3SCQA

Crystal structure of rice bglu1 e386a mutant complexed with alpha-glucosyl fluoride
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITANGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 195
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scqA00
4HMCA 1VB9A 1NOUA 3WD0A 3U5UA 3WH5A 2JF7A 3T2OA 2ZX9A 1E3ZA 3AMGA 3AZSA 4Q22A 2DQXA 4W7VA 1W1YA 3RM9A 4NSBA 5I77A 3OA5A 4MDPA 4B9YA 1OGGA 3BH4A 2JFEX 3AMCA 3DYMA 4WSJA 3VIJA 3NDZA 2XVNA 4UQAA 1V08A 3ARUA 4Z2JA 1W1TA 3ZT7A 2XVLA 3I3DA 3EBVA 1GORA 4J27A 5I2UA 3CUIA 4AMCA 1E1FA 3VU2A 4W87A 2ZX6A 1GOOA 3AIWA 5E09A 4W8LA 3AFBA 3VNZA 2FHBA 1FH9A 5CSYA 4PEEA 5BWFA 1UKQA 2VQUA 4MNJA 3MV11 2XFYA 2VRQA 1C92A 4DWSD 4CD6A 2GVYA 3DHPA 3VDHA 1WZKA 3FN9A 1FP8A 4J28A 3TOPA 4TX6A 1GJWA 1E5NA 4J3XA 2IXVA 4OBSA 3ZJ8A 2VRKA 3RO8A 4L4OA 3TONA 1JZ4A 1IT0A 2CHOA 1MFVA 2VX7A 4J3UA 4AZCA 2XFRA 3OGRA 5F7UA 1C8YA 2DIEA 3W4RA 1BHGA 4YPJA 1DEDA 4H2CA 2XTKA 5ABHA 3GM8A 2WMFA 3I3BA 2X0YA 2XM2A 1H1NA 4AD2A 4CCDA 3T2PA 1VBRA 1K9DA 3CTTA 5A2AA 1W1PA 4J3VA 1BG4A 1NOWA 5A8MA 1UWSA 3VD3A 3IAPA 5DO8A 4AD0A 1C8QA 2CKRA 3W82A 4BF7A 2CHNA 2DEPA 4LXFA 4F8XA 2O9OA 2VR4A 3BGAA 3CGTA 1B3YA 3UR7A 4P7RA 1GQJA 2VMFA 1CXEA 1SMAA 5A2BA 3VGGA 3UG3A 2BNJA 2WM0A 1OGBA 3BSGA 3F5JA 1PZ3A 2E9MA 3OLDA 1W9BM 2BY2A 1DWFM 2WLYA 4MNKA 1OM0A 1LL6A 2D3NA 1U30A 4UQ9A 4MB4A 1VJZA 3UG5A 4P8UA 1FFRA 3W53A 4BQ2A 1GOMA 4MB1A 5A1AA 1VRXA 3QHOA 4JL1A 3WSUA 1X6LA 5A6SA 3CZ8A 4KRUA 5LA1A 2EPLX 3J7HA 5FKYA 2QMKA 3WH6A 3L2LA 3KEHA 1KQZA 2J74A 1J0HA 3DYPA 3WFZA 4KMQA 2NT0A 1QW9A 4AD3A 5I23A 3CUGA 3GTNA 3AS3A 2VNCA 1KQYA 1CLVA 5HPOA 2OSXA 1LLOA 4OOUA 2IUZA 1BF2A 2MANA 1XD1A 3WNPA 1BFNA 4JCMA 3AIQA 4DM2A 1M03A 1KCLA 3ZR5A 2E8ZA 2DT1A 1CECA 3SCRA 4HP5A 2YDRA 2DT0A 4MADA 1VENA 1J0ZA 2CKSA 2YBTA 3WDQA 1WO2A 3HJEA 1E70M 4JIEA 4KWUA 3VINA 1WNOA 5E9AA 2DSUA 2XIBA 3K1DA 5I3DA 2O9PA 1EHNA 1M53A 1HJXA 4W88A 3RM4A 4D6HA 2EPKX 2JEQA 2G4FA 3CUFA 4OOZA 4CU6A 2UY2A 3A6OA 4CD4A 3WDHA 2NT1A 5EFFA 1M01A 3EDEA 1BYDA 5DFAA 1GHRA 1BTCA 2VRJA 1JYNA 1K9FA 4CCEA 3ZJ7A 1R7AA 2UWFA 3ZJ6A 3W24A 1E6XM 1BSIA 1W1VA 3MANA 1Q6CA 2WMJA 3WH8A 2WHMA 1M04A 1ESWA 1CWYA 4AY1A 1LJYA 3WMSA 2VL4A 4AWEA 3NSMA 3BSHA 4W5UA 4TVUA 4X0NA 3M6DA 1AQMA 2WHLA 4AC1X 4GO9A 1XYFA 3E1F1 3SCWA 1MXDA 3BAJA 1OINA 3ZO9A 4PCSA 2XGBA 2ZWZA 1DP0A 3GZAA 5DT5A 3ZMRA 5BCAA 5HBFA 2XHYA 3RJYA 1CXKA 3TTOA 4PSRA 2WZEA 2ZWYA 3N04A 1W9UA 2X0HA 5D8ZA 3OZOA 4JCLA 7CGTA 1E15A 2YDQA 1BAGA 4ACYA 1D3CA 4GZIA 2ESCA 1ZU8A 3CBWA 1HL9A 4HU0A 5KZ6A 4M82A 1GQKA 2QF8A 5A6BD 1NP2A 3AHZA 3AHYA 1JD9A 2D3LA 3HN3A 2GDVA 3AS1A 2CXGA 4MAVA 1DTUA 1ZBKA 1C8XA 1PAMA 1V3JA 3VMPA 1EDQA 5A95A 4JHOA 1JI1A 2J7DA 4UQDA 4CN1A 2EO7A 5BXSA 2OLHA 5E6ZA 1PX3A 1AMYA 4ATDA 5I5RA 3SCPA 4ATLA 3WELA 3AXXA 3VIHA 1UH2A 1KWGA 4Y7EA 1HT6A 1ISZA 1JYWA 4F66A 4PTMA 1UR9A 1C90A 2HISA 2J78A 4H8HA 4PCTA 1KFWA 2J7HA 3WF2A 4JL2A 5BXRA 1BQCA 1DWJM 5FOOA 1J0IA 3QHMA 7TAAA 2WXDM 3EDKA 2G3MA 4HA4A 1PIFA 3MUY1 4QLLA 5EMYA 1DWHM 1Q6DA 2BY1A 4AZCB 2J75A 4PMDA 5I24A 3WFLA 3DECA 1JZ5A 1CYGA 1Y7VA 3AIBA 4AIEA 4Z2KA 4AIUA 1B0IA 1H2JA 3QGVA 4UZUA 1XHGA 3PZQA 3WUEA 1VFFA 2E8YA 4PMRA 1VF8A 2WMKA 4A3YA 3L4VA 1CGTA 1TCMA 3BC9A 4HTYA 2YA0A 1TFVA 1UQYA 4LYQA 3RMEA 5ABEA 3LPGA 3GBEA 1B3WA 4U2YA 5LA0A 2CIPA 2EEXA 3DC0A 1QPKA 2BHYA 3VGBA 3VIOA 1QI0A 3WQWA 1CENA 5AC5A 4W5ZA 1J11A 5BXPA 1B3ZA 4JFWA 2VVSA 1JNEA 5AY7A 4Z2GA 1JF5A 2D0HA 4GZJA 4A3HA 2VZSA 3S2CA 1KXHA 5AC4A 1UD2A 2ZUUA 1MQQA 4W7WA 3A4XA 3WQ4A 2F2HA 4D6JA 1Z32X 3PTQA 3GH5A 2WYSA 1CGWA 2YA1A 1G01A 1CXIA 1QOXA 5EB8A 4S3JA 2ZX7A 3AI0A 2XM1A 5D9PA 3PN8A 1C3FA 4C7GA 1W91A 1MYRA 2AMGA 3MKKA 5FD0A 2FHFA 1JXJA 2W5FA 1BGGA 5BYWA 2B31A 1V03A 4DUVA 3MUAA 3IK2A 3T0BA 3QR3A 2J8FA 2Y4SA 4LYPA 4PTVA 2WMIA 4AZHA 4EE9A 4DWSA 2BVDA 4ZENA 1CNVA 1NWUA 3OGVA 1UD5A 1QBBA 1ZJBA 2ZIDA 2ZE0A 1MQPA 3SEPA 5A8QA 4URIA 2VCAA 2PB1A 2V3GA 2JIEA 3N17A 3VPLA 1L8NA 1XSIA 1EH9A 4PMXA 1K9EA 2EPOA 3ZT5A 2Y2WA 1WB0A 2EJ1A 2WHJA 4HPHA 3GH7A 2XIIA 4MNLA 1WKYA 4AEEA 2WCAA 4HA3A 4CD5A 3WD3A 2OYMA 1U33A 1HKJA 3MSGA 1W9VA 2G3IA 1US3A 3GBDA 3MUIA 1HJWA 4H41A 3TP4A 1HJQA 4MJ4A 2DSWA 1X1NA 1E72M 1W3KA 4GQRA 3AMKA 1XD0A 4GI9A 1GQIA 1EQCA 1UWTA 4KRTA 2CCRA 4UFIA 1PZ2A 3II1A 3O9NA 2BY0A 4S3KA 3GH4A 3L4XA 1KGXA 4EAMA 4PTXA 1FP9A 3CIVA 3WQ8A 2O9RA 4UOZA 4PN2A 4Q7NA 2YBUA 3M7SA 1JF6A 1HVQA 1E71M 1WZMA 3PZIA 2C0HA 1JAKA 3UCQA 4E4PA 3U57A 3W27A 3THDA 4D6CA 4JFUA 1H41A 4UNIA 7A3HA 3N11A 2PWHA 3WMCA 2OYKA 3PZGA 2OWXA 1KWKA 4R5EA 2VX5A 1KXVA 2WK2A 1VFOA 2VX6A 3WQ6A 2VCCA 1E6QM 3DYOA 4U3AA 5CPSA 2BY3A 1LG2A 3WQVA 1EOKA 3ZT6A 2Y5EA 1ZB5A 2D0GA 4BQ5A 3CZJA 1YQ2A 4MNMA 4P7OA 1UWUA 2WCGA 2X05A 4HOWA 5A6MA 3WF4A 3IJ8A 3N1AA 5CPQA 3ARZA 1NOFA 1L0PA 2QMJA 4UQCA 2PWFA 1EDTA 4BQ4A 4D6EA 3B8SA 4U3CA 4YN5A 2XG9A 6A3HA 4V2XA 1R85A 3AZTA 4PYSA 2WW5A 4FLOA 2EXOA 1C7SA 5E0CA 1CGYA 2VO5A 3ARVA 1MW0A 1HJVA 3CZKA 1CGXA 1UR0A 3PHAA 1H0IA 2D1ZA 5CLTA 1GQLA 4UZSA 4AD1A 4W93A 3WDJA 4Z2HA 1R87A 3TTSA 1UD4A 4EANA 1SYTA 3S6TA 2VZVA 1E0VA 3VVGA 2WWDA 4GINA 1W9DM 3JUGA 1UR1A 4CKQA 5HPCA 1UZ1A 2WHKA 3MMUA 2D22A 4P8WA 8A3HA 1KBKA 1XSJA 4J3SA 2ZUTA 4MTVA 4U5IA 4D72A 4E8DA 1X6NA 3QOMA 3UEQA 2CEQA 3TTYA 4ZEPA 2PC8A 1ISXA 4P7NA 1WZLA 1JXKA 1QI5A 3OBAA 3VDBA 2CBVA 3NCOA 5HXMA 4J3TA 1NARA 2GFTA 3SCVA 4JFTA 2J25A 1EOMA 3PZ9A 4OBRA 2F8QA 3WL1A 5DT7A 3CZEA 2V38A 3O2LA 3RILA 2CERA 4A4AA 5E6YA 3CUHA 3WUFA 4B15A 3MS8A 1B31A 1J10A 4WSKA 2J79A 4UFKA 3ECQA 5GPRA 3VMOA 1F4AA 1UUQA 3CO4A 3F4VA 2WCSA 3WMBA 4W7UA 2AAAA 4M80A 1WDSA 1QNPA 5GNXA 1OWQA 1V02A 4CN4A 2C8NA 4XX6A 4UTFA 4C7FA 5D9NA 3SCTA 1JFHA 3N9KA 5A6BA 3IANA 4AYSA 1G94A 3FHAA 3WF0A 2OSWA 4PRWA 2W66A 1UWRA 2ZX8A 1V02E 2XSAA 3WH7A 4U2ZA 5TD4A 5D9MA 1UKOA 4CU7A 1WE5A 3BAYA 4DWSB 1XH0A 1I1WA 1KGUA 2WC7A 1GZJA 1QNSA 3ARRA 1W3HA 1ZBVA 1MQRA 1UR4A 3OLIA 4HZ8A 4TVDA 1W9PA 4FMVA 4IISA 3APGA 4FF5A 3W26A 4JHZA 3VX1A 1E0WA 2DSZA 2YL5A 4RE3A 3WQ5A 1TMQA 1P6WA 3AS0A 3VM5A 1QI3A 3THCA 4B3KA 4E2OA 4GZEA 4MB3A 4BS0A 1J12A 1E4IA 1KBBA 3VOCA 3WF1A 2YL8A 1MVYA 1XV8A 5HNNA 5CXPA 2ZUVA 2Z1SA 4K68A 3UESA 4GI8A 1FHDA 3VGEA 4HU8A 3I3EA 1J01A 1I75A 3MU7A 1RP8A 1DWIM 3RPMA 2J7GA 3A3HA 1QW8A 1TG7A 4BQ3A 4AIOA 3BMWA 3FAWA 5A8PA 1GONA 3KL0A 3L4UA 1J0YA 2X09A 5CGMA 3N15A 1ODUA 2DT2A 3VIIA 2VUYA 1VJSA 5D8WA 2XPKA 1GNXA 1CTNA 2ZXQA 5FL0A 2J7CA 4H7VA 4M24A 3LPOA 1GPFA 1XGZA 4XB3A 1CIUA 3GNRA 4LGXA 3WL0A 3WDRA 3LMYA 4GXPA 4M29A 8CGTA 3MMDA 2G3NA 2XVPA 4UQBA 2V3FA 4D1IA 2WC4A 3W81A 1N82A 1HXJA 2RGLA 4OJYA 2YLLA 1OSEA 1YHTA 3KL5A 1JDCA 1D2KA 1DWAM 1S46A 5A69A 5CGTA 1E6ZA 4DM1A 3WF3A 4JAWA 2YKKA 2BV9A 3K4DA 4UCFA 2Z1KA 3SUUA 2ZUMA 4MJ2A 1WDRA 3SCSA 4AZ6A 3EMCA 1JIBA 1NH6A 2AOSA 3AIUA 1JD7A 3AHTA 1B3VA 2BXZA 3OGSA 5DF0A 3SCNA 5M17A 5M3WA 2W63A 3PTMA 1NM9A 3AXIA 5ECUA 1O7AA 3EDJA 3UERA 3MV01 1UH4A 3OIHA 1UHVA 1UZ4A 2J47A 2Y24A 2WPGA 3ZIZA 1PX4A 3VO0A 1GOIA 1C91A 2ZXAA 4MDOA 1OIMA 1QNQA 2XVGA 3W38A 4GPNA 2DGAA 3UETA 3BXWA 1OB0A 1B3XA 1AQHA 1RP9A 4M56A 4U5KA 4FLQA 1W3LA 3LPPA 4D6FA 1F4HA 2CPUA 2ZXDA 3GNPA 1ZBWA 3CPUA 3SCOA 1UR8A 1AQ0A 1WAWA 4PBGA 3CZGA 3VTRA 1WP6A 2VTFA 4LYRA 3VIFA 2G41A 1HF6A 4JFSA 4UFHA 4W8BA 1EGZA 1GOQA 3T08A 4U33A 1XH2A 1E6NA 3PZUA 3T0DA 2PWGA 1E0XA 1B1YA 4TXEA 3ZSSA 4BCEA 3N13A 4NRSA 4QCFA 4PMZA 4H8VA 5JIPA 2QHAA 2FGLA 1KXQA 2DIJA 3VGDA 3K4AA 4H04A 3W25A 3VDAA 3NSXA 1O6IA 2D23A 3VIKA 4AD4A 4CVUA 1HJUA 3VNYA 2WVTA 3BAKA 3L4WA 3WEOA 1JZ6A 3EDFA 4CUCA 3OLGA 6TAAA 4CD7A 1TR1A 1PX8A 1UH3A 2BXYA 2WVVA 1G9HA 1UKSA 2XSBA 2XYLA 4YHEA 2OYLA 3W0KA 1JL8A 3MO4A 1OGSA 1BLIA 2VT0A 4Z2IA 3AS2A 1ECEA 1LG1A 2DSVA 1Q6GA 2PI6A 1M7XA 4W85A 4M81A 2ZICA 1FHLA 1K6AA 5A8OA 3AQUA 3SURA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HMC A;  1VB9 A;  1NOU A;  3WD0 A;  3U5U A;  3WH5 A;  2JF7 A;  3T2O A;  2ZX9 A;  1E3Z A;  3AMG A;  3AZS A;  4Q22 A;  2DQX A;  4W7V A;  1W1Y A;  3RM9 A;  4NSB A;  5I77 A;  3OA5 A;  4MDP A;  4B9Y A;  1OGG A;  3BH4 A;  2JFE X;  3AMC A;  3DYM A;  4WSJ A;  3VIJ A;  3NDZ A;  2XVN A;  4UQA A;  1V08 A;  3ARU A;  4Z2J A;  1W1T A;  3ZT7 A;  2XVL A;  3I3D A;  3EBV A;  1GOR A;  4J27 A;  5I2U A;  3CUI A;  4AMC A;  1E1F A;  3VU2 A;  4W87 A;  2ZX6 A;  1GOO A;  3AIW A;  5E09 A;  4W8L A;  3AFB A;  3VNZ A;  2FHB A;  1FH9 A;  5CSY A;  4PEE A;  5BWF A;  1UKQ A;  2VQU A;  4MNJ A;  3MV1 1;  2XFY A;  2VRQ A;  1C92 A;  4DWS D;  4CD6 A;  2GVY A;  3DHP A;  3VDH A;  1WZK A;  3FN9 A;  1FP8 A;  4J28 A;  3TOP A;  4TX6 A;  1GJW A;  1E5N A;  4J3X A;  2IXV A;  4OBS A;  3ZJ8 A;  2VRK A;  3RO8 A;  4L4O A;  3TON A;  1JZ4 A;  1IT0 A;  2CHO A;  1MFV A;  2VX7 A;  4J3U A;  4AZC A;  2XFR A;  3OGR A;  5F7U A;  1C8Y A;  2DIE A;  3W4R A;  1BHG A;  4YPJ A;  1DED A;  4H2C A;  2XTK A;  5ABH A;  3GM8 A;  2WMF A;  3I3B A;  2X0Y A;  2XM2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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