3PBW | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	219
structure length	219
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLNTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
publication title	Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site. pubmed doi rcsb
source organism	Methanobacterium thermoautotrophicum
total genus	85
structure length	219
sequence length	219
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-10-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3pbwA00

1W0MA 3G3DA 4XBKA 3NPVA 4UFLA 1PCKA 4HKPA 5AHFA 4GRSA 2R14A 4DO6A 5FEXA 4RR4A 4KWWA 4POCA 1F7BA 4HT3A 1J5TA 3EWWA 3I7QA 2ZZ6A 5LHFA 2Z6IA 2QJGA 4UTLA 3QM3A 2LLEA 1ZAHA 2DJXA 3IIOA 3LI0A 5AHNA 4UTKA 5I3JA 3LGEA 4WXYA 2HMCA 3L66A 5KSWA 1LOSA 1T99A 3TJXA 4R7JA 1U5JA 1VRDA 3HO8A 2DORA 4HPXA 7TIMA 4UR8A 3HPZA 2E68A 1MSSA 3IGXA 3FYPA 3MP4A 3LCWA 5DXXA 2Y70A 1QO2A 3QPZA 3W23A 3W84A 3NPWA 4UCGA 5DCDA 3O8AA 3FOKA 3S5NA 5KZEA 3NPXA 3UNDA 4LS1A 4FNSA 1GYNA 5D03A 3IV3A 4JTUA 3SR7A 2G96A 3W7GA 1TRIA 4UTJA 2XFWA 1GVQA 4FNQA 4Z1CA 1OF8A 4PL2A 1OFEA 4XZ9A 3PM6A 3TU9A 1H7XA 3EWUA 3G1XA 4UXDA 1EP1A 3DFPA 3DI1A 3E49A 4AF0B 5C5YA 3W2UA 2DP3A 1EX5A 1S5WA 3W7IA 1LCOA 5HR6A 3G1VA 4WQ6A 4PODA 3FIGA 2CLEA 1GT8A 3W22A 3NQAA 1M7OA 3NZRA 1FUYA 5FF0A 3NQ8A 3HG5A 1WA3A 3TXVA 5D2XA 1XBVA 1OG0A 1ADOA 4EF9A 1W1ZA 2V2CA 2BXVA 5EA9A 2V5LA 3S1XA 3R8RA 2ZRZA 5K4XA 4JYFA 3W9ZA 1EIXA 3G8EA 1AK5A 3TC7A 4RXFA 3IGSA 4I7UA 4AXKA 4K7YA 3NQ2A 3DAQA 3M5VA 2AAMA 3HGSA 3DFOA 2RKXA 1PV8A 3ABSA 3NQ7A 4LV9A 1A5AA 1W31A 5D38A 1XUUA 3UZ5A 2ZTKA 3E0IA 1I2NA 1RQHA 5AOUA 5EPDA 5K9DA 4UTTC 1FQ0A 4JTSA 1IXQA 1D3HA 5KZMA 3W7DA 1XCFA 3NGJA 3T40A 1OJXA 2NXGA 4I7VA 4O15A 5HR7A 3I7SA 4QNEA 5E93A 3W71A 3TIMA 5LZLA 2H6RA 4MOZA 3UZJA 1W5NA 3VNDA 3G1FA 3HB9A 4DBDA 2OMAA 1VQTA 1CW2A 3EEGA 1RR2A 3NL3A 4WOQA 4CNPA 5AC6A 3JS3A 4NJIA 3NQDA 1VHNA 3CHVA 3C2OA 2ATMA 3HG3A 1QOQA 4ZQRA 2CZEA 4FIRA 4DPPA 3H54A 2J24A 5D2WA 5DELA 1VJIA 2NWRA 3C2RA 1LBFA 3UXAA 4LT9A 1PL9A 3P67A 3LERA 1F74A 1R46A 1F2JA 2GJNA 3QH2A 4IX0A 1H51A 3W73A 2FPYA 3W7OA 4D2JA 2CLMA 4K39A 1PCWA 2DZSA 1Z48A 2DZXA 2Q3RA 3FKKA 1FY6A 2Y62A 3BW4A 1D3GA 1KLZA 4JYDA 1SFJA 3HPSA 3LRKA 1GZGA 3CU2A 3G0SA 1H62A 4AF0A 1PS9A 3M7WA 5BNKA 1K03A 4MKNA 2YDAA 4O13A 4LVAA 2E77A 2WJZA 2QCEA 2TPSA 4QIUA 5AYZA 4IWWA 1VLIA 1S5TA 3P7YA 3AO0A 4JX5A 3KXQA 1TV7A 2WSQA 3PF3A 1WOBA 3CLMA 2QUVA 3TW6A 5L9FA 5CSRA 2CZ5A 3Q58A 4HNTA 3SW6A 1FBAA 1LLZA 4IUOA 3Q94A 3GB6A 2Y7GA 4IMGA 2WSYA 1TPC1 5H2ZA 1SZFA 1QPRA 2HS8A 4S1FA 4GUJA 2QCMA 4BWLC 3SZ8A 3M9YA 3B0VC 3BLFA 5HUOA 3M44A 2A1YA 1T96A 3G22A 3EX2A 3SI9A 3CPRA 2V2HA 2WSRA 3MUXA 2EF9A 1H63A 4JEQA 4EOUA 2V9DA 4JTEA 2QCDB 3TJLA 4TIMA 3PULA 4JTHA 1QFEA 4N9EA 4MPQA 4Y96A 1SO4A 4UTMA 1I45A 4TX9A 1ICQA 4PC8A 2PURA 2W6RA 3RU6A 2ZFAA 1V7YA 1G7UA 2BZNA 4NJHA 3W7PA 3LM7A 1TTQA 3CWNA 3W1UA 2JGYA 4LU0A 1LRNA 3NQ6A 5K3VA 1KFLA 4OV9A 3INPA 2X16A 4GE8A 2DZPA 3O16A 3PBYA 2GVLA 3STFA 3N9RA 5KTLA 4Q33A 3M41A 2VEIA 3BGGA 3IIZA 4ALDA 1I2OA 1LTDA 3IRDA 1FWSA 3WK1A 2CLIA 1KBIA 5SWUA 3GKAA 4HNVA 3LCXA 3NQCA 4JNMA 3GZ3A 4GUHA 2Y6ZA 4LVBA 5K4ZA 3EWBX 3G1AA 2CU0A 2NUXA 2FB2A 3A5VA 4Z0SA 3GNNA 4ADSA 2OZ0A 3F4WA 4O16A 1O5XA 3BARA 4ZQCA 2Y88A 1ML1A 4UTHA 3OVPA 2B7PA 1H60A 4WY0B 2VFHA 1OVDA 3BVJA 1RVGA 2H3BA 2IQTA 5K9XA 2ABBA 1YDNA 3SIZA 2QCFA 2J9ZA 3UD6A 2V2DA 4FXRA 3HJZA 1X1ZA 2I9EA 5F1UA 5D02A 2YPIA 4Z1BA 4OQVA 4LC8A 4JYEA 2WNQA 2NXHA 3QYQA 1TJPA 3W72A 1L9WA 1B4KA 5F4SA 1UUMA 1P0NA 3MP5A 4GFSA 3TH6A 1QCWA 2A5HA 3W3OA 3E02A 5D32A 1JQXA 5CSSA 5BOOA 1C9DA 4HHPA 5FEWA 2ZZ1A 2GVGA 3C8FA 1KV5A 5HINA 1GG1A 1MEHA 3M16A 2WOQA 4K38A 3P8IA 3A23A 3QC3A 4S2BA 2YYUA 3N73A 4QJ1A 4O4VA 2NUWA 3W2KA 3W1QA 4BWLA 3LHZA 3C61A 4JXCA 3P60A 1JRBA 1FCBA 2J88A 1N8FA 5FEZA 2QCDA 3M47A 3PBWA 2A7PA 4JX6A 4KFOA 2ZZ3A 5G1YA 2E6AA 1OHLA 1I8JA 3A5FA 4BF9A 4IMEA 2ZDRA 4O18A 1W5PA 3CT7A 4NJKA 3P5ZA 3S5OA 3ELFA 2VEMA 3EX1A 2TSYA 4YL2A 1A5CA 5EMUA 4OHQA 3FFSA 4HNNA 4IMDA 3TFCA 1H7OA 1KM5A 4AEOA 5AYXA 2V81A 4BI5A 4JTIA 1K7XA 4GWEA 4NNBA 1IXOA 3R12A 3M5ZA 4A3UA 1KM6A 1TQJA 1W8SA 4CLMA 1QOPA 1TO3A 1EUNA 4LTSA 4NT0A 1LDCA 3CIWA 4N2YA 1ZJIA 3G1DA 2NWSA 2HSAA 2X1RA 3TX9A 3O07A 1J4EA 4IJBA 3ABRA 3H53A 3NR0A 3JRKA 3P8JA 3RMJA 5H91A 4Y90A 1X1OA 3P81A 1JUBA 4CCCA 3MW7A 1AW1A 4LS0A 4C1KA 4JS3A 1FWNA 4YCPA 3PUDA 3FJ6A 2EPHA 4JR5A 5DBUA 1NFBA 4WY0A 2VEPA 3HPXA 3TQ0A 4JY8A 3ANYA 4NNAA 5HJLA 2FFCA 2QAPA 4JGDA 3LB0A 5DN1A 4OT7A 1ZFJA 3GXPA 2V82A 3P5YA 1TTPA 1RQEA 3DU0A 1VZWA 3NXFA 1W37A 3DKJA 2Q3OA 3CB8A 3U2OA 2DJLA 3TNOA 2ZZ7A 3O06A 1S3HA 1LM1A 5D09A 3GX9A 5K7JA 5TQLA 3G1YA 2I14A 4TU1A 1VCGA 1L2UA 2C0AA 2V0TA 2H3DA 2E5BA 1G7VA 1O95A 2VFDA 4N4QA 4N9BA 3UWZA 1LOLA 3F03K 5HUPA 4MY8A 1O5KA 1KTNA 1K7FA 1H7NA 3W7EA 1OFBA 3RLUA 2QJIA 4FIQA 5AHEA 4YLWA 3O63A 3HQ1A 3D0CA 2E6DA 4ADUA 3G0UA 3LI1A 4DPQA 4O17A 1PVNA 5DY2A 2A6LA 4WY0F 5K9CA 2W0UA 1UJPA 5FF2A 3E96A 4MIMA 4PEKA 2CLOA 1QPQA 2AGKA 1BEUA 3S1VA 2Q8LA 4LVDA 3MYPA 5MHBA 4CNOA 1RPXA 4GXMA 3W7CA 3THQA 2ZBTA 4O1AA 1MO0A 1Q45A 3DFSA 5U4NA 4FEZA 4CNNA 1GTHA 1XM3A 3OG3A 4O52A 4K8EA 1VYRA 3CEPA 3W7JA 2FTPA 4WZHA 5EBUA 3DFQA 3T7VA 4U28A 1AL8A 1OFQA 1VR6A 5EYWA 4FX6M 5GVJA 3NQMA 2Y7EA 2QKFA 3W7KA 4UFJA 5HNRA 3S1WA 3W2LA 2JGQA 1XC4A 1A5BA 4Y6GA 1KM1A 3NQVA 2OCZA 3MBFA 3N2MA 3O1NA 3KVMA 5FF3A 4AHOA 5I3FA 2FB3A 3TW7A 4R53A 2JBMA 5HMSA 4CCDA 4PTNA 5AC7A 1ZY9A 1SPQA 3MI2A 5I3HA 4Z1AA 3LOTA 1IXNA 1W3IA 2BTMA 4QISA 3M5YA 5HULA 3WJYA 4JTLA 3QMRA 4O0ZA 3L0GA 5D33A 1EP3A 3W7QA 5C6MA 2EAWA 2ABAA 3PBVA 1VCFA 4HPJA 2VFIA 3LXCA 1G4EA 3CTLA 3EKLA 2V30A 3A22A 5AHMA 1DOSA 1Q6RA 2YX0A 3KHJA 3L0NA 4GJ1A 1FCVA 3PUOA 4GBUA 2G5WA 4UTWC 1DJQA 3VE9A 3LLDA 4W9TA 2XN0A 5C54A 1KV8A 1TPEA 2Z1BA 3L0KA 3K30A 5EL1A 3M1ZA 5F4XA 1MEIA 3P84A 1XKYA 2W79A 3W1RA 4M7SA 1LOQA 3B0PA 3BLIA 1FCQA 2CWNA 1FDZA 3TKFA 3PS7A 1WV2A 1RQBA 1JCMP 4GNJA 3GXTA 3PBUA 4LNYA 3R2GA 3NL2A 4JTFA 4BR1A 2HS6A 2BX7A 1KM2A 1DV7A 3B04A 1SO3A 1G67A 3DFTA 3RK8A 1RV8A 2ZRYA 2QUUA 1R30A 5FESA 2R91A 4O28A 2EKCA 1X8FA 3PVFA 4ADTA 4JTKA 2DZWA 2XN2A 4MJZA 4BI7A 2EGZA 4QM1A 2VFFA 2CLKA 3SGZA 4OGZA 3QPYA 3W1XA 3PB0A 4NU7A 3RFAA 3N2XA 3EWZA 4K7VA 1SU5A 3LHVA 3MJYA 4AVFA 4HSOA 1OK6A 4QQ3A 4UR7A 1QDSA 4ZQOA 2NX1A 1Z41A 1PIIA 3SJ3A 5KMYA 3PY2A 3DGRA 4ML9A 5F2GA 3TCEA 3UQNA 4N9DA 4AWUA 1GVOA 1JULA 3UWUA 3L5MA 1O4UA 3GDKA 1K02A 5LNVA 1ZENA 1JCLA 2X30A 2A4AA 3STEA 2C14A 3NM1A 3PR2A 3PSWA 1GQNA 3DENA 5BMWA 3W07A 2FQIA 3GLCA 3TQKA 5HQEA 3BG9A 5LNUA 1SZNA 4RX0A 3CWOX 1W5OA 3S6DA 2PC4A 4LC6A 4O0KA 2O7SA 3TR2A 5G2HA 1EEPA 4X9SA 3THAA 1QAPA 5I3IA 1VHCA 4LRTA 4EWND 1LP6A 4N4PA 3B0UX 1B4EA 2YFOA 1U83A 3PC0A 2CLFA 4AWTA 2ZZ5A 1NF7A 5A8GA 5CG7A 1TQXA 5EY5A 5F2LA 3C6CA 4P61A 4LUIA 3KOFA 2V5BA 1DQXA 2QDHA 3LCLA 1HO1A 4UC5A 4PCFA 3W2MA 5E0KA 1TV8A 4O8RA 1SFLA 2QJHA 3QF0A 5F1VA 3GAYA 3OHIA 2YFNA 1QO5A 4FNRA 5DLCA 1OFAA 2J9YA 2VFEA 3TV8A 4LY8A 1TPB1 3BK0A 2C16A 2ZCGA 1F6PA 1HFBA 3W1NA 3WJZA 5D2YA 3TXZA 1BWLA 2G95A 4RCXA 1LLWA 4NVTA 4EF8A 4NXSA 3NA8A 3PUEA 3QW3A 1MZHA 4BFAA 3FS2A 3C0JA 1H7PA 1OFDA 2NV2A 3EXRA 4MFDA 2F84A 4LS2A 3TDFA 3AJXA 4FO4A 4LVFA 1GG0A 2OT1A 1ZCOA 4UTTA 1F76A 1KTCA 2WV8A 3CC1A 1PE1A 4NZJA 1HUVA 1G69A 1TRDA 5AHLA 3GDLA 4IXXA 2E5CA 3KRSA 1P1XA 3M43A 1C8VA 2QF7A 3QJAA 4NX0A 4JD4A 4E38A 1TREA 1I4NA 2C19A 5D30A 3O6DA 2GQ8A 4UMAA 4H6KA 1ZAIA 1P5BA 4M5PA 4FX8A 3EX6A 3NQEA 3L67A 4XKYB 3GDMA 4QNWA 3TMLA 3IVSA 2NUYA 2RH9A 1NEYA 1QR7A 3O15A 1G4SA 4BI6A 3DHFA 5FI8A 3RF9A 4O11A 1HL2A 1YDVA 4O57A 3EWXA 3USBA 1H7WA 2ISSA 3B06A 5BRBA 3W74A 1EPXA 6TIMA 5D04C 2J27A 4FX7A 3MP3A 4RZ6A 3QSRA 3LCIA 4L4MA 1ONRA 3SGUA 3WK2A 4QITA 1E51A 4EIVA 4A21A 3FA5A 3FYOA 1HO4A 4DF2A 3N19B 5IBXC 3UWQA 2A2IA 4UMCA 2TMDA 3DFNA 3V75A 4PL1A 2I1OA 3NO5A 5LHEA 4AHPA 4FXSA 5CGQA 3KVKA 3W75A 4DBEA 2YYTA 3TA6A 4N6EA 2NV1A 3LBMA 4JTGA 3GDRA 1JQVA 4OV4A 2VENA 4O4WA 3NNTA 3A24A 2B7NA 1B9BA 1K7EA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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