K9DA 5HWJA 1IIHA 4LNYA 3AO0A 4QQ3A 5FEPA 1UB3A 2QCLA 3O06A 5F1UA 3B0VC 4S2CA 3EX3A 4JGDA 1T0OA 3C2OA 3ABOA 4M7TA 3PAJA 1ML1A 3CEPA 5FEZA 5D38A 1Z48A 4HKPA 3IIPA 2VFIA 3LHUA 3O1NA 5EBUA 5D09A 4AF0B 5FF2A 2NX1A 2BZNA 4LW7A 2Y7DA 5K4ZA 3DFNA 3BG9A 5DXYA 1GOXA 1KFBA 2GVGA 2ZRUA 2GVJA 5TQLA 2WKJA 1H1YA 1LOSA 2JK2A 2PURA 3OVQA 2J88A 3R12A 1H51A 3B0UX 1XUUA 5LGZA 4GBUA 1GG1A 1VZWA 1JR1A 3IIZA 2JBMA 4UMCA 3M7WA 4R7JA 5C54A 4O57A 3NQEA 4MVAA 5D2TA 2H8ZA 3SZ8A 5I3IA 3L0KA 1FQ0A 3QM3A 3C2EA 2E5BA 3B04A 3P7YA 1KBJA 1W5NA 4NJGA 4LY8A 3O8AA 1KFLA 3H54A 3DFTA 5KZMA 1FCVA 3NQ2A 4RV8A 1MEWA 3M9YA 4PEKA 2TMDA 5BMWA 1QOPA 1TQJA 1QO2A 5DELA 1IXNA 5CPOA 1P4CA 3LX9A 2B0MA 1KM1A 4QSHA 1GQNA 2YYTA 4CCEA 5DXXA 3MWAA 1BWKA 1TTQA 2YDAA 3HPSA 3I6RA 4YCOA 4JN6A 3W1QA 4IPIA 4GC4A 2NXHA 3NPXA 4HT3A 4O1AA 3RFAA 2R14A 2NUWA 2FB2A 3QW4B 2CZDA 2Q3OA 4BK9A 3PB0A 1SUXA 1YXCA 1RVGA 3G8EA 3I7RA 1OFRA 4AWTA 4PL1A 3FOKA 4Z1DA 1LP6A 3L9CA 5T26A 4K39A 1XDLA 5K9CA 3GK0A 3DI0A 1W37A 2XN2A 1G4SA 1L6YA 4JX5A 1C29A 5I3KA 1CX9A 5H91A 1SU5A 5G5IA 3W7DA 1LYXA 2WNQA 3FIGA 4EF8A 4OV9A 4MZYA 1K02A 2HS6A 3RLUA 1JCLA 3MI2A 4WX2A 4N9CA 5J5DA 4XQ6A 1RPXA 4HNVA 1I8JA 1H7RA 4NJHA 4O54A 3TC6A 1FWWA 2NZLA 1TRIA 1H62A 3A5VA 4ADTA 3W7RA 3L5MA 4JX4A 3SY5A 1Q6OA 2WV8A 3O6YX 3LHYA 4N9EA 4UFIA 3FEMA 4OU1A 3W7JA 1ZAJA 2ZZ4A 3OA3A 4NJJA 3TV8A 3G18A 1JVNA 5DCBA 1TO3A 1GTEA 5F2GA 2E68A 2ZCGA 1SW0A 4QAIA 4Y8FA 2C1HA 4LWWA 3P61A 1CW2A 1AMKA 1LROA 1KBIA 3M44A 4IWWA 2QCHA 4IMFA 3A5FA 3GNDA 5DY3A 1R2TA 4RK8A 1QPOA 3CIWA 3HG3A 4O28A 4NU7A 4A21A 3G1FA 3STEA 5EKYA 3G0SA 2ZFAA 2OX1A 2ZZ3A 1EIXA 1DOSA 3TKFA 3ABSA 3HGJA 4UXDA 3TSBA 3W1RA 4ADSA 3P81A 1GG0A 5U7SA 5BW6A 4AH7A 1VH7A 2CFFA 3NQ8A 2YYUA 2E6AA 1EWDA 1UUOA 5I3FA 3CIXA 3W2UA 5AC8A 1W5OA 2ZRZA 3WK1A 1W1ZA 3W7HA 3EXSA 1H7XA 1OFOA 1GEQA 1AW5A 1U5JA 1VLIA 1TB3A 3WK0A 1M5WA 1HG3A 5E1QA 3U6WA 2ZZ2A 4BI7A 3TMQA 2NX9A 3TNOA 1XXXA 4TMCA 1PV8A 3HJZA 4IMEA 3A22A 4NT0A 1LBMA 3TSMA 3W23A 5G1TA 3P5ZA 4OHQA 4BF9A 2CLKA 4WZHA 1AK5A 2GJLA 3UY7A 4HPJA 3OVPA 3TE9A 2EGZA 3ZWTA 3NQCA 1U83A 3PS7A 3GDLA 3TA6A 2O7QA 4ZMGA 1PIIA 1TPWA 4UTWC 5F4WA 3C4UA 1IIGA 3UWWA 3HO8A 4MZ1A 1X1OA 2BLEA 1QO5A 3WK2A 2A21A 3G1XA 4CCDA 1SQ7A 3G0XA 1IXPA 4OE7A 3TH6A 3TUUA 3NQGA 1G4PA 2NV1A 2Y62A 4YL2A 4POCA 3AJXA 3Q37A 1OF6A 1R2RA 1YDVA 2E6YA 5CZTA 5MHBA 4RKAA 4MY9A 3BW4A 3S42A 3GAYA 3THAA 2FPYA 4NZFA 3W1NA 2NUYA 3M5XA 4UNLA 2CLHA 3QRHA 3QW3A 2JKAA 3LCXA 2J6XA 2YW4A 1WDWA 4OQVA 2J27A 3GYEA 3WJZA 3STFA 3I68A 3MHFA 1D3HA 1L2UA 5D32A 2B7NA 3BG5A 3TW6A 2QJIA 1MEHA 4NVTA 3NPVA 1UJPA 3QPZA 2JKPA 3T7VA 1P0KA 1NF0A 3M1ZA 1FCQA 3ZR4A 1VGAA 3CWNA 2C18A 3HB9A 2OT0A 3MP4A 2GOUA 3STGA 1F74A 2FQIA 3W9ZA 4DF2A 3E02A 2A1YA 5LNSA 3W1UA 4PTNA 2ZTKA 3T44A 1Z41A 4AVFA 3MHGA 1WXJA 1JUEA 2GUUA 3E0IA 2TSYA 1OFPA 1LRNA 2ZZ7A 1GVRA 5DLCA 1IGSA 1YLVA 4DELA 4I7VA 3B05A 3QSRA 4FB7A 4R33A 4ZQRA 1TPH1 4FHAA 2ZYFA 4HN4A 4KWWA 3L66A 1W0MA 5H2ZA 2B7QA 3LBCA 1ZAHA 2H90A 3LHZA 2CW6A 3P82A 3W3OA 2AAMA 5G1YA 5KZDA 5D2VA 1OK6A 1PS9A 4H6KA 5FF7A 3S1WA 1YPIA 1O5XA 3DKJA 1RZMA 3DFPA 2WO5A 1LTDA 3W07A 4O4VA 1LRQA 3JR2A 1QFEA 3INPA 3W1PA 1ONRA 3H53A 4GUFA 4JIPA 3ATYA 4UTKA 1AL8A 2Y85A 3LCLA 1H7OA 4UFKA 3P5YA 1S5VA 2QCDA 1LLWA 5KITA 2YW3A 5KTLA 4M6QA 2OMAA 1AW1A 1YADA 3RNDA 1LM1A 4X3ZA 2DJLA 1K8YA 4PC8A 3N2XA 1VYPX 4ML9A 2XN0A 1C8VA 5J5RA 2XN1A 2HMCA 3P60A 1GZGA 3B0PA 3W7IA 3MHUA 2V5BA 1YXYA 1C9DA 5ABTA 1TRDA 3LTYA 4N9BA 5FESA 3E12A 4JD4A 4RZ4A 3N3MA 1T99A 2VFFA 3L0GA 1A5CA 1QPRA 1Q6LA 2UV8G 1WBJA 2Q3RA 4UTWA 4IX0A 4BFAA 1TPB1 2WQPA 2YGYA 1ZHAA 1M6JA 3BGJA 4JTEA 3BLIA 3HGOA 4CNOA 3C61A 3P80A 4M6PA 1FXPA 2GQ8A 3E96A 5TIMA 1WA3A 3SFKA 5I3GA 5I3HA 3LGEA 3TQVA 5EY5A 4CQ9A 1E51A 1G69A 3P62A 1FCUA 3P74A 5AYYA 3MBDA 4S1FA 3G24A 3W7CA 3UWUA 4H3DA 4FO4A 5AYZA 2QF7A 1NSJA 1FXQA 1LOLA 3NNTA 4QNWA 4ZVJA 1VCGA 3IIVA 5CZJA 4MPQA 3TCEA 2QCNA 1JCMP 1KV5A 1YTKA 1L9WA 2V5LA 2X1SA 3G1YA 4LVBA 3P67A 1XBZA 4GWEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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