3GNOA

Crystal structure of a rice os3bglu6 beta-glucosidase
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNEPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Os03g0212800 protein
publication title Structural and enzymatic characterization of Os3BGlu6, a rice {beta}-glucosidase hydrolyzing hydrophobic glycosides and (1->3)- and (1->2)-linked disaccharides.
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa subsp. japonica
total genus 193
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2009-03-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3gnoA00
3FXYA 4J3WA 4OOUA 4BF7A 1UYQA 4ATWA 1CXIA 5DEZA 3G6LA 2WLYA 3PBGA 1E4LA 3ZJ6A 2X05A 4UR9A 1OGGA 4E4PA 3QHOA 3T2OA 1GORA 3WNOA 2D24A 1D3CA 4GI8A 2WVVA 2QPSA 3PZQA 1XC6A 3WD3A 2EXOA 1QNSA 2EPMX 3WMCA 2DSWA 2VRJA 1V3HA 1PPIA 3WNLA 5ABHA 1OGSA 4MB1A 1OT1A 2JIEA 1WNOA 1W1YA 3NYDA 4WK9A 3AHYA 3VUPA 5D9MA 2XJ7A 5DO8A 3A4AA 1AVAA 1ZJAA 1CYGA 2UY5A 5BXRA 1HKMA 3A4XA 3M6DA 3MV01 4AC1X 2YL8A 1DWHM 3EBVA 4F9JA 3FAWA 4AEEA 2ZX7A 4MDOA 2YDSA 2VZTA 2WW5A 3ARTA 2IXVA 2YBTA 4P7LA 1DEDA 2ZICA 3AISA 3SUVA 3ZIZA 2J7DA 1H4PA 1OIMA 1B0IA 4CUCA 1C8QA 4C7FA 2ZWZA 3RJYA 3CH9A 1AMYA 5CPTA 4HMDA 5JIPA 1HKKA 2A3CA 2GJXA 1OBAA 5HDRA 2PWFA 3PTQA 4DUXA 4CD6A 3I3EA 2AMGA 4F8XA 1GPFA 1WZAA 2CIPA 3I3BA 3TTSA 2V5DA 3GH7A 4D6EA 3CUFA 2ZXBA 1VJZA 1TA3B 3WDQA 1XD1A 1WDQA 2XFRA 1GQLA 4PMVA 2VI0A 2AOSA 2WHMA 3K4DA 2WZIA 1R87A 4CCCA 3WFZA 2DSVA 3RPMA 1HJUA 3BMWA 3SCOA 4AMCA 1C91A 3TP4A 1H2JA 4P7QA 3EDJA 5BCAA 1QNOA 4P8UA 2GK1A 1ZBVA 1MQRA 2GJPA 2VRKA 1KQYA 4LGXA 3PZIA 2WZEA 4TXEA 5GNZA 1GQJA 1CGYA 4J3TA 1CGTA 3WH6A 4GKLA 1H41A 3WEMA 1PBGA 1B2YA 1V3JA 2BHZA 3GM8A 4DWSB 5AC4A 2XHYA 1ZL1A 1VENA 2Q8XA 4P7NA 3VINA 4DM2A 4LXFA 1UKPA 1ITCA 2XVLA 5E0FA 4CU8A 4UQAA 3WMBA 1BHGA 4L4OA 3SCWA 3MV11 2XVKA 5BRPA 1EQCA 5I0DA 3WUEA 2G8ZA 4PN2A 4W5UA 1A3HA 1Q6CA 3GXFA 3DYPA 2FGLA 3CZJA 4BA0A 4ZENA 1W9XA 2HISA 2OYKA 4MTVA 2Y8KA 4PYSA 5CLTA 2XWEA 3BMVA 1JYNA 2WHKA 2DIJA 1MW3A 5DMYA 4JFVA 1UR4A 1CLXA 3WEOA 2PC8A 4J3XA 1UWSA 2NT0A 4OJYA 1OT2A 3OGRA 3VPLA 4U33A 1MYRA 3S6TA 5EMYA 4W85A 3BCFA 3VO0A 1GQIA 5CGMA 1Q6EA 3VNYA 1K9DA 1JYXA 1KGWA 3SUUA 3GH4A 3A3HA 1KWGA 3WNNA 2D0HA 5I2UA 4TTUA 3CUJA 1W1VA 1H11A 3FHQA 1W3HA 3VMOA 3ECQA 4JFTA 3WQ8A 1EXPA 3CHCA 5JIWA 3MSGA 4PBGA 4JFWA 4TVUA 4IM4A 4QLLA 2JF6A 2VNCA 4J3SA 2CNCA 3D5HA 3W26A 1TVNA 3GNPA 2VR5A 1ODUA 5LA2A 4PUDA 4W7VA 1DP0A 2WC3A 3DC0A 3O6AA 1L8NA 4BCEA 1YHTA 2VTFA 2EPKX 4D6DA 1N82A 2NT1A 2QV4A 1EO5A 5AY7A 3BAYA 1WE5A 1C92A 3DECA 1LL7A 4A4AA 3ARRA 3DYOA 5GNYA 3CGTA 4W88A 4WKAA 1OM0A 1VRXA 3VGBA 2VZUA 3AMCA 1UA3A 3WD1A 2WB5A 4GPNA 1BSIA 1V6VA 4QCEA 4JIEA 2YKKA 2CBIA 3CIVA 2YJQA 5C70A 1FHDA 5JUVA 4WIWA 1K6AA 4J28A 1UR9A 2ZX5A 1DWIM 4ACZA 2DQXA 3EMCA 1NP2A 3PZTA 5D8ZA 2BHUA 1JFXA 1XYFA 4V28A 2PWHA 1BQCA 2XGBA 3PZVA 1JF6A 2BFGA 3F5KA 4CD4A 4CN4A 1HT6A 1UKQA 4MNMA 5D9OA 1B1YA 3ARPA 1ZU8A 2W66A 3GH5A 3BXWA 4N42A 2G41A 4JHOA 5CLWA 4S3KA 5I6SA 3L4UA 4QP0A 3FY1A 1M04A 5CSYA 2BXYA 2WPGA 2W67A 4AD0A 5FOOA 2PBOA 2VCBA 1EDGA 2CEQA 1C3FA 1LWJA 1UR1A 2BY3A 1M01A 3RILA 1EH9A 1CDGA 2XVPA 4HA3A 4W8AA 2VC9A 4MB3A 1ESWA 3IJ8A 2DSZA 4Y7EA 1B3WA 1QBBA 2QMJA 2EO7A 3N13A 4F79A 1WZKA 4FLRA 3EMZA 4BQ3A 4TX6A 2VCCA 3BGAA 4WF7A 2WK2A 3CLWA 3W6LA 2PF0A 5A8QA 2W92A 4UOQA 2YLAA 4HZ6A 4B9YA 3SCQA 3THCA 5F7UA 1FP8A 3T2PA 1UWRA 3SCUA 1V6UA 2WHLA 3WUGA 7TAAA 5A8PA 1JAEA 1NWTA 2J74A 5TD4A 3DYMA 5A69A 1MW0A 1V3LA 1EIBA 4H2CA 4CKQA 4CD7A 3NIYA 4KMQA 1JYWA 1OGBA 2DT0A 2WM0A 3AMGA 3OZOA 1QHPA 1MW2A 4GZJA 1UR0A 4JAWA 4JL2A 3AHTA 5I23A 3WMSA 1BFNA 4ZFMA 1NM9A 1Q6FA 3RCNA 2J4GA 1J0HA 3CUIA 1CLVA 3AZRA 1EOKA 2WNWA 4EKJA 2E8ZA 3LPOA 4U31A 3MKKA 1UKOA 5KZ6A 2CCRA 3T09A 2ZUVA 3UR8A 1BGGA 1UKTA 2VQTA 2DIEA 1JNEA 2NSXA 1KWKA 2J62A 4KGLA 1SMAA 1KBKA 3E1F1 4HOZA 2WC4A 3NDYA 2D2OA 4LQ1A 3WQVA 3OBAA 3EDFA 2VL4A 3WEZA 2WVTA 3KZSA 1EO7A 4AZ6A 3ZO9A 1Q4NX 2E9BA 1V3MA 5I24A 4UFJA 2J25A 3ZJ7A 1CXLA 4H8HA 5BXSA 1IT0A 1JZ7A 5FL1A 4WKHA 1JZ4A 1JFHA 1HNYA 3BSHA 2GVYA 4JFSA 4A3YA 4PTVA 3K8KA 1QPKA 3QOKA 2EEXA 3W29A 2ZUMA 1O6IA 3WENA 4D1IA 3VGHA 3HN3A 5EFFA 3PHAA 4CGTA 3AOFA 3WF2A 3U7BA 1TVPA 1DHKA 2EPNA 3L4ZA 1MWOA 4OBRA 1OCQA 1US3A 4J3VA 4X0VA 5AYIA 3VIIA 2WBGA 1XGZA 1GHSA 1V03A 2UY3A 3KL0A 3AFBA 4H04A 4PMQA 1WB0A 3GNRA 1W1PA 3ZT5A 1CGWA 2VRQA 4U5IA 1JGIA 1E72M 1FH7A 5JBFA 2WVSA 3VGDA 1JG9A 3WDIA 1GJUA 4IPLA 6TAAA 4AZGA 3UG3A 4DUVA 2VT0A 1V0MA 3EDDA 2WCAA 4C7GA 1W9DM 1B9ZA 2ZUSA 3U5YA 5A95A 1U2YA 2FH6A 3GBEA 3CZLA 3DHPA 3N15A 4DUWA 3WNPA 4ML4A 1UWQA 1MFUA 3DHUA 2YIHA 1G94A 2XM1A 2XM2A 1GOIA 4QAWA 1HKIA 1BYAA 1RH9A 2BY1A 2VOTA 1NOUA 1E6RA 2PBGA 1C8XA 2WKLA 4CU7A 3AIWA 3CZGA 4M80A 1NWSA 2YOCA 4AZ5A 1TUXA 3ZJKA 2D0FA 2Y5EA 1UD8A 3ZSTA 2DDXA 1QBAA 3D3AA 1J0IA 1IZJA 1H49A 4CN6A 2FDMA 7A3HA 3PZNA 3NUKA 1GHRA 3RMEA 1LL6A 1LWHA 4W5ZA 4PUEA 1LL4A 1NQ6A 1PZ3A 1X6NA 4GZIA 4TVCA 3WF1A 2VJXA 4B3LA 2D23A 3VD4A 3CHEA 2E9LA 1QHZA 3AMLA 2CETA 3K4AA 4PEEA 1H1NA 1FH8A 1J01A 4JCMA 1CPUA 3W6MA 4Z2LA 1C93A 1KCLA 2VZSA 3HMCA 4WSJA 4D71A 3ZOAA 2OWCA 4W89A 1J12A 4PCTA 1HXJA 3AHZA 1I75A 1Y7VA 1CEOA 1E73M 5CXPA 3SURA 3NDZA 1QI5A 2CYGA 2XYLA 4HPHA 2W61A 3K1DA 3BSGA 4TTGA 5FD0A 1SYTA 5HXMA 3FHAA 3OLDA 3MS8A 1LG1A 2J7HA 1W1TA 2FH8A 4HTYA 1JZ3A 3WF4A 1BVZA 2J77A 5A2BA 2D22A 5FL0A 3AHVA 4GO8A 3VD5A 4D6FA 1U30A 1V08A 4F9DA 2J7FA 2XSBA 3PZOA 3TONA 5LA0A 4AZCA 1VBRA 1ITXA 1NWUA 1E1FA 2E40A 5KEZA 3L4VA 1BG9A 3WUBA 4QLJA 4LYPA 3W38A 3ARQA 1ODZA 5M03A 3POHA 2EPOA 4CD5A 3UESA 3BAXA 1QI3A 2VO5A 2O9RA 2ESCA 1HIZA 4ZE5A 2VZOA 3T2QA 4D6HA 4AISA 4CCEA 3WQ6A 1CBGA 4QLKA 1UD3A 4PSRA 1DWGM 2A3HA 4PRWA 3VD9A 1V6WA 1WPCA 4M1RA 4V2XA 2WMFA 4GO9A 1UWTA 2GUYA 3L4WA 4FMVA 4AIUA 1OD8A 3A47A 5ABEA 2GJRA 5AC5A 3AYRA 3L4YA 1H0GA 1KR1A 1QNPA 3MMDA 4UOZA 1ZS2A 2WANA 3N12A 1E40A 2W62A 3VIHA 5D9NA 4M82A 1JDAA 4ZEPA 2XSAA 2VZVA 2GDUA 4ZE4A 5C71A 1QOXA 3U7VA 3AYSA 2FGZA 2JE8A 1WO2A 5I78A 1PJ9A 4CN1A 5CQ1A 3LMYA 3N9KA 3QHMA 3ARXA 3WKZA 3PTKA 1BTCA 3WQWA 1NWRA 2WMIA 4P7OA 3PZUA 1HP4A 1VBUA 3WUFA 4AZIA 2XTKA 4H8UA 1JI1A 1VF8A 1UD5A 4GI6A 4URIA 1E56A 1MXGA 1KBBA 3ZR6A 1E3ZA 3K8LA 1US2A 4UZSA 3S2CA 3GYCA 1HN1A 1UR2A 1WCGA 3KEHA 3LPFA 4LYQA 4MAZA 4AZ7A 1C90A 3AQUA 2VUYA 2G3NA 2OSYA 3GNOA 1W9UA 3APGA 4UFHA 1V3IA 2XGIA 1E6SM 1H5VA 1CXEA 1CIUA 1UH4A 3MMUA 3ZSSA 3VDBA 4MADA 3WL0A 3SEPA 1QI2A 3IAQA 2F8QA 3WBEA 1WDSA 4PMNA 3VU2A 2VVSA 2DT2A 4PSPA 1CXHA 4XZWA 1I1WA 1DWFM 3ARVA 3SCPA 3WF0A 3AXHA 2DSUA 2B31A 5A1AA 1LF1A 2ZX8A 1V0NA 4XUYA 4CVWA 3SIMA 3TTYA 4E8DA 2E8YA 3BAWA 3UG4A 3IJ7A 3SCVA 3AS3A 3T0BA 3T0AA 3VDAA 4GQQA 2HVMA 3OGVA 4D6IA 4HU8A 2WYSA 1B3ZA 3CUGA 4ZXOA 4J3UA 3CHFA 1OIFA 2WVVB 3B9AA 4H7VA 2D20A 4D6JA 2TAAA 1X1NA 3MU7A 4MNLA 1E3XA 2J79A 3ZJ8A 3AHXA 4JKMA 3IAPA 4R27A 3WF3A 1HKJA 9CGTA 1TCMA 3CMGA 4FK9A 4AD1A 2CHNA 3VNZA 1ISXA 4AXNA 1V0KA 1DTUA 2J7GA 5CPSA 2PWGA 1QVBA 5HPOA 2X8RA 2DSKA 5BXTA 1UWUA 1EA9C 1UH2A 2UY4A 1ZBWA 1NARA 3AIQA 1CXKA 3LPPA 1HJVA 4KRTA 2Y24A 2BY0A 1CGXA 4P8VA 3OG2A 2CESA 5D8WA 2EPLX 3AS0A 4PMUA 3AIEA 1E0XA 3UERA 3RM4A 2PI6A 4WKFA 2XWDA 2YL9A 1O7AA 4YPJA 1PIFA 2ZE0A 1KCKA 2CPUA 2XUCA 1KGUA 4KWUA 4PTMA 2E9MA 3AXIA 4Z2GA 1B90A 5A6SA 3LPGA 3N11A 3SUWA 5CG0A 4AZBA 1UH3A 4HMEA 5BWFA 4Q22A 4A3HA 3VX0A 1Q6GA 4UQEA 1VFOA 2PWDA 3UCQA 1E71M 1EHAA 3CPUA 3EYPA 5CPQA 3VIMA 2WCSA 1WZMA 2WMJA 3VMNA 3CHDA 4XB3A 3VDHA 1E0VA 2ZIDA 3AJ7A 1G5AA 1FH9A 1OB0A 2GK1B 1NOFA 4CU6A 5E6ZA 5C8BB 1VFFA 2QMKA 4W8BA 1XYZA 3MANA 5ABGA 4UZUA 1UD2A 1XH2A 1GVYA 2W91A 2BV9A 3MO4A 1MFVA 2JEPA 5A94A 1E6PA 5D4YA 3T08A 3WH9A 3MUIA 1LG2A 4RE4A 4OKDA 4MJ2A 2C7FA 4OZOA 5IFTA 1RPKA 1UG6A 5E6YA 2OYLA 1ZBCA 4C7DA 5BROA 1E4NA 1KFWA 1J11A 4AY1A 3N1AA 1VJSA 3AZTA 1EHNA 4FLOA 3RJXA 3VILA 2JIWA 1HJWA 1QI0A 2CBVA 2A3AA 1E1EA 3M07A 3WBAA 1PX3A 4M29A 3FN9A 5FKYA 4AD5A 4XV0A 3GTNA 1EQPA 1U33A 5A8NA 1BYBA 3WD0A 3ZM8A 2Y2WA 3CUHA 3WY1A 5CZKA 2YLLA 2PWEA 4L4PA 4NF7A 1AQ0A 3VGEA 2VX5A 1ISVA 3OLIA 3OGSA 3F4VA 1E6XM 2XVNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FXY A;  4J3W A;  4OOU A;  4BF7 A;  1UYQ A;  4ATW A;  1CXI A;  5DEZ A;  3G6L A;  2WLY A;  3PBG A;  1E4L A;  3ZJ6 A;  2X05 A;  4UR9 A;  1OGG A;  4E4P A;  3QHO A;  3T2O A;  1GOR A;  3WNO A;  2D24 A;  1D3C A;  4GI8 A;  2WVV A;  2QPS A;  3PZQ A;  1XC6 A;  3WD3 A;  2EXO A;  1QNS A;  2EPM X;  3WMC A;  2DSW A;  2VRJ A;  1V3H A;  1PPI A;  3WNL A;  5ABH A;  1OGS A;  4MB1 A;  1OT1 A;  2JIE A;  1WNO A;  1W1Y A;  3NYD A;  4WK9 A;  3AHY A;  3VUP A;  5D9M A;  2XJ7 A;  5DO8 A;  3A4A A;  1AVA A;  1ZJA A;  1CYG A;  2UY5 A;  5BXR A;  1HKM A;  3A4X A;  3M6D A;  3MV0 1;  4AC1 X;  2YL8 A;  1DWH M;  3EBV A;  4F9J A;  3FAW A;  4AEE A;  2ZX7 A;  4MDO A;  2YDS A;  2VZT A;  2WW5 A;  3ART A;  2IXV A;  2YBT A;  4P7L A;  1DED A;  2ZIC A;  3AIS A;  3SUV A;  3ZIZ A;  2J7D A;  1H4P A;  1OIM A;  1B0I A;  4CUC A;  1C8Q A;  4C7F A;  2ZWZ A;  3RJY A;  3CH9 A;  1AMY A;  5CPT A;  4HMD A;  5JIP A;  1HKK A;  2A3C A;  2GJX A;  1OBA A;  5HDR A;  2PWF A;  3PTQ A;  4DUX A;  4CD6 A;  3I3E A;  2AMG A;  4F8X A;  1GPF A;  1WZA A;  2CIP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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