3L0KA

Human orotidyl-5'-monophosphate decarboxylase in complex with 6-acetyl-ump
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
MELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Uridine 5'-monophosphate synthase
publication title Lys314 is a nucleophile in non-classical reactions of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2009-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3l0kA00
3Q2DA 3OVRA 1QCWA 3UXDA 1GYNA 3L5LA 2B7OA 4JNMA 3BARA 1IXPA 5AC6A 3B03A 3ABQA 4WXZA 3ABRA 2TPSA 4JIPA 1W8SA 1L2UA 3CLMA 3R13A 3G8EA 4LT9A 2H3BA 1VCVA 3OEXA 4ADUA 1X1ZA 2HS6A 5G1YA 4MLRA 1F6KA 1F5ZA 2UV8G 4ONVA 3W1AA 3MI6A 3DFPA 3DZ1A 1IGSA 1A5AA 4LC6A 2Y88A 3N34A 2A21A 1TV8A 3C4UA 4CQ9A 1LORA 2FQIA 1W1ZA 2XFWA 3RMJA 1P4CA 2J9XA 1B9BA 1KM5A 2VXNA 3SZ8A 1VJIA 4LU0A 1EP2A 2F7FA 3WK0A 1MEWA 4W9TA 4PH6A 4GJ1A 2PC4A 1SO3A 4JY8A 2Z1BA 3DFOA 3DFSA 3B05A 1DL3A 3TROA 2EGZA 3QQ0A 2CZFA 4K7VA 1YLVA 5C55A 4TMCA 4LRSA 1ZJIA 2DP3A 3TU9A 4N4QA 3RK8A 4EIVA 3EWUA 4CQ8A 3MBFA 3QYQA 3G1YA 3KHJA 2OCZA 4HPXA 4M6PA 1YTKA 3E96A 3IIPA 5EL1A 4GUFA 1U83A 3W72A 4JTUA 3STEA 1SQ7A 5AOUA 3MI3A 4R7JA 3S42A 4CCCA 4ZQNA 3TC6A 2A6LA 4NXKA 2NUXA 1GVOA 4Z1DA 4IXXA 4EF9A 1P0KA 1EX5A 4WJEA 3SSJA 1H7RA 3GXNA 2CZ5A 4FX6M 1GPWA 1XDMA 3CIXA 4I9AA 4RXGA 3B0UX 3ZWTA 4O53A 3K30A 5C54A 1TB3A 3SY5A 4XWUA 1SSDA 2YR1A 4JTEA 2J6XA 1VQTA 5EMUA 1EA0A 1Z41A 2V5BA 1GVQA 2FPTA 4O57A 3RLVA 3TJXA 3B4UA 2NX1A 1DV7A 3N73A 3O05A 4Y9AA 3KVJA 3QFEA 1ZAJA 3W7LA 2QR6A 4Z0SA 3W7MA 4O12A 3W7GA 5G5IA 4MJMA 5I3GA 1Q6OA 1B57A 1JQXA 3S5ZA 2DZWA 1QPOA 3BG3A 4HSNA 1R30A 3M5ZA 2QUTA 2DJLA 3T4CA 4X2RA 3WK1A 2ZZ2A 4IX0A 2ZA1A 3WJWA 3LRKA 1DJQA 3UY8A 1VYPX 1VCFA 2ZZ5A 3G0XA 1HG3A 3TA6A 1JCJA 3W7OA 5F1VA 2TYSA 1XC4A 1SW0A 4NX0A 1S5TA 3H54A 1SSGA 4MVAA 4YWIA 4UTUA 3LCWA 2Z6IA 4GUHA 2VFHA 2V2HA 2Y70A 4HNUA 2V9DA 4ZMGA 3GX9A 1VHCA 2I1OA 4QJ1A 1YTDA 3UWQA 4E2BA 1SFLA 4Q33A 4DBDA 2VEPA 1DHPA 1G67A 1U5JA 3NPXA 1VGAA 3GB6A 5DCBA 3T44A 1ZAIA 2NUYA 3M16A 1M7OA 5HULA 2E6DA 5FEZA 4LC8A 4O15A 3C3NA 1WQ5A 4JTSA 2ZBTA 1ZNNA 1XXXA 3PR2A 1ICQA 4Z1CA 4AF0B 2B0MA 4NVTA 3S9YA 3LM7A 3STGA 4AWUA 3DFQA 3A22A 1B4KA 3CEPA 1AK5A 3BW3A 4O54A 3W70A 4WOZA 1RZMA 2VFFA 4O8RA 1G4EA 4PCFA 1YDNA 3EB2A 1DBTA 1HO1A 2B4GA 2YW3A 1XKYA 2QCFA 4UNKA 3NPVA 3FIGA 4AH7A 4FIRA 1KLZA 1WBJA 2YDAA 4TO8A 3QM3A 3ABSA 4CLMA 3LOTA 2EF9A 4HKPA 2XN0A 2P1FA 1VH7A 3WFAA 2FDSA 3OIXA 1FY6A 4UTJA 1JR1A 3TMLA 3LRMA 1UUOA 3G1DA 2QCDB 4G1KA 1K8YA 2QJIA 3I65A 5F2IA 2PURA 3LLDA 3UZ5A 2QDHA 3B8DA 2Z2UA 1NEYA 1KV8A 2CW6A 2TSYA 4K8EA 1SO5A 4LUJA 2J9YA 1MXSA 3QRHA 3EKLA 3S5YA 2VFDA 3HJZA 3HGOA 4Z1BA 3LHTA 1SO6A 4UCGA 4O17A 4K6AA 1HUVA 3C61A 1FCQA 4O52A 2J27A 4RR4A 2YYTA 4QIUA 4FXRA 3HGRA 5LHEA 5G2HA 3R8RA 1HL2A 4IMCA 4BI7A 2QCHA 3TQVA 4M7TA 4O16A 5AHEA 4UUIA 3SJ3A 1JRBA 4IWWA 4DBEA 2YXGA 4AWSA 4FNRA 2DZPA 4FB7A 3G1VA 3GNDA 2CFFA 2WV8A 1PE1A 5BNKA 5FEXA 4CQAA 1SZFA 1IXNA 4IQLA 3FKRA 1P5BA 1GVFA 5G4WA 4K39A 4UNLA 1L9WA 3THQA 1W5NA 4TU1A 4LV4A 2R94A 1FWRA 3W86A 1Q45A 1EEPA 3W1UA 1GZGA 1YDOA 1GYLA 1XI3A 1LBFA 1KM0A 2BSLA 2GOUA 1RQEA 3C2RA 3SECA 2NX9A 5EKYA 2WPBA 2CLLA 2FFCA 2NUWA 1FX6A 3NQ8A 3W74A 4BR1A 3GKAA 3S1VA 2NX3A 3TW6A 3O1NA 3LB0A 3D0CA 2GUUA 3NQEA 2A2IA 4FXSA 3P5ZA 3M44A 3PBWA 3CM4A 2E09A 2BX7A 4O0KA 3DAQA 4UIOA 3QJAA 3GDMA 4O13A 3A24A 2C18A 2FLIA 5J5RA 2G95A 3LI0A 5KZDA 3W7CA 3TKFA 3QC3A 1OFEA 4A21A 2WNQA 4Z08A 1NF7A 4GUJA 4ALDA 3FFSA 3CWOX 5HNRA 3HB9A 2O7SA 2ABAA 3G0SA 4LS2A 2QCLA 4LRTA 3QMSA 3FKKA 3BW2A 5LGXA 4EWND 1EUNA 3PBYA 3FYOA 3HG2A 3HMJG 4BFAA 3EX3A 1W3TA 4NJKA 1TJPA 1OF6A 3CT7A 3STFA 1QO2A 1QOQA 5KSWA 4MYXA 4RZ4A 1TV7A 3S8HA 2C13A 4HIBA 4JX6A 1TJRA 3MHGA 3LLFA 4UXDA 5HUPA 2FJKA 4FF7A 3L9CA 4GRSA 3P61A 1A5CA 3NGJA 3NQ7A 3NO5A 1KM1A 2PCQA 2X1UA 2A7RA 3PG8A 3KX6A 5DCDA 1S5VA 1N8FA 2A4AA 1KM2A 1EWEA 2V0TA 1D9EA 2FPVA 5A5WA 4LUIA 4O4VA 3B0PA 5D02A 4AWTA 3FJ6A 3GK0A 3PM6A 4XKYA 2ZA2A 3W2UA 1SR9A 3SGZA 4TR9A 2HSAA 2YFNA 4UTKA 1W37A 3DBPA 3IIXA 1VYRA 1YXYA 1IIHA 3PB0A 4LVAA 3GDLA 3C8FA 3P5YA 4TX9A 3UZJA 3LTYA 1M6JA 2O7QA 3NL2A 3LHZA 4QNWA 2OJPA 1O60A 4JTJA 4N02A 4RZ6A 4KFOA 2BLEA 1F05A 3GYEA 3EWYA 3W88A 4DPPA 5EBUA 4CNNA 2P0OA 2XN2A 1OX4B 2ZZ3A 4P61A 4RKAA 4ZQCA 1WOAA 4NJGA 3W1RA 4JYFA 2QF7A 1W3IA 4JTIA 3T40A 3USBA 1Y0EA 4ZQPA 1PIIA 1SW3A 4LY8A 5DY2A 3R12A 1YXDA 4Y96A 1YPIA 3G1HA 5KZEA 1XBZA 2GVGA 1XFBA 1Q3NA 2H8ZA 3IRDA 3BG9A 5CZSA 3IIVA 3SW6A 4UTLA 1RQBA 1W54A 3GDKA 3A23A 1QOPA 2ZRWA 5D30A 5I3HA 4O18A 2X2GA 4PL2A 3HPZA 3LCHA 5D37A 2QCNA 3A5FA 4OGZA 3CB8A 5F4SA 4IGHA 1A5SA 2J24A 2V2DA 4JTGA 3CQ0A 1W56A 3CWNA 3NA8A 4BF9A 2RFGA 1NVMA 5KMYA 5LKYA 4NJJA 1WV2A 3FLUA 5AHIA 5HWMA 3M7WA 3BO9A 3DXIA 3DH7A 3W9ZA 1G7UA 3W87A 4PTNA 3O6CA 3S1UA 1M5WA 3GZ3A 3TMQA 1L6SA 1YPFA 2CLIA 2QAPA 1G4PA 1JUEA 3W7KA 3L65A 4JX4A 4MOZA 3JS3A 4WD0A 2GQ9A 4N9BA 1DKWA 1R2SA 3L68A 4HNVA 1GJPA 4ZQRA 4K7YA 1PL9A 4ZQMA 2B7NA 1FWWA 1VCGA 4YCPA 4GUGA 3NPUA 4IX2A 3BLFA 4NXSA 3BGJA 1TCDA 1ZALA 4AHQA 2H8XA 4O14A 1J4EA 3N14A 2C15A 2Y85A 2R8WA 5H91A 4JXCA 3B04A 3DFNA 3U6WA 5FEWA 2RDWA 4MZYA 3I7RA 3W1LA 1AW5A 3OG3A 5LNUA 4XBKA 3HG4A 1T0OA 3QSTA 4MY1A 3M6YA 3OVQA 3LXAA 5AHFA 3W1XA 2W79A 4WQ6A 2QCMA 2D73A 3W3OA 3NZRA 1FXPA 2X16A 2QJHA 1NF0A 2E1DA 1OJXA 4IJBA 1W31A 5U7SA 3PBVA 5I3KA 4BI5A 4N9EA 4WUIA 5MHBA 3L67A 1SZGA 1ZY9A 4WY0B 2WSQA 3IIOA 5FF2A 3BK0A 1TPH1 3DHFA 4JYEA 4N6EA 1JUBA 2YPIA 1OFBA 3W83A 3PVFA 3SI9A 1R47A 1SW7A 4HSOA 2WNZA 1FDYA 3VNDA 1TQJA 5F2MA 3EWXA 1RVGA 4X3ZA 4UTWC 2HTMA 4O1AA 3HGJA 5D04C 3W7RA 3O16A 2GJNA 5CPOA 3PS7A 4S2CA 4HHPA 1EIXA 1EPXA 2AAMA 2OT0A 3MJYA 4GNJA 1W5QA 5EY5A 8TIMA 1FDJA 2GPTA 4DO6A 5AYYA 1QO5A 4FIQA 2VFEA 4OWGA 5K9XA 2RHGA 3EWWA 5E1QA 2B7QA 3MI2A 3PAJA 2G96A 1V7YA 5FESA 2ZRZA 4XBSA 1D3HA 5HJLA 1LRNA 4UTWA 4UFJA 3NQAA 1A50A 1KTCA 1TO3A 4MUZA 2EAWA 1TTIA 1H7WA 3LHVA 5HWNA 5HMSA 3W1MA 3NVTA 2R14A 4Z0JA 1H62A 2AGKA 1TPEA 4LVFA 3VE9A 5BOOA 4DQWA 1LLWA 3BV4A 3JR2A 1UB3A 4CNPA 1S5WA 1ZENA 1O4UA 5J5DA 3I7QA 3M41A 5K9DA 3QEZA 4R34A 3CU2A 1O5KA 2A85A 4MY8A 3MHFA 3H55A 3IGSA 2E77A 1MSSA 1HFBA 3P67A 1TPWA 3W85A 1UBSA 2Z0IA 1LROA 5BW6A 3M0ZA 1KFBA 1E51A 2EHHA 3LBCA 1SO4A 1KTNA 1WDWA 3ZR4A 3NL5A 3NQVA 1OABA 1CI1A 1EWDA 3M47A 3HF3A 2VEKA 3A21A 1FQ0A 3W2JA 1TSIA 3LCXA 5IM51 1KFJA 3E9AA 1B3OA 3PWAA 2E5BA 3OVPA 5GVJA 4Z1AA 5H2ZA 3B0VC 1BTMA 1OHLA 5FF4A 3NL6A 3WK2A 4FX8A 4IXHA 3ZFHA 1JUKA 1K7FA 3NQGA 3AO0A 1VHNA 4NJIA 2ZZ7A 3TIMA 1M7PA 3G8RA 5K4XA 3P60A 3VKJA 3S1XA 2JKEA 3EX4A 5TBOA 3TQ0A 2EPHA 5C6MA 3QW4B 2WO5A 3M43A 3KRUA 3E02A 3MYPA 3NPWA 4NNBA 3KRSA 1OYBA 4FNSA 3W6YA 1VLWA 1TPB1 1I2NA 3V1PA 4NNAA 3TXVA 2LLEA 4XTIA 5CSSA 3S0CA 3O8AA 1LM1A 4EVZA 1I2QA 5F4XA 3F4WA 1JQVA 1ME7A 5AHMA 3TAKA 2NXHA 3CC1A 3BW4A 2V8ZA 4JD4A 1EB3A 3UNDA 1H61A 4JR5A 1G4SA 2A1YA 1XBXA 2A6NA 3Q37A 1T99A 4QISA 3STCA 4K37A 1IIGA 4OV4A 4DELA 4UTTA 1YTEA 1XM3A 2QCCA 1H7NA 4L4MA 3ABOA 2C16A 4AAJA 4P2VA 4JYDA 3M9YA 4RV8A 3W1QA 1IXOA 4LWWA 4PODA 3YPIA 3DHDA 1UCWA 5CKSA 1BEUA 1KLYA 2QKFA 3W2KA 3W7PA 3LTPA 3N3MA 5D2VA 3S1WA 3SR7A 1K7EA 4LW7A 5DXYA 2YFOA 4WY0F 1GVRA 1K02A 4DF1A 1I2PA 4M7SA 1X8FA 1G7VA 4U28A 3THAA 5EA9A 1OF8A 4E0CA 1ADOA 3O63A 2E6AA 4M6QA 2XN1A 1TQXA 4I7VA 5AYXA 4O11A 1QFEA 3WJZA 4GXMA 1LOLA 3DGRA 3HG3A 1OFAA 1WAUA 3FYPA 3T55A 3S5OA 4O10A 1AG1O 5E93A 3NXFA 3I68A 3EKZA 3GLCA 1DQWA 4MFDA 3TH6A 5K3VA 4A3UA 2QDGA 5K4ZA 3JRKA 1Q6RA 1GTHA 5KTLA 3NAVA 2NZLA 2YCEA 2ZTJA 2E5DA 3EWBX 2OT1A 3TSBA 4QAIA 3IV3A 2CLMA 2ATMA 2CU0A 5DBTA 1ONRA 5G2WA 3N9SA 4X9SA 3W1TA 1H50A 5DY3A 1H51A 1SUXA 1WOBA 1KV5A 4EF8A 3L5MA 3NL3A 2A5HA 1TPFA 1JCNA 1VS1A 2ZRUA 4UMCA 5D38A 2WKJA 1R2TA 1FWTA 5FF0A 2X1SA 4LS1A 3MYOA 3NZ1A 4JDBA 4R53A 3RNDA 4AVFA 4UTMA 2C14A 5D32A 3MP4A 3LHWA 2PRLA 3TJLA 1LRQA 1RQHA 3EXTA 3SFKA 1AL7A 3VFLA 5TQLA 2ZRYA 1FDZA 4UC5A 3NEVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3Q2D A;  1SR0 A;  1QCW A;  3P0W A;  1J93 A;  5JBF A;  4NYY A;  2WVS A;  1WKY A;  3PAO A;  1J96 A;  1XIJ A;  1HKM A;  2Z28 A;  2H3B A;  2EXO A;  2ZUU A;  2G3F A;  3FXG A;  2UV8 G;  1RSC A;  1IGS A;  5A6K A;  3MUY 1;  2CKR A;  2Y88 A;  1JXJ A;  1WXY A;  4TX8 A;  3BCF A;  2J62 A;  3ENL A;  1LOR A;  3BQ6 A;  3DYP A;  2VZU A;  4NI3 A;  3M0K A;  1DED A;  1EO5 A;  4GJ1 A;  1SO3 A;  1RA5 A;  4Q8T A;  2FYM A;  1XW8 A;  2Z1B A;  3DFO A;  3B05 A;  1V3K A;  3B40 A;  4HMC A;  4MNM A;  1W9D M;  1DIE A;  4G2D A;  3SCN A;  1YLV A;  3RM4 A;  5C55 A;  5IFP A;  1GUV A;  3R6I A;  1W91 A;  3RK8 A;  5HXM A;  1XLH A;  1RLD A;  3U2E A;  4PMX A;  2YDQ A;  1QT1 A;  1U83 A;  4JTU A;  2WM0 A;  3VVG A;  4GQB A;  4R7J A;  3S42 A;  2NT0 A;  3EOL A;  3VA8 A;  3KOX A;  4Z1D A;  4IXX A;  4EF9 A;  1R9X A;  1P0K A;  1W6T A;  2CZ5 A;  3U2Z A;  3LEP A;  3CIX A;  1KGW A;  3ZWT A;  1LUC A;  2G0W A;  3MJM A;  2YR1 A;  4E5T A;  4U31 A;  1EA0 A;  2V5B A;  2FPT A;  3B4U A;  3W27 A;  3O05 A;  3CL6 A;  3KVJ A;  5CBI A;  1XX1 A;  4XD4 A; 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