3RLU | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEAICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3rluA00

1ME7A 4NZJA 3SJ3A 4WJEA 2C15A 2OMAA 2XN2A 5EYWA 1J5TA 4NT0A 3MHUA 4PH6A 3A23A 3MWAA 4UTIA 4AF0B 3LERA 4GUFA 3P80A 3NAVA 3SFKA 1THFD 4EF9A 4GC4A 4NU7A 5F2IA 3B06A 3W86A 4PTNA 3DI1A 5DY2A 1H7OA 1OHLA 3TKFA 4DPPA 1FQ0A 4LVGA 3W1NA 1DL3A 1H51A 1SSGA 3V75A 1FUYA 2QJHA 3DFQA 2QJIA 5DXYA 3G1SA 1AMKA 3LCLA 4UFHA 3IGXA 4UR8A 2A4AA 4LS1A 1DBTA 3OBKA 3GK0A 2C6QA 3D0CA 3UY7A 4NUWA 4I9AA 5KITA 3IIZA 1ZCOA 3VE7A 1IIHA 4JXCA 2NUYA 3GXPA 4O53A 2V8ZA 1LZOA 3TNOA 4TR9A 2NV1A 4ZQMA 8TIMA 4IMGA 4EIVA 1TPEA 4GUHA 4ZQCA 2J24A 3DKLA 3OHIA 4KFPA 4RK8A 4RXFA 3TFCA 4LVBA 5K9DA 3S1WA 1GWJA 3A9IA 3HF3A 3BW2A 4UFIA 4EVZA 1R46A 1HL2A 5LSMA 2H90A 1HUVA 2HMCA 1SW0A 4NJHA 3U2OA 2KZHA 4DXVA 1EWEA 4BF9A 2TPSA 5D2XA 3KFTA 1GG0A 4JY9A 4GNJA 3A5FA 1OX6A 4O4WA 1OX5A 1B57A 3LXBA 3G1YA 4HNTA 3F03K 3L2IA 4Y9AA 4IMEA 2RDUA 2EGZA 4O1AA 4A2SA 2GUUA 3TH6A 3C2RA 3CQ0A 3LTPA 4EF8A 3FKKA 5AFDA 3PSWA 4Y96A 5CG7A 3EX3A 1TSIA 3T55A 2R91A 3TE9A 4LY8A 1PCWA 3W1PA 4JTGA 1LLZA 1LOLA 4NNBA 3T44A 3TDFA 3G3DA 5K9CA 2FIQA 1JUKA 1SZEA 4WD0A 1OYCA 3KHJA 3OEXA 4JTSA 5F2MA 5TQLA 1R47A 1VLWA 5G1TA 2HSAA 5SWUA 4XZ9A 2OX1A 2ZZ1A 1H7NA 1M7OA 3LLDA 3DXIA 1G69A 1OK6A 3PVFA 4QAIA 4IXXA 3GIYA 3S9YA 3V1PA 3BLIA 4ADUA 3GDMA 1UB3A 3W7IA 4E38A 3QW4B 3F1QA 4DF0A 1AG1O 1WXJA 3QM3A 1WOBA 3M43A 2ZZ4A 5HWMA 4UMCA 2RHGA 4RXGA 1YTEA 4HSNA 1OF8A 2NWSA 2Y89A 1PCKA 2QCDA 4MKNA 2NUWA 4TU1A 5LKYA 3HGJA 1LBLA 1LOSA 2DZUA 4LV4A 1GYLA 3H53A 3CIWA 5DXXA 1NEYA 1LTDA 4HNNA 1N55A 5KZMA 3L65A 1LBMA 3F4NA 5EY5A 2YX0A 2HS8A 4O10A 2A7NA 4DELA 3EWWA 2Y70A 2EAWA 1RPXA 5H91A 2QUVA 3QPYA 2R94A 3VCRA 5I3GA 3S1VA 3FEMA 4QNWA 5E93A 3S5YA 2E77A 1EP2A 4MZYA 5F2LA 1J4EA 1DQWA 4MOZA 3UZJA 4R33A 1OFBA 5U7SA 1ZAJA 2WJZA 4JTJA 3C0JA 4TO8A 3L5MA 3ATYA 1W31A 3S8HA 3SGZA 2Z6IA 4C1LA 1YXDA 4A21A 3MYPA 5K4ZA 4UTTC 3L5LA 5BNKA 3PBVA 3BLFA 3L21A 2NX9A 3P5YA 3QQ1A 3M44A 2GVGA 3TU9A 1KFJA 4NZFA 2YFNA 1IF2A 4MPQA 3O6CA 3O07A 2UV8G 2E6AA 3MJYA 3PR2A 1VYSX 2H3DA 2VEMA 4MVAA 4AWTA 3B0VC 4Y8FA 4RZ5A 1LROA 3W7RA 4XKYA 3C4UA 1ALDA 1YTDA 3TQVA 1W5PA 4UTUA 2VC6A 4N9CA 1AW5A 4AH7A 5D03A 3LB0A 3N2XA 2QDGA 2GPTA 3W7EA 2O7SA 4UTWC 3M41A 3PM6A 4K6AA 3W1QA 3DU0A 1OFOA 3GAKA 2W0UA 4O1DA 1LRNA 3PAJA 1JUEA 2Y7EA 1KLZA 1KTCA 4UTLA 3S5NA 4ONVA 1GVQA 2FJKA 3G1DA 2EF9A 3TMQA 1SW7A 3BARA 3P8IA 4AEOA 4G1KA 4QJ1A 4HNUA 3O6DA 5CPMA 1KFEA 5D2TA 2CZEA 1U5JA 4RX0A 4AAJA 5G2HA 4X2RA 5BRBA 1LORA 1G4PA 4FO4A 4A29A 3LHUA 5U4NA 1I2NA 2NXGA 3EKZA 5EPDA 4FNRA 4H6KA 2WNQA 3SZ8A 2DZSA 2VFIA 5G4EA 3N9SA 3W23A 7TIMA 1ADOA 4JX5A 1L9WA 1IIGA 2G5WA 3NDOA 1G7VA 5HNRA 4H3DA 4NQ1A 3STFA 3HG2A 1SO3A 3HPSA 3L0GA 2FLIA 3TROA 4NJIA 1YYAA 3PSVA 5A8GA 3W7JA 4JEQA 3P62A 3WJXA 3RU6A 2TRSA 1TPVA 4ICNA 2V30A 1VCGA 4X9SA 3GX9A 3LRMA 3PY2A 3M1ZA 1YADA 2JKAA 3FKRA 3GDTA 1I2QA 2WPBA 4YCOA 1R30A 4ML9A 1LCOA 2WOQA 3W84A 1TIMA 3LRLA 3P8JA 5HR7A 2V5BA 3P60A 3SW6A 2WNNA 3W7QA 4UFJA 2A2IA 3L9CA 1X6UA 2F7FA 2NXHA 1W54A 3NQ8A 4JIPA 3M47A 5FF0A 2B4GA 4O0KA 1XBVA 3ATZA 4I7VA 3E12A 3I6RA 3QYQA 1EX5A 4YMZA 1WBHA 3C52A 4FX6M 4JTKA 5CSRA 4N9BA 4PL1A 5D2VA 1ZAHA 4A22A 5CKSA 2B7PA 4DO4A 2FTPA 3CEPA 2DZXA 1EWDA 1HG3A 3N34A 2GJNA 3C8FA 4UMBA 4BK9A 1GYNA 3KAOA 3MI2A 3NL3A 3ZS4A 1GTHA 1MEIA 1SPQA 4PEKA 4ZZ9A 3CWOX 3NQAA 1O4UA 3B8DA 2CLKA 4LW7A 3DFNA 1FWNA 4QISA 1F74A 2GVLA 5AHFA 1XKYA 2H3BA 4Y90A 4O19A 3DKJA 4LRSA 3NNTA 3EXRA 2CZDA 3UWUA 4OV9A 3O15A 1NVMA 3STGA 3CTLA 1SO4A 2NXIA 3I7QA 2QCDB 3GKAA 3TMLA 2Z6JA 1TPUA 4Z08A 5I3HA 3PUDA 3RLVA 3NL6A 1Q3NA 4JDYA 5H2ZA 1N7KA 4MJMA 4UTTA 1Q6QA 3TFXA 2B7OA 4DBDA 4EWND 5G1YA 4QM1A 2Y6ZA 1CX9A 2VFFA 4UC5A 3THAA 5AHLA 1YXYA 3W6YA 3YPIA 4IMFA 3W7MA 5EA9A 4FB7A 1TV5A 3C56A 3NQCA 4HPXA 4R7JA 3CM4A 4Z0JA 2DJLA 1OVDA 2GQAA 3LHZA 3S42A 3TQ0A 1LBFA 1JCYA 2BTMA 2ZRWA 3VFLA 3NVTA 3CU2A 2A0NA 2FDSA 4FHAA 2YFOA 1KFKA 2ISSA 5D09A 1VRDA 1WAUA 1T96A 4LRTA 4UTWA 3M5VA 4TMCA 1W3NA 3W1XA 2A6LA 4E2DA 3E49A 1ONRA 3DBPA 1XL9A 2NX1A 2V2HA 1S5TA 3NPVA 3W3OA 5MHBA 1NF0A 1W3TA 4DO5A 1W1ZA 4JTHA 4MY8A 1FXQA 2QR6A 3W75A 4UR7A 5CSSA 1DOSA 2BWGA 5HQEA 4PFMA 3CB8A 1XBZA 3PUEA 3GXNA 3G3MA 5G2WA 2J27A 1GPWA 1EEPA 4XKYB 1KW1A 4IOTA 1SFJA 3LCWA 2VKZG 5CGQA 1U83A 3BW3A 3UZ5A 1QO2A 3HQ1A 4C1KA 1ZENA 4WOQA 3PB0A 3DHFA 4P2VA 1KM1A 5DLCA 1L6WA 3LBCA 4DF2A 3G0UA 3BG5A 3BO9A 2W6RA 3BPWA 3LCIA 3LXCA 2DZWA 3LHWA 2JKPA 4QNEA 1B4KA 1QFEA 5I3IA 4LUIA 3E96A 4ZQNA 2GOUA 2Y63A 3HMJG 2QUTA 3OVRA 1BTMA 5F1VA 2QJGA 1KFBA 1JCJA 4ZQOA 2LLEA 3JRKA 1F6PA 1UUMA 1W5OA 3FFSA 1GQNA 1KFCA 3NZRA 3QZEA 3G1AA 4IX0A 3EKLA 3G8EA 5IBXC 2ZA3A 3T4CA 3FOKA 3C2VA 2ZRYA 2OJPA 3FYOA 3P61A 1GZGA 2QCMA 2FPVA 2QDHA 1TJRA 2VFGA 1H7PA 2C19A 4TMBA 2NUXA 3QQ0A 1PS9A 3BW4A 4BI7A 1TRIA 3FIGA 2CZFA 4XTDA 3HPZA 3PC0A 1MXSA 2CWNA 4N4PA 1DHPA 1K7XA 4BR1A 4KKXA 4QQ3A 1JCXA 1LDCA 1VJIA 1V7YA 3UD6A 3W7NA 4JX6A 3O16A 3NQGA 4R34A 1YDVA 1H1YA 3S0CA 3E0IA 4FXSA 2WSYA 3PWAA 1EUNA 5D32A 3T78A 4X22A 5FESA 4QIUA 3HG5A 2YW3A 3UWWA 2C3ZA 2TMDA 3NQMA 2NLIA 3Q2DA 5T26A 4BFAA 1Q6RA 3GR8A 2P1FA 1K7FA 4JTFA 1GOXA 1TTJA 1RQHA 3C3NA 4XUGA 1OX4A 3O8AA 2JGQA 3QF0A 1Q6LA 3W1UA 1XCFA 3N3MA 2X30A 4O15A 4IGHA 5AHEA 1VQTA 3A21A 4JNMA 5J5DA 1C8VA 4NNAA 2Q8LA 3WFAA 3NQ7A 2AAMA 2WO5A 1WBJA 3LTSA 2F84A 4Z1BA 3TW7A 1XI3A 5D2YA 1TV7A 2ZTJA 3NL5A 1O60A 1PV8A 3DH7A 1TJPA 1YXCA 2E5DA 3HO8A 4K37A 4FXRA 4N9DA 3UQNA 4ORMA 3RF9A 3RMJA 3EWYA 4POCA 5KZDA 3WK0A 3N19B 3DFTA 1F05A 2AGKA 1FCQA 5CPLA 5C5YA 3PG9A 3MYOA 3PF3A 3NR0A 2QCNA 4Q4KA 4LS0A 1PVNA 1RR2A 5HR6A 1I45A 1YDNA 1TREA 1RQEA 2Y62A 3HPXA 2QCGA 4GXMA 3HG4A 3G1HA 1K8XA 1QOPA 2PURA 2OT0A 3N73A 2TYSA 5AHNA 1JJKA 3GKFA 1JQXA 3G1FA 5C54A 1PL9A 1EP3A 2YCEA 4OQVA 1OFDA 2YYTA 3M7WA 4BI6A 4JX4A 3R12A 1W37A 1C9DA 4O54A 4WY0F 4U28A 3TC6A 4LVDA 5D05A 2E09A 3QPZA 3LX9A 3L67A 3P84A 2R8WA 2P0OA 1Z44A 4YL2A 5F4WA 4S1FA 4B5NA 3EX1A 4RZ4A 1D9EA 5L6UA 1H60A 2YSWA 3LRKA 3NQFA 3GZ3A 3P7YA 3O06A 3RK8A 4DEFA 5IBXA 3UY8A 3DAQA 3CWNA 1W5NA 1PHWA 3SIZA 3KVMA 1HO1A 3GNNA 1ZAIA 1FWTA 2CU0A 4Z0SA 1M7PA 4IMDA 2H8XA 1BWLA 1OF6A 5C6MA 1VPXA 4O0ZA 3MI3A 4JTTA 4NX5A 3W72A 3I68A 4LUJA 4WXYA 1G6CA 1G4SA 1JVNA 2GQ9A 3UWYA 4BWLC 1SR9A 2DZVA 1ME9A 1OK4A 3I65A 3NYZA 2QCHA 3C2OA 1TTIA 4IWWA 3LI0A 4QSHA 2B7QA 1L2UA 5AYXA 4FX7A 5E1QA 1H7XA 1Q6OA 2CLMA 4KFOA 3WJSA 1SQ7A 2VENA 3MHFA 4AVFA 2VELA 3W22A 2ATSA 2W79A 1UASA 3N2MA 1EIXA 1F76A 1VHNA 1ICPA 1XC4A 1TPDA 2I1OA 4NXSA 1O5KA 2J88A 5DCBA 4O50A 4XBSA 1SZFA 3O63A 1EA0A 2ZA1A 4LWWA 4MY1A 1B3OA 1VHCA 3L0KA 5FI8A 1TPC1 5AHIA 1KA9F 2E1DA 3MO7A 3FS2A 4LOCA 4MZ1A 2DZPA 1HO4A 3NG3A 4JYFA 5BOOA 1G4EA 2P10A 4PL2A 1QCWA 1LRQA 5F4XA 4O1CA 1KM2A 3CHVA 2DP3A 4U4MA 3HB9A 1YPFA 4PC8A 2VEIA 3T7VA 3NPWA 1GVRA 2A21A 3UPWA 3W7KA 4HSOA 3BG9A 3OIXA 4LS2A 4ZQPA 4GUIA 1OX4B 3W1RA 3M5YA 1MO0A 4O13A 3U8GA 3QC3A 5LGXA 3QH2A 3Q37A 1QPRA 3ANYA 2H6RA 1AL7A 3L66A 2ZZ3A 2ZRVA 3QRHA 3LCHA 1FDZA 3W1MA 3G1XA 4NJGA 3R5EA 1N8FA 3LV5A 4WX2A 1FX6A 1A53A 3TCEA 1VH7A 3F4WA 5EL1A 4HHPA 2CLFA 3LCXA 4CNNA 2QCEA 1FCBA 3NM1A 5HUPA 3C2EA 5AOUA 2Y7FA 3W2LA 3EWXA 4O8RA 2RFGA 2E5CA 4XTIA 1A50A 2OCZA 5LNSA 5FEWA 3MUXA 2Y85A 3RFAA 4KWWA 3IIXA 2C0AA 4M6VA 1P0NA 4UIOA 1F6KA 4ADSA 1OFEA 3MP4A 3JS3A 4HIBA 3BV4A 3MBFA 4LC8A 3RLUA 5CZ0A 1VZWA 3NXFA 3B4UA 2QCFA 5D37A 2GJLA 2ZZ7A 2WSRA 4D2JA 3GB6A 3P74A 4JY8A 4BWLA 4S2BA 6TIMA 2Y7DA 1TB3A 4LTSA 1TRDA 1XDMA 2CLEA 5I3JA 2VOMA 5KINA 1X1OA 1KM6A 3QEZA 1EP1A 1I2OA 3B05A 3W7HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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