3SGUA

Crystal structure of methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-ump
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
213
structure length
212
Chain Sequence
NRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of Methanothermobacter thermautotrophicus orotidine 5'-monophosphate decarboxylase covalently modified by 5-fluoro-6-iodo-UMP
rcsb
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 81
structure length 212
sequence length 213
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3sguA00
3S6DA 4Z1AA 4EF9A 3MHGA 3N9RA 1MSSA 2J88A 2BXVA 3GKFA 1SUXA 4IUOA 4UTUA 4MLJA 4GUJA 3M7WA 2J9XA 4JDBA 2ISWA 3P81A 1T8XA 2QCDA 3LCGA 1KM0A 2VXNA 3S0CA 5CZSA 4UCGA 3TCEA 1I45A 4BWLC 4KWWA 2ABBA 4FNTA 2CWNA 4PC8A 1RQHA 4I7WA 3QMSA 5T26A 1WV2A 3O1NA 4MZ8A 7TIMA 1TTQA 3MO7A 4R53A 4NZJA 5K7JA 2FPTA 3C2FA 3GVGA 3O16A 2LLEA 3R13A 3IVSA 3NQVA 5AHIA 5DBTA 2HS6A 3QW3A 1LBFA 2FJKA 3NQAA 1GVRA 3FEMA 4WQ6A 4TO8A 2ISVA 4DPPA 1JUBA 5D04C 4QQ3A 3NQ6A 1K7FA 1W3NA 5D2XA 3RNDA 1AW5A 3NQFA 2OJPA 1QOPA 1V5XA 3TAOA 1XM3A 1WBJA 2Z6IA 3BGJA 1X1OA 1TPDA 3WJYA 1G69A 3LHVA 4QM1A 2YDAA 1GYLA 2CZFA 4QNEA 3L68A 2WSQA 4UTWA 1G67A 1FCQA 3LDVA 4N9BA 4JY8A 4MUZA 1EUAA 1EP1A 4FNUA 1NFBA 1TV8A 4A21A 3GDRA 5L9FA 4O14A 1XXXA 2OX1A 2WKJA 3TFCA 2V5BA 3LBCA 2TMDA 3W84A 4O53A 1L2UA 2ZZ4A 4KFOA 2CZEA 4M6VA 3WFAA 4O57A 3W22A 3NZ1A 3DI1A 3T55A 3W7RA 3DENA 3FIGA 4AAJA 1R47A 2OZ0A 5DXYA 2V5LA 3EX4A 3IVUA 2GVLA 5KTLA 4TMBA 3PC0A 3HF3A 1TJRA 5KZEA 1U5JA 4UFLA 1BWLA 3W1RA 4WY0F 3O15A 4QAIA 3HOJA 3KX6A 4O1DA 1FWNA 1GWJA 3DFTA 1JRBA 1AMKA 4E38A 3MJYA 1VGAA 1XDLA 3BG3A 3GIYA 1OFOA 3TW7A 3B0PA 1LBLA 2D73A 5J5DA 1RVGA 3NEVA 2RFGA 4NXSA 5K9DA 1OFRA 4L4LA 2FPYA 5E93A 5AYXA 2CLOA 3GDTA 4X9SA 3NQCA 4DBDA 1O5XA 3ZWTA 3BW2A 4IGHA 1YDNA 5F1UA 3TSDA 4OHQA 5D09A 3B0VC 4LT9A 3NG3A 1H7NA 2AAMA 4Q4KA 4WX2A 4K7YA 3OA3A 4AHQA 3TX9A 4GXMA 3PS7A 3L0NA 2OCZA 2F7FA 4YXGA 2J27A 4H6KA 1IXOA 1GOXA 3DKJA 3W1MA 2A21A 4EVZA 4Y90A 3W1XA 4Z1CA 4QITA 2DU2A 2WOQA 3L5AA 5G4EA 3PAJA 1KV8A 1XUZA 1MEHA 2E6FA 1O4UA 3W7GA 3TC7A 1ZAIA 5G2IA 5D2VA 1OYAA 1K03A 4LC6A 3O6YX 1K8YA 3WJZA 1TPC1 1TRDA 3LCFA 3GDMA 3W3OA 3U8GA 1JVNA 3SR7A 3P8JA 1L9WA 4O15A 5LNVA 3R2GA 4IPJA 3DFOA 5LNUA 1H1ZA 3L0GA 4QIUA 3UWYA 2YW3A 3PBYA 1RD5A 1NAL1 2ZA3A 2FLIA 2Z2UA 2Q3RA 1S5WA 3A24A 3G1DA 2O7QA 1H7XA 2A85A 1G4TA 5HWJA 4S1FA 1QO2A 1T99A 3L5MA 4ZQRA 1EX5A 2PRMA 1K7XA 1A5CA 1UBSA 4YL2A 2JKEA 4UTKA 3LHYA 3F03K 3ABOA 1VH7A 5A5WA 3RF9A 1JCJA 1JQXA 1W3TA 1P1XA 1PHWA 3GDLA 1PCWA 1TPH1 5HR7A 5FEXA 4BFAA 3UPBA 1LP6A 1YPFA 4RJEA 4LV4A 3MHFA 1N7KA 5D2YA 1L6YA 3PB0A 3MI6A 3QEZA 2Q8LA 4AHPA 3S8HA 3NPUA 2DJLA 6ALDA 1N8FA 1OJXA 4O13A 5HINA 1W5QA 1VZWA 1ZNNA 1FUYA 2JBMA 2GJNA 4O0KA 4UFKA 4X3ZA 4ZQNA 1R2TA 1O5KA 3M41A 3Q58A 1OVDA 1AW2A 1X7FA 3LOTA 1X6UA 3PY2A 3PR2A 3LCHA 3UWWA 4JGDA 1Z48A 3NYZA 1F76A 2VFDA 3A5FA 1I4NA 3DI0A 1KTCA 3PWAA 1A5BA 5U7SA 1KBIA 3Q37A 1QOQA 1H62A 2JGQA 4DO5A 3ELFA 1KFEA 2J9YA 4XWUA 4O28A 1MEWA 4AWUA 1ADOA 1G7VA 3LBMA 4BK9A 2I1OA 3UWZA 1VJIA 2HMCA 1WA3A 1YYAA 4POCA 4PFMA 4FNSA 4PA8A 3G1AA 4K38A 3BARA 3IIOA 3W23A 1JCNA 1W37A 3W74A 3P60A 2GJLA 3QJAA 4MPQA 3MBDA 1YXYA 3GR7A 3MYPA 3C2RA 4XKYB 2QAFA 1LM1A 2J9ZA 2DZVA 4LNYA 5EMUA 1K7EA 4M6PA 4LOCA 4OE7A 4NX0A 3T40A 5LHFA 4QSHA 1E51A 4K8EA 4WOZA 3NM1A 3SW6A 3CHVA 1IIHA 1VRDA 4XUGA 4ZQMA 5F4WA 4GFSA 3ZS4A 5F2LA 1TPFA 3W88A 3P82A 1KFLA 1DV7A 2E68A 1NF0A 1OX4B 3KRSA 4UTHA 4IX0A 4E2DA 4JIQA 2OT0A 1RZMA 1WQ5A 1XC4A 4M6QA 4JIPA 3G18A 3QW4B 2RDWA 4UUIA 2NUWA 1V7YA 1VHCA 3N9SA 3W7OA 4UTTC 1G4EA 4YCOA 4NJKA 1F05A 3NPXA 2QUVA 1HO1A 3LCIA 4MIMA 3FA5A 3GX9A 8TIMA 2E5CA 2XN2A 1YDVA 1TQJA 4ONVA 1AL7A 5EKYA 3DZ1A 1XBZA 3QF0A 5E0KA 1LOLA 4NNBA 1G4SA 2Y70A 4Z08A 2ZRUA 4BWLA 1XDMA 1ZHAA 4Z0SA 4UR7A 4NQ1A 1FDJA 1QPNA 3STEA 1EWEA 4MY1A 5EBUA 4NJJA 3G1FA 4K37A 4NU7A 4GRSA 4WOQA 1DQWA 2OT1A 3GKAA 2H3DA 1LYXA 3W71A 4MZYA 1LROA 3M5ZA 3UZ5A 2DZWA 2EPHA 1EEPA 3LHTA 1Q3NA 4LVAA 1W5PA 1H51A 1DORA 2H8XA 2QKFA 1VLIA 3NQ8A 4I7UA 3A22A 3VI2A 2QCFA 3ABQA 3DXIA 3R12A 1W56A 4FHAA 1W5NA 4FXRA 2XN1A 1DJNA 5D38A 2NV2A 2V2CA 3SZ8A 2RDTA 1B4KA 2IQTA 1KM2A 1GQNA 2A6LA 5G4WA 3P61A 2YX0A 3W87A 3CB8A 3NAVA 2CU0A 4Y9AA 4O17A 2G97A 3W7NA 5G2HA 3NQMA 1AW1A 2W79A 1R2SA 1HTIA 3HG4A 4FB7A 1F6KA 5HMSA 4UIOA 1UUOA 1QO5A 1W54A 3FKKA 3L9CA 1SPQA 3NL5A 4IOTA 3ZR4A 4IMGA 2R94A 1LDCA 3NQGA 3FYOA 3SGZA 5HUOA 1TPWA 4KFPA 3GZ3A 4GBUA 4XBKA 5LGZA 4HNNA 1TO3A 3LTPA 4ZQCA 5AHNA 1I2QA 3TAKA 2VEPA 1AK5A 1TPEA 5CG7A 1ZCOA 5F4SA 1WDWA 3HPZA 4LS2A 1FDZA 1ZAJA 3IIXA 3NQDA 4O52A 1I2NA 1HUVA 2GOUA 2J6XA 1LZOA 4FNRA 5I3KA 1SFLA 5CPOA 3NQ7A 3DH7A 3CM4A 5BRBA 3GXTA 4Z0JA 3DGRA 4UFMA 1QNVA 2VENA 4JTHA 5I3JA 1B4EA 2V81A 3RMJA 2YPIA 5KSWA 4FF7A 4ORMA 3VKJA 1TV5A 5KINA 2Y89A 4UXDA 5AHFA 4JN6A 5C2XA 2GQAA 2Q3OA 2QJIA 3PBVA 3P67A 3V1PA 2X1RA 4Z1BA 1BTMA 3M5VA 3L2IA 3E9AA 2CFFA 1HG3A 2GQ8A 1FXQA 1VCFA 1UJPA 2RDUA 3UXAA 5K3VA 2XN0A 1MZHA 3ABRA 5G1TA 3M5XA 5G2WA 4ZQOA 5L6UA 3SSJA 4CCEA 2V2HA 1K8ZA 4O0ZA 2A1YA 1P5BA 5IBXA 3E96A 2KZHA 5EL1A 5J5RA 3H55A 3UNDA 3L67A 4A29A 2HTMA 4IJBA 3TQKA 4DXVA 1D9EA 2FB3A 2DZTA 4LUJA 2Y63A 1CI1A 4MLRA 4BI6A 3W7EA 5LKYA 1SW7A 3G1VA 4DBEA 4L4MA 1GVSA 4A3UA 1OG0A 4ICNA 3C2EA 4UMCA 4N9CA 4K8HA 4JTEA 2Z0IA 3GAYA 3MWAA 4JXCA 1SQ7A 1UUMA 2ZTKA 4HPXA 3PVFA 1H7OA 4CLMA 5HR6A 1QMLA 4AF0A 2FPVA 2ZBTA 1A53A 3O63A 1XBXA 4GJ1A 3N3MA 2C19A 5DY3A 5HWNA 4C1KA 1EIXA 2ZZ5A 2Y7GA 2ZFAA 3M5YA 1WXJA 5AYYA 5AYZA 4JNMA 1I2PA 1GEQA 1YDOA 3M43A 4CNPA 3T44A 1ML1A 2ZRVA 4W9TA 4RXGA 1PE1A 3W73A 3JS3A 4RK8A 3KVJA 4E2BA 2GVGA 4IX2A 2A5HA 3DU0A 1LTDA 4ZL1A 2QCNA 1XUUA 5HQEA 2ATSA 3W72A 3SECA 3MP3A 4IQLA 5DBUA 1S5VA 3PUOA 1IGSA 3E49A 4LVBA 2BX7A 3WJWA 4XTDA 3FJ6A 1Z44A 4JTKA 3NO5A 1QDSA 1LCOA 1UB3A 5LSMA 3W86A 5FF3A 4KKXA 3CLMA 3HJZA 4LVDA 2WNZA 5AHEA 1J2WA 5CZTA 4OV4A 2R14A 3M1ZA 1FWTA 1M6JA 3WK3A 1KFCA 1FWSA 4IMEA 1OABA 3FYPA 3CEUA 3GXNA 5AC6A 2TPSA 3DFPA 3S5ZA 2CLHA 3TIMA 4AXKA 2YFOA 3EKZA 3LRKA 3TFXA 2A7RA 4JTGA 1W0MA 1OK6A 2C18A 3CC1A 3AO0A 4DO4A 1KFBA 1W1ZA 5C6MA 4ZVJA 4UTIA 3IVTA 1TJPA 3HGOA 4K7VA 4MYXA 2A6NA 4ZQPA 1TPUA 2X1SA 1Z42A 1QCWA 1XI3A 4JTIA 4NZFA 5TQLA 2DZSA 3UXDA 4GUFA 4U28A 4OT7A 5K9CA 3RU6A 1YPIA 3EWWA 3PUDA 3S1WA 3FFSA 4JYEA 3DBPA 4ZZ9A 2ATMA 3B8DA 3W1QA 2YCEA 3MW7A 1SSDA 1VR6A 3G3MA 5MHBA 1SW3A 2QJHA 3CPRA 3QRHA 1QFEA 1O95A 4IPIA 4UTTA 5D05A 1HL2A 4FX6M 4TIMA 5DXXA 5LGXA 2H3BA 2NX3A 4X22A 3E12A 1DBTA 4N02A 3QC3A 4O8RA 3W83A 3G0UA 3NVTA 4UTLA 3S42A 1JCXA 5GVJA 4NJHA 2NWSA 3MBFA 3OVRA 2YGYA 5D2WA 3A23A 3PG9A 1OFAA 1UCWA 4UNLA 1DHPA 1F2JA 3EWYA 5FEPA 3BLEA 3EWBX 1LRTA 3QH2A 3B06A 3S1UA 3BLFA 5HUPA 3SIZA 1H7WA 1GG1A 5AOUA 3LV6A 1T96A 3MP4A 3NR0A 3LLFA 2B7OA 1TRIA 1JQVA 3W6YA 1SFJA 3G0XA 3NPVA 2OMAA 1SZNA 1ZFJA 4X2RA 2Y7EA 3FJLA 3W7IA 2DORA 1B3OA 4LU0A 3D0CA 2ZRXA 3LCWA 4WY0A 3ATZA 2DZUA 5H2ZA 4LVGA 1YTKA 2CZ5A 4UR8A 1Q6OA 3A5VA 5EA9A 3JRKA 1KLZA 3MP5A 1JRCA 3P7YA 2YYTA 3TV8A 1SR9A 3QM3A 3SGUA 5CPMA 3GR8A 2BWGA 2V0TA 4HNUA 3P84A 3DAQA 3QPYA 3DKLA 4JTFA 2O7SA 4LRTA 1CX9A 4O4VA 3W1PA 3M6YA 5CPNA 1MEIA 4LW7A 1FCUA 1HO4A 5CZJA 4Q32A 2QCEA 3EWUA 1DJQA 3W1AA 3KOFA 4DO6A 3W7JA 1EB3A 3EXSA 1ONRA 2E6YA 4AB4A 4Z1DA 3QSRA 1JUEA 4JTTA 2ZQ0A 2E6AA 2QCCA 1OK4A 1SZEA 1ME8A 2GVJA 5F2GA 3S5NA 3LX9A 3HGJA 4BR1A 2C0AA 4OGZA 4MJMA 4R7JA 1XBYA 4UFIA 4Y96A 2I9EA 1TV7A 3W1NA 4NUWA 4HSNA 1M7OA 3TJLA 1VCGA 1ME7A 4GNJA 1VHNA 4CNNA 3G0SA 3EXTA 4HT3A 5I3FA 5D02A 4KFNA 1D3HA 3TR2A 2VOMA 1VQTA 1PCKA 3W76A 1AG1O 4HIBA 4MVAA 3G8EA 5FI8A 1IXNA 3VE7A 4EOUA 3TDFA 2VFEA 3NPWA 3IIVA 1ALDA 5EPDA 1LOSA 3A21A 4PL2A 2JKAA 4Y6GA 1RQEA 2C14A 2B4GA 3P8IA 5FEWA 4AMAA 2P0OA 3PULA 3LXAA 1TPB1 3THQA 1SSGA 3TC6A 4UFJA 4RZ5A 2JGYA 2BSLA 1C8VA 3KXQA 1VLWA 4K36A 4NNCA 1PHQA 5IM51 5I3GA 4LY8A 5KZDA 3C4UA 2V9DA 3ABSA 4MY8A 1NEYA 3TH6A 1F6PA 1WAUA 4BF9A 1GVOA 3CU2A 3VCRA 4HPJA 3INPA 3EB2A 3QYQA 4GUIA 4RXFA 3W7PA 2QCGA 3UWQA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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