3VIPA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with a new glucopyranosidic product
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNDPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vipA00
1VRXA 4MJ4A 4D1IA 3VNYA 2D0HA 1CWYA 3AZSA 1UKSA 2G3MA 4D6CA 5BRQA 4H04A 1FHLA 1NQ6A 2E40A 1JDDA 4MPKA 3AROA 2XFFA 1CGVA 2A3BA 2ZUUA 1LJYA 4J3SA 3AMDA 2VVSA 3PHAA 2WHMA 5I2UA 3ARXA 3DECA 7A3HA 3ZSTA 4A3HA 3ARPA 1GNXA 3EMZA 2YLAA 2CBIA 1CGYA 3WH6A 2VZUA 3WSUA 3ZJKA 1WZLA 3CIVA 3PZIA 3SCNA 3VM7A 1HJQA 5IFTA 1OD0A 2YJQA 3T08A 1CXLA 1UD8A 1EDTA 4H8VA 1EH9A 3AIVA 2QPUA 4OOUA 2XVKA 4XB3A 4CCDA 2W66A 3PZOA 2XM2A 2BXZA 1UA3A 1E0VA 1VAHA 1WPCA 1BVNP 4MB1A 4Z2JA 4PTXA 3CUHA 3AFBA 3OZOA 1R85A 3RM8A 3VOCA 3W81A 1UR1A 4HMDA 3SCWA 3VIGA 4H8HA 3VDBA 2J78A 1U30A 1RPKA 1YQ2A 2J7HA 8A3HA 3UERA 1PEZA 2XVGA 4ZEPA 1UQZA 3WUBA 4Q7NA 2W4XA 4AY1A 2WB5A 2VX5A 4LYQA 2GJRA 1GQJA 4IPNB 5M5DA 2XPKA 3AS1A 3WUFA 3U5UA 4W84A 1CXEA 3RPMA 4A4AA 1G9HA 2CCRA 5M17A 3OGSA 4AW7A 2D1ZA 2GK1B 5A8OA 3EDEA 4JIEA 1FH9A 3RILA 2CKSA 1FP8A 4UQBA 2GFTA 2X2YA 1S46A 3WH8A 1H41A 1Y7VA 5ABHA 1QBAA 1SMAA 4CCCA 4CN4A 3FXYA 4BQ3A 4IUGA 1CLVA 4J27A 1C93A 1HL9A 5IHRA 4W7VA 3MV11 5I24A 3K8MA 1C7TA 3PZTA 4P7NA 3N1AA 3L4VA 2FH8A 2GK1A 4UQEA 2IXUA 4TOQA 3I3BA 4JKKA 1E6PA 3WL1A 3SCOA 1QNRA 3QHMA 3WDRA 2WBGA 4CD7A 1C8YA 1CBGA 2EPMX 1HXJA 3VGHA 4JFVA 4W88A 3VVGA 3WD0A 4AMCA 1VB9A 4D1JA 4BA0A 3SUWA 3VD9A 5JIWA 1D3CA 3AIUA 5IXEA 3T09A 3TONA 1M53A 1AQHA 1ISVA 2PWDA 2VRQA 3OZPA 3AHYA 4NZCA 3B9AA 4MB4A 1MQQA 3AS2A 1KXHA 1VENA 3ZIZA 1B30A 4XZBA 1BG4A 1ODUA 3PTQA 2YL8A 3WQ5A 1HJUA 1BQCA 1OGSA 3J7HA 5A2AA 5DT7A 5A6KA 1UH4A 4MDOA 4W7UA 2O9PA 3WEZA 6CGTA 4P8WA 4D72A 3DHPA 2WSKA 1CTNA 4BQ5A 2E9LA 1CGWA 4NF7A 3GH7A 4HU8A 1UWUA 2YA0A 1HJSA 1WDQA 1JDCA 4BQ4A 1E55A 2XIIA 3DC0A 3SCVA 1TFVA 3WNKA 4YN5A 1VEPA 1V08A 1JD9A 3GH5A 1MXGA 1GOWA 1NH6A 1UH3A 1QNOA 3KWXA 4GI8A 2PB1A 1VFFA 2WM0A 3RMEA 4URIA 1JGIA 2W5FA 1DWFM 4RL3A 1XYZA 5A8MA 4B15A 1QHZA 2ZX6A 1JL8A 2EPNA 3BAKA 3TTOA 3EDFA 2A3AA 2VMFA 2ZOXA 2X0HA 2BY0A 1QOXA 3N04A 1TG7A 2ZXDA 4AZIA 2XHYA 3WF2A 4EANA 1BF2A 1B0IA 5M3WA 3A4AA 3SCSA 2O9RA 2OSXA 2ESCA 4WKAA 4PTVA 1V3LA 1VFMA 2BHYA 7CGTA 3APGA 3CLWA 4XUYA 1LQ0A 2OYLA 3TTYA 2QF8A 1JZ2A 1E6XM 4QLLA 3VINA 1WB0A 3N18A 2WMKA 3WD3A 1E3XA 4C7FA 2WNWA 2WW5A 1CENA 2CEQA 4KH2A 1F4AA 1PX4A 4RE3A 3DYOA 1R86A 3AQUA 4HOXA 3NIYA 2RGLA 1RP9A 3QHOA 1V6WA 4PBGA 2XJ7A 2A3EA 1A3HA 1LG1A 1UD2A 1GCYA 3TTQA 2Y5EA 5BXTA 1GOKA 2XVPA 5A3HA 1B90A 3VMNA 4HOWA 1IT0A 1NARA 3ARTA 1XC6A 2DSWA 3CZ8A 3SUSA 3BLKA 3FAXA 4W87A 1E0XA 4W5ZA 4Z2HA 2UWFA 3CZKA 4HZ7A 1CPUA 2YOCA 1MWOA 1JI1A 5CZKA 3QR3A 4J3WA 3F5LA 3NDZA 2WC7A 3AMCA 5DFAA 1V0LA 3F5KA 2G4FA 1QI3A 1E4NA 4QP0A 4HPHA 1PPIA 2Y2WA 2YIHA 2OSWA 3T0BA 1E1EA 1V3IA 5D8ZA 2FHFA 3VNZA 2VR4A 2CKRA 2XVNA 4NRSA 2WVSA 1W3JA 2OLHA 3WMSA 4GI6A 2CYGA 1NWRA 3BAWA 1TUXA 4CN1A 4MADA 3A47A 1FFQA 3AICA 3O6AA 2EJ1A 3MMUA 3ZT5A 1A47A 3OG2A 2B31A 1CIUA 3WF0A 1J0ZA 5ECUA 1JXKA 1ZBKA 1E56A 1XSKA 3MANA 2WVTA 4U5KA 6TAAA 1HL8A 1V02A 2XYLA 3EMCA 5FD0A 5ABFB 4W85A 3AMKA 1B1YA 3W25A 6A3HA 2WHJA 3W53A 2W67A 3SCTA 3WF1A 2BHZA 3L2MA 1IV8A 3GNRA 1JDAA 2YDSA 3MUZ1 2Y8VA 4AD4A 4ZXOA 5A6MA 1E9LA 1JZ3A 1BLIA 1JZ7A 3ZSSA 4AEEA 4PYSA 2BVYA 2CXGA 1MXDA 3W0KA 5D9NA 4FK9A 5A2CA 2GSJA 5ABFA 3AHXA 4PMYA 4J3XA 2PWHA 2VT0A 5BYWA 1MYRA 1TA3B 1I1XA 5FIPA 3AYSA 2VVNA 5BWFA 2FHCA 3GBEA 1B3YA 2D2OA 4Z2IA 1UD6A 1K9FA 1CLXA 5A69A 3GYCA 3II1A 3WMBA 1B3XA 2FH6A 2YDQA 2GUYA 5CSYA 3WDJA 1H0IA 3G6MA 2G3JA 1WZAA 2J47A 2WSPA 1MQRA 3ARYA 3AIWA 4D6GA 1JFHA 5DT5A 4WK9A 4HA4A 4QLKA 1NM9A 3BH4A 1CXIA 3OLEA 3LPPA 1LL7A 1UKTA 5EFDA 4F8XA 1BVZA 1UR8A 1EO5A 5A8NA 1CXHA 1E0WA 3K8KA 4DUVA 1TA3A 1GQIA 4B3KA 1FA2A 1XH2A 4GI9A 5I77A 2WZEA 2WLZA 2CHOA 5CPTA 3TP4A 3CBWA 1V03A 1E6QM 4AZBA 1UR9A 4D71A 3PZQA 1OM0A 1U2YA 1KQZA 1BYCA 1LF1A 3WDHA 5E70A 2WK2A 3CZLA 1ZBWA 1UQYA 1HKJA 2Z1KA 4YHEA 1GJUA 2XGIA 4KWUA 2WCGA 4F79A 3AZRA 2A3HA 4R5EA 3AIQA 2WKLA 3QOKA 2J7GA 2XUCA 1FH7A 2CBUA 4OIFA 1MW3A 2BXYA 5M03A 2FGZA 2WLYA 4W86A 4JFWA 1EA9C 4TXEA 2W62A 1J0JA 3TA9A 4UFIA 1M04A 1WP6A 4BS0A 2J7DA 3SUUA 5FOOA 1XD1A 5FL0A 3WMCA 3UESA 4BCEA 1PX8A 4M24A 4AYSA 1HN1A 2CIPA 2CITA 2WBKA 2W63A 1RD6A 4PMRA 5A95A 2AAAA 3RDKA 1HX0A 4FLSA 1QW8A 2ZUWA 2D3LA 4L4PA 3WNLA 5IHSA 4IPLA 1TMQA 4LPCA 3M46A 1E6NA 2JE8A 5A6SA 1VBRA 1J18A 3WQ4A 3CZJA 4TVDA 3F5JA 1KBBA 1FP9A 3PZMA 3WEMA 1H5VA 2J77A 3WEOA 2WWDA 1HNYA 1WCGA 3B8SA 2WXDM 4W8AA 3A4XA 3GM8A 1OWQA 3GXDA 3VIFA 3BGAA 3AXHA 2DEPA 1XD0A 3LPOA 3A3HA 2RGMA 2BY3A 1Q6EA 4PTWA 1CNVA 3CUGA 3AYRA 3KZSA 4UFMA 1UKQA 4CD8A 2ZICA 2X05A 4B3LA 5E9AA 3WL0A 1UR2A 1WNOA 3BXWA 1WE5A 3IK2A 3ZM8A 5EBAA 5DF0A 2YL5A 3SCQA 3SEPA 2VNCA 3THCA 1LL6A 2VO5A 5BROA 5GNYA 4AISA 3JUGA 5IFPA 1OIFA 1V6VA 2G3NA 1GHSA 4KRUA 3ZO9A 1E5NA 4ZXLA 1OD8A 3HMCA 2Q8XA 1QNPA 3WF3A 1ZS2A 2FGLA 1GHRA 2J4GA 3EBVA 4UQ9A 4GZIA 4JKLA 2X0YA 4PMDA 4J3VA 1M03A 4F9DA 1E70M 4D6JA 1WZKA 2VX7A 1JYXA 2ZIDA 3WQWA 1W32A 4BQ2A 4R27A 2D22A 4PCSA 2WC4A 1ISXA 1H0GA 3GZAA 1E3ZA 4GO8A 2OWCA 3LMYA 3ARSA 4PUDA 3N12A 3POCA 4X9YA 3MMWA 5D8WA 2V5CA 4HA3A 1QHOA 1LWJA 1UZ4A 3S6TA 2D3NA 1UR0A 4P7QA 1JZ6A 4QCFA 3RM4A 4M56A 1UOKA 1XCXA 3U57A 5I5RA 1UYQA 1W1PA 2WPGA 2Z1SA 4S3JA 1NOUA 4B9YA 5LA1A 3W26A 1ZJBA 2VC9A 1HJWA 2GVYA 4B16A 2G41A 4KGJA 1WDSA 1CZ1A 1W1YA 3PZUA 1RP8A 3ARQA 5A8QA 4EAMA 3NJ3A 5A6BD 4TUFA 1E4MM 2E3ZA 4ML4A 4CVUA 4ACZB 3KL0A 1CEOA 1W9DM 2YA1A 1WDPA 1NP2A 1BGGA 3VMPA 1TCMA 4F9JA 3TTSA 5LA0A 4JFSA 1ITCA 3CZGA 2ZX8A 2A3CA 3D5HA 3PTMA 4QFUA 2HISA 2YBUA 1EDGA 4GINA 2EPOA 5E6ZA 1XCWA 1UWQA 1NP0A 4PMNA 4CGTA 3MS8A 3WNNA 4ACZA 1GQKA 2DT0A 3SCPA 1EOMA 1EDQA 2JALA 2UY5A 1GORA 4JCLA 2CHNA 3ZT6A 3AHZA 8CGTA 2DIEA 4OJYA 2EPLX 2AMGA 1V0KA 4MDPA 2DDXA 1RH9A 2VR5A 2CBVA 2PWGA 4TVCA 3BAJA 1JFXA 2DSKA 5CPQA 3IANA 3L2LA 3L4TA 3T0AA 2FHBA 1GONA 1QPKA 1G94A 2EO7A 4CD4A 1W2PA 4HA1A 2ZUVA 2JEPA 4MAZA 4UCFA 1H49A 4PTMA 3N15A 3PZGA 4LYPA 1B3VA 2DSUA 3VDCA 3WNMA 1W9UA 3AOFA 1VEMA 2E9BA 2ZX7A 1BTCA 1H4PA 3FW6A 1O6IA 4LYRA 4CU6A 2WMGA 4FMVA 1I1WA 1MW0A 2W91A 3WQVA 1C92A 1PAMA 3L4XA 2PI6A 4JFUA 3RCNA 3LPGA 3WDQA 2TAAA 4MNLA 4CU8A 9CGTA 3EDDA 1NWSA 1OT2A 4PUEA 3ZJ8A 1X6NA 1K6AA 2D24A 3IAPA 2XM1A 1JAEA 4LGXA 2NT0A 3THDA 2D20A 2W61A 5DO8A 2G8ZA 1HT6A 1BHGA 1W91A 2V3FA 1OSEA 1QBBA 3VKKA 2V3DA 2J8GA 5TD4A 1ZB5A 1Z32X 4M81A 1CXKA 2EPKX 1JF6A 3FHQA 4KGLA 4N0RA 1MVYA 4CD5A 4DM1A 4AZCB 5CQ1A 1C91A 2X1IA 3CUIA 4HMCA 4CCEA 4D6IA 2EBNA 4X0VA 5D4YA 4AD1A 3AZTA 3RIKA 2PWFA 4UFHA 2WAGA 1ECEA 5JBDA 3WBEA 4UTFA 2J7FA 3CHFA 3WUEA 1NWTA 1FOBA 2YLLA 4B9ZA 1J12A 3HU7A 3AHVA 1YHTA 2J79A 1BSIA 2QLYA 4S3KA 5HNNA 3KL5A 1OIMA 3VGFA 4AZCA 4H41A 1DTUA 1WAWA 2IUZA 4AIEA 1EQCA 4V27A 1VJZA 4PMXA 3ZJ7A 4UR9A 2XWDA 4W8BA 4QCEA 1ZU8A 3W37A 3WY1A 3VILA 1H2JA 4NRRA 1R87A 1C90A 1QVBA 4W93A 2CERA 1KBKA 3GNPA 4CN6A 1NOWA 3VTRA 3VPLA 1ISYA 3VX1A 3L4WA 4JAWA 3VIPA 2ZUMA 3FHAA 1B31A 2OWWA 2EXOA 1FH8A 2V5DA 4AD3A 1AVAA 4M29A 3PZVA 2UY2A 2UY3A 4OBRA 7TAAA 5A6JA 3QGVA 4ATLA 2DH2A 3RM9A 4XV0A 4HPGA 4X0NA 1V3JA 4P7OA 2WMIB 2XSBA 1I75A 1JXJA 2NW0A 3OA5A 5I23A 1VF8A 5GNXA 1MFVA 1VFUA 1HJXA 1GVYA 2DSVA 1GOOA 3EDJA 3HN3A 4H8UA 4HP5A 3VU2A 1L0PA 4WSJA 2WMFA 1J0YA 1K9EA 3VD5A 4UNIA 4D6HA 4ZE4A 1C7SA 5A2BA 1TVPA 1E4LA 1UG6A 3OGVA 4H2CA 1UHVA 2ZE0A 1K9DA 1TE1A 2E4TA 3BAXA 1Q6GA 1KB3A 2WMIA 4UFLA 3PTKA 2D0FA 1E72M 4OKDA 4TTGA 4C7GA 5JBFA 3AMGA 4PCTA 4GQQA 3VUPA 3W4RA 3VIHA 4OUEA 3WKZA 1JZ4A 3WF4A 1WO2A 1L8NA 1MW1A 3AS0A 3W29A 5KZ6A 1W2VA 1W3LA 1D7FA 4UOQA 5JUVA 1FFRA 1EO7A 3A4WA 4PMUA 3KEHA 4ACYA 4ZFMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VRX A;  4MJ4 A;  4D1I A;  3VNY A;  2D0H A;  1CWY A;  3AZS A;  1UKS A;  2G3M A;  4D6C A;  5BRQ A;  4H04 A;  1FHL A;  1NQ6 A;  2E40 A;  1JDD A;  4MPK A;  3ARO A;  2XFF A;  1CGV A;  2A3B A;  2ZUU A;  1LJY A;  4J3S A;  3AMD A;  2VVS A;  3PHA A;  2WHM A;  5I2U A;  3ARX A;  3DEC A;  7A3H A;  3ZST A;  4A3H A;  3ARP A;  1GNX A;  3EMZ A;  2YLA A;  2CBI A;  1CGY A;  3WH6 A;  2VZU A;  3WSU A;  3ZJK A;  1WZL A;  3CIV A;  3PZI A;  3SCN A;  3VM7 A;  1HJQ A;  5IFT A;  1OD0 A;  2YJQ A;  3T08 A;  1CXL A;  1UD8 A;  1EDT A;  4H8V A;  1EH9 A;  3AIV A;  2QPU A;  4OOU A;  2XVK A;  4XB3 A;  4CCD A;  2W66 A;  3PZO A;  2XM2 A;  2BXZ A;  1UA3 A;  1E0V A;  1VAH A;  1WPC A;  1BVN P;  4MB1 A;  4Z2J A;  4PTX A;  3CUH A;  3AFB A;  3OZO A;  1R85 A;  3RM8 A;  3VOC A;  3W81 A;  1UR1 A;  4HMD A;  3SCW A;  3VIG A;  4H8H A;  3VDB A;  2J78 A;  1U30 A;  1RPK A;  1YQ2 A;  2J7H A;  8A3H A;  3UER A;  1PEZ A;  2XVG A;  4ZEP A;  1UQZ A;  3WUB A;  4Q7N A;  2W4X A;  4AY1 A;  2WB5 A;  2VX5 A;  4LYQ A;  2GJR A;  1GQJ A;  4IPN B;  5M5D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2GUY A;  3A23 A;  2FQI A;  2G3J A;  1J6P A;  2F2K A;  2J47 A;  1MQR A;  4HNU A;  4K7Y A;  2ATM A;  3AIW A;  3ARY A;  3MPG A;  1RY0 A;  3CV7 A;  2OT0 A;  2H3B A;  3GTH A;  1LL7 A;  1UKT A;  1RJP A;  3R0U A;  3W86 A;  1XRT A;  5A8N A;  3K8K A;  3RX4 A;  3MSY A;  3UVA A;  4PCN A;  4Q6J A;  1L6F A;  3SJ3 A;  4C6M A;  1Q66 A;  3ERP A;  2PU0 A;  5I77 A;  2SFP A;  3CQI A;  1TV5 A;  2WZE A;  5DLC A;  2CHO A;  2QCL A;  5CSS A;  4FXS A;  1SU5 A;  1VR6 A;  3FV9 A;  1AJ2 A;  1A49 A;  3S1W A;  1UR9 A;  4KEU A;  4CLM A;  3SJN A;  4DNH A;  1SW3 A;  4OE7 A;  2XIS A;  1U2Y A;  1LF1 A;  2WK2 A;  2ZDR A;  3E2S A;  3ELF A;  1ZBW A;  4YU1 A;  3R13 A;  4K7V A;  4F0M A;  3R1Z A;  5EMK A;  1VLW A;  2XGI A;  4KWU A;  5AYX A;  3N19 B;  3BQ6 A;  1EPX A;  2A3H A;  4R5E A;  3AIQ A;  2WKL A;  3TJL A;  4YTQ A;  3OVG A;  5XIN A;  5C2C A;  3KS6 A;  1N8I A;  3QSR A;  3CAV A;  4NIR A;  1P7T B;  1MW3 A;  2BXY A;  3O15 A;  4NQ1 A;  2FGZ A;  2VDI A;  2KAU C;  4YTR A;  1MUC A;  2Q8L A;  5CC6 A;  4LEF A;  2J7D A;  1A5B A;  5FL0 A; 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