3TIMA

The crystal structure of the "open" and the "closed" conformation of the flexible loop of trypanosomal triosephosphate isomerase
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVRGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
publication title The crystal structure of the "open" and the "closed" conformation of the flexible loop of trypanosomal triosephosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 86
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1990-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3timA00
4FNUA 1H7NA 4Q4KA 4QSHA 5A5WA 3LHUA 3UZ5A 2V9DA 1H7RA 5J5DA 3HG3A 4MLJA 2V2CA 3VKJA 1YXCA 1SW7A 3ABOA 5TBOA 1U83A 4O1BA 1KTCA 4EIVA 5CSRA 3L5AA 3L5LA 4NJKA 3SY5A 3H55A 3G0UA 3M41A 1TTJA 1IIHA 5K9DA 3QM3A 2VFFA 4JDBA 1QMLA 4RXFA 2PE4A 5G2IA 3W2NA 1VYRA 1H61A 1YDNA 1XDMA 3B03A 3DFNA 2OCZA 2DORA 1RZMA 1RQEA 1CW2A 3BV4A 4JDYA 3NXFA 3W1QA 1QO2A 3TJXA 1G67A 1QFEA 4HNTA 1QCWA 2AGKA 4UNLA 3LCXA 4WY0F 1VPXA 1V7YA 1AW2A 4IXXA 3T44A 3MYOA 4PCFA 3VI2A 4UTUA 5AHNA 1XBXA 5D02A 3BO9A 1EP2A 4LS0A 1G4PA 4JGDA 2Y7GA 1KW1A 1YPFA 1Z42A 3BGJA 1DORA 5D2XA 2QEZA 4X3ZA 1K7EA 1I4NA 3UY8A 3L0KA 3W1TA 4MZ8A 3WFAA 1G69A 2ZZ6A 3S9YA 3EWYA 5L9FA 1IF2A 4LRTA 5D2WA 2V8ZA 2B7PA 4H3DA 5CG7A 4HT3A 3MBFA 4AAJA 1TPWA 3RFAA 5D33A 2ZRWA 3QYQA 1NEYA 5E0KA 1YXYA 3LHYA 4LC8A 1P4CA 4NJJA 1EWEA 2WV8A 5FEXA 1OFAA 1G4EA 3FA5A 3TU9A 1W0MA 5FEWA 3W76A 3M5ZA 5CZTA 2ISWA 3STFA 2Q8LA 3U8GA 4K37A 3W7IA 3O6YX 5CZ0A 2QJGA 5G2HA 1TCDA 3NQ2A 1FWNA 1TREA 1GPWA 4O1AA 2XN2A 3I68A 4JTIA 1JCYA 1H7OA 3VCRA 3W7NA 3HGOA 4O17A 1WA3A 3C3NA 4JIQA 1AL7A 3UWYA 1DQWA 1OFRA 3TC6A 4JD4A 5LNWA 4WJEA 5FEPA 1GVSA 4AHOA 4C1KA 4E2BA 3USBA 5A8GA 2Q8ZA 2V82A 3HGJA 1SO5A 1OX4A 2QUVA 3NA8A 4Y8FA 3C52A 3THAA 1WOBA 3MW7A 1P0KA 3P61A 3B0PA 1F73A 4O10A 3UQNA 1XM3A 3W1UA 1JUBA 4TMBA 3TDFA 1ME7A 1TRDA 4OV9A 2G95A 3RF9A 4PL1A 4LVBA 4XTDA 3C8FA 1VZWA 3I65A 4TX9A 2ZZ7A 5K3VA 3KXQA 4LRSA 4LOCA 1XCFA 3W7GA 4FNTA 3CIWA 1KFBA 1FUYA 1BEUA 4ADSA 1FDJA 3R12A 4YLWA 1Y0EA 1I2RA 2C6QA 3A22A 2OZ0A 1KM2A 1PV8A 3GYEA 4QQ3A 4K7YA 1DJNA 4HKPA 2LLEA 3QMRA 3QH2A 1M6JA 1WV2A 3NOEA 4RCXA 5HJLA 3TXZA 1UB3A 2CLLA 1SZFA 1KFKA 4QISA 5F2LA 3TKFA 3UWQA 3TX9A 2ZZ1A 5T26A 2B4GA 4UTIA 3T7VA 2QCNA 3MYPA 3P67A 3FFSA 3WJZA 2CZDA 3B4UA 3VE7A 1JUKA 2VEPA 4IX2A 1LOQA 3W7EA 4AVFA 3DHDA 3OVPA 5HMSA 5AYXA 1F76A 3LTSA 1RV8A 5AHMA 3M7WA 4A21A 3JS3A 1ZAIA 2WSRA 4QNWA 1TYGA 4CQ9A 1KM1A 2GQ8A 1OX5A 2OT0A 3HMJG 1P5BA 4UTLA 1BWLA 5KINA 4XKYA 2E77A 3UWVA 3UWUA 2ALDA 2E6YA 5HUPA 3FYOA 2QJIA 4UFKA 1FCVA 3C61A 3DAQA 1QPRA 4BK9A 1LM1A 3EXSA 1KLYA 4JTSA 1Z41A 1W54A 1MZHA 2NWRA 2GVJA 3LHVA 5CSSA 5I3HA 2JGQA 4JR5A 5F2IA 4FXRA 1BTMA 3NQDA 1XL9A 1FQ0A 3MP5A 1X1ZA 4IJBA 4S2CA 4BI7A 3G0XA 3HPXA 4PFMA 1TPB1 4EF9A 2YPIA 5H2ZA 1WX0A 4K38A 3W75A 2Z6IA 1KFCA 3GDMA 2PC4A 1SZGA 3KRZA 1KV8A 3LXAA 3TROA 1I2OA 3CU2A 4NXKA 2VFIA 1ZALA 4CCDA 2RDUA 3Q94A 4M5PA 4UR7A 1LBMA 1R2RA 2EF9A 1W5NA 4HNUA 1Z48A 1OYAA 3RU6A 3HG5A 4CNNA 3NPXA 3N19B 4ICNA 1HO1A 3NGJA 2J9ZA 1YPIA 1OF6A 4MUZA 3EWUA 4MYAA 2YW4A 1LROA 4O53A 2QAPA 4QM1A 2NX1A 4ZQOA 2ZTJA 5AN7A 3DH7A 5D37A 3PAJA 3NL6A 4QAIA 3DHFA 1A5SA 1KA9F 3TW6A 4DF0A 5I3IA 1GOXA 3HPZA 4EVZA 1H7WA 1RQBA 3C0JA 1DV7A 4UCGA 3EXRA 4ZQMA 3TAOA 3S6DA 3EX1A 1TPC1 3H53A 4UFHA 5FI8A 4RZ5A 1XKYA 3UPBA 1EP1A 1QAPA 3DZ1A 2GJLA 3WK0A 4AHPA 1LRTA 3I6RA 1GVOA 4O13A 2V5BA 1GZGA 4IMFA 5F4SA 3S1XA 2ZA1A 2GOUA 4NZFA 4GFSA 5DLCA 4DF1A 4ALDA 5I3KA 4K8EA 2ZFAA 1Q6OA 4RR4A 1MEWA 3W1PA 3HGRA 1PE1A 3IIVA 3GXNA 3NQCA 2GUUA 2QKFA 1JUEA 2VFDA 3G22A 4O57A 2R14A 1JCNA 1J2WA 4RZ6A 1ZY9A 2PRLA 3BLIA 4R7JA 3A24A 3P5YA 1OFOA 4O15A 3TMLA 2NV2A 3AO0A 3NPVA 3HGSA 1W5PA 1SPQA 1TTQA 2DJXA 1JR1A 4Y9AA 1OFPA 4ZQNA 3E0IA 5L6UA 3W23A 2X30A 1ALDA 3L0NA 3PM6A 4LVGA 5AHIA 2GQ9A 3WK3A 3IGSA 3CB8A 4PTNA 2Z6JA 3OA3A 2C3ZA 5IBXC 3CWOX 1OJXA 1AMKA 3GAYA 1O60A 1L6YA 1FCBA 2R94A 2NV1A 2BTMA 1KV5A 5I3FA 4OGZA 2W79A 3AJXA 3BLFA 1Q6QA 4N6FA 3W2UA 3MI2A 3LHTA 1YTKA 1SSGA 5K9CA 2QR6A 5D2YA 4N9CA 1IIGA 4MKNA 4NX5A 3RLVA 4MYXA 4PC8A 4XQ6A 4LW7A 1C29A 5DCDA 4NNBA 3M6YA 3PS7A 1K7FA 4R34A 5KZDA 1EIXA 4UTJA 4GUGA 4DF2A 1LORA 2E1DA 1EP3A 2A0NA 3LERA 2QCHA 5KTLA 1B57A 4IGHA 3FJ6A 4Z1BA 4AB4A 2NXHA 4TIMA 4WXYA 2YDAA 4XUGA 3QSRA 3TJLA 3KRUA 4UIOA 3QMSA 1VR6A 4NT0A 2E5DA 4N9EA 4WUIA 4J9JA 4NQ1A 4MY8A 4RXGA 1LBFA 4ZQRA 4MIMA 1OX6A 3V1PA 2VENA 4IPIA 1TB3A 2A85A 4KKXA 4Z0SA 5C54A 4LVDA 2BX7A 4GJ1A 4MZYA 1QPQA 1TPDA 5LNUA 1DVJA 2OJPA 3ABRA 2DZPA 4MFDA 1DJQA 4E38A 3G0SA 3A23A 1FWSA 3LLFA 2VOMA 1VQTA 1N8FA 5CPNA 4GNJA 3NL5A 3E96A 1WYIA 3C2OA 2CZFA 3L9CA 1Z44A 1YDOA 2JKAA 4XBSA 3OEXA 4Z08A 1SZEA 3NG3A 1MEHA 4AMAA 1TTPA 5DXXA 1S5VA 2IQTA 2ZTKA 5E93A 2VEKA 1KTBA 5D2VA 4LTSA 3O16A 1TQXA 2GVLA 4LC6A 3BK0A 1VCVA 4ADUA 1RPXA 1G6CA 3W2JA 3B0VC 1J4EA 2FDSA 2CLEA 2V0TA 2WOQA 5CZJA 4BFAA 1OF8A 3PB2A 4JTUA 5CPOA 1GVQA 1OFBA 1XBYA 5I3GA 3A5VA 3ZR4A 5AC7A 3QPZA 1FWWA 2ISSA 4AWUA 3JR2A 4YXGA 3OIXA 4YMZA 1GYLA 1CX9A 3O8AA 1H50A 4JN6A 1MXSA 3O63A 2A2IA 3PC0A 3HJZA 3TCEA 3S1UA 4UTHA 1W5MA 2JGYA 4IPJA 5G5IA 1LOSA 4Z1DA 3PB0A 2ZBTA 1ZHAA 1QOQA 2RDWA 3GAKA 3DFSA 3P5ZA 3E12A 2H3DA 1PHWA 4W9TA 3BW4A 4BI5A 3S5OA 4N9BA 1VLIA 5EKYA 3G3MA 1TV7A 3TSMA 5FF2A 3SW6A 1H7XA 4MY9A 3N73A 3NM1A 1W3NA 3CWNA 2TMDA 3MBDA 4OV4A 2DJLA 4S1FA 4O14A 1P0NA 2WQPA 4N2YA 4AF0A 4M6QA 5HWJA 3W83A 4JYFA 1PS9A 3DFOA 3EKLA 5K4ZA 4IMEA 4JEQA 1KBIA 3EWXA 3G3DA 2EKCA 2DZSA 2JKPA 3NO5A 1QO5A 2Q3RA 2DU2A 3NPWA 4R53A 2A6NA 1TJRA 1VRDA 3LI1A 4MZ1A 3S0CA 3IV3A 2RDTA 1TIMA 2Y6ZA 1ICQA 4M7TA 1XUUA 1JQXA 4X2RA 2EHHA 1F6KA 3MHFA 1AG1O 3C56A 3IGXA 3OBKA 4HSOA 3IRDA 3GXTA 2C0AA 4DO5A 3W1XA 1S3HA 2P0OA 1O94A 3L65A 4DO4A 3ABQA 3QSTA 3F4NA 1MSSA 5D32A 1SO3A 5D09A 2OT1A 3Q58A 4ADTA 4MVAA 2Y70A 1H60A 3DGRA 2C18A 2FB2A 4IQLA 4I7VA 4WQ6A 3WJSA 3N9SA 4PH6A 2F84A 1XDLA 2FB3A 4K36A 1JULA 1DOSA 2CLMA 3C2FA 4PL2A 3SGUA 4JTKA 3NQAA 4JX6A 3N9RA 3GR8A 4MY1A 1JCMP 3S5ZA 3O6DA 4OU1A 2E5BA 3NDOA 3M44A 1KM3A 1XFBA 4I7WA 4BR1A 2VKZG 5BNKA 1F74A 3A9IA 2V2HA 2QAFA 4DPPA 2WSQA 4WD0A 4PODA 5E1QA 3IVTA 3BW3A 1TV8A 6ALDA 5KITA 3SSJA 2J9XA 2YXGA 5HR7A 4UTWA 1SU5A 4JNMA 1W3IA 4ZVJA 2NXIA 4IMCA 1ME8A 1ONRA 3HQ1A 3GDRA 3PSWA 2Y61A 1TPH1 3LCFA 3FOKA 5BMWA 3I7QA 4IUOA 1QDSA 2DZXA 3B0UX 1VHNA 1YDVA 1UUOA 2CLOA 1YYAA 3HBLA 1B9BA 3W9ZA 2WPBA 1SW3A 3LM7A 3UYCA 3TIMA 3R8RA 2ZRVA 5LNVA 1K3UA 3OVRA 3UNDA 4GUFA 5C2XA 3KVLA 4UTMA 2VEIA 5EL1A 4HNNA 4CCCA 1TQJA 2WO5A 2A6LA 1XXXA 3LRMA 3P74A 3NVTA 3NEVA 3LLDA 5DBTA 3LCHA 1LCOA 1FXQA 3U6WA 3JRKA 4FIRA 4ZL1A 3PWAA 1DL3A 2ZZ2A 3D0CA 4AXKA 1VYSX 3LI0A 3BLEA 3TAKA 3MP4A 4IWWA 3M43A 5U4NA 2FPVA 5U7SA 2X2GA 2HSAA 1Q6RA 1PHQA 1V5XA 3GKFA 3NYZA 2H8ZA 2QCEA 2X1TA 1A50A 4UFIA 3FYPA 4S2BA 1OK4A 1UJPA 2FQIA 4JICA 4O0ZA 3PBVA 3PUDA 4LS2A 4E0CA 1NAL1 3PG8A 2YYTA 3CHVA 4DBEA 1XC4A 3PY2A 4HN4A 1OX4B 3O06A 4DQWA 3GNNA 3LHZA 1THFD 3TK7A 4D2JA 4IMGA 2HS8A 2WNZA 2JKEA 3LRLA 3SECA 4BWLA 2ZDRA 2C16A 3RNDA 3G1SA 3DENA 4WOQA 4JYEA 3GK0A 1PCWA 4KWWA 4Q32A 1G4TA 3LTYA 4EF8A 3LRKA 4IOTA 1R47A 3VE9A 3EXTA 3LBMA 3IIOA 3P62A 4LY8A 3W7MA 4X22A 4GUHA 4CNPA 3SIZA 4YWIA 5BW6A 2D73A 5BMXA 3BG5A 2X1UA 4FX8A 1K8XA 4ORIA 3W7JA 5AC8A 1WAUA 2QJHA 5D03A 4FNRA 4FF7A 5K9XA 4DEFA 2J24A 3STGA 3UPWA 1I2QA 2AAMA 4JTLA 5AC6A 1SSDA 2G96A 5KMYA 2BLEA 1B4EA 2J9YA 3QC3A 2NXGA 4MFEA 2VXNA 3P82A 1MEIA 2XN0A 3L5MA 4RKAA 1E51A 1QOPA 1HL2A 2Y7EA 3MI3A 1RD5A 2KZHA 1H7PA 3LX9A 2OX1A 4UUIA 4UFJA 3E02A 4HIBA 5G4EA 1GQNA 4OHQA 3IGUA 1LP6A 4OQVA 2YYUA 1YTEA 5I3JA 3ANYA 2X16A 3A5FA 2QCLA 2Y7DA 4XKYB 5LKYA 2H90A 1JRBA 3T78A 2HTMA 3THQA 3NPUA 2E6FA 3G1HA 1ICSA 3W3OA 1SO6A 2ZRZA 1T0OA 2DZTA 1NFBA 4WY0A 5KSWA 3W2MA 2NUXA 3HB9A 4KWVA 1GWJA 1F2JA 2B0MA 2TPSA 1ZJIA 3PULA 2J6XA 1TSIA 1FY6A 4IX0A 3F03K 3GLCA 1KBJA 4O1CA 3MUXA 4GXMA 4UXDA 5HWNA 3KVJA 4X9SA 3TFXA 2X1RA 5HR6A 3EB2A 1KM4A 1OFEA 3WK2A 1W1ZA 5HINA 5F4WA 3STCA 2CLHA 1ZFJA 5J5RA 2YGYA 1OK6A 1EA0A 1EPXA 2VELA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4IJR A;  4WVX A;  4QSH A;  3QXB A;  3LHU A;  3HG3 A;  4MLJ A;  2V2C A;  3GXM A;  1PUD A;  4ZOE A;  1SW7 A;  4US5 A;  4FA3 A;  1QI5 A;  2NVA A;  3WLN A;  3VYL A;  3ABZ A;  3T0A A;  3DYP A;  3SY1 A;  1QVB A;  6CGT A;  3H55 A;  2WBK A;  1TTJ A;  1XGZ A;  5K9D A;  2WZH A;  4E6M A;  4EX4 A;  3K1G A;  3OOQ A;  3AYS A;  4P8V A;  3W2N A;  2EKG A;  1TV2 A;  3ARY A;  3WZ0 E;  3B03 A;  3DFN A;  3CAS A;  1RQE A;  1GOR A;  1QO2 A;  3NFU A;  1C92 A;  1QFE A;  1V0N A;  4HNT A;  1QCW A;  3LCX A;  4MWA B;  1B90 A;  3AFB A;  2VYO A;  4UQA A;  3BMW A;  4NRS A;  4WR3 A;  4UTU A;  3RRA A;  4QLK A;  1EYE A;  4JGD A;  1R3T A;  1Z42 A;  3TON A;  3IS4 A;  4JTD A;  1Z3N A;  1DOR A;  1NM9 A;  1V93 A;  3SUU A;  2QEZ A;  3MKC A;  1FRB A;  3QN3 A;  4PSP A;  4XG1 A;  4QS5 A;  3JUG A;  4LRT A;  1EDT A;  1Q6F A;  2V8Z A;  3CL8 A;  5BYW A;  4AAJ A;  4JQ4 A;  3RFA A;  5HNN A;  4OBS A;  2VD8 A;  8XIA A;  1T40 A;  1Y65 A;  4F3H A;  1P4C A;  4NG3 A;  1G4E A;  3TU9 A;  2VR5 A;  3W76 A;  3M5Z A;  2VVS A;  4HSH A;  2DPE A;  3W7I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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