3S9Y | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	SGLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Structure-activity relationships of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors as anticancer agents. pubmed doi rcsb
source organism	Plasmodium falciparum
total genus	131
structure length	331
sequence length	331
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s9yA00

1JCNA 4MZ1A 1L6WA 4MFDA 2ZA1A 5DCEA 3C0JA 3PS7A 1RQHA 3BGJA 2ZTKA 3KAOA 1ICQA 1SZEA 2R94A 5IBXC 1VLWA 2LLEA 3LERA 3PF3A 3K30A 4AHQA 4DF2A 3FLUA 3TQKA 3E12A 1TTQA 3L0GA 1LTDA 3G1AA 3UNDA 3MUXA 3LCLA 1KTNA 1OHLA 3M5ZA 4NNBA 4MOZA 1DKWA 2PRHA 4XTIA 3EXRA 2C14A 3EX2A 3WK0A 3W73A 4NT0A 3IIZA 3WJZA 3DHFA 2BSLA 3G1DA 4HPJA 3LRLA 5D04C 2VFIA 3W2NA 3PG8A 2G97A 4DO4A 5F4XA 3EWBX 1X1OA 4N6FA 3W1TA 1I8JA 3HG4A 2OJPA 2NWSA 2HSAA 3RF9A 4JIQA 5G5IA 4XZ9A 1LOSA 5H91A 1JUEA 2KZHA 4O15A 2CLIA 4ZL1A 4E38A 2XN1A 3IGSA 5D38A 1CI1A 3W85A 4UMCA 1KM1A 3H54A 1SZNA 2JKEA 3GVGA 4HNVA 2RDTA 3L5AA 3C4UA 1TPUA 3E0IA 2V2CA 4IPIA 4MJMA 3QQ0A 5J5DA 5K7JA 2ABAA 4S1FA 4M5PA 5DXYA 3WFAA 1VCFA 5F2IA 3QSRA 2G96A 5CSRA 1WOBA 4WZHA 1XL9A 2NUXA 4RR4A 5F4WA 4LRTA 1H50A 1PVNA 3DZ1A 1W3TA 1TYGA 4N02A 4PC8A 5F2GA 4JD4A 5I3IA 1QPRA 3GR8A 1MSSA 3QZEA 5D2WA 3IIOA 3CB8A 5KZDA 2ZZ1A 1KFEA 3EWYA 5EL1A 4IOTA 4TO8A 5E1QA 3N73A 3VE7A 3I7RA 4AWUA 1FWTA 6ALDA 3LB0A 4DBEA 5K9CA 3G1XA 4BI5A 3S1VA 5AHIA 3MJYA 3W86A 3P84A 4UTHA 4JIPA 1AW2A 3IGXA 1QMLA 3FJLA 5F4SA 4CCCA 3O6DA 4EVZA 2Z1BA 2JBMA 3EX4A 2WO5A 2FLIA 3ANYA 1KFKA 1B9BA 1NEYA 1OFOA 1O95A 2WSQA 3DH7A 3GB6A 3O1NA 3P81A 1R2SA 4ADTA 2ZBTA 5KITA 2F7FA 1SU5A 2YFOA 5KZMA 4JEQA 4BWLC 2C18A 4H6KA 3W7HA 3MHUA 5FF3A 1T0OA 1VJIA 2RH9A 4ONVA 2X30A 3L67A 3VI2A 2YW4A 2YSWA 1XM3A 4HIBA 4ZVJA 2QCDB 1DHPA 3UYCA 3AO0A 4MZYA 1YADA 4EF8A 4YCOA 3GZ3A 3NDOA 3LHUA 3HG2A 1YTDA 1G7VA 5F2LA 4AMAA 4JTEA 5D2TA 4IXHA 6TIMA 3GDRA 4M6PA 2JGYA 3W1UA 3CWNA 1KTCA 1KA9F 1T8XA 1W3IA 1SFJA 5AN7A 3NR0A 3PY2A 1W5QA 5U7SA 2AAMA 3QH2A 1VQTA 3T44A 2GOUA 1KM3A 2RFGA 1VR6A 3F4WA 5HMSA 1I2OA 3C2VA 4O0KA 4AF0B 3NPVA 4N9BA 1O60A 3QW4B 3UPBA 3LHZA 5DY2A 1JUKA 1YXYA 4NX5A 1SO5A 1H7NA 1LP6A 4B5NA 5HR7A 4UFHA 5AHFA 4Z0SA 3DFQA 1D3HA 4FIRA 4MIMA 5D05A 5HJLA 1A50A 1H5YA 3NZ1A 1GG0A 4IGHA 2YW3A 2I9EA 3N9SA 2OT1A 1ZY9A 4NQ1A 8TIMA 3L5LA 2ZYFA 1FQ0A 1KV5A 1A5CA 4M6VA 3TSBA 3UWVA 5CGQA 5C5YA 5K2ZA 2GQAA 4Z1AA 3T7VA 4N9DA 4N6EA 3B4UA 3M44A 3PG9A 4FX8A 1H1ZA 3MI6A 4UR8A 5D32A 3SFKA 1F05A 3L0KA 3RLUA 5D30A 1F7BA 1SPQA 4K37A 4LW7A 2NLIA 4R53A 2FIQA 1TPWA 3MYPA 1SFLA 5K4XA 1YPIA 5DCDA 3KOFA 3N34A 1OYAA 3NOEA 3B0VC 1JVNA 3TMLA 3W2KA 1GVRA 1SUXA 3W1QA 3W1LA 1KM4A 4WY0F 2WJZA 3GAKA 1EPXA 2VFHA 4O50A 1LLZA 3W1PA 3STFA 3LCGA 3G0XA 2A1YA 3T55A 4WXZA 3NO5A 3B06A 1W0MA 2E77A 3QMSA 2E6YA 1DV7A 2QEZA 5D09A 4TMBA 2QCGA 2YXGA 4JY9A 1YLVA 5J5RA 2X16A 1R47A 4AWTA 4QNWA 1WA3A 4JTTA 4LUIA 1JCMP 4LVBA 1NFBA 3W7EA 1OFQA 1ZALA 2Y7DA 1UJPA 3LTYA 3KRZA 1N7KA 3TU9A 1CX9A 2YDAA 3UXDA 3OIXA 1WX0A 2V0TA 1ZAHA 5LGXA 3BW4A 3M5YA 1KFJA 1BWLA 3QM3A 4JTGA 3INPA 3NZRA 1UASA 1AMKA 5I3FA 2GVGA 3M41A 2YR1A 1RD5A 1G69A 5F1VA 4FXSA 1V5XA 3JRKA 1A53A 4FIQA 2NUYA 3T4CA 3DFOA 4JY8A 1YDNA 2P1FA 1OG0A 3G1SA 1MO0A 3W7PA 3LLDA 3V1PA 4MY9A 4A2SA 1XKYA 3NQ2A 1SR9A 4O0ZA 3QF0A 1KFBA 3IIXA 3O8AA 1TQXA 1W56A 3CU2A 4JTKA 2PRLA 1ZFJA 3NQMA 4GNJA 4Q33A 2XN0A 1JQVA 3NPWA 2NUWA 3ATZA 1SSGA 1IXOA 5FF7A 2ZZ6A 4RXFA 3EKLA 1TIMA 1TO3A 3QMRA 1EX5A 2RDWA 3DFNA 4UUIA 3TV8A 4I7UA 2E6FA 1K02A 3LI0A 1YDVA 2VOMA 3TCEA 2DORA 1VHCA 2ZZ5A 3G24A 3SSJA 5I3KA 1H63A 4IJBA 1XUZA 4UC5A 4D2JA 2NV2A 3MO7A 3O6YX 1TPB1 2A7RA 5TBOA 4L4MA 3NQDA 2DJXA 2DZUA 4K39A 3HQ1A 3IVUA 4A22A 3A21A 4MY8A 4UTTA 3PUEA 4JICA 1OK6A 4XBSA 3EWXA 1V7YA 3G1FA 5GVJA 1IXPA 2FDSA 3NXFA 3PB0A 4HN4A 1K8ZA 1QAPA 5KSWA 3QRHA 3KVLA 3LM7A 3S6DA 1RV8A 3DFSA 2H3DA 1B57A 1ICPA 4UIOA 3KFTA 2ZDRA 3FIGA 2CU0A 4PH6A 3A5VA 1EP2A 4FNRA 4WOQA 3IV3A 1Q3NA 5G1TA 3W2MA 3OG3A 3W7LA 4I7WA 3S5ZA 1W37A 1LZOA 2A2IA 1E51A 1GOXA 1PHQA 1W5PA 2DZPA 1OFAA 4HSNA 3G3DA 1OFEA 3OVPA 4Y96A 4LNYA 4O52A 2YGYA 4A2RA 4DQWA 3C2FA 3LGEA 1R2TA 2W0UA 3CIXA 1FXPA 1KM6A 4BK9A 2NX3A 3EEGA 3NM1A 4MFEA 3A24A 1KFCA 1W5MA 3LHWA 1H61A 4ICNA 5LZLA 3RK8A 3SY5A 3LRMA 2TSYA 2HMCA 2AGKA 2ISSA 4UFLA 2CFFA 4JTHA 3W1MA 3ZWSA 3CQ0A 2DP3A 4Z1DA 2QCDA 1KTBA 1FCVA 1TPDA 1U83A 5BMWA 1PCWA 1O5XA 5HWMA 1A5AA 4GWEA 4IMEA 3BV4A 3MMTA 3OVQA 2JK2A 1WYIA 4UTUA 3HPZA 4KFNA 5LKYA 5G2HA 1BTMA 4GUFA 1O94A 1W5OA 1TTJA 4O54A 1K8YA 1VPXA 3L0NA 4M7SA 1MZHA 3MHFA 3BGGA 2ATSA 2JKPA 2Y7EA 1YPFA 2RDUA 5FEWA 4OQVA 3GXTA 4E0CA 1TCDA 2VEIA 4CCEA 1RR2A 2Q8ZA 3LXBA 5LHEA 2FB2A 3FS2A 2A6LA 3L65A 3PSVA 1H7RA 1TMHA 4AF0A 5CPNA 1P1XA 4O19A 4PL2A 3DI0A 3B0PA 3HF3A 3C52A 4FX6M 4YLWA 2ZRWA 1H60A 4RJEA 3STCA 4L4LA 1LOQA 5D2YA 1TV7A 2VKZG 5FF0A 1PCKA 3I7QA 3DXIA 3HBLA 1G4SA 3UD6A 1GVQA 4MLRA 1ZAJA 1ZAIA 5I3GA 3W84A 3NVTA 3I65A 3MYOA 1F76A 3IVSA 4DO6A 1UCWA 3NEVA 2YYTA 3RLVA 4WJEA 3JS3A 4UFIA 3L5MA 5D33A 2EPHA 1FCUA 5HUPA 3C6CA 3B03A 3ZFHA 4PCFA 3M43A 3R8RA 3U8GA 3RU6A 2ISWA 4UXDA 1H7OA 3FJ6A 3P61A 3Q94A 1AL7A 1DJNA 2J9YA 3TW6A 4DO5A 1GWJA 4LVFA 1NSJA 4PA8A 4ZQOA 3FA5A 3W7RA 4Y90A 3PAJA 1GT8A 1GVSA 3W2UA 1SZGA 4PTNA 3UWZA 4LY8A 2CZDA 5HWNA 1T99A 1YYAA 1O5KA 1AW1A 3HPSA 3LRKA 3NQ7A 4JX5A 2O7SA 3P82A 1G67A 3KHJA 3Q58A 3NL6A 3O15A 1ML1A 3TAKA 1RPXA 4CNNA 5K9XA 3W7KA 3TSDA 3FOKA 3M47A 3F4NA 1H51A 5D03A 4JX6A 4UFKA 4O1AA 2EKCA 3GX9A 5DN1A 3LBCA 4NVTA 5LGZA 4GC4A 4X22A 1DL3A 3BG5A 2NXIA 3B05A 3I6RA 1KBIA 3E02A 3IIPA 3W7MA 1L6YA 4UTIA 4M7TA 3PULA 1P0NA 3NQ6A 1H1YA 3TC7A 1TRIA 2Y62A 5EY5A 3LV5A 1FDZA 3SGUA 1PIIA 4NX0A 2GUUA 2CLKA 4JS3A 2Z6IA 5FEXA 2QDGA 2EGZA 3W7NA 4ZQRA 3A23A 2ZQ0A 3TJXA 1PV8A 2XN2A 3GKFA 3WJXA 4ZZ9A 2PURA 1ZNNA 3CT7A 4WX2A 1SO4A 1EUNA 2E5DA 1F6PA 1LORA 1ZJIA 3TIMA 1EWDA 4DELA 2GVJA 3NG3A 5CSSA 3SJ3A 1BEUA 1N55A 3P5ZA 2J88A 1Q6OA 3PUOA 1QOPA 4K8HA 4MZ8A 4O4WA 5CPLA 2Y85A 1Z48A 5HUOA 1FUYA 2QR6A 3LXAA 3DBPA 1OYBA 3QYQA 1IIHA 2YYUA 2OX1A 4I9AA 1HTIA 1LLWA 5IBXA 2PRMA 1R46A 5U4NA 3WK3A 4N2YA 4M6QA 1HO1A 4AB4A 2Q3RA 4ZQPA 1SW7A 4O12A 1UB3A 1VRDA 7TIMA 2ALDA 3VKJA 4AH7A 4ADUA 1T96A 2QCEA 2OT0A 1QPOA 3MP3A 2I14A 1W5NA 3KRSA 3UZJA 4IMDA 3C2OA 4BFAA 5HR6A 1YTEA 3S0CA 3WJSA 3TMQA 3VFLA 2JKAA 3U2OA 3CEUA 2C1HA 3Q37A 4O8RA 4WQ6A 1S3HA 3TQVA 1P4CA 2DJLA 4MYXA 3S5OA 1OF8A 2H8XA 4UCGA 5EMUA 1S5VA 5AOUA 3NPUA 3O07A 1M6JA 5AC8A 3A22A 1KV8A 3DU0A 3NAVA 4A21A 1VCGA 1FWRA 1M5WA 4LTSA 2Y88A 3GYEA 4PODA 2E1DA 5DLCA 4H3DA 4MJZA 4ZMGA 2WNNA 2VFEA 4O16A 1KLYA 1NF0A 5C2XA 1OX4A 1PE1A 3O6CA 3OBKA 3LHYA 3MBDA 4UTJA 5AYXA 1THFD 2WNZA 5A8GA 2Y89A 3BK0A 4FB7A 4RV8A 2ZRUA 3BG3A 5KINA 5LNVA 1D3GA 5HULA 3SIZA 3LHTA 3LHVA 1IGSA 2DU2A 3M0ZA 4OU1A 4JTUA 2EAWA 3TAOA 2G5WA 3DGRA 4O10A 4E2DA 1VZWA 2P10A 4LWWA 1ME8A 4N9EA 2NWRA 2FJKA 2J6XA 3QPYA 5CG7A 1AL8A 1TQJA 1XDLA 3DHDA 3HPXA 2C16A 2QCHA 3RFAA 4TX9A 4FF7A 2Z0IA 5SWUA 3LOTA 2DZVA 4LC8A 1X1ZA 1D9EA 4UR7A 4NXKA 4Y8FA 2RHGA 4GUIA 2V82A 1J5TA 3P7YA 4WOZA 3GXPA 3PC0A 2TMDA 2DZXA 4HKPA 1XBXA 4AXKA 2C19A 2V5LA 3HO8A 3UQNA 2VEKA 1GYLA 4KWWA 1WV2A 5CZTA 4A3UA 1Q6RA 3HGJA 4JXCA 4XKYA 3W22A 1PHWA 4UTTC 1HFBA 1JR1A 4LOCA 4XQ6A 5HQEA 5KTLA 5LNUA 3QMTA 4UTMA 2WPBA 3FYOA 4EIVA 3MW7A 1UUOA 5CZJA 3LCHA 3NNTA 4AHOA 3W75A 1C8VA 1MXSA 2X1TA 2E6AA 3EXSA 1GJPA 1LCOA 3G22A 2QJGA 4S2BA 3WK1A 1SW3A 3S8HA 2V81A 3QPZA 4XBKA 3W7CA 2C13A 4N4QA 1Y0EA 1SQ7A 2BLEA 2GQ8A 2ZFAA 3UPWA 1I2QA 3EB2A 2V9DA 4R33A 4JGDA 3NGJA 2QF7A 3NQVA 4ORIA 4MPQA 1JRCA 3G1VA 2A7NA 2Y61A 1TJPA 5G4EA 2O7QA 3QW3A 2PCQA 4UTLA 4LRSA 4R34A 3QEZA 3B0UX 2P0OA 5DELA 3HGSA 4UNLA 2H3BA 1H62A 4IMGA 4NZJA 4FNPA 2ZCGA 3RMJA 4NXSA 3UY8A 3P60A 3B04A 2CZ5A 3GK0A 2WKJA 1QOQA 4IX2A 4QAIA 2Y63A 4UTWA 3OHIA 1QO5A 2CLMA 1XFBA 4QM1A 4AWSA 1TJRA 1UUMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3S9YA

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