3VIHA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with glycerol
Total Genus 202
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
202
sequence length
473
structure length
473
Chain Sequence
DTVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 202
structure length 473
sequence length 473
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vihA00
4AYSA 2E9MA 3MMDA 2CPUA 1EO7A 2JEPA 5LA0A 3AXHA 5E70A 2OWWA 3AS2A 3IJ9A 1UR8A 1UH3A 1V08A 1UWQA 3OLEA 1MW2A 2WC3A 5I5RA 4AISA 1WZMA 1JFXA 1QNPA 1B90A 2VL4A 1UA7A 3CZEA 3TP4A 1JDDA 1H1NA 1KR0A 3CHFA 2V3FA 4W86A 3MV01 5JUVA 3U57A 1E73M 3CTTA 5AYBA 1JNEA 3SCNA 2UY3A 3CZLA 1TVPA 1CXLA 1RD6A 1RH9A 1IT0A 5BRQA 4WKHA 2OSXA 3WF4A 4AWEA 1ZS2A 1CPUA 2DIJA 3ARVA 1K9EA 5CZKA 2WKGA 5TD4A 2DSKA 3VDHA 2W61A 3VD5A 4JFUA 5M03A 3WQ4A 1WDRA 4HP5A 5CSUA 4WSKA 5FKYA 2E8YA 5A6MA 1ZBVA 1GQIA 2XM1A 2VCAA 4L4OA 2YJQA 4EK7A 1V3MA 5HOSA 4D6CA 4PTVA 3CGTA 2Y8VA 4OBSA 1BVZA 3SUUA 3N17A 2WMKA 1UKQA 4D6DA 1CLXA 2J8GA 3WSUA 2ZWZA 4JFSA 3OIHA 3EMQA 3W28A 1JIBA 3WFZA 1WDQA 1E56A 3T0BA 4AZGA 3AIQA 4AZCA 1X6LA 1W1YA 1HJQA 1FOBA 1F4AA 5EBAA 3VD7A 1G1YA 2GJRA 1ITCA 1JFHA 2YOCA 2WHLA 2IXVA 4ZEPA 2EPKX 2Y8KA 3ARYA 2Y4SA 4QCEA 2GJXA 3GDBA 3W6LA 3VGDA 1WP6A 3PN8A 1OD0A 1WDSA 4PMYA 2CKRA 1US3A 2DDXA 3ALFA 3KL5A 4MB1A 4EKJA 4TX8A 1BG4A 3CHDA 4RE3A 3QGVA 2XVGA 4WJXA 2G3JA 3GBDA 1Q6DA 4AEEA 1BYCA 4B3KA 1HJVA 3BCDA 2WMIB 4GI9A 1SMDA 3PHAA 2J77A 4PUEA 4CUCA 4OBRA 4NRSA 4QLKA 4TVDA 3DYPA 1J18A 2TAAA 3MO4A 4LXFA 1CXFA 2GDUA 3AHTA 3QHNA 5A6AA 4H04A 2XVLA 2VVSA 4AIEA 1IV8A 4KMQA 2J4GA 3AIEA 3UETA 2XFRA 4R27A 3DYMA 3GM8A 7CGTA 2BXZA 1E3XA 1EIBA 4PMNA 3WD4A 1Q6CA 1M01A 1XD1A 3D3AA 3IJ8A 3WDQA 3MMWA 4KGJA 3ARWA 4MTVA 2C8NA 1FP9A 2VURA 2JF7A 2O9TA 2VZOA 3WUBA 3PZUA 4BQ3A 1HKIA 3WBEA 2PWHA 4HA3A 4AD4A 2OWXA 2O9OA 1UQZA 1B3VA 2WHJA 1GONA 3I3BA 1J0YA 4Z2LA 1EO5A 4C7GA 1B0IA 2CESA 5A3HA 1JDCA 5LA1A 3AOFA 3FY1A 4MNMA 2Y24A 2E3ZA 4PMUA 4RL3A 4URIA 3VGGA 3CZGA 1WB0A 1B3YA 1UG6A 5JIWA 2CHNA 2FGZA 4D1JA 2VCCA 2FH8A 4DWSB 4MDOA 1H11A 3WD3A 4UR9A 2XIBA 2WHKA 2XVPA 3WNOA 4LQ1A 3AS0A 1M03A 4P7OA 4MNLA 6CGTA 1JNDA 2VX6A 3NJ3A 2XSBA 1B3ZA 4JKKA 1SYTA 4D6GA 1V3KA 1HL8A 3WUFA 3WD0A 1C8XA 4E2OA 1OGGA 2WZEA 3FAXA 1EQCA 2VR4A 1QHPA 2WCGA 1ZJBA 3KE0A 1NP2A 1HKMA 1KCLA 3BSHA 2QMKA 3BAKA 2WMJA 2D2OA 4ZE5A 3M07A 4UQBA 2V5DA 3BXWA 3K1DA 1J0ZA 4ACZA 4CU8A 1R7OA 2ZXDA 2WK2A 1E43A 4LPCA 1E0VA 2CBJA 4PRWA 1QNRA 1W1PA 2GK1A 4Z2GA 3THDA 3BLPX 1JZ7A 3ZJ6A 4BS0A 2FHCA 4KH2A 1V6YA 1HJXA 3POCA 1K9FA 1UWTA 9CGTA 1QBAA 3WDJA 3CHCA 2BV9A 1IZKA 4MJ4A 1KGWA 2A3HA 3TTYA 3OLIA 1OM0A 4H7VA 4D6JA 2JFEX 5E6ZA 4PBGA 5FIPA 3WDIA 3VUPA 1UR1A 2WPGA 3PZNA 2YBUA 1OIFA 1B3WA 3WNPA 2FHBA 3T2QA 4PCSA 3VMOA 3AZSA 5D9NA 2FHFA 5E09A 3W26A 4M82A 3VTRA 4AZ6A 1XGZA 2WZIA 3BSGA 3NSMA 4GKLA 1C8QA 2GUYA 3KEHA 3CIVA 1GPFA 4J3UA 4J3VA 1GQJA 4DUVA 1ZBKA 2DEPA 4HOWA 2VZSA 2WBGA 1LL7A 2WC4A 1UR0A 2ZX8A 2ZX9A 3VNZA 2J7CA 1E1FA 1WZAA 2WCAA 4M24A 4TVUA 1GNXA 2J8FA 1B1YA 1NH6A 1LG2A 3QOMA 2WBKA 1VFMA 5I3DA 1ISWA 3VGBA 1DWJM 4J7RA 4AD1A 4AZIA 4E8CA 2WVUA 4QLLA 5ABFA 4BQ4A 5A94A 1KXHA 3MUZ1 5D4YA 1GVIA 4HPGA 4ZXLA 1CGXA 4NSBA 4CD6A 3SUTA 1KB3A 3F4VA 3ARSA 1U30A 5I24A 1E72M 2JEQA 4CN6A 5GPRA 4GZEA 4UQCA 2J7HA 3AMLA 1SMAA 3VIHA 1C93A 2YL6A 4YHEA 4ZENA 3VILA 4JKMA 2YA2A 1YQ2A 3K4DA 4D72A 3VO0A 3K8LA 3MUIA 1JYXA 1ODUA 5A8NA 4C7FA 1R85A 4H8UA 4H41A 3WH9A 3KZSA 3SCTA 1C7SA 1G0CA 4E8DA 1E55A 3RO8A 4UQAA 2Z1KA 4MJ2A 4FMVA 2EPNA 3WQVA 1H5VA 4U5IA 4IPLA 2CEQA 1HX0A 4S3JA 4CCDA 2HVMA 4CD4A 4KRUA 1UWSA 3MANA 1MQRA 1UYQA 1CXEA 1CENA 1CEOA 1VBRA 1NM9A 2GVYA 1MWOA 1V6XA 3NYDA 3WF2A 1V0MA 4H2CA 2VUYA 4PUDA 3L4VA 4M8UA 4J28A 4J3SA 1BPLB 1TVNA 3AS3A 3CHEA 4XV0A 1ECEA 3ZM8A 1OGBA 1R86A 2EQDA 1IZJA 3ZT7A 4HOZA 1XHGA 1J11A 5ABEA 1YHTA 1VRXA 5E0CA 4CVUA 1R87A 2QMJA 1HP4A 4Z2JA 1EH9A 1CTNA 4EAMA 4CD5A 3ZR6A 4AMCA 4TUFA 3LPPA 1PEZA 1CZ1A 2ZXBA 1LJYA 1AMYA 2V3DA 4UFKA 2WYSA 2E9LA 4L4PA 3WENA 1MXDA 2CHOA 1ZBCA 1V3LA 4J3TA 2G8ZA 3PBGA 4N0RA 1J01A 2XJ7A 3L2LA 4JIEA 4S3KA 5JBEA 3WDHA 4F66A 4F8XA 5M3WA 1GOWA 4A4AA 4PMVA 1LG1A 2YIHA 2WMFA 2YL5A 3CUFA 1HN1A 1BYAA 1V0LA 2DSVA 3T2PA 3KL3A 4OJYA 3K8MA 1JI1A 2ZUUA 2EPMX 1OSEA 1OT1A 2DQXA 4HZ6A 2QPUA 4BF7A 1EDTA 1CXIA 5KZ6A 3VX0A 4TTUA 1PZ3A 1QVBA 4B3LA 1UD5A 4HU0A 4PTXA 2D20A 1E6QM 2VRJA 4GXPA 4UFLA 1BHGA 3EMZA 2DH3A 3SIMA 1W32A 2YDSA 1ISVA 2PBGA 3OB8A 3EDFA 4R5EA 3I3EA 3WF1A 1ZL1A 1E5JA 4BCEA 1RP9A 1QNOA 4F9DA 1JZ4A 1HVXA 4AIUA 5BXPA 2OYKA 2F61A 1W3JA 4U5KA 5D8ZA 1BYDA 4PN2A 3GNRA 3IK2A 2WVVB 2UY4A 1UHVA 1E15A 1SR0A 1TR1A 1DWAM 4DUXA 4X0VA 4V27A 2PWDA 3AMDA 1EOKA 3RDKA 3UR8A 1XCXA 1MVYA 2D0HA 3EDJA 4BZYA 1UA3A 1JAEA 5HPCA 3GTNA 4JFWA 5CPQA 2YLLA 1XYFA 3LPOA 3NSXA 2EPOA 2XIIA 3KL0A 1QHZA 4JL2A 5AC5A 3RJYA 5M17A 2DGAA 1O7AA 1TG7A 3AMGA 4CD8A 4N42A 3U7BA 1DWGM 5ECUA 1K9TA 3N13A 4X9YA 1PIGA 4P8WA 3L4YA 1W9PA 3VM7A 5IFTA 1GJWA 1VEMA 3WEOA 1JYWA 2WMGA 5CGTA 1TZ7A 3GH5A 2CBVA 2D3LA 1BGAA 2BY1A 3WNNA 1PX3A 3W53A 5ABHA 2ZX7A 1VF8A 1VFFA 3BMVA 1FFQA 1VEPA 4KRTA 4HMCA 3WD2A 3AQUA 2ZUNA 3I3DA 1E4NA 4MADA 1Q6FA 1QBBA 3BAXA 2C7FA 2RGLA 3AS1A 3CLWA 4GPNA 2ZXQA 4PMQA 3W24A 1ISXA 4XZBA 3WMSA 4U3CA 1BTCA 1LLOA 5ABGA 1H4PA 4W7VA 4ML4A 4FLRA 3EYPA 4PSPA 1W91A 4PMDA 4LYRA 1FH7A 1GQLA 3OLDA 4AW7A 1EDGA 1UD6A 1UD2A 3F5LA 2PB1A 2WSKA 3W4RA 3ARTA 4GQRA 3VD4A 1J9YA 5DEZA 1VBUA 2XUCA 5E0FA 3CO4A 5D9OA 1NWSA 4HU8A 2FGLA 1TE1A 5C70A 3VIJA 3TTOA 3EMCA 2DT1A 2VX5A 2J62A 3AXXA 3ZIZA 3UG4A 3DECA 4PMOA 2X09A 1CGTA 2O9PA 1HVQA 2WWDA 1CGUA 5CJ5A 2A3AA 2NW0A 3OA5A 3AYRA 4ZXOA 5C8BB 4QAWA 3AMCA 1HIZA 4JKLA 3NDZA 3BCFA 1P6WA 2XWDA 1QNSA 1UR9A 2WLZA 4QFUA 5GNYA 3MU7A 2OYMA 1FH8A 5BXSA 4AY1A 3TTSA 2WAGA 3CUIA 3DHUA 3VDCA 2CETA 3RILA 1H41A 1UWRA 4FLQA 3W81A 2YA1A 1WKYA 2WCSA 1J10A 3PZVA 4BQ5A 5BXRA 1R7AA 3SEPA 2CCRA 5HPOA 2NT0A 5I78A 4AZCB 2ZUVA 1BVNP 3RM4A 2XM2A 4FF5A 3ALGA 1JF6A 4W89A 1UH4A 1S46A 2VI0A 1WO2A 3TOPA 5CPTA 3RJXA 4PYSA 3UG3A 1GHSA 1JXJA 3AHXA 1ZJAA 1EHNA 1UKSA 2GJXB 1E6ZA 4HA4A 5CLWA 3VDBA 1X1NA 3W29A 1LWJA 2EEXA 3PZTA 3II1A 4AD2A 4TVCA 1GOIA 2AAAA 5D8WA 3WQWA 1Q6EA 4PMZA 3A4WA 4UFIA 1PIFA 5CXPA 1C92A 2BHYA 1E70M 3G6MA 1U2YA 4W5UA 2DH2A 1J12A 1VENA 1LQ0A 1XV8A 3T08A 1VB9A 4J3XA 1CXHA 2X0YA 4D6HA 1VIWA 1HNYA 2VR5A 3ZOAA 2YL8A 4E4PA 4HTYA 4JCLA 1V03A 4MNKA 4ZE4A 2CBUA 2CNCA 1UR4A 4JHOA 3W25A 4UNIA 1ODZA 1CXKA 4RE4A 2X2YA 4MB5A 4MDPA 4WLCA 1QW9A 4HZ7A 1B3XA 3N11A 2BVTA 3F5JA 3VIKA 3K8KA 4CCEA 5DO8A 4U3AA 5CLTA 3B8SA 1E3ZA 1UD8A 3O2LA 1HJUA 3FHQA 2ZUSA 5IDIA 1C3FA 4CU7A 1QNQA 4UZUA 2VO5A 1G9HA 4AD3A 2EBNA 4QCFA 1PAMA 4FLSA 1K6AA 1HP5A 1DHKA 3MMUA 2VRQA 2BHUA 1BAGA 3FN9A 2VMFA 2BNJA 4IPNB 1HXJA 1MQQA 2IUZA 1E6RA 5LA2A 3BMWA 5DF0A 3GXDA 4QDMA 4BA0A 4XX6A 1FA2A 1XRVA 3MS8A 1GW1A 2WVSA 1GJUA 4WKFA 4F9JA 3B9AA 4NF7A 1H09A 1KCKA 5D9PA 5LYRA 5GQBA 4UFHA 1ZBWA 2EPLX 2PBOA 1GCYA 3MSDA 3QHOA 2V3EA 5BROA 1C91A 1AQ0A 4DM1A 5M5DA 2W92A 4FK9A 4IISA 1ZU8A 1MYRA 2VNCA 4PTWA 3HMCA 4CN4A 1UKPA 1HJWA 2J7DA 4M29A 1FH9A 1NQ6A 4V2XA 3QR3A 5DT7A 3WD1A 3WIJA 3ARZA 4WIWA 1JDAA 2B31A 5CSYA 3VGEA 1KGXA 5BRPA 2WM0A 3WUEA 3BLKA 4M81A 3EDDA 5E6YA 4HZ8A 3IANA 1OBAA 3SCOA 5EB8A 1GOOA 1PBGA 3D5HA 3A47A 3HN3A 3N1AA 3UESA 1PX4A 1C90A 3IJ7A 5EFDA 4PMXA 1TA3A 5E9AA 4ACZB 3KWXA 4Z2KA 1CBGA 4ZFMA 1KBBA 3AFBA 5JBFA 3W38A 1W1TA 2XTKA 1AQHA 3FHAA 5CG0A 1Z32X 5A2CA 6TAAA 4D71A 4U2YA 4P7LA 3WKZA 3F5KA 3U7VA 2GK1B 8CGTA 4YPJA 3L4TA 4GO9A 4AZHA 4WK9A 2IXUA 1N82A 1O6IA 5CQ1A 5JBDA 2WWCA 2ZE0A 1DTUA 4HMEA 3ZSSA 5AC4A 4HMDA 4JZ5A 3SCSA 4B15A 2J47A 1KGUA 4DM2A 2G4FA 3BAYA 4FLOA 3B9EA 3O6AA 4XB3A 4ATWA 1J0KA 4MAZA 3RM8A 1V3HA 4JL1A 5IXEA 1WCGA 5GNXA 5C71A 1TMQA 3VNYA 3RCNA 3WQ6A 1XSJA 4PTMA 4WF7A 5HNNA 3ZQ9A 3A4AA 4ATLA 2XVKA 2YLAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AYS A;  2E9M A;  3MMD A;  2CPU A;  1EO7 A;  2JEP A;  5LA0 A;  3AXH A;  5E70 A;  2OWW A;  3AS2 A;  3IJ9 A;  1UR8 A;  1UH3 A;  1V08 A;  1UWQ A;  3OLE A;  1MW2 A;  2WC3 A;  5I5R A;  4AIS A;  1WZM A;  1JFX A;  1QNP A;  1B90 A;  2VL4 A;  1UA7 A;  3CZE A;  3TP4 A;  1JDD A;  1H1N A;  1KR0 A;  3CHF A;  2V3F A;  4W86 A;  3MV0 1;  5JUV A;  3U57 A;  1E73 M;  3CTT A;  5AYB A;  1JNE A;  3SCN A;  2UY3 A;  3CZL A;  1TVP A;  1CXL A;  1RD6 A;  1RH9 A;  1IT0 A;  5BRQ A;  4WKH A;  2OSX A;  3WF4 A;  4AWE A;  1ZS2 A;  1CPU A;  2DIJ A;  3ARV A;  1K9E A;  5CZK A;  2WKG A;  5TD4 A;  2DSK A;  3VDH A;  2W61 A;  3VD5 A;  4JFU A;  5M03 A;  3WQ4 A;  1WDR A;  4HP5 A;  5CSU A;  4WSK A;  5FKY A;  2E8Y A;  5A6M A;  1ZBV A;  1GQI A;  2XM1 A;  2VCA A;  4L4O A;  2YJQ A;  4EK7 A;  1V3M A;  5HOS A;  4D6C A;  4PTV A;  3CGT A;  2Y8V A;  4OBS A;  1BVZ A;  3SUU A;  3N17 A;  2WMK A;  1UKQ A;  4D6D A;  1CLX A;  2J8G A;  3WSU A;  2ZWZ A;  4JFS A;  3OIH A;  3EMQ A;  3W28 A;  1JIB A;  3WFZ A;  1WDQ A;  1E56 A;  3T0B A;  4AZG A;  3AIQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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