3S1WA

Transaldolase variant lys86ala from thermoplasma acidophilum in complex with glycerol and citrate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVAIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPDGKLIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords Probable transaldolase
publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 85
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s1wA00
3NZRA 3MUXA 3LI1A 2WNZA 3TC6A 2BSLA 3C0JA 3NL5A 3QEZA 1EUNA 1XBZA 1S5VA 3O15A 3LV6A 3EXSA 4ZQPA 5LHFA 5I3JA 4XTDA 4MOZA 1WBJA 2P10A 3W3OA 3W2LA 4UUIA 4OQVA 3GDTA 1PL9A 1SW7A 5G4WA 1VHCA 1VYRA 2RKXA 1RD5A 3A24A 3MW7A 2JGQA 2A21A 4HKPA 1W31A 5D09A 1VLIA 1WX0A 1XBVA 4M7SA 3NQ8A 2DZUA 2NV2A 3OVPA 5FEXA 2A7PA 1SR9A 3FYPA 5KZEA 3V75A 3G1AA 3UWZA 3IGSA 3QQ1A 3KVMA 3F4NA 1FDZA 3GR7A 3LLDA 4LWWA 3MP3A 2ALDA 4LY8A 3W70A 3LTSA 5T26A 3E9AA 4DXVA 3I7QA 3DHFA 3RK8A 4NJKA 4O1BA 5D38A 5HINA 2ZTJA 3S1XA 5D37A 3IIPA 1O4UA 4MY8A 3QSTA 3NPXA 2WQPA 2QCDB 1UUMA 1KFBA 3HG2A 3T44A 2W0UA 5H2ZA 3B4UA 3PUOA 4UTTA 3EX4A 2R8WA 4EOUA 2E77A 3C52A 3N3MA 5HR7A 1K7FA 3TFCA 1OFQA 1ZNNA 1LRQA 1X6UA 4XUGA 1P0KA 1TPUA 3NPVA 3PBYA 3NOEA 4IGHA 3SECA 1GTHA 3MP5A 1Q3NA 3MHUA 2X16A 4MFEA 2CLKA 3PBUA 3HOJA 3G1VA 3PAJA 2V8ZA 3FLUA 2VEMA 3G1FA 4AWSA 1NEYA 4ZZ9A 3PC0A 4ZQCA 2X2GA 2GPTA 4CCCA 3S0CA 1VS1A 4Y8FA 1O95A 4IPJA 5AOUA 3DI0A 4AF0A 1OX6A 1SZEA 1GYLA 4JEQA 5F2MA 5BRBA 3W1LA 3S8HA 3BO9A 3W07A 2GJNA 1WBHA 1S5WA 3MBFA 3GNNA 5AHFA 1NF0A 3LHVA 5U4NA 1YPIA 1VCGA 1UB3A 5FEZA 4PL1A 3WJZA 2ISVA 4K7VA 1DVJA 2CZ5A 3NQAA 1SU5A 3W2UA 1LRNA 3GYEA 3IVTA 1XL9A 3W1UA 3QJAA 3NEVA 3W7OA 1AL8A 1MZHA 5D2TA 3M1ZA 3U8GA 1O60A 1LDCA 1K3UA 1SPQA 4O50A 4FNRA 1Z48A 1FCQA 1T99A 4CQ8A 4LS1A 3UXDA 3OA3A 4Z1CA 2DZTA 3FOKA 3HPSA 1ICQA 4MLJA 4QM1A 2YX0A 2RDUA 5K9DA 4AWUA 5G2WA 4Y96A 4WOZA 2NUXA 5CG7A 4ADUA 3L5MA 3WJXA 1GG1A 4BI6A 3CQ0A 3G1DA 4GUIA 5C6MA 3O06A 3PG8A 1EB3A 4JTGA 4XZ9A 4D2JA 5F2GA 3HQ1A 3BK0A 4NUWA 2Y7FA 4WJEA 5LGXA 5GVJA 1YXCA 5J5DA 4E2DA 4UNLA 3GNDA 4DPPA 1ZAJA 1LBLA 5DXXA 5AHNA 4MKNA 4UIOA 1KM0A 1RQHA 1TSIA 2VENA 1BEUA 1KFCA 2A6LA 5IM51 3E0IA 1XFBA 3GXTA 1GYNA 1SZGA 2TSYA 1TRDA 3DGRA 4QNEA 1TJRA 5AC8A 1FXQA 2NLIA 3T78A 3O6CA 4AXKA 3DBPA 2YW4A 1KM2A 2B4GA 3O1NA 3G1XA 1EPXA 2V5LA 3LHZA 2J88A 5J5RA 2A5HA 3QRHA 5I3GA 3NGJA 3N14A 2Y7EA 3CM4A 4M7TA 4JTJA 1ONRA 1OYAA 2JK2A 5CSRA 5FF4A 1XI3A 1LRTA 2QUTA 4FNQA 5SWUA 2QUUA 3P8IA 4LVGA 3HJZA 1IGSA 2VFGA 4JTUA 4UTLA 4XKYA 4MJMA 3M5XA 3W73A 3NPWA 2F84A 1BTMA 4N4PA 2JGYA 1TREA 1UUOA 3A22A 3DI1A 3LTPA 3MP4A 3S6DA 1LLWA 1SZFA 1LORA 4LS0A 1LZOA 3WJWA 5AFDA 1VC4A 4IMEA 3TXVA 1OFOA 5CZJA 1LBMA 3KRUA 4HIBA 4QJ1A 2FDSA 2GVLA 5AC6A 3H54A 1PVNA 1WQ5A 3M0ZA 1X1ZA 2EAWA 3YPIA 1LOSA 2ZZ7A 2RDWA 4KFOA 2HSAA 3W9ZA 3FA5A 2GVJA 4AVFA 1JCLA 4AF0B 3O8AA 1I2OA 3TCEA 3CEUA 2VFFA 3DXIA 2ZRZA 1ZAHA 2QAPA 4UCGA 4MIMA 3BPWA 3S5ZA 5DLCA 4OHQA 3LM7A 2HS8A 1YDNA 3QYQA 4A21A 4O8RA 4PEKA 2J9XA 2Q3OA 3M9YA 2E5BA 4RJEA 3W7RA 2JKEA 4Y6GA 1LOQA 1KLYA 4UC5A 1C8VA 5KZDA 3S5YA 4ZQMA 3M47A 2CZFA 4JTFA 3KVKA 4MY9A 1TQXA 3LRMA 1KM1A 1GJPA 2EHHA 4O19A 4LVDA 4ORIA 1IF2A 5EYWA 1SFJA 3QPZA 1M6JA 4MFDA 3TAKA 4YLWA 4NXSA 4DQWA 2H8ZA 3C2OA 1YPFA 3C2EA 3U2OA 3W83A 1ZY9A 4DEFA 3L0NA 3B06A 1PCWA 5D04C 4N2YA 5DELA 1IIGA 3EXTA 3VE9A 3TROA 4EIVA 1J2WA 3IIXA 2QCLA 4ADTA 4GE8A 4RCXA 1KV8A 4BI7A 1PE1A 1DOSA 1R30A 3CTLA 2XN1A 1KM6A 1TJPA 2GQ9A 2Y89A 4DELA 5CZTA 5HJLA 4GUHA 1QDSA 3GDKA 3STEA 1EP2A 4UR7A 3L5AA 3GX9A 4DBEA 1TYGA 3NQVA 2G95A 4JTEA 3BG9A 1K8ZA 2BLEA 5EA9A 3E96A 3RMJA 5E1QA 4UTMA 4WD0A 4KFNA 1G4PA 5HUPA 3T7VA 2ZA3A 1KTNA 4K6AA 5LSMA 3B0PA 1SZNA 3IRDA 2ZZ4A 4GJ1A 4P61A 2NXIA 3E02A 1EP3A 3SJ3A 1WV2A 3R8RA 4K37A 3B8DA 1OVDA 4Z1AA 1XCFA 3P81A 1Q45A 3QH2A 3GKFA 3ABOA 4MPQA 2WOQA 5G5IA 3R13A 4O54A 4N6EA 4XKYB 1XBYA 2PRHA 5K4ZA 3P8JA 3O6YX 3LHTA 1QAPA 5AYXA 3L0GA 3DFNA 4AH7A 5DXYA 2G5WA 4PA8A 1JCYA 1P0NA 1SW0A 2BXVA 3G1HA 4FX8A 3NL2A 3OEXA 4LVAA 4OU1A 1F5ZA 3F1QA 3W6YA 4LTSA 1I2PA 3N9SA 3B05A 1H63A 5I3IA 1L2UA 3HG3A 1QCWA 3M6YA 3TX9A 4OE7A 2H3DA 2FPTA 3P61A 3W2JA 1JUBA 1B9BA 3TJXA 5CPOA 3SZ8A 3G8RA 4LUJA 2WV8A 1MO0A 5G1TA 1UCWA 1JRBA 3W7DA 3HO8A 2H90A 2W6RA 2DORA 5FF3A 2NX9A 4FIQA 3W1NA 4LNYA 2J6XA 4Q32A 4EWND 2CLMA 3S42A 3PUDA 2NWRA 2Y7DA 3DKJA 1JRCA 1R2TA 1WYIA 2A85A 3PY2A 4Z0SA 4HHPA 3BG5A 1QOPA 4UR8A 1AG1O 4CNNA 3NAVA 4QAIA 5HULA 3ZWTA 2H3BA 1TV5A 2BZNA 5F1UA 1HG3A 1TCDA 1TPEA 1OK4A 1VYSX 2E6YA 2E6FA 4PC8A 4HPJA 3CWOX 4E38A 1OFBA 4YXGA 1DKWA 2GVGA 5D02A 4MYXA 4JTSA 1AW2A 2EGZA 2ABBA 1JCXA 4JNMA 1K03A 1KLZA 1X8FA 3EWWA 2VEIA 2YGYA 3Q58A 1HL2A 1V5XA 2X1UA 3PSWA 3SY5A 1BWKA 1G4EA 3GXNA 3EX6A 4EVZA 4LVFA 3C56A 3UYCA 4ZVJA 4Y9AA 1ALDA 4FXRA 3W1XA 3W87A 2DJXA 4POCA 1DBTA 3WK0A 3LV5A 1W8SA 4TMCA 1M7OA 1ME9A 3MI2A 1OF8A 3W1RA 1TTIA 2PC4A 3W86A 3BGJA 3KXQA 4JICA 3SGZA 4A3UA 3WK1A 1DJQA 5HWNA 3W2NA 1U5JA 2B0MA 2JBMA 1KTBA 4E2BA 1D9EA 3MWAA 4FB7A 1JR1A 1YTDA 1Z42A 4JYEA 4N4QA 2Q3RA 1WOAA 2NX1A 3EEGA 1YYAA 1W54A 4RKAA 1NVMA 2C0AA 2CLIA 1KV5A 4O53A 3PWAA 4UTWA 1FXPA 1HFBA 1M5WA 4K39A 3M16A 2J27A 4RXGA 4YCPA 5C5YA 5D33A 2YPIA 3QMSA 1EUAA 2WSYA 5KSWA 3GDRA 4ONVA 1A5AA 2CZEA 4O0KA 3SR7A 3W2MA 3FIGA 1A53A 2V30A 3STGA 5F4XA 3MHGA 4WZHA 4DBDA 1UJPA 4JTHA 1W5PA 1J4EA 3EWZA 3BW3A 1LLZA 2QJHA 4XTIA 3KFTA 3W7MA 3W7NA 3M5ZA 2GJLA 1KM3A 4KKXA 3NDOA 3E49A 4O1AA 3E12A 1GG0A 3UWWA 4S2CA 3NVTA 1TTQA 1F6PA 2KZHA 3W88A 5IBXC 4BF9A 2Q8ZA 2I14A 3W7LA 4O13A 3PR2A 3UD6A 4MZ8A 4AB4A 1ZALA 5D2YA 1FQ0A 3O6DA 4CCDA 3M5VA 1SO3A 4AEOA 4RX0A 3NQCA 4WX2A 1YTKA 1AK5A 2CU0A 5FEWA 1D3HA 2RDTA 3ATZA 1SQ7A 4JS3A 3GAYA 4P2VA 3VKJA 5LZLA 1F76A 1HO1A 1ZENA 3Q2DA 2NZLA 1E51A 1FUYA 1H50A 4RK8A 3TSDA 3GKAA 1BWLA 3PVFA 4OBTA 1ADOA 5F2IA 2QR6A 3KOFA 1HTIA 2VFEA 1PV8A 1Y0EA 3TKFA 3SW6A 3A23A 1SSGA 1ICSA 3LBMA 2DZSA 2WKJA 2D73A 4MLRA 5AYZA 3LHUA 1K7EA 3HG4A 3LHWA 3TA6A 4XBSA 2E68A 3PG9A 3W7EA 2NWSA 3GAKA 3I6RA 5TIMA 2ZZ3A 4O14A 4QSHA 2X1SA 4NZJA 4A2SA 1LROA 4I7UA 2H8XA 2V81A 1GVSA 5D2VA 4AHPA 4RXFA 1K02A 2TMDA 4JTKA 3GVGA 5DY2A 4Q33A 3DFPA 4IX2A 1W5OA 3O07A 1CX9A 1R2SA 1IIHA 5AHIA 2P1FA 1ME8A 1LM1A 1TQJA 4RR4A 2DZPA 5LNWA 3L65A 1TV7A 1SO4A 3CT7A 1GQNA 1GTEA 3BV4A 4MVAA 4NNCA 3DFTA 4JR5A 2F7FA 4RZ5A 3O05A 3SSJA 4R34A 4CLMA 3NG3A 3R2GA 1OF6A 2C19A 4LS2A 1OYCA 2AQWA 3ELFA 2ZFAA 4M6PA 4O4WA 2X30A 4H3DA 2GQAA 4CQAA 3W1MA 4HSOA 3PB2A 1YXDA 2Z6JA 3L2IA 4LU0A 5K9XA 3T55A 2QDGA 3ANYA 1CI1A 3OVRA 3IIOA 6TIMA 3L21A 4ZQOA 5FEPA 2YXGA 1FCUA 3MI6A 5A5WA 2NXHA 3W23A 2ZZ5A 2PRMA 5LGZA 2CLHA 2Y61A 5EMUA 1H7PA 2FJKA 3G22A 1SFLA 4OWGA 4ML9A 4NU7A 4BWLC 1KFJA 3SI9A 1S3HA 4AWTA 3QMRA 1LOLA 2V0TA 3RLUA 2EPHA 3NQ7A 4R33A 3V1PA 1RZMA 3UY7A 2OJPA 1VHNA 3QMTA 1H1ZA 1XC4A 1R47A 4N02A 3HIJA 1H7XA 4LV9A 4RZ6A 5CSSA 3G0UA 3LRLA 5F4SA 4DPQA 2O7SA 4ICNA 3PF3A 3NNTA 4R7JA 5KZMA 2ZA2A 4HN4A 3DU0A 5CPLA 4G1KA 1M7PA 1TMHA 4R53A 3NQFA 2ZA1A 3IIVA 1JQVA 5HQEA 2XN2A 3M7WA 1TPDA 4LRSA 1IXQA 5HR6A 4HT3A 3THAA 4IUOA 1TTJA 4W9TA 3G0XA 3P80A 4L4MA 4NVTA 3W7CA 3KX6A 3AO0A 1YDVA 3LOTA 3WJSA 3MMTA 4FIRA 1DJNA 1RQEA 4UFHA 1C9DA 1O5KA 5AB3A 5AYYA 2Y70A 3UWYA 5LNSA 4WY0A 3EWYA 3G1YA 5FESA 1FDJA 1QPQA 2A1YA 4LVBA 3TIMA 4FX7A 4K36A 1L6YA 1PHWA 4IJBA 3STCA 1LCOA 4HNNA 2ZZ6A 3O16A 5A8GA 5G4EA 3GDMA 1VLWA 3NL3A 3W1PA 1Q6RA 4LUIA 4OGZA 4O15A 3DAQA 1F74A 1DV7A 3VI2A 3B0UX 5KMYA 1F6KA 5L9FA 4JDYA 1GVRA 5BMWA 3OG3A 1GOXA 3TNOA 4N9DA 7TIMA 4IX0A 3Q94A 4UFMA 1LYXA 1F05A 2J9ZA 3ABQA 4HNTA 5DCEA 1KTCA 3IEBA 4O17A 2WJZA 2FIQA 3C8FA 5AHMA 3ATYA 5HNRA 4UTTC 3ZFHA 4JXCA 5EBUA 5CGQA 4M5PA 1L6SA 5AHLA 3QC3A 2CW6A 3TK7A 4O10A 3M43A 3TMQA 1PS9A 2ABAA 3S1UA 3UNDA 1W0MA 3DHDA 4LOCA 4HNVA 1H5YA 1H51A 3P60A 2W79A 1EEPA 1OJXA 4HPXA 1TPC1 1W3NA 4FEZA 1X1OA 2VFDA 3DFSA 1H1YA 5FF0A 4O52A 1JCJA 1DQXA 2QCHA 3I7RA 4O1CA 4WUIA 3A5VA 3KAOA 5AHEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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