3QMRA

Crystal structure of the mutant r160a,v182a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTAPERLSRLREIIGQDSFLISPGAGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme.
pubmed doi rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
total genus 81
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qmrA00
2E6FA 3TQKA 3C2EA 3TW6A 3W2NA 1B3OA 1H60A 1U5JA 3QSTA 4MJMA 2J9XA 3DKJA 3EWYA 3NPUA 1R47A 2VOMA 4UR7A 2WQPA 1LZOA 4RX0A 2X1SA 2XFWA 2YYUA 3EX4A 4MVAA 3E12A 4ZQNA 3G0SA 1OF8A 2DP3A 2ABAA 5HUPA 1WOBA 1AMKA 3B0VC 2CZ5A 4CNOA 3EB2A 3NA8A 3PG8A 1OX4B 1H63A 2GQAA 2VFIA 2NV1A 5D09A 3F4WA 2V8ZA 3BARA 1Z48A 3NYZA 4FIQA 3THQA 4A29A 4GJ1A 2E6DA 5D2TA 1YADA 4AEOA 1KFKA 5I3GA 3PULA 3UQNA 1JCLA 2QAFA 4QJ1A 3GXNA 4IX2A 4U4MA 3W22A 3HBLA 1O4UA 1XBYA 4GE8A 1GQNA 2RDWA 4MUZA 3STGA 1W5MA 3QQ0A 4IX0A 1G4PA 3HG5A 4YL2A 3PG9A 3BK0A 3I7RA 3NQ7A 3LCHA 4GWEA 3E02A 2B7OA 4FNSA 4X22A 1VCVA 1KTBA 4Q33A 2ISWA 3NXFA 5FF2A 3HJZA 5D2YA 2CLKA 3HQ1A 2JBMA 1OX4A 3HG3A 3QRHA 5AC7A 3T44A 5HQEA 1WBJA 1ZFJA 3Q58A 1WQ5A 3L65A 3LHYA 3SR7A 4YMZA 3TSBA 3W74A 3TQVA 1K03A 2Y88A 2ZZ7A 3LTYA 4UXDA 3E49A 3P8JA 3T78A 5G1TA 2ZQ0A 3NQFA 5U7SA 4IOTA 1H7NA 3N73A 4PEKA 1PV8A 3EKLA 2EKCA 2EF9A 3FEMA 4HN4A 2I14A 4ADSA 2ZZ5A 5AB3A 4ZQPA 1GZGA 3LB0A 2VC6A 3KVJA 1FXQA 4IMCA 5KZEA 3W3OA 2H3DA 3WJSA 2QUVA 1JRCA 4PL1A 1VPXA 1OX6A 3DZ1A 3W73A 3L21A 1LTDA 2QR6A 2VFEA 4O50A 1EB3A 2QUUA 2QUTA 3QFEA 1TV7A 4A22A 2DZUA 5LGXA 1AL8A 1HL2A 1QMLA 1RQHA 4LU0A 3RMJA 4O11A 1OVDA 3Q94A 5D04C 2FJKA 2J6XA 1Q6OA 1Q45A 2X1UA 1DJQA 1AW2A 3P67A 2A7PA 4K36A 2VFGA 3BW2A 2JKPA 4JTHA 4O13A 2NUYA 4TMBA 2CLLA 1KTCA 3QZEA 1IXNA 4QISA 1U83A 4JTUA 4PH6A 5G4EA 4UTJA 4GUFA 5HULA 5AYYA 3S0CA 2VEMA 4JXCA 1H5YA 4Y9AA 1SO3A 3PBYA 3FKKA 1ZAHA 3HIJA 2ZRUA 3G8EA 1BEUA 5K9DA 4MJZA 2B7QA 1OF6A 3DI1A 2WSYA 1SUXA 4KFOA 4UTWC 4HSNA 5J5DA 1LORA 4BF9A 1SU5A 1TPB1 4ZQMA 1KV8A 3W83A 1ML1A 4JNMA 4CCCA 3U6WA 1Y0EA 3OG3A 1D3HA 4A2SA 1JVNA 2C6QA 3GDMA 3N34A 3TJXA 2C0AA 2J9ZA 3W7PA 1W1ZA 2NV2A 3NL6A 4GXMA 1B4KA 3VE9A 3EWUA 2C14A 1NAL1 1RVGA 4M6QA 3SY5A 3DAQA 1XCFA 1LCOA 3BLIA 3LXAA 3DFQA 4WX2A 1OFEA 4N9DA 2GQ8A 2AQWA 3U2OA 1JUBA 2X1TA 1SZEA 1KW1A 3TQ0A 3E96A 1O60A 2BTMA 1A5CA 1F7BA 1SQ7A 3BW3A 2VEKA 2PRMA 2HSAA 1W8SA 3SGUA 3TJLA 1QWGA 3A5FA 3NZ1A 1QPNA 3LBCA 3O15A 3S1VA 1VYRA 2FB2A 3DENA 4AF0B 1VCGA 3GLCA 3CIXA 2CLIA 2J27A 1PS9A 3C3NA 1W3IA 2KZHA 3WK2A 3MBFA 2EPHA 4ADTA 4ALDA 4MZYA 1FDZA 4UTTC 5EBUA 1DOSA 1FCVA 1O95A 1VHCA 1SO6A 1E51A 3W88A 1TPH1 4Y96A 3DXIA 4N9CA 4JD4A 3TNOA 3FJ6A 1BWKA 4WQ6A 2A21A 4Y6GA 4JICA 3I65A 1S5VA 1HG3A 3M9YA 3QMSA 1H7RA 2H90A 3GR8A 4MFEA 4Z08A 3TUUA 5LNWA 1N55A 1KBIA 4JYDA 5D2XA 2CLHA 2YFNA 1I45A 2HTMA 5C6MA 1MEHA 1NFBA 1HTIA 4CCEA 3M5VA 3TCEA 1FWRA 1TPC1 4NJHA 5BRBA 5FEPA 4FXRA 1JUKA 2R14A 3JRKA 4JGDA 4Z0JA 2G5WA 2V2HA 4O57A 5SWUA 3GXPA 3W1NA 3GAYA 1M6JA 4LC8A 3W7LA 4OT7A 1YLVA 4LNYA 4QSHA 4M6PA 1DKWA 3PBVA 1SW3A 1F6PA 5G2HA 1S5WA 1OK4A 3G1FA 4PTNA 2CZDA 1R2TA 2YDAA 4KWVA 1W5NA 4QQ3A 4TU1A 2ZA2A 3IIVA 5FEZA 3S9YA 1DVJA 2ATMA 3GAKA 3CEPA 2AGKA 3GK0A 1O94A 3EX2A 3JR2A 3W75A 5K4ZA 1DJNA 1NF0A 3LOTA 3W7NA 1ALDA 3PSVA 4UR8A 2OX1A 1KFCA 4N9EA 4YCPA 3M5YA 5HR7A 4OQVA 1CX9A 3NPWA 5F4SA 3TX9A 1GVOA 2WPBA 5DCDA 3M41A 1TO3A 1D3GA 4LRSA 3W7RA 2A2IA 4BFAA 3E9AA 3CLMA 3GZ3A 3HMJG 2CFFA 4O12A 4DEFA 1JR1A 3GKFA 1KLZA 4O14A 3DFTA 4UIOA 2FDSA 3IIZA 1SR9A 3W2MA 1F2JA 1TIMA 2TPSA 3W1TA 1V5XA 4IMGA 5CZTA 1H7WA 2QKFA 3W1PA 4RK8A 1LBLA 5D30A 3QPYA 3P5ZA 4WOZA 1QAPA 3NL5A 5AC6A 4MIMA 1H1ZA 3G1AA 1WBHA 3GDKA 3O8AA 1W54A 2P0OA 3M5XA 3FS2A 4XWUA 2V9DA 2ISVA 4DF1A 1TPDA 1ICPA 1GEQA 3EX6A 4ZQRA 2GJNA 4FNUA 2ZYFA 3NM3A 3FKRA 5LNVA 2VFDA 3LLDA 3IIOA 1ME8A 1VJIA 2V0TA 2V30A 4EWND 5EMUA 3NM1A 2P1FA 1I2PA 2PURA 4O0ZA 1AW1A 1X6UA 1AW5A 4IMEA 3LI0A 3LTPA 1UASA 2HS8A 3I7QA 1FWWA 4R7JA 2ZA3A 1XBXA 2A4AA 1N8FA 4JTSA 3SZ8A 4XBKA 1FCBA 1Q6RA 5CPMA 3INPA 4UTKA 5F1UA 5BMXA 1GTEA 4JN6A 2Z0IA 1SW0A 5DY3A 1FX6A 3T7VA 3TMQA 2RHGA 1EP3A 4IPIA 2OMAA 3T55A 3WJZA 4LWWA 4EOUA 5CZ0A 1ICQA 2XN0A 4HNTA 1JQVA 1F74A 1TPEA 2QAPA 2ZRZA 3BG3A 3R12A 2QCDA 3BG9A 3M44A 3O63A 2W79A 1EWEA 4D2JA 6TIMA 4JS3A 4RZ6A 4CQ9A 4JTKA 3PUEA 3G3MA 4AVFA 1VQTA 5HWMA 1UCWA 4NVTA 5BOOA 2Y7EA 3WJWA 4QNEA 4RKAA 3W23A 3GX9A 4LS1A 3QPZA 1KM5A 1TJRA 1UUOA 3CEUA 4POCA 1PHQA 4XKYA 1JULA 3AO0A 1H7PA 4GC4A 4O15A 3VI2A 2E5CA 5ABTA 5G4WA 3TSDA 3DHFA 1I4NA 3O06A 1R2SA 3LBMA 1G7UA 2A0NA 4AWSA 1TV8A 2PRLA 4JIQA 4N2YA 1XBVA 2NX9A 5J5RA 3DFNA 3N9SA 4LVAA 2CLOA 3QH2A 3IIXA 2GOUA 3I68A 3O16A 5D2WA 1OFBA 1C9DA 3SW6A 3BLEA 2G95A 1KFBA 2ISSA 3QJAA 2G97A 3V75A 4FHAA 3ATZA 2J24A 4XBSA 3CQ0A 4ICNA 5IBXA 1F05A 4UMCA 4TMCA 4JTGA 1KM4A 1LYXA 3S42A 4MLJA 4TX9A 3B03A 1XDMA 2I9EA 4O18A 2NWSA 1KLYA 3C61A 4AMAA 2JK2A 3S5NA 1PE1A 3DFOA 3SIZA 1UJPA 4BWLA 5K7JA 1TRDA 4XUGA 4K6AA 4FX6M 4KFNA 3LGEA 3EXRA 2ZZ6A 4RCXA 5AHFA 1DORA 1ZHAA 2DZTA 1LP6A 1J5TA 1TB3A 5I3HA 3PR2A 4RV8A 3VCRA 2Y85A 3IGSA 3HG2A 4NJIA 2VFFA 4O1AA 5I3JA 3C4UA 1ICSA 4NNBA 4AHOA 1MXSA 3USBA 2DZXA 3EEGA 4JDYA 3TR2A 3HF3A 1QO5A 1K7EA 3O6CA 4LRTA 3WK1A 4OV4A 1X8FA 4YLWA 3HPXA 3B05A 1FCQA 1KV5A 3W1UA 2YSWA 2FIQA 1F6KA 4UUIA 2WSQA 1YTKA 3P84A 4HPJA 1LROA 1QOPA 4C1LA 3SGZA 3ZS4A 2A6NA 4NJJA 3UZ5A 1G7VA 4EVZA 5KINA 4JTEA 5DLCA 4UTLA 1L6WA 2EAWA 1SZNA 3TC7A 4O16A 3UY8A 3PS7A 1B57A 3LX9A 3W2KA 1K7XA 2BLEA 3VKJA 3TAOA 2YW4A 2WSRA 3LRLA 2Q3OA 1JQXA 3TA6A 5I3KA 4BI5A 4JEQA 2OT0A 3UWQA 3IIPA 1W5PA 1KM2A 3GXTA 2TMDA 3C56A 5AHLA 1JCNA 2LLEA 4GRSA 4LV4A 2H8ZA 3P5YA 3UPWA 2TSYA 5I3FA 5KZDA 1ZJIA 3TK7A 1W0MA 2D73A 1ZNNA 1TMHA 4YCOA 3NDOA 3DFSA 3DU0A 3F4NA 1KM0A 2QCNA 2Y7DA 1GYLA 3L5AA 3LM7A 4NZJA 3IV3A 3L66A 3S6DA 5C55A 2DZWA 3C0JA 2WNQA 2FPVA 4LVBA 3W76A 4NXKA 3TFXA 3T40A 3W2JA 3UWWA 2FTPA 3P61A 4X2RA 3CIWA 3A24A 3FIGA 5BNKA 2VELA 1OFAA 4JR5A 4JTLA 3W1AA 3C2OA 5T26A 2RDTA 1TPVA 4O28A 3WK0A 2ATSA 1ONRA 4PODA 3UD6A 2WKJA 3TV8A 4R53A 5FF3A 3THAA 2FB3A 5TQLA 1DQXA 2E5BA 3NQEA 5A5WA 4H6KA 2B0MA 5K2ZA 3R5EA 3NQGA 4QAIA 4MY1A 3MI2A 3YPIA 5DXXA 1OHLA 1Q6LA 1I2NA 3LERA 3PC0A 3MWAA 3WJYA 3TROA 1EWDA 3C6CA 3M5ZA 2IQTA 2PCQA 2DU2A 2Y7FA 2G96A 1ZALA 1K8XA 5G1YA 4Q4KA 1XBZA 1MEIA 2ZZ4A 3GKAA 4FX7A 4GBUA 3FYOA 4KWWA 4LVFA 5BMWA 4WXZA 1GTHA 1R2RA 4MYAA 4S1FA 4PL2A 1DL3A 1PCWA 2Y61A 4UFMA 4MZ1A 1XUZA 1VHNA 4GUIA 1A5BA 3G0UA 5D2VA 4NU7A 3A9IA 3W7QA 1PCKA 4O0KA 4O4VA 4EIVA 1VLWA 2V2DA 1MSSA 1SFJA 1HUVA 1IF2A 1G69A 4BI6A 3FYPA 3S1UA 3IGUA 1TRIA 4JY9A 4S2CA 3JS3A 3KFTA 3TSMA 2JGYA 2YPIA 3LI1A 1YXCA 1K8YA 1EPXA 1TTQA 3OVQA 2C1HA 1TTPA 1SSDA 4MPQA 4BK9A 4L4LA 4JTFA 1F76A 5FEXA 1XL9A 2ZRYA 3LRKA 4Z1CA 4NT0A 1TV5A 3KX6A 1KTNA 2CZEA 3MHFA 5LHFA 2VENA 3O1NA 1JCMP 3GR7A 3L0KA 3EWBX 3MO7A 4YWIA 5HWNA 1NVMA 2O7QA 4P2VA 1XC4A 2NXGA 2B7NA 1W56A 4NUWA 1OYCA 1RPXA 1M7OA 4PFMA 1YDNA 3VE7A 3NQAA 1T8XA 4FB7A 2DJXA 4CLMA 2X1RA 4OU1A 3OVRA 4HIBA 1VRDA 4IXXA 3S5OA 4JIPA 3PSWA 5K3VA 4RJEA 5K4XA 3ZWTA 2E1DA 3STFA 3R2GA 1S3HA 3PUOA 3N2MA 5FF0A 5HJLA 1H51A 3L0NA 5D03A 3M1ZA 4ZMGA 3CHVA 5LGZA 4RXGA 5EKYA 4A21A 1LDCA 4AHPA 1Q6QA 3QMRA 4E2BA 1KA9F 4YXGA 4K8EA 3N14A 3TIMA 3NQ8A 3KVMA 5CKSA 1I2QA 3W84A 4NXSA 1YDVA 1L6SA 3S1WA 2PE4A 4AF0A 2J9YA 3QF0A 2YW3A 4UCGA 4OV9A 2V81A 4WUIA 1HO4A 5LNUA 5CPLA 1JCYA 1KM3A 2YXGA 5F2MA 4M19A 1K02A 1TSIA 1GYNA 5I3IA 2A7NA 2X2GA 4LY8A 4R33A 3W86A 3NNTA 3G0XA 4K38A 2Y63A 2VEIA 2WOQA 2Y70A 1EP2A 1N7KA 3G1SA 3HO8A 3ZR4A 2VKZG 2OT1A 3G8RA 4DXVA 3N9RA 2Y7GA 5F2LA 2ZFAA 3NQCA 4R34A 1QR7A 1VCFA 3N2XA 1YPFA 3L2IA 4O54A 1QNVA 5CPOA 2R8WA 1OYAA 3H53A 3BLFA 3O07A 1TQJA 4QNWA 4EF8A 4PA8A 1FDJA 3TE9A 3LXCA 1G4TA 1TTJA 3EXSA 5A8GA 4XZ9A 2QJIA 4C1KA 3P7YA 4I9AA 2BXVA 3QYQA 2ZA1A 4ZVJA 5D37A 3UXDA 2VEPA 4HNVA 3CB8A 2J88A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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