3SCRA

Crystal structure of rice bglu1 e386s mutant
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTYVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITSNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 7
publication title Structural investigation of the basis for cellooligosaccharide synthesis by rice BGlu1 glycosynthases
rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 194
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3scrA00
2WANA 1V02E 2O9PA 2GUYA 4GXPA 2WSPA 1WPCA 4LXFA 4CU6A 4RE2A 1VFOA 2YDQA 4PN2A 3VMPA 2UY4A 2WHMA 1UHVA 5IDIA 1EO7A 2FGZA 1E6SM 2ZICA 3PBGA 1XYFA 1JDCA 3CPUA 6A3HA 4M8UA 5E70A 3VDAA 4N0RA 2ZOXA 4CD6A 1V6UA 1K9TA 1PAMA 4ZE5A 1UWQA 4H7VA 3A4XA 1RP8A 1GQLA 4XB3A 2J7BA 4B9ZA 5CXPA 1GUVA 3CUFA 1M7XA 2CKSA 5I0DA 2WVUA 5D9MA 4JFWA 3AJ7A 5FOOA 3ARXA 1GCYA 2YOCA 5A6BD 2XWEA 1QNRA 3BAWA 4RE3A 2BXZA 5FD0A 2NW0A 3O9NA 3SCVA 3BAJA 1CNVA 2VVSA 2O9TA 1EDQA 2AAAA 2EJ1A 4WKFA 1WZKA 2Y8VA 1SFSA 3AXHA 1JYNA 4H8UA 3VIKA 2WLYA 3W29A 5M03A 4W87A 4AD1A 1E5NA 5DT7A 3BAXA 4UFKA 5GNXA 2ZE0A 1JL8A 1UR0A 2EXOA 2YIHA 2JALA 5KEZA 1JZ8A 1EGZA 1EOMA 4UTFA 2W92A 3DC0A 1JZ5A 1V03A 3MS8A 2J77A 2VX4A 3W25A 3AHXA 1B30A 5HBFA 5DMYA 1MXGA 1AQ0A 2E3ZA 2A3BA 2D0GA 3NYDA 4HU0A 4HZ8A 3SUWA 1JDDA 1BLIA 1QI4A 1OGBA 4XX6A 1QI2A 1K9FA 5A6MA 4PRWA 1NWSA 4JL2A 3WF1A 3N12A 1OT1A 1CWYA 3W27A 5IFTA 4AIOA 3MUY1 2UY3A 1B3XA 4HPHA 1ZJAA 2VX6A 1HKKA 3VD9A 5ECUA 3AZTA 2WMIB 4Z2GA 1XSIA 3AIQA 4GINA 2VZSA 1W3HA 3VGGA 4AWEA 1D2KA 1HX0A 2JF6A 2WMJA 3AOFA 2ZUUA 5ABGA 1P6WA 3UG4A 4X0NA 2ZX5A 1WZLA 2ZUVA 2AMGA 1VEMA 3ZSSA 4PCSA 2E0PA 3BLKA 1PZ3A 3OIHA 4V27A 3RILA 5A2CA 4PMYA 4YHEA 3SCPA 1EXPA 3BCDA 4PMDA 2B31A 2W67A 2FGLA 3VD5A 1UH2A 3CBWA 2VVNA 5HPCA 1WDSA 1QHZA 4OOUA 3ARWA 4TTUA 2JF7A 2ZUWA 4JKKA 3WD4A 1Q6CA 1NWUA 2J62A 2GK1B 1HJSA 2PI6A 3CLWA 4PBGA 5TD4A 4LGXA 4UOQA 1EA9C 1I1WA 3GH7A 1H41A 2XVKA 2WSKA 3KEHA 3CIVA 2Y24A 3WDHA 5CPSA 3DYMA 1UD8A 2WKGA 3N13A 3FAXA 3HN3A 2DSWA 3AMDA 2WLZA 3ARUA 2DGAA 3K1DA 3T09A 3WF0A 3QHNA 2VR4A 4ACZB 4JIEA 5I78A 1PX3A 5D8WA 2GFTA 3BMVA 2YKKA 4NSBA 3RJYA 1W9DM 3D5HA 3S6TA 2XFRA 1HP5A 4HZ7A 4JAWA 3L4YA 3WBAA 4DM1A 3T0AA 4PTWA 2QPSA 3ZJKA 3AIEA 4L4PA 3SCNA 4EE9A 1Q6EA 1G01A 2X8RA 3B9AA 3EBVA 3OBAA 3VIIA 3FAWA 3M46A 4BZYA 2WVVA 1GW1A 1H0GA 4GZEA 1C7TA 1H09A 2YL9A 4P7LA 1Q6FA 1UA7A 3A47A 3UG5A 3MO4A 4OBSA 1E0VA 4HOXA 1NOWA 2BY3A 4Q22A 1E72M 5EFFA 5GNYA 2WMGA 2V5CA 4TXEA 3BSGA 2VCAA 2ZX8A 1HJXA 1WDRA 4GZJA 5AC4A 3W53A 1KXTA 3F5LA 1ECEA 4BQ3A 5ABEA 2A3AA 1UQZA 3NDYA 2EPNA 4HZ6A 1IZJA 3FY1A 4UQEA 1E9LA 5E6ZA 2DH2A 3M07A 5GNZA 1VBUA 3CHFA 5D9PA 4Z2KA 1XGZA 1SMAA 3AFBA 3L2LA 4HMEA 2GJRA 4MB1A 3WNMA 1H3GA 1J12A 4AZGA 4FLOA 1U30A 3RM8A 4IPLA 1K9DA 1LG1A 3AXIA 4TTGA 2BHYA 2YBTA 1ISZA 1QW8A 1E1EA 4AD2A 3WIJA 1RPKA 4H2CA 2YA0A 1AVAA 1W3LA 1NP2A 1HJQA 4W7WA 2WVSA 2YLAA 4GI6A 2WNWA 2X2YA 2CKRA 4QCFA 4UFJA 1V3IA 2BNJA 1XD0A 1E4LA 4JHOA 2ZXQA 2J79A 4YN5A 2WBGA 1GZJA 1V3MA 1GJUA 2CETA 3VUPA 2HISA 1V02A 2JIWA 3AHTA 2PWGA 2ZWYA 1JAKA 2VL4A 3SCSA 1R85A 5JBFA 1WDQA 4ZEPA 2ZUMA 1J10A 3WN6A 1CTNA 4W93A 2XFFA 5BXTA 4CCCA 5A69A 4MADA 2XGBA 3RMEA 3L4WA 2VUYA 1HT6A 1J9YA 1UOKA 3ZIZA 1NOFA 3WUFA 1LG2A 3OGVA 1NWTA 4C7DA 1KFWA 1E56A 2GDUA 1HL9A 5A1AA 3VVGA 4D72A 3WKZA 4CKQA 1UG6A 5D9NA 9CGTA 1OGGA 2ZXDA 4GO9A 1VB9A 1K9EA 3DYPA 3VGFA 2OWXA 1FHDA 2J7HA 4PMRA 3WDJA 4UOZA 4AZCB 4A3YA 1ODUA 4M81A 2J75A 5AYIA 4FMVA 2FHFA 4B15A 5HPOA 5LYRA 1FH9A 1GORA 2XJ7A 4CVUA 3W24A 5M17A 3WUBA 1PIFA 4UZSA 4GQQA 2IXUA 4MDPA 4XUYA 2A3CA 3QGVA 3WD2A 2G8ZA 3ARYA 3VD7A 1Y7VA 3WQ4A 1UR1A 3TP4A 3WELA 1KXVA 4P7NA 3PZIA 4UQBA 1H4PA 1BYDA 4PMXA 1J11A 1K6AA 3VGBA 3KL5A 1ISYA 1V0LA 3WF2A 3W0KA 2VX5A 4CU8A 4DWSD 3CHCA 2YDRA 4AMCA 2JIEA 3AROA 2WCSA 1W3JA 4E2OA 2UY5A 4J3TA 3HMCA 2WK2A 1MQQA 5HDRA 1JDAA 4BQ5A 3AHVA 4HOZA 3AIVA 1KBKA 1EIBA 4CN6A 4CGTA 4NZCA 1V6WA 1QVBA 2W66A 1CXEA 2FHBA 3PHAA 5DEZA 2G41A 2J8FA 4HPGA 1GPFA 4EK7A 1E70M 4JFVA 4PEEA 2XFYA 3KZSA 4AZ6A 5BRPA 4L4OA 3WH9A 4W8AA 3CZEA 4S3KA 1GQKA 2YL6A 3VDBA 1E43A 1H11A 4WKAA 1IT0A 1DWJM 2QPUA 1VJZA 1VENA 2VCBA 2C7FA 4D6IA 2WZHA 2PWEA 2EPLX 4ATDA 1TUXA 1XCWA 4H8VA 3DYOA 2XIIA 4HA1A 4MDOA 3FHAA 2VC9A 1D7FA 4MB4A 3CUHA 2O9OA 2O92A 1XV8A 2DT0A 3GTNA 1ZB5A 4F66A 3UCQA 5HXMA 2D22A 2CBJA 1CXHA 4H04A 3VPLA 3I3EA 1WNOA 4YHGA 1B3WA 3CHDA 3EMZA 4W86A 3FXYA 1GNXA 2EPKX 1UD3A 4UR9A 1TCMA 4U33A 4AD0A 3VIFA 4D6FA 3THDA 1UWSA 4KMQA 1MWOA 2FHCA 3U57A 5JIPA 1B3YA 2WW5A 2GVYA 3BCFA 5CG0A 4Y7EA 4UFMA 4PMQA 1VFUA 1UD5A 3K8KA 2X0YA 1DP0A 1DWGM 4W5UA 2WBKA 3VNYA 2BV9A 2EPMX 2J7FA 3UR8A 1W9UA 4HMDA 4MJ4A 1KGXA 4W88A 3SCUA 1NARA 3TTYA 4FF5A 4CUCA 1KGWA 5A6BA 2WHKA 3VD3A 2E9BA 1BYAA 1E1FA 3WL0A 3ZJ7A 1OIFA 4W8BA 3MKKA 1E3XA 4H41A 1G5AA 3CUIA 1EDTA 2VZTA 5E9AA 3OA5A 4AC1X 1C8XA 1G1YA 5A8QA 2ZX6A 3VMNA 5EB8A 5A8PA 1BTCA 1SR0A 4QCEA 3GBEA 2G3MA 4EAMA 3CZKA 2WAGA 3MSGA 2D3NA 1MW3A 3BGAA 4MTVA 2XG9A 3BMWA 4AZ7A 1EO5A 3IJ7A 1BFNA 1A47A 2XM2A 3MANA 1QHPA 1KXHA 1GOWA 4AD5A 3WFLA 4U2YA 2WPGA 1M04A 2PBGA 1KWKA 1GOKA 5BROA 2F61A 1UZ4A 4MPKA 4URIA 4AW7A 3A4WA 2ZX9A 1VEPA 1LJYA 1B2YA 1WO2A 1HN1A 2Y8KA 1MW2A 1FP8A 1HNYA 2GDVA 1DTUA 3AS1A 4DUWA 2WM0A 4W89A 5E6YA 4WSJA 4W85A 4J27A 2CCRA 2YL8A 4HTYA 1FA2A 2PF0A 3OLDA 4TX6A 1UWIA 2W61A 2A3EA 3VM7A 5IXEA 3ZT7A 4CCDA 2YDSA 3QHOA 1CLXA 3WF3A 4CN4A 1ISXA 4B16A 1E4NA 3E1F1 2YBUA 1N82A 3U5YA 3WDPP 5ABFA 4UQ9A 5LA2A 5IHSA 3TA9A 1CGTA 4JFSA 4MB5A 1ZS2A 2XGIA 2BY0A 1GOOA 1NM9A 3L4VA 1WCGA 2WMKA 3WQ6A 3VDCA 4OJYA 5I2UA 1PX8A 3UERA 3VU2A 1UUQA 4LYQA 1JGIA 1R86A 1HKJA 4UQCA 1XH0A 5KZ6A 3W26A 4LYRA 4CVWA 5A2AA 1W91A 8A3HA 3PZUA 3WQ8A 3JUGA 1EH9A 1H49A 1VIWA 2CBIA 1W2PA 4ML4A 3MMWA 3N9KA 1ZL1A 3UEQA 2C8NA 1O7AA 1FFRA 4BF7A 4UOJA 1AQMA 3BAYA 2CBUA 3VIMA 3F5KA 2PBOA 1E5JA 3LPFA 3WH5A 3ZR5A 4W8LA 2D23A 2CESA 1VFMA 3I3DA 2V3DA 5CZKA 5BXPA 1HJUA 2D1ZA 1V3JA 3ZT6A 3CUGA 1PZ2A 1BG4A 2DIJA 1LWJA 3SCRA 3VIGA 3PZ9A 5EBAA 1J18A 2VZUA 1JZ3A 1QBBA 4AD3A 1CYGA 1UWUA 5BWFA 4CD5A 2F2HA 5GQBA 3WFZA 3DHPA 3II1A 2ESCA 4KRUA 2Y2WA 3EDJA 5HOSA 1UR9A 4M56A 1CXLA 2OWWA 2W63A 5CLTA 1UKQA 4Z2LA 1CENA 1LWHA 2HVMA 4D6JA 3D3AA 1OT2A 1B9ZA 1FP9A 3HJEA 3L2MA 4C7FA 2JFEX 2D2OA 2DH3A 4F9DA 3CH9A 3FW6A 3VMOA 1BYCA 2DSUA 3PZGA 1WP6A 4V28A 1XRVA 2IXVA 5FL0A 1VBRA 2VRQA 3SIMA 4F9JA 1JYXA 1J0JA 1XC6A 4KWUA 1HIZA 3PTQA 4QDMA 3DHUA 2XVLA 3NSMA 3U7VA 3AIBA 3VIHA 3PN8A 3TONA 1CXIA 1KCLA 1OINA 4DWSC 4MJ2A 3AYRA 1QW9A 4WKHA 2BHZA 4PMNA 6TAAA 4UFIA 3IANA 3ARVA 2VOTA 4W7VA 4ZXOA 2WHLA 5CSYA 1BQCA 3W81A 4BQ2A 4UZUA 2BHUA 1C7SA 5BYWA 3A4AA 1VFFA 2XPKA 1ITCA 5LA0A 1B3VA 3VX0A 3CZGA 1TA3A 5BCAA 4JZ5A 1WB0A 4AZ5A 1KGUA 2WXDM 3EMCA 5CQ1A 1MXDA 2EBNA 3VGHA 1ZU8A 2G3NA 1EQCA 3AZRA 5E09A 3SURA 1JAEA 5M5DA 5A94A 5A8OA 4P7QA 4J3UA 1JI2A 3IAQA 4D6DA 1E6NA 3HU7A 4U3CA 1WZAA 1OM0A 1HF6A 2D24A 1NP0A 3PZQA 4ATWA 3PTKA 1E55A 2J4GA 1PJ9A 3WNOA 1W9BM 2WVVB 2UWFA 2E8ZA 1HJWA 1G0CA 1J0YA 1UWRA 2J7GA 3ARZA 4PMZA 4HOWA 2BVYA 3ARTA 4W7UA 4OKDA 4D1JA 1US3A 2NT0A 1U2YA 1JZ4A 3BLPX 2XVPA 3OLIA 2ZUSA 3TTQA 3WUEA 7TAAA 2D3LA 3OLEA 2J8GA 3VILA 2RGMA 1CGUA 1C90A 4TOQA 3CMJA 5JIWA 1YQ2A 3KL3A 1E6QM 2VZOA 3SEPA 1KCKA 3PZVA 2E4TA 4DM2A 5E0FA 4RE4A 2J7DA 1XH2A 4AIEA 2DQXA 4HU8A 4U5IA 3ARRA 1WDPA 3A6OA 2XSBA 4Z2JA 2CPUA 3NJ3A 3IAPA 2ZUNA 4J3VA 3WEMA 1OIMA 2QV4A 3GXIA 1V6VA 2X1IA 4P8XA 3APGA 1V3LA 4DWSA 1OD0A 1H5VA 4ZFMA 3GM8A 4QAWA 3AYSA 2ZX7A 2VO5A 2VR5A 2Y5EA 3MSDA 3WH7A 4CU7A 5C70A 4F8XA 2ZXBA 3GYCA 4J3WA 5JBEA 3BC9A 1V3KA 1XSJA 2X0HA 3BAIA 3MUZ1 3RDKA 5I23A 1LF1A 3K4DA 5AYBA 2DPEA 3WDRA 4E8CA 1CIUA 2CEQA 2DT2A 1XH1A 1UKOA 4DUXA 2EPOA 2GJPA 3MV11 1AMYA 1XHGA 2BY2A 4PSPA 1CLVA 3N18A 3KE0A 3GNPA 1RH9A 4TVUA 3WY1A 3VOCA 3WBEA 5FL1A 2WVTA 4J3SA 1LLOA 1CDGA 4LPCA 4ZENA 1UKPA 1BHGA 1R7AA 5A95A 3CTTA 1E0XA 4M24A 4X9YA 3SUUA 1GHRA 4FLQA 5A6SA 5CLWA 2WB5A 4OOZA 1QNSA 3FHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WAN A;  1V02 E;  2O9P A;  2GUY A;  4GXP A;  2WSP A;  1WPC A;  4LXF A;  4CU6 A;  4RE2 A;  1VFO A;  2YDQ A;  4PN2 A;  3VMP A;  2UY4 A;  2WHM A;  1UHV A;  5IDI A;  1EO7 A;  2FGZ A;  1E6S M;  2ZIC A;  3PBG A;  1XYF A;  1JDC A;  3CPU A;  6A3H A;  4M8U A;  5E70 A;  3VDA A;  4N0R A;  2ZOX A;  4CD6 A;  1V6U A;  1K9T A;  1PAM A;  4ZE5 A;  1UWQ A;  4H7V A;  3A4X A;  1RP8 A;  1GQL A;  4XB3 A;  2J7B A;  4B9Z A;  5CXP A;  1GUV A;  3CUF A;  1M7X A;  2CKS A;  5I0D A;  2WVU A;  5D9M A;  4JFW A;  3AJ7 A;  5FOO A;  3ARX A;  1GCY A;  2YOC A;  5A6B D;  2XWE A;  1QNR A;  3BAW A;  4RE3 A;  2BXZ A;  5FD0 A;  2NW0 A;  3O9N A;  3SCV A;  3BAJ A;  1CNV A;  2VVS A;  2O9T A;  1EDQ A;  2AAA A;  2EJ1 A;  4WKF A;  1WZK A;  2Y8V A;  1SFS A;  3AXH A;  1JYN A;  4H8U A;  3VIK A;  2WLY A;  3W29 A;  5M03 A;  4W87 A;  4AD1 A;  1E5N A;  5DT7 A;  3BAX A;  4UFK A;  5GNX A;  2ZE0 A;  1JL8 A;  1UR0 A;  2EXO A;  2YIH A;  2JAL A;  5KEZ A;  1JZ8 A;  1EGZ A;  1EOM A;  4UTF A;  2W92 A;  3DC0 A;  1JZ5 A;  1V03 A;  3MS8 A;  2J77 A;  2VX4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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