3NNT | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	257
structure length	257
Chain Sequence	YFQSNAMKTVTVRDLVVGEGAPKIIVSLMGKTITDVKSEALAYREADFDILEWRVDHFANVTTAESVLEAAGAIREIITDKPLLFTFRSAKEGGEQALTTGQYIDLNRAAVDSGLVDMIDLELFTGDDEVKATVGYAHQHNVAVIMSNHDFHKTPAAEEIVQRLRKMQELGADIPMIAVMPQTKADVLTLLTATVEMQERYADRPIITMSMSKTGVISRLAGEVFGSAATFGAVKKASAPGQISVADLRTVLTILHQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	3-dehydroquinate dehydratase
publication title	Insights into the mechanism of type I dehydroquinate dehydratases from structures of reaction intermediates. pubmed doi rcsb
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus	89
structure length	257
sequence length	257
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date	2010-06-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01487	DHquinase_I	Type I 3-dehydroquinase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3nntA00

1YADA 3L21A 4N6EA 4PH6A 4NJHA 3DFSA 5HWJA 1ZHAA 2EF9A 4TR9A 4UTMA 1DBTA 3HF3A 3WK3A 3BG9A 2V82A 3W3OA 4ORIA 1SZNA 4ZMGA 3FYPA 1A53A 3I7RA 3NR0A 3VE9A 3WJZA 5LZLA 3KHJA 3RLUA 2DZPA 3HIJA 1TV8A 1ZENA 4ADTA 3W76A 3EX6A 2V0TA 3KVLA 1LOLA 1SO6A 1Z44A 2J6XA 2XN2A 1S3HA 3NQFA 3M5YA 2A4AA 3SGUA 2B4GA 1RPXA 3W7KA 3LLFA 4YCPA 3B05A 1X1OA 5AC8A 2FB3A 5HULA 3P82A 5K9DA 4ALDA 1OG0A 2VELA 2V81A 3M5XA 1SR9A 1G4SA 2ZDRA 4O17A 1FQ0A 1K8ZA 1M6JA 3TX9A 5AHIA 3DFTA 4LS0A 3TNOA 2E5BA 4JR5A 4AMAA 3F03K 4AAJA 1EUAA 1SW3A 4LUJA 5CGQA 5D05A 3T55A 4O18A 5AHNA 3L5MA 1SW0A 3MHFA 2E68A 1GYLA 5I3JA 1EX5A 4FB7A 1QPRA 5K9XA 2NZLA 4JGDA 3QM3A 5G2IA 5FEWA 1IXNA 3RK8A 3MUXA 4JX5A 3B03A 3W2UA 5I3IA 1SQ7A 5CZJA 5LNSA 3R89A 5DN1A 1ZAHA 1NFBA 1YLVA 3BV4A 3SW6A 3CEPA 2QEZA 2ZFAA 1TPC1 3BW2A 2QCEA 3TDFA 4R7JA 1D3HA 3INPA 5TIMA 3S9YA 4LVAA 3UWUA 1JQVA 3VE7A 4NNAA 3PSVA 2WSRA 1QO2A 5BMWA 3W1PA 2E09A 2A1YA 3IVSA 5FEZA 3CWNA 1GPWA 4BWLA 2OT0A 4GWEA 5G1YA 4UTIA 5F4SA 5CPMA 4TX9A 2P1FA 3CB8A 1IGSA 1SPQA 3I7SA 5DBTA 4EIVA 3NQEA 1TTIA 1TPWA 2PRMA 4QQ3A 3WFAA 5C2XA 3V75A 5K9CA 4WQ6A 3S5YA 4X9SA 5I3KA 5K4XA 5LNVA 4CQAA 5J5DA 4HPJA 1GG1A 4M6QA 4IXHA 3C52A 3E49A 5TQLA 2PRHA 2Q8LA 3VNDA 2FTPA 4UFIA 4XTDA 1QPNA 3ATYA 3GB6A 2AGKA 4E2DA 2WOQA 4CQ8A 3EB2A 3DU0A 2ALDA 1X1ZA 3DKJA 5FF7A 1EP2A 5CPOA 1ME8A 4FIQA 3GR7A 1XUZA 2ZZ3A 3B4UA 3M6YA 1LBMA 4HNVA 4RKAA 4NJKA 4LT9A 1F73A 3WK1A 4OGZA 3OBKA 1I4NA 2G95A 3W7LA 2QCHA 4X2RA 3CIWA 3PSWA 5LNWA 1Y0EA 1XM3A 1DQXA 2IQTA 3VI2A 2YXGA 4EF8A 3DZ1A 4GFSA 3GDKA 4S1FA 1G4PA 4I7VA 5G4WA 3QMTA 4NX0A 2CWNA 1PCWA 1A5BA 4LRSA 3GK0A 4GUGA 4L4MA 1W31A 2X1UA 4MZYA 4AB4A 5LHFA 3TJLA 2QCCA 1T96A 5D2WA 2WO5A 3G8RA 3M16A 3M41A 4DO5A 4O12A 3PBVA 3S5ZA 1LDCA 3S6DA 2QCDA 3K30A 3NPVA 4IOTA 5CKSA 4O16A 3P5YA 3TR2A 3O6CA 1ME7A 4FHAA 4HNNA 4ADSA 2E6DA 4K39A 1JCYA 2C18A 3W7EA 4O11A 2QCLA 2VOMA 2YGYA 3MJYA 3ZR4A 2ISWA 3A5FA 1OYCA 3LHVA 1I45A 4E2BA 4QIUA 1R2RA 1SUXA 2O7QA 3TMLA 1X6UA 3W72A 4K6AA 4ONVA 1O94A 2WKJA 3HPZA 1L2UA 5G2WA 4RR4A 4L4LA 2E77A 3G1VA 3SZ8A 1GG0A 1A5AA 2QCNA 4M5PA 3SIZA 4Q32A 4AHQA 1ZFJA 1ONRA 2Y6ZA 5CSSA 1VYRA 3CQ0A 4QM1A 1W3TA 3LGEA 4HPXA 3L66A 2A7PA 1OX4B 5BNKA 4N2YA 4NU7A 2P0OA 4N9EA 4O8RA 4HIBA 4BR1A 3DXIA 4PTNA 4WXZA 2JGYA 5BMXA 1H7NA 3SSJA 4LV9A 3G18A 1Z42A 3G3DA 1EPXA 5HWNA 4JS3A 1T0OA 1FX6A 1P1XA 5DLCA 5HUOA 3UPBA 1JULA 3NQ6A 5HINA 3MMTA 1XI3A 1OK6A 4XZ9A 1Z48A 2GQAA 4IXXA 3I68A 4WX2A 4DO4A 2FFCA 3SGZA 1IF2A 1SZEA 1YXCA 2CLLA 5DY3A 3G1SA 1EP1A 3LCLA 4BI5A 4HNTA 5F1UA 1O95A 3TH6A 2XN0A 1H7PA 3M5ZA 1KM2A 3GDLA 4JTSA 5E1QA 1W1ZA 3KX6A 1WOAA 4MYAA 4OWGA 4S2BA 1TPUA 3LHZA 3QH2A 3W22A 2R94A 2ZZ5A 5D09A 2CLMA 3P8IA 3SJ3A 1W5OA 2B0MA 5G2HA 4PA8A 4BFAA 4JTJA 4DPQA 3GDMA 4C1LA 5BOOA 4H4IA 3PB2A 2DJXA 1OFOA 3UQNA 2VEMA 4LC6A 4O28A 4HSOA 1VH7A 3W1NA 3PS7A 3NNTA 3LCHA 2CLIA 1H60A 4NXKA 1IXOA 2UV8G 1SO3A 4DELA 3TQ0A 1Q6QA 4XTIA 3IIXA 2G96A 4LU0A 5KSWA 4DQWA 4N4QA 4LOCA 3DFPA 2D73A 5FESA 3B04A 1WOBA 3PG9A 1H63A 1PS9A 2LLEA 4LNYA 3STCA 4FX8A 4ZQRA 3GXPA 4U4MA 4RX0A 4NJGA 3P61A 4O57A 3W7IA 5I3GA 1LBLA 3S1WA 1KM0A 2HMCA 3NQMA 3PC0A 4JTFA 3NPWA 1JUEA 4MFDA 3HB9A 2C0AA 5HMSA 4IMFA 3G1HA 1IXPA 4UTWA 2ATMA 3ABRA 3EWWA 4AF0B 1I8JA 1VHCA 3W1TA 1GQNA 2CZDA 1KM1A 4AWTA 3HO8A 3O8AA 1P0NA 3PBUA 5FEPA 1QO5A 3R13A 3BW3A 1L6WA 4AWUA 2GVGA 3P67A 3RFAA 1DJNA 3NM3A 3FKKA 1NVMA 3QZEA 2ZRVA 3QEZA 3H53A 4M7SA 1GTEA 4GUHA 2KZHA 1FY6A 2V30A 4JYFA 5J5RA 3S5NA 1VJIA 2Q3OA 1WV2A 2CZFA 4UNLA 2OZ0A 5AHEA 3ZWSA 1PIIA 2C16A 3CWOX 2J9ZA 1EP3A 1G6CA 5HJLA 3TU9A 1VCGA 1DJQA 2FPTA 3LCFA 4O50A 3TCEA 2FJKA 4RJEA 5AHLA 1QCWA 4LS1A 1W3NA 4H3DA 4RXGA 4DF2A 3QF0A 2VFGA 5L6UA 4LVBA 5AYYA 3UWYA 4XKYB 5U7SA 1I2OA 4RZ4A 1DOSA 1G69A 4PL1A 1S5TA 4QNWA 2QCGA 3LOTA 4CNNA 3IGSA 4UTHA 4IPJA 3M44A 1EA0A 4MY9A 1W37A 1ZAIA 2PCQA 2B7QA 3I7QA 3PULA 3W6YA 4LY8A 1EWEA 1JJKA 1D3GA 4BWLC 3LXAA 4UFLA 5E93A 4A2SA 1BKSA 1VGAA 1OF8A 1VYSX 2ZRUA 3STFA 3HQ1A 4DXVA 3IVTA 4OV9A 5MHBA 1TRDA 4LC8A 4UXDA 3BG3A 3W83A 3DH7A 1HTIA 2B7OA 3EX2A 4P61A 2BLEA 3HGRA 3FJ6A 4UUIA 4MOZA 2VEKA 3SI9A 2EKCA 2J27A 3N9RA 2QJIA 3P84A 2E6FA 4LTSA 2FDSA 1CX9A 3UWWA 1LCOA 3W71A 3EX1A 1EWDA 4MJMA 1LM1A 3IIOA 3HG3A 3ABSA 1BWKA 3DHFA 1QMLA 3S1UA 4ZZ9A 3KRZA 1KM4A 2JKAA 1LLWA 4QITA 3F4NA 1RQBA 3DHDA 4IX0A 3THAA 4PL2A 4Z1CA 3JR2A 3GX9A 4MFEA 1YPIA 4JX6A 1VRDA 4O54A 3A21A 2NX3A 2HS8A 2ZZ6A 5D04C 1YXYA 4FX6M 3G0UA 1VPXA 2XFWA 4Y90A 2JBMA 1KFEA 3BW4A 5HNRA 1FWTA 3BGJA 5F1VA 5CZSA 3TA6A 4O14A 2NWSA 4M7TA 5F2LA 1O5KA 3GVGA 1LBFA 5H2ZA 1XDMA 2C19A 4N9CA 1VC4A 2J9YA 3N9SA 1JRBA 1X8FA 1ML1A 2ZA2A 1Q6LA 2VFEA 3EWUA 4JTLA 1YTEA 2VFIA 2RDTA 3T44A 1L6YA 1K02A 1OK4A 3W1RA 3QMRA 1ZCOA 1MZHA 3N2XA 2OMAA 2Y7FA 1TQXA 3LHYA 3P74A 4NZJA 3KFTA 4HT3A 4JD4A 3O05A 4WUIA 1SO4A 3NQ7A 3CEUA 5HUPA 2V2CA 1KV5A 3QPYA 4MLRA 2C14A 1TPFA 3C2VA 5K4ZA 3SR7A 1PHQA 3B8DA 3GAYA 5EKYA 1P0KA 3GDRA 3A5VA 4AHPA 1DV7A 4WJEA 4MIMA 3TSBA 1Q3NA 2DZSA 2ZRYA 5HR6A 5F2GA 2B7PA 1RV8A 3CC1A 3TROA 4FF7A 2ZZ7A 3TW7A 3W74A 4KFNA 4AEOA 1FCQA 3P7YA 1I2QA 1EIXA 1Z41A 3CTLA 4NUWA 4S2CA 4WY0A 1EUNA 4I9AA 3JS3A 3LTPA 1M7OA 1RD5A 4MZ1A 5D32A 2Q8ZA 2ZZ2A 1L6SA 3LX9A 5IBXC 1ZALA 2JKPA 3OEXA 2V8ZA 3NQCA 3NQ2A 3C56A 5DBUA 5HR7A 2YZRA 2EGZA 1G4TA 5AN7A 5FI8A 3U2OA 3NXFA 1W3IA 4IX2A 2VFFA 1KM3A 1AG1O 5EA9A 3BGGA 1BWLA 4E0CA 4NQ1A 1FWSA 2H3DA 2NUXA 2QCFA 3CHVA 3DBPA 1FXQA 2BTMA 2ABBA 3LV5A 3MYOA 4IJBA 3W85A 2W6RA 1SFLA 1PHWA 1LP6A 1NF7A 1ME9A 1QNVA 1DORA 3S42A 3NQDA 3G3MA 3MO7A 4PFMA 1K7FA 5A8GA 2C3ZA 1XBVA 1HG3A 1B9BA 5FF3A 1QWGA 3G1DA 3OG3A 4OV4A 5C55A 2VENA 1ZJIA 3PAJA 1XDLA 2YFNA 3KVMA 1TPDA 4DF0A 3FFSA 3STEA 3R2GA 1TSIA 1TCDA 1QDSA 4YMZA 3OVPA 4JDYA 3W7MA 4WOQA 1LTDA 1Q6RA 1LRQA 3ANYA 1KM6A 3QPZA 3G1YA 4LW7A 1KBIA 3UD6A 3DKLA 3HMJG 1IIHA 4PEKA 1NF0A 4AH7A 7TIMA 4UTTA 4LUIA 3LCIA 3KVKA 5K7JA 3LM7A 4EOUA 1O5XA 4XBSA 4A21A 5H91A 4Y6GA 3NYZA 3O6YX 4UFMA 4GUFA 3GNDA 1K8YA 5LHEA 1UBSA 5G4EA 1TTJA 1ICSA 3M7WA 1XFBA 4UTJA 1JQXA 3G0XA 4CCEA 4O52A 4YCOA 1XUUA 5KINA 2ZZ4A 1GVFA 4KFOA 2QCDB 2Z0IA 4BI6A 4U28A 3IGUA 2VFDA 1G7UA 4NZFA 1FDYA 1ALDA 1SO5A 5D02A 3UXAA 5GVJA 3THQA 1H7OA 3UYCA 3ABQA 3M9YA 1YPFA 1SW7A 4OU1A 2WPBA 3T4CA 4MY8A 2W0UA 3IVUA 5AYXA 3TFXA 5L9FA 4X22A 1JRCA 2V2HA 4N9BA 4PODA 2YFOA 3QQ1A 1A5CA 1O4UA 1TPEA 2VKZG 1F74A 3MP5A 4ZQNA 2BZNA 1VR6A 3N2MA 3SECA 1OFBA 4JTUA 3HPXA 1S5VA 3UWVA 4IWWA 3P60A 3ABOA 3HG4A 3O06A 4QISA 4K36A 4ZQCA 4FNUA 2E5CA 1SSGA 3KVJA 3CT7A 3NQAA 3S5OA 5LKYA 4RCXA 1LOSA 2X1SA 3AO0A 4FNPA 3T7VA 1JCLA 4E38A 4UFKA 3PM6A 3IIZA 4TU1A 4ZQMA 1F7BA 4UMBA 2I1OA 1XL9A 3V1PA 2NV2A 4MZ8A 3M5VA 1LLZA 3U6WA 3P80A 1NSJA 3G1AA 4NVTA 1TV7A 4RZ6A 1G67A 4IMDA 1QPQA 3EXRA 3B0VC 3GDTA 4CQ9A 1ICPA 1KFLA 2HS6A 4NX5A 5D38A 3C8FA 5LGZA 1T99A 5EMUA 3DAQA 3HOJA 5CZTA 4PCFA 4MKNA 3BO9A 1NEYA 1R30A 3C0JA 1BEUA 2QDGA 1FXPA 1Q6OA 1C9DA 2Y63A 2QCMA 3A23A 2Y85A 1FCUA 3DGRA 3N34A 1FCVA 1W8SA 4R33A 3NZ1A 4O4WA 1THFD 3W7RA 3ATZA 2TMDA 3G24A 5AHMA 4ZVJA 1WBHA 5SWUA 2O7SA 3EKZA 4XUGA 3NAVA 3FKRA 4FNSA 3NL3A 4EF9A 5I3HA 2BWGA 3W86A 1QAPA 1YTKA 3LRLA 3UZ5A 2R91A 1XBXA 3LXBA 4K38A 1OABA 3E02A 1J2WA 3WJXA 4GJ1A 4NXSA 4K7YA 5EPDA 3A22A 2Q3RA 3DI1A 1R2TA 4M6PA 4HHPA 1AW2A 3O15A 1PCKA 1ADOA 3QSTA 4EWND 4UTKA 4K37A 3PBWA 1KBJA 2NUYA 1AL7A 3W88A 2WJZA 4WXYA 3ZWTA 2WNQA 5EY5A 3EXSA 1FWRA 3WK2A 1WBJA 4AXKA 4MUZA 5EL1A 1F2JA 2TSYA 4IPIA 2EPHA 1H50A 1FWWA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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