3VE7A

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from metallosphaera sedula complexed with inhibitor bmp
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
206
structure length
206
Chain Sequence
MNRVILSLDSPIPEETLRKLNGKVAGIKVGWPLLLNLGKEKVKELVGLVDGIKILDLKLADIDNTMILIVDELKDITNSFIAHAFVGVEGSLASLSQRVDLFLVLSMSHPGWNDAFYPYLREVARRVNPKGFVAPATRPSMISRVKGDFPDKLVISPGVGTQGAKPGIALCHGADYEIVGRSVYQSADPVRKLEEIVRSQEEVLSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords Orotidine-5'-phosphate decarboxylase
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Metallosphaera sedula complexed with inhibitor BMP
rcsb
source organism Metallosphaera sedula dsm 5348
total genus 79
structure length 206
sequence length 206
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2012-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3ve7A00
1GG1A 3TIMA 1VHCA 3TV8A 1BEUA 1KTNA 3DU0A 3PM6A 3PAJA 2V2CA 1W54A 3GVGA 3CM4A 2PCQA 1XUUA 1B3OA 1W5PA 1GEQA 2E68A 1QWGA 4NXSA 2ZRVA 4IMFA 4LT9A 2CZFA 3LCHA 3PBVA 1I8JA 3NQMA 1UUMA 4GFSA 4WZHA 4RCXA 2DZWA 4ORMA 1NEYA 3HOJA 2CLFA 2JBMA 3CHVA 3B06A 4FO4A 3PSVA 3NPWA 1K8YA 2B7NA 4EOUA 1JRBA 4IWWA 2QR6A 4O1AA 3DKLA 2ISSA 3BLFA 5DY2A 1EP1A 3HB9A 1ALDA 2CLEA 3RLVA 2Y61A 1R2RA 5D04C 3MBDA 3MI6A 1OYAA 3CB8A 4LS1A 3LI0A 3TA6A 1LOSA 4TR9A 3NPUA 3GAYA 1X8FA 1OYCA 2C6QA 4QITA 3NGJA 2CZDA 3W71A 4GC4A 3QM3A 5AHLA 2QF7A 2VKZG 3U2OA 3V75A 5D30A 2ZRZA 3UXAA 1MEHA 3UNDA 5HR7A 3W70A 1QMLA 5K3VA 1XBZA 4AWSA 3OIXA 2LLEA 5D02A 1FDJA 3TUUA 1F76A 4UFMA 3L2IA 3C2EA 2C19A 1TREA 1JR1A 2NWRA 4DXVA 3LDVA 3AJXA 1TTPA 1N55A 4C1KA 3IIXA 4YL2A 3R89A 3EX1A 3EXTA 3MYOA 2ABAA 1H1ZA 1TRDA 3GXNA 4ZQMA 2ZRUA 3NPXA 1YPFA 1BWKA 4FXSA 5DCBA 3QRHA 3HPZA 2JGQA 4IGHA 1TPDA 1ME9A 5BMWA 4LS0A 3NM1A 1ICPA 2CLIA 4QAIA 3QQ0A 3LB0A 1FX6A 4E0CA 1T0OA 2ZRWA 4ZZ9A 4A29A 4TMCA 3LBMA 1GG0A 4PEKA 3P67A 4OV9A 2C18A 3BO9A 3G3MA 3TW7A 1EIXA 5HR6A 3IIVA 2C1HA 4RXGA 3S5ZA 1W5NA 3TU9A 3PBYA 1U5JA 5LGZA 2WSYA 4QJ1A 2A7RA 5E1QA 2QJGA 5K4XA 2E1DA 3CC1A 3W1XA 1QNVA 2CZEA 1IGSA 3W7JA 4RLIA 3P5ZA 3U8GA 3E96A 3LRLA 3SW6A 4ZQOA 3HG5A 4IMDA 3MHUA 2Y85A 4X2RA 1JUKA 2DZSA 3F4WA 1VRDA 3PB2A 1UCWA 2HTMA 2PC4A 2F84A 3FOKA 5EY5A 3TFXA 4YCPA 2GJLA 3LHWA 2ZA3A 1H62A 3CT7A 4PH6A 1LYXA 3TR2A 3B4UA 4DQWA 5L6UA 1LDCA 1PV8A 1VR6A 4MIMA 4HSNA 3GZ3A 1NF7A 3G8EA 5KTLA 2FJKA 1TV7A 4Z08A 1I2OA 3H53A 3TROA 1VQTA 3OVPA 2E5DA 3L9CA 3PC0A 3MO7A 4HNUA 2BXVA 3G24A 1TV8A 2XN0A 2QCLA 1QPOA 5DXYA 2ZZ2A 2BLEA 4OE7A 4QM1A 4HNVA 2FTPA 3PUDA 3TAOA 6ALDA 4K7YA 2VEPA 5C5YA 2QCHA 1B57A 3WJYA 3W1AA 4UTUA 3DI0A 3DH7A 4TU1A 1KM4A 3C2VA 4NUWA 3LCIA 2RKXA 1W3TA 1H7PA 3DI1A 4AHOA 5HNRA 2YCEA 5H2ZA 1FCVA 1YDNA 2ZRXA 4LV4A 4UMAA 3LERA 2H90A 4ICNA 3RU6A 3B0PA 1EEPA 3QEZA 4WD0A 2J27A 4X3ZA 1KM3A 4FF7A 4M19A 3BG3A 3W7PA 1O5XA 3DFOA 1F6PA 3R2GA 4UTLA 1OFEA 1EUNA 3W7OA 2ISWA 2BX7A 3BG9A 3W1PA 1FWSA 4FNSA 4MYAA 3MP3A 2QAPA 1H5YA 4JTTA 4M6PA 3TC7A 1TB3A 1KFCA 1X7FA 1G69A 4JTFA 2E77A 1UUOA 4XBSA 3OG3A 4CQ9A 3CEUA 3PG9A 4LC8A 1QPRA 4JTEA 4CLMA 4Z1BA 4JTHA 1JCNA 2DJLA 1VJIA 2TMDA 3E0IA 5K9DA 4HPXA 1T99A 3O6CA 1EP3A 3G1SA 2Y89A 5A5WA 3P62A 3S0CA 1EWEA 2VFIA 3PSWA 1WBJA 4DPQA 1YXCA 4I7UA 5DBTA 3G1YA 2FPTA 4FIQA 3PUEA 3MUXA 3W87A 5D38A 3LOTA 1TPB1 1K3UA 2ZYFA 4JEQA 4OQVA 1HTIA 2WKJA 4HN4A 4CNNA 3W2LA 2Z2UA 4H4IA 3KRZA 5H91A 2JK2A 3OA3A 4FNPA 1HL2A 2J9XA 4NJJA 1KLYA 3P8IA 1TPWA 3QSTA 4UMBA 5CPNA 1YTKA 3W22A 1RQHA 1L6WA 3ABRA 4W9TA 4GWEA 4I9AA 1HO4A 3N34A 4RJEA 1H7NA 4ML9A 1TJRA 4NNCA 1A5AA 2B7QA 5K4ZA 4LS2A 2WNNA 3W7QA 4O4VA 4RXFA 1L9WA 4JIPA 3WK0A 3C61A 5HJLA 5C2XA 2HS6A 4A22A 5TQLA 1ZHAA 3H55A 4JS3A 2NLIA 1A5SA 2CU0A 3QQ1A 3W7CA 3B8DA 3S5NA 3B05A 2QEZA 4S1FA 1NF0A 4M7SA 5G2WA 5LSMA 2RH9A 4QQ3A 1KFKA 5CPMA 1TTQA 3UZJA 3QJAA 1Z44A 2QCGA 4O0KA 1IF2A 3H54A 3RK8A 3FJLA 2VFHA 3PS7A 2Z1BA 3PG8A 5DCDA 1QO5A 1QPNA 1Z41A 3C6CA 4MZ1A 4WOQA 3BG5A 3W7DA 2J9YA 4O52A 2QCDA 1RVGA 4CQ8A 4IUOA 1YXYA 3O1NA 1FWNA 2KZHA 4DPPA 3LXAA 4QIUA 4O0ZA 1RPXA 2J24A 3LI1A 4POCA 4A3UA 3GX9A 4BI5A 4NJHA 4O14A 2A6LA 1LROA 3K30A 2NX3A 4O57A 3S6DA 4L4LA 4KFNA 1Z42A 2C13A 2PRMA 2HMCA 1DQXA 2EF9A 2RDWA 1G4EA 4O1BA 4FNUA 4ADSA 1K02A 2E6YA 1SQ7A 4JTGA 5G4WA 2B7OA 3C8FA 1JULA 4Y90A 4UFHA 3O63A 1VPXA 5C6MA 4E2DA 1FWRA 5F1VA 1WOAA 2ZDRA 2X1TA 3D0CA 1F5ZA 1DKWA 2V30A 4ZL1A 1E51A 3LXCA 4RX0A 2J6XA 4O11A 1MO0A 4ADUA 1AW2A 3C56A 4YCOA 3SY5A 1LBFA 2RHGA 4JTJA 2JGYA 5HQEA 5EBUA 1QCWA 4JD4A 3WJXA 3W7HA 2PRHA 1W37A 3HBLA 5BNKA 3MYPA 3NL6A 3HPXA 3ZS4A 3NVTA 3MI2A 4IMGA 1A5BA 1M7OA 3LCWA 2QAFA 3F03K 4PC8A 1P0KA 1FCUA 1GVRA 3NOEA 3NQEA 4XBKA 5CZTA 4Q4KA 4AWTA 1XI3A 1HG3A 2BZNA 1VYRA 3DHFA 1VH7A 3KVJA 4O4WA 4ORIA 3P8JA 1LRTA 1H51A 1O60A 3BV4A 3EWYA 3BW3A 4YXGA 1I45A 3STFA 2DZUA 5AN7A 1QAPA 4MY8A 1W3NA 4M6VA 4NXKA 4AMAA 3W3OA 3W1QA 4K37A 3N9RA 1DV7A 3IEBA 3UPWA 2H8ZA 4IOTA 3LHYA 1HUVA 3EWWA 2X16A 2OCZA 4PCFA 4K6AA 2NXIA 2PE4A 4KFPA 1SZFA 3PR2A 4K36A 4LUIA 2FDSA 1UBSA 2A85A 3HMJG 4N6FA 2DZXA 1VYSX 3S1WA 2OT0A 3LHUA 3O06A 4O50A 3W2KA 1G4PA 1W5QA 3B0UX 3GNNA 1YLVA 2ZZ5A 3HGOA 1Q45A 3LTYA 2D73A 1RQEA 5A8GA 1LCOA 4Q32A 2WNQA 3IVUA 1SO4A 1F7BA 3TW6A 4P61A 2CLHA 2QCEA 1TRIA 3TK7A 3NZRA 4UTTC 4E2BA 5FF7A 1GVQA 3HGSA 1ZNNA 4NZFA 4N6EA 3IVTA 2CLKA 1ZFJA 1H63A 1TQJA 5G1TA 1OX4B 3STEA 3UWQA 1O95A 4MZ8A 3O8AA 5CPLA 2BTMA 1IXOA 1AK5A 4J9JA 1OK6A 3KVKA 3W73A 1GPWA 3P5YA 2DJXA 3M6YA 5D09A 1RV8A 2GVJA 3THQA 1OF6A 3O6YX 4UNLA 1OHLA 3GK0A 4UTTA 1O5KA 4GNJA 2TRSA 1D9EA 1VC4A 2WPBA 4TO8A 5I3KA 4C1LA 1SW0A 3M5XA 2CWNA 5D2YA 3PB0A 2NUXA 3ATYA 4M6QA 2O7QA 1TPC1 1WYIA 3TSMA 4O1CA 3EX6A 1I2NA 3QMRA 3LCGA 3C4UA 4H3DA 1F73A 1TTJA 1TJPA 3FKRA 3TAKA 2HS8A 1ICQA 4Z0JA 1XXXA 1GWJA 4ZVJA 3C2FA 1WDWA 5HUOA 3KX6A 5D2WA 4PODA 3NQVA 1KTBA 3AO0A 3T7VA 3C2RA 1AW1A 2B7PA 4HT3A 3VI2A 3RMJA 3P7YA 2F7FA 1OVDA 1QDSA 3SJ3A 5FI8A 2CLLA 2VFGA 4RKAA 3HQ1A 2JKPA 2W79A 3NQ6A 2GVLA 4JXCA 3TMLA 4LW7A 4NT0A 1R47A 3ABQA 1FBAA 3MP5A 4Q33A 4R7JA 4AVFA 2GUUA 4XKYA 4UCGA 5FEZA 3UYCA 1DHPA 1XL9A 4MJZA 1K7EA 1NFBA 3L5AA 1AL7A 3NXFA 1JUEA 3R12A 3TXZA 4UXDA 3TQKA 2FPVA 3RNDA 1FCBA 5U4NA 2A7NA 1G6CA 3W7IA 4PL2A 4KWWA 2YXGA 3NM3A 1WAUA 3S1UA 3SSJA 1DJQA 4UTWC 4WQ6A 1H7RA 4JX4A 5EA9A 2NXHA 1I2QA 2CFFA 2ZBTA 1YTDA 3GAKA 4O17A 3W84A 5KITA 4JY8A 4JDBA 5IM51 3BW2A 1SW7A 1C9DA 3PWAA 4N4QA 3LBCA 5C54A 5AC6A 3W1NA 2YYTA 3W7EA 4WJEA 5HWMA 3HIJA 3GDMA 3GDLA 4YMZA 3BPWA 3UZ5A 3ABSA 1TSIA 3WK1A 1OX5A 4GBUA 4U28A 3IIOA 1KV8A 4UTWA 4EF9A 3KOFA 1B4KA 3BVJA 2E6DA 5J5RA 3TKFA 1Q6OA 1EB3A 3M0ZA 1F05A 2H8XA 3QFEA 3B03A 1D3HA 1B9BA 1YDOA 1DQWA 2VENA 4CNOA 1NAL1 3FYPA 1OX4A 1SU5A 5U7SA 3CPRA 4KWVA 3BGGA 2XFWA 5KZDA 4GUJA 4ONVA 1ME7A 3L21A 3S8HA 2P0OA 4PL1A 3ATZA 4FX8A 4LRSA 3E12A 1OF8A 5LHEA 1KBJA 3BARA 4XWUA 2FB2A 1SPQA 4WUIA 1JJKA 1MZHA 1FUYA 3G0XA 3QW3A 1VCFA 3P80A 3L65A 4UC5A 3W7NA 4IMCA 3TDFA 2YYUA 2TPSA 1P0NA 1TV5A 1DORA 1QR7A 2AQWA 2YFOA 4JY9A 4OGZA 1KLZA 1Z48A 2QJIA 2Y70A 1W5OA 4U4MA 4LRTA 4B5NA 4FB7A 5BRBA 3O6DA 3IGUA 1EUAA 5LKYA 3RF9A 4ALDA 1Q3NA 3TJLA 3QC3A 1N7KA 3W75A 4X22A 5G4EA 3S1VA 4CNPA 3G18A 4N9EA 1KM1A 4MFEA 3VFLA 2P10A 1XM3A 4PA8A 3R13A 4OV4A 3DKJA 1JQVA 2B0MA 2VEKA 5BMXA 1C8VA 3P82A 4DO5A 3QH2A 3QPYA 2XN2A 3IIPA 5D33A 1QOQA 4HNNA 2A4AA 1K8XA 2WQPA 3QZEA 3EWXA 3GKFA 2ALDA 3GR7A 4DBDA 1XDLA 5D2VA 2G5WA 5AOUA 1RZMA 2VELA 1GVOA 3ABOA 3NQFA 1ML1A 2EHHA 4K7VA 3WJSA 3C2OA 1VCVA 4UMCA 1AMKA 3DFQA 3VE9A 3BGJA 2QCDB 3W2MA 3JRKA 5HWNA 3KVLA 3SGUA 2GVGA 1G4SA 2E6FA 4AH7A 1PL9A 1WA3A 4FEZA 1FQ0A 3NQ2A 2NWSA 4UIOA 2I14A 5AHNA 1ZJIA 4UTMA 1NVMA 1SO3A 1TO3A 3S42A 1A50A 3ELFA 3WJWA 7TIMA 1FXPA 2Y63A 1KM6A 1IXPA 1H61A 5D37A 4OT7A 3B04A 4JTSA 5MHBA 1IXQA 3UQNA 4RZ5A 1XCFA 4O19A 5BOOA 3G1XA 3DAQA 5AC8A 5C55A 4QISA 2ZZ4A 3NO5A 3Q37A 2TSYA 1AG1O 2ZFAA 1PS9A 2E5CA 3EX2A 1SSDA 5AHIA 4A2SA 5DN1A 2ZA1A 1M7PA 3EXSA 3GYEA 5AFDA 1TPFA 4HPJA 3W1MA 1Y0EA 3FA5A 3TSDA 3LV6A 4H6KA 3FYOA 2C15A 3G0UA 4Z1DA 4MOZA 3NQAA 1W5MA 3QYQA 3MJYA 3I68A 4LTSA 4DELA 3P74A 5KINA 1G7VA 2YSWA 5EL1A 1LLWA 1KBIA 1IIHA 3LRKA 1VGAA 1UB3A 3NA8A 5K2ZA 3A5VA 5AYZA 1TPEA 4K8EA 5CSSA 1XDMA 3VE7A 1GZGA 4WXYA 4NVTA 1R30A 5GVJA 2V9DA 3GDRA 3C0JA 1VLWA 3GXTA 3KVMA 2NZLA 3S5YA 2Y7EA 1ADOA 5LNSA 3CEPA 4UTHA 2G97A 2OMAA 4EIVA 1FXQA 4TMBA 1UJPA 3GXPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4ERI A;  5CC6 A;  5HWM A;  3HIJ A;  2YL6 A;  1UC4 A;  3AC0 A;  5KET A;  1RD6 A;  4YTU A;  1ZRQ A;  4DUV A;  3FK4 A;  2V69 A;  1OX5 A;  1EPV A;  2PEV A;  2PWD A;  1PWM A;  4EF9 A;  1XSI A;  1B4K A;  1QPK A;  5J5R A;  1EB3 A;  3M0Z A;  3IGH X;  4AVN A;  3FAW A;  2ZUN A;  3B03 A;  3ME3 A;  1B9B A;  1KR1 A;  1DQW A;  4F2U A;  3MVT A;  1OX4 A;  2GWN A;  4GUJ A;  4OEC A;  4PL1 A;  2JE8 A;  1NWU A;  2V38 A;  5LHE A;  3M6D A;  1KBJ A;  4PRW A;  4XWU A;  3SN4 A;  4A3H A;  1AUS L;  2VI0 A;  1FUY A;  3G0X A;  3UXI A;  4ZST A;  4GI9 A;  3CB3 A;  3U48 A;  1OC6 A;  1WDS A;  4A35 A;  1P0N A;  1QR7 A;  2YFO A;  1AJ0 A;  4A8I A;  3RO6 A;  4A8R A;  2WCG A;  3AHZ A;  5AEC A;  2PC8 A;  4ENL A;  3RF9 A;  4ALD A;  1Q3N A;  3QC3 A;  2ZX5 A;  4YIW A;  5G4E A;  4CNP A;  4L1G A;  2CC0 A;  4P8X A;  1E15 A;  1HJX A;  4PTX A;  4N9E A;  1KM1 A;  3VFL A;  4MGG A;  2RJG A;  4AZI A;  4OV4 A;  4XD5 A;  3DKJ A;  1JQV A;  1XRV A;  1NQ6 A;  2F38 A;  3TYE A;  4GFI A;  3N12 A;  2ZXQ A;  3CYV A;  5D33 A;  2EXO A;  3CL6 A;  1DWH M; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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