3GAKA

Structure of giardia fructose-1,6-biphosphate aldolase
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
321
structure length
290
Chain Sequence
PLCTLRQMLGEARKHKYGVGAFNVNNMEQIQGIMKAVVQLKSPVILQCSRGALKYSDMIYLKKLCEAALEKHPDIPICIHLDHGDTLESVKMAIDLGFSSVMIDASHHPFDENVRITKEVVAYAHARGVSVEAELGTEPQDAKKFVELTGVDALAVAILAIDRVKTISDLTGIPLVMHGSSSVPKDVKDMINKYGGKMPDAVGVPIESIVHAIGEGVCKINVDSDSRMAMTGAIRKVFVEHPEKFDPRDYLGPGRDAITEMLIPKIKAFGSAGHAGDYKVVSLEEAKAWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Fructose-bisphosphate aldolase
publication title Structural insights into the substrate binding and stereoselectivity of giardia fructose-1,6-bisphosphate aldolase.
pubmed doi rcsb
source organism Giardia intestinalis
total genus 101
structure length 290
sequence length 321
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date 2009-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01116 F_bP_aldolase Fructose-bisphosphate aldolase class-II
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gakA00
2WSQA 4CNOA 2QCNA 4GC4A 2OZ0A 3W1RA 1WXJA 3ZR4A 4JX5A 1IXOA 4DO5A 3FFSA 4MZ8A 2DJXA 3TMQA 4O0ZA 5EY5A 1WQ5A 3SR7A 3B03A 3UY8A 3PG8A 3SW6A 2Y63A 3M44A 3GDRA 1K8YA 3PUEA 4JIQA 2FLIA 3EEGA 3FLUA 1FDYA 3FIGA 4QM1A 4S2BA 1KV5A 1I2PA 2ZA1A 3N9RA 5G2HA 2QJIA 3A22A 5DELA 1W1ZA 1OYBA 4UFJA 3W3OA 4PTNA 4AWUA 3TK7A 1J5TA 3NPUA 3CEUA 4JTGA 3B04A 5HJLA 4JTUA 4GUFA 1JCXA 4XUGA 3NQ6A 3O16A 1PIIA 3LXAA 1YPFA 3LHUA 3S1XA 3M6YA 4UFLA 2HS6A 1RQBA 4N6EA 5LHFA 4UIOA 3NOEA 2A5HA 2JGQA 4WOZA 2C14A 3EWWA 3OG3A 1IIGA 4MJZA 1T8XA 1A53A 4PODA 3OEXA 1VLWA 5FF7A 5KZDA 4ZQRA 3FS2A 1TTIA 1KFEA 1H5YA 1X6UA 3W1QA 1OYAA 2AGKA 4LUIA 4Z1DA 5F2MA 4N02A 4ADSA 1JR1A 4NJHA 4N9DA 4N9BA 3NA8A 3RMJA 1SU5A 3C0JA 3DU0A 4JR5A 3EB2A 3LTSA 2NWRA 4AWTA 3TV8A 1F73A 3KRZA 1YDVA 3GDMA 5EKYA 3EXSA 2ATSA 1TPUA 1MEIA 3P61A 3STEA 3SY5A 2NZLA 3QSRA 5BMXA 2CZFA 3QZEA 2ISSA 3EWUA 2VEIA 1MEHA 5LHEA 3EX2A 3WJSA 3W1LA 5E0KA 4EWND 2QEZA 1XUZA 2CLLA 1O4UA 1Q6OA 3TSBA 1I45A 4UTTC 4RKAA 4JX4A 2FIQA 3W7LA 3W7DA 1G4SA 1F6PA 1H51A 3A23A 1JUKA 4HKPA 3O6CA 1XUUA 4W9TA 2FB3A 3NQ2A 1ML1A 3QQ0A 3NQ8A 3SSJA 4FIQA 5DY2A 3TMLA 3OVPA 5D2YA 1FDJA 3IVTA 1GWJA 2YW4A 5DLCA 3GXPA 3KOFA 1KFCA 3TH6A 2YYTA 1R30A 3OA3A 1X1OA 1TPDA 3W7HA 3MHGA 4JTEA 3VFLA 4ORMA 1R2SA 1H61A 4IOTA 4JTIA 3ABOA 5CG7A 4UFMA 1SSDA 1K03A 4LRSA 3L5LA 3MP5A 2Z1BA 4O1DA 2FJKA 3EXTA 2CLFA 3MHUA 2GPTA 3M5XA 3GAYA 3P84A 2NX9A 3IIPA 3PG9A 4WZHA 2GOUA 2ZCGA 2NLIA 4RV8A 3MMTA 4RZ6A 5D2VA 5KMYA 1AL8A 5LNUA 3T55A 2WQPA 1HTIA 5EMUA 2ZA3A 3S1UA 5KITA 2G95A 3W1PA 5HQEA 2NUXA 4I7VA 1W0MA 3M47A 1WDWA 4JXCA 4MJMA 3LCLA 4JD4A 4I9AA 4JTSA 1FCUA 3G18A 4P2VA 4GUIA 2A85A 4Z0JA 1RPXA 4IXHA 5J5RA 4LVAA 3O07A 2NX1A 2A6LA 1DOSA 4LNYA 1PHQA 2FPYA 4LS2A 2HMCA 1Y0EA 4IJBA 3UZJA 1ME9A 1N55A 3RU6A 3GDLA 4Z1AA 4OT7A 5F2GA 5L9FA 5K7JA 4M6VA 3IRDA 3MW7A 2Q8ZA 1FWSA 3HGOA 5CSSA 4EF8A 4EVZA 1SZNA 3MYOA 2B4GA 4UC5A 3W2MA 2WJZA 4TO8A 3LOTA 3THQA 3FYOA 2DZTA 1AW1A 3BLEA 3DZ1A 4IMCA 4UUIA 3NQGA 3L0KA 5F4WA 2JGYA 3GK0A 3CWNA 3TC6A 3LBCA 4K8HA 3ZWSA 5D2WA 5TQLA 3M0ZA 1EP1A 3CWOX 3INPA 3W1AA 2H8ZA 4O19A 3OIXA 4JN6A 4H3DA 1V5XA 1OFDA 1RD5A 1NEYA 3GVGA 5DBUA 4EF9A 1LTDA 5FF4A 5BRBA 2VFDA 3YPIA 3DHDA 4Y96A 2RHGA 2V2CA 2RDTA 1EP2A 1AW5A 3IGXA 4JY9A 5CPNA 2WNQA 4OQVA 3TJLA 3DFQA 3IIVA 4FNTA 1H7OA 1FDZA 5LSMA 3W1XA 1E51A 3TIMA 5KZMA 2ALDA 3HBLA 1I2OA 2CLOA 4D2JA 3W7PA 1I8JA 1P1XA 1F74A 2X1TA 1JUBA 4O18A 1BWKA 2ZTJA 2A1YA 2ZZ2A 3DKJA 2V30A 4MFEA 3N2XA 5FF3A 2C13A 3EKZA 3PF3A 3BG9A 1TPEA 4ZVJA 4AWSA 4JNMA 1FCBA 1THFD 4PC8A 1G7UA 3NQAA 1W8SA 2W6RA 3STFA 4Q4KA 1KLZA 3U2OA 3LXBA 4FNRA 5H2ZA 3UWWA 3F03K 3EXRA 1LORA 3S5NA 2Y62A 3P81A 4O4WA 3TFCA 4MY1A 2GJNA 5DCBA 4UTIA 5C2XA 4UR7A 1MSSA 1VC4A 1HL2A 2ZRWA 4LUJA 4NVTA 3S5ZA 1EUNA 4UTUA 4JX6A 4GNJA 2VEKA 1GEQA 2DP3A 1Z48A 2ZRUA 2NXGA 3BG5A 4NJIA 2BTMA 3PBYA 1KTBA 4PFMA 2VC6A 3DFTA 1XCFA 1YDNA 3H53A 3LB0A 1VYPX 2H8XA 3GR8A 1OX4B 2IQTA 1DORA 3NL2A 3GXTA 1KFBA 3N14A 1TSIA 4O1AA 3NL6A 5AC8A 2BLEA 1DKWA 1YDOA 5CZJA 1LZOA 4U4MA 1FUYA 4FB7A 4YWIA 4O1CA 6TIMA 1NF7A 4JEQA 3E9AA 1A5AA 1J2WA 4XTDA 4CQAA 3UNDA 2R91A 2EKCA 3NG3A 3VCRA 3WK0A 1L6WA 4PA8A 2QCDA 1YLVA 2NXIA 3TQVA 3PM6A 3LDVA 4EOUA 5KINA 2YR1A 4DXVA 3BGGA 5LKYA 4PL2A 4WY0F 3NZRA 1O5XA 3IVUA 4LV4A 3WK1A 4ZZ9A 5DXXA 1EWDA 4RX0A 1TPH1 2A6NA 3TE9A 3TC7A 1JQXA 2VFIA 2OT1A 3M5YA 3H54A 1ZAIA 1LBFA 2YFOA 3LCHA 5EYWA 2DZSA 3KRSA 5GVJA 2YCEA 1DJQA 4OGZA 3DI0A 3TW6A 4JTLA 5CZ0A 4AF0A 3DGRA 1IXQA 1ZALA 3LGEA 4MLJA 4XKYB 2YZRA 3JR2A 3TJXA 1VZWA 2QCEA 1KLYA 1QNVA 3O05A 4P61A 2JK2A 3M5VA 1GTEA 5D05A 5CZSA 3C3NA 2QCFA 3G1HA 3L2IA 3W70A 2QUVA 1I2NA 3UPBA 3UWUA 1M6JA 3BW4A 2WSRA 1W5PA 4K36A 1TREA 1WBHA 3LXCA 3WJWA 3HMJG 4BFAA 3GAKA 2J9XA 3G0XA 4UTLA 1LYXA 5AHFA 1VCFA 1GZGA 1BTMA 1ZY9A 1NAL1 1HO1A 2KZHA 5KSWA 3LHWA 5HR6A 3FEMA 3W23A 2DZXA 1Z42A 4ICNA 5DBTA 2Q8LA 3C2OA 4HIBA 4XBSA 5CPLA 4S2CA 4GBUA 5G1TA 3QMSA 1XBXA 4IX2A 3G1XA 3MBFA 4DBEA 2ABAA 3A24A 2LLEA 2DJLA 4MPQA 3QSTA 3HB9A 4MZ1A 2J6XA 1GG1A 3MHFA 3QM3A 5DXYA 3TSDA 3NXFA 3HF3A 3GNDA 5T26A 3L5AA 3RF9A 2H3DA 2XFWA 1OF8A 4JYEA 3VE9A 1QPNA 3W85A 5C5YA 1FWNA 5AHNA 3G8EA 2Y89A 5I3GA 1VCGA 3CIXA 1W5MA 4E2DA 1NVMA 4M6PA 1W3IA 2C19A 3DFSA 5F4XA 5CPMA 1F5ZA 2Y61A 1YPIA 4MLRA 1SPQA 3L68A 3QPZA 3LHZA 1VCVA 1K3UA 1QPOA 4FHAA 3ATZA 1OHLA 4NNBA 1C9DA 2NX3A 1AW2A 4PL1A 1M7OA 3S42A 2OJPA 1H7PA 1KFJA 2QDGA 5IBXC 3BVJA 2QAFA 3QW3A 5CPOA 4N9EA 1YTKA 4N9CA 3W74A 1TTQA 2QKFA 5K4XA 1O60A 3QMRA 3TXZA 3TFXA 3NDOA 3W7QA 4QNWA 4O52A 4A3UA 3KVKA 1C29A 3DH7A 1QO5A 3NPWA 3UWYA 3W7CA 5C54A 1RQHA 3BARA 3QPYA 2QAPA 4NXKA 5HUPA 5HUOA 4CNPA 4Z1CA 4AAJA 4QQ3A 3DFNA 2GVJA 4FXSA 4BI5A 1OFRA 3A21A 4GJ1A 1OK6A 1W3TA 4HNVA 1TCDA 4OBTA 4JYDA 4NU7A 3UXAA 3L21A 1H7RA 2HSAA 3W88A 1ZFJA 2HS8A 3W87A 3ATYA 3I6RA 3IIOA 2ZQ0A 4Z0SA 2AQWA 1LBMA 2JBMA 4GUJA 1ZENA 3TXVA 1YYAA 2VXNA 3CIWA 1T0OA 3W71A 2VFGA 1R2RA 4OU1A 4O57A 1GQNA 1LP6A 4I7WA 1SZEA 3SZ8A 3G24A 4M19A 2XN0A 1G69A 4Q32A 1QPQA 4ML9A 4JTJA 5C6MA 1UBSA 3S0CA 4KFNA 3MWAA 1VJIA 5K4ZA 2DZPA 1K7XA 2Q3RA 3SI9A 2ZDRA 4UTTA 2UV8G 3NEVA 3S9YA 1M5WA 4O17A 4UNKA 3TQ0A 3NQVA 2DORA 3W7NA 2G5WA 4NNAA 3C2EA 1B9BA 2VFHA 4M7SA 2RH9A 3P8JA 4HSOA 1GT8A 4POCA 3TDFA 5AN7A 4LOCA 2FQIA 3W75A 3M9YA 4NJGA 1KM1A 1EIXA 3E12A 1XC4A 2W79A 3HG2A 2FDSA 3IIXA 3M5ZA 1Q6QA 3PSVA 2QDHA 1VHNA 5HINA 2QCGA 2E6AA 1MO0A 2CLHA 3D0CA 1VLIA 4OV4A 3LTYA 3R89A 2Y85A 1GJPA 3BPWA 1DV7A 5CKSA 3C6CA 1YXCA 3HO8A 5D04C 4K6AA 2GJLA 1BEUA 1TTJA 4IMEA 4JIPA 4JY8A 2QCCA 3G1AA 1A5SA 1FX6A 3NPXA 5K2ZA 4IMGA 4AB4A 3PB2A 3IVSA 3LLFA 2YSWA 1FXQA 5D03A 2B0MA 1K8ZA 5I3HA 5HWJA 3FA5A 4WUIA 2V8ZA 1UUOA 1EX5A 3CB8A 3N34A 3L9CA 3P67A 1H1ZA 1O94A 1LLZA 5D38A 3KFTA 5IM51 1DBTA 3LCGA 4LS0A 4UR8A 1EB3A 2Y7GA 1FQ0A 2QJGA 1IF2A 4I7UA 2J9ZA 4MVAA 3UWVA 3F4NA 3TUUA 3TKFA 3MI3A 3A5VA 1WAUA 2B7NA 3DAQA 3UWQA 1RQEA 3SGZA 3NQFA 3KXQA 4ORIA 4FNPA 4XQ6A 4MY8A 2CLIA 2CWNA 3LHYA 1DL3A 2ZRZA 2QR6A 3G0UA 3T4CA 4ALDA 1IGSA 1L6YA 4R33A 3LM7A 5AC7A 3G1YA 3HGJA 3W2LA 3OVQA 3SFKA 3U8GA 4YLWA 2YGYA 1QOQA 4GE8A 5HMSA 3S5OA 4HNNA 1SSGA 3KHJA 2C15A 3LV5A 3LHVA 4IUOA 3EX4A 1VGAA 1LOQA 3M1ZA 3MUXA 4NX5A 2EGZA 3G3MA 4GUHA 2YYUA 4FO4A 3W9ZA 3F4WA 3G8RA 1XDMA 4K38A 1TB3A 4NQ1A 1F2JA 2ZZ3A 2H90A 4LV9A 4DBDA 5SWUA 4K8EA 8TIMA 2QUUA 2NXHA 1ICPA 1W3NA 3BV4A 3NQMA 2ATMA 2V81A 5AHMA 4QNEA 2E68A 2F7FA 3OVRA 4IPIA 3DFPA 4CQ9A 3QH2A 4O16A 3RNDA 4QJ1A 3UYCA 1W5QA 4FX7A 3LCFA 5FF0A 1PS9A 1R2TA 4K7VA 4ADTA 4KFOA 1I2QA 5HWNA 4UMBA 4J9JA 4QSHA 5F4SA 1AL7A 3PULA 1TJPA 5ABTA 3NQCA 3P74A 2A4AA 3DXIA 3MO7A 1HUVA 1LLWA 1DVJA 1VPXA 1TPWA 2NUYA 2WKJA 2E6FA 4LT9A 3SECA 5K9DA 1ME7A 3GLCA 3ZFHA 2ZRXA 1FCQA 3M43A 1G6CA 3N19B 4FF7A 2AAMA 3HPZA 1FY6A 2E1DA 2I1OA 2OT0A 2VOMA 1H63A 4XKYA 3GKFA 1QCWA 4BK9A 1VQTA 4FNUA 1OK4A 2RFGA 3SIZA 3B0UX 3ABQA 2QJHA 4E0CA 4GFSA 4AMAA 5E93A 5FI8A 3W1TA 2H6RA 2OCZA 3NZ1A 5E1QA 5L6UA 1UB3A 1BKSA 5HWMA 4HN4A 3B06A 4MKNA 2JKPA 4M7TA 3QMTA 1IIHA 3JRKA 2QCMA 1LOLA 3O1NA 4IMFA 2ZZ1A 1R46A 1YXYA 4Y6GA 1WOBA 3T40A 5TBOA 4IXXA 3B0VC 1QMLA 3BGJA 2WNNA 4WXZA 1G67A 3UPWA 4ZL1A 3LX9A 2B7QA 2YX0A 2ZZ5A 5U4NA 3H55A 4JICA 4UTKA 1ICQA 3T44A 3TROA 2A2IA 4LVDA 1HO4A 3C4UA 4GWEA 1SFLA 1SW0A 1TO3A 1EP3A 2NWSA 3CEPA 1SFJA 3N2MA 4ZQPA 1YTEA 1B3OA 4L4LA 3LI0A 4H6KA 2G97A 3CU2A 3BW2A 3N73A 3TW7A 2XN1A 1PL9A 1YXDA 4XTIA 3R12A 1PCKA 4QAIA 3GYEA 1TV7A 4LVBA 1CW2A 3EWXA 2PRLA 3WJYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3TYB A;  4CNO A;  3TOP A;  4GC4 A;  5G1M A;  2ZVR A;  1U5H A;  3OZO A;  4L65 A;  1IXO A;  2R1K A;  4MZ8 A;  2DJX A;  3WLH A;  1ISZ A;  5D9O A;  1E55 A;  1K9E A;  2BVT A;  3M44 A;  2YL5 A;  3T2O A;  3ITO A;  3AS1 A;  2PWE A;  1A47 A;  2VL4 A;  3FIG A;  1I1X A;  1OC7 A;  5G2H A;  1JF6 A;  2QJI A;  1DWH M;  5DEL A;  2JE8 A;  1OYB A;  3C0S A;  4QXI A;  4U5K A;  2VVS A;  3AFB A;  1E3X A;  2XH2 A;  3NPU A;  1J96 A;  5HJL A;  1EF2 A;  3AHT A;  1DYS A;  4J3U A;  2NVD A;  3LHU A;  2QUM A;  3QGV A;  3M6Y A;  2WXD M;  3B9O A;  4N6E A;  2A5H A;  3JW7 A;  3ZT6 A;  4WOZ A;  3LPG A;  3EWW A;  4HYW A;  1FWC C;  4POD A;  5KZD A;  2PDY A;  1KFE A;  1H5Y A;  2ONE A;  2ZUV A;  1X6U A;  4E4F A;  5F2M A;  2FFI A;  4Q4S A;  3QV9 A;  4ADS A;  2PWU A;  4DZA A;  1CYG A;  1D2K A;  2AL2 A;  4GQR A;  4RNF A;  3NA8 A;  3RMJ A;  1MW1 A;  5CXP A;  3VAB A;  2YB4 A;  4JR5 A;  4Q6J A;  3EB2 A;  2NWR A;  3F4V A;  3CV2 A;  1B9Z A;  1TKK A;  4UCF A;  1NOW A;  1HJQ A;  3STE A;  3SY5 A;  2NZL A;  1S2U A;  4GKL A;  2PGW A;  3SCS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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