3WBEA

Rice os3bglu6 beta-glucosidase e178q mutant in a covalent complex with glc from ga4ge.
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNQPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 6
publication title Enzymatic and structural characterization of hydrolysis of gibberellin A4 glucosyl ester by a rice beta-d-glucosidase
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 200
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wbeA00
1VJZA 2W62A 2A3EA 5E0FA 3AZTA 3OGRA 1KGUA 2XFYA 3ZSSA 2ZX5A 3GTNA 1KXTA 2PWDA 2OSXA 1ISXA 4LX4A 4UFJA 5CLTA 4OOUA 1W32A 3EMZA 4AY1A 2WKLA 5EFFA 3KL0A 2Y4SA 3BGAA 2ZX9A 1V3MA 2G8ZA 4UQAA 3VIGA 1DP0A 4HOWA 4FLSA 4M24A 3VD5A 3N17A 1DWAM 3AYRA 4ACZB 3CGTA 3SCVA 4PCTA 5HNNA 4CN4A 2XVKA 3T09A 5HDRA 1CLVA 3BSGA 1JNDA 2G4FA 5CG0A 4X9YA 3GNOA 4NF7A 3ZO9A 1D2KA 1VRXA 1EQPA 3B9AA 3CIVA 3F5KA 4UFMA 5D9PA 1FH7A 2WCGA 4J3TA 2DH2A 1UKOA 3BLKA 2OSYA 4GIAA 2BVDA 1QHOA 5BRQA 2VURA 3CBWA 4PUEA 4AIEA 2HVMA 2WC3A 3K8LA 4AMCA 4IPNB 4PTVA 4KWUA 4HZ8A 1LL6A 3HJEA 3VIHA 2WMGA 3ALFA 2E9BA 3CUIA 1WB0A 4J3SA 1K9EA 4IUGA 3AMKA 1BPLB 1GQKA 4EANA 2O9PA 4AZ7A 2J7CA 2EO7A 3ZJ8A 3PZIA 2CYGA 2D0FA 3EYPA 5D8WA 4PTWA 3AS2A 3U7VA 3WUBA 5ABFB 3M07A 4D6FA 4XZBA 3OA5A 1E5NA 1V3IA 1NWTA 4H8HA 1MW0A 7TAAA 1E9LA 3AXHA 2UY3A 2DSUA 1R7OA 1JZ5A 4E8CA 1D7FA 3WQ6A 3WDJA 1J0YA 2DT3A 3M6DA 1KBBA 3U5YA 3K46A 5GNZA 1Q6DA 1QW9A 1PX3A 2YBUA 3RM9A 3UESA 4S3KA 4B3KA 5I2UA 1KQYA 3F4VA 1BF2A 1TUXA 1UWIA 2ZUUA 1PJ9A 1V3LA 1HJWA 1OB0A 3FHAA 4JKKA 1EXPA 1R8LA 1V02A 2UY2A 4D6HA 4W87A 1V03A 3NIYA 3UCQA 3WH6A 3FY1A 2UWFA 2WW5A 1CPUA 2DDXA 2VO5A 3L4WA 3N11A 1EHNA 1VENA 4CN1A 2A3AA 1GHSA 4CN6A 4MJ4A 1CECA 2WVUA 4XZWA 2FGLA 3LMYA 1UA3A 4W89A 1E4MM 2XVPA 1J0JA 2QMKA 2ZX8A 3NSNA 3FW6A 4P8XA 1B3WA 4DWSB 3OLGA 2WB5A 3AIVA 2NSXA 4W7WA 5CPSA 1DEDA 1US3A 3T2PA 1B3VA 5A2AA 3FN9A 1SR0A 1C7TA 3T08A 1EQCA 3IANA 3AOFA 4OKDA 3GXMA 4PTXA 5EBAA 5GPRA 4AZ5A 7CGTA 4HMCA 4CVUA 2DGAA 4J7RA 3WEOA 1OGSA 1BLIA 3IJ7A 1R85A 4OJYA 5A6JA 1EO5A 3WH5A 5A8OA 1EGZA 2CKSA 1H0GA 3A4XA 4PMVA 3O2LA 2BY3A 2GJXB 3AHZA 2D1ZA 4ZXLA 3UG4A 1JYXA 4UZSA 1TE1A 2BHUA 1UWSA 4J28A 1MFUA 3OGVA 1US2A 1J11A 1PEZA 1TCMA 5C8BB 1JL8A 4AZCA 4FK9A 1KXVA 4E2OA 2PBOA 1UHVA 2PB1A 1QNSA 2BV9A 2JIEA 2XWEA 3B9EA 4ML4A 4OIFA 1EDGA 1L8NA 3O9NA 4AEEA 5BWFA 1UKPA 2O92A 4LYPA 4KH2A 1JZ3A 2X8RA 1LQ0A 3WY1A 3ECQA 3CO4A 5CXPA 1JI1A 1VJSA 2RGMA 1JAKA 5HXMA 4IISA 1KBKA 2Z1SA 3VMNA 4LXFA 3MV01 2VCBA 4JL1A 4LYRA 5I23A 3DC0A 1TG7A 1W9XA 1GOMA 3VUPA 5A6LA 3K4AA 1C8YA 4MB4A 1ZBVA 4AZ6A 4W86A 1FA2A 1FOBA 5AC4A 1I1XA 4JAWA 2VR4A 1EOKA 3FXYA 2DIJA 1WPCA 1MQPA 3IJ8A 3K1DA 4EK7A 3KL3A 1W3JA 4MB5A 5M5DA 2G3NA 1VEOA 5BXRA 1I75A 1HJUA 5LA0A 2ZIDA 4C7DA 5D9NA 5A8NA 3WBAA 2WLYA 1JDCA 1E1EA 1KR0A 2YDQA 1QI2A 2JALA 2FH8A 3L4XA 3W4RA 4Z2JA 4AZHA 2W66A 2J7FA 2D0GA 1C3FA 3VNYA 1OBAA 2XIBA 4UFHA 1E72M 1E43A 2JEQA 1JYVA 4AD4A 5A8QA 5FOOA 5CPTA 2NT1A 2VZOA 4D6EA 4YHEA 4AC1X 3ARSA 1UKTA 1JFXA 1UWTA 4PMXA 3AQUA 3VX1A 3GXIA 1OGBA 3EMQA 3MKKA 2BFGA 1GJWA 3L4TA 3BCDA 4LGXA 1FFQA 1F4HA 4UOQA 1CGVA 3VD4A 4PMQA 3W82A 3W37A 1EHAA 4M29A 3UG3A 4A4AA 3WH8A 3NJ3A 3WH7A 1GUVA 1JXJA 1QNQA 1IZKA 4W7VA 2F8QA 2XM1A 5CZKA 3ARPA 3BAJA 3MSDA 1UOKA 5AC5A 2DQXA 5AY7A 1KGWA 4QLJA 2WHJA 1ZBWA 4ZXOA 1SMDA 3BAKA 3OLIA 1XCXA 1LWHA 3UEQA 4JCLA 4WKFA 1BHGA 3CHEA 4L4OA 1R87A 1HF6A 1S46A 4HA4A 4CVWA 3OLEA 4OOZA 2G41A 1M04A 1OT1A 1WDQA 2YA0A 1EO7A 1H11A 1B3ZA 1WZMA 2V5CA 2JF6A 4QCEA 1XSJA 4D6GA 5TD4A 1EIBA 3KWXA 3VDCA 5ABEA 2RGLA 4X0VA 1VFMA 3CUFA 3ZQ9A 1KR1A 1E3XA 4OZOA 2FHFA 5CJ5A 3G6MA 4QFUA 1UD6A 1GORA 1OM0A 2QF8A 3WNKA 1JNEA 1XV8A 3D5HA 1ZB5A 4PMDA 5IHSA 4ATDA 3BXWA 2Q8XA 3I3BA 4D6CA 3VGBA 5ABHA 3FNDA 1KCKA 2CETA 4PMUA 4PSRA 3CPUA 5IXEA 4MNKA 1LJYA 2WMFA 1FH8A 4UFKA 1ITCA 1GOWA 1UWQA 2D20A 3RIKA 1FFRA 5D4YA 3U57A 4V2XA 1AQHA 2V5DA 4HP5A 3ZSTA 1J0ZA 1KCLA 2VMFA 1JAEA 2Y2WA 5ABGA 1K9DA 2O9OA 4DUVA 3RCNA 3W24A 3WUEA 1DWIM 1TVPA 1EH9A 1YHTA 3BLPX 5CSUA 6TAAA 1H4PA 5D8ZA 1UYQA 3WD2A 2WMJA 1GZJA 2UY4A 3VX0A 2V3EA 1ECEA 1U30A 3T0DA 3PTKA 1V6XA 3VO0A 2WSPA 2VRQA 2J7GA 1E4NA 3WNLA 1IV8A 3WENA 1XC6A 2X09A 1DWHM 3RMEA 3RJYA 3CZGA 3CMJA 4GO9A 2BHYA 2ZUWA 1ZJAA 1SMAA 4AW7A 1QOXA 3AIBA 5E70A 2IXVA 3MUAA 4AD0A 2YA1A 1TMQA 1VFOA 5EMYA 1CZ1A 1RP9A 3OBAA 4GPNA 3VIOA 1LL7A 1Q6EA 3DHPA 4YN5A 3SUTA 1X1NA 4TX8A 4AD2A 1G01A 7A3HA 4AZCB 2OSWA 1J0KA 1J18A 3DYOA 4NRSA 1JFHA 1PIFA 4ZFMA 1WO2A 4DUWA 3AHXA 5A94A 1HL8A 1TVNA 2XFRA 1MFVA 4J3WA 5DMYA 3BC9A 4HPHA 1E3ZA 3A3HA 1E6SM 4DWSD 3RDKA 2YIHA 3K4DA 3VOCA 5KZ6A 1BG4A 1CLXA 1UR1A 2GK1A 1XYZA 1WNOA 3RJXA 1E6PA 2VT0A 2ZX7A 4QCFA 1ESWA 3EDKA 3MUZ1 3AS1A 2EJ1A 3WQWA 4UQDA 3NDZA 2DT0A 5GQBA 2BVYA 3DHUA 4JHZA 3SUUA 1DTUA 1MVYA 3AJ7A 2XVLA 4N42A 3NSXA 2WC7A 2X0YA 4IPLA 2BY1A 3VIFA 2J47A 1X6NA 1W3KA 3EMCA 1CXLA 3UR7A 1GQIA 2WVVA 1E0VA 3ARYA 1AMYA 2DIEA 2X1IA 4ZEPA 3WUFA 3POHA 2F61A 2XYLA 2VJXA 3CUHA 4D6IA 5A6BD 3VVGA 5A6KA 1LL4A 3BAYA 4W8AA 4DWSC 4D71A 4OUEA 5FCZA 1G9HA 4M82A 3MANA 4MB3A 4AWEA 4UQEA 5I77A 3QHOA 1DHKA 1ZU8A 1UWRA 4WK9A 1NOUA 2XJ7A 4HTYA 4HZ7A 3WDQA 3WFZA 1ODZA 2FHCA 3SCQA 1JI2A 2V38A 1UQZA 1ZBKA 2WAGA 3WFLA 4BQ4A 4P7NA 1W1VA 2WVTA 3WNPA 3UETA 3WF1A 1JDAA 5IHRA 1ITXA 2XIIA 3AMCA 1FP8A 1CDGA 4MNLA 1UD4A 4U2YA 3LPPA 1ISZA 3AS3A 3SCPA 4CD7A 5EB8A 3W53A 3QOKA 1U33A 4P7LA 3ZM8A 3PZTA 4L4PA 3SEPA 3WSUA 4MAVA 4D6DA 3N13A 1GPFA 5M17A 3GNPA 3KE0A 1TR1A 2CERA 2VX6A 2XSBA 4URIA 2ZXDA 2GJRA 3CHCA 3WDIA 1TFVA 2ZE0A 1O6IA 3KZSA 1UH4A 1WE5A 3VKKA 1HKKA 5E09A 1UR0A 2MANA 3PZGA 2QMJA 3BSHA 4BZYA 5A6SA 3APGA 1XSIA 1HL9A 3OLDA 3PZUA 1OINA 1QI3A 2E0PA 4UCFA 2YLAA 2V3DA 3GYCA 3VM5A 2ZXBA 1KXHA 1KB3A 4AD3A 1UH2A 3L4UA 2XGBA 3VIPA 2OLHA 2WSKA 4CKQA 4U5KA 2GJPA 4F8XA 4CU7A 1FH9A 1MQQA 1BSIA 1HX0A 1J01A 4YHGA 3ZT6A 2AOSA 1MW2A 2VRKA 4JFTA 5FL1A 5CPQA 2O9TA 4J27A 3IK2A 1B0IA 3T2OA 3GBDA 4W88A 3WQ5A 4V27A 3SCUA 2E3ZA 2AAAA 4AD1A 4GQQA 2DSKA 4F66A 1KQZA 2VTFA 1QI5A 1H1NA 1VB9A 2XG9A 4P8VA 2VZUA 2VX5A 1EDTA 4S3JA 4N0RA 2VCCA 3S6TA 2C8NA 3WL1A 4FLQA 4TTGA 4UFLA 3ZJ6A 1GVIA 4JFWA 4H2CA 3HU7A 4TXEA 3AIRA 1LG2A 3MSGA 4XUYA 1K6AA 3ARTA 1HIZA 4UZUA 2XM2A 1JZ6A 1C92A 3TONA 4HA3A 1VEMA 2ZICA 2CESA 4GXPA 3CZJA 1J0IA 4GZIA 4WSKA 2QV4A 3DYPA 2ZXQA 3U7BA 1ZBCA 2EPLX 4JFUA 3EDJA 3ARUA 3N9KA 4WIWA 2E40A 1ZL1A 4UQCA 3SUSA 2PWFA 2VOTA 3WEMA 3BAWA 4TX6A 2VZSA 3L4YA 1CXHA 2J79A 2YL5A 1HVQA 5JBFA 1W3LA 3SCNA 5JBEA 4UQBA 1MWOA 1E15A 3ZJ7A 3AISA 3II1A 5A1AA 2XUCA 1JDDA 4PRWA 3VGHA 4BA0A 1NM9A 2GK1B 3VDBA 3AFBA 4BCEA 4U2ZA 1BGAA 1V6VA 2YJQA 1H2JA 2Y8KA 4M56A 1M01A 2QPSA 3HN3A 4MDPA 3DECA 1Z32X 3GBEA 4E8DA 1IT0A 1UR2A 4M8UA 3WDHA 1V6YA 2BY0A 3ARZA 3VD3A 3K8MA 5I24A 3CUGA 2DPEA 1H0IA 1EA9C 3A4WA 2HISA 3PZMA 1E6RA 3CHDA 4EKJA 4JKMA 1GVYA 2EPMX 4WSJA 4F79A 1IZJA 1A3HA 5DO8A 3QHMA 3BH4A 1AQMA 3AS0A 2ZUNA 2WHKA 5JUVA 2WVVB 4AD5A 3F5LA 1JYWA 2J4GA 1PAMA 4ATWA 3TTOA 2WCSA 1BYAA 4AYSA 1MXDA 5DF0A 3WELA 3AMDA 3VDHA 3OZOA 1LWJA 3PBGA 2X05A 1C8QA 1MYRA 2GDUA 1FP9A 3F5JA 1ZJBA 3LPGA 2FDMA 3ZT7A 2ESCA 2WANA 3VNZA 2W63A 4WKHA 3OB8A 3TTQA 1JGIA 3AI0A 4CU8A 2PWHA 1PX4A 1CGWA 2WMKA 3THDA 1NWRA 2J75A 4BQ5A 4EAMA 2OWXA 1OWQA 2YDRA 3CZ8A 1ISYA 2CHNA 3S2CA 2J7EA 1G5AA 4XX6A 1MXGA 2VZTA 4W5UA 4ACYA 4QDMA 1G1YA 3AYSA 2IUZA 2J7DA 4CD4A 3MU7A 2GDVA 1HN1A 4P7RA 4EE9A 5IFTA 1UR4A 4HMEA 1VEPA 1R86A 1MW1A 2BS9A 1OCQA 2J25A 1WP6A 3UERA 2EQDA 2WK2A 1F4AA 2WVSA 2OYLA 4MDOA 3WNMA 1H5VA 4LPCA 2EPOA 3VM7A 5BXTA 5FIPA 1NH6A 1OD0A 5I79A 2XHYA 1H41A 2QHAA 3M7SA 3KL5A 4ZENA 4TVCA 3WF3A 1P6WA 1B3YA 3WMBA 2DT2A 4UOZA 9CGTA 4PMYA 3WDPP 1E40A 4HPGA 2WKGA 1NP0A 3CLWA 1XSKA 5HOSA 1WZAA 2JIWA 4FMVA 2C0HA 3WF0A 1DWJM 2UY5A 1BAGA 1DWGM 4W7UA 2CBIA 2PF0A 5A8MA 1J9YA 1GONA 1JZ2A 4Z2KA 4H04A 1UKSA 1CNVA 2WMIA 1E5JA 1HP4A 3J7HA 5BXPA 4M81A 4U33A 2WC4A 2FH6A 3VIIA 1LG1A 4AIUA 2JE8A 4PEEA 1QHZA 3WH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VJZ A;  2W62 A;  2A3E A;  5E0F A;  3AZT A;  3OGR A;  1KGU A;  2XFY A;  3ZSS A;  2ZX5 A;  3GTN A;  1KXT A;  2PWD A;  2OSX A;  1ISX A;  4LX4 A;  4UFJ A;  5CLT A;  4OOU A;  1W32 A;  3EMZ A;  4AY1 A;  2WKL A;  5EFF A;  3KL0 A;  2Y4S A;  3BGA A;  2ZX9 A;  1V3M A;  2G8Z A;  4UQA A;  3VIG A;  1DP0 A;  4HOW A;  4FLS A;  4M24 A;  3VD5 A;  3N17 A;  1DWA M;  3AYR A;  4ACZ B;  3CGT A;  3SCV A;  4PCT A;  5HNN A;  4CN4 A;  2XVK A;  3T09 A;  5HDR A;  1CLV A;  3BSG A;  1JND A;  2G4F A;  5CG0 A;  4X9Y A;  3GNO A;  4NF7 A;  3ZO9 A;  1D2K A;  1VRX A;  1EQP A;  3B9A A;  3CIV A;  3F5K A;  4UFM A;  5D9P A;  1FH7 A;  2WCG A;  4J3T A;  2DH2 A;  1UKO A;  3BLK A;  2OSY A;  4GIA A;  2BVD A;  1QHO A;  5BRQ A;  2VUR A;  3CBW A;  4PUE A;  4AIE A;  2HVM A;  2WC3 A;  3K8L A;  4AMC A;  4IPN B;  4PTV A;  4KWU A;  4HZ8 A;  1LL6 A;  3HJE A;  3VIH A;  2WMG A;  3ALF A;  2E9B A;  3CUI A;  1WB0 A;  4J3S A;  1K9E A;  4IUG A;  3AMK A;  1BPL B;  1GQK A;  4EAN A;  2O9P A;  4AZ7 A;  2J7C A;  2EO7 A;  3ZJ8 A;  3PZI A;  2CYG A;  2D0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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