3RU6A

1.8 angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrf) from campylobacter jejuni subsp. jejuni nctc 11168
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
228
structure length
220
Chain Sequence
AMKLCVALDLSTKEECLQLAKELKNLDIWLKVGLRAYLRDGFKFIEELKKVDDFKIFLDLKFHDIPNTMADACEEVSKLGVDMINIHASAGKIAIQEVMTRLSKFSKRPLVLAVSALTSFDEENFFSIYRQKIEEAVINFSKISYENGLDGMVCSVFESKKIKEHTSSNFLTLTPGIRPFGVANLAMARENLSDYIVVGRPIYKNENPRAVCEKILNKIH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title 1.8 Angstrom resolution crystal structure of orotidine 5'-phosphate decarboxylase (pyrF) from Campylobacter jejuni subsp. jejuni NCTC 11168
rcsb
source organism Campylobacter jejuni subsp. jejuni
total genus 80
structure length 220
sequence length 228
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ru6A00
2ZZ1A 1DOSA 4UTWA 4GC4A 3E9AA 5K9CA 3BW2A 1DV7A 4QAIA 3E49A 1G4SA 4XUGA 2GQ9A 5FESA 4N6EA 2VEKA 3LCGA 1JUKA 2Z2UA 2PC4A 5H2ZA 1GYNA 5AHIA 4X2RA 3S5OA 3TIMA 1VCGA 1XBZA 4MY1A 5BMWA 3OVQA 5AHNA 4JTGA 3KFTA 4MYXA 1SR9A 3SGUA 5BW6A 2B7OA 5LGXA 3NQVA 5D2TA 4MZ1A 4E0CA 2BX7A 4IXHA 3EX4A 1DBTA 4FNUA 4M19A 1KTCA 4G1KA 1JCNA 2Q8LA 1F6KA 3H53A 3NPXA 1QWGA 1Z44A 2I1OA 4XWUA 3TC7A 1OF8A 4JTFA 1XL9A 1WDWA 4RLIA 2C15A 2YFNA 4Z1CA 1AL7A 3INPA 1SZGA 4ZQNA 4O14A 1JJKA 1VQTA 4IX0A 3W7MA 4NNCA 4Q33A 5G1TA 2J9ZA 3VKJA 1Z42A 3NOEA 1LRNA 3O05A 3W07A 3G3DA 3BVJA 1H60A 4JEQA 4RXFA 4J9JA 2GOUA 3TR2A 4IMCA 2B7PA 3GDMA 4UNLA 3GNNA 3W1LA 3NAVA 5G4WA 1W3IA 1KFJA 1FWRA 5H91A 1TV5A 2V30A 1H7XA 2PCQA 4UTKA 3B0UX 4N02A 1MEIA 4OE7A 3EX6A 4OU1A 1P0KA 1EEPA 1Q3NA 2YX0A 4WXYA 2R94A 4NZFA 3S1WA 3EX3A 5J5DA 1FDZA 1FCVA 3LRMA 3HIJA 4JICA 1OG0A 3IGSA 5CZJA 3DFQA 4RV8A 2BXVA 4MJZA 3G18A 1EB3A 4NX0A 3HGJA 1G6CA 3WJWA 1KBIA 1XI3A 4NJJA 1WQ5A 1H63A 3FOKA 3NQAA 5F2LA 1YYAA 4N9BA 4JY9A 3TQ0A 5KZDA 1FBAA 4U28A 1YADA 1IGSA 3LBMA 1IXOA 3HGOA 1KTBA 4AWTA 3NNTA 2QCDB 4RZ4A 1KFBA 1ADOA 1TV7A 2JKAA 4DPPA 1XUUA 5K7JA 3G1DA 4XTDA 2C14A 1OJXA 2OZ0A 1DQXA 4N9DA 1JCJA 4A2SA 3NA8A 4UFJA 4LWWA 4NJKA 2C13A 2QF7A 3G24A 3IGUA 5D2WA 3TROA 1EP2A 1I2NA 4RK8A 3BGGA 1PL9A 4XBKA 2ATMA 5FEPA 3TXVA 1VYSX 3W75A 1GG0A 5K3VA 5D32A 3I7RA 1P4CA 3VNDA 2TPSA 2W79A 5FI8A 4DQWA 1VCFA 7TIMA 2FTPA 5DCEA 3S0CA 4AB4A 3M47A 1FDJA 1QOQA 4ZQOA 3PR2A 5TIMA 4M7TA 3TSMA 2G97A 3IIPA 4NT0A 2FIQA 1LTDA 1W54A 3E12A 2EHHA 3BO9A 2P1FA 3OA3A 2UV8G 4PH6A 3C4UA 1VHCA 5EL1A 2CLMA 3P7YA 1M7OA 3QF0A 4R7JA 4MY9A 3A23A 3DXIA 5D30A 5U4NA 3NL6A 4W9TA 3KX6A 1B4KA 4JTTA 3GR8A 2G96A 4O0ZA 3B0VC 3S5NA 3SY5A 3JRKA 3ANYA 1AW5A 3HMJG 4WD0A 2QCDA 3TAOA 5CGQA 4LS0A 1OABA 1VLIA 3Q58A 1VR6A 2WKJA 1QMLA 3W1TA 4O1DA 1AG1O 2V2CA 1ZCOA 3B06A 1S5TA 4AF0B 1KLZA 5E1QA 1DORA 3E96A 3H55A 1LP6A 2QCNA 4BK9A 1S5WA 2J88A 3N19B 3G3MA 2Y62A 1F73A 5HQEA 1MXSA 3TJLA 5EBUA 1P0NA 4N9EA 4L4MA 4LVDA 4O0KA 2QCFA 1W8SA 1VLWA 2G95A 4HPJA 2EPHA 3GDTA 1EWEA 2CLIA 5LGZA 1GWJA 4TO8A 2ZZ5A 3IGXA 3DHDA 4Y8FA 3MYPA 4FNQA 2VC6A 4ORIA 4Z0SA 3R89A 5J5RA 2E09A 1OX4A 2DP3A 5FF0A 1D3GA 3QW3A 1L6YA 4IOTA 2ATSA 3L21A 5EA9A 2ZZ3A 1KM3A 5I3HA 4QSHA 4AAJA 2DZSA 1MZHA 2B7NA 4E2BA 4A21A 5LNUA 1KM4A 3FYPA 1LBMA 2C1HA 3HGSA 1Z48A 1VRDA 3EWWA 3MUXA 1L6SA 5D05A 5AFDA 2FB2A 4KFNA 1FWWA 1UASA 2A7NA 1A5CA 3QPYA 2FPTA 1MSSA 1SW0A 4GRSA 1J4EA 1R2RA 1LLWA 3BW3A 3W1QA 5I3IA 3CIWA 5HWNA 1YXCA 3HOJA 4QQ3A 4UFLA 3SSJA 4Z08A 3EXTA 1FWTA 4GUJA 3TV8A 5C2XA 2YCEA 4AF0A 3W7PA 3GXPA 3W1NA 5DY2A 2H8ZA 2PRMA 5A8GA 4OBTA 1K7XA 2CZFA 4O11A 4HSOA 2ISWA 3PC0A 2C18A 1B57A 1DKWA 3W7EA 3M5XA 4MJMA 5IBXC 4LV9A 1KLYA 4KFPA 4K38A 2YXGA 3UXAA 1FUYA 5KZMA 5IBXA 2TYSA 1JUEA 1ALDA 4LVFA 5D03A 4C1KA 2NLIA 2Y7EA 2ZRXA 2XN0A 4ML9A 4IJBA 2FFCA 4KFOA 5AN7A 1YXDA 3C56A 3LLFA 3FJLA 3O06A 3HG3A 2OCZA 3NGJA 2WSRA 4S2BA 3MP4A 2HS8A 2R91A 1VJIA 3QH2A 4GUIA 4O50A 1FCBA 1X7FA 5T26A 3RLUA 4OV4A 3LRLA 2EAWA 3I68A 3IIOA 1YDNA 4IWWA 4LOCA 1I2OA 4RJEA 3CEPA 1LOSA 5KMYA 1K8ZA 1FXPA 1YDVA 1H7PA 3DFTA 1XCFA 3W7CA 3SW6A 3W2NA 3QMTA 4IPIA 4Q32A 4UFMA 4NQ1A 1ZJIA 2WOQA 2H90A 4BR1A 1C9DA 3LGEA 3P5YA 4IMEA 4P61A 5L9FA 3PY2A 3UQNA 4FF7A 1AW2A 1SFJA 3R2GA 3CM4A 3OEXA 4JX6A 1HL2A 4GBUA 3EWUA 1OYBA 1UBSA 3W7QA 1VYRA 1K03A 3WJYA 5E0KA 3VE9A 3LTYA 3C61A 4NXSA 5EMUA 1OK6A 1PS9A 3U2OA 4UTMA 3NQGA 3GDLA 4DXVA 3W88A 3KAOA 4DEFA 4JY8A 2JGYA 4JYDA 1TPB1 1XDMA 4GWEA 8TIMA 1JCYA 1YPIA 3RLVA 4QISA 2DZWA 4WX2A 1MEHA 1RR2A 2Z1BA 5BMXA 4Y6GA 1VPXA 5K9DA 2ZA1A 3C2OA 3HB9A 1W56A 2X1UA 3W7IA 4MYAA 5ABTA 2QJHA 3CT7A 3KVMA 1OFDA 3W1RA 1U5JA 3H54A 3QSRA 1LOLA 1U83A 3TSDA 3EB2A 3B8DA 4X9SA 5E93A 4LNYA 1S5VA 2H3DA 4QITA 4E2DA 2RDTA 4ZZ9A 2QCHA 1WAUA 2E6DA 4JX5A 4POCA 3MI6A 3W72A 4DO5A 2YDAA 1AMKA 1ZAIA 1QAPA 4LVAA 3W2JA 3KVKA 4MFDA 3N9RA 3M43A 1AW1A 4PTNA 4UTIA 4M5PA 3ZS4A 3WJXA 3A21A 5AC6A 4Z1DA 4FX8A 3O8AA 5AHMA 1A5AA 2NV1A 2XN1A 3NQFA 5FF3A 4S1FA 4TMCA 3W83A 1RQEA 5C55A 4O18A 2P0OA 1TPH1 2VFFA 1N55A 4ICNA 1XXXA 5AC8A 1O60A 3ABQA 1TPVA 1X8FA 3DFPA 1E51A 3NVTA 5F2GA 4O13A 2CLFA 1ZALA 2ZZ6A 3M41A 3NM3A 2QCCA 3UPBA 3PULA 3NO5A 2X1SA 3LHWA 3W2MA 4ZQCA 4EWND 3G0UA 5KINA 1W3NA 2VELA 3M5ZA 2CLKA 2WNQA 3TH6A 3ATYA 5EKYA 5CSRA 4N9CA 1WV2A 4NJIA 2ALDA 4N2YA 1SQ7A 4H3DA 2V8ZA 1L6WA 1TTJA 3FEMA 3UWVA 3GR7A 4D2JA 1F76A 3GB6A 3O15A 4GJ1A 3EX2A 5DXXA 4AHQA 3A9IA 5DN1A 1TPEA 3DZ1A 3S8HA 5FF2A 3GXNA 3LXBA 2CFFA 1F2JA 3CEUA 4FX7A 1J5TA 3ELFA 3M44A 3W87A 3QFEA 3LB0A 1UUOA 5DY3A 1FY6A 3SIZA 4LS2A 2GPTA 4WY0F 1PIIA 4BFAA 1XFBA 3RNDA 3LXAA 1GTEA 2Y70A 1B9BA 2J9XA 3W7NA 3W74A 1NF0A 1WXJA 3DBPA 3O07A 3EWXA 3TFXA 1EPXA 3A24A 4M6PA 5TQLA 2TMDA 2NWRA 3WK3A 3FLUA 4EIVA 2C19A 2A5HA 3ABOA 3OVPA 4LUIA 2Y7GA 4AVFA 4LY8A 1ZHAA 1DVJA 3W86A 3NL5A 3DFSA 4JD4A 1XKYA 4HN4A 4FHAA 1L2UA 1ZENA 1FX6A 3EX1A 3W7JA 3I7SA 3LCXA 4GUGA 1KTNA 2CZ5A 2ZTKA 3LX9A 3N9SA 4Z1BA 3UD6A 4YL2A 2NXIA 4O1AA 2ZYFA 2QCEA 2DZTA 3QEZA 4UR7A 3CC1A 3T44A 4O28A 5KITA 3W85A 4WY0A 3PG8A 4UXDA 3KHJA 2ZTJA 1YTDA 4K8HA 1OFPA 3PUEA 5F4XA 2BZNA 3C2FA 3NL3A 1KW1A 4JIPA 1KFLA 4DO4A 1FQ0A 3KRUA 1QFEA 2A7PA 2E6FA 5FEXA 1KFEA 2EF9A 3ZWTA 5D2YA 4IPJA 1RV8A 3W6YA 4N4PA 3CQ0A 2RHGA 4GFSA 4YLWA 2WNZA 4TIMA 3W1XA 2AGKA 3NQEA 5G2IA 3PS7A 2XN2A 1O94A 4WJEA 1LRTA 1MEWA 3PSVA 1JUBA 1UB3A 3UWUA 3B05A 2Z6IA 3IEBA 2Y63A 3HPZA 3LCIA 4BWLA 4DO6A 2NXHA 3LCWA 1LRQA 3OHIA 1R47A 1H7RA 2Q3RA 4AMAA 5CPLA 2Y7FA 5DELA 3MHGA 1QPNA 4RX0A 2QAPA 5L6UA 3PF3A 1R46A 4FIQA 3EWYA 5D09A 1KM2A 3L0NA 4I7VA 5F1UA 1W1ZA 3MP5A 2HTMA 1EA0A 2Y7DA 1HFBA 3D0CA 3DENA 4X3ZA 4WUIA 5I3FA 2HMCA 3PBWA 3S6DA 3TW7A 2VFDA 4DBDA 4UMBA 1LYXA 2VEPA 3QZEA 4O1BA 1H7OA 5HUOA 3GX9A 2Y61A 3TKFA 1K8XA 4ZQPA 4KWVA 1OK4A 1H1ZA 2WV8A 4L4LA 2GUUA 3IRDA 3ABSA 3QJAA 1QNVA 4R34A 4K37A 4UTHA 1TPDA 4MZ8A 3TJXA 1TCDA 4M6VA 2GQAA 4YWIA 3GYEA 3W2KA 5LNSA 1IF2A 3DFNA 2CLEA 4K7YA 4O19A 5D2XA 1EX5A 4CQ8A 2BTMA 5DCDA 2RDUA 1W37A 1SSGA 3T55A 2NZLA 3LCFA 3W1PA 4OQVA 4PC8A 2VFIA 5AHLA 2ZFAA 3L9CA 3STFA 5D02A 3P82A 1W31A 1FWSA 1XBVA 4NU7A 1QO2A 1K8YA 3FJ6A 4P2VA 4O54A 1VC4A 4NZJA 1SZNA 4JDYA 3RFAA 4C1LA 1TSIA 2J6XA 2FPYA 1G67A 3V1PA 4CCDA 3TUUA 3TSBA 2XFWA 4FXSA 1ZFJA 1X1ZA 2OX1A 3G22A 2A1YA 4MZYA 4PODA 5CZSA 1UUMA 5F2MA 1YPFA 2A4AA 4I7UA 3TFCA 1I2RA 3AO0A 3G1AA 3SJ3A 3TNOA 5A5WA 1IIHA 4WOQA 2V2DA 4IQLA 3TXZA 1GZGA 1B3OA 1I8JA 2GVJA 3FS2A 1CI1A 1ZNNA 3B0PA 1KA9F 5EY5A 1G4PA 2E5CA 1PCWA 1I2QA 4O4WA 2E5BA 1DJQA 3FKRA 5HR7A 1SUXA 4S2CA 1ICPA 1Q6LA 1PVNA 1EUNA 5F4WA 3G8RA 4HT3A 3W71A 3FFSA 3F4WA 2EGZA 1TQJA 2JGQA 5D38A 3S42A 3NPWA 3OBKA 4O12A 1OFEA 3W7GA 2ZRVA 4MLRA 1HO1A 1H7WA 3NM1A 1WBHA 3M1ZA 5HWMA 5I3KA 2CWNA 2RDWA 3NL2A 4JTUA 3QMSA 1T99A 4HHPA 3CU2A 3QC3A 1H62A 4UMAA 3VE7A 1KV8A 1OX5A 1OYCA 1KM5A 5SWUA 3CWNA 3NR0A 4LW7A 4LUJA 3L5MA 1A53A 5C54A 3SZ8A 1T0OA 3LBCA 1OF6A 2QUVA 4M6QA 5DXYA 3UNDA 3DI1A 3O6DA 3UZ5A 2G5WA 1TJRA 3W22A 4NNAA 3G1SA 2YW4A 3Q94A 2RKXA 3MBFA 4UR8A 2KZHA 1SZEA 5LNRA 3LI0A 2X30A 4UIOA 5G4EA 3TU9A 3TK7A 3E0IA 3LTPA 1T96A 3UY8A 1DQWA 2O7QA 3NZ1A 3T4CA 1LDCA 2B7QA 4N4QA 5CPMA 2OMAA 1FWNA 4JIQA 3T7VA 1IIGA 4ADSA 4MOZA 4TU1A 5IM51 3PBYA 4JS3A 2QEZA 3SR7A 1LORA 1G4TA 4XZ9A 4A22A 3L0KA 3OIXA 1VYPX 3LHZA 2OT0A 3CWOX 1F5ZA 1XDLA 1FCQA 2Y88A 4E38A 3LHTA 3S9YA 2A2IA 1P5BA 3UY7A 3TE9A 3W7DA 1KBJA 5HR6A 3L2IA 1OFRA 3W2UA 1RQHA 5D04C 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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