3VIFA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with gluconolactone
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
473
structure length
473
Chain Sequence
DTVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 473
sequence length 473
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vifA00
3W81A 2VCCA 1H5VA 4FLSA 1UKTA 2WVVA 4J27A 1B2YA 1DWAM 2VR5A 5GNZA 1IT0A 2G41A 2VZSA 2PWEA 1ZS2A 4MAVA 3U7VA 3FN9A 2GDVA 3B8SA 1DP0A 4MTVA 3FY1A 4TTUA 3ZJKA 1HJVA 3O6AA 3ECQA 1L0PA 1C90A 2YDSA 3THDA 1CLXA 4P7OA 4PMRA 5ABFB 1AVAA 1PJ9A 1QNOA 4BQ5A 1DWHM 1HJQA 3W24A 3MO4A 4OOZA 4TOQA 2VZOA 1UKPA 3SUUA 1FA2A 3KEHA 4URIA 4AZCA 2UY4A 1V03A 2E9MA 1ZJAA 3MU7A 4GO9A 2AOSA 4OZOA 1J9YA 2BNJA 4M81A 3W25A 4H2CA 2XPKA 1W1PA 4GZJA 2ZX5A 1PIFA 2VQTA 3N13A 1UYQA 4J3TA 1X6NA 2CBVA 1JFXA 4LGXA 2ZICA 1IZKA 1OD8A 3WEZA 5I24A 3VMPA 1I1XA 5GQBA 5AY7A 2EQDA 3SEPA 2EPNA 4M82A 3WF2A 1UR2A 3IJ9A 4HPGA 4GQQA 3IJ7A 1TCMA 2OWXA 3W28A 4EK7A 4QLKA 2XVGA 4UFLA 1XC6A 3BMVA 1W1TA 3A3HA 3N9KA 5A94A 4LXFA 2FGLA 2OWWA 1K9DA 4NZCA 3TONA 2X8RA 5BWFA 4H8UA 3AIQA 1VRXA 2FH6A 2GJPA 2JFEX 1OIFA 3GNRA 1TVPA 2Y24A 1TVNA 9CGTA 3IANA 8CGTA 3VGHA 4PYSA 4F8XA 5I0DA 1E40A 1Q6GA 2CKSA 5I5RA 3BAIA 1XRVA 4PMOA 1JAEA 1JZ3A 3VX0A 4IPLA 2J8GA 2GDUA 3I3DA 1KGUA 2BVTA 1E15A 1WAWA 1BVNP 5CLWA 2X1IA 1X6LA 2D22A 2VUYA 2WMIB 4J3UA 1FOBA 2EXOA 4WJXA 4W8BA 2OSWA 5BXPA 7TAAA 1XD0A 3WN6A 4CCCA 3WBEA 5CQ1A 1CXFA 3VD7A 4QCFA 4X0NA 5A2BA 2YL8A 4IUGA 4GXPA 4JKLA 3MANA 5D9NA 3L4TA 2G3IA 3MKKA 3WQWA 2CYGA 4TTGA 4CN1A 2UY5A 1MW1A 5HDRA 1UR0A 3T2QA 1E6SM 2JF6A 4YN5A 3QHOA 1H09A 3VMNA 4PTXA 5A6JA 1JYXA 2J7EA 4DWSC 4W89A 1ISVA 1GVIA 1LG1A 1E3XA 1NP2A 2VX6A 1GONA 1PZ2A 4CD5A 3WD1A 3ARZA 3OGSA 4UOJA 1WZKA 4F9JA 4QP0A 1VIWA 1LQ0A 1R86A 3PZGA 1UD8A 1C93A 3CMJA 1XSKA 3ARPA 1GHSA 3N18A 1V0KA 1PBGA 2YBTA 3ZSSA 1R7AA 2J7HA 2WMKA 4CN4A 1ZBVA 4WSKA 1I1WA 3AFBA 3B9EA 1E0VA 3SCPA 2Y4SA 1LG2A 5ABFA 1EGZA 4PMUA 3WDQA 1F4AA 3AXXA 3VPLA 3AIRA 1W1VA 4UQEA 3WNNA 3BAKA 3VIPA 2ZUVA 3TTSA 1HF6A 1N82A 3ZO9A 4NSBA 1HKJA 1WE5A 4AIOA 2A3CA 5M03A 4AYSA 4W86A 5FL1A 4TX6A 3WF3A 2VX5A 2YIHA 5EFFA 3AS3A 1DHKA 4CN6A 1CXKA 1UHVA 1VAHA 5A1AA 3HMCA 3AYSA 1ECEA 1CLVA 3BAXA 4FLQA 4D6DA 2W91A 1GQJA 2WPGA 2HVMA 2ZE0A 1E56A 1JGIA 1K9TA 3AZRA 4V28A 2FH8A 2BXYA 1EHNA 1MFUA 1PEZA 1V6UA 2A3EA 2XSBA 3EBVA 4KRTA 4D6GA 1MQPA 2DH2A 2VTFA 3WD2A 3ARVA 3ZT5A 2HISA 1E1FA 2YA1A 3MSDA 1H4PA 3EYPA 4V2XA 1J0ZA 2VRKA 2CPUA 3BMWA 1AQ0A 4PMVA 1KR0A 2VZTA 2BY1A 2Y2WA 1XCXA 2WC3A 3VO0A 1E70M 4WK9A 1V6XA 3W53A 5E6YA 1UKQA 3T0BA 3SCSA 3CO4A 1OGGA 4TXEA 3VD5A 5A8PA 2NSXA 3VIHA 2OYKA 5CGMA 2PWGA 3U7BA 3WD3A 2E8ZA 1E4LA 3ARRA 3L4VA 5A8MA 2XFYA 1HN1A 2ZWYA 4CUCA 1MW0A 1ODZA 5ABHA 1D7FA 1HKIA 1JDDA 4HU8A 3WNMA 3VIIA 1UWUA 2A3HA 1ZL1A 2WCGA 4B9YA 1J01A 4UZUA 3DYMA 4BQ4A 2WHLA 2XM1A 4AISA 3WKZA 5CJ5A 4MNKA 4RE4A 3VUPA 3TTYA 2XG9A 5CPSA 1EHAA 3M07A 1AMYA 3OGRA 1V0LA 2VMFA 3AZSA 4WSJA 5FD0A 3T08A 3PZIA 3I3EA 1UWTA 1UD4A 4CD7A 5I79A 4ZENA 1FP9A 1KB3A 2O9OA 3L4UA 2BXZA 3PZOA 3VIKA 2PF0A 4GI9A 5FCZA 2WB5A 4CU6A 3QHMA 5DO8A 4PMXA 1WZLA 3O2LA 2QLYA 4P7RA 2PB1A 3SCNA 4UQ9A 4AZIA 5A6MA 2MANA 2FHFA 4C7DA 1O7AA 1QBBA 2WAGA 1ISZA 3OGVA 5CPQA 1HP5A 4WF7A 3NDYA 1E6XM 2CBUA 1AQMA 2J79A 4W5ZA 3PZTA 2YOCA 1JFHA 4D6IA 2CITA 1CIUA 3T0DA 4JCMA 5A6KA 3WMBA 4ZE5A 5I78A 1ISXA 1VBUA 2PC8A 4HMEA 1V3LA 1V6VA 2OSYA 1OGBA 3CMGA 1E73M 4P7NA 4W8LA 3OLIA 2EPKX 2UY3A 2OYLA 3PTQA 1XCWA 3N12A 2WWDA 4UOQA 1XYFA 3FAXA 5E0FA 1FP8A 2DDXA 7A3HA 1JZ7A 2JEQA 4Z2JA 1WNOA 4PUDA 1V3MA 3ARXA 3SURA 2JF7A 1AQHA 2CETA 1PX4A 5CLTA 1KXHA 1TA3B 2WMHA 4CKQA 4W5UA 1EOKA 1MQRA 4D6FA 4U31A 2QPUA 4Z2GA 3POHA 4WKHA 3WNLA 3TTOA 3ZSTA 2FDMA 4U5IA 3CUIA 2GJRA 1TMQA 4CGTA 3T0AA 2YBUA 1HKMA 5CGTA 4ML4A 4L4OA 1HJSA 2D0GA 1C8YA 1W9XA 3OLDA 2J4GA 4Q22A 2IXVA 2WC4A 2E0PA 1VFUA 5EBAA 1NH6A 1MXGA 4GINA 4W88A 1B90A 1QW8A 2WHKA 3DECA 3LPPA 4OJYA 2J47A 3B9AA 2XVPA 1JYVA 3ZM8A 3T09A 4DWSD 1WDSA 3WL1A 3L4YA 2VL4A 5EMYA 1BYBA 3VGGA 5LA0A 3MUIA 1QNRA 3QHNA 3POCA 1SFSA 5KZ6A 3GXFA 3K8MA 2Y8VA 1EH9A 2J75A 4AZBA 4F66A 1QPKA 1VEOA 2BS9A 2F8QA 2WCAA 1UR9A 3QGVA 1Z32X 4JFSA 1BTCA 4A3HA 2J7FA 2ZX7A 5EB8A 4PTVA 4BA0A 3B9DA 1JI2A 5CG0A 3WH8A 3EDFA 2Y8KA 3W38A 1LLOA 4N0RA 4KWUA 1EDQA 1ISYA 5AYBA 3PN8A 2DSUA 1UR1A 2BVYA 2DQXA 1TG7A 2WVTA 3M46A 1UWSA 1H41A 1NWUA 4D71A 1UA7A 1PX3A 1JXJA 1CTNA 3K8LA 4S3JA 2DSZA 5A8OA 1E0XA 1PAMA 1RH9A 1UKSA 5LA2A 5A6SA 2QHAA 1MVYA 3MSGA 4UQBA 5FKYA 4W7UA 3LPOA 1C7TA 2WBKA 1QI5A 4JFUA 3SCOA 1JXKA 1IV8A 3ALFA 3NJ3A 2VT0A 5HPCA 2ZOXA 4FF5A 3BAWA 3WF0A 3VIOA 4UQAA 1JD9A 1SMAA 3T2PA 1W3JA 1CENA 5HPOA 2QF8A 3ARQA 4BF7A 1GNXA 2O9PA 2ZUTA 3DHPA 4JAWA 4PMZA 3VNZA 4GZIA 4D6HA 1JF6A 1CWYA 1J12A 4ZXOA 1HXJA 2XUCA 3AYRA 3WDPP 3F4VA 1HVXA 3VIGA 3AISA 3WSUA 1HIZA 4ATWA 1F4HA 4HA3A 3CHEA 4MJ2A 4J28A 2J74A 2BV9A 1UKOA 4Z2LA 6CGTA 3L4WA 5CXPA 4PCTA 1BFNA 1A47A 4MNLA 3VIJA 3WF1A 3M7SA 2XHYA 3K1DA 4RE3A 1V6WA 3AIVA 3PBGA 3OIHA 1W3HA 1WO2A 3IAQA 2VVNA 4MB3A 4AIUA 3NYDA 2WCSA 1E5JA 3EDEA 1R8LA 4NRRA 2OLHA 2NT1A 2BY2A 2VRJA 4Z2KA 3AHZA 4JL1A 4CVUA 1QNSA 1V0MA 1CBGA 1KWGA 1BQCA 3BGAA 3GH5A 2E40A 3KE0A 4HOXA 3VILA 1G9HA 4B16A 4JHOA 1L8NA 4X9YA 1TA3A 1RD6A 1OD0A 3LMYA 1TE1A 3W37A 2ZUNA 2WMGA 5EFDA 1VENA 1G5AA 1XHGA 4AC1X 3CUJA 3N17A 1JDAA 1K6AA 2WM0A 2BVDA 4U2ZA 2RGLA 2WK2A 1E6NA 2J7GA 1KQZA 2PWHA 5F7UA 1SYTA 1XD1A 2E3ZA 2G8ZA 3NDZA 1NQ6A 3DHUA 2WZEA 4XUYA 3WQ6A 4MAZA 7CGTA 3EMCA 2VC9A 3AROA 4GPNA 2D1ZA 2VJXA 1E6ZA 1V02E 4B9ZA 3G6LA 5I77A 4AD0A 3AMGA 1TR1A 3ZJ6A 3ZOAA 2Z1SA 3KL5A 4KRUA 1R7OA 2GSJA 1UZ4A 4M24A 1WB0A 2GK1A 1W2VA 1WDRA 3ALGA 2F61A 3MUAA 4MDPA 5D8ZA 1J11A 3BLPX 2XVNA 2DT0A 1W2PA 5C8BB 1E6PA 4WKFA 3NSXA 3W6MA 5ABGA 2W63A 3SUVA 5A2AA 4LYRA 4P8VA 3THCA 3VDHA 2CKRA 4E2OA 2J62A 2WHMA 4EKJA 4BQ2A 4PMNA 3CGTA 1E72M 3WUBA 1DWGM 2VCBA 1HJXA 1WCGA 3GTNA 4Z2HA 1W9UA 4XV0A 3RM4A 1CGUA 3AIWA 4ACZA 3UG4A 2JALA 5M5DA 3VD3A 4NI3A 1EOMA 2CBJA 4PTWA 1CXHA 2WNWA 4HA4A 4WIWA 1GCYA 4HMDA 3W4RA 4AZ7A 4Q7NA 5A8NA 2YL9A 2X09A 4FLOA 1WDQA 4AWEA 3A47A 1Y7VA 2V3GA 4CD8A 4V27A 3J7HA 4H8VA 1QI4A 1GOKA 4LX4A 3CHCA 2ZXDA 3MMWA 1QW9A 1GJUA 1UD5A 3ARWA 1UQYA 4MPKA 4MADA 4K68A 1OGSA 1LJYA 4JCLA 3TOPA 2DSKA 3CHFA 4R27A 3ZIZA 4AZ6A 2VX7A 3KZSA 3G6MA 4X0VA 5C71A 1E55A 3ARTA 5CPTA 4BQ3A 3SUTA 1JL8A 3WUGA 3VGBA 5JIPA 1W9BM 5GPRA 5IDIA 2XWDA 1QI0A 4OBSA 2VURA 3CHDA 1G01A 1B3ZA 3AICA 4JFVA 3VDCA 1JDCA 3L4ZA 4KH2A 4DM1A 4DUXA 4PN2A 1W9VA 3WQ5A 1D3CA 1H1NA 1WP6A 4D1IA 2ESCA 1KXVA 3WH6A 1E71M 3VD9A 1C3FA 2GVYA 2Z1KA 4FMVA 3OG2A 5AC5A 2NT0A 2VQUA 1BPLB 4CU8A 1FHLA 3PZ9A 3RDKA 1H0GA 4KMQA 4BZYA 1CGVA 2J7BA 4PTMA 4W84A 3WELA 4B15A 2V3EA 2YA0A 3VTRA 1BGGA 2E4TA 1UH4A 3KL0A 2X0HA 2AAAA 1E4IA 2B31A 1CXLA 5JIWA 3VM7A 1W1YA 1PX8A 2J77A 2NW0A 2VCAA 3ZMRA 2VX4A 3PZUA 1MW2A 2VO5A 1KFWA 2JEPA 3FNDA 4YHGA 1FFQA 5FIPA 2DSVA 4IISA 3UERA 5C70A 3PZVA 4HU0A 1CECA 1HKKA 1NOUA 5I23A 1HVQA 4BS0A 5BXSA 1UH2A 1XSJA 2WLYA 1XH1A 1B3XA 1UH3A 2XVKA 3GXMA 2FHBA 2W92A 1KBBA 5DEZA 2D0FA 1CGXA 2D24A 2ZXAA 4ATDA 1QHOA 5D9PA 2WMIA 3AOFA 3F5JA 3WEOA 4AMCA 3PZNA 1H2JA 8A3HA 1XGZA 1GHRA 1Q6CA 3ARUA 2CBIA 1R85A 5E70A 4AIEA 1BG4A 5A6BD 1C92A 4QLJA 1XYZA 1IZJA 5A6AA 1UG6A 3EDDA 4R5EA 5IHSA 2J7CA 2X2YA 2RGMA 4GQRA 4TX8A 2ZWZA 2CHOA 2XJ7A 5JUVA 2ZUUA 1M53A 4QCEA 1J10A 1GORA 4AD1A 5CSYA 4CU7A 3RILA 3N11A 5HXMA 1E9LA 3CZEA 3GYCA 3WNOA 3RIKA 2UY2A 4EAMA 4F79A 4AW7A 2W62A 4P7LA 1TUXA 2W61A 1J18A 2WBGA 1OWQA 3K8KA 4GZEA 1LWHA 4XZWA 1HJWA 1US2A 3MMUA 2WLZA 4HZ8A 2YDQA 1UR8A 5FOOA 1JZ2A 5M3WA 1GQLA 1X1NA 3WQVA 4ZFMA 2W4XA 3FAWA 1C7SA 2CIPA 2WYSA 1XH2A 4LPCA 5GNXA 1B3VA 3W0KA 4OOUA 3GNOA 4P8UA 1OCQA 2VVSA 2GJXB 3GDBA 1QI3A 1ZB5A 3CUFA 5KEZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3W81 A;  2VCC A;  1H5V A;  4FLS A;  1UKT A;  2WVV A;  4J27 A;  1B2Y A;  1DWA M;  2VR5 A;  5GNZ A;  1IT0 A;  2G41 A;  2VZS A;  2PWE A;  1ZS2 A;  4MAV A;  3U7V A;  3FN9 A;  2GDV A;  3B8S A;  1DP0 A;  4MTV A;  3FY1 A;  4TTU A;  3ZJK A;  1HJV A;  3O6A A;  3ECQ A;  1L0P A;  1C90 A;  2YDS A;  3THD A;  1CLX A;  4P7O A;  4PMR A;  5ABF B;  1AVA A;  1PJ9 A;  1QNO A;  4BQ5 A;  1DWH M;  1HJQ A;  3W24 A;  3MO4 A;  4OOZ A;  4TOQ A;  2VZO A;  1UKP A;  3SUU A;  1FA2 A;  3KEH A;  4URI A;  4AZC A;  2UY4 A;  1V03 A;  2E9M A;  1ZJA A;  3MU7 A;  4GO9 A;  2AOS A;  4OZO A;  1J9Y A;  2BNJ A;  4M81 A;  3W25 A;  4H2C A;  2XPK A;  1W1P A;  4GZJ A;  2ZX5 A;  1PIF A;  2VQT A;  3N13 A;  1UYQ A;  4J3T A;  1X6N A;  2CBV A;  1JFX A;  4LGX A;  2ZIC A;  1IZK A;  1OD8 A;  3WEZ A;  5I24 A;  3VMP A;  1I1X A;  5GQB A;  5AY7 A;  2EQD A;  3SEP A;  2EPN A;  4M82 A;  3WF2 A;  1UR2 A;  3IJ9 A;  4HPG A;  4GQQ A;  3IJ7 A;  1TCM A;  2OWX A;  3W28 A;  4EK7 A;  4QLK A;  2XVG A;  4UFL A;  1XC6 A;  3BMV A;  1W1T A;  3A3H A;  3N9K A;  5A94 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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