3SCOA

Crystal structure of rice bglu1 e386g mutant complexed with alpha-glucosyl fluoride
Total Genus 191
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
191
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 191
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scoA00
3L2LA 3ZOAA 2ZIDA 1V08A 4IPNB 4RE4A 3WH6A 1H4PA 1V3KA 4MNMA 1X6LA 5AYBA 3BGAA 4FLQA 1UH4A 4TOQA 3WL0A 4AW7A 1JI2A 3VD5A 1JF5A 1XHGA 2OSXA 4MB5A 4D6IA 1E9LA 4P8XA 4A3HA 2YIHA 2VR5A 4J27A 4NI3A 1JZ5A 1I75A 1UR1A 5LA2A 2ZE0A 4JFUA 3WNKA 3B9DA 3ARZA 4MNLA 3WNPA 4YN5A 3N04A 2D3NA 4Q22A 2CYGA 1LF1A 5E09A 3AIUA 4QAWA 4JFVA 4PMXA 4UR9A 2WLZA 3A3HA 1J11A 3AICA 1JYWA 1UKOA 1Q4NX 1UA3A 4J3VA 4MPKA 5M17A 2XYLA 3AHZA 1EDTA 3ZO9A 2WMGA 1VAHA 1B30A 3VDBA 4W84A 1NQ6A 1GOMA 5D4YA 3SCVA 3VD9A 1OINA 4V28A 4GI9A 7CGTA 2PWDA 4D6FA 3WIJA 1UQYA 4PN2A 1US2A 2MANA 3O6AA 2J7HA 2V3DA 3ARQA 5A69A 1QI5A 2X0HA 1TUXA 3A4XA 3WF1A 5M03A 3UEQA 2DSKA 3K4AA 3VILA 4PTVA 2ZUVA 4R27A 3BAWA 1PZ2A 4ZEPA 3ZT6A 2E9LA 1E55A 4BQ2A 2CCRA 1FA2A 1G9HA 2WZEA 4UFJA 5ABGA 3AS2A 2PBGA 2A3BA 1QW8A 4UTFA 1QI0A 5HXMA 2Y4SA 3CZGA 3GYCA 3WNOA 1W91A 3AHYA 2XG9A 1GOWA 2DGAA 1VEOA 4V2XA 4GI6A 3NCOA 1JXJA 1ZBWA 2PWGA 4PYSA 3E1F1 4U2YA 3BSGA 5HBFA 2PC8A 4IPLA 2XM1A 4S3JA 3OBAA 3O2LA 4JCLA 1ITXA 1SR0A 1E6XM 3UR7A 3FNDA 5A1AA 1K9TA 2DT0A 1J18A 3OIHA 3W27A 3EMCA 2QPSA 3CMJA 3BC9A 4TX8A 3AYSA 3RJXA 3VGFA 5I6SA 3U57A 2XGIA 3GH4A 2J7EA 1E0XA 4NRRA 3VDCA 4W5ZA 2PI6A 3AMDA 5BXSA 1W9XA 1UD2A 2WM0A 1QI4A 1WNOA 4R5EA 5E70A 1W1VA 1VF8A 1R87A 1K9DA 2WVUA 5I3DA 4FF5A 2G8ZA 2OWXA 4TVCA 1PPIA 2X8RA 1SMAA 2G3MA 3TONA 2XSBA 1ZU8A 5IHRA 3SUTA 3J7HA 5CPTA 4JL2A 2VJXA 1NWTA 3ARSA 3TTSA 3M07A 1UR8A 4U2ZA 3WMBA 1LQ0A 3MSGA 4YHEA 5IHSA 3PBGA 1D7FA 3BMVA 1NP2A 1DP0A 5HPCA 3PTQA 1HJVA 2O92A 1RH9A 4B15A 1GOIA 1CBGA 1RP8A 2O9OA 3WUEA 3FY1A 4D6JA 1BLIA 4JL1A 3WD0A 2WSKA 1JDCA 3NDYA 1H5VA 4WKAA 1UD6A 1BVZA 5D9OA 1X6NA 3L4WA 5D9NA 5EB8A 5A6LA 1E5JA 1UR4A 4PMRA 2RGLA 2VX5A 4J3XA 1KQYA 2VQTA 2O9TA 5I77A 3CIVA 1CLXA 1OD0A 2XVGA 1HIZA 2QF8A 4U31A 1QI2A 2XM2A 3BH4A 1H0IA 1MFUA 2YA2A 5FKYA 1H41A 3EMQA 3W6MA 4URIA 4W7UA 2JEQA 5CLWA 2D23A 4BZYA 2JF7A 4AY1A 3N9KA 4RE2A 5FIPA 3OGRA 1K9FA 3AMGA 3WNMA 3VMPA 3NSNA 4PRWA 2VOTA 1R7AA 1JIBA 1B9ZA 4XX6A 4OKDA 1IZJA 3RIKA 4PEEA 3RDKA 2OSWA 4OBRA 3FHQA 4M80A 4Z2IA 3T0BA 5A8NA 4J7RA 2PWHA 2VRJA 4D6GA 4PSRA 2E9BA 2XVNA 4H8HA 3OZPA 1W9VA 1E71M 4GINA 3CZLA 1QNPA 4P7RA 1EO5A 1Q6CA 2D22A 3SCWA 2WKLA 4W86A 4PTXA 3AS0A 2ZX6A 4E2OA 2CIPA 1HP5A 4XB3A 4CU8A 3M46A 2E8YA 4CVUA 3DYPA 1CXLA 1MW2A 2V38A 3BAKA 1W2PA 2E0PA 5A6KA 2FH8A 3VIPA 5DFAA 2WPGA 3ALGA 4U33A 3WDQA 1WB0A 4DWSD 4OJYA 4DM2A 2WNWA 3IAPA 4HMCA 1XGZA 5DMYA 1KR1A 2XIIA 1R86A 1XV8A 2OLHA 3MUZ1 2XVPA 3GBEA 3NYDA 3RMEA 4D6EA 2OWWA 3QOKA 2CHOA 4W8AA 1UA7A 1UUQA 1W9UA 1EO7A 3VD4A 2CBIA 3MO4A 2YKKA 3TP4A 1OB0A 1HXJA 2C0HA 4NF7A 2EJ1A 2EXOA 2WC3A 3ARRA 3CGTA 5ABFB 1US3A 4BS0A 2ZXAA 1FHDA 2Y24A 1UWTA 3K8KA 2UWFA 3T08A 1E0WA 1W2VA 4UQ9A 1JD9A 2TAAA 1UKTA 1V3MA 3N13A 1C7TA 3VINA 3CUGA 1VENA 3W4RA 1QHOA 5D9MA 1YHTA 4J3TA 1KQZA 1ODUA 3VX0A 4CVWA 1XCWA 4QCEA 1FP8A 2VC9A 3POCA 2ZXBA 1CXHA 4EANA 3WFZA 2X05A 2W67A 2WYSA 1LL4A 2D0GA 4HA3A 3DHPA 2VRQA 3DC0A 2EPNA 3AIBA 1E6SM 1LLOA 2WLYA 3TA9A 1M53A 1HVQA 2QPUA 4AWEA 4CU6A 4U3AA 1EH9A 2C7FA 3UG5A 4CD5A 1CXKA 4OZOA 5HPOA 4DM1A 3AI0A 2J8GA 3ZR6A 1HKIA 3RM8A 4U5KA 3GBDA 1H1NA 1OBAA 2WMJA 1K9EA 3F5LA 1UHVA 3RM9A 4UZSA 3AZTA 3A6OA 3WEOA 1L8NA 4UOJA 1HNYA 1CENA 3QGVA 4MDPA 3FAWA 1M04A 1E43A 3WUFA 3WD4A 4DWSA 4D6DA 2XIBA 4IUGA 1C3FA 2J7GA 1FFQA 1PEZA 4PCSA 3AXXA 1HL9A 2W61A 4XUYA 1JYXA 3HU7A 2Y2WA 3VDAA 3LPGA 2W4XA 4ATLA 1IV8A 4DWSB 2WHMA 1KR0A 1HJQA 3MV01 3WQ5A 1CGYA 1JNDA 1E4IA 2VURA 4HPHA 2CERA 5DT5A 1JXKA 2UY4A 3CUFA 4A4AA 4N42A 3FN9A 3N15A 1HP4A 3A4WA 1V0LA 1B3XA 2YA0A 1KWKA 4AIEA 3AXHA 4W88A 1LJYA 1HKMA 1E72M 2WHJA 3T0DA 1JFHA 2JEPA 3TOPA 4D72A 2EPOA 1HKKA 4LPCA 1EOMA 4F9DA 1CGUA 1CXIA 5A6AA 1FHLA 3F5KA 1WDPA 4KRUA 4UOQA 4Z2GA 5AC4A 3B9AA 1UD5A 1BFNA 1KXHA 2DPEA 5E6ZA 4HOWA 1W3LA 1ZBKA 2E8ZA 2J7FA 2D0FA 1NM9A 1CDGA 1OIFA 3K1DA 4LGXA 2Y8VA 5JUVA 2FHCA 1E6RA 1MQRA 4TVUA 4UQAA 3WH9A 5IFTA 4Y7EA 2YDSA 2ZUUA 4UQDA 4CCEA 1QNOA 3AMLA 4UFLA 3LPOA 1W3HA 1VFUA 4QLKA 1EA9C 4KGLA 1C91A 1GHSA 2G41A 4CKQA 5A6BD 3UETA 3LPFA 3WH7A 1UH3A 2VX7A 2BY3A 1IT0A 3PZTA 3AROA 1CNVA 1H09A 1QI3A 1XCXA 1BF2A 1CPUA 4UOZA 5JBEA 1GCYA 4ZXOA 1NWUA 2XFYA 3WH8A 1UR2A 4J3WA 3BCFA 3VIJA 1MW3A 1VEMA 2WW5A 5JBFA 1GQIA 1GUVA 2CESA 2WK2A 2WB5A 3MUIA 3RILA 3AS1A 1QW9A 3MU7A 2EPLX 1TFVA 3GXMA 3OLEA 1HL8A 3CLWA 1OD8A 2FH6A 4XV0A 4HZ7A 2EO7A 1UOKA 3MKKA 4K68A 4CN1A 3N18A 1VFFA 3BAJA 4HPGA 2DH3A 3WDIA 3EDFA 4FLOA 3VIFA 4HU8A 3VU2A 3AQUA 4GI8A 4LX4A 2E9MA 3N12A 1G94A 3WEZA 4OIFA 3WELA 1ZJBA 1M7XA 1Q6GA 1WZMA 1XH0A 1V6XA 4AD0A 1J0YA 1ZBCA 1V02A 5DT7A 5D8ZA 1C8YA 2ZWYA 3KE0A 1XC6A 4FMVA 4MJ4A 3PZQA 2V5DA 2CNCA 2CKSA 1UD8A 4M24A 2WAGA 3WD3A 4CU7A 4YPJA 4PMVA 3WNNA 8A3HA 2VT0A 3WQ6A 1E5NA 2G3JA 4AISA 1RP9A 2A3CA 5KEZA 2J75A 2X2YA 1V0MA 4W8LA 1V3JA 2WZIA 4V27A 3QHOA 1FP9A 1B31A 3GH7A 3F5JA 2XGBA 4HZ8A 4ZENA 2A3AA 2RGMA 4AZIA 2XHYA 3VM5A 3ARVA 5A6BA 1QOXA 1FH8A 3RPMA 4J3UA 3VMNA 3PTMA 4KRTA 2YLLA 4LQ1A 3SCOA 3T2QA 3BSHA 4JHOA 4N0RA 3UCQA 2YL8A 4QFUA 4E4PA 4AZHA 1Q6EA 1PX3A 1BYDA 3OLIA 4GXPA 1V02E 4GZIA 2GVYA 1AMYA 2WCSA 3SCUA 4UFKA 7A3HA 2XFFA 2ESCA 2GJPA 3KL0A 2DIJA 5CGTA 3N17A 1JZ4A 1J9YA 4AD3A 4L4OA 3UG4A 6CGTA 3L4TA 2X1IA 1QBBA 1GQKA 1B3VA 4AC1X 1YQ2A 3MUAA 3PN8A 1LL7A 1PIGA 3WDRA 5E9AA 4BF7A 4AD5A 3MMUA 5EBAA 1GJUA 3APGA 4AD2A 1OCQA 3MV11 4ATWA 2Y5EA 2PB1A 1A3HA 3KL3A 2PBOA 4AD1A 1H49A 3QHNA 2ZUMA 1FH7A 4HA1A 4M1RA 3WDHA 2EPMX 3U7VA 3OLGA 3ARUA 3D5HA 2OYMA 1KBKA 4KH2A 2F8QA 3PZOA 1W1PA 1QPKA 3K8LA 4UFIA 3L2MA 1U33A 2BHYA 3T0AA 1PAMA 3EBVA 1HX0A 4BQ5A 4WJXA 3CO4A 5LA1A 5EFDA 2E40A 4F9JA 3L4ZA 3HJEA 2ZUTA 3NJ3A 1FFRA 4AZGA 1EOKA 3VGBA 4MDOA 4D6HA 4QP0A 3EDEA 5DO8A 1L0PA 3GM8A 1M01A 1QNQA 1E73M 3F4VA 3TTYA 2VCCA 3L4XA 4TX6A 3CZJA 2X0YA 1V3IA 1KB3A 1JYNA 1GOQA 4L4PA 1WZLA 4W87A 3UR8A 4U3CA 4W93A 1AQ0A 5M5DA 4MB1A 3CPUA 4HA4A 1WE5A 1Z32X 5DF0A 4FLSA 2VMFA 1NP0A 3IK2A 3PZIA 2JE8A 2XUCA 3L4YA 1CZ1A 5ABHA 1ISYA 3W29A 2WCAA 1E70M 2BV9A 4UQBA 1A47A 1UKPA 1LL6A 1WZAA 3AYRA 3WMSA 1JAEA 1OSEA 4P7OA 2CBVA 1PX8A 1GZJA 3ZQ9A 4Z2HA 1JZ6A 1S46A 1GONA 2DIEA 1UZ1A 3L4VA 4U5IA 5LYRA 3O9NA 1XD1A 2WXDM 3OGSA 2ZX9A 3SUSA 2CKRA 3WBEA 1J12A 2BXZA 1JDAA 2EEXA 2WZHA 3FXYA 3VIIA 3WD1A 3OB8A 5C70A 2OWCA 1M03A 4ACYA 4WKFA 3W24A 1UKQA 1KFWA 3AIRA 5IXEA 3EDKA 2OYLA 1FOBA 2G4FA 2JF6A 1CGVA 1G0CA 1NARA 1LWJA 2DT2A 2XVLA 3VPLA 5BXTA 4OUEA 4CN6A 1JI1A 2PWEA 4UCFA 4MADA 4QCFA 3PTKA 2VUYA 1XRVA 4AIOA 4WSJA 4PTMA 2VCAA 2NT1A 1PBGA 1UWSA 3WDPP 1E6NA 1WDSA 4CUCA 4AEFA 3L4UA 4TVDA 2XWEA 1V6YA 1MVYA 3PZGA 1PIFA 2Z1KA 4LYRA 3WUGA 3VIMA 3SUUA 1V6UA 3VGHA 3B9EA 1VBRA 1NOUA 1XSIA 4JKLA 5GNXA 1UKSA 3WH5A 3AZRA 2VQUA 1U30A 4UZUA 5BYWA 1XSKA 4W7VA 2XWDA 3NUKA 1F4AA 5FL0A 1KGXA 3GTNA 2YJQA 2PF0A 2WC7A 1ZB5A 2UY2A 4H2CA 2ZWZA 3ARXA 4PMZA 4E8CA 3W53A 3BLPX 5AC5A 3W81A 5BXRA 2CXGA 1ITCA 3W6LA 3SCQA 2DSWA 4YHGA 1GQLA 2QMJA 1I1XA 4UQEA 2GDUA 2Q8XA 2IUZA 2BXYA 3RM4A 2GK1A 5I23A 3BAXA 4ZFMA 5EFFA 4B16A 2VZTA 4MB3A 4UFMA 2XTKA 5I2UA 3ALFA 3DECA 2WMHA 2WMFA 1C8XA 2VTFA 1UYQA 5A6SA 4GKLA 2BVTA 2W92A 2QLYA 3FHAA 2GK1B 1E3XA 3OA5A 1EIBA 4M82A 1KXQA 3AIEA 4B3LA 5CXPA 1CWYA 2ZOXA 3S2CA 4AEEA 4UFHA 2FGZA 2VX4A 1BQCA 3FW6A 4AYSA 3CUIA 1WPCA 3WNLA 1OIMA 2ZX5A 2C8NA 1Y7VA 2WMKA 4IISA 1TVPA 4OOUA 5I0DA 4AZBA 3VD7A 1JZ3A 2F2HA 1QNSA 3SCTA 2HISA 1G5AA 2YL5A 4BQ4A 3A47A 4WLCA 3W25A 1IZKA 2WC4A 2WHLA 4B9ZA 4TUFA 3ZJKA 3BMWA 4RE3A 4JKKA 2J77A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L2L A;  3ZOA A;  2ZID A;  1V08 A;  4IPN B;  4RE4 A;  3WH6 A;  1H4P A;  1V3K A;  4MNM A;  1X6L A;  5AYB A;  3BGA A;  4FLQ A;  1UH4 A;  4TOQ A;  3WL0 A;  4AW7 A;  1JI2 A;  3VD5 A;  1JF5 A;  1XHG A;  2OSX A;  4MB5 A;  4D6I A;  1E9L A;  4P8X A;  4A3H A;  2YIH A;  2VR5 A;  4J27 A;  4NI3 A;  1JZ5 A;  1I75 A;  1UR1 A;  5LA2 A;  2ZE0 A;  4JFU A;  3WNK A;  3B9D A;  3ARZ A;  4MNL A;  3WNP A;  4YN5 A;  3N04 A;  2D3N A;  4Q22 A;  2CYG A;  1LF1 A;  5E09 A;  3AIU A;  4QAW A;  4JFV A;  4PMX A;  4UR9 A;  2WLZ A;  3A3H A;  1J11 A;  3AIC A;  1JYW A;  1UKO A;  1Q4N X;  1UA3 A;  4J3V A;  4MPK A;  5M17 A;  2XYL A;  3AHZ A;  1EDT A;  3ZO9 A;  2WMG A;  1VAH A;  1B30 A;  3VDB A;  4W84 A;  1NQ6 A;  1GOM A;  5D4Y A;  3SCV A;  3VD9 A;  1OIN A;  4V28 A;  4GI9 A;  7CGT A;  2PWD A;  4D6F A;  3WIJ A;  1UQY A;  4PN2 A;  1US2 A;  2MAN A;  3O6A A;  2J7H A;  2V3D A;  3ARQ A;  5A69 A;  1QI5 A;  2X0H A;  1TUX A;  3A4X A;  3WF1 A;  5M03 A;  3UEQ A;  2DSK A;  3K4A A;  3VIL A;  4PTV A;  2ZUV A;  4R27 A;  3BAW A;  1PZ2 A;  4ZEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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