3QF0A

Crystal structure of the mutant t159v,y206f of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSVRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 83
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qf0A00
5D2YA 5I3HA 1W5OA 4O53A 3NZ1A 4BWLA 1VCVA 2ABBA 1VYSX 2G95A 1GYLA 3DFOA 4QISA 1DL3A 4FF7A 3LB0A 1W5QA 2A7NA 3MI6A 4JDYA 4O11A 3KVJA 3L66A 1ML1A 4UTTA 3MHFA 2HSAA 4N02A 3SJ3A 3TSBA 2ZCGA 3LXAA 4HNNA 3RLUA 1ZAJA 4I7VA 2YDAA 4I7WA 2E68A 2H8XA 1FDYA 2ZZ1A 5HWMA 1H60A 5A8GA 4EOUA 3TW7A 4JIPA 4FNQA 1MXSA 3BLFA 3TAOA 1Q6OA 3HGSA 3RK8A 3MI2A 5AYXA 4Z1DA 3MMTA 3C4UA 1SFLA 3O6CA 1OFAA 1N8FA 3UWYA 2ZRZA 3FKRA 1LCOA 2BZNA 3FOKA 3PBVA 5F2MA 2JKAA 3R89A 5KZEA 2C19A 1FWSA 1FCUA 1H62A 3TDFA 3EWWA 3LBCA 1KV5A 1AL8A 3W2KA 1G67A 3RLVA 2ZQ0A 1ALDA 2CLIA 2VFDA 4AWSA 2CZDA 3W74A 3UWUA 3HPSA 1OFOA 4EIVA 1T96A 4RKAA 4JS3A 2CLKA 3EB2A 3G22A 3QJAA 3EXTA 1U83A 1P0NA 3D0CA 3I7RA 2VENA 2DP3A 3I7SA 1SSGA 5FF4A 3NM3A 1SFJA 1OFDA 4R33A 1ICPA 2GOUA 2ZZ6A 2VEIA 1YXYA 3NQ8A 3MBFA 2A21A 3EKLA 2YYTA 3M9YA 2ZRUA 3L9CA 2C14A 3LBMA 4Q33A 4DF1A 3B4UA 4WZHA 2FB2A 3E49A 3QYQA 3NQ6A 5FF7A 3C0JA 2CZEA 3B04A 3WK3A 4M5PA 1SO4A 4O17A 1XKYA 2QAPA 1LYXA 4H6KA 2PCQA 2X16A 3CWNA 4S2CA 1PHWA 4FNTA 3PSVA 3G1DA 5KZMA 1LRTA 4QNWA 4FX6M 3ANYA 4JTGA 4GJ1A 4NJKA 1EUNA 3MYOA 3IEBA 1JULA 3EX2A 1UB3A 4FNSA 1OF8A 2V81A 3NPUA 1TJRA 2BTMA 4W9TA 2ALDA 4AF0A 1OF6A 5IBXA 2J6XA 2BWGA 3QMTA 3W7LA 3DAQA 3ABQA 1VS1A 4IWWA 4WY0A 1BKSA 5LHFA 4E38A 4JY9A 4UMBA 5DBTA 3STEA 3QC3A 1W56A 2QAFA 1OHLA 5F1UA 1GQNA 2E1DA 2OX1A 2RKXA 1DKWA 2QCCA 3LCGA 3W7PA 4UTJA 4FIQA 2ISSA 1UJPA 2GUUA 4QITA 1TIMA 2ZRVA 4IMEA 4WUIA 1RVGA 4JTSA 2VELA 2E6DA 3W1UA 3L0NA 2Y70A 4JYEA 2FIQA 2X1SA 5H91A 5BMXA 3LCXA 1GT8A 4IMDA 3P81A 4HN4A 2Y7DA 1EP2A 1GVFA 3TU9A 3LGEA 2VEPA 3CIWA 1C8VA 3W23A 2RDWA 5C5YA 2WO5A 4N6EA 3LTSA 4N4QA 4RJEA 3W1QA 4JD4A 4LVFA 1T8XA 5CZTA 1TO3A 2R94A 1Z48A 1WV2A 3IV3A 4NT0A 1G4TA 3FYOA 3PG8A 2JGQA 3DI1A 3T44A 1OX5A 1ZY9A 3SSJA 8TIMA 3HQ1A 1XBXA 1X1ZA 1BWKA 1Q6RA 1ZFJA 1FY6A 3G1XA 4S1FA 4MZ8A 1JCMP 1TPEA 3EKZA 4LS0A 5AOUA 3TFXA 1GVSA 4YWIA 2ATSA 3HOJA 1VJIA 4KFOA 5EYWA 3PB0A 4UR7A 3IIZA 5K7JA 2WJZA 4MKNA 3NZRA 1J5TA 1PCKA 5DELA 3GDRA 4D2JA 2FQIA 2Q3RA 4A29A 1L6YA 3EX1A 1VGAA 5D2VA 1VPXA 2FLIA 3STFA 2NXHA 3GKFA 5FEXA 3KVKA 3M6YA 4JN6A 5DXXA 7TIMA 5F4WA 1PIIA 2A6NA 2X1TA 1SSDA 4DF0A 3QEZA 4FX8A 5D38A 3RMJA 3UPBA 1PL9A 1Z44A 3LCIA 2XFWA 3WK0A 4IXXA 4MLRA 3EWUA 3HGJA 3W83A 1S5TA 2OCZA 3VE7A 1IXPA 1LOQA 3TV8A 1K02A 1PVNA 3S8HA 3W73A 4AAJA 2VKZG 4PEKA 1VC4A 2QCEA 1JQXA 1B57A 3TXVA 3CIXA 3MO7A 2EAWA 4K39A 1BTMA 3C2OA 4FEZA 4O8RA 4O1DA 1RR2A 3QPZA 3TSDA 2RFGA 2GVJA 4ZZ9A 4ZMGA 1QPOA 2QR6A 1BEUA 5EA9A 1TPFA 3JR2A 3QQ0A 2VOMA 4PL2A 1XDMA 3BLEA 4NX5A 4FNRA 3LERA 4MY8A 3OIXA 1KFCA 3S0CA 1L9WA 4UTIA 5KZDA 2QKFA 4JX4A 2ZA3A 4IX2A 5E0KA 3G1VA 3W2NA 3MHUA 1SZGA 2QUUA 4WXYA 3O07A 1YXDA 3TMLA 3LRKA 4ONVA 3CU2A 1F05A 1SZFA 4QM1A 3W71A 3LHZA 1VHNA 3G0UA 4MYAA 3BK0A 4DXVA 3NAVA 2CW6A 1XC4A 1DORA 3EX3A 4UR8A 3FJLA 5AHNA 5I3FA 1ADOA 2ZZ4A 5DY3A 2ZTKA 2ZTJA 4WY0F 4AHOA 3IRDA 4UFHA 3CC1A 4A2SA 4FXRA 2CU0A 1WQ5A 3WK2A 2ZZ7A 5C54A 3EXRA 1P5BA 4O0ZA 2Z2UA 2DZUA 1LROA 3PUDA 3VFLA 3P62A 1O94A 4DEFA 5SWUA 3BGGA 3Q94A 1LLWA 4MZYA 1VHCA 3RFAA 2WNQA 3IGSA 1A5CA 1R30A 5J5DA 3TAKA 2ZRWA 2E6AA 3B0VC 3O15A 1GTHA 4LOCA 2RDUA 3NQVA 1Q45A 3T7VA 4IUOA 3W22A 2DJLA 2Y6ZA 3NM1A 4O1CA 2C13A 2V0TA 3HPXA 2A0NA 1OK4A 1VCGA 4OE7A 1A5SA 1NVMA 4HNUA 3O16A 5EY5A 4OT7A 5CPOA 4K37A 1HUVA 3MP4A 2YFOA 3CEUA 4O50A 4Q32A 2PURA 3W7IA 2NUWA 2QCMA 4HIBA 1THFD 3W1NA 3ZWSA 2P0OA 1EP1A 1GYNA 3I6RA 4R34A 1VCFA 2QCDB 2AQWA 4RCXA 4HSOA 1GJPA 1VQTA 4Q4KA 1GEQA 1FQ0A 1XI3A 2V5LA 1O60A 4XKYA 3WFAA 3T40A 2W6RA 1JCYA 4MIMA 2NV1A 1MEWA 3HO8A 1ICSA 4BWLC 2A2IA 1TPVA 1M7OA 1F73A 2VEKA 3UWVA 1WX0A 2ZRXA 5HWJA 4UTMA 3W88A 3S5NA 3P61A 4X9SA 3LV5A 1UBSA 5KINA 4RZ6A 5K9DA 3EX4A 3NR0A 4FNPA 1KM6A 4UTTC 1JCNA 1WYIA 2CLMA 3MHGA 4NZFA 2OJPA 5C55A 1M5WA 1I4NA 2RH9A 2C16A 2H3DA 5EL1A 2QCHA 3SGZA 4MJZA 2DU2A 4AVFA 1JRCA 4JTTA 1EUAA 2E5BA 1S5VA 4MOZA 2D73A 3NYZA 1ZHAA 5DN1A 4HKPA 4LWWA 4N4PA 5T26A 4O52A 2QUTA 2NWSA 2VXNA 4AHPA 2FDSA 2UV8G 1KTNA 3UNDA 1K8XA 3QRHA 3C6CA 1YYAA 1DHPA 1QAPA 4UCGA 4GWEA 3DFSA 1H50A 4G1KA 1K7FA 2H8ZA 3SZ8A 2J9YA 1LP6A 1B9BA 1VYRA 2VFGA 2B0MA 2FB3A 1I2QA 3G0SA 2PE4A 3G1AA 3GKAA 4ZQPA 3THAA 4JR5A 3PC0A 3EEGA 4CCDA 1KFBA 3TCEA 2B7NA 3UY7A 4TU1A 1SW7A 4GUFA 4QIUA 1K8ZA 3GX9A 1OABA 4K38A 2YGYA 3KXQA 1ME9A 1EPXA 2CFFA 3DENA 4JYFA 1FBAA 1SW0A 1LM1A 3CWOX 4Y96A 2GQAA 1KM1A 4UFMA 2PC4A 1QNVA 4KWVA 2V2CA 5CZ0A 3A24A 3KHJA 3PB2A 5LGXA 1VYPX 4JTHA 1WBJA 3P8JA 2EKCA 2NZLA 4S2BA 1DVJA 3T55A 3VCRA 1EWEA 2NLIA 3M5XA 3NVTA 4Z0SA 2BX7A 4TO8A 2CZFA 1YDNA 3OEXA 2DJXA 2JKEA 4NJIA 2NUYA 3LM7A 5CPLA 2AGKA 3SW6A 3BV4A 1FUYA 3TQVA 2NX9A 1TQJA 2A7RA 3L5LA 3GDMA 4JIQA 4UNLA 1K7XA 5BRBA 3SR7A 1C9DA 4DPPA 3DFTA 3QFEA 3DBPA 1FXQA 1ME7A 3W87A 1LZOA 1AL7A 2F84A 5KTLA 3IIVA 3P67A 5AC7A 1AW2A 4H3DA 3BG3A 1XCFA 3GXPA 1KLYA 1GZGA 1SO5A 3IIXA 2A5HA 4TMBA 1KFEA 2YXGA 1E51A 1MSSA 4XUGA 2DZSA 1R2SA 3F4NA 5HQEA 3Q37A 1TMHA 1QO2A 1KM2A 3M43A 3PWAA 4RX0A 2O7SA 2QDHA 3FKKA 3LHYA 3LDVA 1WBHA 4N6FA 3W1MA 4MY1A 4YXGA 1LRQA 5HUPA 2W79A 2A1YA 2ZBTA 2VFIA 4UTUA 5G2HA 1XUZA 4PL1A 1GVQA 1QPNA 2ZZ2A 4JTUA 3IGXA 1Q6LA 3PS7A 3NPXA 3W1XA 1MEHA 2CWNA 5F4SA 3DU0A 1FWTA 4NJJA 1K8YA 1UASA 3H53A 1I8JA 3TX9A 1I2OA 5F2LA 2V2HA 5C6MA 4NNAA 3JS3A 2C6QA 1SO6A 1TV7A 1YADA 4HT3A 5DCDA 1GG1A 4O12A 2YFNA 4R7JA 1KTCA 1OX6A 4FB7A 3PF3A 1GG0A 3G18A 3TC6A 1L6WA 3MP3A 2G96A 5G4EA 5EKYA 5AHIA 3PM6A 1OX4A 1W3TA 3VI2A 5I3IA 4LNYA 4IX0A 4UTKA 5G2WA 1G69A 2V82A 5K9XA 3W75A 5LNRA 3UQNA 1KFLA 1EP3A 1TTPA 5LKYA 1GOXA 5D04C 1YTEA 4LU0A 1WA3A 4RLIA 1NF0A 4I7UA 4N2YA 5KITA 4MZ1A 3E9AA 3B0UX 4K8HA 1N55A 1HG3A 3GXNA 1LDCA 1W3NA 2Z6IA 3LHTA 4DELA 1SPQA 4YL2A 1H5YA 1ZAHA 5HWNA 1F7BA 4FIRA 1R47A 2CLEA 1HL2A 5D03A 5D02A 5K4XA 2E6FA 1TCDA 1JCXA 2Y63A 3MUXA 1KW1A 2YZRA 4UTWA 2WOQA 5CPNA 1CI1A 4BR1A 3NPWA 2ZFAA 4DO4A 1TPDA 2HMCA 3TROA 3LI1A 2J9ZA 4E2BA 3TJXA 2WQPA 3DFNA 3A21A 1R2TA 5U4NA 1OYAA 3UY8A 2FJKA 4GUGA 1L6SA 1OFEA 4DBEA 2J24A 2XN2A 3A23A 3CT7A 5ABTA 1CX9A 1SR9A 4BI6A 3CTLA 2NXGA 3MP5A 3S1VA 5LNWA 5CG7A 3KVMA 3NQFA 4MY9A 1O5KA 1TREA 3NQCA 3OG3A 4ADUA 4TMCA 3PBUA 3U2OA 4Y6GA 3HJZA 3N14A 4NJGA 4Z08A 3PVFA 3UZ5A 3SECA 1BWLA 3LCWA 4GE8A 5DCEA 4JX6A 1S3HA 3BG5A 1SU5A 2BXVA 3A9IA 5K2ZA 4Y8FA 4LS2A 2HTMA 4BI5A 5HULA 4N9DA 4A2RA 5D33A 4BK9A 1OYCA 1HTIA 1GTEA 2JGYA 2G5WA 3HG2A 4M19A 4YMZA 4AHQA 4HNTA 3VNDA 4JTEA 3UWWA 3DH7A 3W76A 2PRLA 2OMAA 3B06A 2OZ0A 3NQMA 1KA9F 3LOTA 1P4CA 1KTBA 2J9XA 3GIYA 4OU1A 3KRUA 1ZNNA 1YPIA 3W7MA 2C18A 1W5MA 3P60A 4AWUA 2NXIA 3W86A 3T78A 4O0KA 4C1LA 1JRBA 4GC4A 3O63A 3W1PA 5EMUA 1W31A 5DY2A 5BOOA 5IM51 4UTHA 1G7VA 2ISVA 1AW1A 1LBLA 3ABRA 4ZQMA 2WPBA 3S42A 3DHFA 1TQXA 1VH7A 4MFEA 1RV8A 3LTYA 4FO4A 1RQEA 3C8FA 3TKFA 3MW7A 3NQAA 3W7QA 3S5OA 4BI7A 1W1ZA 5AHMA 1I2PA 3BARA 3OA3A 3W7KA 1MO0A 3VKJA 2A4AA 1F74A 4LVAA 1VR6A 3UXAA 3KFTA 3UPWA 3TFCA 3P7YA 1XUUA 3L68A 3NOEA 1F2JA 1AMKA 5G4WA 4LY8A 1TB3A 3EWYA 3QM3A 3W1TA 4O1AA 3RNDA 2O7QA 2TYSA 3C2EA 3QH2A 1XBYA 1TV5A 1R46A 2VFFA 2XN1A 3CQ0A 4I9AA 2IQTA 1QPRA 5BMWA 3N2XA 3ZFHA 3JRKA 3W72A 4XZ9A 4ZQRA 2G97A 1RPXA 4NJHA 1Z41A 2FPVA 4RXGA 5TBOA 1X8FA 4HNVA 1DQXA 3VE9A 4LRTA 4LTSA 3BO9A 1R2RA 5AYYA 1NFBA 4ZVJA 1F6PA 4AF0B 1H1ZA 5TIMA 1HO4A 4M6QA 4JY8A 2FPTA 2QUVA 1TV8A 2I9EA 1TTQA 4WY0B 3R12A 4NQ1A 5U7SA 3RF9A 2E09A 4L4LA 2Y7FA 3GYEA 4NXSA 4ORIA 5KSWA 1W8SA 4NVTA 3LI0A 1IIHA 1KFKA 5LGZA 1TPB1 3ABOA 5AHFA 4O4WA 3TMQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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