3LB0A

Crystal structure of the 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 with citrate bound to the active site.
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
259
structure length
259
Chain Sequence
NLYFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPKIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords 3-dehydroquinate dehydratase
publication title Crystal Structure of the 3-Dehydroquinate Dehydratase (aroD) from Salmonella typhimurium LT2 with Citrate Bound to the Active Site.
rcsb
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus 98
structure length 259
sequence length 259
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2010-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lb0A00
5KITA 4DEFA 4MY1A 5C6MA 3PG9A 3W22A 4JGDA 1QPNA 1S3HA 4JS3A 3FKRA 1KFJA 3NQVA 1OYCA 3KVLA 4A21A 1SW3A 3W7KA 3PY2A 2ZTJA 1V5XA 2DZUA 4UTTA 3SSJA 2A7NA 4JTFA 4UTKA 2I1OA 5G1TA 1RPXA 5AFDA 4NNAA 4B5NA 2H90A 2FIQA 5EBUA 3LCFA 5AC8A 1TQXA 2ZDRA 4E38A 3BW4A 4LC6A 1R30A 1FWWA 3BG5A 1R46A 3FLUA 2B7PA 3E02A 3ZS4A 1L6YA 3NQ7A 1H7OA 3LLFA 5LHEA 3L0GA 2R91A 3L0KA 2PCQA 3G0SA 2A6NA 3DFQA 5LNVA 3W71A 3W76A 4CNOA 3S1UA 4HSNA 5HMSA 4LRTA 3USBA 1KW1A 4GUJA 1PE1A 4PH6A 4JY9A 3BO9A 4JTLA 3I7RA 3W3OA 1BTMA 1T0OA 4HNUA 3M43A 3BG9A 4IUOA 4K39A 1G7VA 3LV5A 4DBEA 2X1SA 4UCGA 1XI3A 1QAPA 5DELA 5LNRA 3OVQA 2Q8ZA 2R14A 4UTIA 1Z44A 4MFDA 3TMLA 3W7EA 4MKNA 1H5YA 4LOCA 1QMLA 1GTEA 1UJPA 2ZZ1A 4JX6A 1Z48A 3ATYA 1LRNA 2FPVA 3W7HA 2FB2A 4Z1BA 3KX6A 1VHCA 3W7PA 2WV8A 3JS3A 2WNNA 3NEVA 4JTUA 3TSDA 5I3FA 5CSSA 1KM0A 1XL9A 4GC4A 2ISVA 4MFEA 1EA0A 3HG2A 3QMRA 2GVLA 1PV8A 3GK0A 4Q4KA 4CLMA 3HGJA 1SR9A 4BR1A 3N3MA 3DI1A 1VCFA 2DP3A 1LBFA 1B3OA 1PS9A 3MBDA 3PB0A 3QW4B 4DXVA 5K2ZA 1X1ZA 3TH6A 2Y70A 4YCPA 4UMCA 1LTDA 4IXXA 5H91A 1XUUA 2J27A 4NNBA 1IXQA 3TA6A 3S5OA 4AAJA 1K7FA 2JGQA 3CLMA 5LSMA 1OFRA 2NX1A 3UWYA 4O19A 2ATSA 2GPTA 2NX3A 4TO8A 4RK8A 1GQNA 5H2ZA 2V5LA 1K7EA 3NZRA 3LI0A 3H53A 3T55A 1TO3A 1VCVA 3NDOA 5HINA 1FDYA 1LDCA 2QDHA 1AW1A 3UPBA 3QH2A 2V5BA 5U7SA 3GIYA 4LV4A 3B0VC 3S1XA 4LC8A 2RDWA 4GFSA 1UB3A 4IX2A 1Q6OA 3ELFA 3KRSA 2C13A 3ABSA 4ORIA 3W07A 2Y6ZA 1JJKA 1TTQA 3MHFA 3TSMA 2YX0A 4FHAA 3W2JA 2LLEA 3R8RA 5LGXA 1JR1A 3BW3A 4FNUA 1DOSA 1ICPA 5EKYA 1KA9F 4KKXA 1QO5A 3MMTA 1VGAA 4LS2A 2QUTA 3L9CA 4Z0SA 3TROA 1TPVA 2AGKA 3TV8A 2ZYFA 1K7XA 4LVFA 5F2GA 3MP3A 1XM3A 3UZJA 3BK0A 1W5QA 5BOOA 4UTWC 1O5XA 1N8FA 3FEMA 3LV6A 4IMGA 2BZNA 5F1UA 3W2NA 2WNQA 1TV7A 1UBSA 1TYGA 2NWRA 3C2VA 3A5FA 3HQ1A 5DXXA 3RNDA 3EWZA 4O50A 2QCDB 2OJPA 2ZRWA 3B4UA 5CGQA 2ZZ3A 3W7DA 1TTJA 1JCJA 3HO8A 4XTDA 2UV8G 4W9TA 2QCLA 3W6YA 4DO5A 1K02A 3W1RA 3VKJA 2QR6A 4I7UA 4XUGA 3DGRA 3GKFA 3TE9A 1DBTA 1O4UA 3EX3A 4JTSA 2RDTA 1U5JA 2YXGA 3FJ6A 3W1UA 3W7MA 1ADOA 1WBHA 2DZWA 1AW5A 1EUNA 1MEHA 1A5CA 1Q6LA 4LNYA 3P7YA 3GNDA 2C19A 3R13A 2WO5A 5D05A 1K8XA 3LCHA 2BX7A 3LXBA 4FNPA 4GUGA 5CPMA 4Z08A 3TXVA 1HL2A 1IIHA 1F2JA 2VELA 2DZSA 3WK3A 1ME8A 3TXZA 2NX9A 3KHJA 1TJRA 1OFOA 1RD5A 3NO5A 3NYZA 1W1ZA 4ZMGA 5HWJA 2J6XA 3NVTA 4U28A 4AF0A 1L6WA 4UUIA 5AHFA 3W7RA 1OFBA 1P5BA 3PG8A 4RZ4A 2Z6JA 5A8GA 3M9YA 5G1YA 2VFEA 4AMAA 1IXOA 3TQVA 2GQ9A 3H55A 5F4WA 4HT3A 1GYLA 3DU0A 1T96A 1G4EA 5F2MA 4MJZA 2CLKA 2WPBA 3G1YA 3I68A 4TMCA 4O1AA 1LRQA 1G7UA 1YADA 1KM1A 1ZCOA 2VEMA 3IIZA 5DCDA 2R94A 1DHPA 2CZEA 5CPNA 2E68A 1RQEA 3GAKA 4NJJA 3BPWA 3HMJG 4NU7A 3S5ZA 2X30A 4X3ZA 4DPQA 1JCNA 1H51A 1OX4A 2J9ZA 4H3DA 2VFHA 3GDRA 2FPTA 3THAA 2E6FA 5BW6A 5I3HA 1TCDA 3TW6A 3ANYA 1H7WA 1FQ0A 3NL5A 3UYCA 3LOTA 3W7QA 5KMYA 3IVUA 1SZGA 1XDLA 2GQ8A 3IVSA 2B4GA 4BF9A 3P61A 4AH7A 1OYBA 6TIMA 4KWWA 3LHTA 4NNCA 3NA8A 3R12A 4XBKA 3LERA 4R53A 3C3NA 3ZFHA 3T40A 3SI9A 3G24A 1I2QA 5FEXA 1FY6A 3U8GA 1YXCA 4K38A 2RKXA 5KTLA 3WK1A 4UFLA 3HGRA 3W1PA 1N55A 2HMCA 2E1DA 1WA3A 1KBIA 3MWAA 3NQ2A 2E09A 3MJYA 4H4IA 2VEPA 3N2XA 4ZQMA 2G97A 2DJLA 2QAFA 5HNRA 3EWBX 3S42A 5DXYA 5CPOA 1OFDA 3S0CA 5AB3A 4A2SA 2WSRA 2WJZA 3G1FA 5IBXC 3C56A 4OT7A 3DFOA 1Q6RA 1D3GA 3NPVA 1CX9A 3CQ0A 4XWUA 2HS8A 1T99A 3L21A 4K36A 4NXKA 5HUOA 3BVJA 3P62A 4H6KA 3IGSA 3G0XA 1BWLA 2XN2A 5AHEA 2DORA 4GE8A 3I65A 2ZCGA 4NJIA 1S5VA 2DJXA 2VFGA 3EX6A 4R7JA 2F7FA 1MO0A 4MLRA 5DBUA 4O10A 3IIVA 2WSYA 3PVFA 5AOUA 1J5TA 1M5WA 3FA5A 4O17A 1ZENA 1OJXA 1SO3A 1HTIA 5AHLA 2GOUA 3S5NA 2C15A 3MW7A 2A0NA 3NPXA 2KZHA 3PR2A 1WX0A 2A2IA 4UTMA 3BLFA 3P60A 1XBVA 1WAUA 4GUFA 3ZR4A 1VZWA 3INPA 4HKPA 4HNNA 5L9FA 1X7FA 2P0OA 3P80A 1Q45A 4LWWA 2RFGA 3BLEA 3LXAA 1FXPA 4IXHA 1O5KA 1XCFA 3STFA 1H62A 4MOZA 5DY2A 2Z6IA 1EWDA 1H50A 2YFNA 4CQ9A 1ICSA 4AHPA 4Y6GA 2E77A 4N9DA 2IQTA 3QM3A 2QUVA 3C8FA 1I2RA 1EEPA 3TSBA 1TPH1 3TNOA 3LBMA 4ZQCA 3JRKA 3TAOA 1ZNNA 4IPIA 4AXKA 1JUEA 2VXNA 4POCA 5LGZA 4U4MA 3EXTA 1DV7A 2BSLA 3NGJA 4G1KA 3R2GA 3F1QA 3W74A 4FX7A 3PS7A 3PULA 4GRSA 3QJAA 2YYUA 1L2UA 2R8WA 1WYIA 3QSTA 1ZY9A 4OQVA 5LHFA 3L5LA 3S5YA 2A85A 5D37A 3N73A 4RXFA 3N19B 3PBVA 3LX9A 4OV9A 1FWSA 3M6YA 4NJGA 5CZTA 4DBDA 5HQEA 1W54A 3G1XA 3I6RA 5K9CA 4Z1CA 4N02A 3P8JA 3K30A 4HN4A 3L2IA 4MZYA 3JR2A 5F1VA 3W1LA 1H1ZA 1GT8A 1W5OA 1S5TA 2H3DA 3LXCA 1ME7A 2Z0IA 4EVZA 3OG3A 5E1QA 1QO2A 2VEIA 4BI7A 1EPXA 3GX9A 2YW4A 3M5YA 2ZA3A 4ADTA 3TMQA 1GJPA 2XN1A 5TIMA 1SUXA 5I3GA 4M7SA 3BLIA 2EHHA 3GNNA 1D9EA 3CTLA 1Y0EA 4N6FA 4M19A 1GWJA 4UR8A 5D2YA 3W9ZA 2V2HA 2QF7A 1KTBA 5FF4A 1W31A 1W5PA 1FUYA 4XQ6A 1B9BA 3OBKA 2QCCA 1ONRA 4EWND 1YTDA 1ICQA 1Z41A 3TK7A 4ADUA 4JR5A 2GUUA 3M0ZA 2OT0A 1T8XA 4N6EA 4JX5A 3W73A 4Z1AA 4HIBA 4PFMA 4C1LA 2I9EA 5LZLA 4I7WA 3L68A 2CZDA 1LZOA 3P74A 4O57A 3GXTA 4X22A 2Y7DA 3DZ1A 4LVGA 4DO4A 1OYAA 1ZAHA 3L5MA 4P61A 5LNUA 2YPIA 4AWTA 3C52A 4FXSA 4RZ5A 3UY7A 4UNKA 2ZZ4A 1L9WA 4JTEA 3W7IA 4UTUA 4JYDA 4NT0A 1LM1A 1TPUA 3OEXA 4LU0A 4LT9A 4IJBA 2AAMA 1Z42A 1OFAA 1H63A 4S2CA 5D38A 2YSWA 1GPWA 1JCXA 1GZGA 3L67A 1HG3A 3TX9A 4D2JA 1FWRA 4WY0A 5K9XA 3CWOX 3O6CA 4UTLA 2WSQA 3SGZA 2GVGA 4LS0A 2QCHA 3QQ1A 1AW2A 1SW0A 2JKEA 1OFEA 1PCWA 4RX0A 2PRMA 3LHWA 3W83A 5G2WA 2Q3RA 2JKAA 1B4KA 3C61A 2V81A 3TFXA 2Y89A 2AQWA 4JICA 3H54A 3WJSA 2ZA2A 4RKAA 3W23A 2W79A 2CLOA 4C1KA 3C2OA 3W84A 4BFAA 3S8HA 3KRZA 4QIUA 3VE9A 3C2RA 3CIXA 4O53A 5FEZA 2ZZ6A 3DHDA 3BGJA 1VYSX 4DF1A 3N9SA 1SFJA 4QITA 5KZMA 3NQDA 3M5VA 1EP2A 2ZZ7A 4FNSA 3QMTA 3NAVA 3GVGA 3RLUA 2B7NA 4WJEA 3PBYA 1XFBA 5C5YA 1SO5A 1G69A 1LLWA 3Q2DA 3P82A 5BMXA 3M47A 4YL2A 2B0MA 2E6YA 4IMEA 4FO4A 5G5IA 3A9IA 3N9RA 3W2UA 3WK0A 3G8RA 2V30A 3MHUA 1EUAA 3C2FA 1DKWA 4QNEA 5AHIA 1Q3NA 1LRTA 2QKFA 1F76A 1KTCA 5FEPA 3NQFA 1FDZA 3KAOA 3TKFA 5CZ0A 3LTSA 1KFEA 1G6CA 4WUIA 5CKSA 1SQ7A 2YGYA 2JKPA 3DKLA 1JUKA 3QYQA 4O0KA 3VI2A 4MUZA 4FX6M 2QCFA 4ZZ9A 1W8SA 2QUUA 5L6UA 3UWZA 4A29A 4GWEA 3EX2A 4WQ6A 3SGUA 2ZRYA 4FX8A 1PIIA 4N9CA 1EP3A 4N4PA 1WXJA 1FCUA 3A23A 1JQVA 3C4UA 1OHLA 1XBYA 2ZRVA 2O7SA 4P2VA 2NWSA 3KFTA 5KINA 5IBXA 4DF2A 3EWUA 5AHNA 2ISSA 3L65A 5DLCA 2CFFA 3NQ6A 1KFBA 3UWWA 1QPOA 1LBMA 4UXDA 2Q3OA 2X1TA 3MI3A 3MP5A 2ZRZA 3P67A 4QM1A 2YR1A 3ATZA 1HO1A 4Q33A 2JK2A 2VEKA 2W6RA 4MLJA 3G22A 1LCOA 1TSIA 3EWYA 3IRDA 1WBJA 4BK9A 5AC7A 1NSJA 2HTMA 8TIMA 3NOEA 1M7PA 2E6DA 3HG3A 4RXGA 1QOQA 4GUIA 1KV8A 2V2CA 4RLIA 3LCIA 4NXSA 3QZEA 1J2WA 3P5YA 2A7RA 1GVOA 3SY5A 4CCEA 1O95A 1VH7A 3ZWSA 4ADSA 2CLEA 2DU2A 4OBTA 2G5WA 3ABQA 1SZFA 2Z2UA 4RV8A 1O60A 2VFFA 3HPZA 4O11A 1TV8A 1W56A 4JTKA 4R34A 3F4WA 3T78A 2E5CA 1Q6QA 2NV1A 4UFJA 4HNTA 4M6VA 3W7CA 2ZZ5A 1THFD 4XZ9A 4LRSA 5K9DA 3HPSA 1C29A 2A1YA 5D30A 4N9BA 3W1MA 3DKJA 5KZEA 3OVPA 1LBLA 3QF0A 1H7NA 2PE4A 1TPDA 1LLZA 1KFKA 3LBCA 2QCEA 1GVFA 3KRUA 1YYAA 3G1DA 3VCRA 2H8XA 3STCA 1GOXA 3TIMA 3TQKA 5HULA 1I2PA 4CNNA 1FDJA 1HUVA 3FOKA 2OT1A 2FTPA 2NUXA 5E0KA 2NXGA 3QW3A 3STEA 3Q37A 5HUPA 1VJIA 4O18A 4E2DA 1W3NA 4WZHA 1VC4A 3LLDA 1TRDA 2GVJA 4O4VA 5FF2A 1W5MA 2BTMA 1SSGA 1I8JA 1R2SA 1N7KA 5FF7A 4LUIA 4UFHA 3C2EA 5G2HA 1RR2A 3NG3A 3GR8A 3PB2A 3QSRA 4XBSA 3W2LA 3LCLA 5U4NA 4A2RA 3S1VA 1H61A 1W3IA 4RJEA 3LB0A 2PC4A 3NQEA 1NFBA 1L6SA 3RK8A 1J4EA 3M41A 3CHVA 1F5ZA 1VRDA 3FYPA 3AJXA 4XKYA 4PCFA 1K3UA 4BI6A 3B0PA 2A7PA 2CLFA 1ZAIA 3G3MA 1UASA 3PUOA 4O15A 2EGZA 4ZL1A 3W86A 2ISWA 4UMAA 5D02A 2X1RA 2ABAA 5D2TA 1OK4A 2Y61A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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