3W53A

Crystal structure of psychrophilic beta-glucosidase bglu from micrococcus antarcticus
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
469
structure length
469
Chain Sequence
MNHLSQKFAWPKEFLWGSATAAAQIEGAGHSYGKEDSVWDAFARKEGAIAGGENLEVAVDHYHRYREDVQLMRELGLDSYRFSTSWARVVPGGRTVNPEGLDFYSRLVDELLENGILPWLTLYHWDLPQALEERGGWTNRETSYKFLEYAETVHEKLGDRVKHWTTFNEPLCSSLIGYAAGEHAPGRQEPQAALAAVHHQHLAHGLATARLRELGAEHIGITLNLTNAVPNNPGDPVDLEAARRVDALWNRMYLDPVLRGSYPEDLLEDVQGLGLAEVIEAGDLEIISQPIDFLGVNHYHDDNVSGHPLPAGQPQPVVPTDSPKSSPFVGSEYVTFPARDLPRTAMGWEVNPEGLRVLLNRLNQDYANLPSLYITENGASYTDTVTEAGTVEDPEREEYILNHLDAVVRAIADGVDVRGYFVWSLLDNFEWAWGYAKRFGIIHVDYQTQVRTIKNSGKAYAGLIAANRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Structural and biochemical identification of key factors responsible for cold adaptation of Micrococcus antarcticus beta-glucosidase BglU
rcsb
source organism Micrococcus antarcticus
total genus 193
structure length 469
sequence length 469
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3w53A00
3WEMA 5BCAA 2CERA 4UFLA 1DWJM 3WH5A 4W8LA 3B9DA 1G0CA 1GW1A 3MUY1 4CN4A 5IFPA 2WBKA 2FGLA 4Z2JA 4CD6A 1XHGA 3CMJA 1J0YA 1UKSA 1GVIA 1VF8A 3NSNA 1J9YA 4W8AA 4ATDA 3NDYA 3WF3A 1MQRA 3B9AA 5D8WA 1ITCA 1EO5A 2CXGA 3OLGA 1R87A 5I0DA 1GQKA 4QP0A 5A6SA 1E70M 3EDDA 2XVPA 1JGIA 2G3JA 4W87A 3UR7A 3WN6A 3UESA 5ECUA 1KXTA 3CMGA 2G8ZA 2O92A 2YA2A 2YL5A 3WH6A 4D1JA 4PMOA 5LYRA 1RD6A 1A47A 3WMBA 1OM0A 5M17A 2X8RA 3AHZA 2WMIA 1O6IA 4D6JA 2PB1A 3GH5A 1BPLB 4M56A 3N04A 5D8ZA 4GIAA 2VVNA 2A3CA 4CKQA 1UD4A 3VMOA 1H0GA 3G6LA 5HDRA 3IJ8A 3O6AA 3W6MA 3ZJKA 1UOKA 1LL7A 2ZE0A 2IXVA 1HP4A 2V3GA 2J7DA 3AMGA 1ECEA 4P7NA 4NI3A 2XVNA 2V5CA 5D4YA 1QNQA 3T08A 1H41A 3BAYA 7A3HA 3PZVA 4W7UA 2CHNA 3TONA 3APGA 1CGVA 3CZ8A 1P6WA 2J77A 3UG3A 3AIVA 4LYRA 2BHUA 1J10A 5CLTA 3WUEA 4AZBA 4BQ3A 4MJ2A 4ACZA 1NOFA 1ESWA 4UFKA 1E1EA 1XV8A 3PZQA 3UG5A 2EQDA 2V3DA 2WANA 1OGBA 3BAWA 4L4PA 3BAKA 3VNYA 2ZUSA 3BLPX 4HOZA 1MFVA 3WD1A 4PYSA 1KCKA 4J3UA 4CCDA 5BYWA 4GXPA 5JBDA 2EO7A 5BXRA 3WKZA 3KE0A 4NSBA 2GJRA 2RGMA 3WIJA 1R7OA 2JF6A 1MW2A 5DT5A 1VJZA 2J74A 3RJXA 4A4AA 5HPCA 3SUSA 4AZ5A 5DF0A 1PZ2A 3AMKA 3K4DA 1FHLA 4F66A 1NM9A 1G94A 1LG1A 1JL8A 1XSKA 3DECA 5GNYA 1W3KA 3GTNA 1WDSA 2F61A 2VVSA 2FH6A 1W1VA 1HKIA 2XWDA 5CPTA 3GBDA 3BMVA 2WW5A 1QHOA 2BVDA 2IUZA 2YDQA 2WC3A 4Q22A 4FLQA 2CPUA 2ZX6A 1CXEA 1GOKA 3RILA 1QI2A 3AMCA 4HA1A 1V3JA 3F5KA 5BXTA 5F7UA 1JDDA 1OIFA 1V0NA 2DSZA 3UCQA 4GI8A 4CN6A 3AOFA 3OLDA 4JIEA 3NDZA 3AHTA 4CU8A 1V6VA 3ARRA 1TCMA 1AQHA 2WM0A 3AXXA 1V02E 4EKJA 5A95A 2XJ7A 4D6EA 3LPGA 4QFUA 4C7GA 1NQ6A 3VNZA 4AC1X 2J7CA 4P8UA 4V27A 4RE2A 1C7SA 3FAWA 3ZT7A 3RIKA 1U30A 2BY1A 2V3EA 1CWYA 1NARA 4KH2A 4UQCA 1PZ3A 2OSXA 5E0CA 3MV11 1ISZA 2G3NA 4MDPA 1XSIA 2BHZA 2PF0A 1GOIA 1ODZA 3OBAA 4YPJA 2E3ZA 3MKKA 5JBEA 1VAHA 3SUUA 4N0RA 3L2LA 4K68A 1QI0A 2XGBA 3MO4A 2GSJA 1GPFA 3WUBA 1JFXA 5ABHA 1PAMA 1JDCA 4BCEA 3KL3A 2ZUTA 3U7VA 4B16A 2YA0A 1HT6A 3VGGA 4A3HA 1XSJA 4QLKA 5A2CA 4LXFA 2Y8KA 1FFQA 4U5KA 1IZKA 1EOMA 2DSKA 1R8LA 4JFWA 1HP5A 1QNSA 3UR8A 3WMCA 3WQ5A 1FA2A 3FAXA 2UY2A 5A8OA 4IPLA 3SCSA 2PC8A 1GQIA 3SURA 1JI2A 2BY2A 4DWSB 2E9LA 1GOOA 5JUVA 4UR9A 1HVXA 1GVYA 2JIWA 3MUIA 5A6BD 1C92A 4LYQA 1CECA 3WQVA 4Q7NA 3VD4A 2AMGA 2J7HA 2UWFA 2VX7A 2WZIA 3RM4A 3MUZ1 1KR1A 3TTQA 4FLRA 3WY1A 4NZCA 5FIPA 4WF7A 3W27A 1AQMA 3BAIA 4MB5A 4MNJA 2VQUA 1UQYA 2Z1KA 1OD0A 4KWUA 4IM4A 4KRTA 4UNIA 2D0GA 4D6HA 3VDHA 1LQ0A 2X05A 1E4MM 5IHRA 1KGUA 4UQBA 1SMDA 2O9RA 3ARTA 1BVZA 1H4PA 4EANA 3WENA 4OIFA 2XG9A 3AHXA 1MXDA 4HPHA 3WH7A 3RM9A 4NF7A 2XVGA 4WLCA 1HJSA 1WB0A 4P7LA 1BTCA 3KEHA 4JL2A 4M1RA 1E0XA 2XIBA 3W0KA 1XD0A 1H11A 4OOUA 4CD8A 2VZUA 2ZUWA 2DSVA 3VIOA 1JAEA 2ZX5A 1ISWA 3ALGA 2GJXB 1LWJA 1W2PA 4M24A 3N13A 1B9ZA 4P7OA 2GUYA 2E4TA 4DM1A 4ML4A 1C90A 4URIA 1V0LA 2CIPA 1XH0A 2VTFA 3BSHA 1UD2A 4OZOA 3N12A 2QHAA 2VRQA 2CETA 4HZ6A 1TA3B 2WKGA 3AZTA 2EXOA 2D20A 3VILA 1C7TA 1QPKA 1W9VA 2EPKX 4MAVA 4YN5A 1HJQA 3WQ8A 5M5DA 3CUFA 1GHSA 1WNOA 1CEOA 4S3KA 4PMRA 2JE8A 1CZ1A 4B3KA 3BLKA 1FHDA 3PTQA 4JL1A 3CPUA 2VUYA 4JAWA 2VC9A 2WVSA 2HVMA 3D3AA 1JYNA 1GZJA 2WCGA 2DGAA 4UCFA 1UKQA 1JF6A 2Y5EA 1JNEA 5CLWA 1KXQA 5A2BA 5CSUA 5A6AA 1UA7A 2BVTA 2WC4A 4UZUA 2JALA 3SUTA 6A3HA 1H3GA 4X0VA 1CXIA 2J79A 1HIZA 4ZFMA 4W5ZA 1Q6EA 2XSAA 4MNLA 1RP9A 3OGVA 2FGZA 3VD3A 3FHAA 1YHTA 4KRUA 1XH2A 1B90A 1U2YA 2V3FA 4B9ZA 4GZEA 4C7DA 3AHYA 4CD4A 3ZR5A 3ARPA 3VX1A 3AS3A 3OLEA 1E55A 2B31A 1KGXA 1E5NA 2XFRA 5KZ6A 1F4HA 1K6AA 1CGUA 1E40A 3WL0A 3IANA 2YLLA 1WO2A 2D3LA 2OSYA 1E6XM 3AI0A 1MWOA 3T2OA 4UZSA 3T09A 4MB1A 3WUFA 5CPSA 4BZYA 1DEDA 3TA9A 3U57A 2GK1B 4LGXA 1D2KA 4U5IA 2UY3A 2ZICA 3WDIA 1HKJA 1E9LA 3WDHA 2YL6A 4JZ5A 2O9PA 3WDRA 3WDQA 3ZJ8A 4AZIA 2C7FA 1CLVA 3AFBA 3L4XA 3ZIZA 4H8HA 3QGVA 3WH8A 1E6RA 1BYAA 2WVUA 3PHAA 3VIMA 3WNPA 1EXPA 1LL6A 2X0HA 1US2A 3U5UA 1EDGA 3IJ7A 1PPIA 3IJ9A 3AIBA 4JCMA 5A3HA 1GOQA 1QNRA 2MANA 1V0MA 3LPFA 1QBBA 3CHFA 1DWFM 4F8XA 4HPGA 4HZ8A 3QHOA 1XCWA 1LG2A 3WBEA 1V3KA 4M82A 3HN3A 1B3WA 3VMPA 4ATLA 2BFGA 2DT0A 2BV9A 2DDXA 3IAPA 1WP6A 3SCUA 3WF0A 1CGYA 3VGEA 1NH6A 4NRSA 4CU6A 5DO8A 1V3IA 3OLIA 1R86A 1SYTA 4P8VA 3AS1A 3ZT5A 4M81A 1KXVA 1WZAA 1HX0A 2V38A 5TD4A 1KQZA 4LX4A 2YL8A 4JHZA 3SUVA 2PWGA 2YOCA 3W53A 4F9JA 4XV0A 1ZJBA 4PTWA 4WKAA 1K9FA 1WPCA 2QV4A 2OLHA 1PBGA 3U7BA 1OGSA 1BG4A 5E0FA 4HZ7A 2VOTA 1UD3A 2W63A 4JFVA 1PX8A 2E0PA 2WSPA 3ARQA 3OA5A 3VDAA 4TX6A 3O2LA 1C8QA 4AZCB 1VEMA 3VM7A 5IFTA 4XB3A 2ZOXA 4BQ4A 3MU7A 4J3VA 2GJPA 1DWAM 4V2XA 1KGWA 3L4WA 3VINA 2BY3A 3I3BA 3WEZA 2HISA 3WDJA 4AIEA 2WLYA 3K8KA 3W37A 3OB8A 3GH4A 2FH8A 2YA1A 2UY5A 1CGXA 2DH3A 4HMCA 3ZJ6A 1K9TA 4GZIA 4QAWA 2J75A 2WCAA 1VIWA 3ARUA 3ZM8A 4PSPA 5CG0A 2DIJA 1W3JA 1W9UA 4JKLA 1ZL1A 4D6DA 4ZE5A 2JEQA 2EPMX 2JIEA 1W32A 1FP8A 2AOSA 2WZHA 2J7EA 1ZBVA 1NWRA 3SEPA 3UETA 1PJ9A 3M46A 1X6NA 5BWFA 3GNPA 4WKFA 2GFTA 4XZWA 3U5YA 5I3DA 1FOBA 5ABFB 3WSUA 1HJWA 4L4OA 5GPRA 4Z2GA 1J11A 1ISXA 1QVBA 4D1IA 4DWSC 2QF8A 1XRVA 4W7VA 1G9HA 1XCXA 2OWXA 3VDCA 1UWTA 5D9NA 1V02A 1J0HA 2XPKA 4JKKA 2VCBA 2XTKA 1QW8A 2Y4SA 2BVYA 3QOMA 3SCWA 4AD5A 1QI4A 4IISA 4DUXA 4P8XA 3EMCA 2WHJA 4IUGA 2VNCA 3S2CA 3MANA 2XIIA 2VX6A 1PX3A 2BXYA 1QNOA 1IZJA 5A94A 3A4XA 3N17A 3CGTA 2J47A 3LPOA 2WHLA 1CNVA 4W89A 2XVKA 1WDPA 3B8SA 4PMXA 3AIEA 3VU2A 4JHOA 1EDQA 1VEPA 4DUWA 1GJUA 2VRJA 4LYPA 1H2JA 1H0IA 2XYLA 1ZBKA 3VX0A 4YHGA 5AC5A 5HBFA 3TP4A 5CJ5A 3ARZA 3J7HA 3WQ4A 4OOZA 3BGAA 1FH9A 2CKSA 2JF7A 3MSDA 4BF7A 4FF5A 1UG6A 1JXJA 3K4AA 3D5HA 1CGTA 1FH7A 1TMQA 2GJXA 5C71A 1GQLA 3AIWA 5A8QA 1NOUA 2J78A 2JFEX 2VZTA 1BYDA 2WMIB 5EMYA 5HPOA 1JYWA 2CCRA 1E6SM 2YIHA 4UQAA 1M04A 1W2VA 1UR4A 1GONA 2J8GA 4RE4A 1UH3A 3GH7A 3VIIA 2WXDM 3AROA 1E4IA 5BRPA 4QLLA 3WQWA 3K1DA 4UFJA 5BXPA 1CXHA 1KWGA 1TA3A 4AW7A 1OINA 1B3VA 3THCA 5EFFA 2OYKA 4W7WA 2NT1A 3TTOA 4ZXOA 4AYSA 5GNZA 1LL4A 3MUAA 4R5EA 2NSXA 1XYFA 1JYVA 2G3MA 1WKYA 3KL0A 3PZ9A 1CIUA 2RGLA 3OGRA 3AIRA 1DP0A 1E15A 5CSYA 3RCNA 2YJQA 2DIEA 2DEPA 1K9EA 5A6JA 1BQCA 4W84A 1E0WA 3WD3A 1GCYA 4PUEA 3WF4A 5BXSA 3CZGA 4BS0A 3CZEA 3RPMA 1NP0A 1I1XA 3VM5A 1C8XA 1E3XA 3A47A 4CU7A 1IT0A 4TTUA 4PRWA 2PBOA 3LPPA 3PTMA 4QLJA 4M29A 2XGIA 2EPLX 1N82A 1VBRA 1SMAA 3UERA 2XWEA 1H1NA 3VIPA 3VD5A 1C91A 7CGTA 4TX8A 1MW0A 1QOXA 3GYCA 1J12A 5DFAA 3W81A 2J7FA 4AEFA 1H5VA 4WIWA 3MSGA 1EO7A 2A3BA 3KZSA 1BF2A 3CHEA 4FLSA 1EHAA 4PMZA 1CXLA 3T0BA 4AD1A 3BXWA 1RH9A 1E0VA 3ECQA 2YDSA 1I75A 5ABEA 4D72A 1E1FA 1W9XA 4DUVA 2WK2A 4WJXA 1HF6A 5A8PA 1V3LA 2WWCA 4IPNB 1UWRA 1E4NA 3W26A 4W88A 5JIWA 5A8NA 5GNXA 5FCZA 1E4LA 4GQRA 1EIBA 1U33A 4KGLA 4AD0A 2ZUNA 3CIVA 2CKRA 3W24A 4M8UA 1JYXA 5CZKA 3WD0A 4TUFA 3ALFA 1MW3A 3W82A 1QHPA 3WF1A 3SCRA 3WMSA 2F8QA 2NT0A 2DH2A 4D6FA 1UH4A 5FL0A 2EJ1A 2WMGA 2OYMA 1KR0A 4PSRA 1GUVA 2FHBA 3O9NA 1FP9A 2W62A 2PBGA 2TAAA 3GXDA 5IDIA 4UQ9A 1DWGM 5CPQA 1CBGA 1X1NA 3T2QA 2X09A 1TE1A 5D9MA 4C7FA 1BAGA 3AJ7A 2WVTA 2ZXQA 3WF2A 4KMQA 4WSKA 1SR0A 3AYRA 4PMVA 3MMDA 5I2UA 3W4RA 1BGAA 1KB3A 1W3LA 4LQ1A 5IHSA 4PMYA 4TVDA 5FKYA 1GNXA 2ZIDA 5KEZA 4H8UA 3WH9A 3GXIA 4E4PA 3AZRA 1JG9A 3VGFA 3GNOA 2W4XA 2E9MA 2VR5A 1W9PA 2ESCA 2ZWZA 5A8MA 1GOWA 4U3AA 2V5DA 4MJ4A 3WFZA 1CXFA 3M7SA 1HKKA 1OCQA 4GKLA 3EDFA 1B3ZA 1W91A 3L4VA 3QHNA 2YBTA 3OGSA 1HVQA 2Q8XA 2OWWA 3RJYA 3WDPP 4DM2A 4AD3A 3NUKA 1V3HA 3TOPA 4X9YA 2WMJA 4WK9A 1Q6DA 2BXZA 4P7RA 4U2ZA 4GZJA 4MNMA 1DTUA 3FN9A 3WUGA 4HMEA 3NCOA 2DT2A 5D9OA 3DYPA 1EGZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WEM A;  5BCA A;  2CER A;  4UFL A;  1DWJ M;  3WH5 A;  4W8L A;  3B9D A;  1G0C A;  1GW1 A;  3MUY 1;  4CN4 A;  5IFP A;  2WBK A;  2FGL A;  4Z2J A;  4CD6 A;  1XHG A;  3CMJ A;  1J0Y A;  1UKS A;  1GVI A;  1VF8 A;  3NSN A;  1J9Y A;  4W8A A;  4ATD A;  3NDY A;  3WF3 A;  1MQR A;  3B9A A;  5D8W A;  1ITC A;  1EO5 A;  2CXG A;  3OLG A;  1R87 A;  5I0D A;  1GQK A;  4QP0 A;  5A6S A;  1E70 M;  3EDD A;  2XVP A;  1JGI A;  2G3J A;  4W87 A;  3UR7 A;  3WN6 A;  3UES A;  5ECU A;  1KXT A;  3CMG A;  2G8Z A;  2O92 A;  2YA2 A;  2YL5 A;  3WH6 A;  4D1J A;  4PMO A;  5LYR A;  1RD6 A;  1A47 A;  3WMB A;  1OM0 A;  5M17 A;  2X8R A;  3AHZ A;  2WMI A;  1O6I A;  4D6J A;  2PB1 A;  3GH5 A;  1BPL B;  4M56 A;  3N04 A;  5D8Z A;  4GIA A;  2VVN A;  2A3C A;  4CKQ A;  1UD4 A;  3VMO A;  1H0G A;  3G6L A;  5HDR A;  3IJ8 A;  3O6A A;  3W6M A;  3ZJK A;  1UOK A;  1LL7 A;  2ZE0 A;  2IXV A;  1HP4 A;  2V3G A;  2J7D A;  3AMG A;  1ECE A;  4P7N A;  4NI3 A;  2XVN A;  2V5C A;  5D4Y A;  1QNQ A;  3T08 A;  1H41 A;  3BAY A;  7A3H A;  3PZV A;  4W7U A;  2CHN A;  3TON A;  3APG A;  1CGV A;  3CZ8 A;  1P6W A;  2J77 A;  3UG3 A;  3AIV A;  4LYR A;  2BHU A;  1J10 A;  5CLT A;  3WUE A;  4AZB A;  4BQ3 A;  4MJ2 A;  4ACZ A;  1NOF A;  1ESW A;  4UFK A;  1E1E A;  1XV8 A;  3PZQ A;  3UG5 A;  2EQD A;  2V3D A;  2WAN A;  1OGB A;  3BAW A;  4L4P A;  3BAK A;  3VNY A;  2ZUS A;  3BLP X;  4HOZ A;  1MFV A;  3WD1 A;  4PYS A;  1KCK A;  4J3U A;  4CCD A;  5BYW A;  4GXP A;  5JBD A;  2EO7 A;  5BXR A;  3WKZ A;  3KE0 A;  4NSB A;  2GJR A;  2RGM A;  3WIJ A;  1R7O A;  2JF6 A;  1MW2 A;  5DT5 A;  1VJZ A;  2J74 A;  3RJX A;  4A4A A;  5HPC A;  3SUS A;  4AZ5 A;  5DF0 A;  1PZ2 A;  3AMK A;  3K4D A;  1FHL A;  4F66 A;  1NM9 A;  1G94 A;  1LG1 A;  1JL8 A;  1XSK A;  3DEC A;  5GNY A;  1W3K A;  3GTN A;  1WDS A;  2F61 A;  2VVS A;  2FH6 A;  1W1V A;  1HKI A;  2XWD A;  5CPT A;  3GBD A;  3BMV A;  2WW5 A;  1QHO A;  2BVD A;  2IUZ A;  2YDQ A;  2WC3 A;  4Q22 A;  4FLQ A;  2CPU A;  2ZX6 A;  1CXE A;  1GOK A;  3RIL A;  1QI2 A;  3AMC A;  4HA1 A;  1V3J A;  3F5K A;  5BXT A;  5F7U A;  1JDD A;  1OIF A;  1V0N A;  2DSZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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