3WBAA

Rice os3bglu6 e178q with covalent glucosyl moiety from p-nitrophenyl glucopyranoside.
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNQPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 6
publication title Enzymatic and structural characterization of hydrolysis of gibberellin A4 glucosyl ester by a rice beta-d-glucosidase
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 193
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wbaA00
1DWHM 4BA0A 3VKKA 2YA1A 3SCSA 3RM9A 1PZ2A 5I78A 4S3JA 2B31A 1UWRA 2DH2A 1E3XA 4W5ZA 1O6IA 2WBKA 4UQDA 1W9BM 4F79A 2DH3A 1MW2A 1VBUA 4JKKA 4X0VA 3TONA 4UFHA 1OBAA 4CU6A 2VZSA 4AIUA 5IDIA 5JIWA 1DWGM 4DM2A 1E6ZA 2GSJA 3VD5A 3W0KA 1XV8A 2NT0A 2TAAA 2IUZA 1BQCA 4GQQA 4JFVA 4YHGA 3CHDA 3WD2A 3JUGA 3PHAA 3OLDA 5AY7A 1C8QA 2BY2A 4DWSD 5A69A 1W2PA 5HPOA 1ZB5A 6CGTA 3MV11 2WKGA 5CXPA 5EB8A 3WF2A 1FHLA 2WANA 5M17A 1B3ZA 1MXGA 1VJSA 4D6JA 2X09A 3SUTA 4W8LA 4AEFA 1CIUA 1W3LA 1OCQA 1E56A 1FP9A 1VRXA 3PTQA 1LJYA 3AIQA 3WF3A 3KZSA 3VIPA 1GOKA 4Z2GA 1VB9A 2XVGA 3AYRA 1BGAA 3EDDA 2OSWA 2G41A 5IHRA 4WIWA 2YL9A 4PSRA 4AISA 4ACZB 1VAHA 2X0YA 4ACZA 1AQMA 3VIKA 2YJQA 3APGA 4WLCA 4S3KA 4GKLA 1ZBWA 1LG2A 1WZAA 5EFDA 3CPUA 2F8QA 4H8HA 2CITA 1PX4A 1EO7A 3WMCA 4CD5A 1LWJA 4GZIA 1NWRA 3AMDA 4PMRA 4MAZA 5FKYA 1JI1A 3BAYA 1XSJA 1UD2A 1EA9C 2NT1A 4MNMA 1CZ1A 4P7NA 4W89A 1BF2A 4W8BA 1CGXA 1BG4A 2JIEA 3GDBA 4JIEA 1BTCA 4M24A 4U33A 2YOCA 1CWYA 2CESA 2CYGA 1TFVA 2ZXDA 1PEZA 2DT0A 5LYRA 4B9ZA 2CXGA 5D8WA 2J62A 1RD6A 2G3IA 3AMLA 1CNVA 3L2LA 1MW3A 1QNRA 1BYBA 4UNIA 1B3YA 5KZ6A 3AXXA 5ABGA 1IZKA 1XSIA 2A3BA 1R7AA 2D0GA 4GI9A 2EBNA 4OZOA 1J0YA 1E0XA 4PYSA 1KGXA 3G6LA 1XYZA 3N04A 1CGUA 1UQZA 2VURA 2MANA 1IT0A 3WDQA 4P8WA 2J25A 3AS3A 3VD7A 3NDZA 3CLWA 3W25A 1KXHA 1UKQA 4ZE5A 1QNOA 1BVNP 1PIGA 1HJUA 5DFAA 3POCA 4D6HA 5CGTA 1QI5A 2C8NA 3N12A 2JEPA 3UR7A 2F61A 1VF8A 4JZ5A 8A3HA 2DSZA 1WE5A 4PTWA 3WUEA 3OGRA 2QMKA 2VZOA 2VT0A 1EHAA 1NP2A 4UTFA 5DO8A 3W26A 2E4TA 4AD5A 3ARRA 3AXHA 4Q22A 3I3DA 3ARQA 1QNQA 4HA4A 2HISA 2FH8A 1HL8A 4KH2A 4PMZA 1KR0A 1JYNA 1J0IA 3LPGA 1HX0A 2BVDA 4KGJA 3J7HA 1W3JA 2WC4A 2OYMA 3MMDA 1C92A 4B3LA 1VFUA 1I1WA 1VFOA 1UD3A 2YBTA 4RE3A 3OZOA 1GVYA 2J7GA 3AICA 3FN9A 4PBGA 1GHRA 3MANA 1AVAA 3F5KA 4HTYA 4CN4A 9CGTA 1FFQA 3AS1A 3OLIA 2WWDA 1EOKA 2V38A 3VIHA 1HXJA 3WF0A 1Q6GA 3BCDA 2XIBA 2WM0A 3VM5A 3AMKA 2UWFA 5A8PA 1JD7A 4NF7A 4BQ3A 4CCEA 4AD0A 5BROA 1JF6A 2WHKA 3VD3A 2EEXA 1F4AA 5BXRA 3KL0A 1OT2A 3ALFA 3W6MA 1JDCA 4DWSB 3UERA 2AOSA 1OT1A 4DWSA 4LPCA 3BH4A 4CD7A 4PMYA 2UY4A 5D9NA 3T09A 3MUZ1 1EXPA 1ZJBA 1QHPA 3O6AA 1GQLA 2XM2A 4JL1A 4PSPA 4AW7A 1C7TA 2DSVA 2XTKA 4W86A 2V3EA 3VIGA 1CXIA 2ZUUA 2GFTA 5I79A 1OWQA 7TAAA 3TA9A 1BYAA 3OG2A 3EYPA 3AHZA 3BSGA 3AIBA 4JFWA 1SR0A 1V3IA 3VVGA 4M1RA 3CTTA 5A6MA 2WSKA 4ZE4A 4C7DA 1V3JA 1TZ7A 1KWKA 1GJUA 5JBEA 1SMDA 3ARTA 1V6XA 1HJVA 4UCFA 4FLOA 2YKKA 1YHTA 4JL2A 1HP4A 1KXTA 1XSKA 4E8CA 2GJPA 3WSUA 1C90A 4E2OA 1C91A 3AIWA 1NOWA 3AISA 1W9VA 4P7RA 1Q6DA 1GPFA 4ML4A 5ABHA 3S6TA 2W4XA 2W66A 3L4WA 5CJ5A 1V0KA 2EO7A 3D5HA 3BLPX 1OB0A 5A8MA 3ZJ6A 1NH6A 1MYRA 1CENA 4H04A 3RM4A 1FH8A 2W91A 3VIFA 4FMVA 3RCNA 3W82A 3PZQA 4UQCA 3SUVA 4XX6A 4AWEA 1KXVA 5GPRA 1MXDA 1NOFA 5CZKA 1BYDA 1BAGA 4BZYA 1K6AA 5C71A 2FGLA 2WKLA 1EHNA 5JIPA 1QPKA 1TR1A 5A8OA 1QVBA 3AMGA 3WL1A 3ZR6A 1B2YA 4A4AA 2XSAA 3KEHA 1HJSA 5A95A 2D23A 3WN6A 1JXKA 2WK2A 3SCOA 1TVPA 1W1PA 3EMCA 4MB4A 1WPCA 1CPUA 4AYSA 3SCTA 1W1VA 4ATWA 2VCCA 5LA1A 1E70M 3T0AA 3AHVA 3RO8A 1US3A 2BVTA 3AS0A 3WQWA 3VO0A 1JZ3A 1H11A 1CLVA 3VIIA 2DT1A 3T2QA 1TCMA 3K8LA 1E6SM 3AHYA 4WKAA 4CN6A 3BCFA 3MUY1 3THDA 1VEMA 4WSJA 2DSKA 3L4ZA 3VOCA 1RP8A 2W62A 3I3BA 1HT6A 4MJ2A 3IJ9A 4QFUA 4HA1A 2VRKA 1C8XA 3CUGA 3DYOA 1SYTA 4P7LA 1K9TA 3DC0A 4BQ5A 1WNOA 1E4LA 2YL5A 4MNKA 1EIBA 3WBEA 4PEEA 1CYGA 8CGTA 3NSNA 2IXUA 3U57A 2ZIDA 2VC9A 1V02E 3N13A 1EQPA 3VMOA 1ISVA 3L4TA 1GOWA 1E73M 5D9OA 1ISYA 1AMYA 3WEMA 4U2YA 1QOXA 1ZJAA 5DT7A 1BHGA 4P7QA 1XD0A 5GNXA 1VFFA 2DIEA 3GXDA 1GQJA 2G3JA 2J47A 1HKJA 1CEOA 1E40A 1HKKA 1E3ZA 3ZJ7A 1J0ZA 1PAMA 2D20A 5A6BA 4Z2HA 2NW0A 1H0GA 2CIPA 4PTVA 4LXFA 5CQ1A 4W85A 1HN1A 4MTVA 3IK2A 3WEZA 2QV4A 4LQ1A 1J10A 4K68A 1WO2A 1UQYA 3QHNA 1W9PA 1M7XA 4HOZA 2ZX9A 1QI3A 3CZLA 3WMBA 3L4VA 4UFJA 2VVNA 1QI2A 4PMDA 1XH1A 2W5FA 3A4AA 3AZSA 1E6NA 2XWEA 1E4MM 3ARXA 2CBIA 1U2YA 2JE8A 5AC5A 4UOQA 3N1AA 4OOUA 1EOMA 2A3CA 1KCKA 3MUIA 3IAPA 1QHOA 1JNDA 3GXIA 2OLHA 3CGTA 3RPMA 4CD6A 3M7SA 1PBGA 2VR5A 4MADA 4Z2JA 4GI6A 1V3LA 4HZ6A 4RE4A 2Y24A 2ZXAA 3AZRA 2D22A 2WLYA 2XFRA 3FXYA 3KE0A 4GXPA 4P8XA 3WD4A 4UOZA 4OKDA 1CGTA 3SCUA 3VIOA 1NQ6A 3CZ8A 3AS2A 4J7RA 4UQBA 4WKFA 1H09A 1KGUA 4LYQA 1VBRA 3THCA 5A6AA 2VO5A 4B3KA 3N18A 3CBWA 4P7OA 5HDRA 2D24A 3F4VA 1CXKA 1OGSA 3TTYA 3MO4A 4PTXA 3VGBA 2E8YA 1PX8A 5AC4A 4AY1A 4NSBA 1HF6A 2VMFA 1MQPA 3AROA 2J8GA 3E1F1 3UESA 1M04A 2J7HA 2EPOA 1JDAA 4UR9A 2BHUA 3WQVA 2D3NA 3OLGA 3MUAA 1TA3B 1WZMA 5FOOA 1TA3A 2O9TA 5BWFA 3UCQA 4J3UA 4R5EA 3A6OA 1J12A 3BAXA 4J28A 3CZKA 4CD4A 4LYRA 1UWIA 2IXVA 1X6LA 2XPKA 2BXYA 4TOQA 4UZUA 5AYIA 1TUXA 4L4OA 2PWHA 1DEDA 2VTFA 1E6RA 2BHYA 3EDKA 1V0LA 3K46A 5A94A 4KWUA 4OIFA 3WNLA 3WDIA 1NWSA 1M03A 2G3MA 1SMAA 3HU7A 4GINA 1AQHA 2WMGA 4PUDA 4J3TA 3SUSA 5JUVA 2WMFA 1UR8A 3O2LA 1K9FA 2PBGA 1V02A 4JFSA 2A3AA 3BLKA 3IAQA 4LYPA 3VMNA 2JEQA 2GVYA 1W1YA 1UH2A 4W87A 1AQ0A 4D71A 3ZT5A 1J11A 1CGVA 1Q6EA 3OIHA 3AIRA 3PTMA 4IUGA 1E6PA 1Q4NX 1MFVA 4IPLA 4WF7A 1G9HA 2WMHA 5E6YA 3QHMA 3ARVA 5D9PA 1UR0A 1R7OA 4Y7EA 4L4PA 4PN2A 1E43A 1KBKA 1UUQA 1UWUA 2YBUA 2E0PA 3ZMRA 3AIEA 1V3KA 1HJWA 3LPOA 3VX0A 1L0PA 1G01A 1D2KA 3WNNA 1LG1A 5CPTA 3PZIA 3N15A 3NJ3A 4IM4A 2DDXA 4JFUA 1KCLA 1JFHA 4QLKA 1JL8A 1JNEA 1PX3A 5E0FA 4QP0A 4AIOA 2YA0A 3GNOA 1UH3A 4U2ZA 2VX5A 2DEPA 2WLZA 4U3AA 1RP9A 1VJZA 5I0DA 2WVVB 2E9LA 5C70A 2WVVA 1UWTA 3VTRA 2OWXA 4D6FA 2C7FA 5IFTA 2EPLX 3SURA 4FK9A 5FD0A 1OSEA 2GDVA 2GJRA 4U5KA 1V6WA 1E4NA 1FHDA 2Q8XA 2QLYA 2WAGA 4MB3A 4W93A 5I23A 2D1ZA 5A6SA 1LLOA 4W84A 1C93A 5D4YA 2DSUA 1EDGA 1U30A 3T0DA 3WH6A 1UD6A 1WZKA 1FP8A 1V3HA 4W7UA 4Z2IA 3F5JA 2X0HA 3TOPA 1BVZA 1V3MA 2UY5A 1MFUA 1M01A 4HOWA 3EBVA 3DHUA 3KL5A 3SEPA 1QW9A 3LPPA 4YPJA 5M03A 2CKSA 1G94A 2PWFA 4WJXA 1I75A 1CDGA 3VDCA 4D1IA 4BCEA 1UH4A 4HP5A 3T2PA 5HBFA 5A1AA 1MWOA 2O9PA 4ZENA 4R27A 4TX8A 3A4WA 1JAEA 3WD0A 1FA2A 2ZX6A 1J01A 3PZVA 5A6BD 3WIJA 4J3VA 4HMDA 1B3XA 2WVSA 4XV0A 4EK7A 4TX6A 4H8VA 1JF5A 5GQBA 1UOKA 4GZEA 1ITCA 2VZVA 1E15A 4GO9A 3RMEA 5CGMA 2ZOXA 4TTUA 3BAJA 4X9YA 4QCEA 3W6LA 4M82A 4D6DA 2D3LA 5BCAA 4W88A 1LQ0A 2CCRA 4EAMA 4TXEA 2OSYA 2QMJA 3AXIA 2VCBA 4OBSA 4AZCB 3IANA 1V6YA 4AZCA 3T0BA 1W32A 3OBAA 4PCSA 5CG0A 3W29A 2E8ZA 1GOQA 3EDFA 2WHMA 4NRSA 1LL4A 3N11A 4WSKA 3GBEA 3WELA 3FAXA 2D2OA 2XYLA 3O9NA 4M81A 1J18A 3TTQA 5LA0A 1S46A 1WAWA 2VR4A 4D1JA 1W3HA 1NOUA 2ZWZA 1V0NA 3BAWA 2E3ZA 3AIUA 2PB1A 3W81A 4MNLA 1V03A 3B9AA 2ZUMA 3GH4A 5AYBA 3RJXA 4EE9A 5I5RA 1VIWA 5E9AA 3HMCA 3WL0A 3VNYA 3BMVA 3VX1A 1V6UA 1VEOA 2V5DA 1UWQA 1EQCA 4AMCA 3VPLA 4DUXA 1BFNA 3UETA 1E6QM 4MB5A 3ZO9A 4A3HA 3M07A 4AZ5A 3VDAA 2WSPA 3W4RA 2EQDA 3BC9A 4U31A 4QCFA 4TVCA 2CEQA 3CH9A 3VIJA 1VENA 4HPGA 2X1IA 1OINA 2QF8A 2BFGA 3VGFA 2PWDA 3U7BA 2OWWA 1XCWA 3OZPA 3ZM8A 3AHXA 2ZXBA 4CVUA 3VUPA 3WDJA 4GI8A 1C7SA 2BY3A 4XZBA 3B9EA 3NYDA 1CGYA 1CXHA 1HKMA 3WQ8A 3WEOA 2VQUA 1JZ7A 3K8MA 1B0IA 1E5JA 4Z2LA 3WUFA 3GTNA 1JI2A 3FW6A 5HPCA 5ECUA 4ZXOA 4E4PA 5KEZA 2EJ1A 4NRRA 2WCSA 5M3WA 1TVNA 3VM7A 4M8UA 1UA3A 1EH9A 1KQZA 5CSUA 1GORA 1E6XM 3GBDA 5LA2A 5DMYA 4JHZA 1TG7A 1OD0A 1CXEA 2ZX5A 1QW8A 3K8KA 5E0CA 3CMJA 1FOBA 1ZS2A 2XJ7A 2WNWA 1H3GA 1J9YA 2WYSA 3D3AA 4AC1X 5EFFA 3VD9A 2FHCA 2VZUA 1XC6A 2WZHA 3VU2A 3KWXA 4B15A 2Z1SA 3DECA 2XGIA 1CTNA 4V28A 2XFYA 4AZIA 4OBRA 2WW5A 4GZJA 5CSYA 3L4UA 4MNJA 1UD8A 2XG9A 7A3HA 3PZOA 4AD4A 2EPKX 2CERA 3BXWA 1G0CA 5A6KA 2C0HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DWH M;  4BA0 A;  3VKK A;  2YA1 A;  3SCS A;  3RM9 A;  1PZ2 A;  5I78 A;  4S3J A;  2B31 A;  1UWR A;  2DH2 A;  1E3X A;  4W5Z A;  1O6I A;  2WBK A;  4UQD A;  1W9B M;  4F79 A;  2DH3 A;  1MW2 A;  1VBU A;  4JKK A;  4X0V A;  3TON A;  4UFH A;  1OBA A;  4CU6 A;  2VZS A;  4AIU A;  5IDI A;  5JIW A;  1DWG M;  4DM2 A;  1E6Z A;  2GSJ A;  3VD5 A;  3W0K A;  1XV8 A;  2NT0 A;  2TAA A;  2IUZ A;  1BQC A;  4GQQ A;  4JFV A;  4YHG A;  3CHD A;  3WD2 A;  3JUG A;  3PHA A;  3OLD A;  5AY7 A;  1C8Q A;  2BY2 A;  4DWS D;  5A69 A;  1W2P A;  5HPO A;  1ZB5 A;  6CGT A;  3MV1 1;  2WKG A;  5CXP A;  5EB8 A;  3WF2 A;  1FHL A;  2WAN A;  5M17 A;  1B3Z A;  1MXG A;  1VJS A;  4D6J A;  2X09 A;  3SUT A;  4W8L A;  4AEF A;  1CIU A;  1W3L A;  1OCQ A;  1E56 A;  1FP9 A;  1VRX A;  3PTQ A;  1LJY A;  3AIQ A;  3WF3 A;  3KZS A;  3VIP A;  1GOK A;  4Z2G A;  1VB9 A;  2XVG A;  3AYR A;  1BGA A;  3EDD A;  2OSW A;  2G41 A;  5IHR A;  4WIW A;  2YL9 A;  4PSR A;  4AIS A;  4ACZ B;  1VAH A;  2X0Y A;  4ACZ A;  1AQM A;  3VIK A;  2YJQ A;  3APG A;  4WLC A;  4S3K A;  4GKL A;  1ZBW A;  1LG2 A;  1WZA A;  5EFD A;  3CPU A;  2F8Q A;  4H8H A;  2CIT A;  1PX4 A;  1EO7 A;  3WMC A;  4CD5 A;  1LWJ A;  4GZI A;  1NWR A;  3AMD A;  4PMR A;  4MAZ A;  5FKY A;  1JI1 A;  3BAY A;  1XSJ A;  1UD2 A;  1EA9 C;  2NT1 A;  4MNM A;  1CZ1 A;  4P7N A;  4W89 A;  1BF2 A;  4W8B A;  1CGX A;  1BG4 A;  2JIE A;  3GDB A;  4JIE A;  1BTC A;  4M24 A;  4U33 A;  2YOC A;  1CWY A;  2CES A;  2CYG A;  1TFV A;  2ZXD A;  1PEZ A;  2DT0 A;  5LYR A;  4B9Z A;  2CXG A;  5D8W A;  2J62 A;  1RD6 A;  2G3I A;  3AML A;  1CNV A;  3L2L A;  1MW3 A;  1QNR A;  1BYB A;  4UNI A;  1B3Y A;  5KZ6 A;  3AXX A;  5ABG A;  1IZK A;  1XSI A;  2A3B A;  1R7A A;  2D0G A;  4GI9 A;  2EBN A;  4OZO A;  1J0Y A;  1E0X A;  4PYS A;  1KGX A;  3G6L A;  1XYZ A;  3N04 A;  1CGU A;  1UQZ A;  2VUR A;  2MAN A;  1IT0 A;  3WDQ A;  4P8W A;  2J25 A;  3AS3 A;  3VD7 A;  3NDZ A;  3CLW A;  3W25 A;  1KXH A;  1UKQ A;  4ZE5 A;  1QNO A;  1BVN P;  1PIG A;  1HJU A;  5DFA A;  3POC A;  4D6H A;  5CGT A;  1QI5 A;  2C8N A;  3N12 A;  2JEP A;  3UR7 A;  2F61 A;  1VF8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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