3VIGA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with 1-deoxynojirimycin
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 202
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vigA00
3WQ6A 1IV8A 3UETA 5FL1A 3RM8A 2W92A 1LWJA 2DT1A 3AFBA 3BCDA 3WIJA 3WUFA 1FHDA 8CGTA 2J79A 2VZUA 1IZKA 3POCA 1QI5A 4KRTA 5M5DA 4ZEPA 4LPCA 5A6MA 1HJVA 1BSIA 2WXDM 1HNYA 2O9TA 1XC6A 2XFRA 1EQCA 1JGIA 5A6BA 1B3WA 4X9YA 2DSKA 3T0AA 4KH2A 1G94A 4NF7A 1JYVA 5JBFA 2VR5A 1JNEA 4WKFA 1EIBA 1R7OA 4HPGA 1EQPA 4GO8A 1I75A 2CBVA 1XV8A 3E1F1 2HVMA 3CZEA 4YPJA 5GNYA 3UG3A 1YHTA 2CBIA 1JAKA 1E0WA 8A3HA 4TOQA 2CHNA 1TG7A 3VM7A 1GNXA 2ZOXA 2BHUA 2Y2WA 1ZBWA 3VDCA 3ZMRA 1CECA 3HN3A 5CGTA 4UQ9A 3SUVA 4AEFA 2Z1SA 2PC8A 3THDA 4W84A 4A4AA 3IJ8A 2YA1A 4U3CA 3WEZA 3TTOA 1CNVA 4U33A 3CZLA 4D6DA 2CHOA 1WDQA 1QI4A 2VVSA 2PWDA 4HPHA 1KCKA 2E40A 4Z2IA 1UWIA 3N04A 1GOIA 1QNQA 3WDHA 3VD5A 1QOXA 2EO7A 4UOJA 3NSMA 3L4YA 1W9XA 4QLJA 1HVXA 3U57A 3W53A 2C8NA 4FMVA 3A47A 1I1XA 2AMGA 3VNYA 1JDAA 4ACZA 4ATWA 4AD4A 3WEMA 1QNPA 3RO8A 3KWXA 4IUGA 2JEQA 2ZE0A 1HL8A 1VEOA 3ZR5A 4WIWA 2OYMA 1GZJA 2QPUA 1W2PA 5LA1A 3UESA 1QHZA 1QW9A 4MNKA 3TP4A 2XFYA 4AZ7A 1SMAA 2D24A 3VGEA 2WHMA 3AOFA 2YDQA 3WNMA 4J3VA 5IHRA 4UR9A 5FL0A 1PIGA 5HDRA 3TA9A 4KRUA 4FF5A 2F2HA 4AIOA 1KFWA 3WENA 1H1NA 2E9BA 1J9YA 1JZ3A 5ABFB 5I77A 1SMDA 5DEZA 1E0VA 4GI8A 4AZCA 3FXYA 5GNZA 3MUIA 5CPTA 1E56A 3W81A 2ZX5A 4V28A 1H41A 1JZ7A 3W6LA 3LMYA 3VM5A 3L2MA 3WD0A 1HKMA 4QCEA 5JBEA 2YL5A 5I2UA 1Q6FA 4DM1A 4E2OA 3NUKA 2GUYA 1JF6A 4CD7A 1WAWA 5A95A 2VZTA 1V03A 4LYRA 3ECQA 4MAVA 3CPUA 1E6PA 4HP5A 3VIPA 1JF5A 3ZJ7A 2VO5A 3F4VA 1W3JA 3RCNA 4FLQA 1E6ZA 4D6GA 4DUVA 2WVVB 3VU2A 2D0GA 4TVCA 2JF7A 3WBAA 1TUXA 2Y8VA 1SR0A 1S46A 2D1ZA 3AQUA 3BAWA 1G0CA 2WC3A 2ZWZA 1VBUA 2YOCA 1LLOA 2DSWA 3PZMA 2Z1KA 3CUIA 3CHCA 1US3A 2XIIA 4TXEA 4P8XA 3WNLA 1B3VA 1CXIA 1EH9A 2CYGA 3ZIZA 1VJZA 4QLLA 1NH6A 1MW3A 4P7QA 1AQMA 4AZ5A 3WF0A 1FFRA 1ZBVA 3WH6A 2WANA 3KE0A 3GTNA 1B2YA 1NOUA 2WHLA 2F8QA 1XYFA 1ISXA 4ML4A 2VX5A 2VI0A 3AHZA 3F5JA 5D9NA 1KWGA 1UQZA 4CN6A 3U7VA 3B9DA 1E3ZA 3EMQA 4U2ZA 2BVDA 1RP9A 3VIHA 3VGBA 5JIWA 2J75A 3PZIA 1BFNA 4PSPA 2GJRA 1VFFA 1B3YA 2DSVA 4J27A 1L8NA 2EPOA 1G01A 2WHKA 3DHUA 2E4TA 1IT0A 5HBFA 3W24A 4J7RA 1EOKA 1QI3A 3WH8A 3T08A 2OYLA 1ZB5A 4MB4A 2D23A 3L4ZA 3OA5A 3TTQA 2CBJA 3O9NA 1W9PA 4ZXOA 3ZOAA 5CGMA 1LL6A 5JIPA 1UKPA 5BCAA 1GVIA 1J01A 3GXFA 1W91A 1KXQA 2BY0A 2XWDA 4QDMA 4JFWA 2J7HA 3CUFA 4Z2LA 2E3ZA 3LPPA 2O9RA 4HZ7A 1VENA 2EPKX 3RIKA 3ARYA 3CUJA 5AY7A 1HJUA 3UG5A 2XFFA 5ABEA 3OIHA 3L4UA 1WZKA 3AHTA 4Q22A 3VIKA 1Y7VA 1E55A 3BC9A 3WMSA 5I3DA 4PMDA 2VOTA 3S6TA 5A1AA 4GZEA 4UQBA 1OGBA 4N0RA 1ODUA 3VDAA 4UFLA 1NOFA 2XWEA 1D3CA 1CXLA 2PF0A 3CMJA 1RH9A 3ARSA 4NI3A 3WDQA 3BAYA 1XYZA 1JNDA 2A3EA 2VRKA 1BVZA 2D22A 4C7FA 2ZUWA 1QVBA 1W1VA 2E8ZA 2WZEA 3HU7A 3ARXA 3WH5A 4Z2KA 1E43A 3M7SA 1CDGA 4AZBA 3RM9A 3K4DA 2YLAA 3AIBA 5AYBA 3SCTA 4CGTA 3GDBA 2DH3A 3MANA 2A3CA 3QOMA 4D6CA 2BVYA 4JFUA 2VCAA 3CUGA 2D20A 2NT0A 1BG4A 1E6NA 1AQHA 1ISVA 2OWXA 2DGAA 1GW1A 2W91A 2X0YA 1PZ3A 4EE9A 1TMQA 4CD4A 3AIQA 5A69A 3CZKA 1MXGA 5HOSA 1OCQA 1UD4A 3LPOA 1K9TA 1NQ6A 4HZ8A 1Q6EA 2GJXA 2O9PA 1XGZA 3II1A 5I79A 2V5CA 1P6WA 2BV9A 4LXFA 3VD9A 1J10A 3T0BA 2E0PA 1CENA 2NT1A 2XUCA 4TTUA 4CVWA 2EPMX 1JDCA 3RPMA 5ABGA 2WVSA 3VGGA 1PAMA 2X05A 4ZFMA 3SUSA 4E8CA 4J28A 1E15A 3W37A 5EFDA 5C70A 7CGTA 1UWTA 1CBGA 3BGAA 3CHEA 1JFHA 5KZ6A 6A3HA 1M53A 4HZ6A 5M3WA 2JEPA 2PI6A 1JYNA 1C7TA 1FH7A 1PX8A 1W1PA 4HMCA 5A2BA 2BS9A 5A2AA 4UOQA 4PSRA 4UFIA 5BRQA 1WDSA 2HISA 1J0YA 2WVVA 2ZX9A 3WQ8A 2WCSA 3AIRA 3GH7A 3POHA 3AS1A 3DHPA 1CWYA 3PTKA 4W89A 2ZICA 3FHAA 3O6AA 2X1IA 3KL0A 1EHNA 5DFAA 1HJXA 4DM2A 4OBRA 4GI6A 3FAWA 4UZSA 2WMIB 1UWSA 2J74A 1JXKA 2YIHA 5A8NA 2EBNA 1V0KA 4PUEA 1LG2A 1CYGA 4A3YA 1V6UA 3CIVA 1ITXA 3DYPA 4TX8A 1MQPA 1QI0A 2XVGA 1ECEA 4H8VA 3VMOA 3RM4A 2QV4A 1DWFM 5A6AA 3W25A 3VDHA 2FHBA 4JHZA 4PTWA 3ARVA 4M24A 5HPOA 3VIGA 1TZ7A 2GDVA 2E8YA 4UTFA 1EOMA 5I0DA 1E3XA 3GBEA 1E1EA 3F5LA 1CLVA 1FP9A 1WZAA 3RMEA 4PMVA 1Z32X 1MW2A 3QR3A 4J3XA 3K8KA 4AEEA 3W6MA 4FK9A 4W88A 3OZOA 3NIYA 1KXHA 1W3KA 5CLTA 1V0NA 1LL4A 3GZAA 4NZCA 1KXTA 3WD2A 1HIZA 2YJQA 2VJXA 3MU7A 4W93A 4AD0A 1UD6A 4S3KA 3W38A 1E9LA 1PX3A 4W86A 4HMEA 5CPSA 4UOZA 1QNRA 2GJPA 3WQVA 4AZGA 3VD7A 1R85A 1UKSA 1E71M 1XCXA 2TAAA 5CJ5A 3AS0A 1UA7A 1V6WA 1AQ0A 2VMFA 4OZOA 3MUY1 1XHGA 3EDJA 2VX7A 3OZPA 4D6EA 4BQ4A 3B9EA 4CN4A 3D3AA 1WDRA 2CBUA 3I3EA 3ZO9A 3UG4A 1QNSA 4J3WA 2DT0A 4V2XA 1VEMA 4DWSB 1G1YA 2V38A 3S2CA 4F66A 1ISZA 1TR1A 3OB8A 2J8FA 3EMZA 3WFLA 1K9EA 2ZUNA 1BF2A 3PHAA 3RJXA 1J0HA 1GOMA 4BQ2A 3WF1A 4D6JA 3UR8A 2CCRA 1HJQA 3VVGA 4R27A 4F79A 1WNOA 3GYCA 5IFTA 4LYPA 1MQRA 1QBBA 1LWHA 1WO2A 2YL9A 4BCEA 4EAMA 1E5NA 4KWUA 4P8VA 1K9FA 4BZYA 1V0MA 1ZU8A 3NJ3A 4UNIA 5FD0A 3BSHA 2WZIA 2XHYA 4P7RA 2XSAA 3W26A 4CD6A 3ZT7A 4IISA 1GPFA 1GUVA 4D6FA 2DT2A 4NRSA 4MB5A 1WB0A 3VIIA 4X0VA 3B8SA 3N9KA 1ESWA 2J7DA 1KBBA 1E70M 4FLSA 3L4XA 4ZXLA 1L0PA 1KGWA 1ISWA 4WSJA 4XX6A 3THCA 2J78A 5A6LA 3G6LA 2VCBA 1QPKA 1W2VA 1E0XA 3WL1A 1LL7A 3CHFA 3AMGA 3SCQA 3MV11 3SCVA 1NP0A 3PTQA 4DWSC 3SCUA 3APGA 1JL8A 2VQTA 3GBDA 4UFKA 1GOWA 1WP6A 2MANA 4CU7A 4M81A 4CCCA 3AMLA 4CD8A 1UR1A 3IJ7A 3IK2A 1EDTA 3NSNA 5A6BD 4BA0A 2WK2A 1UH3A 4GINA 1V6VA 3I3DA 2CESA 4AXNA 5BXTA 3CGTA 5M17A 1UD3A 5JUVA 4TVUA 4YHEA 2RGLA 3WN6A 2ZUSA 2XG9A 3BAKA 1I1WA 3L4VA 2W61A 3GNRA 2G41A 2V3DA 3OBAA 1D7FA 4CUCA 1CGVA 3ARRA 2WMGA 2YBTA 1OB0A 3BLKA 4C7GA 3VIFA 3AIVA 4W7VA 1GQJA 4D1JA 4Z2GA 4GI9A 1E6RA 1FOBA 4AZIA 1J0KA 3VUPA 2J77A 4AIUA 1VF8A 2WMIA 4OOZA 2B31A 2J7BA 1KR1A 2WC4A 1FH8A 1CXKA 5GNXA 3TONA 3ZSSA 1CGYA 4D6HA 1HL9A 2J25A 4P7NA 2YA0A 2W67A 4AD1A 1J0ZA 3K46A 1UH4A 5CLWA 1H0IA 3MSDA 1VJSA 1JI2A 1H5VA 1UR0A 2GFTA 2FHCA 1ZS2A 4EKJA 2DDXA 2JFEX 1G9HA 4HOWA 3GM8A 1WZLA 3BXWA 3JUGA 3K1DA 1WZMA 3CZ8A 3UR7A 1GJUA 2J47A 4W87A 2BFGA 3KL3A 4U5IA 3SCPA 2GSJA 1C93A 1DWJM 1X1NA 3A4WA 3MMDA 4RL3A 4MTVA 1LG1A 1CEOA 4W7UA 4B9YA 1DHKA 1UWRA 3NDYA 1CGTA 1W9DM 3EBVA 3SCOA 1GQIA 1BQCA 1CXHA 2YL6A 4H2CA 3BMWA 3RILA 1DP0A 4XZBA 1SFSA 4JKLA 2WC7A 1GHSA 2D3LA 1J18A 2CITA 4HU8A 2GK1B 4W8AA 4MADA 2ZX7A 4B3LA 4QFUA 4P8WA 3AI0A 4E4PA 3K8LA 2ZUMA 4WF7A 3GH5A 2UWFA 1GOQA 3DC0A 1E4MM 1EGZA 1MVYA 2E9MA 2ESCA 1C91A 1UD2A 3RDKA 1XH0A 3N17A 3CTTA 1BYBA 3W27A 3VGFA 1KQYA 1VAHA 2ZXQA 3OGVA 5FIPA 1H09A 2JE8A 3N11A 3BLPX 2YBUA 2XGBA 3VOCA 1DWIM 3VPLA 1NWUA 3U5UA 4UFMA 1W1TA 2UY2A 1V3KA 3PZQA 1M04A 2O9OA 3G6MA 1JYXA 4HU0A 1J11A 4H41A 3WDIA 3PTMA 1EO5A 5CZKA 1GOKA 4WK9A 3F5KA 4U5KA 5BWFA 2WM0A 2G3JA 1E4IA 1NARA 3W28A 4GIAA 2VCCA 1C8YA 1KQZA 4F9JA 4AZHA 2BNJA 4CCDA 2WSPA 2VX6A 2VZOA 5D9PA 3AS3A 4PTMA 4P7OA 1GHRA 3QGVA 5F7UA 5CG0A 2Y24A 1UOKA 1EHAA 2BY2A 4E8DA 5TD4A 2G4FA 1YQ2A 5ABHA 1TE1A 3WELA 4A3HA 1FA2A 1H11A 3WNNA 1Q6GA 2PWGA 1QHPA 2WLZA 4AMCA 3VMNA 1K6AA 1TA3B 4H8UA 1W9VA 4JKMA 4HA1A 2ZUTA 1GQKA 3MS8A 4N42A 2X09A 1HJWA 3OLDA 1C90A 4M80A 3WD3A 2EJ1A 1B90A 3QHNA 4CN1A 5IHSA 2J62A 3IAPA 1B0IA 1JI1A 3WF3A 1FP8A 1U2YA 2XJ7A 4AD5A 3T2QA 5EB8A 2W63A 2BHZA 1E5JA 1E6XM 2VL4A 1RP8A 1JXJA 3M6DA 1E1FA 5C8BB 4KGLA 1TFVA 1B1YA 3FNDA 4LYQA 2WSKA 1HKJA 4TVDA 3EYPA 4XV0A 4UQEA 4J3UA 3OG2A 2BXZA 3W82A 1UKQA 4H7VA 4UFJA 1BLIA 1E6QM 1E4LA 1KR0A 5A8QA 1VEPA 5DF0A 1J0JA 4QLKA 1UUQA 4RE4A 4AY1A 1OM0A 3WQWA 3AIEA 1KB3A 1JFXA 4OBSA 2OWCA 2NSXA 3WNKA 1MWOA 3EDEA 3WDPP 5I24A 5ABFA 1VBRA 2FH8A 2VNCA 3IAQA 3KL5A 2XVLA 3QOKA 5C71A 2WB5A 4OJYA 4LQ1A 2DPEA 3BAXA 1BTCA 3ZM8A 5GPRA 1F4AA 3LPGA 1KGUA 3N15A 3VILA 4PMXA 3PZNA 2G3NA 1US2A 2ZX8A 2G3IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WQ6 A;  1IV8 A;  3UET A;  5FL1 A;  3RM8 A;  2W92 A;  1LWJ A;  2DT1 A;  3AFB A;  3BCD A;  3WIJ A;  3WUF A;  1FHD A;  8CGT A;  2J79 A;  2VZU A;  1IZK A;  3POC A;  1QI5 A;  4KRT A;  5M5D A;  4ZEP A;  4LPC A;  5A6M A;  1HJV A;  1BSI A;  2WXD M;  1HNY A;  2O9T A;  1XC6 A;  2XFR A;  1EQC A;  1JGI A;  5A6B A;  1B3W A;  4X9Y A;  2DSK A;  3T0A A;  4KH2 A;  1G94 A;  4NF7 A;  1JYV A;  5JBF A;  2VR5 A;  1JNE A;  4WKF A;  1EIB A;  1R7O A;  4HPG A;  1EQP A;  4GO8 A;  1I75 A;  2CBV A;  1XV8 A;  3E1F 1;  2HVM A;  3CZE A;  4YPJ A;  5GNY A;  3UG3 A;  1YHT A;  2CBI A;  1JAK A;  1E0W A;  8A3H A;  4TOQ A;  2CHN A;  1TG7 A;  3VM7 A;  1GNX A;  2ZOX A;  2BHU A;  2Y2W A;  1ZBW A;  3VDC A;  3ZMR A;  1CEC A;  3HN3 A;  5CGT A;  4UQ9 A;  3SUV A;  4AEF A;  2Z1S A;  2PC8 A;  3THD A;  4W84 A;  4A4A A;  3IJ8 A;  2YA1 A;  4U3C A;  3WEZ A;  3TTO A;  1CNV A;  4U33 A;  3CZL A;  4D6D A;  2CHO A;  1WDQ A;  1QI4 A;  2VVS A;  2PWD A;  4HPH A;  1KCK A;  2E40 A;  4Z2I A;  1UWI A;  3N04 A;  1GOI A;  1QNQ A;  3WDH A;  3VD5 A;  1QOX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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