3TA9A

Beta-glucosidase a from the halothermophile h. orenii
Total Genus 162
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
162
sequence length
449
structure length
448
Chain Sequence
AKIIFPEDFIWGAATSSYQIEGAFNEDGKGESIWDRFSHTPGKIENGDTGDIACDHYHLYREDIELMKEIGIRSYRFSTSWPRILPEGKGRVNQKGLDFYKRLVDNLLKANIRPMITLYHWDLPQALQDKGGWTNRDTAKYFAEYARLMFEEFNGLVDLWVTHNEPWVVAFEGHAFGNHAPGTKDFKTALQVAHHLLLSHGMAVDIFREEDLPGEIGITLNLTPAYPAGDSEKDVKAASLLDDYINAWFLSPVFKGSYPEELHHIYEQNLGAFTTQPGDMDIISRDIDFLGINYYSRMVVRHKPGDNLFNAEVVKMERPSTEMGWEIYPQGLYDILVRVNKEYTDKPLYITENGAAFDDKLTEEGKIHDEKRINYLGDHFKQAYKALKDGVPLRGYYVWSLMDNFEWAYGYSKRFGLIYVDYENGNRRFLKDSALWYREVIEKGQVEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Glycoside hydrolase family 1
publication title Expression, purification and preliminary crystallographic analysis of the recombinant (beta)-glucosidase (BglA) from the halothermophile Halothermothrix orenii
pubmed doi rcsb
source organism Halothermothrix orenii
total genus 162
structure length 448
sequence length 449
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-08-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3ta9A00
1QPKA 4FLSA 5EMYA 1M7XA 2PF0A 3PZQA 1CPUA 2WMKA 1QW8A 1B1YA 2J77A 3RM4A 1C8QA 2A3EA 4CN6A 3VKKA 1R87A 5HDRA 3BXWA 4ACZA 3AIRA 3AMLA 5JUVA 4AZ5A 5BRPA 3N9KA 2V5DA 4IM4A 4B9ZA 2DH2A 5DEZA 4JHZA 3AYSA 3CLWA 1DP0A 3LPGA 4HZ7A 4CVWA 4PSPA 2E9BA 5C71A 4AYSA 2YL9A 1UWIA 4GXPA 2QPSA 1W32A 5I77A 2WSPA 4NRRA 1EDTA 2ZX5A 1E15A 1MW1A 3SCSA 1TUXA 2BV9A 5CPQA 2VOTA 3B9EA 6TAAA 1RPKA 2BHYA 3UERA 3AHYA 2V3GA 4XV0A 4XUYA 1IT0A 2E4TA 3ALFA 2VR4A 4HMDA 1OSEA 2VURA 1QW9A 5EFFA 2WMIB 1Q6DA 4JKKA 5A2AA 1HF6A 4PUEA 1W9BM 5A94A 3CTTA 3WQ4A 5D9PA 4TTGA 1RP9A 1CWYA 2QPUA 3GBDA 1DWIM 1BHGA 3AHZA 2J7GA 2PI6A 1JIBA 3OG2A 4CUCA 1J01A 1I1XA 3VMPA 3IJ8A 1KR1A 3S6TA 1B9ZA 1V0KA 4W5UA 3AMCA 3TTYA 5I79A 2GDVA 3VUPA 4KRUA 1BGAA 3FNDA 2NT0A 1YHTA 4D71A 1M04A 4P8VA 2ZXAA 5GPRA 2Y4SA 5A69A 4MNKA 4TVCA 1E6XM 4M82A 5DMYA 1B3WA 1D7FA 4P8WA 1ZBCA 1MYRA 2UWFA 2OWWA 3FAXA 4GINA 1MQPA 2D0HA 1BG4A 1E71M 2XWDA 1W9PA 3VPLA 1H0GA 4HTYA 1NP0A 2DEPA 5IFTA 1GOIA 2DDXA 5C70A 1UKTA 2VCAA 2WM0A 2DSZA 1MQQA 1FFRA 4EK7A 1QBAA 1B3VA 4P7RA 2VRQA 3WNOA 1H09A 3W37A 1X6LA 3GXDA 2WWDA 2VZOA 4UFIA 3N17A 4DM1A 4P7OA 3CPUA 1EDGA 2O9TA 1CXLA 4D6IA 1ZBVA 3IAPA 1X1NA 3DECA 1E4LA 1W2PA 3CHEA 3CUGA 3AIVA 3AIUA 3K8MA 4CN4A 2J75A 1E3XA 5CJ5A 3N1AA 3HN3A 4GI6A 4J3WA 4B3KA 1WDQA 2J78A 4ZFMA 3FAWA 3U7BA 1CGVA 4H8HA 2CPUA 5DT7A 2O92A 3MV01 3WH6A 2XHYA 3SUVA 5LA0A 3UETA 1KWGA 3VIMA 3SCPA 3FN9A 1QNPA 2XFFA 2WHMA 4CCEA 4E4PA 2UY3A 3RIKA 3KL3A 1G5AA 2GDUA 5KEZA 3APGA 4AD4A 3WENA 2WKGA 1V0MA 3ZSTA 1H0IA 4W93A 2GSJA 1E6SM 4WKAA 1JNDA 4E8CA 1SR0A 2WLYA 1CGXA 1VJSA 1FFQA 3PZMA 4JCLA 1GVYA 1US2A 5LA2A 3CZ8A 1CNVA 1R7AA 1UWTA 3OLEA 4MTVA 3WUGA 3KZSA 3VDCA 3SCTA 4AIOA 4CGTA 1V3KA 1V3MA 4AD1A 1CGWA 1OBAA 3VD7A 1GNXA 4AIEA 1KXHA 4JKLA 3BMVA 3K8LA 1LL7A 1HNYA 1W2VA 3OLGA 1TFVA 1JD7A 1W9UA 4PCSA 2XSAA 1QI5A 1A3HA 1QOXA 4ZXLA 3FY1A 4AD3A 2J4GA 1HJWA 1WB0A 2OSXA 1GOOA 1TCMA 2VI0A 4C7FA 2EPNA 3WD1A 2EPKX 2VRJA 2WCGA 2Z1KA 3BLPX 1ISYA 3QHOA 1GQJA 4UFMA 1GQKA 3RILA 1BTCA 2BHUA 4D6HA 3BSGA 3IANA 3AIEA 3VGEA 3VD4A 4C7GA 5DO8A 1V03A 2VL4A 1JYNA 1J9YA 1U30A 3M07A 5ECUA 5CLWA 3QOMA 1IZKA 2V38A 5A6MA 2QLYA 4H2CA 1QI2A 4WIWA 1WE5A 1LWHA 2QV4A 3W27A 5BXTA 3N18A 5GNXA 2VX7A 5JIPA 1KCKA 2WC3A 1UKSA 3VU2A 1HJUA 4HU8A 3VD9A 2WMIA 2JE8A 1XGZA 2JFEX 3K46A 3AROA 1V3IA 3AHTA 1VFFA 5E6YA 1FHLA 4ACZB 1E6RA 2BY3A 3MV11 4ZENA 1KGUA 3A3HA 3POHA 3FW6A 2J7BA 4XX6A 1PZ3A 1JZ3A 1C8XA 1GONA 3AFBA 3L4WA 3ARXA 4JIEA 3VO0A 3SCWA 4A3HA 2WAGA 2VX6A 3OZOA 1CXHA 1UH4A 5BXSA 1PAMA 5JBEA 1CZ1A 3A4WA 3RO8A 1GORA 2DQXA 3CH9A 3ZJ6A 1FH9A 3ALGA 2XTKA 4AEFA 2EPLX 3VGDA 5A6SA 4IISA 2ZX7A 3WN6A 1HJQA 3SUWA 2V3DA 1E40A 2E3ZA 4TVDA 3DYMA 4OOUA 1V02A 3WDRA 4F66A 2RGMA 2O9RA 3AHXA 4FLOA 4ML4A 4HPHA 3GZAA 2YA1A 1CEOA 1KBKA 3MMDA 3VM5A 1UWQA 3WF0A 2A3CA 1NARA 3VM7A 3PTKA 4M56A 4PTWA 1EOMA 5D9MA 1ZS2A 2WVVB 4GKLA 3RDKA 3UR8A 1GPFA 4B3LA 2G4FA 4KGJA 1J0KA 3GNOA 5BRQA 3WQ8A 1UD5A 2CHNA 4N0RA 3WMSA 2B31A 3S2CA 3CUFA 2BY2A 3HU7A 4X0VA 4AZIA 2CXGA 2FH8A 1GHRA 4W84A 4YHGA 4AZCA 2OYKA 2XVNA 5CSYA 1R7OA 1EIBA 1HKIA 1JI1A 3OLDA 1UG6A 1MW3A 3ARQA 3WF2A 4WLCA 1LWJA 4N42A 5AC4A 5BWFA 2DH3A 1C3FA 2G3NA 1G9HA 2AMGA 3TONA 4BQ5A 1OB0A 3O9NA 4UQEA 5A8QA 2UY4A 1AQMA 1GOWA 4EAMA 5CGMA 3AS3A 5I6SA 1NOFA 2EXOA 1KGWA 1LLOA 4MB3A 4M81A 2GK1B 5EBAA 4HPGA 2YL6A 1JD9A 1OCQA 1CTNA 1UR9A 1UA3A 4Z2KA 2YBTA 4W88A 2V5CA 2W91A 4J3UA 1W9VA 3CBWA 4KWUA 5IFPA 2ZX6A 1ITCA 2X0YA 2WHKA 1J0HA 3ARZA 3G6MA 3ZSSA 4AZ7A 1KWKA 2VVNA 1HKMA 1V0NA 1MWOA 1UR4A 3L2LA 3CUHA 2GVYA 1JYWA 1JYVA 3WNMA 1HKKA 1ODUA 1NM9A 1JF6A 1PBGA 1FP8A 2ZUSA 3W25A 1HP4A 4MAVA 3O6AA 3VIOA 1MXGA 1UD4A 3AOFA 2ZX8A 1G01A 2FH6A 4HZ6A 2XM2A 1S46A 3AS0A 4Q7NA 4AZBA 2XFYA 1GJUA 3LMYA 1QHOA 1PX3A 3TOPA 2ZUTA 5A2CA 1LF1A 2PWEA 1WKYA 2NT1A 2YLLA 4W8AA 4OKDA 4QCEA 1CGUA 4PMRA 4W89A 3MSDA 3OGRA 4FMVA 4Q22A 1JZ8A 1AVAA 4F9JA 5IHSA 2X05A 1XRVA 2WMGA 3A6OA 1Q6FA 3WUBA 3T2QA 1W3JA 1B90A 4LGXA 1W3LA 3VVGA 3ZT5A 3ZQ9A 1W1PA 2CETA 3RJYA 4BQ4A 4D6CA 1E0VA 1HKJA 2UY2A 5EB8A 3WIJA 4W87A 4QLJA 1PIFA 3ZJ8A 4V27A 4Z2GA 7A3HA 1CGYA 3ZMRA 4MB4A 4A4AA 2YL8A 1J0JA 4X9YA 4K68A 1PIGA 2CNCA 4AD5A 1LG2A 3NUKA 2VCBA 1MFVA 2WVSA 1XH2A 2CKRA 2WMJA 4DM2A 4BA0A 1EQPA 4QAWA 3M7SA 1F4HA 3DHUA 3VIPA 4DWSC 2G41A 1LG1A 2DGAA 4W7VA 3EDKA 1SMDA 4HZ8A 3WH9A 5LA1A 3W81A 1HJXA 3ZR5A 1B3ZA 1OD0A 1ISWA 3WSUA 2PBGA 1UQZA 2WK2A 2V3EA 4AZHA 1GHSA 2XJ7A 1EO5A 5A6AA 1KXVA 2BXYA 2X09A 3D5HA 1UH2A 4KRTA 3N04A 4ZXOA 4PBGA 3CZJA 4OZOA 3W26A 3MKKA 4LYQA 4GIAA 3VNZA 4Z2HA 3THCA 2BS9A 2WPGA 1GQLA 3MUZ1 5M03A 4ATLA 1LL6A 5JIWA 3ZR6A 3AXXA 3L4VA 4XB3A 2VZSA 5ABFB 1WZLA 4D6EA 1E5NA 4U3AA 2WVVA 1J0YA 1E70M 4BF7A 1HL8A 4CD8A 1LJYA 4JFUA 3L2MA 1CLVA 2VUYA 2JEQA 5I5RA 1U2YA 1VBUA 1V6UA 3L4ZA 1V6XA 2D0FA 3CGTA 1G1YA 5A2BA 4GO8A 1GOKA 3AMGA 2OYMA 4EANA 3NDZA 1H5VA 1OGSA 2EQDA 5I2UA 2YA2A 5A8NA 2GUYA 5IHRA 4ZEPA 1FHDA 1KXTA 2J7HA 5E0FA 4PMUA 3WNLA 4GZEA 1BAGA 1X6NA 1UUQA 2FDMA 4Z2IA 1J12A 3MU7A 2WLZA 3VTRA 1XH0A 4UCFA 4B15A 2C7FA 1BG9A 1B31A 3DHPA 1MW0A 1J11A 1HJVA 4NI3A 3CZKA 3FHAA 5BXRA 3VDBA 1KXQA 2GK1A 4PRWA 3EDDA 4X0NA 3GH4A 4UFKA 3UG5A 2CERA 1UKOA 1OWQA 1CECA 3SCQA 1HIZA 4XZWA 2D3LA 4DUVA 4AZCB 4P8XA 5A8MA 3OB8A 4UQBA 5D9NA 4DWSB 3QGVA 3AMDA 1BVNP 1J0ZA 4D6JA 5D9OA 2DT2A 4CD5A 4B16A 1ZJBA 3WFLA 4QCFA 4D1IA 2YJQA 3BLKA 4U2YA 3POCA 1C93A 3UR7A 2XPKA 3E1F1 2WCSA 4UR9A 3SUUA 5FCZA 4J3XA 4AY1A 1QVBA 1W1TA 3CMJA 1J0IA 4PEEA 1KB3A 3GM8A 1FH7A 1MW2A 2CESA 1Q6CA 2D3NA 3MUAA 4DWSD 2ZXQA 1ZBWA 2XVKA 2XVGA 2D22A 3TTSA 5M17A 3EMZA 6A3HA 3D3AA 3MS8A 1K9DA 2E8ZA 1HP5A 3AQUA 2YDRA 5A1AA 5GNYA 2XGBA 3N12A 4AIUA 2X0HA 1UZ4A 3GH5A 1PPIA 3TTOA 1HL9A 1TMQA 1R8LA 1UWSA 2J62A 2WMFA 2WC4A 1LQ0A 2D24A 1RD6A 2VZTA 3OBAA 3IAQA 4PTXA 3OIHA 3UG4A 3U5UA 1XSIA 2BVYA 2W61A 4BQ3A 4AZGA 1US3A 4PN2A 1FP9A 1QHPA 1G0CA 5A6JA 4UFHA 2GFTA 5I0DA 3MMUA 2XUCA 1GCYA 1E1FA 4LYPA 1CXIA 1E4MM 3ARVA 2YL5A 1QNQA 4CN1A 5I78A 4PMYA 1EHAA 1DTUA 4UZSA 3QOKA 3G6LA 3LPOA 7TAAA 2J8GA 2E0PA 1JXKA 1VFUA 5M3WA 5C8BB 1Y7VA 3PZUA 2OWXA 5AYBA 1H41A 5BCAA 5ABEA 1E6ZA 4J3TA 3HJEA 4JFWA 3GH7A 3QHNA 5IDIA 4S3KA 4AWEA 2G3IA 4AC1X 1QI4A 3GNRA 2D23A 4MNJA 1XSJA 1B2YA 1ISVA 3AJ7A 1JZ2A 9CGTA 2VR5A 2W67A 3AIWA 3OLIA 1UD6A 3VGHA 3NCOA 4QLKA 5A3HA 4JFVA 2F2HA 2WVUA 5ABFA 4MADA 2DSKA 3PTMA 4WKFA 1E73M 2A3HA 2FGZA 3PZNA 4UZUA 1WDSA 1JXJA 3SURA 1QI3A 1IZJA 4UFLA 5CSUA 1VIWA 3VGFA 3ZT6A 2CBJA 3I3BA 1GW1A 4JFSA 2QHAA 4AD0A 1F4AA 4UQCA 2DT3A 2ZICA 1V08A 4P7LA 2J79A 3WDPP 1CXFA 3AZRA 1JGIA 1EXPA 2XGIA 1TVPA 1CLXA 4KMQA 3PZ9A 6CGTA 2WKLA 3CHFA 4D6FA 1GVIA 4LQ1A 3EYPA 2E9MA 1UWRA 3PZOA 1H49A 1JZ4A 1GOQA 2YDSA 2DT1A 5CXPA 3ZT7A 1D3CA 3T0AA 1R86A 2DT0A 1RH9A 3GYCA 4JL2A 1VRXA 3BAJA 3NYDA 2MANA 4RE4A 3WDHA 3WQVA 4AD2A 1JZ7A 3NSMA 5TD4A 1KBBA 2VNCA 5GNZA 4TVUA 3VMNA 2Y8KA 2WWCA 1V3LA 2E40A 3W82A 4DUXA 3VDAA 4AXNA 1WNOA 2RGLA 2BXZA 2J7EA 4Y7EA 4U3CA 2FGLA 2ZUWA 1EQCA 4PSRA 4D6GA 3T2OA 5A8PA 2AOSA 2PB1A 3TTQA 1WAWA 3WEMA 1JAEA 3T0DA 3LPFA 4NRSA 4P7QA 1OGBA 4J27A 3WNKA 2IXUA 1SYTA 2G3JA 3IJ7A 4DWSA 3SEPA 2PBOA 2BHZA 2CYGA 5FOOA 1BYCA 1VB9A 2VX5A 2VX4A 2WSKA 1GUVA 3EMQA 2ZE0A 4GZIA 3ZJ7A 3O2LA 1E55A 3PBGA 3ARSA 4OUEA 1MXDA 4UOQA 1JDDA 2EO7A 4MAZA 4CCDA 2IUZA 2VMFA 1JF5A 4H7VA 3VD3A 1NOUA 3ZO9A 2TAAA 5D4YA 1W9XA 3HMCA 4ZE5A 1M53A 3WH5A 3ARYA 1M03A 1VENA 1XH1A 4HOXA 1UOKA 2ESCA 1PJ9A 1NWTA 3W29A 4GPNA 4WK9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QPK A;  4FLS A;  5EMY A;  1M7X A;  2PF0 A;  3PZQ A;  1CPU A;  2WMK A;  1QW8 A;  1B1Y A;  2J77 A;  3RM4 A;  1C8Q A;  2A3E A;  4CN6 A;  3VKK A;  1R87 A;  5HDR A;  3BXW A;  4ACZ A;  3AIR A;  3AML A;  5JUV A;  4AZ5 A;  5BRP A;  3N9K A;  2V5D A;  4IM4 A;  4B9Z A;  2DH2 A;  5DEZ A;  4JHZ A;  3AYS A;  3CLW A;  1DP0 A;  3LPG A;  4HZ7 A;  4CVW A;  4PSP A;  2E9B A;  5C71 A;  4AYS A;  2YL9 A;  1UWI A;  4GXP A;  2QPS A;  1W32 A;  5I77 A;  2WSP A;  4NRR A;  1EDT A;  2ZX5 A;  1E15 A;  1MW1 A;  3SCS A;  1TUX A;  2BV9 A;  5CPQ A;  2VOT A;  3B9E A;  6TAA A;  1RPK A;  2BHY A;  3UER A;  3AHY A;  2V3G A;  4XV0 A;  4XUY A;  1IT0 A;  2E4T A;  3ALF A;  2VR4 A;  4HMD A;  1OSE A;  2VUR A;  1QW9 A;  5EFF A;  2WMI B;  1Q6D A;  4JKK A;  5A2A A;  1HF6 A;  4PUE A;  1W9B M;  5A94 A;  3CTT A;  3WQ4 A;  5D9P A;  4TTG A;  1RP9 A;  1CWY A;  2QPU A;  3GBD A;  1DWI M;  1BHG A;  3AHZ A;  2J7G A;  2PI6 A;  1JIB A;  3OG2 A;  4CUC A;  1J01 A;  1I1X A;  3VMP A;  3IJ8 A;  1KR1 A;  3S6T A;  1B9Z A;  1V0K A;  4W5U A;  3AMC A;  3TTY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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